The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
|
sequence length |
114
|
structure length |
114
|
Chain Sequence |
MNTDVLNQQKIEELSAEIGSDNVPVLLDIFLGEMDSYIGTLTELQGSEQLLYLKEISHALKSSAASFGADRLCERAIAIDKKAKANQLQEQGMETSEMLALLHITRDAYRSWTN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure and dynamics of LuxU from Vibrio harveyi, a phosphotransferase protein involved in bacterial quorum sensing.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phosphorelay protein luxU
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Vibrio harveyi
|
| total genus |
34
|
| structure length |
114
|
| sequence length |
114
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01627 | Hpt | Hpt domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | HPT domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BDJ B; 1Y6D A; 1OXB A; 1TQG A; 1SR2 A; 1I5N A; 1C03 A; 1YVI A; 3MYF A; 4PAC A; 1WN0 A; 2LD6 A; 2OOC A; 1QSP A; 3KYJ A; 2Q4F A; 4EUK B; 2R25 A; 1OXK A; 3KYI A; 3U3B A; 4G78 A; 2LP4 A; 2A0B A; 1A0B A; 1C02 A; 3US6 A; 2LCH A; 3IQT A; 1FR0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZHX A; 4CDV A; 1OCR C; 2Q9B A; 3A9C A; 3O6X A; 5FZT A; 3Q6M A; 4DRJ B; 1NSG B; 4MVS A; 4Z9J A; 1TWA A; 3EG9 A; 2J9V A; 1N1C A; 4X0R A; 1OW6 A; 3DXJ F; 5JRA A; 1VK5 A; 4BJ1 A; 5GPG B; 3LNM B; 2AVK A; 1NU9 C; 2YKZ A; 1Z63 A; 2R7U A; 3A11 A; 2J46 A; 4LLE A; 5HSW A; 3EH2 A; 3RKO F; 1TWC A; 3WAQ A; 5D91 A; 1LPE A; 1OCC C; 2EIN C; 2B0H A; 3LNR A; 1Y4C A; 3EZI A; 1AVO B; 4XPY A; 1H9T A; 1EI7 A; 2JX0 A; 2O9X A; 3PMR A; 3R2P A; 4WGY A; 2CCY A; 3GEH A; 4CIH A; 3GAN A; 4MVR A; 1QLE C; 3LLI A; 3Q7L A; 4XPW A; 2XLV A; 4AX2 A; 3I5Q A; 4HE8 D; 4AL0 A; 3TJ5 A; 1FMW A; 1ZZP A; 3GM1 A; 1PD0 A; 5E33 A; 2PF4 E; 4EBK A; 2XLE A; 1A41 A; 4BJ5 A; 3KKB A; 4BJ6 A; 5A6B D; 3EQL F; 5KYU B; 5A69 A; 4JCH A; 5JSL A; 1YVI A; 2HUJ A; 1E84 A; 4C7O A; 2H7O A; 3VYW A; 2GFH A; 3M1C B; 3C8G A; 3JYH A; 3VM6 A; 4BPM A; 3T9O A; 1GS9 A; 4CS9 A; 5L0C A; 1JPN A; 2Q9C A; 1YA7 O; 5EGY A; 2GDC A; 5CI9 A; 3ZWI A; 3RFY A; 5KYY B; 4N6H A; 3B0P A; 2OKU A; 3U3B A; 3QW1 A; 3MFN A; 4XQ1 A; 2ZPA A; 3SXZ A; 5DS4 A; 3OA1 A; 4PJM A; 2A0B A; 2XLM A; 2CGE A; 4JEB A; 5CIV A; 5KYX A; 4GQH A; 4HFF B; 3IEE A; 1OKK A; 4LER A; 3UMH A; 2XXA A; 3FVY A; 3O10 A; 2XLW A; 1ST6 A; 3AGT A; 2VAS A; 2IXN A; 1CGM E; 5B1B C; 3UMI A; 1ZHW A; 1G8X A; 3L8I A; 2ZXR A; 4MND A; 4GEH A; 2Y69 C; 1TQG A; 4YT5 A; 5D92 A; 4EHP A; 4YT4 A; 3L8J A; 2MYS A; 1LS1 A; 2OEV A; 1YDI A; 2HJM A; 3RF3 A; 2LD6 A; 2VCA A; 1ZVZ A; 1Q0G A; 2YRF A; 4NTA A; 3ZVR A; 3JRM O; 5A6J A; 4MQ9 F; 2A1D D; 1RJ9 A; 1OCO C; 2X51 A; 1OXK A; 3DD7 A; 4U5F E; 1MND A; 1RXQ A; 3AQC A; 3S28 A; 5L0I A; 4O6N A; 1XZP A; 3QVZ A; 3HNK A; 3LS0 A; 2FFH A; 5E3A A; 1TFK B; 3AG4 C; 3H65 A; 4OIQ F; 1CPR A; 3RQG A; 5B3S C; 4CJG A; 2OEX A; 2YL0 A; 1YYX A; 4I1O B; 1R5I D; 3K6B A; 2VCB A; 2VCC A; 3I4U A; 1BDJ B; 1EA8 A; 2HJ3 A; 1L7C A; 1M6T A; 5BUO A; 1ZHT A; 1QZX A; 2EIM C; 2WZF A; 1MQV A; 4OIP F; 2YLI A; 3RVY A; 2TMV P; 2EPL X; 2IYL D; 4CJO A; 2QY9 A; 4U5E E; 4Q7C A; 1O3U A; 3GEE A; 2NUT B; 4K1O A; 2J8W A; 2NSF A; 2Y3H A; 3V5Z A; 3TUL A; 4YWQ A; 4I3M A; 5JT4 A; 4J7T A; 4YJW A; 2KK1 A; 4H4K C; 1JPJ A; 2IXO A; 2D5R B; 4JJG A; 3JSZ A; 3KYI A; 4U5G A; 3SXM A; 4G78 A; 4UDV A; 3MX3 A; 3PDM P; 4G7O F; 1TFO B; 5F5F A; 1ORY A; 2GWW A; 3JZ0 A; 3POV A; 2IM8 A; 4U5B E; 1Q0K A; 2Q7R A; 4CS8 C; 2J45 A; 4JJF A; 1E85 A; 3T4R A; 4FAP B; 1J8M F; 1ZYR F; 2GA0 A; 2LFD A; 4NTB A; 5KYU A; 3VRC A; 1HY5 A; 1FR0 A; 2DYR C; 4CSA C; 4KI2 A; 4MVQ A; 1FMV A; 2ETS A; 1IW7 F; 2L6F A; 1QPU A; 1SF8 A; 2IXP A; 5T3T A; 1OXB A; 4IWB A; 4CBE A; 3B0V C; 2ASR A; 3IQ5 A; 5T3W A; 5FCL A; 1VTM P; 4MVZ A; 1XZQ A; 3T6B A; 1YZC A; 3MYF A; 2R7Q A; 4E0I A; 3C8Z A; 1E83 A; 4XEF A; 4M63 A; 1HE9 A; 1QSP A; 4JZA A; 4IAQ A; 3V7O A; 1T6U A; 4DXW A; 3TD7 A; 5B3I A; 1QVX A; 1PV3 A; 2PBE A; 4OIO F; 2BL2 A; 1OR2 A; 2UUI A; 3RQE A; 2WVO A; 1K05 A; 4ANJ A; 4XLN F; 1ZU4 A; 4N4W A; 4F4B A; 3EZH A; 5E2Q A; 1NG1 A; 4C3E A; 1NU7 D; 3EHM A; 3EGD A; 1V74 B; 4JIO A; 3WOD F; 2R7V A; 4WGZ A; 1T9K A; 3U9J A; 3B0U X; 3NDB B; 4C3D A; 4OD5 A; 4HEA J; 2A69 F; 4XWJ A; 2J9W A; 3ZTZ A; 5DS6 A; 2EIL C; 2C03 A; 1SMY F; 3FOO A; 4LAC B; 3HNJ A; 2Y3D A; 2EPK X; 3TOL A; 3HNI A; 4AE4 A; 1DOW A; 2RD9 A; 3LEV A; 2W4M A; 1D1A A; 1V54 C; 5F28 E; 1QQ3 A; 1APC A; 1K04 A; 3U5S A; 2R25 A; 1BR1 A; 2HV6 A; 3QVY A; 2R7O A; 3DWW A; 1LI7 A; 1Z3I X; 3HTK C; 2R7T A; 4JVS A; 1BZ4 A; 4NY3 A; 3RH3 A; 1A0B A; 4OD4 A; 4AL1 A; 3HJC A; 3Q6N A; 4MTF A; 5AC4 A; 2XM4 A; 4NQF A; 3E9V A; 1FTS A; 2P6V A; 4MW3 A; 3QW0 A; 1Q0D A; 3KMI A; 4G0H A; 4WJ0 A; 2ICW G; 4XTK A; 4NTF A; 3S29 A; 1M2V B; 2R05 A; 5L3Q A; 4JC7 A; 1HMD A; 2M4E A; 2OG2 A; 4E7S A; 4ER9 A; 2HMQ A; 1YYJ A; 1Z6A A; 3LLK A; 4LLC A; 4RD9 A; 3UNG C; 2CYD A; 4CSA A; 3KH2 A; 3W8H A; 2HKV A; 3DI5 A; 2PFD A; 4IRU A; 1ZW3 A; 4J30 B; 3KPH A; 1LS4 A; 1WOL A; 1WN0 A; 1VLS A; 2J7P D; 4L6R A; 2Q4F A; 3N0T A; 4EUK B; 2NUP B; 1M56 C; 3T6J A; 5JLI A; 2PX3 A; 3M15 A; 4YN0 B; 3FMS A; 4JW1 A; 1RKE A; 1U6H A; 2Q00 A; 1D1B A; 2P61 A; 1HW2 A; 4BEM J; 2F22 A; 3GM3 A; 2G62 A; 3DE9 A; 1JOG A; 3C63 A; 1KTM A; 4Q4Z F; 3WHN A; 3NMK A; 4EIY A; 3FDQ A; 2UUH A; 2KJG A; 3EGX B; 3JCU Q; 3NKE A; 3RW0 A; 3LJB A; 1MNE A; 2XL4 A; 3MBG A; 4BJ5 C; 1ORJ A; 4CDA A; 4PK4 A; 2R9R B; 1VYI A; 3H2V A; 3TJ6 A; 1B68 A; 3EFO A; 3W8I A; 2XLD A; 2YQY A; 3JT1 A; 2BE5 F; 3DJU B; 3V5X A; 1LKX A; 3U2L A; 4KC9 A; 5L3V A; 4DRH B; 4Q5S F; 1NBB A; 5KYW B; 2IBF A; 3DM9 B; 1YJG A; 2I8B A; 4CS9 C; 2G3K A; 3KYJ A; 2Y3G A; 3Q7G A; 5COG A; 4OIN F; 1CGN A; 2XLH A; 4ZLD A; 3K1I A; 4P9F A; 2HFI A; 4ZLC A; 4NCQ A; 2GAQ A; 5A6K A; 1LVK A; 3M4B A; 3HLZ A; 4E18 A; 2QNL A; 2XLO A; 3O55 A; 5BQH A; 5IY5 C; 4RDA A; 1SZI A; 1NFN A; 3PCV A; 3O39 A; 1TR2 A; 1ZHY A; 4O6M A; 3W2W A; 3DMD A; 1KU2 A; 3FHD A; 4OIR F; 3MYI A; 2A0U A; 3S9O A; 1I4Z A; 3EH1 A; 5COF A; 2H8A A; 4IB4 A; 4MVU A; 5JUA A; 5A6A A; 3OWT A; 2J9B A; 3ECS A; 1D0X A; 3S90 A; 3LAY A; 1H6G A; 4A4A A; 4I1M A; 4D4N A; 1FFT C; 4R32 A; 1PCX A; 3ZG1 A; 1LE4 A; 4AK9 A; 4U9D A; 1V55 C; 2OOC A; 2AWC A; 1Z5Z A; 3EG9 B; 4E0H A; 2EPO A; 2A68 F; 1LM3 B; 3BRJ A; 3WG7 C; 4CIP A; 2D4U A; 3QMK A; 1JR8 A; 1VB5 A; 5JS5 A; 3UMK A; 4YL1 A; 4B6I A; 1DOV A; 1FAP B; 1HE1 A; 2LP4 A; 4BEJ A; 3CEX A; 2J0W A; 1EKY A; 1O87 A; 3JTL O; 1OR3 A; 1C17 M; 1WTY A; 4FWV A; 4BG0 A; 3B71 A; 2WVN A; 3U3F A; 2CW0 F; 1CPQ A; 1ZHZ A; 4Z9I A; 3AJM A; 2EPN A; 4O7G A; 2CNW A; 3X2Q C; 3C7J A; 4Z9H A; 2EIK C; 4K0D A; 4MS2 A; 2LQG A; 4JEA A; 2NUP A; 1G4U S; 3G50 A; 4J7Y A; 5KYY A; 3FAP B; 2Y3B A; 2XS1 A; 5HV9 A; 2JPU A; 3K33 A; 1QKR A; 2Q3T A; 1Q0M A; 3SP1 A; 4IAR A; 2R7W A; 2XSE A; 1OW7 A; 3AG1 C; 2Q9A A; 4YL0 A; 4DBQ A; 1VOM A; 4C7O B; 3S27 A; 2R7S A; 2R02 A; 1TWH A; 3C8G B; 3FAJ A; 4KNV A; 3US6 A; 1V4A A; 2KSF A; 3NYJ A; 4WAB A; 3DJN B; 1AUE A; 2AP3 A; 3LEO A; 5L0D A; 2R7X A; 2P0N A; 1E86 A; 2XRH A; 2NG1 A; 1VLT A; 4RBN A; 2L6H A; 1AEP A; 4KNW A; 4E17 A; 1H7I A; 1YLM A; 1Y6D A; 4JKV A; 5EHH A; 5F5H A; 5KYX B; 5DS5 A; 2DI3 A; 4LDR A; 2VB6 A; 3IQC A; 4QI0 A; 2XXA B; 3ZDL A; 4I44 A; 3SNH A; 3UGP A; 1D0Z A; 2L81 A; 1JRA A; 3K1H A; 4PAC A; 2BC5 A; 2WVQ A; 4PJN A; 1S05 A; 1UFB A; 2Y39 A; 3BEH A; 4MVM A; 4EWC A; 2YVK A; 4XPX A; 4DVZ A; 1A7E A; 3K66 A; 2EPM X; 4ULW A; 1OW8 A; 2DGJ A; 3ABK C; 2YEV A; 3GOR A; 2HMZ A; 3M4C A; 1WGW A; 2NPU A; 3LUT B; 4CS7 A; 1U89 A; 4LDQ A; 3S84 A; 2QLA A; 3QZC A; 2IOQ A; 1GGQ A; 3C18 A; 2LCH A; 1BR4 A; 5COM A; 2YLG A; 1LI5 A; 3UR3 C; 2R7R A; 3TOM A; 2H7V C; 2W45 A; 2YL1 A; 1M2O A; 4P9T A; 4IJJ A; 1JMW A; 2NUT A; 1T01 A; 2KNH A; 2W9Y A; 4K7B A; 3U0C A; 5L0H A; 3OEO A; 3NYL A; 1YZA A; 4XLP F; 2YHS A; 1HW1 A; 1ZW2 A; 1WAS A; 3HNL A; 3RYL A; 3B29 A; 4IAO A; 2KYH A; 3F47 A; 2I15 A; 2J0X A; 2L6G A; 3GEI A; 5JVE A; 1PD1 A; 3ZIB A; 2OU6 A; 2YL3 A; 3NRH A; 4DOZ A; 4YT2 A; 4ONS A; 1T5O A; 1VMA A; 3CZ6 A; 1M57 C; 3JYY A; 4FES A; 3NKD A; 2WL8 A; 3MLG A; 2V3C C; 1NLX A; 4MW8 A; 1VYK A; 256B A; 2CDQ A; 2P7V A; 4U9E A; 5EK0 A; 3C8G D; 1S7Z A; 2V26 A; 3SZR A; 5A6B A; 2QUP A; 1YA9 A; 3L34 A; 2B0J A; 1HMO A; 5L0J A; 4MTG A; 4GYT A; 4DJ9 A; 2J7P A; 3TK0 A; 1FNT c; 1BR2 A; 5AGF A; 3RIP A; 1MMA A; 4BJ6 C; 2WZL A; 3CSK A; 2EIJ C; 3U2M A; 3DM5 A; 1SR2 A; 1OKK D; 2YZS A; 1Q0F A; 1Z23 A; 2ZXO A; 3DKA A; 1LIH A; 4W8P A; 4U5H A; 4XEK A; 4DVY P; 5AC5 A; 1T6I A; 2MHR A; 3K7D A; 5E3C A; 2P1A A; 1GM5 A; 3R7C A; 1OCZ C; 1D0Y A; 1ZU5 A; 4IGG A; 2G3V A; 1W2W A; 2IXM A; 3L0I A; 4ULV A; 3SYN A; 5DLJ A; 2M64 A; 5JP7 A; 1F1M A; 1L3P A; 3RVZ A; 2PNO A; 3GOD A; 4U5C E; 1IZM A; 3J06 A; 1RCP A; 2NSG A; 1T6Q A; 4PFO A; 1C02 A; 2FGY A; 3DZA A; 1NZE A; 4CX9 A; 3RQF A; 2WZG A; 3IPM O; 1WAT A; 3JRT A; 4JCZ A; 5L0F A; 2JD3 A; 1J8Y F; 3IQT A; 4U5D E; 3FOP A; 3KL4 A; 2ZD9 A; 1A7V A; 4CDY A; 4W8K A; 2HV7 A; 3SXK A; 3FXH A; 5BQI A; 2WB7 A; 1Z7Q c; 3PHF 2; 3SEO A; 2ZXW C; 1R4T A; 4PR9 A; 4YK5 A; 3SXY A; 3EGD B; 3U9M A; 3V5Y A; 3ZQV A; 1I5N A; 3B9Q A; 4EBJ A; 3UGO A; 2FAP B; 2RSE B; 3HKK A; 3LS1 A; 1XWJ A; 4P6I C; 4JTC B; 4QDL A; 4PJJ A; 1O5H A; 3ZC4 A; 4DRI B; 4BJT A; 2C04 A; 2HS5 A; 2AU5 A; 3K1I C; 2OQM A; 5DQT A; 5DVW A; 2R03 A; 3QTH A; 4AE4 B; 2H7B A; 2W4B A; 5CI8 A; 2X0C A; 3VAY A; 3CQZ A; 2KQ9 A; 3U8P A; 4HFK B; 1M2V A; 4PFP A; 4CS8 A; 3W2V A; 3EJN A; 5KYN A; 5T1D B; 3T6G B; 3NMI A; 4KBL A; 3JSE O; 3U8V A; 1U0B B; 4PJL A; 3DE8 A; 2KC3 A; 1UG7 A; 3F46 A; 2LFF A; 2VC9 A; 3AGU A; 3GM2 A; 1G4W R; 2PX0 A; 2YWA A; 4JTA B; 2OJE D; 1K40 A; 3L1M A; 4N06 A; 3N24 A; 2ZXP A; 4YT8 A; 3AQB A; 4E7Z A; 1C03 A; 1FFH A; 2HSQ A; 2LK4 A; 1ORS C; 2XM0 A; 4O79 A; 1D1C A; 1WWP A; 3ABL C; 4NC3 A; 4O6Y A; 3LES A; 4YL3 A; 2A6E F; 3S0X A; 1I4Y A; 2CNW D; 2HZ8 A; 4JUR I; 4G7Z F; 4XEV A; 3TQO A; 4MTO A; 1SYQ A; 3ATP A; 1A7D A; 4C3B A; 3ZSU A; 1G5Z A; 2MWQ A; 5L0G A; 2L7A A; 3ASO C; 3G4Z A; 2L9J A; 2PP4 A; 3H2U A; 3X1O A; 4EBB A; 3EGX A; 4JTD B; 3AOU A; 3GWL A; 5BQG A; 1LE2 A; 2XL8 A; 3ZQY A; 4JRZ A; 3EPV A; 1H9G A; 2A6H F; 3N2Z B; 2AWY A; 1CGO A; 2XL6 A; 5DQZ A; 3NMJ A; 1RKE B; 2DB4 A; 2OJQ A; 2VH3 A; 3M79 A; 4J32 B; 3W4Y A; 2J9U A; 3ITF A; 1OQC A; 2XS8 A; 3C62 A; 5TJ5 E; 2YL7 A; 3ZTM A; 1GQA A; 2YLD A; 4D4X A; 5KYW A; 4G7H F; 1MMN A; 1EQ1 A; 4QI2 A; 1E2X A; 3IQ6 A; 5K0I A; 1RKC A; 1RMV A; 1TKN A; 2Z15 A; 3ASN C; 2KGO A; 1YAR O; 4H54 A; 2KW3 C; 4N6C A; 3EFO B; 2LIG A; 2QTV A; 3EHN A; 3CAX A; 3GWN A; 4MVO A; 3IHU A; 4A2N B; 1TWG A; 3VF0 A; 1MMG A; 2DYS C; 2E87 A; 3NYM A; 1KNY A; 4LDK A; 1MMD A; 3DAF A; 3ABM C; 2HSB A; 1NFO A; 1YAU O; 4FX5 A; 5B1A C; 4DBR A; 1BBH A; 3AG2 C; 3DAG A; 1RJ9 B; 3G4X A; 3AG3 C; 2OCC C; 1JAF A; 3I5P A; 3NG1 A; 2LSE A; 4EKW A; 2QE9 A; 3E70 C; 4JE9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1BDJ B; 1Y6D A; 1OXB A; 1TQG A; 1SR2 A; 1I5N A; 1C03 A; 1YVI A; 3MYF A; 4PAC A; 1WN0 A; 2LD6 A; 2OOC A; 1QSP A; 3KYJ A; 2Q4F A; 4EUK B; 2R25 A; 1OXK A; 3KYI A; 3U3B A; 4G78 A; 2LP4 A; 2A0B A; 1A0B A; 1C02 A; 3US6 A; 2LCH A; 3IQT A; 1FR0 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
