The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
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sequence length |
261
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structure length |
261
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Chain Sequence |
MTHQTHAYHMVNPSPWPLTGALSALLMTSGLTMWFHFNSMTLLMIGLTTNMLTMYQWWRDVIRESTFQGHHTPAVQKGLRYGMILFIISEVLFFTGFFWAFYHSSLAPTPELGGCWPPTGIHPLNPLEVPLLNTSVLLASGVSITWAHHSLMEGDRKHMLQALFITITLGVYFTLLQASEYYEAPFTISDGVYGSTFFVATGFHGLHVIIGSTFLIVCFFRQLKFHFTSNHHFGFEAGAWYWHFVDVVWLFLYVSIYWWGS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Redox-coupled crystal structural changes in bovine heart cytochrome c oxidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
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| total genus |
115
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| structure length |
261
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| sequence length |
261
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| chains with identical sequence |
P
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-07-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00510 | COX3 | Cytochrome c oxidase subunit III |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GX0 A; 3STZ C; 2Q69 A; 2Q6A A; 4F4L A; 3SYO A; 3E86 A; 2W0F C; 4TWK A; 1BL8 A; 4LCU C; 4MVZ A; 3E83 A; 2K1E A; 3GB7 C; 4WFF A; 4MTG A; 2WLH A; 2R9R B; 1ORQ C; 3K08 A; 2EIK C; 3LDC A; 3JYC A; 1V55 C; 2HJF C; 2JK5 C; 2X6A A; 4H37 A; 4OXS A; 4XDJ A; 5E1A C; 3E8H A; 5EBW C; 4I9W A; 3SPI A; 2ZXW C; 5B1A C; 2OCC C; 4MVR A; 3E8B A; 3AG3 C; 2AHY A; 2A79 B; 3FB7 C; 4UUJ C; 3T2M A; 4RAI A; 2WLM A; 2KB1 A; 4QNH B; 5KUK A; 3SYA A; 4LBE C; 3IFX A; 4H33 A; 2BOB C; 3F5W C; 3AG2 C; 3LDD A; 4MVQ A; 5EBM C; 4X88 A; 4PDL A; 2YEV A; 3OR7 C; 4QE7 A; 4RO2 A; 2DWD C; 4KFM A; 3SPJ A; 3X2Q C; 4PA3 A; 4DXW A; 1P7B A; 1S5H C; 3RVY A; 5EBL C; 3K06 A; 3OUF A; 3LUT B; 4QE9 A; 3SPC A; 5IY5 C; 3OGC C; 2Q68 A; 3SPH A; 1M56 C; 4XDK A; 2QKS A; 2WLL A; 3SYP A; 1XL6 A; 3OR6 C; 3SPG A; 2HVK C; 1OCZ C; 4R50 A; 3RBZ A; 5J9P C; 4HYO A; 4X8A A; 3FB6 C; 4MVM A; 3AG1 C; 1R3J C; 5EC2 C; 4MTF A; 4PDV A; 4JTD B; 3KG2 A; 2AHZ A; 4JTA B; 4P9P A; 3LNM B; 5CBH A; 3PJS K; 1OCC C; 2WLN A; 2HG5 C; 4MTO A; 4MW3 A; 3E8F A; 3T4D A; 4MVO A; 3UKM A; 2DWE C; 1J95 A; 4P2Z A; 5EC1 C; 1G4Y B; 4GX2 A; 2WLL B; 1R3L C; 1LNQ A; 3K04 A; 2A0L A; 2ITD C; 1OCR C; 2P7T C; 4G28 B; 4JTC B; 3STL C; 3WG7 C; 4EKW A; 2QTO A; 4PA9 A; 2EIM C; 2EIL C; 3RW0 A; 4MVU A; 3E89 A; 2H8P C; 5BZB A; 3SJQ C; 3K0G A; 2BOC C; 3K03 A; 4ZBM A; 1K4C C; 4HZ3 A; 3EFF K; 1JVM A; 4G27 B; 4WFG A; 3RVZ A; 4MW8 A; 3BEH A; 1OCO C; 4RUF A; 4P30 A; 4GX1 A; 1K4D C; 4PA6 A; 4CBC A; 4PDM A; 2NLJ C; 3IGA C; 2Q67 A; 3SYQ A; 3K0D A; 5B3S C; 3T1C A; 5KUM A; 3SYC A; 2X6C A; 5EK0 A; 4R8C A; 1FFT C; 3E8G A; 4X89 A; 2IH3 C; 1XL4 A; 2ATK C; 3OUS A; 5CBF A; 2IH1 C; 4LP8 A; 4RUE A; 2A9H A; 3TET A; 2X6B A; 3F7V C; 3R65 A; 4XDL A; 3VOU A; 1ZWI C; 3ABL C; 4R6Z A; 3HPL C; 2EIJ C; 4P9O A; 3ZRS A; 2EIN C; 4PDR A; 4GX5 A; 3UM7 A; 3ABK C; 2WLI A; 1QLE C; 3AG4 C; 2ITC C; 5B1B C; 2DYS C; 3LDE A; 4WFH A; 2WLJ A; 2WLK A; 1M57 C; 3FB8 C; 1R3K C; 2HVJ C; 4J9Y B; 4MVS A; 4R7C A; 3ABM C; 2Y69 C; 2ZD9 A; 2DYR C; 1KKD A; 4WFE A; 3ZJZ A; 4PA7 A; 4J9Z B; 4MSW C; 1R3I C; 4BW5 A; 3F7Y C; 4MS2 A; 4PA4 A; 3ASO C; 1V54 C; 3FB5 C; 2HFE C; 3ASN C; 3T4Z A; 5CBG A; 3TCU A; 2WLI B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QLA A; 2R7V A; 1UPG A; 1ZHT A; 4U5B E; 1F23 A; 3APQ A; 3ASO B; 3WOD F; 3EH2 A; 3K57 A; 4LNU B; 3EGX A; 3NDB B; 4OIQ F; 2HKV A; 5BMV B; 4H37 A; 4BJ5 A; 3CX5 F; 3B0U X; 2UU9 B; 5LA6 B; 1GM8 A; 1BQ0 A; 2YZS A; 4K0D A; 3O65 A; 2WL8 A; 4H0L B; 2P7V A; 4JI0 B; 3AG7 A; 1NLX A; 3BRJ A; 3E22 B; 4QDL A; 4XEK A; 3A11 A; 3C3T A; 2BE3 A; 2JS5 A; 2Q9L A; 2Y3H A; 3RVY A; 4KL1 A; 3TGU H; 2VCB A; 1FD9 A; 2UUB O; 2NR5 A; 2PP4 A; 1AI4 A; 5LHG A; 2UXX A; 2WVQ A; 3LS1 A; 4W8P A; 2QKS A; 4IWB A; 1XL6 A; 3FX7 A; 1N0N A; 1Q90 D; 4U5C E; 1M4U A; 2Q4P A; 4ZKI A; 5IY5 B; 1H7I A; 4MVM A; 4FMT A; 1OQC A; 4TV8 B; 1N32 B; 1N33 O; 1BR2 A; 1Q7Y W; 4Z9H A; 1QHT A; 5C8Y B; 1XMO B; 4EBK A; 5JH7 B; 1WAT A; 3PCV A; 2QR4 A; 1D0Y A; 5IYB O; 1SMY F; 1BZ4 A; 4NC3 A; 1GKF A; 2UXB B; 2KKW A; 5L3E A; 1Y6D A; 5IYZ A; 1CGO A; 2JDI G; 1VB5 A; 4LLE A; 2D4U A; 3DXR A; 3RVZ A; 4DV0 O; 1VQN V; 4H44 B; 4P30 A; 1K4D C; 3AGU A; 1FFX A; 1UFI A; 4WJ0 A; 3T1C A; 3NMI A; 4CIH A; 2D2C B; 1CPR A; 1N36 B; 2GSM B; 5LGN A; 3W7T A; 3BA9 A; 2RNB A; 1TWG A; 2KSD A; 4C3D A; 4PJJ A; 4IYH A; 1VQK V; 1VQ5 V; 2X0C A; 4DV1 B; 1HNW O; 1Z23 A; 3DAF A; 1GN2 A; 1Z2G A; 4JI1 B; 2ZDI A; 4J7K A; 3E70 C; 5A6J A; 1PD3 A; 1H8E G; 3ABK C; 2R7Q A; 4LFB O; 3NYJ A; 1P7G A; 1M2V B; 2GUZ A; 2B0J A; 3CXH F; 4E7Z A; 3SNH A; 1R3K C; 2QUP A; 3AG4 B; 2H3O A; 4DR5 O; 4J9Z B; 2F4V B; 4ZLD A; 2DI3 A; 1K92 A; 4EB6 B; 4JZA A; 3HKD A; 3FAV B; 2ZPA A; 1WN0 A; 1QLN A; 1PV3 A; 4I4T A; 4LF7 B; 4YT2 A; 3V5Z A; 5BUO A; 5KHJ A; 1PP9 H; 4EBB A; 4I50 A; 1YCI A; 1JMW A; 2VQF B; 4TWK A; 1VF6 C; 4DR3 B; 3L75 H; 3K08 A; 3S27 A; 1NT2 B; 4NTA A; 1SS3 A; 3T1H B; 2IOQ A; 3E8H A; 4I9W A; 3VM6 A; 1LI5 A; 1CEZ A; 4CC5 A; 2ZM6 B; 3H1L H; 3DC6 A; 1PPJ H; 4NB5 A; 1GM7 A; 1XNQ B; 4IRU A; 3T6B A; 2AW9 A; 4PJN A; 5AC5 A; 4MVQ A; 2HEP A; 2Q8V A; 3OR7 C; 4I0X A; 4EBJ A; 3C8G A; 3ZMV A; 1VQM V; 1I5X A; 3ZMZ A; 2X0L A; 3NR7 A; 3T6G B; 3CCR V; 5KAI Z; 1MNG A; 3OGC C; 1KKC A; 3X2Q B; 1IBK B; 5BR8 O; 2E87 A; 1JA8 A; 2JJ1 G; 2UXC O; 3RBZ A; 4Z9I A; 2P4K A; 4HYO A; 3SGI A; 1FAF A; 4YJW A; 3RGB A; 2QNL A; 3SXM A; 4LH6 A; 1FNT c; 1HW2 A; 1LI7 A; 4N23 A; 4D7T A; 4JTA B; 4OIN F; 2CW0 F; 2IBZ H; 2XSE A; 5T3W A; 1PL4 A; 3F5T A; 4D7S A; 4FVM A; 4DV6 O; 1GGQ A; 4YL0 A; 3E8F A; 2J8W A; 3IAY A; 4NKG B; 1R3L C; 1OCC B; 4C3E A; 2X7R B; 4I9Q A; 2P7T C; 3WG7 C; 3ZRV A; 4BR6 A; 5T3T A; 3J80 N; 5JCO A; 1JOG A; 1NVP D; 1JAF A; 1YA9 A; 5EIB D; 2LFF A; 2P22 C; 5EYP A; 2LP7 A; 3JAS B; 1Q8I A; 4X20 A; 1Q86 W; 1UJW B; 1M93 A; 2CTQ A; 2ZE7 A; 3CME V; 2DJV A; 2R70 A; 3EH1 A; 4NTB A; 4GX1 A; 2M4E A; 2RCV A; 4ANJ A; 1XHX A; 4UCS A; 4FLT A; 4LDR A; 1KD1 W; 5GW7 A; 1ZU4 A; 1JR8 A; 4H13 B; 1NU9 C; 5EZY B; 4CIP A; 3E8G A; 5A69 A; 4TV9 B; 3KZI Z; 2PFD A; 4XPY A; 2IU3 A; 3P30 A; 3U3F A; 3M7M X; 1VF5 B; 4W4K A; 3EG9 A; 5J2T B; 4X66 O; 1LE4 A; 3JAL A; 3LLI A; 2ZNJ A; 4GEH A; 3L70 H; 3CRA A; 1E85 A; 5KX5 B; 4J42 A; 1E84 A; 4WFH A; 3T1Y B; 1IBM O; 4RQF A; 3CRM A; 4HE8 D; 1X59 A; 1H2S B; 2UUB B; 2UUA B; 4LWS A; 1PNK A; 3SP1 A; 1M57 B; 3O10 A; 5LP6 B; 1V54 C; 3HB3 B; 3TCU A; 1WP7 A; 1JPJ A; 4I55 A; 3I5D A; 1N33 B; 5CA0 A; 1GMG A; 2E5L O; 5D92 A; 4ASU G; 1WTY A; 5K1P A; 3TD7 A; 4MTG A; 4HNA A; 1SA0 A; 3L9D A; 4OIR F; 4C3B A; 2X6A A; 2BC5 A; 3JZ0 A; 1TFO B; 3BRC A; 1R6N A; 4MVR A; 1YVW A; 3E8B A; 3AG3 C; 4F6R A; 2J9W A; 2M6Y A; 3CYO A; 1KNY A; 3VBB A; 4OIO F; 2ZXW B; 1K73 W; 4MTX A; 4KNW A; 4DR4 O; 2LQG A; 1VYK A; 3WHN A; 2PY5 A; 1PNL A; 3NYL A; 4JI3 O; 4DV0 B; 1W0J G; 3ETE A; 4DXW A; 1M6T A; 3FVY A; 1S5H C; 3TXS A; 5EBL C; 1RKC A; 2F1M A; 3CCE V; 2H94 A; 4UVA A; 3B0P A; 2Y48 A; 2JS3 A; 1AP5 A; 1ZHW A; 3ZCC A; 1H2N A; 2OJQ A; 3ZMS A; 1WN7 A; 1SF9 A; 4JI7 B; 2Y3B A; 1Y4C A; 2HVK C; 1OCZ C; 3U8V A; 5J9P C; 1EQ1 A; 1RJ9 B; 1KMI Z; 1HNW B; 4DRH B; 3N2K A; 5KHK A; 1FXK B; 5EC2 C; 1U89 A; 2LQT A; 2B5U A; 1BSM A; 2C2A A; 3H1H H; 1AUE A; 5COM A; 3LSU A; 4WBN A; 1OR2 A; 1HW7 A; 1JMK C; 2DW4 A; 4B3R B; 3EXA A; 4BPM A; 1ROP A; 1NJI W; 3CMA V; 3AEI A; 2KSF A; 4DR5 B; 4H4K C; 3UO3 A; 4CDV A; 4O2B B; 3RKO F; 2ZQM A; 4O4L B; 3SJQ C; 2GFH A; 3K03 A; 3U11 A; 3V5Y A; 3KYI A; 1GRJ A; 4MND A; 2XXA A; 1HDJ A; 3U9M A; 3ETQ A; 2IXP A; 3GEE A; 4CBC A; 2NLJ C; 1SQF A; 4RWU A; 3R66 A; 5B3S C; 5LOV A; 2LGQ A; 2V7Q G; 3NMJ A; 1WAS A; 2B0H A; 2W45 A; 2VQE B; 5DS4 A; 1T5E A; 4IL6 Z; 4FLV A; 4PFP A; 2EBO A; 5CN0 A; 1G6U A; 5FNV A; 2ZIN A; 5DVW A; 2MYS A; 3QMK A; 2ETN A; 4CS9 C; 4JV5 O; 4YL1 A; 3CQZ A; 3DTU B; 2ZT9 B; 3JAK A; 4FLW A; 1FXV A; 2CNW D; 1Z7Q c; 4PAC A; 5K0I A; 4U3J A; 2LFR A; 2Q7G A; 4JPR A; 2J46 A; 1LE2 A; 2PYJ A; 3IPM O; 2FB5 A; 2OG2 A; 1XWJ A; 1U0B B; 4FM0 A; 2G3V A; 4PA7 A; 4UCT A; 3RH3 A; 5BR8 B; 1RCP A; 4UCU A; 5D5Q A; 3F47 A; 2UXC B; 4IAR A; 5FLX N; 2HHH B; 2Q3T A; 2YIA A; 3CJH A; 3MYF A; 2OEX A; 1NSG B; 1IXM A; 2Q7H A; 3FYI B; 2ZR2 A; 2Q9C A; 1NZE A; 4PEL A; 2YIC A; 4LCU C; 2F23 A; 2K1E A; 1ZW2 A; 4DV6 B; 4BJ6 A; 2R9R B; 3DC5 A; 2XS8 A; 1AR4 A; 2JK5 C; 1LKX A; 1OKK D; 5GON B; 2QTS A; 2UUH A; 5KYW B; 3JRM O; 2EIK B; 4RAI A; 3DJU B; 2P61 A; 4X9Q A; 4H33 A; 3LDD A; 3LNR A; 4TQD A; 5EBM C; 3CCU V; 5DQT A; 4Q6G A; 2HUJ A; 3EGX B; 1APC A; 1SET A; 2A6E F; 4IIJ A; 2QWR B; 2QKA A; 5FZT A; 1Q82 W; 1ZAU A; 3ECS A; 4DV3 B; 3GOD A; 4CH5 A; 1WLE A; 3ZG1 A; 4EWC A; 2CGE A; 3S90 A; 1V74 B; 2VB6 A; 2UXD B; 3OR6 C; 3K7D A; 4F6E A; 5H6R A; 1K04 A; 4UB6 Z; 3KCY A; 2QA4 V; 3CHX A; 4TT3 G; 4X66 B; 1IBL O; 4FM2 A; 3X1O A; 4JTD B; 1GQA A; 1NR1 A; 4DOZ A; 1AEP A; 3D36 C; 1Y6X A; 2HG5 C; 5JQG A; 5L0H A; 2RJZ A; 1BHA A; 1MND A; 1Z6A A; 1YAR O; 1IBM B; 3B77 A; 5T1D B; 1AI6 A; 1SC5 B; 4CS4 A; 3JAM N; 3FDQ A; 5LXT A; 5AG2 A; 4J7Y A; 2VCA A; 4NTF A; 4ZIB A; 3GEH A; 4F4B A; 2R7U A; 1A7V A; 1PM9 A; 3HKK A; 2NPU A; 1KC8 W; 4IT5 A; 4NXM B; 2FAP B; 4PJM A; 1WB7 A; 3ETD A; 2Q7E A; 2OWO A; 4G27 B; 1JVM A; 1WWP A; 3BEH A; 3FKS G; 2XLV A; 2E5L B; 1SYQ A; 2G38 A; 3ZIB A; 4X1I A; 2OYQ A; 4FM1 A; 4EFB A; 5L3G A; 1EKY A; 4JJG A; 4C7O A; 3ABU A; 1L7C A; 4X65 O; 2NG1 A; 1FFT C; 5IYZ B; 3F46 A; 3DXR B; 5JSL A; 1M2O A; 5LBQ A; 2OU6 A; 2DGJ A; 2A0B A; 3CAX A; 4I3M A; 4FLU A; 3DM5 A; 4DR4 B; 2WAM A; 1FFX B; 4JI3 B; 4O4I A; 4YJ3 A; 4FPP A; 3CEX A; 1K5S A; 1QVF U; 3G50 A; 3FAJ A; 5JRA A; 1ORS C; 1F1M A; 4L8J A; 1SZX A; 4I1O B; 1VK5 A; 3OM3 B; 3ZJZ A; 5LHI A; 4ZOL A; 4P9T A; 3THO A; 4U5H A; 4BW5 A; 3ASO C; 2MHR A; 4PV1 B; 4DUY B; 3G67 A; 4ULW A; 4X62 O; 3FHD A; 3WAQ A; 2QM7 A; 4GX0 A; 3STZ C; 2GUZ B; 1QR8 A; 2XRH A; 1ZZP A; 1R6K A; 1B3Q A; 2PF4 E; 3GB7 C; 5H6Q A; 1A41 A; 5JP7 A; 3FYE B; 3B8N A; 1P84 F; 2QGN A; 4YK5 A; 1OXB A; 3UNG C; 4O4J A; 4FIP C; 1AP6 A; 2A79 B; 3HKD B; 1D0X A; 2IBF A; 4I4T B; 5KUK A; 2H7O A; 2DQ3 A; 2HJ3 A; 3K6B A; 3ZWI A; 1SES A; 1E2X A; 3RQG A; 4I50 B; 2CNW A; 2J9U A; 3OGI B; 3L0I A; 4QIW F; 4CH6 A; 1ZSP A; 3E9V A; 1Y4M A; 1AIL A; 3TOL A; 4PA3 A; 5FL7 G; 4XEF A; 2HMZ A; 2WPD G; 4DRX A; 2ZE5 A; 3ZRW A; 1H9T A; 1N0J A; 5IY5 C; 2Q68 A; 3AK1 A; 1PV0 A; 4EUK B; 3L8J A; 1M5I A; 2WLL A; 1TR2 A; 1QQC A; 3DMD A; 4B08 A; 1O5H A; 4D4X A; 4JI8 O; 4X8A A; 2GTS A; 4I0X B; 3CCL V; 1JX9 A; 3C8G B; 3KG2 A; 4ULV A; 4XLN F; 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