The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
94
|
sequence length |
329
|
structure length |
308
|
Chain Sequence |
HHHHHVINLKELKILHTSDWHLGVTSWTSSRPVDRREELKKALDKVVEEAEKREVDLILLTGDLLHSRNNPSVVALHDLLDYLKRMMRTAPVVVLPGLKLFGNFVTSISSDITFVMSFEPVDVEAKRGQKVRILPFPYPKNEGDFRFFLESRLNKLYEEALKKEDFAIFMGHFTVEGLAREIIINRALIPSVVDYAALGHIHSFREIQKQPLTIYPGSLIRIDFGEEADEKGAVFVELKRGEPPRYERIDASPLPLKTLYYKKIDTSALKSIRDFCRNFPGYVRVVYEEDSGILPDLMGEIDNLVKIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the first eubacterial Mre11 nuclease reveals novel features that may discriminate substrates during DNA repair.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Exonuclease, putative
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermotoga maritima msb8
|
| total genus |
94
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| structure length |
308
|
| sequence length |
329
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00149 | Metallophos | Calcineurin-like phosphoesterase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | DNA double-strand break repair nuclease | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DW8 C; 3K7W C; 4J6O A; 4XPN A; 3T1I A; 3H61 A; 3KBP A; 4V0V A; 2Q8U A; 1Z2W A; 2NPP C; 3QG5 C; 2O8G A; 3C9F A; 2KKN A; 4M0V A; 1W24 A; 5EQV A; 2R17 A; 4FBW A; 2USH A; 4F0Z A; 1TCO A; 4UT3 B; 1S3L A; 2IE3 C; 3IB7 A; 3ZU0 A; 5F3W A; 4I5L C; 3H69 A; 5IOH A; 1Z2X A; 4DSY A; 1S95 A; 4ORB A; 4OR9 A; 2NYL C; 4G9J A; 3DSD A; 2IE4 C; 5C1V A; 2BQ8 X; 2Z06 A; 4H1Y P; 3AV0 A; 4ZX2 A; 2Z1A A; 2QJC A; 4H2I A; 3K7V C; 4YKE A; 3DSC A; 3ZTV A; 5DNY A; 4I5N C; 2NXF A; 4Q7F A; 3H66 A; 3PSN A; 3QFO A; 1OID A; 1OI8 A; 4H2F A; 2HYO A; 2A22 A; 2IAE C; 1IT6 A; 1S3M A; 3E7A A; 1USH A; 3ICF A; 4FCX A; 4B2O A; 3EGG A; 4WWL A; 2WDC A; 4UT3 A; 1QFC A; 1V73 A; 2QFP A; 2BDX A; 3H60 A; 2ZBM A; 4V0W A; 2QFR A; 4JA9 A; 4MOY A; 2HYP A; 4O4K A; 5JPE A; 1MF8 A; 4MOV A; 4MP0 A; 1WAR A; 2JOG A; 3H67 A; 3RL3 A; 4NZV A; 3RL5 A; 4KKZ A; 1T71 A; 2YVT A; 4LU9 A; 3N5U A; 4ZVZ A; 3THO B; 1HPU A; 5HPE A; 4H2G A; 1II7 A; 1M63 A; 3H63 A; 2HY1 A; 2CV9 A; 1WAO 1; 3H62 B; 4H2B A; 4KBP A; 5J28 A; 4ORC A; 3HVQ A; 4O43 A; 4UT2 A; 2XMO A; 4JA7 A; 1AUI A; 5JJT A; 4O5G A; 3H64 A; 4DHL A; 5B8I A; 4LTY A; 3PSO A; 2NYM C; 1NNW A; 4UWQ A; 1HO5 A; 3P71 C; 4FBQ A; 1S8E A; 4H1S A; 2DFJ A; 4FBK A; 1OIE A; 3CK2 A; 2GJU A; 1S3N A; 2WDE A; 2O8A A; 4TUI A; 1FJM A; 1KBP A; 3EGH A; 1G5B A; 2WDD A; 1UTE A; 3V4Y A; 3THN A; 3FGA C; 3E7B A; 3QFM A; 4IYP C; 3C5W C; 4TUG A; 4IL1 A; 5INB A; 3AUZ A; 1U32 A; 4DT2 A; 3QFN A; 3QFK A; 1SU1 A; 1T70 A; 1XM7 A; 3GVE A; 3JYF A; 4LAC C; 3IVE A; 3RL4 A; 2AHD A; 2P6B A; 3LL8 A; 1UF3 A; 2BCD A; 4HD0 A; 3RQZ A; 3TGH A; 1S70 A; 3H68 A; 5JPF A; 4V0X A; 4O24 A; 2Z72 A; 1QHW A; 4ORA A; 3IB8 A; 1XZW A; 1HP1 A; 5GTU A; 3IVD A; 2WDF A; 1JK7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A25 A; 3DW8 C; 3EPK A; 4J6O A; 1J5E E; 4XPN A; 2K7I A; 3E0J A; 4DV3 E; 3J7Y p; 2YTP A; 4BBY A; 1UBD C; 1WHQ A; 2H36 X; 5BR8 E; 1EKZ A; 1PJQ A; 1SFE A; 4M0V A; 2JOX A; 2N3G A; 4B3S E; 2USH A; 4LFB E; 2M1S A; 1T4N A; 2EPK X; 1IQO A; 1QNT A; 2DMI A; 5A6A A; 3JAM C; 2LVH A; 1A1L A; 4OR9 A; 2NYL C; 1HNX E; 4K0K E; 3DSD A; 2M4I A; 4R2E A; 2I9I A; 5KL5 A; 4ZX2 A; 3LML A; 3KWR A; 2EPP A; 4ZYE A; 2UUC E; 1ZBQ A; 2Z1A A; 4DR4 E; 1L4S A; 2EOQ A; 1HNZ E; 1WJP A; 3C4T A; 2IHR 1; 2NXF A; 5AE3 A; 3F6G A; 3L00 A; 4Q7F A; 2K4V A; 2NA2 A; 3QFO A; 1OID A; 2E72 A; 2CPN A; 2EN1 A; 1NCS A; 1TF6 A; 2IAE C; 3E7A A; 1USH A; 4LF7 E; 3EGG A; 4DR2 E; 1X49 A; 1YZ9 A; 4R8O A; 3TQM A; 2ZBM A; 2EN4 A; 2EPU A; 2EOO A; 2EN3 A; 4Q35 B; 5T6J A; 4R2Q A; 2B7V A; 4MP0 A; 1T39 A; 3RL5 A; 1GZ6 A; 2LJU A; 1HPU A; 5HPE A; 2EMH A; 1KJK A; 3KZZ A; 2EOF A; 2YTO A; 3C4B A; 3VYY A; 1IBL E; 1M63 A; 2WZO A; 1FJG E; 1YYO A; 2WCC 3; 4O43 A; 4DR6 E; 2EN7 A; 2L8T A; 2YU8 A; 4KWY A; 4JA7 A; 2EMC A; 4F9B B; 3H64 A; 1A1I A; 3IWB A; 5A6J A; 4X65 E; 1X6E A; 2NYM C; 1NNW A; 2EPM X; 4UWQ A; 3BBG A; 4F9C B; 1JK2 A; 4FBQ A; 2UU9 E; 1RC7 A; 4BMJ A; 1S3N A; 2B7T A; 3P1X A; 2EN2 A; 2G7H A; 2YTQ A; 2L33 A; 2EQ1 A; 1EH8 A; 2HHH E; 1FJM A; 3EGH A; 1G5B A; 2WDD A; 4DV1 E; 3T1Y E; 3THN A; 4DV5 E; 2JR1 A; 3HXL A; 3C5W C; 2J7J A; 2B9D A; 2YWQ A; 1N3G A; 5INB A; 5AC4 A; 2YEQ A; 4X62 E; 2L2K B; 4RHB B; 2RQL A; 1XM7 A; 4MLV A; 2LJH A; 3GVE A; 3IWC A; 4L5N C; 2ADR A; 2EMY A; 2EOZ A; 2EPO A; 2NUF A; 2AHD A; 3MSW A; 2YTI A; 4HD0 A; 3RQZ A; 3ADI A; 1XNR E; 4X64 E; 2LO3 A; 4O24 A; 4WXD A; 1EH7 A; 1X6H A; 2JOB A; 4NHR A; 5KL6 A; 1JK1 A; 2EMB A; 1ZR9 A; 2YTD A; 1A1H A; 4Q28 A; 5AE2 A; 1HNW E; 4LF8 E; 3QG5 C; 5A2Q C; 2HJJ A; 4DR3 E; 3C9F A; 1HR0 E; 2YU5 A; 4LF4 E; 1N34 E; 1UHZ A; 2ENC A; 5KL7 A; 1W24 A; 2R17 A; 4FBW A; 1NEI A; 2EP3 A; 2YTG A; 4DV0 E; 2JXP A; 2VE7 C; 2KOU A; 3EQ1 A; 2IE3 C; 2DGC A; 5IOH A; 2NUG A; 1RMD A; 1Z2X A; 2ZM6 E; 4LF9 E; 4ORB A; 4WYQ B; 2IE4 C; 2YSO A; 4H1Y P; 5CFF E; 1DQ3 A; 5IXM B; 1ZU1 A; 4YKE A; 1PJS A; 2F4V E; 3ZTV A; 4WPY A; 1X48 A; 2VRD A; 3BF2 A; 4RH8 A; 4ZYG A; 2V87 A; 3PSN A; 2EOY A; 3J81 C; 3FIG A; 4H2F A; 3RMP A; 4JI3 E; 3ICF A; 2V89 A; 4FCX A; 1TN9 A; 2LT7 A; 2WDC A; 4UT3 A; 1N33 E; 1QFC A; 4V0W A; 2QFR A; 4JI2 E; 4JA9 A; 2EN8 A; 2YTJ A; 4O4K A; 4F9A B; 3J7A G; 4WSG A; 3H09 A; 4F54 A; 2JOG A; 3H67 A; 3RL3 A; 4WXC A; 2EMA A; 1I94 E; 3BGH A; 1A1G A; 4ZVZ A; 1P47 A; 2DLK A; 2ELY A; 2EMW A; 1BBO A; 1II7 A; 1A1J A; 2WBU A; 2V83 A; 2MKN A; 4F6M A; 1WAO 1; 2V88 A; 2YT4 A; 1SR9 A; 3H62 B; 4H2B A; 4F6N A; 5IWA E; 4GKK E; 4UT2 A; 2M9A A; 5JJT A; 2B3T B; 4DHL A; 4P7D A; 3PSO A; 2NUE A; 1HO5 A; 4H1S A; 1S8E A; 1YUJ A; 3C6M A; 2EM6 A; 2RPC A; 3CK2 A; 2F8B A; 2WDE A; 4TUI A; 2EML A; 1IBM E; 2E5L E; 5FLX C; 4NXN E; 1PDA A; 2YZT A; 1YSA C; 2FGG A; 3K6Q A; 4R2D A; 2UXC E; 4GEQ B; 2EM7 A; 3FGA C; 4IYP C; 2EMF A; 2D9H A; 2VF1 A; 4N4R B; 2KON A; 4IL1 A; 2PRT A; 3QFN A; 3QFK A; 4J8Z A; 2DIX A; 2GHF A; 2EOX A; 3ADL A; 4KHP E; 4IS1 C; 3JU0 A; 2EMK A; 1YPN A; 3TGH A; 1XMQ E; 2ZO9 B; 2EWL A; 4M2Z A; 4LFC E; 2E1M A; 2VQE E; 2EM8 A; 4ORA A; 1AAY A; 4BS9 A; 1XZW A; 5GTU A; 2WDF A; 2YTF A; 2EM9 A; 4LF6 E; 3HTX A; 3HPZ A; 5LL6 R; 2GPI A; 3H61 A; 4V0V A; 2Q8U A; 2WBS A; 3MHH C; 4WX9 A; 4F0Z A; 4L8N A; 2YRK A; 2VQF E; 5F3W A; 3EPH A; 1S3L A; 4BHB A; 1TCO A; 4UT3 B; 3ZU0 A; 1WXR A; 4I8O A; 1A1K A; 4I5L C; 5LLQ A; 4NXM E; 5A6B A; 2EPC A; 4B3M E; 4JYA E; 2LV2 A; 2EMI A; 2DXL A; 2EOJ A; 1T38 A; 4DR5 E; 4DUZ E; 3T1H E; 2EMZ A; 3AV0 A; 1Z1B A; 2EMX A; 2LBS B; 2QJC A; 4JI1 E; 3BID A; 2JPA A; 2EL6 A; 3HPS A; 2BB8 A; 3MHS C; 4DR1 E; 4DV6 E; 5ADZ A; 2MC6 A; 1F2I G; 2HYO A; 2A22 A; 1G2F C; 1S3M A; 1UN6 B; 2EM0 A; 2N8X A; 1UIL A; 2UUA E; 4DMI A; 2QFP A; 3M99 B; 2FTX B; 3H60 A; 1IQS A; 3VHT B; 2JY9 A; 5JPE A; 1MF8 A; 4MOV A; 3C6K A; 4KKZ A; 2EPA A; 4LU9 A; 1T71 A; 2YVT A; 4BCA A; 2L2M A; 2EL5 A; 4R2A A; 2RSI A; 2HY1 A; 2EOH A; 3ZOQ B; 5KL4 A; 2EM3 A; 2CV9 A; 4B3T E; 4YY3 E; 5J28 A; 5IT9 C; 1XMO E; 2EOI A; 4IJD A; 2EM5 A; 4R2R A; 4JI0 E; 4WSP A; 2DLQ A; 1YUI A; 1AUI A; 2V85 A; 1RQ0 A; 3F6H A; 2EPN A; 1FKA E; 3P71 C; 1BBG A; 2EPX A; 2DRP A; 4R2P A; 2DFJ A; 3D03 A; 4FBK A; 4R2C A; 5KL3 A; 1B69 A; 2O8A A; 2ODR D; 2LTS A; 1N36 E; 5A6B D; 2JYA A; 3ECR A; 1GQE A; 2CTD A; 4JI6 E; 3V4Y A; 2UUB E; 2YRH A; 4HTG A; 3QFM A; 4R2S A; 1WRJ A; 1TF3 A; 2DMY A; 5AAS A; 1U32 A; 2ENA A; 2YPN A; 4DV4 E; 4DT2 A; 2EOS A; 3KZY A; 1YYW A; 2HC5 A; 2RSM A; 1SU1 A; 1T70 A; 4LAC C; 3IVE A; 1AH5 A; 3OTO E; 5AC5 A; 2P6B A; 3LL8 A; 2EPR A; 2GLI A; 1UF3 A; 2BBG A; 4R03 A; 5LMN E; 1T4L B; 1QU6 A; 2R1F A; 2LMZ A; 2LTR A; 1O0W A; 4DV2 E; 2KHX A; 1QHW A; 4P78 A; 4M9V C; 1X3C A; 4GZN C; 2YTN A; 4YHH E; 3IVD A; 4TUG A; 1JK7 A; 2MKD A; 3K7W C; 3T1I A; 4DUY E; 1YYK A; 2RTX A; 1WHN A; 3KBP A; 3J80 C; 4HEI A; 5AE1 A; 1Z2W A; 1PJT A; 2NPP C; 2M7Q A; 2L3C A; 2O8G A; 2KKN A; 5EQV A; 3LLH A; 5TSE A; 2ENH A; 3IB7 A; 3H69 A; 2ELZ A; 4OX9 E; 1IMU A; 2DSY A; 4DSY A; 1S95 A; 2EPZ A; 2DXN A; 4X66 E; 2UXB E; 2EN6 A; 4G9J A; 5C1V A; 2BQ8 X; 2RS6 A; 2Z06 A; 2MC5 A; 3DJW A; 4B3R E; 2LE2 A; 3VYX A; 4H2I A; 4JI8 E; 3K7V C; 3DSC A; 2DB2 A; 5DNY A; 1N32 E; 2V8Q B; 4F2J C; 4I5N C; 5IV8 B; 5KL2 A; 3H66 A; 3DF6 A; 4BC9 A; 1OI8 A; 3OML A; 2NAB A; 2JP9 A; 1X5W A; 1IT6 A; 4B2O A; 5LMU E; 4WWL A; 1V73 A; 2L92 A; 1PKP A; 2BDX A; 2L2N A; 2EL4 A; 4X9J A; 2YTE A; 2WBT A; 1BB8 A; 1X47 A; 4KZS A; 4MOY A; 2HYP A; 1DI2 A; 1X6F A; 2EOR A; 2EE8 A; 4WFT A; 2I13 A; 4DV7 E; 1WAR A; 4NZV A; 1EH6 A; 4JI4 E; 3N5U A; 4JI7 E; 3THO B; 4H2G A; 1MEY C; 2EOE A; 4OOG C; 2FV4 B; 3H63 A; 3VK6 A; 5A69 A; 4KBP A; 4AQY E; 2LRS A; 2L6M A; 4ORC A; 3ADG A; 3HVQ A; 4GKJ E; 3ADJ A; 4BC7 A; 1G2D C; 1A1F A; 2EZ6 A; 2XMO A; 2EM4 A; 4M30 A; 2ODR C; 2EQ3 A; 4O5G A; 2CT1 A; 2EMG A; 2JVA A; 2LCE A; 4LTY A; 1T4O A; 4LF5 E; 2ZOA A; 5B8I A; 1YFH A; 1MGT A; 2EQ0 A; 2R76 A; 1OIE A; 2GJU A; 2N3H A; 2EOM A; 3JTZ A; 1J26 A; 2EJ4 A; 1ZAA C; 4X8W A; 1KBP A; 2EPL X; 3EPL A; 4ZYH A; 2MDR A; 2YRM A; 2LUP B; 3FLO A; 1XNQ E; 4DKK A; 1UTE A; 3E7B A; 1KYQ A; 4MLQ A; 1STU A; 2EM2 A; 2LUQ A; 3AUZ A; 4JV5 E; 4BHC A; 2JWO A; 4LFA E; 3RL4 A; 3JYF A; 1DGC A; 2BCD A; 2CSH A; 3UK3 C; 1S70 A; 3HQ1 A; 4FK5 C; 4DR7 E; 3H68 A; 5JPF A; 2HGH A; 5A6K A; 2V86 A; 4V0X A; 3EPJ A; 2L3J A; 2Z72 A; 1LLM C; 1IBK E; 4JI5 E; 3IB8 A; 2MDG A; 2RS7 A; 1ZBT A; 2YSP A; 1HP1 A; 2UXD E; 3IWD A; 4ZYD A; 1GTK A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3DW8 C; 3K7W C; 4J6O A; 4XPN A; 3T1I A; 3H61 A; 3E0J A; 3KBP A; 4V0V A; 2Q8U A; 1Z2W A; 2NPP C; 3QG5 C; 2O8G A; 3C9F A; 2KKN A; 4M0V A; 1W24 A; 5EQV A; 2R17 A; 4FBW A; 2USH A; 4F0Z A; 1TCO A; 4UT3 B; 1S3L A; 2IE3 C; 3IB7 A; 3ZU0 A; 5F3W A; 4I5L C; 3H69 A; 5IOH A; 1Z2X A; 2DXL A; 4DSY A; 1S95 A; 2DXN A; 4ORB A; 4OR9 A; 2NYL C; 4G9J A; 3DSD A; 2IE4 C; 5C1V A; 2BQ8 X; 2Z06 A; 4H1Y P; 3AV0 A; 4ZX2 A; 2Z1A A; 2QJC A; 4H2I A; 3DSC A; 3K7V C; 4YKE A; 3ZTV A; 5DNY A; 4I5N C; 2NXF A; 4Q7F A; 3H66 A; 3PSN A; 3QFO A; 1OID A; 1OI8 A; 4H2F A; 2HYO A; 2A22 A; 2IAE C; 1IT6 A; 1S3M A; 3E7A A; 1USH A; 3ICF A; 4FCX A; 4B2O A; 3EGG A; 4WWL A; 2WDC A; 4UT3 A; 1QFC A; 1V73 A; 2QFP A; 2BDX A; 3H60 A; 2ZBM A; 4V0W A; 2QFR A; 4JA9 A; 4MOY A; 2HYP A; 4O4K A; 5JPE A; 1MF8 A; 4MOV A; 4MP0 A; 1WAR A; 2JOG A; 3H67 A; 3RL3 A; 4NZV A; 3RL5 A; 4KKZ A; 1T71 A; 2YVT A; 4LU9 A; 3N5U A; 4ZVZ A; 3THO B; 1HPU A; 5HPE A; 4H2G A; 1II7 A; 1M63 A; 3H63 A; 2HY1 A; 2CV9 A; 1WAO 1; 3H62 B; 4H2B A; 4KBP A; 5J28 A; 4ORC A; 3HVQ A; 4O43 A; 4UT2 A; 2XMO A; 4JA7 A; 1AUI A; 5JJT A; 4O5G A; 3H64 A; 4DHL A; 5B8I A; 4LTY A; 2ZOA A; 3PSO A; 2NYM C; 1NNW A; 4UWQ A; 1HO5 A; 3P71 C; 4FBQ A; 1S8E A; 4H1S A; 2DFJ A; 3D03 A; 4FBK A; 1OIE A; 3CK2 A; 2GJU A; 1S3N A; 2WDE A; 2O8A A; 4TUI A; 1KBP A; 1FJM A; 3EGH A; 3FLO A; 1G5B A; 2WDD A; 1UTE A; 3V4Y A; 3THN A; 3FGA C; 3E7B A; 3QFM A; 4IYP C; 3C5W C; 4TUG A; 4IL1 A; 5INB A; 3AUZ A; 1U32 A; 4DT2 A; 2YEQ A; 3QFN A; 3QFK A; 1SU1 A; 1T70 A; 1XM7 A; 3GVE A; 3JYF A; 4LAC C; 3IVE A; 3RL4 A; 2AHD A; 2P6B A; 3LL8 A; 1UF3 A; 4HD0 A; 2BCD A; 3RQZ A; 3TGH A; 1S70 A; 2ZO9 B; 3H68 A; 5JPF A; 4V0X A; 4O24 A; 2Z72 A; 1QHW A; 4ORA A; 3IB8 A; 1XZW A; 1HP1 A; 5GTU A; 3IVD A; 2WDF A; 1JK7 A;
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