The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
160
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structure length |
160
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Chain Sequence |
AYNPITPSKLIAFSASYVPVRTLLNFLVASQGTAFQTQAGRDSFRESLSALPSSVVDINSRFPDAGFYAFLNGPVLRPIFVSLLSSTDTRNRVIEVVDPSNPTTAESLNAVKRTDDASTAARAEIDNLIESISKGFDVYDRASFEAAFSVVWSEATTSKA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure determination of cucumber green mottle mosaic virus by X-ray fiber diffraction. Significance for the evolution of tobamoviruses.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Virus
|
| source organism |
Cucumber green mottle mosaic virus
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| molecule keywords |
RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
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| total genus |
18
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| structure length |
160
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| sequence length |
160
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1993-11-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| E | PF00721 | TMV_coat | Virus coat protein (TMV like) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Tobacco mosaic virus-like, coat protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1EI7 A; 1VTM P; 2TMV P; 3J06 A; 1RMV A; 4GQH A; 4UDV A; 1CGM E; 3PDM P; #chains in the Genus database with same CATH topology 5B1B C; 2R7V A; 3TOL A; 4F4B A; 4WGY A; 2IXP A; 4PJL A; 3DWW A; 4JCZ A; 3V5X A; 3Q7L A; 2J9B A; 3C8G A; 3U8P A; 3UGP A; 3L1M A; 5KYX B; 3CAX A; 3EHM A; 3WHN A; 3TUL A; 1K05 A; 5L0C A; 2XXA B; 5A69 A; 4PR9 A; 3W4Y A; 1TWC A; 4MVS A; 4JUR I; 5BQH A; 3ITF A; 2NG1 A; 4G7O F; 2H7B A; 3EFO B; 2OU6 A; 3AQC A; 3K66 A; 4P9F A; 4E0I A; 2ASR A; 3ATP A; 3G4Z A; 4P9T A; 3U3B A; 3UMI A; 2H8A A; 3GAN A; 4O6Y A; 4Z9H A; 1VOM A; 1M2V B; 4O7G A; 1NZE A; 1OXK A; 2M4E A; 3QTH A; 3V5Y A; 4AL1 A; 4ER9 A; 2QTV A; 2KJG A; 2HSQ A; 3NMK A; 5IY5 C; 4ANJ A; 3E70 C; 3NDB B; 5DS4 A; 1E2X A; 2LP4 A; 4KI2 A; 3KYI A; 4HEA J; 2FAP B; 3ABL C; 1G4W R; 3T9O A; 1YA7 O; 1LM3 B; 2RSE B; 2OEV A; 1YVI A; 4K0D A; 1MMD A; 3H65 A; 1WTY A; 4CS8 C; 2HV6 A; 1OCR C; 1L7C A; 2Y39 A; 2WZG A; 2YL0 A; 3KL4 A; 3Q7G A; 3JT1 A; 3X2Q C; 3GEI A; 3B9Q A; 1D0X A; 1YAU O; 2AU5 A; 3IHU A; 3OEO A; 3ZWI A; 2X0C A; 4NTF A; 3U9J A; 1VK5 A; 4LDR A; 5JSL A; 3RQF A; 3AGU A; 2DI3 A; 5JP7 A; 2QE9 A; 2R7T A; 5JS5 A; 4OIN F; 3GM2 A; 3A11 A; 4BPM A; 4YT8 A; 1WN0 A; 2QLA A; 4IJJ A; 1HY5 A; 1Z5Z A; 3HKK A; 5F5F A; 1I4Z A; 1T6I A; 1LVK A; 3AJM A; 4X0R A; 2HKV A; 1ZU4 A; 1E84 A; 5KYX A; 1LKX A; 4WGZ A; 3JSE O; 1TKN A; 1H9T A; 2OQM A; 3FXH A; 3B71 A; 4PJN A; 1Z63 A; 2CDQ A; 2MWQ A; 1EQ1 A; 1OCC C; 1EA8 A; 3SEO A; 4OD4 A; 4OD5 A; 3IQC A; 4YL0 A; 4LDK A; 5CI8 A; 3EFO A; 5COM A; 3LS0 A; 4JKV A; 3B29 A; 5KYU A; 5DS5 A; 2PP4 A; 3LLI A; 5JRA A; 1NU9 C; 1J8M F; 2H7V C; 2Q3T A; 3I5Q A; 1RJ9 B; 2R05 A; 3UNG C; 3OWT A; 4PJM A; 1GS9 A; 3S9O A; 4D4X A; 4MQ9 F; 5CI9 A; 5AGF A; 1MMA A; 4NC3 A; 4U5D E; 2V26 A; 4RDA A; 4O6N A; 1OW7 A; 4IAR A; 4Q7C A; 4XLN F; 3MLG A; 3LEV A; 2JD3 A; 2UUI A; 3HNL A; 4MVR A; 2EIJ C; 5A6K A; 1RKC A; 4AE4 B; 3C63 A; 1PV3 A; 1QPU A; 2HSB A; 2WVN A; 4OIP F; 1WWP A; 5BUO A; 2HZ8 A; 5GPG B; 3W8I A; 2L6F A; 3TJ5 A; 2WL8 A; 1M57 C; 1A41 A; 2ZD9 A; 3SXK A; 1C02 A; 2HS5 A; 3M1C B; 4H54 A; 4MVQ A; 4YT4 A; 3DZA A; 2CNW D; 2EPN A; 4MND A; 3SNH A; 4Z9I A; 2X51 A; 3W2W A; 2G3V A; 1RXQ A; 1HMO A; 1DOW A; 4PAC A; 2CCY A; 1V4A A; 3L8J A; 2PF4 E; 2LFD A; 1PD1 A; 4JE9 A; 4O79 A; 3ZSU A; 3RFY A; 5T1D B; 2GA0 A; 3LNM B; 1A7E A; 2XL4 A; 3A9C A; 3EG9 B; 3MYI A; 1OR2 A; 4KNV A; 1JPN A; 2JX0 A; 3EGX A; 3SP1 A; 2Q00 A; 2QNL A; 1ZHY A; 3AGT A; 3IQ5 A; 1Q0F A; 4BEJ A; 4EBJ A; 1OCO C; 3IPM O; 4G78 A; 3T6J A; 4DRH B; 3M4C A; 2JPU A; 2LD6 A; 1E85 A; 4JC7 A; 4G7Z F; 2FFH A; 1NFN A; 1VYK A; 1VLT A; 2DB4 A; 3PCV A; 5T3W A; 3N0T A; 4WAB A; 3S29 A; 3ASN C; 3SXM A; 5JVE A; 4JVS A; 3GWL A; 3UR3 C; 3EGD B; 1CGO A; 1M2O A; 1D0Y A; 1V55 C; 5B3I A; 3NMJ A; 4DBR A; 2R9R B; 4GQH A; 4K7B A; 4DXW A; 1RJ9 A; 1SF8 A; 2IXO A; 4LER A; 3SYN A; 4LLE A; 5DS6 A; 3WG7 C; 3JYH A; 1ZU5 A; 1MQV A; 3ZDL A; 3S90 A; 3U0C A; 1YZC A; 1CPR A; 1ZHW A; 4JEA A; 4OIR F; 3JRT A; 4HE8 D; 3T6B A; 3VAY A; 3KMI A; 1CGM E; 2LK4 A; 2J0X A; 2WZL A; 1LS4 A; 4AE4 A; 1TQG A; 4FX5 A; 2WVQ A; 2YWA A; 1R4T A; 4XEK A; 5DLJ A; 4JZA A; 3NMI A; 2XLE A; 4O6M A; 2YKZ A; 4YK5 A; 2XM4 A; 4BJ6 C; 3S28 A; 1SMY F; 2XM0 A; 4RD9 A; 4W8K A; 3EJN A; 2GFH A; 3NYJ A; 1W2W A; 1B68 A; 4CDV A; 4MTF A; 3SXZ A; 2LQG A; 4U5F E; 4BEM J; 1TWG A; 2FGY A; 1C17 M; 1XZP A; 1FAP B; 1SZI A; 3KPH A; 2AWY A; 2VCC A; 2XL8 A; 4L6R A; 4YL1 A; 2NPU A; 2YL7 A; 4NTA A; 5D91 A; 2OOC A; 3RH3 A; 5A6B D; 1PCX A; 1G4U S; 4N06 A; 1QSP A; 2W45 A; 3K1I C; 3NYM A; 3O6X A; 1QKR A; 4I1O B; 2J9W A; 4YWQ A; 2BE5 F; 4XEV A; 1Q0D A; 3CQZ A; 3WAQ A; 4CBE A; 5L0D A; 1FMV A; 2J9V A; 3M79 A; 1A0B A; 1J8Y F; 4ULW A; 3NKD A; 4HFK B; 4BG0 A; 2AVK A; 4I44 A; 3U5S A; 2P1A A; 3I5P A; 4CX9 A; 1GM5 A; 1IW7 F; 2L81 A; 2MYS A; 3EGD A; 2ZXO A; 3KYJ A; 3L8I A; 4WJ0 A; 5EK0 A; 4CDY A; 4FAP B; 2A0U A; 1D0Z A; 3J06 A; 4G7H F; 5JT4 A; 3OA1 A; 4N4W A; 4JRZ A; 3EZH A; 2L6H A; 4R32 A; 3DM9 B; 2J46 A; 1TFO B; 4JTA B; 5DVW A; 2HFI A; 1NLX A; 3AOU A; 3NKE A; 4JCH A; 3U2L A; 3EHN A; 4CS7 A; 4AX2 A; 2KNH A; 1SR2 A; 1U6H A; 1EI7 A; 3LEO A; 4J7Y A; 1HW2 A; 1UG7 A; 2C03 A; 3DI5 A; 1LI7 A; 2R7S A; 2A6E F; 2R7U A; 3RF3 A; 4DVZ A; 2Q9B A; 2VC9 A; 3AQB A; 2I8B A; 2CNW A; 4J32 B; 3O55 A; 1DOV A; 1ZW2 A; 1JMW A; 1KU2 A; 1T6U A; 1WAS A; 5E3C A; 3X1O A; 3AG4 C; 5CIV A; 4U9D A; 5HSW A; 3MBG A; 5L0J A; 4MTO A; 4ULV A; 2L9J A; 4G0H A; 3ABK C; 4KBL A; 1NSG B; 2PX3 A; 1U0B B; 4CDA A; 1S05 A; 2LFF A; 3US6 A; 2R7X A; 2EPM X; 2IBF A; 1OCZ C; 2KYH A; 4YJW A; 4YT5 A; 1BR1 A; 2BL2 A; 1I4Y A; 3U9M A; 4EBK A; 1MNE A; 3NG1 A; 1APC A; 2UUH A; 2XXA A; 4EBB A; 3GEE A; 1LPE A; 1FTS A; 2B0J A; 1E86 A; 4UDV A; 1AUE A; 4HFF B; 2KW3 C; 2XS1 A; 3C62 A; 4KC9 A; 3BEH A; 4JJG A; 4PK4 A; 2KQ9 A; 1ORJ A; 4MVZ A; 1Q0M A; 4D4N A; 4OIQ F; 2Y3G A; 2NUT B; 4MTG A; 4C7O B; 3SZR A; 1M2V A; 4BJT A; 2XL6 A; 3G50 A; 3B0V C; 2VH3 A; 3U3F A; 1OR3 A; 4XQ1 A; 1OXB A; 4LLC A; 3KKB A; 4EKW A; 1L3P A; 3K33 A; 3V7O A; 4QI2 A; 2H7O A; 4U5C E; 2YVK A; 3UMH A; 4BJ5 A; 2PX0 A; 3ASO C; 1VYI A; 2VCA A; 5A6J A; 3U2M A; 3DAG A; 4Z9J A; 1WOL A; 2OG2 A; 4MW3 A; 3IEE A; 3KH2 A; 2AWC A; 2EIN C; 2VCB A; 1CGN A; 5T3T A; 3U8V A; 1MMN A; 2L6G A; 4U9E A; 5KYN A; 2A0B A; 2W9Y A; 2YRF A; 2A6H F; 3FAP B; 1QLE C; 1CPQ A; 1OQC A; 2W4M A; 5KYW B; 1XWJ A; 1FFT C; 3VM6 A; 2YL1 A; 1ZHT A; 5BQI A; 2P61 A; 1U89 A; 3QVZ A; 3C8Z A; 1OKK D; 3DJU B; 3MYF A; 4C3E A; 3FOO A; 4CS9 A; 4N6C A; 4C3B A; 2YZS A; 4DJ9 A; 3S0X A; 3FMS A; 3RQE A; 2Q9A A; 4E7Z A; 1ZZP A; 1OW6 A; 3MX3 A; 2IXM A; 1LI5 A; 1QZX A; 4DBQ A; 4ZLC A; 1V54 C; 1QVX A; 5A6B A; 2VB6 A; 2R7W A; 3FVY A; 1N1C A; 3ZVR A; 3HNK A; 2KSF A; 4JTD B; 1T6Q A; 1Y4C A; 3GOD A; 5KYY A; 5AC4 A; 2XS8 A; 1JPJ A; 1R5I D; 1YAR O; 4J30 B; 4OIO F; 3RVZ A; 3NYL A; 4U5G A; 3H2V A; 2NUP B; 1YA9 A; 1LIH A; 2CGE A; 1NG1 A; 3ZTM A; 1XZQ A; 3AG1 C; 4MW8 A; 4JIO A; 3C8G B; 1WAT A; 2M64 A; 4E0H A; 1V74 B; 2A68 F; 5COF A; 4CSA A; 2EPO A; 4PFO A; 4CIH A; 1Q0K A; 2ICW G; 2Q9C A; 2RD9 A; 1NU7 D; 2Y3B A; 1BR2 A; 4I3M A; 2DGJ A; 3QMK A; 2P7V A; 3BRJ A; 1ZW3 A; 4XPY A; 4A4A A; 2D4U A; 2IYL D; 3JYY A; 1H7I A; 1VMA A; 1PD0 A; 2EIL C; 3QZC A; 5D92 A; 4DRI B; 3FDQ A; 4CSA C; 2V3C C; 1GQA A; 4K1O A; 1LE2 A; 3JRM O; 2DYS C; 1D1C A; 2J9U A; 3FOP A; 3DAF A; 5L0I A; 4RBN A; 2VAS A; 3JSZ A; 1MND A; 4Q5S F; 4FWV A; 4MVU A; 5FCL A; 2YLG A; 2YL3 A; 2ZXP A; 3EH2 A; 2J7P A; 4DRJ B; 1BR4 A; 3EG9 A; 2YHS A; 3FHD A; 3V5Z A; 4KNW A; 4IB4 A; 1ZHX A; 3ABM C; 4CS8 A; 3RQG A; 3VF0 A; 1KNY A; 1AVO B; 1M6T A; 1SYQ A; 3UGO A; 5AC5 A; 1TWA A; 1Z23 A; 3LAY A; 3O10 A; 2A69 F; 3HTK C; 4JW1 A; 1JR8 A; 1I5N A; 1BBH A; 2XLV A; 4JEB A; 1TWH A; 4YN0 B; 4A2N B; 3Q6M A; 4YT2 A; 5L3Q A; 3LES A; 2EIK C; 1YYX A; 2L7A A; 2NUP A; 2R03 A; 1HE9 A; 3ZQV A; 2GWW A; 2GDC A; 5B1A C; 3AG3 C; 1FFH A; 1O5H A; 1T5O A; 2KGO A; 5A6A A; 4QI0 A; 3GM3 A; 1ST6 A; 1YYJ A; 2PBE A; 3L0I A; 4JJF A; 1O3U A; 1ORS C; 3MFN A; 4N6H A; 2YQY A; 4XPX A; 4GEH A; 3B0P A; 3DE8 A; 3HLZ A; 4P6I C; 2Y3H A; 2YLD A; 3K7D A; 4JTC B; 3ZC4 A; 1F1M A; 2WB7 A; 2R7O A; 5KYU B; 2OJE D; 3LJB A; 2MHR A; 4CJO A; 4MVM A; 3GEH A; 5JUA A; 5L0H A; 3LNR A; 4ONS A; 2A1D D; 1AEP A; 2P6V A; 1Z3I X; 4GYT A; 1LE4 A; 1WGW A; 5HV9 A; 2BC5 A; 3RVY A; 1ZHZ A; 2HJ3 A; 3ZTZ A; 2KK1 A; 3DM5 A; 2EPL X; 2LIG A; 4E17 A; 2CW0 F; 1OKK A; 3ECS A; 1KTM A; 2J7P D; 2LCH A; 3H2U A; 2WVO A; 3JZ0 A; 3RW0 A; 2F22 A; 2HMQ A; 2G62 A; 2PNO A; 3ZG1 A; 1VLS A; 2XLW A; 3CEX A; 5DQT A; 2OEX A; 1M56 C; 5BQG A; 3B0U X; 3UMK A; 5FZT A; 4Q4Z F; 3EH1 A; 3O39 A; 3LS1 A; 2D5R B; 4XLP F; 2EPK X; 2OJQ A; 3DE9 A; 1FR0 A; 2R7R A; 2DYR C; 4CJG A; 1C03 A; 2EIM C; 2XSE A; 3DXJ F; 2YLI A; 3M4B A; 2HJM A; 2R7Q A; 3JCU Q; 5L0F A; 3C8G D; 4XEF A; 1D1B A; 2XLH A; 2J8W A; 2ZXW C; 2I15 A; 3C7J A; 4PFP A; 3EGX B; 4XPW A; 1YLM A; 3FAJ A; 1HW1 A; 2Q4F A; 3PMR A; 4EUK B; 2HUJ A; 4B6I A; 3TQO A; 3M15 A; 1LS1 A; 4IAQ A; 2W4B A; 1RKE B; 1JRA A; 3EQL F; 3F47 A; 4LAC B; 2J45 A; 3CZ6 A; 2P0N A; 3N24 A; 5F5H A; 2IXN A; 1ZYR F; 2Q7R A; 1JAF A; 3LUT B; 5E2Q A; 3R7C A; 2LSE A; 2NSG A; 1Z7Q c; 3Q6N A; 3DKA A; 3RKO F; 3PHF 2; 3TK0 A; 4W8P A; 1S7Z A; 1Q0G A; 5F28 E; 4AL0 A; 5L0G A; 1O87 A; 4M63 A; 3DMD A; 5EHH A; 1TR2 A; 4DOZ A; 4DVY P; 4MS2 A; 3JTL O; 3E9V A; 3I4U A; 1YJG A; 3GOR A; 3K1H A; 1YZA A; 4IGG A; 3ZQY A; 2KC3 A; 2O9X A; 4CIP A; 2E87 A; 2B0H A; 3G4X A; 3IQ6 A; 4MVO A; 4PJJ A; 3VRC A; 2TMV P; 1ORY A; 2HV7 A; 2XLD A; 1K40 A; 4NQF A; 2OKU A; 1OW8 A; 5DQZ A; 4IRU A; 5COG A; 3QW1 A; 4J7T A; 5TJ5 E; 4I1M A; 4BJ6 A; 1H6G A; 4H4K C; 2G3K A; 2Y69 C; 4E18 A; 3SXY A; 3QVY A; 4U5B E; 2Y3D A; 4C7O A; 2NUT A; 1BDJ B; 3T4R A; 3IQT A; 1E83 A; 2ZXR A; 1Y6D A; 1RCP A; 2IOQ A; 3HJC A; 3TOM A; 4E7S A; 3N2Z B; 1Z6A A; 1EKY A; 4BJ5 C; 2WZF A; 3WOD F; 2C04 A; 1RMV A; 4FES A; 5B3S C; 2Z15 A; 1UFB A; 2AP3 A; 3DD7 A; 4YL3 A; 3T6G B; 3L34 A; 1HE1 A; 3RIP A; 5EGY A; 3K1I A; 1G8X A; 4ZLD A; 3W2V A; 1GGQ A; 3C18 A; 1H9G A; 3LLK A; 4U5H A; 1A7D A; 5K0I A; 2XRH A; 3EZI A; 4IWB A; 5E3A A; 1QQ3 A; 2J0W A; 1RKE A; 3EPV A; 3TJ6 A; 2ETS A; 1VB5 A; 3ZIB A; 2XLO A; 5E33 A; 2HMZ A; 3S84 A; 2PFD A; 3GM1 A; 4EWC A; 1TFK B; 5L3V A; 5KYW A; 3RYL A; 2XLM A; 4BJ1 A; 4QDL A; 3POV A; 1IZM A; 4CS9 C; 2QUP A; 2QY9 A; 4NTB A; 2OCC C; 3R2P A; 256B A; 3K6B A; 4AK9 A; 1FNT c; 3S27 A; 3W8H A; 3DJN B; 1T9K A; 1A7V A; 1FMW A; 4LDQ A; 2R02 A; 4EIY A; 4NCQ A; 1G5Z A; 3HNJ A; 3AG2 C; 1VTM P; 3F46 A; 3VYW A; 1ZVZ A; 3QW0 A; 3PDM P; 1BZ4 A; 1HMD A; 1NFO A; 5JLI A; 4U5E E; 2CYD A; 2GAQ A; 1JOG A; 1YDI A; 3NRH A; 1NBB A; 1MMG A; 1T01 A; 2IM8 A; 4C3D A; 1K04 A; 1D1A A; 2NSF A; 3TD7 A; 2YEV A; 5KYY B; 3GWN A; 4IAO A; 3HNI A; 4NY3 A; 4XWJ A; 2R25 A; 2ZPA A; 4XTK A; 3CSK A; 4EHP A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1EI7 A; 1VTM P; 2TMV P; 3J06 A; 1RMV A; 4GQH A; 4UDV A; 1CGM E; 3PDM P;
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