The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
b'HCDLPCGVFDPAQARIEAESVKAVQEKMAGNDDPHFQTRATVIKEQRAELAKHHVSVLWSDYFKPPHFEKYPELHQLVNDTLKALSAAKGSKDPATGQKALDYIAQIDKIFWETKKA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of conserved tyrosine residues in NiSOD catalysis: a case of convergent evolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Superoxide dismutase [Ni]
|
| source organism |
Streptomyces coelicolor
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
49
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
1.15.1.1: Superoxide dismutase. |
| pdb deposition date | 2009-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nickel-containing superoxide dismutase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q0G A; 4NCQ A; 1Q0F A; 1T6Q A; 3G50 A; 1T6I A; 1Q0D A; 1Q0M A; 1T6U A; 1Q0K A; 3G4X A; 3G4Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K40 A; 3ITF A; 2A0B A; 1J8Y F; 2WVN A; 3EFO A; 4QI2 A; 2J9B A; 1D0Z A; 2NUP B; 2KC3 A; 1HE9 A; 3CAX A; 4AE4 B; 1M2V A; 4ZLD A; 2GDC A; 2J9W A; 4MVR A; 3PDM P; 3B71 A; 4O6M A; 2VB6 A; 1SMY F; 2OEX A; 3TJ5 A; 1NBB A; 1NU9 C; 1R5I D; 1WWP A; 2PX0 A; 3C8Z A; 4RBN A; 1D1A A; 3U8V A; 5DLJ A; 2OKU A; 5DS5 A; 4U9E A; 3NDB B; 5BQG A; 3EG9 B; 2LK4 A; 4PAC A; 1EKY A; 2ZXR A; 2YEV A; 1OR3 A; 1YJG A; 2VCC A; 3LUT B; 3S27 A; 2YQY A; 1FMW A; 1AVO B; 3GM1 A; 5IY5 C; 4CX9 A; 5A6B A; 4NC3 A; 2P1A A; 4N6H A; 1BR2 A; 3X2Q C; 2IOQ A; 2V26 A; 3GM2 A; 5E33 A; 5DS6 A; 1EI7 A; 5AC5 A; 3POV A; 2EPL X; 2LFF A; 4LER A; 3T9O A; 3ZIB A; 3EGX B; 3KPH A; 5T3T A; 1NFO A; 1RMV A; 3DXJ F; 3RQG A; 3GEE A; 4OIQ F; 1ZHY A; 1MND A; 3JSZ A; 2EIN C; 3FOO A; 4NCQ A; 5COM A; 2Q9C A; 2MYS A; 2L6F A; 4U5G A; 2Y69 C; 2YL7 A; 2HFI A; 4JZA A; 2R7T A; 3X1O A; 2XLV A; 4MQ9 F; 2Q9B A; 3Q6N A; 3DKA A; 3E9V A; 3HKK A; 5BQI A; 3Q7L A; 4ULW A; 3TK0 A; 3RW0 A; 3U9J A; 4G7O F; 3DWW A; 3VAY A; 3JRM O; 2WL8 A; 1DOW A; 3KL4 A; 256B A; 3LS0 A; 1QPU A; 2EPK X; 4G78 A; 1ZHT A; 5F5F A; 1G8X A; 1OXK A; 1WGW A; 2JX0 A; 3SYN A; 3W8I A; 4G7Z F; 2J9V A; 4EBJ A; 1A0B A; 2A6E F; 3OA1 A; 3S90 A; 1QQ3 A; 2EIL C; 2IYL D; 3ASO C; 4MW3 A; 1Y4C A; 2RSE B; 1HMD A; 1OCO C; 2NUT B; 2YL3 A; 3LJB A; 3LLI A; 2R7O A; 2XLH A; 4U5D E; 4BJ5 C; 4DBQ A; 3US6 A; 4IWB A; 1TQG A; 1Q0K A; 1JPJ A; 2XRH A; 1TFK B; 2XM4 A; 3C8G B; 4WGY A; 3W8H A; 2XXA A; 3GM3 A; 3NMI A; 1SZI A; 1OKK A; 5DQT A; 1Q0M A; 2H7V C; 4CJG A; 1YA9 A; 2IXN A; 2PFD A; 5TJ5 E; 3S0X A; 4XLP F; 4C7O A; 3KYI A; 4BJT A; 1Q0G A; 4EWC A; 4Z9H A; 3UGP A; 2PF4 E; 2XLO A; 1LPE A; 4YT5 A; 4DVY P; 1FR0 A; 4AL0 A; 5A6B D; 5EGY A; 3JT1 A; 4EUK B; 1LS4 A; 4FES A; 2Q4F A; 4ER9 A; 3LLK A; 4C3E A; 4R32 A; 4U9D A; 1BBH A; 4CSA A; 1BR4 A; 2GWW A; 1QVX A; 1Z23 A; 5KYW B; 2DI3 A; 4X0R A; 5CI9 A; 1I5N A; 4Z9J A; 3UNG C; 3HNI A; 5L0C A; 1VK5 A; 1YYX A; 2QUP A; 1LKX A; 1BR1 A; 2XLW A; 4Q7C A; 2WB7 A; 3S84 A; 2EPO A; 1WOL A; 2KQ9 A; 5B1A C; 3K1I A; 2Y3H A; 4XWJ A; 4DVZ A; 3HLZ A; 1QKR A; 2YZS A; 3L34 A; 4PK4 A; 2HSQ A; 4QDL A; 3UR3 C; 3DE8 A; 4MVO A; 3SXM A; 2DGJ A; 3DAG A; 3NYM A; 4KNV A; 2AWY A; 3RYL A; 1RKE B; 1TWC A; 2R7X A; 3TQO A; 1H9G A; 1S7Z A; 1W2W A; 1T6Q A; 2A69 F; 2LFD A; 1APC A; 2EIM C; 2DYR C; 2JPU A; 1O87 A; 1ZW3 A; 4E0H A; 4J7Y A; 1YLM A; 3AG1 C; 1D0Y A; 4MTO A; 1V74 B; 3GWN A; 2L6H A; 3HJC A; 5DVW A; 5EK0 A; 2XLM A; 3TD7 A; 4CBE A; 2YLG A; 2LQG A; 3KKB A; 1GGQ A; 5FZT A; 2GAQ A; 1JPN A; 4PJM A; 3SXZ A; 5CIV A; 2WZL A; 1Z6A A; 2CW0 F; 4HFF B; 1LIH A; 3M79 A; 4XLN F; 4PFP A; 3RVY A; 2XM0 A; 4LLE A; 1AEP A; 4XEV A; 3QVY A; 1OW8 A; 3VM6 A; 2PBE A; 3T6B A; 1ZZP A; 1OKK D; 2QNL A; 3MYI A; 2DYS C; 3RF3 A; 3MFN A; 3M1C B; 3N0T A; 4FWV A; 1WAS A; 1D0X A; 4BJ1 A; 2G3K A; 2WZF A; 2XL6 A; 4H54 A; 4GYT A; 4BJ6 C; 3S9O A; 1CGM E; 3Q7G A; 3O55 A; 2CNW A; 1G4U S; 3ZTZ A; 3NKD A; 4E7Z A; 3IHU A; 2Q9A A; 3QZC A; 4IAO A; 3U3B A; 4YT2 A; 1Q0F A; 2Y3D A; 3O39 A; 2OQM A; 1Z63 A; 3FHD A; 4EKW A; 4H4K C; 5FCL A; 2Y3G A; 1NZE A; 2ASR A; 4E0I A; 1ZYR F; 2IM8 A; 1JMW A; 3M15 A; 3O6X A; 3MBG A; 3RQE A; 1JAF A; 3L8J A; 3G50 A; 3EFO B; 4JCZ A; 1LI7 A; 1SYQ A; 2P7V A; 3K1H A; 4FX5 A; 3TUL A; 3DM5 A; 1M2V B; 2MHR A; 4CDV A; 3DAF A; 1ZU4 A; 5K0I A; 2PX3 A; 3SEO A; 2R9R B; 1TWG A; 3U2M A; 1IW7 F; 2QLA A; 4YJW A; 3ZC4 A; 3EZH A; 2XLD A; 5COG A; 5L0H A; 4IAR A; 3ZSU A; 1T01 A; 1CPR A; 4KI2 A; 4PJL A; 5JVE A; 1FNT c; 2XS8 A; 5E2Q A; 3ZVR A; 1G5Z A; 1ORY A; 3ZQV A; 2LP4 A; 3MYF A; 3PMR A; 1PCX A; 2OCC C; 3B0V C; 1OXB A; 1WN0 A; 2G3V A; 3ATP A; 3NG1 A; 1MQV A; 3UMH A; 4CS8 C; 3NKE A; 2UUI A; 4MW8 A; 4U5H A; 2JD3 A; 1MNE A; 2NSF A; 1M56 C; 2FGY A; 3B9Q A; 2A1D D; 4CS9 C; 5AC4 A; 4JVS A; 2C04 A; 4JUR I; 3UGO A; 4P9T A; 3EH2 A; 1VLS A; 1CPQ A; 2VCB A; 3ABL C; 3DI5 A; 1PD1 A; 1Z5Z A; 2FAP B; 3I5P A; 3GEI A; 3Q6M A; 2EIK C; 2OU6 A; 3SZR A; 1R4T A; 2OJQ A; 3KMI A; 1YZA A; 5T3W A; 4OD5 A; 4JRZ A; 5JS5 A; 4MVZ A; 2OJE D; 2CNW D; 4U5C E; 5L0F A; 2KGO A; 2R05 A; 3IPM O; 4ONS A; 3PHF 2; 3DJN B; 1TFO B; 4O7G A; 2R7W A; 2OEV A; 4CIH A; 5JLI A; 5HSW A; 2WVO A; 3GWL A; 3NYJ A; 3LNM B; 2AVK A; 1GS9 A; 2FFH A; 4MVS A; 3NRH A; 1JOG A; 4UDV A; 5F28 E; 1E2X A; 2R25 A; 3T6J A; 2A68 F; 3LAY A; 4GQH A; 5HV9 A; 1ZVZ A; 3VYW A; 1T6I A; 3DZA A; 4IB4 A; 3FXH A; 1CGO A; 4MVU A; 4P6I C; 4W8P A; 3UMI A; 4K0D A; 2BC5 A; 3AG2 C; 4J32 B; 4IGG A; 4NTB A; 1ZW2 A; 4NQF A; 1NG1 A; 1XZQ A; 3MX3 A; 3RFY A; 2GFH A; 2VC9 A; 5L3Q A; 1UFB A; 2YWA A; 5DQZ A; 2L6G A; 3DMD A; 4BJ5 A; 1J8M F; 4EBB A; 1H7I A; 3AGT A; 4DBR A; 4JEB A; 4C7O B; 1LI5 A; 1Z3I X; 1VMA A; 2J0W A; 1U6H A; 2J45 A; 2R02 A; 3AJM A; 4BEM J; 4CJO A; 4MTG A; 5CI8 A; 1VOM A; 2HS5 A; 2IXP A; 4MVQ A; 4N6C A; 2ZXW C; 4AL1 A; 4F4B A; 5EHH A; 1KTM A; 3TOM A; 3EPV A; 4RD9 A; 1ZHX A; 3RVZ A; 4JTD B; 1TR2 A; 1MMA A; 1HMO A; 3AQB A; 3V5Y A; 3V5Z A; 4CDY A; 1JR8 A; 4A2N B; 1RCP A; 1I4Z A; 2YLD A; 5DS4 A; 2HSB A; 1UG7 A; 2NG1 A; 1MMD A; 5L0I A; 1HE1 A; 4HE8 D; 3GAN A; 2LSE A; 3FDQ A; 1A7D A; 4KC9 A; 1OQC A; 1V4A A; 2A6H F; 1SF8 A; 2NPU A; 3DJU B; 5KYY A; 3U3F A; 3ZTM A; 4JTA B; 4L6R A; 2H7B A; 2YHS A; 3BRJ A; 1WTY A; 2L81 A; 5KYU A; 2ICW G; 4O79 A; 4HEA J; 2YRF A; 2YLI A; 1RXQ A; 2YL1 A; 2I15 A; 3DM9 B; 1VB5 A; 4JE9 A; 3EQL F; 1VLT A; 2H8A A; 3HNK A; 1WAT A; 3IQC A; 1TKN A; 5JT4 A; 3FAJ A; 1A7E A; 2A0U A; 3TJ6 A; 4IJJ A; 3A11 A; 1PD0 A; 4YT8 A; 1FTS A; 3ZWI A; 3PCV A; 1E83 A; 1D1C A; 3EGD A; 4BEJ A; 3T6G B; 2NSG A; 2W45 A; 3RH3 A; 1G4W R; 2HJ3 A; 4WGZ A; 4YL3 A; 4BG0 A; 4YK5 A; 3V7O A; 5KYN A; 4XEK A; 1M2O A; 1N1C A; 4XQ1 A; 4XPX A; 2Q3T A; 1Z7Q c; 3JZ0 A; 3ZQY A; 5L0J A; 3LNR A; 3C7J A; 1U89 A; 5A69 A; 2P61 A; 3F47 A; 1NLX A; 1YDI A; 2O9X A; 2WZG A; 3EJN A; 3OWT A; 3SP1 A; 1GM5 A; 4N4W A; 3QW0 A; 2HJM A; 2W9Y A; 2M64 A; 4XPW A; 2R7R A; 3M4C A; 3U8P A; 3ASN C; 1CGN A; 2QY9 A; 4ULV A; 3SXY A; 4K7B A; 4YT4 A; 5A6A A; 3AOU A; 2ZXO A; 4YWQ A; 4QI0 A; 3JTL O; 3U2L A; 3MLG A; 4E7S A; 5KYX A; 5GPG B; 1L7C A; 1GQA A; 1BDJ B; 3B29 A; 1QZX A; 1OW7 A; 1E84 A; 4J7T A; 4BJ6 A; 5JSL A; 2XSE A; 2C03 A; 5E3A A; 3IEE A; 3QTH A; 3RQF A; 2E87 A; 1RJ9 B; 4MND A; 5B1B C; 1YZC A; 4JW1 A; 4P9F A; 3SXK A; 4PJN A; 1M57 C; 1T9K A; 2XL8 A; 4JEA A; 5B3S C; 3DE9 A; 4AX2 A; 1ZU5 A; 2OOC A; 1VYI A; 3H2V A; 3L1M A; 2J0X A; 3C18 A; 4O6Y A; 5E3C A; 5JRA A; 1YYJ A; 1U0B B; 2KJG A; 2G62 A; 4PR9 A; 4D4N A; 5AGF A; 4ANJ A; 1KNY A; 1F1M A; 1LS1 A; 1SR2 A; 1YVI A; 3DD7 A; 3IQ5 A; 1NFN A; 1XWJ A; 1NSG B; 4JJF A; 4JTC B; 5T1D B; 2KK1 A; 2HMZ A; 3H2U A; 2PNO A; 3U9M A; 3IQ6 A; 2V3C C; 3AG3 C; 3QW1 A; 3ECS A; 3AG4 C; 4JC7 A; 1RKC A; 1C02 A; 3FAP B; 2W4M A; 1D1B A; 3FMS A; 3GEH A; 3RKO F; 3NYL A; 4I1M A; 2RD9 A; 3K66 A; 1FMV A; 1H9T A; 2J7P A; 3HNL A; 1E85 A; 4PFO A; 4WAB A; 2R7S A; 3ABM C; 4XEF A; 3GOD A; 3B0P A; 2NUP A; 2QE9 A; 3W4Y A; 2EPN A; 3WOD F; 4AE4 A; 2F22 A; 1Y6D A; 3J06 A; 2Y39 A; 3T4R A; 2R7U A; 1JRA A; 1LE2 A; 4I44 A; 5JUA A; 3NMJ A; 3N2Z B; 2I8B A; 4PJJ A; 3W2W A; 3KH2 A; 1ST6 A; 4Q5S F; 1VYK A; 4CS8 A; 1A7V A; 4IAQ A; 1QLE C; 4KBL A; 2X0C A; 3ZDL A; 2W4B A; 5L0G A; 3AQC A; 3EG9 A; 4AK9 A; 2LD6 A; 4Z9I A; 4CS9 A; 4D4X A; 2BE5 F; 1E86 A; 3JRT A; 3WAQ A; 4DJ9 A; 2KNH A; 4B6I A; 4G7H F; 2CDQ A; 4N06 A; 4EIY A; 2VCA A; 1EQ1 A; 5D91 A; 3EHN A; 4DRH B; 1ZHZ A; 1PV3 A; 2KYH A; 3B0U X; 2AU5 A; 1OCC C; 3EGX A; 1OW6 A; 2HZ8 A; 4JKV A; 3ZG1 A; 2ZD9 A; 4LDK A; 2M4E A; 4CDA A; 4KNW A; 1LE4 A; 2H7O A; 4OD4 A; 2IXO A; 1T5O A; 3EH1 A; 5A6J A; 3JYY A; 1S05 A; 2CYD A; 4OIO F; 3F46 A; 3K33 A; 4LDQ A; 4NY3 A; 4DOZ A; 1C17 M; 1YAU O; 3UMK A; 4EBK A; 1KU2 A; 2X51 A; 2HV6 A; 4IRU A; 1V55 C; 2YVK A; 3CZ6 A; 4I1O B; 1NU7 D; 2Q00 A; 5JP7 A; 3R2P A; 1I4Y A; 4CIP A; 3U0C A; 1B68 A; 1A41 A; 2VAS A; 3VRC A; 3FOP A; 1ORJ A; 5BQH A; 3M4B A; 3C63 A; 4MS2 A; 2EIJ C; 2XXA B; 4O6N A; 3K6B A; 1K04 A; 2Q7R A; 5COF A; 2D5R B; 3KYJ A; 1O3U A; 3EZI A; 3HNJ A; 4BPM A; 3BEH A; 1VTM P; 2EPM X; 3A9C A; 3JCU Q; 4Q4Z F; 2J7P D; 4GEH A; 2OG2 A; 4C3D A; 5D92 A; 2ZPA A; 4YL0 A; 1C03 A; 4DRJ B; 3H65 A; 3LES A; 1XZP A; 2NUT A; 2AWC A; 2MWQ A; 2L9J A; 2LIG A; 3S28 A; 3GOR A; 4G0H A; 3C8G A; 2IBF A; 4RDA A; 3QVZ A; 4DXW A; 2R7V A; 1V54 C; 4MTF A; 3HTK C; 4C3B A; 2GA0 A; 2L7A A; 1Q0D A; 4U5F E; 4CS7 A; 2QTV A; 2ETS A; 4OIP F; 5KYY B; 4CSA C; 2J9U A; 3LS1 A; 5B3I A; 4YL1 A; 2XLE A; 2VH3 A; 5KYU B; 3CQZ A; 3K7D A; 1LVK A; 1FFH A; 4U5E E; 4NTA A; 3W2V A; 5A6K A; 3O10 A; 1QSP A; 3K1I C; 4FAP B; 5L0D A; 5KYW A; 2R03 A; 4DRI B; 1OR2 A; 3G4X A; 4ZLC A; 2XL4 A; 1ORS C; 1EA8 A; 2LCH A; 2Z15 A; 2R7Q A; 3U5S A; 4E17 A; 3N24 A; 2D4U A; 4U5B E; 1LM3 B; 2AP3 A; 1HW2 A; 4XTK A; 3SNH A; 1T6U A; 1YA7 O; 3EGD B; 3JSE O; 2BL2 A; 3CSK A; 3LEO A; 2IXM A; 2YKZ A; 4JIO A; 3C62 A; 2HKV A; 2B0H A; 1HW1 A; 2XS1 A; 1OCZ C; 3I5Q A; 4EHP A; 1RKE A; 2J8W A; 2PP4 A; 2J46 A; 3ABK C; 1TWA A; 3RIP A; 3R7C A; 3LEV A; 3L8I A; 3E70 C; 4OIN F; 3WG7 C; 4OIR F; 3FVY A; 2CGE A; 1HY5 A; 1H6G A; 2KSF A; 2WVQ A; 3AGU A; 3WHN A; 2HV7 A; 2KW3 C; 1TWH A; 4YN0 B; 2B0J A; 2HMQ A; 4HFK B; 1FAP B; 1YAR O; 4J30 B; 4MVM A; 5KYX B; 3OEO A; 3QMK A; 5L3V A; 1IZM A; 4XPY A; 2ZXP A; 4LDR A; 5F5H A; 3JYH A; 4JJG A; 3C8G D; 4WJ0 A; 1L3P A; 2P0N A; 1BZ4 A; 1ZHW A; 2Y3B A; 2YL0 A; 4LAC B; 4K1O A; 3TOL A; 1OCR C; 4NTF A; 4W8K A; 3S29 A; 1M6T A; 2UUH A; 1O5H A; 4M63 A; 1AUE A; 2DB4 A; 1MMG A; 3I4U A; 3CEX A; 4I3M A; 4E18 A; 3IQT A; 3NMK A; 2P6V A; 5BUO A; 4A4A A; 1FFT C; 3VF0 A; 4LLC A; 1DOV A; 1MMN A; 2HUJ A; 4JCH A; 3V5X A; 1K05 A; 2CCY A; 2TMV P; 3L0I A; 3EHM A; 1RJ9 A; 3G4Z A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1Q0G A; 4NCQ A; 1Q0F A; 1T6Q A; 3G50 A; 1T6I A; 1Q0D A; 1Q0M A; 1T6U A; 1Q0K A; 3G4X A; 3G4Z A;
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