The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
131
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structure length |
131
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Chain Sequence |
LDGDPDPGLPSTEDVILKTEQVTKNIQELLRAAQEFKHDSFVPCSEKIHLAVTEMASLFPKRPALEPVRSSLRLLNASAYRLQSECRKTVPPEPGAPVDFQLLTQQVIQCAYDIAKAAKQLVTITTREKKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
GIT1 paxillin-binding domain is a four-helix bundle, and it binds to both paxillin LD2 and LD4 motifs.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ARF GTPase-activating protein GIT1
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Cell adhesion, signaling protein
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| total genus |
41
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| structure length |
131
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| sequence length |
131
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12205 | GIT1_C | G protein-coupled receptor kinase-interacting protein 1 C term |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GM3 A; 5F28 E; 3C8G D; 1OW8 A; 1QVX A; 2LK4 A; 3S9O A; 1WTY A; 1O3U A; 4XEF A; 3AJM A; 2Q00 A; 1KNY A; 1WWP A; 3GM1 A; 3U3F A; 3L8I A; 1KTM A; 1V4A A; 1OW7 A; 2HSB A; 3C18 A; 3MFN A; 4XEV A; 3RQF A; 2PBE A; 3C8G A; 3RQE A; 1K40 A; 3B71 A; 1WOL A; 1UFB A; 3L8J A; 2L6G A; 1OW6 A; 2L6H A; 3GM2 A; 2KK1 A; 4NQF A; 3BRJ A; 3TUL A; 2JX0 A; 4EBK A; 1ZZP A; 2YWA A; 3O10 A; 3RQG A; 1JOG A; 3U0C A; 2L6F A; 3C8G B; 4EBJ A; 3JZ0 A; 3K7D A; 4R32 A; 1K04 A; 4XEK A; 3JYY A; 1K05 A; 1PV3 A; 2JPU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I5Q A; 1Z6A A; 4C3E A; 1OW8 A; 2R7T A; 3LUT B; 2Q7R A; 1RCP A; 1CGO A; 3Q7G A; 3UMI A; 2XXA B; 3ECS A; 4U5B E; 1D0Y A; 3ABL C; 4ER9 A; 2XLV A; 1DOV A; 2VC9 A; 1BDJ B; 4LLE A; 1LE2 A; 2WL8 A; 1IW7 F; 1MNE A; 1BZ4 A; 1A7V A; 4YWQ A; 3POV A; 2WZG A; 3EHM A; 3ATP A; 3NDB B; 4BJ5 A; 4X0R A; 1TWA A; 2YL3 A; 3E9V A; 5KYY A; 4DRJ B; 3DJU B; 5D92 A; 3WG7 C; 3SEO A; 3M4B A; 2XLE A; 2KW3 C; 1KU2 A; 2WVQ A; 3EHN A; 2BL2 A; 5DS6 A; 3JRM O; 4R32 A; 2AU5 A; 3O55 A; 3EPV A; 1U6H A; 3RKO F; 4NTF A; 3X2Q C; 4W8P A; 3US6 A; 3DMD A; 5KYY B; 1MMG A; 3EQL F; 4O6N A; 4JTD B; 4CJG A; 5B3I A; 2VAS A; 4YL0 A; 5JSL A; 1WWP A; 4AL0 A; 4JVS A; 4JRZ A; 3UNG C; 2HJM A; 2HKV A; 4MVU A; 1OKK D; 2X0C A; 2HFI A; 5B3S C; 3NYJ A; 4XTK A; 1YZC A; 3R2P A; 3HJC A; 1PD1 A; 4GEH A; 2HJ3 A; 3DD7 A; 3H2V A; 4RD9 A; 1VK5 A; 1LM3 B; 2EPM X; 5L3V A; 1FTS A; 2OJE D; 2R25 A; 1QKR A; 2HZ8 A; 4LAC B; 2KC3 A; 4G7O F; 3A9C A; 2XL4 A; 5AC5 A; 5L0G A; 1H7I A; 3AG2 C; 4CIH A; 3NMJ A; 1M2V A; 5EHH A; 1B68 A; 2A68 F; 2CYD A; 2XM0 A; 3AG3 C; 3L1M A; 3OA1 A; 4MTF A; 1A41 A; 1ST6 A; 4M63 A; 3W8H A; 2Y3H A; 3AQB A; 3GEE A; 3VRC A; 2Q00 A; 4DOZ A; 3EJN A; 3ZSU A; 3PMR A; 3OEO A; 2YQY A; 4J30 B; 3B0U X; 1CGM E; 3MFN A; 2HSB A; 5B1A C; 1OXK A; 3WAQ A; 2P61 A; 3NG1 A; 3C8G A; 3S27 A; 2CGE A; 4NY3 A; 1GS9 A; 2KJG A; 3F47 A; 3SYN A; 3U2L A; 1QLE C; 1FMV A; 1OW6 A; 3EH1 A; 3KYJ A; 4U5C E; 5E2Q A; 3C7J A; 3V5Z A; 1VYI A; 1HY5 A; 1VOM A; 3TJ5 A; 1V54 C; 2FFH A; 2WB7 A; 5BQG A; 1FR0 A; 2EIJ C; 4P9T A; 2G3V A; 3C8G B; 3QMK A; 1RKC A; 3G4X A; 1RJ9 B; 4XEK A; 2J0X A; 2QLA A; 3SNH A; 4DRI B; 2HV7 A; 1K05 A; 4KBL A; 1U89 A; 4JE9 A; 4BJ5 C; 2CNW A; 3TJ6 A; 3GWL A; 4OD4 A; 4OIN F; 3W2V A; 5KYW B; 2EPL X; 3KMI A; 4Z9I A; 2NUT A; 3ASO C; 5COF A; 1Q0D A; 2IXP A; 3W4Y A; 2R7U A; 3AJM A; 2F22 A; 2Q4F A; 4CDA A; 2YEV A; 1M56 C; 2EIK C; 5KYU A; 3MYI A; 1AVO B; 2XS8 A; 1YYX A; 4PAC A; 1H6G A; 4MTO A; 1LIH A; 1M57 C; 3T9O A; 3KH2 A; 4BPM A; 4EHP A; 2GA0 A; 2J46 A; 3MBG A; 4Q4Z F; 2AVK A; 2LD6 A; 4LDR A; 2J9B A; 3QW0 A; 4JEB A; 2VCB A; 2G62 A; 2PNO A; 3VM6 A; 5CI9 A; 3S90 A; 2L9J A; 4BEJ A; 1CPQ A; 2OKU A; 5KYU B; 4HFF B; 4WAB A; 2R7W A; 1JR8 A; 256B A; 1RMV A; 1ZYR F; 1LI7 A; 5T3W A; 1D1C A; 1LS4 A; 4MVO A; 4XPW A; 3T6J A; 3VF0 A; 5E33 A; 2GDC A; 3ABK C; 5DS4 A; 2OOC A; 3DXJ F; 3DM5 A; 1T6I A; 3LS0 A; 4PJN A; 1XZQ A; 3EH2 A; 1S7Z A; 5L0D A; 2LCH A; 3E70 C; 4HEA J; 2IM8 A; 2XLM A; 4YL1 A; 2PX0 A; 3RVZ A; 2TMV P; 3IHU A; 3LNR A; 1ZHZ A; 2B0H A; 3HKK A; 3GM1 A; 1E2X A; 5T1D B; 1YAR O; 3U3B A; 4E17 A; 1V74 B; 3V5X A; 1KTM A; 1WAT A; 4H4K C; 3PDM P; 4JIO A; 3NKE A; 4FWV A; 1LPE A; 3RQE A; 1ORY A; 4BJ1 A; 4YK5 A; 4MVS A; 4DJ9 A; 1TKN A; 1T6Q A; 2IOQ A; 5L0F A; 1EKY A; 3DE9 A; 5KYX A; 1WAS A; 4MVR A; 3B0V C; 4E0H A; 4KC9 A; 5FZT A; 3FOP A; 3Q6M A; 3IQ5 A; 4P9F A; 2XXA A; 5L0I A; 3JRT A; 3V7O A; 4AL1 A; 5A6B A; 5GPG B; 4G7H F; 4LER A; 5F5F A; 3AGU A; 4XLP F; 4MTG A; 5DVW A; 1R5I D; 5BQI A; 1PV3 A; 1QPU A; 2JPU A; 5KYX B; 1LKX A; 1J8M F; 3JT1 A; 5F28 E; 4AK9 A; 4BJ6 A; 4GYT A; 2LK4 A; 3M15 A; 1NBB A; 2LQG A; 2IYL D; 1D1B A; 4O79 A; 1YA7 O; 2NUP A; 3SP1 A; 3ZC4 A; 5DLJ A; 1A7D A; 2Y39 A; 2M64 A; 1HE1 A; 3JSE O; 4IB4 A; 3VYW A; 2JD3 A; 1ZU4 A; 3L8I A; 4JZA A; 1V4A A; 2W4B A; 1H9T A; 2EIL C; 3ZIB A; 1E85 A; 3F46 A; 3RFY A; 4IWB A; 1Z7Q c; 2NUP B; 2IBF A; 1C02 A; 3B9Q A; 2R7R A; 4QI2 A; 2VH3 A; 2MWQ A; 4N6C A; 1GQA A; 2VCA A; 2W4M A; 2YVK A; 4JC7 A; 4I1M A; 3KKB A; 2R7S A; 1U0B B; 2DB4 A; 4F4B A; 2DYR C; 1OXB A; 4G0H A; 1D0X A; 4JJF A; 5L0H A; 1Q0M A; 4J7T A; 4I1O B; 3JYY A; 3G50 A; 3J06 A; 2R9R B; 2R7O A; 4OD5 A; 3I4U A; 3C8G D; 2DI3 A; 3HTK C; 2ETS A; 3FXH A; 3LAY A; 3W2W A; 1T9K A; 5EGY A; 4PFP A; 4IAR A; 2RD9 A; 5D91 A; 2AWC A; 1QQ3 A; 2EPN A; 1QSP A; 3ZDL A; 2ASR A; 4DRH B; 3K6B A; 2GAQ A; 4XPY A; 2QNL A; 1UG7 A; 5TJ5 E; 4MW3 A; 1NFO A; 3MYF A; 5DQZ A; 1WN0 A; 1APC A; 1TWG A; 1WOL A; 3B71 A; 3SZR A; 1LI5 A; 1VB5 A; 2WVO A; 5A6A A; 2P7V A; 1TFO B; 4N4W A; 1MMD A; 1ORS C; 2ZXO A; 3SXK A; 2JX0 A; 5HSW A; 1G8X A; 2CNW D; 4KNW A; 1MQV A; 2YWA A; 1EA8 A; 2ZXR A; 5F5H A; 3DKA A; 1JOG A; 1CGN A; 1IZM A; 5L0J A; 4U5H A; 3DI5 A; 3K66 A; 1R4T A; 1MMN A; 2KYH A; 4IGG A; 4LDK A; 4JJG A; 3AQC A; 2NSF A; 4PJJ A; 5JP7 A; 4XLN F; 4B6I A; 4ZLC A; 3U9J A; 1QVX A; 3CQZ A; 3H2U A; 4U5E E; 4W8K A; 4CS8 A; 1YDI A; 1YYJ A; 1LVK A; 4JTC B; 1N1C A; 2J45 A; 2O9X A; 4EBB A; 1XZP A; 1M2O A; 2ZD9 A; 4CX9 A; 4YT8 A; 1G5Z A; 4I3M A; 3TQO A; 1VLS A; 4DXW A; 2Y3B A; 2VCC A; 2ZXP A; 2R05 A; 4JCZ A; 2YHS A; 1V55 C; 4BJ6 C; 3HNJ A; 5AGF A; 4CDV A; 1RJ9 A; 4EBK A; 1GGQ A; 2HS5 A; 1ZZP A; 2KGO A; 4K0D A; 2X51 A; 2XS1 A; 5KYW A; 4N6H A; 5COG A; 1OCZ C; 2OG2 A; 3AOU A; 5L3Q A; 2L6F A; 3IQT A; 3QTH A; 3ZQV A; 2AP3 A; 3IPM O; 2QUP A; 1Z63 A; 2R03 A; 3NYM A; 1OR2 A; 4U5G A; 2A6E F; 3FDQ A; 3GAN A; 3KL4 A; 2HMZ A; 3DAG A; 2A69 F; 3ABM C; 1WTY A; 3H65 A; 4NTA A; 2YKZ A; 2ZXW C; 3NMK A; 4NCQ A; 4NC3 A; 4U5F E; 1Q0G A; 2YZS A; 4KI2 A; 3KPH A; 1WGW A; 4PK4 A; 4XEV A; 3SXZ A; 2E87 A; 2YRF A; 3O6X A; 2HV6 A; 4H54 A; 4XPX A; 3MX3 A; 4CSA A; 1HMD A; 2IXM A; 1MMA A; 2R02 A; 3C8Z A; 2A1D D; 2QTV A; 2KK1 A; 4KNV A; 4U9E A; 1S05 A; 4CJO A; 3MLG A; 4DVY P; 2EIN C; 4O6Y A; 4YT2 A; 2A0U A; 1ZW3 A; 2L81 A; 4XQ1 A; 3O10 A; 3U8V A; 3TOM A; 5DQT A; 5JUA A; 3U2M A; 1NG1 A; 3LEO A; 3G4Z A; 4MQ9 F; 2Q9A A; 3EZI A; 2WZF A; 5A6K A; 5BUO A; 3GWN A; 1BR2 A; 1NU9 C; 1H9G A; 3L0I A; 1HE9 A; 3NKD A; 3V5Y A; 3B0P A; 2IXO A; 3GOR A; 4EUK B; 5JLI A; 2XLW A; 4JW1 A; 1TWH A; 1NSG B; 2DYS C; 2Y3D A; 3JTL O; 4JEA A; 4O6M A; 4IAQ A; 4JKV A; 2NPU A; 2OCC C; 3QZC A; 2FGY A; 4EWC A; 3FMS A; 1Z23 A; 2OEX A; 2HMQ A; 2PX3 A; 3C18 A; 3EZH A; 1TR2 A; 3O39 A; 4ONS A; 3L34 A; 1OCC C; 3L8J A; 1UFB A; 1XWJ A; 4K7B A; 1BBH A; 3GM2 A; 4CS7 A; 3CSK A; 1RXQ A; 2UUI A; 4BEM J; 4CS8 C; 3BEH A; 4PR9 A; 3DM9 B; 1F1M A; 1E84 A; 4G78 A; 2OJQ A; 3RQG A; 4OIQ F; 4OIR F; 4LLC A; 4MVQ A; 3U5S A; 4MW8 A; 4J7Y A; 1K04 A; 3DE8 A; 3HNI A; 4E7Z A; 1YZA A; 2YL7 A; 2OU6 A; 3S84 A; 2WVN A; 2GFH A; 1L3P A; 3LS1 A; 1A0B A; 1I4Z A; 4O7G A; 3S9O A; 1FMW A; 5BQH A; 5AC4 A; 1FFH A; 3PCV A; 3GEI A; 1T01 A; 3UGO A; 3LEV A; 4G7Z F; 2XRH A; 1DOW A; 1I5N A; 3K33 A; 3ZQY A; 3K1H A; 3K1I A; 4ULW A; 2V3C C; 2D5R B; 2LFD A; 3QW1 A; 1Z5Z A; 3ZWI A; 5JRA A; 2XLO A; 3RH3 A; 3TK0 A; 1SR2 A; 2WZL A; 4ZLD A; 5JT4 A; 3GOD A; 2L6H A; 1VLT A; 2DGJ A; 4YJW A; 1G4U S; 3EFO A; 4MVM A; 4AX2 A; 2R7V A; 1OR3 A; 2CCY A; 2VB6 A; 3FVY A; 4WGZ A; 4E18 A; 2RSE B; 4FES A; 2Z15 A; 3JZ0 A; 4C3D A; 4DVZ A; 3B29 A; 2MYS A; 4WJ0 A; 4CSA C; 1Q0F A; 2HSQ A; 3NMI A; 3RIP A; 1JRA A; 3EFO B; 4Q7C A; 1VMA A; 2P6V A; 5JVE A; 2W9Y A; 2D4U A; 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5CIV A; 1ZHW A; 3TOL A; 3N24 A; 1ORJ A; 2BE5 F; 2H7B A; 4CS9 A; 4MVZ A; 3GEH A; 3N0T A; 1T6U A; 2OEV A; 4JTA B; 3GM3 A; 1EQ1 A; 4RBN A; 3CAX A; 2NSG A; 4OIP F; 4C7O B; 4Z9J A; 1YJG A; 4IJJ A; 3N2Z B; 2PP4 A; 2C04 A; 2EPO A; 2BC5 A; 4FX5 A; 2IXN A; 2QY9 A; 3UR3 C; 1KNY A; 1YLM A; 3DZA A; 2YLD A; 3HNK A; 3LLI A; 3EGD A; 3LJB A; 3C62 A; 1PD0 A; 1SYQ A; 1Y4C A; 3KYI A; 1BR4 A; 1M2V B; 3UMH A; 2PBE A; 1SZI A; 4DBR A; 5A6B D; 2XLH A; 2KSF A; 4PFO A; 2L6G A; 3JCU Q; 2P1A A; 4ANJ A; 2LIG A; 4NQF A; 2UUH A; 4NTB A; 2Q9C A; 2CW0 F; 1YA9 A; 2XLD A; 3M4C A; 3T6B A; 3ZTM A; 3EGD B; 2XL6 A; 1BR1 A; 2XSE A; 4HFK B; 1OKK A; 1SF8 A; 3U0C A; 5A69 A; 3T4R A; 3IQC A; 1D1A A; 3A11 A; 3FOO A; 3DJN B; 2M4E A; 4E0I A; 2KQ9 A; 4YN0 B; 2YL0 A; 4YT5 A; 5K0I A; 2LP4 A; 1HW1 A; 5T3T A; 4EKW A; 3I5P A; 4RDA A; 3FAP B; 1QZX A; 1ZHT A; 3ASN C; 4IAO A; 4LDQ A; 3SXM A; 4CBE A; 1E86 A; 1HW2 A; 3S29 A; 2J9U A; 1OQC A; 1LS1 A; 3Q7L A; 5DS5 A; 3ZVR A; 1OW7 A; 1M6T A; 3R7C A; 5CI8 A; 2GWW A; 2NUT B; 2CDQ A; 4U9D A; 3UMK A; 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