3B0VC

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
315
structure length
315
Chain Sequence
MLDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase/rna
molecule keywords tRNA
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 108
structure length 315
sequence length 315
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0vC02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0vC01
3NYZA 3PSWA 1W0MA 4TMCA 3GLCA 4BF9A 1FDZA 4YLWA 2QCEA 4MIMA 4MKNA 3OBKA 3HG3A 1WOBA 2A7PA 1VJIA 5L9FA 3DXIA 5D38A 1D3HA 4Z0JA 4UTIA 1W1ZA 3TROA 3QFEA 2YFOA 3LHWA 2X16A 1GVQA 1MZHA 1OFQA 2HS6A 5K9DA 1YDOA 3NL3A 4JNMA 1ICPA 5LHFA 1B4EA 4LUJA 1PE1A 4JTSA 3NQGA 3IEBA 3CHVA 1MEIA 3TAOA 1T96A 3P5YA 3MBDA 4NNBA 1JVNA 1LLWA 2FFCA 1RVGA 3NL2A 3TH6A 4AH7A 5HUOA 3MP3A 3NQ7A 1ML1A 3W72A 3DFNA 3EWBX 2HTMA 1EIXA 3DENA 1OFPA 3NQAA 2B4GA 3TKFA 2WSQA 4WUIA 3UXAA 1H7RA 2DJXA 2H3DA 3W84A 1LBMA 1XBYA 3H54A 1SUXA 2EKCA 2QF7A 3G1YA 2E5BA 3NQ2A 3LLDA 4WQ6A 2GQAA 3QPZA 1TYGA 5LNWA 4NXKA 4IX2A 2H8XA 3W3OA 4WJEA 3TR2A 4QSHA 1W56A 4LRTA 1NF0A 3NQCA 1YADA 2ZFAA 1X1ZA 5HMSA 1QPOA 4K8HA 1LOSA 1ZENA 3Q58A 4ZL1A 3NPVA 4NUWA 3IRDA 2CLHA 3PUOA 3LBCA 2VC6A 1Z48A 4XKYB 4UTHA 3LOTA 3MUXA 5CZJA 4NX0A 3HG4A 3EX2A 3TC7A 1KM3A 3T44A 5FESA 3LRKA 3LCLA 4HSNA 1RZMA 1KV8A 3BVJA 3ABOA 1MEWA 4CQAA 3VE9A 3MJYA 2F7FA 3W2LA 2V2HA 3HQ1A 1U5JA 2DP3A 3FKKA 2H6RA 2OT0A 3BG9A 1A50A 3O05A 3JRKA 3STEA 5D37A 4ALDA 1XBXA 1DOSA 4AB4A 2YCEA 4AAJA 1VCVA 3VI2A 4NJJA 2J24A 2ZRUA 1SFJA 4M6VA 3Q37A 3GDRA 1KW1A 3P81A 2YR1A 3S6DA 3S5ZA 1AW2A 3DH7A 2NV2A 4MPQA 5J5RA 1HL2A 4ORIA 4RXGA 2Y62A 3B06A 3TE9A 1GZGA 1VPXA 5C2XA 3UZJA 2GVJA 4QNWA 3W7HA 3MYPA 1ZCOA 4X3ZA 1KA9F 2ISWA 1M6JA 3CB8A 1F74A 2VEKA 1F5ZA 4JTIA 1YTDA 1LBFA 1SW0A 2ZA3A 1OYCA 2ZA1A 5E1QA 3TA6A 1VGAA 5BMWA 3S5OA 2DJLA 1H7OA 5HINA 3MO7A 4PL2A 3OVQA 4AXKA 5F1VA 4YCOA 1LDCA 3IGXA 2IQTA 5BRBA 3C2OA 2RDUA 4AHOA 2QUUA 1KM1A 4FB7A 4QIUA 1IIHA 3VNDA 5C5YA 4RJEA 1A53A 2CLLA 3UPWA 1H5YA 5G1TA 4XUGA 1H7NA 1GPWA 3M44A 5F4SA 5AYYA 1FWTA 2PURA 1OX5A 4ZMGA 5TIMA 2Q8LA 5CPMA 3SJ3A 2YXGA 6TIMA 2A1YA 4JTHA 2VFEA 3LHUA 3W7QA 4O0KA 1A5AA 3WK0A 3W1UA 3WJSA 1V5XA 3O8AA 1GYNA 3BLIA 3LV5A 3M5ZA 1W8SA 1R2RA 2ZZ1A 3HG5A 2I14A 3EB2A 2NWRA 2O7SA 4DO4A 1WA3A 1Q6LA 3UNDA 3S1VA 5DBUA 4LS2A 2HSAA 3C6CA 3UY7A 4DQWA 1OF6A 1L6YA 3WK3A 4OT7A 5AB3A 3EEGA 2GOUA 2GPTA 4O1BA 4CCCA 1QR7A 2Y7DA 2UV8G 5DCDA 2Z2UA 3G18A 2EPHA 4UTLA 1XBVA 3DBPA 3NOEA 2ZQ0A 2VEMA 1XDLA 4Y96A 3PY2A 3H53A 1JUKA 5HWJA 2V30A 1TPFA 3QMSA 4GJ1A 4FNUA 1EB3A 3UWZA 4UIOA 3NPWA 2NUYA 1WBHA 1TREA 2V0TA 2ZRYA 3W85A 2Q3RA 3TUUA 4CCDA 1DJNA 1EWDA 3ANYA 1KM6A 2DZPA 3LLFA 4P61A 3E9AA 1RR2A 2NUXA 4POCA 5K3VA 2C14A 3OG3A 4NJHA 3T78A 4NXSA 2BXVA 4K38A 1PCKA 3GXNA 4RZ4A 1I2QA 5E0KA 4CNNA 1SO3A 3IIZA 2JKAA 4CQ8A 1EP1A 4RX0A 1CX9A 1G6CA 2NX3A 4LVBA 3B0PA 1EP2A 4N9DA 1ZAJA 3TQ0A 3QMRA 1GVRA 2OZ0A 5C6MA 4PFMA 1YLVA 1N55A 2YYTA 2CZDA 4UFLA 3Q94A 5EPDA 5D05A 3DI0A 3TSMA 2FB3A 1LM1A 3W2NA 1K3UA 3T55A 3C0JA 3HPXA 2DZUA 3LTYA 5AHIA 1JRCA 3CEPA 1RV8A 1D9EA 2VFHA 3P5ZA 1G7UA 5HWMA 1MO0A 1X6UA 4KWVA 2QAPA 5D04C 3NXFA 1TV7A 4N9CA 4JTUA 3L0NA 4CCEA 1H62A 3S1WA 3LXCA 1OABA 5U4NA 1TPC1 1OJXA 2QUTA 3DFSA 2TYSA 1A5SA 4JTKA 1L2UA 3FIGA 1AMKA 3M16A 4E2DA 2YW4A 3LV6A 2G96A 4GUGA 3L66A 4O28A 1X7FA 4OBTA 1G4PA 3BG3A 3EWZA 3V1PA 1OX6A 5HNRA 1CI1A 4JYDA 2QCGA 3MHGA 4K39A 1SO6A 3NPUA 1R2TA 3EX6A 5D2XA 2NXGA 3SECA 2VFGA 2X2GA 1ADOA 4RXFA 4J9JA 2H8ZA 3P82A 4MJMA 1S3HA 3LXAA 1GTHA 3PF3A 4JXCA 3SR7A 1J4EA 2FDSA 3A22A 2YSWA 4D2JA 1ICQA 4IWWA 3W1XA 4MY9A 5DXXA 3CC1A 4LS0A 1O4UA 4OWGA 5HQEA 1TPVA 4XBSA 3LX9A 1HFBA 3BO9A 4DBEA 1YTEA 3R2GA 5D03A 2A6NA 1VYRA 1SW3A 4LTSA 3USBA 3NM1A 5G2WA 3UYCA 1OFRA 2A4AA 3R89A 3EKLA 2FQIA 3TJLA 4WX2A 4WY0F 5LSMA 1G4EA 1FCVA 4MY1A 3SZ8A 4AVFA 4IMDA 3W70A 3G1XA 3IVUA 4WZHA 1QWGA 3F4NA 5LNRA 3GAYA 4LV4A 4DF1A 1FBAA 1QOPA 1K7XA 2P10A 3L0KA 2H3BA 1ZHAA 1H7WA 1W54A 4EWND 1PIIA 1Q6OA 2CZ5A 3RU6A 3DFTA 3PWAA 3W7CA 2W79A 5ABTA 3FLUA 1W3NA 1L6SA 8TIMA 2A2IA 1O60A 2GJLA 4FX8A 1G4TA 1TV8A 4KFPA 5KINA 3L0GA 4ADUA 4LC6A 1KTBA 2YDAA 2G5WA 4K7VA 4O16A 2NX9A 3W1QA 4BWLC 1ZY9A 3M6YA 4GBUA 1ZAHA 3SW6A 1FCQA 1KM5A 4JX5A 2WJZA 5D2YA 3N9RA 1QMLA 3M5YA 4WD0A 3UWQA 3A5VA 4RK8A 1SSDA 4YXGA 3M5XA 3KAOA 3HIJA 1DORA 1SO4A 3OVRA 3G0UA 1JCYA 3G0XA 1WYIA 2ZZ2A 1JRBA 4K8EA 1P0NA 1RD5A 1OG0A 4AHQA 4O13A 1SZGA 1VZWA 3INPA 4RKAA 2YPIA 5F2IA 1HTIA 3M43A 2V2CA 4A21A 4KWWA 3W2UA 5K7JA 1AK5A 3PBYA 4UFIA 1TRDA 3U8GA 3W74A 4FIRA 2X1UA 1WX0A 3GYEA 3SIZA 3W76A 3W7RA 4KFOA 2RHGA 2FPYA 2VKZG 1QDSA 1W37A 4IMEA 3MBFA 4DF0A 4LC8A 2J9ZA 4O10A 3W6YA 3KXQA 3NA8A 4R34A 2OCZA 2Y85A 4CQ9A 1M7PA 3W9ZA 3NL5A 4RLIA 1QAPA 3N2MA 4O1CA 2ZTJA 3P7YA 2KZHA 2V9DA 3HPZA 3HBLA 4OU1A 4LNYA 2RDWA 2YX0A 4IXXA 5FF4A 1H50A 2CLIA 3P60A 3UQNA 4AMAA 5U7SA 3N14A 3C56A 3DZ1A 5G4EA 3T7VA 4UMCA 5LNUA 2CLMA 4R7JA 5AYZA 4O18A 5GVJA 1FWSA 1QO5A 1TPEA 2C15A 2NLIA 3PBVA 3GNDA 3UY8A 7TIMA 5AYXA 3DI1A 1OFDA 3NAVA 3BW3A 4JTFA 4U28A 3G3MA 1B9BA 2EHHA 4LVDA 2ABBA 3EWWA 3W88A 1JCMP 4JICA 3UWVA 3TW6A 4MUZA 4FEZA 4MVAA 5AHLA 1Z41A 1TPUA 1RQBA 2WKJA 5BNKA 2Y89A 3QSTA 2VXNA 3RLUA 1KFEA 3WJXA 1R30A 1ZFJA 1I4NA 1MSSA 4WXYA 4UNLA 4C1KA 4IQLA 1UUOA 4KKXA 3NQFA 2W0UA 3WJZA 2OMAA 3PULA 3QSRA 2VOMA 1B4KA 3C2RA 4EOUA 1XKYA 5EY5A 1H1ZA 4ZQNA 1LRTA 3BW4A 4M7SA 3O63A 4M19A 4CNOA 2BX7A 3RNDA 4LV9A 4DPQA 1LYXA 2QCDB 3THQA 3W7MA 2CZFA 3AO0A 3S9YA 3MYOA 2DORA 4N4QA 1LRQA 3GKFA 4M6QA 4LVAA 4O4WA 1DQWA 1PVNA 3GIYA 3W7EA 4DF2A 1GVSA 2P1FA 2FPVA 3PC0A 1BWLA 4YL2A 1ZALA 1F76A 2A5HA 2QDHA 2DU2A 3NZ1A 3UXDA 1VCFA 2ZRVA 5LNVA 5AHMA 5AHFA 4TMBA 4NJIA 3KVJA 5CZSA 4NQ1A 2EGZA 3HGJA 3KVMA 1VLWA 3ABSA 1XUUA 5FEPA 2WPBA 1Y0EA 4JYEA 2NWSA 4UFMA 5CGQA 2G97A 3P62A 2XN2A 5LHEA 3C3NA 2QDGA 4ZQRA 1DJQA 4M7TA 4HNVA 5FEZA 2TSYA 3W86A 1NSJA 2QCFA 4MZ1A 3QC3A 1ZNNA 4O11A 4EVZA 5HR7A 3LHYA 2DZXA 2Z6IA 3G3DA 1XCFA 3NGJA 2VEIA 4HN4A 4Z0SA 2B7QA 4O50A 4NNAA 3WJYA 3CIWA 2CLKA 4UTWA 3GDLA 1K02A 2Y70A 2OX1A 4AF0A 1EX5A 1KTCA 3GXTA 5CG7A 5I3KA 2PRHA 1XUZA 4DO6A 3P67A 3O6YX 3RF9A 1W5QA 1AL8A 1JCXA 4ZQOA 1JJKA 5FF3A 4WY0A 2EF9A 3PUEA 4O8RA 1V7YA 4IMGA 1Q6QA 2E5CA 1J2WA 2LLEA 4S1FA 1W5PA 4H3DA 1IXOA 5EA9A 4Z1DA 3ZR4A 3MW7A 3ABQA 3NR0A 3UZ5A 1Q6RA 1W5NA 3A9IA 3M5VA 1TPB1 4ADTA 4ZZ9A 4L4MA 1OFOA 2QR6A 3Q2DA 3TDFA 1TJRA 3E49A 1UCWA 3C52A 1SR9A 2E09A 4UR8A 2VFIA 3G22A 5KSWA 3QZEA 2B7PA 4ZQCA 3PR2A 4HSOA 2Y6ZA 1NAL1 2YW3A 4JYFA 2JKEA 3B4UA 1JQXA 4Z08A 1G67A 1M7OA 3WFAA 3HB9A 1DL3A 1TTJA 3P8JA 1KV5A 3CLMA 4IPJA 2C1HA 1I45A 3NQ6A 5KTLA 4A29A 4PA8A 1QNVA 4DELA 3TQKA 3QF0A 4BWLA 2Y63A 1E51A 3RLVA 3MHFA 2A7NA 3L5MA 2G95A 4RV8A 3M1ZA 3U6WA 2NUWA 1KLYA 1K8XA 1VYPX 2RFGA 3NL6A 4JIQA 1KM2A 4O19A 5I3IA 4O0ZA 1F05A 3PM6A 1YPIA 1C29A 4MYAA 1JUEA 2E6DA 3W7JA 5FEWA 2BLEA 1A5CA 1I2RA 1FCBA 3O07A 2J9XA 1FUYA 5D32A 3QW3A 1Q45A 3GKAA 1L6WA 1TQXA 1SW7A 5D2VA 2D73A 1GOXA 4OQVA 1H60A 3GDMA 2CLEA 4QITA 4GXMA 3KFTA 3M0ZA 4PH6A 3CQ0A 3E12A 3NO5A 2WV8A 1X8FA 3KRSA 4LU0A 2ZRWA 4JTTA 1VYSX 5C55A 4FNRA 1OVDA 3MI2A 3LTPA 3V75A 3CIXA 3L65A 1TTIA 3QMTA 4MYXA 1OX4B 2J6XA 3DHFA 2ATSA 1QO2A 1TTPA 2ABAA 1SSGA 4UTMA 1FXPA 3TJXA 1P0KA 3S5YA 5K4ZA 3EWYA 3QPYA 1QPRA 4UMBA 3GK0A 3N73A 1TPDA 2F84A 3P74A 2V5BA 3IV3A 1I8JA 3LHTA 5DCBA 4YWIA 3DU0A 3E02A 1I2PA 3JS3A 1WQ5A 4QQ3A 4R53A 1YPFA 4WOZA 2BSLA 2QCCA 4TR9A 3W7IA 1DBTA 3IIOA 4IXHA 3ATZA 2XN0A 3C2VA 4MFDA 5CPLA 1I2OA 3A23A 1MXSA 1EWEA 1TCDA 5CPOA 3I68A 4FNSA 5DN1A 1NEYA 2QCMA 4UR7A 1F6KA 4XQ6A 3HGOA 2NX1A 3PBUA 1UASA 3K30A 4BFAA 3NQVA 3DFQA 2X1SA 1GYLA 4H6KA 3DFOA 4MLJA 3O16A 4TIMA 3THAA 3TW7A 4UFKA 1OK4A 2E6AA 2C13A 3LTSA 1J5TA 2X1TA 5KZDA 2E1DA 1DHPA 3ATYA 4Y90A 3L67A 4N02A 1F73A 2CZEA 3M7WA 1B57A 5H2ZA 1KFCA 1QPQA 1LP6A 3U2OA 3LXBA 4BI7A 3W2MA 2CU0A 3IIPA 5CZ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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