The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
156
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structure length |
156
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Chain Sequence |
MMDYLITQNGGMVFAVLAMATATIFSGIGSAKGVGMTGEAAAALTTSQPEKFGQALILQLLPGTQGLYGFVIAFLIFINLGSDMSVVQGLNFLGASLPIAFTGLFSGIAQGKVAAAGIQILAKKPEHATKGIIFAAMVETYAILGFVISFLLVLNA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Rotor of the Vacuolar-Type Na- ATPase from Enterococcus Hirae
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K
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| total genus |
73
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| structure length |
156
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| sequence length |
156
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J
|
| ec nomenclature |
ec
3.6.3.14: Transferred entry: 7.1.2.2. |
| pdb deposition date | 2005-02-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00137 | ATP-synt_C | ATP synthase subunit C |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | lithium bound rotor ring of v- atpase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CYD A; 3AOU A; 2DB4 A; 2BL2 A; 5TJ5 E; 4BEM J; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QKR A; 3VYW A; 2XXA B; 3M4B A; 3EHN A; 4CDA A; 4CJO A; 1I4Y A; 5L0F A; 3HNJ A; 3KKB A; 2HV7 A; 1CGM E; 3LEV A; 4JKV A; 3ZG1 A; 1LIH A; 5CI8 A; 4ULV A; 1FNT c; 3QMK A; 3PCV A; 5B1A C; 2VAS A; 2X51 A; 3T6J A; 1PD0 A; 3QVY A; 3PMR A; 1CGN A; 4IJJ A; 3O6X A; 3EGX B; 3NKE A; 4NTB A; 4XPX A; 1XZQ A; 2J0X A; 4JJF A; 4U5C E; 5L3Q A; 1SZI A; 4IWB A; 1EI7 A; 1HW1 A; 1VTM P; 4MTO A; 4ULW A; 3JTL O; 4NTF A; 4U5B E; 1GM5 A; 3U3B A; 2B0H A; 2IM8 A; 3NYJ A; 5F28 E; 3GM3 A; 3HKK A; 4D4X A; 2XLD A; 2CW0 F; 1AEP A; 3SEO A; 2R03 A; 4JC7 A; 4MTG A; 1LKX A; 2H7V C; 1JPN A; 3OEO A; 5FCL A; 1BBH A; 2A0U A; 1YA9 A; 4Q4Z F; 4KNV A; 1OKK A; 1MND A; 3RVY A; 5CIV A; 3DMD A; 4JZA A; 2VCB A; 3N24 A; 1PD1 A; 3TOL A; 4JRZ A; 3TQO A; 3NMI A; 1H6G A; 5A6B D; 2DB4 A; 1M56 C; 2W4B A; 3SXY A; 1SMY F; 3LNM B; 4RDA A; 5KYX A; 3QZC A; 3M1C B; 4KNW A; 4EBK A; 4MND A; 2P1A A; 3US6 A; 2J7P A; 2R7U A; 2R7V A; 2J46 A; 3IEE A; 5AGF A; 2R7W A; 4N06 A; 3KH2 A; 2OJE D; 2HZ8 A; 1WWP A; 4XEV A; 1LM3 B; 1OCC C; 4DVY P; 5A6K A; 2J9U A; 2LK4 A; 1ST6 A; 1WGW A; 2QLA A; 3JSZ A; 3FOP A; 4E18 A; 3MX3 A; 2L9J A; 4O79 A; 1PV3 A; 4MW3 A; 3ZWI A; 3DE8 A; 5TJ5 E; 2YZS A; 4U5G A; 3M4C A; 4K0D A; 4CJG A; 3DM5 A; 5KYU B; 1K04 A; 1RJ9 A; 3S0X A; 2ZXO A; 1Z63 A; 5K0I A; 3JZ0 A; 1WTY A; 3IQT A; 4BG0 A; 3AG1 C; 1GGQ A; 2A6H F; 3DWW A; 1HY5 A; 1VB5 A; 1XZP A; 2NSG A; 2IXO A; 2VCA A; 3HTK C; 3MBG A; 3OA1 A; 3RW0 A; 1T6I A; 4YL0 A; 5KYY B; 1OCR C; 4BEJ A; 4JTA B; 4J32 B; 3WOD F; 5L0G A; 3EG9 A; 5COM A; 2J9B A; 3EFO A; 1NFN A; 1ZHW A; 4EWC A; 4XPY A; 1NU9 C; 3LEO A; 3U5S A; 4OIO F; 2HMQ A; 2Q9C A; 1G8X A; 3W4Y A; 4C7O B; 3AQC A; 4JTD B; 2EIM C; 1V54 C; 5BQG A; 5CI9 A; 3K6B A; 1EKY A; 2YRF A; 5KYW A; 4K7B A; 1HMO A; 3W8H A; 3U8P A; 1S05 A; 1R4T A; 2RSE B; 4LDR A; 1VLT A; 2XM4 A; 1TWH A; 3BEH A; 3HNI A; 4JCZ A; 5A6A A; 2OKU A; 4OIN F; 2YLI A; 2WVO A; 1U6H A; 3DE9 A; 1S7Z A; 5D92 A; 1OR2 A; 1ZW2 A; 3C8G D; 4R32 A; 5DS6 A; 5JRA A; 2PFD A; 3VRC A; 3L34 A; 2EPK X; 4GYT A; 2PX3 A; 3CQZ A; 1RKE A; 3M15 A; 2Y69 C; 1E83 A; 4FX5 A; 1EQ1 A; 1YA7 O; 2HJM A; 1O5H A; 4MVQ A; 2LCH A; 1FMW A; 4JVS A; 3NYM A; 4PFO A; 4M63 A; 1IZM A; 5L0C A; 2CNW A; 2HSB A; 4CS9 A; 4BPM A; 1VMA A; 5KYX B; 2KK1 A; 5AC5 A; 2HMZ A; 1LS1 A; 2M64 A; 4P9T A; 4EBB A; 4FAP B; 1TQG A; 2GAQ A; 3UMI A; 3B0U X; 2Q9B A; 4XWJ A; 4G7O F; 1NLX A; 1ZVZ A; 3JT1 A; 4MVZ A; 2IYL D; 2EIN C; 2WZG A; 3GEH A; 4ER9 A; 2EPO A; 1J8Y F; 2XLE A; 3LLK A; 3NMK A; 5JVE A; 3EH1 A; 1YYX A; 3GM2 A; 3DXJ F; 3JCU Q; 3LJB A; 2DYR C; 4X0R A; 1BZ4 A; 2GFH A; 4N6C A; 1SF8 A; 2E87 A; 2AU5 A; 2WZL A; 3S84 A; 2QTV A; 1RJ9 B; 1MMD A; 2HKV A; 4I1O B; 5COG A; 3TK0 A; 2J9W A; 3B9Q A; 3X2Q C; 3IPM O; 1M2V A; 1OQC A; 2FGY A; 1QQ3 A; 1ZW3 A; 1JAF A; 4J7Y A; 3UMH A; 3F47 A; 3FMS A; 3G50 A; 4P6I C; 1L7C A; 3EHM A; 5L0H A; 4JTC B; 3EFO B; 1HE9 A; 3UGP A; 4YK5 A; 2V26 A; 4WGZ A; 4CX9 A; 1D0Y A; 1T5O A; 1A0B A; 3EPV A; 3EZH A; 2A0B A; 1FR0 A; 4NC3 A; 4O7G A; 3ABK C; 1BDJ B; 3JRT A; 2ZXW C; 5KYW B; 2XSE A; 2GA0 A; 3ASO C; 3RVZ A; 1A41 A; 2VB6 A; 2LFF A; 2P0N A; 1B68 A; 2PX0 A; 3ABL C; 3LS1 A; 4QDL A; 4H54 A; 1QZX A; 3MYF A; 3NKD A; 3ZVR A; 4EBJ A; 2CDQ A; 2MWQ A; 3AQB A; 1WN0 A; 2X0C A; 1YLM A; 4KC9 A; 5KYY A; 3LUT B; 3MLG A; 2OCC C; 4RD9 A; 1O87 A; 5JS5 A; 3H2U A; 4G7H F; 1I5N A; 1TWG A; 1RKE B; 3HLZ A; 4N4W A; 3B0P A; 4C7O A; 3EGD A; 1QVX A; 1WOL A; 4G0H A; 2XL6 A; 4PJJ A; 3AGU A; 1VK5 A; 3H2V A; 2Z15 A; 3K7D A; 3DAG A; 1E85 A; 3S90 A; 3S9O A; 3PHF 2; 4E0H A; 2EIL C; 3DJU B; 4D4N A; 4CDY A; 1ZHZ A; 1D0X A; 1R5I D; 2OOC A; 1NZE A; 2Y3B A; 3SP1 A; 1J8M F; 1MMN A; 4E7Z A; 3A11 A; 3X1O A; 5A6B A; 2Q3T A; 4ANJ A; 1LS4 A; 3ECS A; 3ITF A; 3Q7G A; 4ZLC A; 2XLH A; 5L0D A; 1U89 A; 2LFD A; 4GEH A; 4BJ6 A; 4OIP F; 3G4Z A; 3LS0 A; 3KL4 A; 1C17 M; 3POV A; 3TD7 A; 1HE1 A; 3IHU A; 2VH3 A; 3C63 A; 2YL0 A; 3HJC A; 3LLI A; 1G5Z A; 1EA8 A; 5EK0 A; 3GOD A; 4JCH A; 1YVI A; 3NG1 A; 3NRH A; 4PJL A; 1W2W A; 1G4U S; 3B0V C; 1M2V B; 3HNL A; 4IAO A; 2R7S A; 2G3V A; 3S28 A; 3U2L A; 1VYI A; 1ZU4 A; 2J45 A; 2W4M A; 2BL2 A; 1BR1 A; 3LNR A; 2QY9 A; 3FAP B; 3I4U A; 2F22 A; 3BRJ A; 3KPH A; 1NU7 D; 1C02 A; 1OW7 A; 2M4E A; 4A2N B; 4YT4 A; 3TUL A; 1XWJ A; 1Q0M A; 2R7R A; 1OXK A; 1QPU A; 4IGG A; 4LAC B; 4O6N A; 2PBE A; 2G62 A; 3WHN A; 2OEX A; 5D91 A; 4NTA A; 5T3T A; 3JRM O; 2YL1 A; 1CGO A; 3GM1 A; 5DVW A; 4BJ6 C; 5L3V A; 5DS5 A; 3GWN A; 4Z9I A; 3SXM A; 2P6V A; 2DYS C; 2YEV A; 2JD3 A; 1JPJ A; 1LI7 A; 4EIY A; 1OKK D; 2PF4 E; 1V55 C; 2GWW A; 2HFI A; 2BE5 F; 3JYH A; 3U2M A; 1NFO A; 2IXM A; 2PNO A; 4XEF A; 1Q0F A; 4PR9 A; 3R7C A; 1VOM A; 3HNK A; 3SXZ A; 4YT8 A; 3EGD B; 1UFB A; 2R9R B; 4HE8 D; 1AUE A; 1MQV A; 1OCZ C; 3N2Z B; 5F5H A; 1DOV A; 3L8I A; 3AOU A; 4GQH A; 3ZSU A; 1NBB A; 1YAR O; 4XTK A; 4OIQ F; 4WJ0 A; 1ZHT A; 4DVZ A; 3I5Q A; 4DBQ A; 3IQ6 A; 5B3I A; 1C03 A; 1H7I A; 4OD4 A; 1TFK B; 2NPU A; 4PJM A; 3TOM A; 1T6Q A; 1JOG A; 1D1C A; 1ORJ A; 1Q0D A; 4LDK A; 2YL7 A; 3MFN A; 1K05 A; 3T4R A; 5EGY A; 3DZA A; 4J7T A; 2H7B A; 3DM9 B; 3E9V A; 3GWL A; 3O39 A; 2L6H A; 5E33 A; 2YL3 A; 4EUK B; 5AC4 A; 3EJN A; 1M57 C; 2Y3H A; 5A69 A; 1TKN A; 4BJ5 A; 1Y4C A; 2YVK A; 2WZF A; 3TJ5 A; 1KTM A; 2ICW G; 4U5H A; 3VAY A; 2CCY A; 2Y39 A; 3O55 A; 3RQG A; 4PAC A; 3ZIB A; 1YZC A; 3B71 A; 1MNE A; 4C3E A; 5B3S C; 5A6J A; 1ZZP A; 3K66 A; 5DQZ A; 3S27 A; 3SZR A; 4AK9 A; 2XLM A; 2D4U A; 4JE9 A; 3JSE O; 3U9M A; 4DRI B; 4A4A A; 1I4Z A; 4UDV A; 4IB4 A; 1OXB A; 2XLO A; 4Z9H A; 1E2X A; 1HMD A; 5GPG B; 2WL8 A; 4YL1 A; 4IRU A; 2EPN A; 1OW8 A; 1FFH A; 4YN0 B; 1FFT C; 2FAP B; 2IOQ A; 3S29 A; 3SYN A; 1NSG B; 4FES A; 3K1H A; 4DXW A; 4YT5 A; 1WAS A; 3U8V A; 4DRJ B; 4C3D A; 4QI2 A; 4MVS A; 4BJ5 C; 1JRA A; 4MTF A; 2JPU A; 4DRH B; 4Q7C A; 3W2V A; 2B0J A; 2MHR A; 1YAU O; 2L6G A; 1LI5 A; 2PP4 A; 5KYN A; 4WGY A; 3U0C A; 2LD6 A; 2KSF A; 5JSL A; 4C3B A; 4MVO A; 4N6H A; 2XS1 A; 4PK4 A; 2H8A A; 2CNW D; 2KYH A; 4YJW A; 2ASR A; 2NSF A; 4JJG A; 4CIH A; 3GOR A; 5HV9 A; 3Q6N A; 3ATP A; 1WAT A; 3L1M A; 4MS2 A; 2EIJ C; 3ZTZ A; 3ASN C; 2YLG A; 4HFF B; 3ZQY A; 256B A; 2I15 A; 3F46 A; 3KYI A; 3IQC A; 4MVU A; 1O3U A; 1VYK A; 4U5E E; 1MMA A; 3V7O A; 4O6Y A; 3DKA A; 4JIO A; 2J8W A; 4NQF A; 3LES A; 3RQF A; 3T6G B; 4PJN A; 1GQA A; 1Z23 A; 2W45 A; 1V74 B; 4XEK A; 2YKZ A; 1M6T A; 3K33 A; 1CPR A; 1FTS A; 3O10 A; 5JT4 A; 2NG1 A; 2L81 A; 2A69 F; 4E7S A; 2TMV P; 1TFO B; 3JYY A; 3ZQV A; 2OQM A; 2QNL A; 3N0T A; 3Q7L A; 1KU2 A; 2D5R B; 2KC3 A; 4Z9J A; 1D0Z A; 1ORS C; 1ZYR F; 4YWQ A; 1LVK A; 3DI5 A; 1Q0G A; 4LLC A; 1QSP A; 2Q00 A; 4BEM J; 3RH3 A; 3AG4 C; 4JW1 A; 4CSA C; 2R7O A; 3NYL A; 4L6R A; 4O6M A; 3T6B A; 1APC A; 3GAN A; 2OU6 A; 2XL8 A; 1YJG A; 4AL1 A; 1OCO C; 2RD9 A; 5EHH A; 3NDB B; 4B6I A; 2HS5 A; 4JEB A; 5COF A; 3TJ6 A; 2L7A A; 4G7Z F; 2NUP A; 4H4K C; 3DD7 A; 2KW3 C; 2Q9A A; 3ZDL A; 2Q4F A; 3RIP A; 4XLP F; 3DJN B; 1BR4 A; 3G4X A; 2DGJ A; 3OWT A; 2UUH A; 3RQE A; 1CPQ A; 4K1O A; 2IXP A; 1Q0K A; 2LP4 A; 5HSW A; 3MYI A; 1QLE C; 2YQY A; 1OW6 A; 2EPL X; 2AWC A; 1OR3 A; 5F5F A; 5JLI A; 3EQL F; 4W8P A; 4KBL A; 3KMI A; 3QW0 A; 1MMG A; 1Z3I X; 2R05 A; 2QUP A; 1RKC A; 3CAX A; 3UMK A; 3UNG C; 5B1B C; 1JMW A; 1ZHX A; 3RFY A; 1L3P A; 5L0J A; 4OIR F; 2Y3G A; 1JR8 A; 1VLS A; 1E84 A; 1YDI A; 3CSK A; 3L0I A; 4JUR I; 4PFP A; 3U9J A; 2KGO A; 4U5D E; 2LSE A; 4LLE A; 1ORY A; 2P7V A; 1F1M A; 4RBN A; 4DBR A; 2NUT A; 5L0I A; 2A6E F; 3C62 A; 1D1A A; 3LAY A; 3ZTM A; 1UG7 A; 2C04 A; 4Q5S F; 4AE4 A; 3WG7 C; 5T3W A; 4JEA A; 3V5X A; 3L8J A; 4CS8 A; 3WAQ A; 1H9T A; 2WB7 A; 1ZHY A; 3GEE A; 5E2Q A; 1T01 A; 4CS7 A; 4EKW A; 3SXK A; 1LE2 A; 1T6U A; 2JX0 A; 1SYQ A; 2ZXR A; 3EH2 A; 2R7X A; 3SNH A; 5E3C A; 1GS9 A; 2OJQ A; 4J30 B; 3FDQ A; 4MW8 A; 2R02 A; 3C8G A; 1N1C A; 4CDV A; 3GEI A; 1Y6D A; 4I3M A; 1AVO B; 3K1I A; 2KJG A; 2YWA A; 1H9G A; 2J7P D; 2R25 A; 2R7T A; 3R2P A; 3Q6M A; 1U0B B; 3EZI A; 4ZLD A; 3FOO A; 3AGT A; 2YHS A; 5DS4 A; 5DQT A; 3U3F A; 1LPE A; 4IAR A; 3W2W A; 2ZPA A; 2NUP B; 3C7J A; 1D1B A; 2XS8 A; 2LQG A; 2QE9 A; 3J06 A; 2AP3 A; 4CS8 C; 4FWV A; 4BJ1 A; 3FVY A; 4MVM A; 5JP7 A; 2MYS A; 3V5Z A; 2HV6 A; 2EPM X; 2ZD9 A; 1YYJ A; 4LER A; 4AX2 A; 5IY5 C; 1G4W R; 1PCX A; 5JUA A; 1Z5Z A; 3VM6 A; 3AJM A; 4CIP A; 2CYD A; 2KNH A; 2OEV A; 2ZXP A; 2UUI A; 2ETS A; 1HW2 A; 5FZT A; 2XXA A; 3K1I C; 2DI3 A; 2R7Q A; 2A1D D; 2KQ9 A; 3RF3 A; 2O9X A; 3IQ5 A; 2L6F A; 3T9O A; 3C8Z A; 3C18 A; 2J9V A; 2XLW A; 3VF0 A; 4IAQ A; 2VC9 A; 4NCQ A; 4I44 A; 3M79 A; 1A7D A; 4YT2 A; 1IW7 F; 4XPW A; 3A9C A; 3H65 A; 2NUT B; 4AL0 A; 1DOW A; 1YZA A; 3EGX A; 3E70 C; 5E3A A; 2XM0 A; 1NG1 A; 1ZU5 A; 5BUO A; 4AE4 B; 2FFH A; 4XQ1 A; 4EHP A; 3FAJ A; 3W8I A; 1M2O A; 4HFK B; 2C03 A; 3PDM P; 4U9E A; 4P9F A; 3ZC4 A; 4WAB A; 2H7O A; 4MQ9 F; 2P61 A; 1A7V A; 1Z6A A; 1TWC A; 4CBE A; 2HSQ A; 1TR2 A; 1RCP A; 2EIK C; 1Z7Q c; 2W9Y A; 1V4A A; 4ONS A; 3FHD A; 4E17 A; 2YLD A; 4CSA A; 2XRH A; 2AVK A; 2J0W A; 2WVN A; 3B29 A; 3RYL A; 1E86 A; 4KI2 A; 1RMV A; 3CEX A; 5BQH A; 3FXH A; 3C8G B; 1A7E A; 2GDC A; 3QW1 A; 4LDQ A; 4QI0 A; 3RKO F; 1K40 A; 2V3C C; 4DJ9 A; 2HUJ A; 2WVQ A; 4DOZ A; 2XL4 A; 2Q7R A; 3ABM C; 4YL3 A; 2OG2 A; 2AWY A; 1T9K A; 2Y3D A; 3UGO A; 4I1M A; 2VCC A; 4E0I A; 1BR2 A; 4F4B A; 3KYJ A; 3UR3 C; 3DAF A; 4NY3 A; 5T1D B; 2IXN A; 3I5P A; 4OD5 A; 3EG9 B; 1TWA A; 2LIG A; 4U5F E; 1LE4 A; 3QVZ A; 1RXQ A; 5DLJ A; 1FAP B; 4CS9 C; 4HEA J; 3QTH A; 3V5Y A; 4W8K A; 1FMV A; 2BC5 A; 1KNY A; 2HJ3 A; 4XLN F; 1SR2 A; 5BQI A; 2IBF A; 4G78 A; 4BJT A; 5KYU A; 3CZ6 A; 2XLV A; 2G3K A; 2I8B A; 3AG3 C; 4U9D A; 2CGE A; 3NMJ A; 4MVR A; 3AG2 C; 2A68 F; #chains in the Genus database with same CATH homology 2CYD A; 3AOU A; 2DB4 A; 2BL2 A; 5TJ5 E; 4BEM J;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
