The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
76
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sequence length |
211
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structure length |
211
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Chain Sequence |
MSLEAIVFDRSEPENVSVKVLDQLLLPYTTKYVPIHTIDDGYSVIKSMQVRGAPAIAIVGSLSVLTEVQLIKHNPTSDVATLYSLVNWESTKTVLNKRLDFLLSSRPTAVNLSNSLVEIKNILKSSSDLKAFDGSLYNYVCELIDEDLANNMKMGDNGAKYLIDVLQKDGFKDEFAVLTICNTGSLATSGYGTALGVIRSLWKDSLAKTDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| publication title |
Crystal Structure of Yeast Ypr118W, a Methylthioribose-1-Phosphate Isomerase Related to Regulatory Eif2B Subunits
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
5-METHYLTHIORIBOSE-1-PHOSPHATE ISOMERASE
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| total genus |
76
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| structure length |
211
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| sequence length |
211
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| chains with identical sequence |
E, I, M
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| ec nomenclature |
ec
5.3.1.23: S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase. |
| pdb deposition date | 2004-07-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W2W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JSZ A; 2Q9A A; 5COM A; 3FAJ A; 4KI2 A; 4E0H A; 4OIQ F; 1AUE A; 3I5Q A; 1LE2 A; 2J8W A; 4HE8 D; 3T6G B; 1LVK A; 3B71 A; 4EIY A; 2KJG A; 3J06 A; 3EG9 B; 2XL6 A; 2IOQ A; 3JYY A; 2R7U A; 3U8V A; 2P7V A; 1RCP A; 3FHD A; 1CGO A; 3NRH A; 2EPN A; 3W8I A; 3I5P A; 3MYI A; 1S05 A; 4MTG A; 3O6X A; 2XLV A; 1Z3I X; 1N1C A; 3U5S A; 2CYD A; 3QW1 A; 3ABM C; 4MVR A; 1FMW A; 1RJ9 A; 2ZXW C; 5CI8 A; 2G62 A; 3HNK A; 3B0V C; 1YYJ A; 1A7E A; 4WGY A; 3SEO A; 2PX3 A; 1NG1 A; 3MX3 A; 3V5Z A; 2Y3B A; 2NUP A; 4LLC A; 3EQL F; 4XPY A; 4CJG A; 4NTF A; 2I8B A; 1RXQ A; 2E87 A; 4F4B A; 4C3D A; 3L0I A; 1TWH A; 4YT4 A; 2KC3 A; 2Q7R A; 1YJG A; 4DOZ A; 1FTS A; 3DE9 A; 4CS8 C; 3CEX A; 2KQ9 A; 1CPQ A; 1IZM A; 4J7T A; 4FX5 A; 2PFD A; 3GM1 A; 4YT2 A; 1ZHW A; 2A68 F; 1VLS A; 1YA9 A; 3SYN A; 1U6H A; 2R7W A; 4G78 A; 4Q7C A; 2DGJ A; 2IXO A; 5JSL A; 5HV9 A; 1LIH A; 5D92 A; 3AG1 C; 2VCC A; 4ER9 A; 1DOW A; 3NMJ A; 5HSW A; 2Y3D A; 5JS5 A; 3M4B A; 3VRC A; 4I44 A; 4MVZ A; 1Q0M A; 2G3K A; 3C8G B; 5KYU A; 3QMK A; 3W2V A; 2FGY A; 1NLX A; 2OJE D; 5T3T A; 5DQZ A; 4OIN F; 4JW1 A; 2X0C A; 2Y39 A; 1HE9 A; 2M64 A; 5AC5 A; 2UUI A; 2R7R A; 5JT4 A; 1QPU A; 3HNL A; 5JP7 A; 4FWV A; 1OKK D; 3T9O A; 5KYW B; 3M15 A; 3ZIB A; 3S90 A; 3DE8 A; 5A6A A; 5EGY A; 3EHM A; 1TR2 A; 2ZXO A; 3JZ0 A; 3S0X A; 2NUT B; 4IJJ A; 4C3B A; 3KL4 A; 3SXM A; 1FAP B; 1RKE B; 2J9V A; 3R7C A; 2P6V A; 4BJ6 A; 4CBE A; 3JRM O; 5A6B D; 1TWC A; 2V26 A; 2M4E A; 2QY9 A; 3M4C A; 3O39 A; 4XLN F; 3R2P A; 5AGF A; 4OIR F; 4DJ9 A; 1BR2 A; 3C8Z A; 1NZE A; 4UDV A; 1LI5 A; 4QI2 A; 3LJB A; 2HS5 A; 1OXK A; 3T6B A; 4QI0 A; 3DXJ F; 3EFO B; 5GPG B; 3U2L A; 1JRA A; 1LM3 B; 4MW3 A; 3EGD A; 3IQ6 A; 3TOM A; 4N4W A; 2AWY A; 4L6R A; 3RF3 A; 4PK4 A; 4IAQ A; 1GM5 A; 1LPE A; 1YA7 O; 2WL8 A; 2H7B A; 4XEK A; 2LFD A; 2XLW A; 3ITF A; 3O10 A; 5L0F A; 2JPU A; 3DM5 A; 1NFN A; 4N6H A; 3SXK A; 3TQO A; 5L0J A; 4HFF B; 3C62 A; 3U8P A; 4JTD B; 4KNW A; 3F47 A; 2MHR A; 4G7Z F; 2YL7 A; 4OIO F; 5B3S C; 256B A; 2BE5 F; 2L81 A; 3ZVR A; 3FVY A; 2J9U A; 2B0J A; 1V4A A; 2J45 A; 1TFO B; 1D0X A; 1L3P A; 1T9K A; 4RD9 A; 2L7A A; 2J7P D; 5K0I A; 4JTA B; 3DMD A; 2Q9C A; 3VM6 A; 1ORJ A; 4YL0 A; 5E3C A; 3FDQ A; 3FOP A; 5KYN A; 2G3V A; 4EKW A; 2XLO A; 1ZVZ A; 2L6F A; 4N6C A; 5COF A; 1K04 A; 1Q0G A; 1Q0D A; 1HW2 A; 2J0X A; 2GA0 A; 2JX0 A; 4JZA A; 4NY3 A; 1M2V A; 2J0W A; 1Z23 A; 3KYJ A; 5COG A; 1OW8 A; 2YRF A; 3DAF A; 2OKU A; 1QZX A; 3RH3 A; 5JLI A; 2YLI A; 2R7T A; 1T01 A; 3V5X A; 4YWQ A; 4XEV A; 3JT1 A; 2CDQ A; 3HJC A; 1QQ3 A; 3UNG C; 2XS8 A; 3VF0 A; 2H8A A; 3OA1 A; 1JOG A; 4IB4 A; 5CIV A; 3PHF 2; 4XPW A; 3N2Z B; 1OCR C; 2QUP A; 3L1M A; 4IWB A; 3MYF A; 4MTF A; 2YQY A; 3IEE A; 1A0B A; 1FFH A; 4MVO A; 3UGO A; 2A0B A; 2EPK X; 2JD3 A; 3C8G A; 3K66 A; 1OR3 A; 3ATP A; 3RQE A; 1UFB A; 4CDV A; 2J46 A; 3MBG A; 2HSB A; 3PDM P; 1K05 A; 4IAR A; 3K7D A; 4QDL A; 5AC4 A; 3ASN C; 2Q4F A; 4JEB A; 2ZXP A; 3QTH A; 4D4X A; 2PBE A; 3DJN B; 3ASO C; 3W4Y A; 3S28 A; 3E9V A; 4DBQ A; 5KYW A; 3U0C A; 2NSF A; 2OOC A; 4NCQ A; 1HMO A; 1R4T A; 4JCH A; 1UG7 A; 4EBK A; 2R25 A; 2BC5 A; 3K33 A; 3KH2 A; 1V54 C; 3LUT B; 1K40 A; 2QTV A; 4JVS A; 3CZ6 A; 1YAR O; 2HUJ A; 5EK0 A; 3CSK A; 4BEM J; 4MQ9 F; 1A41 A; 4BJ6 C; 1OCO C; 3RKO F; 2HMZ A; 4HFK B; 5DVW A; 4AK9 A; 4JTC B; 2KW3 C; 3BRJ A; 4BG0 A; 1D1B A; 2XM0 A; 3EFO A; 1VOM A; 2YL1 A; 3HTK C; 2W4B A; 3LEV A; 4YK5 A; 4H4K C; 4E18 A; 2EPL X; 2A1D D; 2DI3 A; 4Z9J A; 5F28 E; 2Q00 A; 4YT5 A; 4NC3 A; 1Y6D A; 3LLK A; 1CGM E; 4GEH A; 4AE4 B; 3IQC A; 3T6J A; 2B0H A; 2L6H A; 2TMV P; 3JCU Q; 2XRH A; 3JTL O; 1RMV A; 3V5Y A; 1O87 A; 3NYL A; 4PFO A; 2HV7 A; 1H9T A; 1O3U A; 1JPJ A; 4C7O B; 2YL0 A; 4EBB A; 1G8X A; 2R7S A; 4ZLD A; 1OW7 A; 2R9R B; 2XXA B; 3L34 A; 2A69 F; 1TKN A; 3TD7 A; 5D91 A; 4YT8 A; 3TOL A; 3ZG1 A; 3EH1 A; 3RFY A; 2Q3T A; 5FZT A; 1EA8 A; 1I4Z A; 2MWQ A; 2ASR A; 2ZPA A; 1PV3 A; 4MVS A; 4PFP A; 4JJG A; 4LER A; 3EZI A; 1ZHX A; 1JMW A; 1OXB A; 4YN0 B; 5BQG A; 4JKV A; 2P0N A; 1FFT C; 1GS9 A; 1XZQ A; 2R7O A; 4I1O B; 4JCZ A; 2H7V C; 3G4X A; 1MMN A; 4WGZ A; 2XM4 A; 3KMI A; 1YLM A; 4U5C E; 4OIP F; 4EBJ A; 2VCA A; 1MMG A; 4R32 A; 2EPO A; 2P1A A; 3DWW A; 3DZA A; 1E86 A; 2BL2 A; 1QLE C; 1J8Y F; 3GOD A; 4K0D A; 5CI9 A; 1G4W R; 2HJM A; 1HMD A; 1QVX A; 3KKB A; 2EIN C; 3TJ6 A; 2EPM X; 4Z9H A; 4U5B E; 3DM9 B; 4N06 A; 3B29 A; 3DKA A; 1EKY A; 4NQF A; 4U5G A; 3FMS A; 2ICW G; 3U3B A; 1VTM P; 4LAC B; 1CPR A; 3HNJ A; 2WVO A; 3OWT A; 4O79 A; 4HEA J; 2OEV A; 4PJL A; 4C3E A; 2XS1 A; 4JEA A; 1TWA A; 2QE9 A; 2D5R B; 3SP1 A; 2WZG A; 2Y3G A; 4G7H F; 1NSG B; 2OCC C; 1APC A; 1U0B B; 4G7O F; 2Z15 A; 5DLJ A; 2HSQ A; 2YEV A; 2LK4 A; 4PJM A; 5B3I A; 2XLE A; 1O5H A; 2KSF A; 2XSE A; 3GWL A; 2OEX A; 2VC9 A; 3H2V A; 4D4N A; 4U5F E; 1E2X A; 4B6I A; 4CS9 C; 3IQ5 A; 4CDA A; 2OQM A; 5T3W A; 5B1B C; 4A2N B; 3EGX A; 1PD1 A; 2P61 A; 3Q7G A; 4BJ1 A; 3ZWI A; 2R03 A; 4FAP B; 2WZL A; 4KC9 A; 3LS1 A; 5BUO A; 4DXW A; 3BEH A; 3EG9 A; 3B0P A; 4EUK B; 4ULW A; 4E7Z A; 2AWC A; 2RSE B; 4JIO A; 2FFH A; 1JR8 A; 2DYS C; 2F22 A; 4W8P A; 3UMH A; 1G4U S; 1OR2 A; 4YJW A; 4PJJ A; 1FMV A; 1I5N A; 3LLI A; 1WGW A; 2Q9B A; 3H65 A; 4DRH B; 2L6G A; 1BDJ B; 4CSA A; 2D4U A; 4CIP A; 5A69 A; 1ZHY A; 2VB6 A; 1HE1 A; 1KU2 A; 1C17 M; 2IBF A; 2KK1 A; 1XZP A; 4LDQ A; 2GAQ A; 2I15 A; 3GOR A; 1Q0K A; 4K1O A; 3T4R A; 4U5E E; 3GWN A; 1WOL A; 1HW1 A; 1T6Q A; 4DBR A; 3AG2 C; 1ZW2 A; 2A0U A; 2MYS A; 1DOV A; 1B68 A; 2KGO A; 4MW8 A; 3TK0 A; 3W2W A; 3NYM A; 1T6U A; 3RYL A; 3WOD F; 4A4A A; 3ZDL A; 2J9B A; 3SXY A; 1T6I A; 1YDI A; 4PJN A; 3UMK A; 3X1O A; 1ZW3 A; 3NMI A; 4NTA A; 2YWA A; 4NTB A; 1GGQ A; 1F1M A; 1Y4C A; 4J32 B; 1E83 A; 2LFF A; 1D1A A; 1MND A; 4BEJ A; 1A7D A; 3UR3 C; 4JJF A; 1L7C A; 3O55 A; 5DS6 A; 3L8J A; 4AL0 A; 1TWG A; 4JE9 A; 3A9C A; 3KPH A; 3I4U A; 4AX2 A; 2IXP A; 2VAS A; 2WVN A; 2R02 A; 3HLZ A; 3SXZ A; 4H54 A; 2CCY A; 4J7Y A; 4IGG A; 4AL1 A; 4CS9 A; 1PCX A; 2AP3 A; 3TUL A; 4MVQ A; 1M56 C; 3RVZ A; 1ORS C; 1YAU O; 3FXH A; 3H2U A; 1YYX A; 2Y3H A; 4CIH A; 3RQG A; 2EIL C; 2PNO A; 4FES A; 3KYI A; 1FNT c; 1D1C A; 3S9O A; 1Q0F A; 2NUT A; 5JUA A; 1M2O A; 2YVK A; 2PX0 A; 3EJN A; 3NYJ A; 1RKE A; 4DVY P; 5L0I A; 2C04 A; 3M1C B; 1V74 B; 4IAO A; 4U5D E; 4WJ0 A; 5EHH A; 2XLH A; 2C03 A; 2W9Y A; 3EPV A; 3X2Q C; 2KNH A; 5E3A A; 1LE4 A; 3GEI A; 3NMK A; 3ECS A; 3POV A; 1BZ4 A; 4J30 B; 1VB5 A; 1KNY A; 3GEH A; 3L8I A; 2LSE A; 3NKD A; 3ZTM A; 4U9D A; 1EQ1 A; 4XEF A; 4EHP A; 1NBB A; 4CS7 A; 2CNW A; 3AG4 C; 3AQC A; 1BR4 A; 2XLD A; 3F46 A; 1C02 A; 3IQT A; 2J9W A; 3TJ5 A; 4Z9I A; 2GFH A; 1A7V A; 1QKR A; 4MS2 A; 1HY5 A; 3AGU A; 3HNI A; 5BQH A; 3LAY A; 4O7G A; 3GM2 A; 4WAB A; 2DYR C; 4CX9 A; 3NKE A; 2GWW A; 1VK5 A; 2HV6 A; 1VYK A; 2WVQ A; 3C8G D; 3NG1 A; 3DI5 A; 4O6Y A; 4P6I C; 1OKK A; 2ETS A; 2O9X A; 1H6G A; 2VH3 A; 4XTK A; 3U2M A; 3HKK A; 4DRI B; 2UUH A; 5T1D B; 5L0C A; 1ZU4 A; 2NPU A; 4PR9 A; 1OQC A; 1NU9 C; 1Z63 A; 2WB7 A; 4CSA C; 2EIJ C; 1D0Y A; 2PP4 A; 5KYX B; 2XLM A; 1AVO B; 4X0R A; 1J8M F; 3QW0 A; 4E0I A; 5A6B A; 1NU7 D; 4KBL A; 1W2W A; 2H7O A; 4MND A; 5E33 A; 1M2V B; 1TQG A; 4ONS A; 4EWC A; 1WAT A; 4XWJ A; 3G4Z A; 4P9F A; 5TJ5 E; 3VAY A; 2A6H F; 1MMD A; 3SZR A; 2W45 A; 4YL3 A; 3M79 A; 1YZA A; 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4Q5S F; 1MMA A; 1ZHT A; 2L9J A; 3S29 A; 4AE4 A; 3Q6M A; 3AOU A; 3S27 A; 2DB4 A; 1GQA A; 2XL4 A; 3ZQY A; 2X51 A; 4IRU A; 1M57 C; 2NUP B; 1SMY F; 4O6N A; 2R05 A; 4CS8 A; 4C7O A; 1JPN A; 2ZXR A; 1YVI A; 2IYL D; 2OG2 A; 2YHS A; 3OEO A; 1G5Z A; 4CJO A; 1WTY A; 2XXA A; 1KTM A; 3C63 A; 3GM3 A; 1AEP A; 1JAF A; 5L3V A; 4JC7 A; 4LDK A; 2LCH A; 3E70 C; 4JUR I; 4XQ1 A; 4LDR A; 3WG7 C; 3QVY A; 5IY5 C; 5BQI A; 3UGP A; 1VYI A; 3LNM B; 4YL1 A; 1M6T A; 4GQH A; 4E7S A; 2W4M A; 2AVK A; 5KYX A; 1YZC A; 2CGE A; 1LS4 A; 1BR1 A; 3RW0 A; 2V3C C; 1D0Z A; 1ZYR F; 3ZTZ A; 4DRJ B; 1R5I D; 4ULV A; 3U3F A; 2HZ8 A; 1TFK B; 5KYU B; 2LIG A; 2OU6 A; 1C03 A; 2YLD A; 2YL3 A; 3JRT A; 4M63 A; 4P9T A; 3B0U X; 4MTO A; 1ZZP A; 3K6B A; 1WN0 A; 2FAP B; 3DD7 A; 3DAG A; 3GAN A; 5DS4 A; 3EH2 A; 1OW6 A; 2LQG A; 3FAP B; 3LNR A; 3QVZ A; 3NDB B; 5F5H A; 3GEE A; 2IXN A; 5E2Q A; 3VYW A; 2KYH A; 2NG1 A; 4ANJ A; 3ABK C; 4I3M A; 5JRA A; 3LS0 A; 3ABL C; 1WAS A; 2Y69 C; 3G50 A; 1MQV A; 3U9M A; 2R7V A; 3RQF A; 2HKV A; 1OCZ C; 1CGN A; 2LD6 A; 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