The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
167
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structure length |
160
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Chain Sequence |
MVSTAVEKKKYLDSEFLLHCISAQLLDMWKQARARWLELVGKEWAHMLALNPERKDFLWKNQSEMNSAFFDLCEVGKQVMLGLLGKEVALPKEEQAFWIMYAVHLSAACAEELHMPEVAMSLRKLNVKLKDFNFDMPPEEKKRRMERKQRIEEARRHGMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structural Basis for Recognition of Base J Containing DNA by a Novel DNA Binding Domain in Jbp1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
THYMINE DIOXYGENASE JBP1
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Leishmania tarentolae
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| total genus |
52
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| structure length |
160
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| sequence length |
167
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| ec nomenclature |
ec
1.14.11.6: Thymine dioxygenase. |
| pdb deposition date | 2010-09-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18526 | DB_JBP1 | Thymine dioxygenase JBP1 DNA-binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XSE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z9I A; 2ZXO A; 1KU2 A; 4YN0 B; 3TJ6 A; 1L3P A; 3RQG A; 1H9T A; 2LQG A; 5FZT A; 1WGW A; 3ABK C; 1NBB A; 3EG9 A; 2Q3T A; 2IM8 A; 2TMV P; 1UFB A; 1NLX A; 3VAY A; 2QY9 A; 4YJW A; 3ZQV A; 1YYJ A; 4U5D E; 2R7U A; 3C62 A; 1W2W A; 2OG2 A; 3MYI A; 3WG7 C; 3EPV A; 4E0I A; 1WWP A; 3HNJ A; 1OKK A; 3C18 A; 3DWW A; 1WTY A; 2YL3 A; 2ZXP A; 3M4B A; 3C8Z A; 3PHF 2; 3TJ5 A; 5BQG A; 1SR2 A; 4P6I C; 1JPJ A; 4MVR A; 5B1A C; 5T1D B; 3ZIB A; 2XXA B; 2BL2 A; 2R7Q A; 1YAU O; 4Z9H A; 1Q0K A; 2J9W A; 3S28 A; 3NYM A; 4XPW A; 1WOL A; 3DE8 A; 1NU9 C; 5JRA A; 4N6H A; 3RFY A; 3ZC4 A; 4BJ6 A; 3IEE A; 4EWC A; 1E84 A; 1QVX A; 2M4E A; 2IXP A; 3G50 A; 3GEI A; 3QZC A; 4G0H A; 3T6G B; 5A6K A; 3EGX B; 4CS9 C; 3L8I A; 2EIN C; 3JT1 A; 3NYL A; 4PFP A; 5KYU A; 4OD5 A; 2BE5 F; 2Q4F A; 3O55 A; 4U5G A; 4CX9 A; 3DAG A; 5L0H A; 3GOD A; 3H65 A; 2XS8 A; 3QMK A; 2EIL C; 1O3U A; 2J9U A; 3WAQ A; 5L0F A; 3ITF A; 1F1M A; 3DD7 A; 3N2Z B; 5TJ5 E; 3VF0 A; 5BQH A; 1LS4 A; 3GAN A; 4MTG A; 1MQV A; 2DGJ A; 3JSE O; 3IQT A; 1YA9 A; 5EHH A; 1RKE A; 5A6B D; 3SEO A; 3ZSU A; 2XLW A; 3SZR A; 4CS7 A; 4HEA J; 2R7X A; 3DZA A; 2QE9 A; 2OEV A; 2WVQ A; 3O10 A; 1JAF A; 1A7D A; 2WL8 A; 1IW7 F; 4DOZ A; 4QI2 A; 5A6J A; 1FFT C; 1WAS A; 2J0W A; 2YWA A; 3KH2 A; 3NG1 A; 3H2V A; 4JRZ A; 3IQ6 A; 2H7V C; 3QVY A; 1A7E A; 2F22 A; 2YKZ A; 3GEE A; 4A2N B; 1MND A; 1D0X A; 1A7V A; 3X1O A; 2OJE D; 3MBG A; 4U5F E; 1NFO A; 2D5R B; 1H7I A; 5AC4 A; 5DS5 A; 4HFK B; 1OR2 A; 1R5I D; 3FMS A; 3U3F A; 3CQZ A; 4MW8 A; 2BC5 A; 3JRT A; 3V5Y A; 3POV A; 2RSE B; 1HW1 A; 3GEH A; 3MFN A; 4JJG A; 4N06 A; 4YT5 A; 5K0I A; 3AGU A; 3K33 A; 4Z9J A; 5KYX B; 3NKD A; 1HE1 A; 2EIM C; 4YL1 A; 4CIP A; 1E83 A; 1B68 A; 3RVY A; 3UMI A; 2GFH A; 4UDV A; 2CW0 F; 2AWY A; 3K1I C; 3MLG A; 1VMA A; 3DKA A; 4E17 A; 1A41 A; 1LI7 A; 2J8W A; 2HJM A; 3VYW A; 4HE8 D; 4CDY A; 2J7P A; 3GOR A; 4E18 A; 4IB4 A; 1C17 M; 1J8Y F; 3SYN A; 3J06 A; 2OJQ A; 1OCO C; 2EPL X; 3EJN A; 1NSG B; 3N0T A; 4NTA A; 4XPY A; 1ZHX A; 2QTV A; 2PBE A; 3GWN A; 2JD3 A; 1LS1 A; 3Q7G A; 4JTC B; 1ORJ A; 3ASO C; 1FMW A; 1SF8 A; 1K40 A; 3ATP A; 4MW3 A; 4XEV A; 1JRA A; 4N6C A; 4PJL A; 3RYL A; 2AWC A; 256B A; 1NZE A; 3RQF A; 2DYR C; 2H8A A; 4RD9 A; 1ST6 A; 4XWJ A; 3F46 A; 1DOV A; 3RH3 A; 3EGX A; 3ZVR A; 1T6Q A; 3ZWI A; 1OW6 A; 4GEH A; 4F4B A; 1APC A; 3AGT A; 3KYJ A; 4D4N A; 1QQ3 A; 2I8B A; 2GWW A; 5JLI A; 4YL0 A; 3W8H A; 2X0C A; 3U2L A; 4IGG A; 1TFO B; 2YL1 A; 1M6T A; 1RJ9 B; 3S27 A; 3AG1 C; 2WZL A; 2AU5 A; 5HV9 A; 1ZYR F; 4G7O F; 2W45 A; 4DJ9 A; 2OOC A; 2NG1 A; 3U5S A; 1ZHZ A; 5COG A; 3FHD A; 3AG3 C; 3NMI A; 1FAP B; 2Y3B A; 4X0R A; 3I5Q A; 2KGO A; 4CDA A; 1OW8 A; 4AL0 A; 2EPN A; 2IBF A; 4BEJ A; 1PV3 A; 2OU6 A; 3O6X A; 3SP1 A; 5DLJ A; 4IAR A; 2EIK C; 2DYS C; 1JMW A; 5DQZ A; 4ULV A; 5DS4 A; 3ZQY A; 1WN0 A; 1M2V B; 3U8V A; 4EIY A; 4G7Z F; 2FGY A; 1Z3I X; 4BJ5 A; 1TWA A; 3GM2 A; 3IPM O; 4FAP B; 1XWJ A; 3FVY A; 1U89 A; 3FAP B; 5F5H A; 3I4U A; 1A0B A; 1V55 C; 2R7O A; 4BG0 A; 4MVZ A; 3G4Z A; 2ZD9 A; 2L6G A; 2KC3 A; 4DXW A; 5KYN A; 1LIH A; 1ZW2 A; 1LVK A; 2XLM A; 4U5B E; 2AP3 A; 2A6H F; 1EI7 A; 3RKO F; 5L0I A; 5KYX A; 5L0G A; 4YL3 A; 1VLS A; 1VYI A; 2YL0 A; 4PJJ A; 4YT8 A; 5DS6 A; 4K0D A; 3TUL A; 5E33 A; 4KI2 A; 4LLC A; 3LS1 A; 4YT4 A; 1E85 A; 4R32 A; 3K7D A; 3LEO A; 2R7R A; 2WVN A; 3EH1 A; 4U9D A; 2XL6 A; 2P0N A; 4LER A; 1OQC A; 4WJ0 A; 4MVS A; 4XTK A; 4YWQ A; 3JTL O; 5A69 A; 3MX3 A; 3JSZ A; 4Q4Z F; 1WAT A; 1TWC A; 1I4Z A; 3T9O A; 2LIG A; 1CPR A; 4NQF A; 1M56 C; 1Q0M A; 2JPU A; 3MYF A; 3I5P A; 4MTF A; 3L1M A; 1M2O A; 3FOP A; 2GA0 A; 3U9J A; 4C7O B; 4K7B A; 1NU7 D; 3GM3 A; 2WVO A; 4O6N A; 3PMR A; 4DBQ A; 1FNT c; 2EIJ C; 1ZHW A; 3C8G D; 5JSL A; 4MQ9 F; 2NPU A; 3AG2 C; 3ASN C; 4JE9 A; 4P9T A; 2V26 A; 1ORS C; 4XQ1 A; 1YVI A; 3KMI A; 2CNW D; 5F28 E; 4CS8 A; 3JYH A; 1ZZP A; 2IXN A; 2ZXR A; 4OIN F; 2KK1 A; 1K04 A; 3LEV A; 3EH2 A; 1RJ9 A; 1YYX A; 3TK0 A; 2QUP A; 3B0P A; 3ZG1 A; 3UGP A; 1M57 C; 3M79 A; 5JUA A; 1GQA A; 1MMN A; 2J0X A; 2OCC C; 3EZI A; 1CGM E; 2P61 A; 4DRI B; 3B9Q A; 4KNW A; 2L6H A; 2UUI A; 1H6G A; 2L7A A; 2MWQ A; 4NTF A; 2Q9C A; 3RQE A; 2HV6 A; 2P1A A; 3DJN B; 3JCU Q; 3E9V A; 4W8K A; 3U2M A; 3V5Z A; 3W8I A; 5L0D A; 1RXQ A; 3FAJ A; 3KPH A; 5JVE A; 2XLH A; 1C02 A; 1QSP A; 4GQH A; 2GDC A; 1M2V A; 1Q0F A; 1T5O A; 1G5Z A; 2VCB A; 3GWL A; 4J30 B; 4XPX A; 2L6F A; 2LD6 A; 4RBN A; 2IOQ A; 3HNI A; 3NKE A; 4BPM A; 2I15 A; 2YLI A; 4GYT A; 4O6Y A; 4EBJ A; 3A11 A; 1HW2 A; 2ZXW C; 3IHU A; 1OR3 A; 1VLT A; 2LFF A; 4O7G A; 4ONS A; 1R4T A; 2PF4 E; 2OQM A; 3ECS A; 1Z63 A; 3UR3 C; 2A0B A; 1NG1 A; 4YT2 A; 3NYJ A; 4DRH B; 1V54 C; 1ZVZ A; 3HTK C; 3QW1 A; 1J8M F; 1BR1 A; 1DOW A; 1YLM A; 1TWH A; 2LFD A; 2YZS A; 3HKK A; 1GGQ A; 1LE2 A; 4MVQ A; 4OD4 A; 4U9E A; 4EBK A; 5BQI A; 3RW0 A; 2ZPA A; 3CAX A; 1Z23 A; 1PD0 A; 2HUJ A; 5B3S C; 3Q6M A; 1T01 A; 4PJM A; 4CSA C; 1QPU A; 3LS0 A; 4AE4 B; 3VM6 A; 2UUH A; 1G8X A; 2CGE A; 3W2W A; 1GM5 A; 3LUT B; 2ASR A; 3CZ6 A; 4U5H A; 2PP4 A; 2XSE A; 1VB5 A; 3PCV A; 2Y3H A; 4MTO A; 5L3Q A; 4C3D A; 4JKV A; 4CS9 A; 2A69 F; 2HZ8 A; 2J9B A; 4MND A; 4NC3 A; 4JEA A; 4PFO A; 4LDK A; 2R7W A; 1E2X A; 3FXH A; 4CDV A; 2CCY A; 1OKK D; 4C7O A; 1L7C A; 1QZX A; 2YLG A; 3U3B A; 1LPE A; 3V5X A; 3FOO A; 3S90 A; 1Z6A A; 1LM3 B; 2C04 A; 3HNL A; 2XXA A; 4QDL A; 1FMV A; 3AJM A; 1LI5 A; 2G3K A; 3K1H A; 4M63 A; 4MVU A; 4FES A; 4JC7 A; 1SMY F; 2Q9A A; 3OA1 A; 4NCQ A; 3QW0 A; 2Y39 A; 5D92 A; 2CDQ A; 1V4A A; 4FX5 A; 1I5N A; 4PK4 A; 1BBH A; 1GS9 A; 2P6V A; 4BJ1 A; 2RD9 A; 2Q9B A; 2ETS A; 2R7T A; 1VOM A; 2HSB A; 2WZF A; 3UMH A; 5A6B A; 5JT4 A; 3ZTM A; 4BJ6 C; 2H7O A; 3NDB B; 3S84 A; 2VB6 A; 1JPN A; 4PR9 A; 1T6U A; 1BDJ B; 2L9J A; 2H7B A; 3JYY A; 3EFO B; 2JX0 A; 3W2V A; 3ZTZ A; 3DXJ F; 3E70 C; 1QLE C; 4JVS A; 3S9O A; 1PCX A; 3AQB A; 3US6 A; 3SXZ A; 4ZLC A; 5AC5 A; 1O5H A; 2YRF A; 2EPK X; 1HE9 A; 1OCR C; 4J7T A; 1OCC C; 1MMG A; 3KL4 A; 4E7S A; 3AQC A; 2A6E F; 4PJN A; 3CSK A; 3IQ5 A; 4XEF A; 5DVW A; 3B0V C; 4OIQ F; 3AG4 C; 3B71 A; 4JUR I; 4C3B A; 1I4Y A; 1ZU4 A; 1N1C A; 4JCZ A; 3AOU A; 1YA7 O; 2FAP B; 3JRM O; 4I1O B; 1LE4 A; 4O79 A; 4DVZ A; 1D0Y A; 3K1I A; 2NUT B; 3L0I A; 2OEX A; 1ZU5 A; 2WB7 A; 4G78 A; 4OIP F; 5F5F A; 2KW3 C; 4U5C E; 1K05 A; 3DI5 A; 1E86 A; 4N4W A; 3UMK A; 3ZDL A; 1KTM A; 3KKB A; 2B0H A; 1OXB A; 4J32 B; 1YDI A; 2HFI A; 3OEO A; 1JR8 A; 4NTB A; 4BEM J; 1OXK A; 2HMZ A; 4AE4 A; 1YJG A; 5AGF A; 3M15 A; 4IJJ A; 4KBL A; 4ANJ A; 3G4X A; 2NUP B; 2DI3 A; 1MNE A; 4RDA A; 4JTA B; 2J45 A; 1CPQ A; 3B29 A; 2YLD A; 2P7V A; 1TWG A; 1LKX A; 2AVK A; 1KNY A; 3M1C B; 3QVZ A; 1SZI A; 3A9C A; 4I3M A; 3TOL A; 1EQ1 A; 4C3E A; 2E87 A; 2HKV A; 4BJT A; 2EPO A; 2OKU A; 3TD7 A; 1UG7 A; 3K6B A; 1HMO A; 2G3V A; 3CEX A; 2J7P D; 3DAF A; 2X51 A; 5A6A A; 1RKC A; 4FWV A; 3EGD B; 4IAQ A; 3LNR A; 5BUO A; 3JZ0 A; 2NSG A; 3C8G B; 3U8P A; 1JOG A; 4JJF A; 5DQT A; 2HV7 A; 2R05 A; 4WGY A; 2VC9 A; 5JP7 A; 3LLK A; 2XRH A; 1TFK B; 1AEP A; 2PX3 A; 2Y3G A; 1AUE A; 3NMK A; 2R25 A; 3X2Q C; 3RVZ A; 3PDM P; 1YZA A; 5COF A; 4JEB A; 1C03 A; 2G62 A; 3LLI A; 4IRU A; 3T6J A; 2EPM X; 2YL7 A; 3FDQ A; 3ABM C; 2XLD A; 4HFF B; 1U6H A; 1QKR A; 5IY5 C; 2A0U A; 4K1O A; 5CIV A; 4U5E E; 1D1B A; 3NRH A; 5E3C A; 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4AL1 A; 2Q00 A; 1Q0D A; 1T6I A; 3W4Y A; 3O39 A; 3R2P A; 3EGD A; 4B6I A; 3F47 A; 1Z7Q c; 1U0B B; 3C8G A; 3C63 A; 5T3W A; 2L81 A; 5FCL A; 5L0J A; 3Q7L A; 2KNH A; 3BRJ A; 2J9V A; 1CGO A; 2M64 A; 1OW7 A; 3NMJ A; 3EHN A; 3LES A; 1RCP A; 2CNW A; 3HNK A; 1VTM P; 4LAC B; 4A4A A; 1IZM A; 4XLP F; 4EHP A; 4ZLD A; 2O9X A; 1CGN A; 2KYH A; 5B3I A; 2V3C C; 1FFH A; 4H4K C; 4EKW A; 2XL4 A; 2HJ3 A; 4I44 A; 3DE9 A; 5KYU B; 1Z5Z A; 2XLE A; 4EUK B; 1ORY A; 1SYQ A; 1TQG A; 2VCA A; 3K66 A; 3LAY A; 4KNV A; 2J46 A; 3B0U X; 1EKY A; 3HJC A; 5JS5 A; 2B0J A; 1MMD A; 1D0Z A; 1G4W R; 2YEV A; 4JTD B; 2XL8 A; 1O87 A; 1OCZ C; 2WZG A; 2HMQ A; 3SNH A; 4CIH A; 2CYD A; 1YZC A; 2FFH A; 1S7Z A; 2HS5 A; 4CS8 C; 1Q0G A; 4LDR A; 2R7V A; 2PFD A; 1BR2 A; 1RKE B; 4O6M A; 2YVK A; 2VCC A; 4JCH A; 3UNG C; 2IXO A; 2PX0 A; 2W4B A; 1H9G A; 5KYW A; 2PNO A; 1HY5 A; 5HSW A; 3V7O A; 4Q5S F; 2R9R B; 1G4U S; 4XEK A; 2R02 A; 3Q6N A; 1ZW3 A; 5L0C A; 3TOM A; 2KQ9 A; 2ICW G; 2LCH A; 1FTS A; 3EQL F; 5COM A; 3WHN A; 2R7S A; 3L34 A; 3DMD A; 2C03 A; 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