The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
QVVAAIRHITTGTYIARIREEYQQTEVKPELQPMKEALARMTDRAEALIAFVTEQKDQELLDFQARRLVEMTAHAVFGHLLMLAANDDDSFRQSAEVYLRYGQAEQEKIDSYVRAFRPEELT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the acyl-CoA dehydrogenase family protein from Porphyromonas gingivalis
rcsb |
| molecule keywords |
Acyl-CoA dehydrogenase family protein
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Porphyromonas gingivalis
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| total genus |
46
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12186 | AcylCoA_dehyd_C | Acyl-CoA dehydrogenase C terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OKU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OCO C; 5JUA A; 2M64 A; 4PK4 A; 1O87 A; 4J7T A; 4RD9 A; 3ECS A; 3EFO B; 3JYH A; 2J45 A; 4YT8 A; 1LE2 A; 1BZ4 A; 1OQC A; 2EPL X; 3JRT A; 2YL3 A; 4PJJ A; 5IY5 C; 1YAU O; 2Y3B A; 3FXH A; 5GPG B; 5AC5 A; 5HV9 A; 1G5Z A; 2EPN A; 4N06 A; 5BQH A; 2BL2 A; 3OA1 A; 5JVE A; 1JMW A; 1I4Y A; 2DB4 A; 2Z15 A; 3ASN C; 3I4U A; 4G0H A; 4I1O B; 3V5Z A; 1NU7 D; 1H6G A; 2YRF A; 3EGX B; 3Q7L A; 4J7Y A; 4AX2 A; 2DI3 A; 2HZ8 A; 2UUI A; 1CGN A; 4EKW A; 3EGX A; 3O55 A; 5FZT A; 2PFD A; 2P6V A; 1TWC A; 2AU5 A; 2WZL A; 3W2W A; 3KPH A; 2XLW A; 4P9T A; 3EHN A; 1S7Z A; 3K6B A; 2XLM A; 2XL6 A; 4BG0 A; 5JLI A; 3RYL A; 4G7H F; 1ZHT A; 1LI5 A; 4W8K A; 3ZTM A; 1ST6 A; 2YEV A; 1OCZ C; 2P0N A; 3ZQY A; 2OU6 A; 3A9C A; 1NU9 C; 2HV6 A; 4CS9 A; 1CGM E; 4CSA C; 2NSG A; 2YL0 A; 4DRI B; 2V26 A; 3GEI A; 1Z7Q c; 4MS2 A; 2XXA B; 2WVQ A; 2L7A A; 2XXA A; 3L0I A; 3LLI A; 1JPN A; 1FMW A; 3RFY A; 1RMV A; 5F5H A; 5A69 A; 2ICW G; 1OW7 A; 4LLC A; 5KYW A; 2EIJ C; 2IXM A; 4LAC B; 1RCP A; 4U9E A; 1SR2 A; 3MYF A; 2IYL D; 2J9V A; 3U2M A; 3GM3 A; 2YHS A; 4MVM A; 3E70 C; 1J8M F; 2HJ3 A; 4IB4 A; 2J7P A; 4HFF B; 3CZ6 A; 1RJ9 B; 3I5P A; 2YL7 A; 5L0D A; 3TUL A; 4Q4Z F; 2LK4 A; 1U89 A; 1CPQ A; 3B71 A; 5T3W A; 4P6I C; 1ZZP A; 3C8G B; 2R7T A; 3QZC A; 3ITF A; 3C8G A; 3IPM O; 1Q0M A; 2V3C C; 2Q9B A; 2Q4F A; 1SF8 A; 2A0B A; 3CEX A; 5CI8 A; 2L6F A; 2OG2 A; 1KTM A; 1YYJ A; 1D1A A; 1V4A A; 3S0X A; 3FOP A; 3ZG1 A; 1T6I A; 4PR9 A; 3LEV A; 5KYN A; 3AG2 C; 3M1C B; 4I1M A; 1E83 A; 1OXB A; 1E2X A; 2AWC A; 3FMS A; 4ZLC A; 5T1D B; 1GS9 A; 2CDQ A; 4PJL A; 5K0I A; 4MVS A; 2J7P D; 5E3A A; 5B3S C; 2R9R B; 1K05 A; 3DAG A; 4YJW A; 4WGY A; 4FAP B; 2CYD A; 3AG1 C; 1RXQ A; 2L9J A; 3TOL A; 1BR4 A; 1YLM A; 3V5X A; 1OXK A; 5DQT A; 4XLP F; 3V7O A; 1EA8 A; 4WAB A; 4CJG A; 3UGO A; 4I44 A; 1AVO B; 2MWQ A; 3IHU A; 3LUT B; 3O6X A; 1WAS A; 1OW8 A; 1FMV A; 4Z9H A; 1QPU A; 2ZD9 A; 3FHD A; 1Y4C A; 3AOU A; 4IRU A; 2Q3T A; 4MW3 A; 4MVR A; 4CS7 A; 2WZG A; 2HV7 A; 1OKK A; 1Z23 A; 2NUP B; 1JPJ A; 3QMK A; 1TWG A; 1TWH A; 2L6H A; 4MVQ A; 4C3E A; 3POV A; 3FOO A; 2HJM A; 2QTV A; 4KC9 A; 2XM0 A; 3CQZ A; 3NG1 A; 1T01 A; 5BUO A; 2B0J A; 4CS8 A; 3M15 A; 3W8H A; 2KC3 A; 1I5N A; 2KK1 A; 2GAQ A; 2I15 A; 2QNL A; 2R02 A; 3F47 A; 3M4B A; 5E3C A; 2YQY A; 3TJ6 A; 1HW2 A; 3U2L A; 1YZA A; 5COG A; 3AGT A; 1BR2 A; 1I4Z A; 1XWJ A; 2DGJ A; 4DBQ A; 4EBJ A; 4YWQ A; 3LLK A; 2VCB A; 4XPX A; 1A7D A; 1VOM A; 2FFH A; 4DVZ A; 3FAP B; 1GQA A; 3NKE A; 2AP3 A; 2YLG A; 1OKK D; 4BJ6 C; 4NY3 A; 3JSZ A; 3Q7G A; 4FES A; 3LAY A; 2YZS A; 1D0Y A; 256B A; 4JEB A; 4YL1 A; 3U3F A; 3K66 A; 4HFK B; 4CDA A; 2C04 A; 3IQ5 A; 2ETS A; 1QVX A; 1YA7 O; 4GEH A; 4N6H A; 4OD4 A; 4KNW A; 1D1B A; 3GAN A; 2PBE A; 4AE4 A; 4YT4 A; 4U9D A; 1JAF A; 1YVI A; 2LFF A; 3GM1 A; 5D92 A; 4JCZ A; 1YJG A; 1T6U A; 2PP4 A; 2Q9A A; 2R7Q A; 3LNM B; 4XTK A; 3VM6 A; 2EPO A; 2W9Y A; 3WHN A; 2Y3H A; 5DQZ A; 1M2V B; 3GWL A; 2PNO A; 4QI2 A; 5B1A C; 1M2V A; 1TWA A; 4D4N A; 4ONS A; 3GM2 A; 4CDY A; 2NUT B; 1ORJ A; 3A11 A; 3EFO A; 1VYI A; 2NUT A; 3LS0 A; 1OCR C; 4U5E E; 3QTH A; 5CIV A; 3AQC A; 1UG7 A; 3H2U A; 4W8P A; 4H4K C; 5EK0 A; 1C03 A; 3DWW A; 4IWB A; 2Q7R A; 3W8I A; 2L81 A; 1JRA A; 4I3M A; 1TR2 A; 4JVS A; 3US6 A; 2XM4 A; 2G3K A; 3JCU Q; 1U0B B; 2EIK C; 3DI5 A; 4Q5S F; 4JJF A; 4Z9J A; 5A6A A; 4O6M A; 1H7I A; 3ZVR A; 3IQ6 A; 2A6H F; 1Z5Z A; 2GDC A; 3M79 A; 2KQ9 A; 3AG3 C; 4P9F A; 3MYI A; 2I8B A; 2A68 F; 5KYY B; 1T9K A; 1F1M A; 1PCX A; 1O3U A; 1VK5 A; 2DYS C; 2UUH A; 1A41 A; 1L7C A; 2VCA A; 4J30 B; 3QVY A; 5L0C A; 3JTL O; 1APC A; 2J0X A; 3RQF A; 2IXN A; 4BJ1 A; 4MVU A; 1WTY A; 1QKR A; 3DD7 A; 3S84 A; 4JTA B; 3TQO A; 3Q6N A; 4JTD B; 3UMI A; 4JE9 A; 4JZA A; 1NSG B; 3TJ5 A; 4CBE A; 5EGY A; 3B0V C; 3B0U X; 3V5Y A; 5L3V A; 2D4U A; 2LCH A; 4YL3 A; 5L0G A; 4PJM A; 1G4W R; 2A0U A; 3N2Z B; 1MND A; 2H7B A; 1V54 C; 3MLG A; 4C7O B; 4JKV A; 1R5I D; 3KL4 A; 4MND A; 4C7O A; 1H9G A; 1MMA A; 1M6T A; 1HMO A; 1FTS A; 2EIM C; 3R7C A; 2X51 A; 2RSE B; 2KJG A; 4ULV A; 2XLE A; 4MTF A; 4CIH A; 1PV3 A; 5JSL A; 5JRA A; 4XQ1 A; 2XS1 A; 2A69 F; 4O6N A; 4XEK A; 3TD7 A; 1A7V A; 3DAF A; 3WAQ A; 1RJ9 A; 2NG1 A; 4CSA A; 2R7S A; 2R7V A; 3DE9 A; 1M2O A; 1HE1 A; 3G4X A; 3H65 A; 4MTG A; 4XEV A; 4ER9 A; 2CNW A; 2PX3 A; 1FFH A; 3HTK C; 1E86 A; 1XZQ A; 3HNK A; 1MQV A; 1T6Q A; 1MMN A; 3BEH A; 2XL8 A; 5A6K A; 1NFO A; 3SP1 A; 5DS6 A; 4A4A A; 1TFO B; 1A7E A; 3RH3 A; 2R7X A; 1TQG A; 5L0H A; 1IZM A; 3S90 A; 3EZI A; 5EHH A; 2J46 A; 2VC9 A; 4OIR F; 1QSP A; 3SXK A; 4DJ9 A; 4LLE A; 4XPY A; 3K1H A; 1WAT A; 2OQM A; 1YZC A; 3QVZ A; 4MVO A; 3ZQV A; 3RVZ A; 4YT2 A; 3NRH A; 1MMG A; 4GYT A; 2YVK A; 1TFK B; 3G4Z A; 4BJT A; 1QZX A; 2VCC A; 4IAO A; 3UMK A; 3T6G B; 3SXM A; 4C3D A; 5HSW A; 4NC3 A; 2P7V A; 1EI7 A; 3U5S A; 3ZDL A; 1M56 C; 2KYH A; 1HW1 A; 3C8G D; 4BJ5 C; 4EIY A; 5DS4 A; 3KMI A; 5D91 A; 2CNW D; 4YL0 A; 3FDQ A; 4U5B E; 2OJE D; 4IAR A; 3RQG A; 2W45 A; 2A1D D; 4FWV A; 1OR2 A; 4E0H A; 3U9J A; 1QQ3 A; 1U6H A; 1J8Y F; 4ANJ A; 2XL4 A; 4LDR A; 3PMR A; 3I5Q A; 5JT4 A; 2QE9 A; 4DOZ A; 2Q9C A; 4PAC A; 2Y3D A; 5KYU B; 4G78 A; 5KYU A; 4E17 A; 4IGG A; 3EH2 A; 1VLS A; 2NUP A; 2Q00 A; 4YN0 B; 3ZC4 A; 3T6J A; 2X0C A; 2QUP A; 2HFI A; 3K1I C; 4YK5 A; 1R4T A; 3EPV A; 3GEE A; 3GOD A; 1T5O A; 2ZXW C; 3KYJ A; 3W4Y A; 2C03 A; 4DRJ B; 3U3B A; 4UDV A; 2YLI A; 3RF3 A; 1ZU4 A; 2JX0 A; 2LIG A; 3ASO C; 4N6C A; 1PD0 A; 2B0H A; 4U5D E; 2LFD A; 3DM5 A; 2A6E F; 3AQB A; 4DBR A; 1Q0D A; 2ZXO A; 2P1A A; 4B6I A; 4JUR I; 4MQ9 F; 4X0R A; 3U0C A; 3JSE O; 2OEX A; 3K33 A; 2XLD A; 5TJ5 E; 3SNH A; 4E0I A; 1K40 A; 2XS8 A; 1ZW2 A; 4MTO A; 5A6B A; 1VMA A; 2F22 A; 1AUE A; 4PJN A; 4ZLD A; 4OIO F; 3DMD A; 1O5H A; 1ZHZ A; 3L1M A; 1ORS C; 2FGY A; 5L0I A; 3NMI A; 2BC5 A; 5COM A; 2OJQ A; 3EGD B; 1CGO A; 3NMK A; 1RKC A; 2OOC A; 3X2Q C; 4BPM A; 4OIQ F; 3EGD A; 3PDM P; 2HMZ A; 2HSQ A; 3C18 A; 3T6B A; 3L8J A; 4JCH A; 3DM9 B; 4Q7C A; 3DE8 A; 2IM8 A; 1NBB A; 2PF4 E; 2R7R A; 4NCQ A; 3O10 A; 1ZU5 A; 1D0X A; 1ORY A; 5JP7 A; 2R03 A; 3JZ0 A; 3Q6M A; 2L6G A; 3DJN B; 2J9U A; 4BJ6 A; 4IAQ A; 1WN0 A; 3NYM A; 1BBH A; 1NZE A; 4HE8 D; 5A6J A; 3PCV A; 2GA0 A; 3MFN A; 4BEJ A; 1XZP A; 2O9X A; 3C8Z A; 2ZXP A; 3HNL A; 3BRJ A; 4EUK B; 2JD3 A; 3VAY A; 2Y3G A; 2YKZ A; 4CJO A; 4DRH B; 3K7D A; 5T3T A; 1LI7 A; 1ZHY A; 3EH1 A; 3LEO A; 4L6R A; 3S28 A; 2OCC C; 2CCY A; 2NSF A; 1AEP A; 1V55 C; 2ZPA A; 1MNE A; 3C62 A; 1JR8 A; 4R32 A; 1Z63 A; 4OIP F; 3SXY A; 1L3P A; 2EPK X; 1ZYR F; 2AWY A; 4U5H A; 4K7B A; 2R7W A; 2MYS A; 4JW1 A; 1K04 A; 3IQC A; 1Z3I X; 4MVZ A; 1IW7 F; 3UMH A; 4JJG A; 3U9M A; 1Y6D A; 4XPW A; 1Q0G A; 1VB5 A; 4JEA A; 5L0J A; 2CGE A; 1JOG A; 3WG7 C; 5DLJ A; 1OR3 A; 1OW6 A; 3B9Q A; 4CS9 C; 4KBL A; 3FVY A; 3UGP A; 1DOW A; 2TMV P; 1A0B A; 3O39 A; 3ZSU A; 2R05 A; 4BEM J; 3KYI A; 1GM5 A; 4D4X A; 1SMY F; 1UFB A; 3WOD F; 2IXP A; 1C02 A; 4E7Z A; 2KW3 C; 3OWT A; 2H8A A; 4XEF A; 5COF A; 4JRZ A; 3SZR A; 3R2P A; 2AVK A; 1TKN A; 1NG1 A; 2EIL C; 4NTA A; 1G4U S; 4PFO A; 3EQL F; 4E18 A; 3UR3 C; 2MHR A; 1VYK A; 2HKV A; 2EPM X; 3DKA A; 3B29 A; 1BDJ B; 3LNR A; 3EJN A; 1Q0K A; 3ABK C; 1KNY A; 2WVN A; 4U5F E; 2IBF A; 3SYN A; 1PD1 A; 3KH2 A; 2XSE A; 1YA9 A; 3CAX A; 2RD9 A; 3CSK A; 1WGW A; 3EG9 B; 1D0Z A; 5F28 E; 2DYR C; 3EG9 A; 4DVY P; 3HLZ A; 4AK9 A; 2VAS A; 1H9T A; 1DOV A; 2EIN C; 5KYW B; 2XLV A; 1E84 A; 4A2N B; 4KNV A; 3NMJ A; 5AC4 A; 2XRH A; 5DVW A; 2LD6 A; 1VTM P; 4HEA J; 3JT1 A; 2KSF A; 3IEE A; 1YAR O; 3LS1 A; 4J32 B; 4U5G A; 3RQE A; 3DZA A; 3N0T A; 4EBB A; 3S29 A; 3HNJ A; 2D5R B; 1RKE B; 1S05 A; 3ATP A; 4OD5 A; 4F4B A; 1LM3 B; 1FFT C; 2QLA A; 1RKE A; 1HE9 A; 1C17 M; 3L8I A; 3MBG A; 4XWJ A; 3RVY A; 1E85 A; 1LS1 A; 1LIH A; 1NLX A; 2G3V A; 2IOQ A; 2BE5 F; 3U8P A; 2J0W A; 3LES A; 2P61 A; 3VRC A; 2YL1 A; 4K1O A; 2R7O A; 3PHF 2; 1LS4 A; 1N1C A; 3QW1 A; 1FAP B; 1Q0F A; 3TOM A; 3VYW A; 2Y69 C; 1GGQ A; 3DJU B; 3M4C A; 4G7O F; 2R7U A; 1Z6A A; 2WB7 A; 4AL0 A; 1ZHW A; 3EZH A; 4E7S A; 1SYQ A; 3IQT A; 4N4W A; 3ZIB A; 4OIN F; 3T9O A; 3SXZ A; 5FCL A; 2XLH A; 2W4B A; 4JTC B; 1FR0 A; 4CDV A; 1G8X A; 1ZHX A; 2OEV A; 3B0P A; 3HNI A; 1HMD A; 2G62 A; 4NQF A; 3LJB A; 2KGO A; 4K0D A; 1LE4 A; 4CS8 C; 3MX3 A; 4BJ5 A; 2NPU A; 4CIP A; 2GFH A; 3S9O A; 2M4E A; 1V74 B; 1WWP A; 2PX0 A; 3ZTZ A; 5BQG A; 5L3Q A; 2J9W A; 4XLN F; 3OEO A; 4RBN A; 4WGZ A; 2KNH A; 3C7J A; 5KYX B; 5F5F A; 4JIO A; 4WJ0 A; 2J8W A; 1M57 C; 3NYJ A; 2LP4 A; 2YWA A; 5KYX A; 2ZXR A; 2GWW A; 3F46 A; 3ZWI A; 4EWC A; 1KU2 A; 2W4M A; 3QW0 A; 3GWN A; 4LDK A; 3FAJ A; 3TK0 A; 5DS5 A; 3H2V A; 3NKD A; 3KKB A; 3AJM A; 4JC7 A; 1LVK A; 1EKY A; 3VF0 A; 3X1O A; 4FX5 A; 2J9B A; 2ASR A; 5AGF A; 4G7Z F; 1QLE C; 2HS5 A; 2XLO A; 3AGU A; 4IJJ A; 4U5C E; 1OCC C; 2HUJ A; 3K1I A; 4LER A; 4Z9I A; 2FAP B; 3ABM C; 4O79 A; 4EBK A; 5KYY A; 4KI2 A; 3NDB B; 3DXJ F; 2VB6 A; 5BQI A; 1EQ1 A; 2H7O A; 1ZVZ A; 2QY9 A; 4EHP A; 2HSB A; 2OKU A; 4GQH A; 3RKO F; 3L34 A; 1VLT A; 2E87 A; 2H7V C; 1CPR A; 5JS5 A; 1BR1 A; 3RIP A; 5L0F A; 2WZF A; 3EHM A; 5CI9 A; 2JPU A; 4CX9 A; 5E33 A; 2LSE A; 1W2W A; 1HY5 A; 5B1B C; 1D1C A; 4ULW A; 2Y39 A; 4AL1 A; 4C3B A; 5B3I A; 3G50 A; 3SEO A; 3UNG C; 3AG4 C; 1SZI A; 2HMQ A; 1LKX A; 4M63 A; 2IXO A; 3ABL C; 5E2Q A; 3W2V A; 2WL8 A; 1B68 A; 4O6Y A; 1LPE A; 3T4R A; 1YDI A; 3NYL A; 3GOR A; 3HJC A; 4RDA A; 5A6B D; 2CW0 F; 2YLD A; 4O7G A; 1MMD A; 3C63 A; 1NFN A; 3U8V A; 4AE4 B; 4MW8 A; 2LQG A; 3HKK A; 4DXW A; 3S27 A; 3JRM O; 4YT5 A; 2WVO A; 3N24 A; 4LDQ A; 1WOL A; 2R25 A; 4NTF A; 4QDL A; 4PFP A; 1ZW3 A; 3RW0 A; 1FNT c; 2VH3 A; 3E9V A; 1YYX A; 3GEH A; 4H54 A; 3JYY A; 3J06 A; 4NTB A; 4QI0 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2OKU A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
