The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
107
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structure length |
107
|
Chain Sequence |
MVQIQGSVVAAALSAVITLIAMQWLMAFDAANLVMLYLLGVVVVALFYGRWPSVVATVINVVSFDLFFIAPRGTLAVSDVQYLLTFAVMLTVGLVIGNLTAGVRYQA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Membrane domain structures of three classes of histidine kinase receptors by cell-free expression and rapid NMR analysis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Sensor protein kdpD
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
32
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| structure length |
107
|
| sequence length |
107
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| ec nomenclature |
ec
2.7.13.3: Histidine kinase. |
| pdb deposition date | 2010-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Backbone structure of the membrane domain of e. Coli histidine kinase receptor kdpd, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KSF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OW8 A; 1HW1 A; 2W4B A; 3HNJ A; 1I4Z A; 3DE8 A; 4PAC A; 2XLO A; 3H65 A; 4BJT A; 1L7C A; 3AJM A; 4U5B E; 3UGO A; 2EIK C; 3JRT A; 3QW0 A; 2QY9 A; 4DOZ A; 5KYU A; 2EPN A; 1V74 B; 3EQL F; 1T6Q A; 4QI0 A; 2R7R A; 2VH3 A; 4JE9 A; 3JTL O; 1BBH A; 2CDQ A; 2KGO A; 4C3B A; 1ZHX A; 2L6F A; 4DVY P; 2B0J A; 5L0H A; 3DD7 A; 1E85 A; 1TR2 A; 1E86 A; 1O3U A; 4WGZ A; 2E87 A; 1M6T A; 1NLX A; 1OXB A; 3IQ6 A; 1HY5 A; 5L0G A; 3RYL A; 4PJM A; 4RD9 A; 4EWC A; 5CI9 A; 2MHR A; 4XPY A; 1LS1 A; 4B6I A; 4MVU A; 3JSZ A; 3Q7L A; 1G8X A; 1XWJ A; 3KYJ A; 4NC3 A; 2I15 A; 3WG7 C; 2ICW G; 4G78 A; 2TMV P; 3WAQ A; 5A6J A; 2Y69 C; 3CAX A; 4Z9J A; 4P9F A; 5JP7 A; 5KYX B; 3O39 A; 2R7U A; 3DJU B; 2XS1 A; 4N06 A; 3SZR A; 3I5P A; 1LI7 A; 2M4E A; 2XLD A; 1VK5 A; 2KSF A; 2XSE A; 2YLI A; 3O10 A; 1ZHT A; 2YL7 A; 3IQT A; 1CPR A; 3ABL C; 2DI3 A; 2EPL X; 3B29 A; 4XPX A; 2AP3 A; 4O6Y A; 3GM1 A; 3K6B A; 4QI2 A; 3UNG C; 5L3V A; 2AU5 A; 4G7H F; 4LDK A; 3T6B A; 4L6R A; 3OA1 A; 1F1M A; 3EH2 A; 5A69 A; 2IXO A; 4XEV A; 2OQM A; 3S28 A; 1Z7Q c; 3LES A; 1D1B A; 4U5H A; 3IHU A; 4C7O B; 2R7O A; 3HTK C; 2YL3 A; 1YAR O; 5KYX A; 4WJ0 A; 2EIL C; 1S05 A; 3G50 A; 3TD7 A; 1Z6A A; 3LNM B; 2XS8 A; 1Z5Z A; 2IOQ A; 4K1O A; 4IGG A; 2CYD A; 2HSQ A; 4KBL A; 1M2O A; 1TKN A; 2ZXP A; 2P0N A; 2W4M A; 1FFH A; 2ZXO A; 3JRM O; 4JZA A; 5KYY B; 2YLD A; 1M2V B; 2Q00 A; 3KYI A; 1L3P A; 2IXN A; 5JLI A; 1LIH A; 1TFK B; 3KMI A; 4J7T A; 3QW1 A; 2RSE B; 3RVZ A; 1D1C A; 3UMI A; 4YT4 A; 3DZA A; 1OR2 A; 3R7C A; 2KW3 C; 3U5S A; 3RIP A; 4CBE A; 1CGO A; 1WTY A; 4OIN F; 1VMA A; 3UMH A; 1UG7 A; 2EPM X; 4C7O A; 3EFO B; 3U2L A; 4PK4 A; 1QPU A; 3C63 A; 5JSL A; 2IXM A; 4HEA J; 2Y3H A; 1J8Y F; 3MYI A; 2A6E F; 4XPW A; 1JRA A; 3NMI A; 3LJB A; 4AX2 A; 4JKV A; 1NSG B; 1SMY F; 1H6G A; 4RDA A; 4LER A; 4AE4 A; 4DJ9 A; 1TWH A; 2JPU A; 2OJQ A; 3DXJ F; 4JCZ A; 3DAG A; 4XLN F; 1J8M F; 4JJG A; 2HMZ A; 1WAS A; 1GGQ A; 2LFD A; 3FOP A; 3HNI A; 3VYW A; 4ZLD A; 3AQC A; 1VOM A; 3KL4 A; 2LCH A; 3FXH A; 3L1M A; 4JTD B; 4BEM J; 5L0F A; 1K40 A; 3RFY A; 1CPQ A; 4JVS A; 2PFD A; 4XLP F; 1NG1 A; 2H7B A; 1WOL A; 4P6I C; 3V5Z A; 4OIP F; 1C17 M; 3VM6 A; 2QE9 A; 1YDI A; 3JZ0 A; 2R7X A; 1AEP A; 3PCV A; 4GQH A; 2YLG A; 3IQ5 A; 4YT5 A; 2X0C A; 3C62 A; 4D4N A; 3AG3 C; 4Z9I A; 4BJ5 C; 1RXQ A; 3AG2 C; 2IXP A; 1MQV A; 3EFO A; 1NU9 C; 2X51 A; 3N2Z B; 4OD5 A; 3T6G B; 2R7T A; 4CS8 A; 4MW8 A; 3C8G A; 4YL3 A; 1AVO B; 3LAY A; 4MVQ A; 1RMV A; 1JAF A; 2XLM A; 2ZD9 A; 2XXA B; 2ETS A; 3JYY A; 1D1A A; 1I4Y A; 1Q0K A; 3N24 A; 4ULV A; 5KYW B; 3TOM A; 1CGM E; 1NBB A; 2LQG A; 1I5N A; 2PF4 E; 3EGD B; 4AK9 A; 1FAP B; 3S84 A; 1ORJ A; 2CGE A; 3U8V A; 1O5H A; 2EIN C; 2KC3 A; 3U3F A; 3EG9 A; 3F47 A; 3EGX A; 2YL0 A; 3N0T A; 3RVY A; 3K1I C; 1Q0D A; 2YQY A; 3ZWI A; 4JTC B; 4YK5 A; 4XTK A; 3SYN A; 4KNV A; 4OIR F; 4BJ5 A; 2VB6 A; 5GPG B; 3SXZ A; 1M56 C; 2NG1 A; 5DVW A; 3JSE O; 2Q9A A; 3E9V A; 3I4U A; 3MYF A; 5KYU B; 2J8W A; 1WGW A; 3AG1 C; 1Y4C A; 5KYN A; 5COF A; 1QSP A; 4U5D E; 3KH2 A; 1DOW A; 1Z63 A; 4LDR A; 3E70 C; 3QMK A; 3ZIB A; 3L8J A; 1SF8 A; 1H9T A; 1MMD A; 2EIM C; 1W2W A; 3TOL A; 4F4B A; 5K0I A; 3EHN A; 5CI8 A; 1E83 A; 2J0X A; 3K1I A; 4DXW A; 1TWA A; 4JJF A; 4U5F E; 1WN0 A; 1RCP A; 3ZC4 A; 3T4R A; 2NPU A; 3DJN B; 3IPM O; 1VYK A; 2KNH A; 1OKK A; 1HMO A; 3M1C B; 2Q9C A; 3OWT A; 4MS2 A; 4O6N A; 4XWJ A; 4CDY A; 5DS4 A; 1LE4 A; 5E3C A; 3U9M A; 2B0H A; 1E84 A; 3CSK A; 1QVX A; 4DBR A; 1LPE A; 1IZM A; 3EZI A; 3W2V A; 2L81 A; 2WZL A; 2L6G A; 3MBG A; 4G7O F; 2W45 A; 3LS0 A; 4PFP A; 3CQZ A; 4OIO F; 4A4A A; 4C3D A; 2RD9 A; 4EIY A; 2YHS A; 1XZQ A; 4AL1 A; 3GM2 A; 5B1B C; 3RQE A; 1ZW2 A; 2YZS A; 3S90 A; 1T5O A; 2KJG A; 1NZE A; 1YZC A; 2KK1 A; 4ER9 A; 1ZZP A; 3LEV A; 2GA0 A; 2HSB A; 3ABK C; 4U5E E; 3FMS A; 5EGY A; 3BRJ A; 3MLG A; 2VAS A; 1RJ9 B; 3S9O A; 1EQ1 A; 4PR9 A; 3SXY A; 4IJJ A; 1JOG A; 1N1C A; 4BEJ A; 1EI7 A; 4EBB A; 2EPK X; 1T6I A; 2PX0 A; 4JEA A; 4U9D A; 3PHF 2; 4H4K C; 3LUT B; 5DQZ A; 3ECS A; 1VLS A; 2HKV A; 2H7O A; 1LVK A; 1PV3 A; 1Z23 A; 1VLT A; 2R25 A; 3FAJ A; 4X0R A; 3T9O A; 3H2U A; 4YWQ A; 3GOD A; 1SZI A; 4U5G A; 3AOU A; 4UDV A; 1Q0G A; 2NSG A; 3PDM P; 3SNH A; 2EIJ C; 2R7W A; 4FES A; 2ZXW C; 4GYT A; 2LD6 A; 2JD3 A; 1ZU4 A; 1OR3 A; 3CEX A; 4JW1 A; 1WWP A; 4E7Z A; 4IB4 A; 1LE2 A; 1TWG A; 1RJ9 A; 3HJC A; 3SXK A; 5BUO A; 2NUP B; 3NYM A; 4H54 A; 1S7Z A; 2VCC A; 4NCQ A; 3ZVR A; 1KTM A; 1OCC C; 5AC4 A; 5BQI A; 1E2X A; 5JUA A; 2WVO A; 2J9W A; 4AE4 B; 1MMA A; 1T9K A; 5DS6 A; 2DYS C; 4NQF A; 5DS5 A; 3RQF A; 5F28 E; 2L7A A; 4XEF A; 1OCZ C; 3TQO A; 3M4C A; 4O79 A; 3RH3 A; 1GM5 A; 3WOD F; 2OEV A; 1QKR A; 5IY5 C; 4U9E A; 5A6B D; 3QVZ A; 2FGY A; 3QZC A; 4FWV A; 4MND A; 3B0U X; 3UR3 C; 3C18 A; 1PCX A; 2VCA A; 3V7O A; 1SR2 A; 4EBK A; 2D5R B; 3FHD A; 4O6M A; 1YYJ A; 2HZ8 A; 2NUP A; 1FMV A; 1K04 A; 4XEK A; 5A6B A; 3C8G B; 2YVK A; 4CS8 C; 5L0C A; 4R32 A; 3DE9 A; 1TFO B; 1V4A A; 1JR8 A; 4PFO A; 2H7V C; 3RW0 A; 1Q0M A; 4JUR I; 5B3S C; 2YRF A; 3LLK A; 4LAC B; 4N4W A; 1FR0 A; 3NRH A; 2C03 A; 4OD4 A; 3W4Y A; 1ZHZ A; 3L8I A; 1APC A; 5T1D B; 2XL8 A; 3KPH A; 4MVO A; 1LS4 A; 2HV6 A; 5E2Q A; 3U9J A; 1OW6 A; 2G62 A; 3G4X A; 4I3M A; 1M57 C; 2YWA A; 3EG9 B; 2Z15 A; 3EGX B; 1TQG A; 4J7Y A; 3AGU A; 4N6C A; 3C8G D; 4W8P A; 3WHN A; 4FAP B; 1VYI A; 2HV7 A; 1LI5 A; 3DI5 A; 3GEH A; 3GAN A; 3TJ5 A; 2FFH A; 4BJ1 A; 4DRH B; 2V3C C; 4CS7 A; 3EHM A; 4K7B A; 4BJ6 C; 3U0C A; 3FDQ A; 2R02 A; 1AUE A; 3RQG A; 3Q6N A; 5L3Q A; 2WVN A; 4YJW A; 2XM4 A; 2Y3G A; 3OEO A; 2J7P D; 2LSE A; 1VTM P; 4QDL A; 3TUL A; 2J45 A; 2BE5 F; 1YAU O; 1IW7 F; 2PX3 A; 4MTF A; 4A2N B; 2AWY A; 2Q3T A; 2ASR A; 5D92 A; 3M4B A; 2H8A A; 2J7P A; 2P1A A; 3GWN A; 2A6H F; 3FAP B; 3I5Q A; 3NKE A; 1QZX A; 4Q7C A; 4YL0 A; 4E0I A; 5HV9 A; 1G5Z A; 4CJO A; 1ORS C; 3CZ6 A; 1ZHY A; 2C04 A; 2OG2 A; 3EJN A; 5BQH A; 2HJM A; 2XLV A; 1NFN A; 3FVY A; 1D0Y A; 4CX9 A; 1YJG A; 3EPV A; 5JRA A; 4BJ6 A; 3LEO A; 4DBQ A; 1FTS A; 5E3A A; 4Z9H A; 2OKU A; 2M64 A; 1EA8 A; 1C03 A; 1YZA A; 5L0D A; 4CSA A; 5FCL A; 4NTB A; 4ONS A; 3ZQY A; 1BZ4 A; 1ST6 A; 4JTA B; 2WL8 A; 3G4Z A; 1MNE A; 3GWL A; 3HNL A; 2O9X A; 1TWC A; 1OKK D; 4EBJ A; 3U8P A; 5L0I A; 5E33 A; 1H9G A; 4YN0 B; 4E17 A; 1FNT c; 3DM5 A; 1D0X A; 3Q7G A; 4W8K A; 1G4U S; 3JYH A; 3V5Y A; 4LDQ A; 4JCH A; 4M63 A; 1YA9 A; 4N6H A; 2R7V A; 3VRC A; 3ZQV A; 3UGP A; 5COM A; 3BEH A; 2DGJ A; 1ZVZ A; 3K1H A; 3MX3 A; 3VF0 A; 3AGT A; 1R4T A; 2R7Q A; 3EH1 A; 4MTG A; 1U6H A; 2LFF A; 1A7V A; 5FZT A; 3GM3 A; 4MVS A; 1A7D A; 2I8B A; 3H2V A; 5EK0 A; 5A6A A; 1U89 A; 2LIG A; 3W8I A; 3ZTM A; 2L9J A; 4YT2 A; 1Z3I X; 3TK0 A; 3F46 A; 3V5X A; 1SYQ A; 2VC9 A; 5B3I A; 3C8Z A; 4JIO A; 1VB5 A; 1XZP A; 4P9T A; 1YYX A; 2QUP A; 3SEO A; 1LM3 B; 3TJ6 A; 4WAB A; 1T01 A; 4YT8 A; 2IM8 A; 5AGF A; 4BG0 A; 4HE8 D; 2CW0 F; 2KQ9 A; 3L34 A; 2G3K A; 1H7I A; 4XQ1 A; 1JMW A; 4MVZ A; 2Y3B A; 4DVZ A; 2HFI A; 1HE9 A; 2P6V A; 4PJJ A; 5DLJ A; 1V55 C; 2HJ3 A; 3NYL A; 3AG4 C; 1A7E A; 2WB7 A; 3RF3 A; 4ZLC A; 3Q6M A; 4KI2 A; 2ZXR A; 5F5F A; 1OW7 A; 4GEH A; 2J46 A; 5JS5 A; 4Q5S F; 5L0J A; 3VAY A; 2GAQ A; 4PJN A; 2Q7R A; 4J32 B; 5DQT A; 1CGN A; 1PD1 A; 4MQ9 F; 3IEE A; 2XLW A; 1FMW A; 4IRU A; 3RKO F; 3HKK A; 2Y39 A; 1ZW3 A; 1KU2 A; 4G7Z F; 1YA7 O; 2J9U A; 4CIH A; 2UUH A; 1R5I D; 2NUT B; 1UFB A; 1JPJ A; 2MWQ A; 4MVR A; 2IBF A; 3JT1 A; 3ZG1 A; 2G3V A; 3ZSU A; 2J0W A; 4RBN A; 1WAT A; 2IYL D; 2WVQ A; 2PP4 A; 3GOR A; 3M15 A; 5D91 A; 3MFN A; 2GDC A; 5A6K A; 3EZH A; 4E0H A; 4ANJ A; 1BR2 A; 4G0H A; 2OEX A; 3J06 A; 1NU7 D; 3POV A; 5BQG A; 3SXM A; 1QLE C; 1ZHW A; 1Q0F A; 2J9B A; 2AVK A; 4NTA A; 4YL1 A; 2XLH A; 4I1M A; 4EKW A; 2OJE D; 4LLC A; 2ZPA A; 3NYJ A; 2R7S A; 2XLE A; 2PBE A; 1BDJ B; 1GQA A; 2NUT A; 1T6U A; 2OCC C; 3LLI A; 4DRI B; 3QTH A; 4CDA A; 2XRH A; 1LKX A; 3ZDL A; 3O6X A; 5T3T A; 3U2M A; 3DWW A; 2KYH A; 3X2Q C; 2GFH A; 2HUJ A; 1RKE B; 2AWC A; 1YLM A; 2CCY A; 5T3W A; 3DM9 B; 2R03 A; 3S27 A; 3B9Q A; 4EUK B; 2DB4 A; 1BR4 A; 4WGY A; 3JCU Q; 2Q9B A; 3K7D A; 1EKY A; 4AL0 A; 3W2W A; 5AC5 A; 3LNR A; 2A0B A; 2OOC A; 3HLZ A; 4JRZ A; 2A68 F; 2F22 A; 2R05 A; 3IQC A; 1A0B A; 2YKZ A; 2FAP B; 3ITF A; 5TJ5 E; 1BR1 A; 2Y3D A; 2XL6 A; 4BPM A; 1PD0 A; 3O55 A; 1GS9 A; 3A9C A; 3PMR A; 4OIQ F; 4CS9 C; 4JC7 A; 4MW3 A; 1QQ3 A; 2MYS A; 4HFF B; 4DRJ B; 1FFT C; 1OCO C; 2A1D D; 2V26 A; 4CDV A; 4EHP A; 3DAF A; 1NFO A; 1RKE A; 2HS5 A; 1O87 A; 3B71 A; 4NTF A; 3ATP A; 4I44 A; 3ABM C; 2JX0 A; 3UMK A; 3B0P A; 4CJG A; 5B1A C; 3ZTZ A; 2P61 A; 4MTO A; 4CSA C; 4LLE A; 5KYY A; 1Y6D A; 3U3B A; 1U0B B; 1M2V A; 3US6 A; 2J9V A; 4IAQ A; 4J30 B; 2LK4 A; 2HMQ A; 2QTV A; 3K33 A; 4ULW A; 3W8H A; 4IAO A; 5JT4 A; 2PNO A; 4IAR A; 1MND A; 1G4W R; 1A41 A; 2A69 F; 1DOV A; 2QLA A; 4NY3 A; 1D0Z A; 4CS9 A; 1MMN A; 3C7J A; 4O7G A; 3NMK A; 3X1O A; 1MMG A; 2LP4 A; 2YL1 A; 1JPN A; 4CIP A; 5HSW A; 3NKD A; 1HW2 A; 1B68 A; 3S29 A; 4KC9 A; 5F5H A; 2XM0 A; 3L0I A; 2CNW D; 2YEV A; 1ZYR F; 2Q4F A; 3NG1 A; 2BC5 A; 4JEB A; 4E7S A; 1V54 C; 3ASN C; 4D4X A; 1OQC A; 2QNL A; 3FOO A; 4C3E A; 3QVY A; 1K05 A; 3KKB A; 2CNW A; 2UUI A; 3T6J A; 4K0D A; 2XL4 A; 256B A; 2NSF A; 3R2P A; 2EPO A; 3NDB B; 4MVM A; 3S0X A; 2D4U A; 4FX5 A; 3K66 A; 1OXK A; 3ASO C; 3NMJ A; 1KNY A; 2DYR C; 3AQB A; 4Q4Z F; 2P7V A; 1HE1 A; 1ORY A; 2A0U A; 2L6H A; 1YVI A; 3GEE A; 2WZG A; 1OCR C; 3GEI A; 4U5C E; 5COG A; 3SP1 A; 5JVE A; 5CIV A; 2WZF A; 4HFK B; 4IWB A; 1ZU5 A; 4E18 A; 4PJL A; 2GWW A; 3HNK A; 5EHH A; 2BL2 A; 4I1O B; 4KNW A; 1RKC A; 2R9R B; 3DMD A; 3M79 A; 2VCB A; 1C02 A; 3B0V C; 2XXA A; 3A11 A; 5KYW A; 2OU6 A; 2W9Y A; 3EGD A; 3LS1 A; 1HMD A; 3DKA A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2KSF A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
