The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
43
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sequence length |
161
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structure length |
161
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Chain Sequence |
KLIESLQENELLNTDEKKKIIDQIKTMHDFFKQMHTNKGALDKVLRNYMKDYRAVIKSIGVDKFKKVYRLLESETMELLHAIAENPNFLFSKFDRSILGIFLPFFSKPIMFKMSIREMDSQIELYGTKLPLLKLFVMTDEEMNFYANLKTIEQYNDYVRDL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of CagS from helicobacter pylori
rcsb |
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| molecule tags |
Unknown function
|
| molecule keywords |
CAG pathogenicity island protein 13
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| total genus |
43
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| structure length |
161
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| sequence length |
161
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-02-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16707 | CagS | Cag pathogenicity island protein S of Helicobacter pylori |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2G3V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3U5S A; 1C17 M; 4DJ9 A; 3FOO A; 4DVZ A; 1LI7 A; 1PD0 A; 2WZF A; 4JIO A; 5DQZ A; 5GPG B; 4U5D E; 4EHP A; 1Y4C A; 1OCO C; 3JZ0 A; 3C18 A; 2R25 A; 4BG0 A; 4DVY P; 1D0Z A; 4XPX A; 1ORJ A; 4U9E A; 3A9C A; 3AG3 C; 3SYN A; 3LUT B; 2PNO A; 4YL3 A; 2Y3G A; 3ASO C; 4W8P A; 4GYT A; 1U0B B; 5FZT A; 2XL4 A; 4U5H A; 3KL4 A; 4C7O B; 1BR1 A; 1MNE A; 2LD6 A; 4CDA A; 3L8I A; 4YN0 B; 2UUH A; 5TJ5 E; 2YVK A; 1YZC A; 3QZC A; 1ZU4 A; 3U8P A; 3V7O A; 5L0C A; 4FES A; 1V74 B; 4JCH A; 2L81 A; 3ZQY A; 1HW2 A; 3TJ6 A; 1TKN A; 4OIQ F; 1NU7 D; 2CGE A; 1AEP A; 4EBB A; 3GOD A; 2FAP B; 3E70 C; 1WN0 A; 2J8W A; 4MND A; 5COG A; 4BEM J; 2W9Y A; 4L6R A; 4C3E A; 3QW1 A; 3R2P A; 4J30 B; 2QY9 A; 2QTV A; 4XPW A; 1RKC A; 2XLD A; 3QVZ A; 1OKK A; 2UUI A; 3IQ6 A; 4BJ1 A; 2OKU A; 4ZLC A; 2HV7 A; 3I5Q A; 5HSW A; 4D4N A; 4C3B A; 1IZM A; 1Q0M A; 5AC5 A; 4PJM A; 2B0J A; 4AK9 A; 2PF4 E; 2J9W A; 4LLC A; 4P9F A; 3IQT A; 4U5G A; 5DLJ A; 3C62 A; 2XXA A; 1XZQ A; 2LP4 A; 2MWQ A; 1JPN A; 1T01 A; 2ZXP A; 2BC5 A; 2NG1 A; 1M56 C; 3JSZ A; 3AQC A; 3MX3 A; 1BZ4 A; 5T3T A; 4BEJ A; 1JOG A; 2NUT A; 1D1A A; 2HV6 A; 2R7Q A; 3C8Z A; 3RF3 A; 3SXM A; 2M4E A; 3BEH A; 5JVE A; 5L3Q A; 3HNJ A; 2VCC A; 3KYI A; 1ZHZ A; 3WAQ A; 2YZS A; 1YYJ A; 4ULV A; 4XEV A; 3CAX A; 5A6B A; 3S90 A; 2M64 A; 3EFO B; 4X0R A; 1LS1 A; 3DZA A; 3UMK A; 3ITF A; 5KYN A; 2VB6 A; 1I4Z A; 3DM5 A; 1QSP A; 3JSE O; 4XLN F; 5EGY A; 1OCZ C; 1SR2 A; 5L0G A; 1WOL A; 2ZD9 A; 5KYX A; 1S7Z A; 1TFO B; 4YK5 A; 2ZXW C; 1D0X A; 3ASN C; 4ANJ A; 4EWC A; 1OXK A; 5B3I A; 2Y39 A; 1WAS A; 2P1A A; 1U6H A; 2NSF A; 4JJG A; 4KBL A; 2Y3H A; 2HJ3 A; 3GM1 A; 4PAC A; 1NLX A; 2A1D D; 4JTC B; 2AVK A; 4N6H A; 2FGY A; 3VYW A; 4CS9 A; 2GDC A; 1A41 A; 4DRJ B; 3KPH A; 1V4A A; 2YL3 A; 3EJN A; 5KYY B; 2I8B A; 3RFY A; 3B0V C; 1TQG A; 1EQ1 A; 2A69 F; 3ZTM A; 5CIV A; 4EBJ A; 4AE4 A; 5JP7 A; 3MYF A; 1MMG A; 5A6J A; 1FNT c; 3U8V A; 5CI8 A; 3L1M A; 3MFN A; 3N2Z B; 3NKE A; 3GEI A; 4LDQ A; 4D4X A; 4E0H A; 2KW3 C; 5K0I A; 1LE4 A; 2OQM A; 3PCV A; 5JUA A; 2IXN A; 5JLI A; 4C7O A; 3UGO A; 1Z5Z A; 2HFI A; 1A7V A; 2WVN A; 4JTA B; 3U3F A; 1JPJ A; 1M57 C; 3JCU Q; 4IAO A; 4IJJ A; 2TMV P; 1MMD A; 4Z9J A; 4BJ5 A; 1BBH A; 2O9X A; 3AJM A; 3SNH A; 4PFP A; 4ONS A; 1Z6A A; 2R7V A; 2EPK X; 4CS7 A; 3JRT A; 4JUR I; 3DMD A; 1QQ3 A; 4K7B A; 2CCY A; 3HLZ A; 1Q0D A; 1OCC C; 5AGF A; 1J8Y F; 2XLO A; 4GEH A; 4Q7C A; 1LI5 A; 2GA0 A; 3AOU A; 2RSE B; 1LKX A; 2Y3B A; 2ICW G; 1H9G A; 2R03 A; 3Q6M A; 2AU5 A; 4JRZ A; 5E33 A; 4BPM A; 4B6I A; 4JC7 A; 2CNW A; 1Q0K A; 3FOP A; 2GWW A; 4QI0 A; 2HZ8 A; 3EPV A; 5JT4 A; 3B9Q A; 2Q9A A; 3LEV A; 4JZA A; 4U5B E; 3EGX B; 3RVY A; 4AE4 B; 2ZXR A; 4NTA A; 3DKA A; 4BJ5 C; 2XS1 A; 1HE9 A; 4OD5 A; 5BQG A; 4LDK A; 2J45 A; 3S0X A; 2A68 F; 3M79 A; 3RYL A; 4ZLD A; 3KKB A; 1EI7 A; 1WAT A; 2LQG A; 4IWB A; 3WG7 C; 5DS5 A; 4CSA C; 1WWP A; 2XLM A; 4I1M A; 1R4T A; 3HNK A; 4WJ0 A; 5E3A A; 4BJ6 A; 2G3V A; 3VAY A; 2XRH A; 1HE1 A; 2P6V A; 2DI3 A; 2VC9 A; 4YL0 A; 2EPO A; 2YLG A; 3DXJ F; 3VRC A; 4QI2 A; 4OIO F; 1JRA A; 3U2M A; 2X0C A; 4J32 B; 1M2O A; 3WHN A; 4MQ9 F; 3Q7L A; 1RXQ A; 5DQT A; 2EPM X; 4CJO A; 2LSE A; 3Q7G A; 4M63 A; 3FVY A; 4PJL A; 4XWJ A; 3DE9 A; 2W4M A; 2YHS A; 4U5F E; 3T4R A; 2Q9B A; 3R7C A; 3LLI A; 3IPM O; 2IOQ A; 5COM A; 1T5O A; 1TR2 A; 1LM3 B; 1ZW2 A; 2OOC A; 4AL1 A; 3ZIB A; 1ST6 A; 1YA7 O; 3AGT A; 4MTF A; 3O6X A; 3UR3 C; 1G4U S; 1YVI A; 1YZA A; 2Q3T A; 3IQC A; 2CYD A; 4NQF A; 5E2Q A; 2IXP A; 2VCB A; 4I1O B; 1HMO A; 2HMZ A; 1BDJ B; 1KU2 A; 3ZWI A; 2YWA A; 3I5P A; 3UGP A; 1LS4 A; 3W8I A; 2Q00 A; 2VAS A; 2PFD A; 3GEH A; 2KSF A; 1FTS A; 4N4W A; 3VF0 A; 2YEV A; 3C8G B; 4MVO A; 2HS5 A; 2YLI A; 1N1C A; 4JW1 A; 3DD7 A; 4LLE A; 3ZG1 A; 3JT1 A; 4E7S A; 3S84 A; 2C03 A; 3DAF A; 3EGD B; 1YAR O; 2EPL X; 3L8J A; 4NTF A; 3L0I A; 3ZTZ A; 3LES A; 3PHF 2; 4HE8 D; 3S27 A; 1NU9 C; 5E3C A; 1RJ9 A; 2A0U A; 4R32 A; 5L0D A; 4KI2 A; 4UDV A; 1FMW A; 1FAP B; 2OCC C; 1F1M A; 2OU6 A; 2VCA A; 5B3S C; 1RCP A; 4MW8 A; 3M4C A; 4LDR A; 2PBE A; 4F4B A; 2J9U A; 3NMI A; 4MVS A; 2I15 A; 2MYS A; 1TFK B; 5BUO A; 3L34 A; 4W8K A; 4OIN F; 2G62 A; 4IAR A; 4XQ1 A; 3V5X A; 2WVQ A; 5DS6 A; 2FFH A; 5B1A C; 2DB4 A; 1RJ9 B; 2EIK C; 4NC3 A; 3WOD F; 4IAQ A; 2XL6 A; 3E9V A; 4XEK A; 5EK0 A; 1YDI A; 3O39 A; 1G8X A; 5KYW A; 3AG2 C; 2XLV A; 3K1I C; 1ZZP A; 1R5I D; 3G4X A; 4MS2 A; 3T6J A; 3J06 A; 1J8M F; 3DWW A; 4PR9 A; 1Z23 A; 3QW0 A; 1T6Q A; 5F5H A; 3UNG C; 5HV9 A; 3S9O A; 3ATP A; 3SXZ A; 4ER9 A; 2XM4 A; 4CSA A; 2J46 A; 2JX0 A; 1Q0F A; 4P6I C; 1OCR C; 4J7Y A; 3Q6N A; 2W4B A; 1BR2 A; 4JKV A; 2RD9 A; 3GWN A; 2DGJ A; 4O6N A; 1VYI A; 1S05 A; 5L0H A; 2KYH A; 1U89 A; 2GFH A; 1TWG A; 1O3U A; 5KYY A; 2VH3 A; 2EIJ C; 1MQV A; 1RKE A; 4LAC B; 5L3V A; 3GM2 A; 3LS0 A; 1FFH A; 4NTB A; 1B68 A; 1BR4 A; 3EGD A; 4RBN A; 1C02 A; 1PV3 A; 1V55 C; 1CPQ A; 1SMY F; 2C04 A; 3GOR A; 3NG1 A; 3RQF A; 5DS4 A; 4U5C E; 2V3C C; 1ZVZ A; 2NUP B; 3CZ6 A; 1MMA A; 1YA9 A; 3NYL A; 2P0N A; 3EGX A; 4N06 A; 5DVW A; 5T3W A; 3U3B A; 4XEF A; 5KYX B; 4JVS A; 1H9T A; 3LEO A; 1Z3I X; 3N0T A; 2EPN A; 2WZG A; 1CGM E; 2CW0 F; 1LE2 A; 4N6C A; 1YLM A; 4XPY A; 1SF8 A; 3KYJ A; 2AWC A; 3NRH A; 4K0D A; 3K7D A; 5F28 E; 4AL0 A; 4FWV A; 3OA1 A; 3OWT A; 1RMV A; 1LPE A; 4HFK B; 2XM0 A; 3QTH A; 4MVZ A; 2AP3 A; 1UFB A; 1DOW A; 1QPU A; 1K05 A; 4XTK A; 3HTK C; 5L0F A; 5BQI A; 4MTO A; 3K1I A; 4MVQ A; 1TWH A; 3AQB A; 2R7W A; 4OIR F; 1OXB A; 2L6G A; 4O6Y A; 4PJJ A; 1E86 A; 3DAG A; 1VLS A; 1V54 C; 1C03 A; 3T6G B; 2HKV A; 5A6B D; 2HSB A; 1T6U A; 3RVZ A; 3NKD A; 3S29 A; 3SZR A; 5JS5 A; 1LVK A; 4G7Z F; 2OJQ A; 3RH3 A; 1DOV A; 5IY5 C; 1ZHX A; 2H7B A; 4BJ6 C; 2ASR A; 1VMA A; 4YJW A; 3C63 A; 1M6T A; 1W2W A; 1XWJ A; 2P7V A; 1Q0G A; 4JCZ A; 3M1C B; 1NSG B; 3DE8 A; 3SXY A; 3EHM A; 4AX2 A; 5KYU A; 4A2N B; 1K04 A; 2IM8 A; 256B A; 2NPU A; 4CDY A; 4E7Z A; 3ECS A; 2JD3 A; 4EUK B; 1E84 A; 3U0C A; 3LLK A; 2J7P A; 1ZHW A; 2L7A A; 2LCH A; 4NCQ A; 2Q4F A; 1Z63 A; 3S28 A; 3TK0 A; 4DRI B; 2P61 A; 4RDA A; 5EHH A; 5KYU B; 1MMN A; 4O79 A; 2XS8 A; 2R9R B; 4CS8 A; 4EIY A; 4JJF A; 1HW1 A; 4DBQ A; 4NY3 A; 1JR8 A; 4QDL A; 5AC4 A; 4JEB A; 3FXH A; 3FAP B; 3TJ5 A; 3ABL C; 3DJN B; 2EIM C; 1VLT A; 3AG4 C; 3HNL A; 3F46 A; 3MLG A; 1CPR A; 1L3P A; 2Y3D A; 3U2L A; 1GM5 A; 3O10 A; 4CBE A; 1EKY A; 2EIL C; 1ORS C; 2KK1 A; 2J0W A; 3ZVR A; 3MYI A; 3IHU A; 4YT2 A; 4JE9 A; 4CX9 A; 3JTL O; 4RD9 A; 2A6H F; 4YT4 A; 2CNW D; 4WAB A; 2J9B A; 2YKZ A; 1GQA A; 2L9J A; 3EH2 A; 3TOM A; 2WB7 A; 5L0J A; 3W2W A; 1VB5 A; 3FDQ A; 2NSG A; 3GEE A; 3FHD A; 3QMK A; 3RKO F; 2Q9C A; 1XZP A; 5L0I A; 4KC9 A; 2HSQ A; 2KNH A; 3B71 A; 2R7R A; 4FX5 A; 3DM9 B; 3K6B A; 3NYM A; 1NG1 A; 1OR3 A; 3C8G D; 4K1O A; 1H7I A; 1G5Z A; 2D4U A; 1O87 A; 1SZI A; 3PDM P; 3JRM O; 1A0B A; 3EHN A; 3LAY A; 2L6H A; 2DYR C; 4YL1 A; 1FMV A; 1KTM A; 1VTM P; 1OR2 A; 2H7O A; 2OEV A; 1E85 A; 1I4Y A; 3FMS A; 2LK4 A; 1YYX A; 5D91 A; 5A6K A; 4U9D A; 3RIP A; 3H65 A; 2YRF A; 1NBB A; 1AVO B; 1PCX A; 1YAU O; 2R05 A; 2ETS A; 3JYH A; 4ULW A; 2PX0 A; 3I4U A; 1HY5 A; 3EG9 A; 2XSE A; 2YQY A; 3W8H A; 3F47 A; 2R7X A; 3TQO A; 3HJC A; 2D5R B; 4MVU A; 3OEO A; 3W2V A; 3B29 A; 1T6I A; 3SXK A; 1K40 A; 5B1B C; 3RW0 A; 4CDV A; 4KNW A; 3EQL F; 2ZXO A; 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