The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
118
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structure length |
118
|
Chain Sequence |
SKSEALLDIPMLEQYLELVGPKLITDGLAVFEKMMPGYVSVLESNLTAQDKKGIVEEGHKIKGAAGSVGLRHLQQLGQQIQSPDLPAWEDNVGEWIEEMKEEWRHDVEVLKAWVAKAT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Refined structure of the histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain of the anaerobic sensor kinase ArcB from Escherichia coli at 1.57 A resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Sensory transduction
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
HPT DOMAIN
|
| total genus |
50
|
| structure length |
118
|
| sequence length |
118
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.13.3: Histidine kinase. |
| pdb deposition date | 1998-04-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01627 | Hpt | Hpt domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | HPT domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WN0 A; 2A0B A; 3U3B A; 2Q4F A; 1SR2 A; 3KYJ A; 2OOC A; 2LCH A; 1Y6D A; 1OXB A; 1FR0 A; 1C03 A; 2LP4 A; 2R25 A; 4PAC A; 4EUK B; 4G78 A; 3US6 A; 1A0B A; 2LD6 A; 1C02 A; 1QSP A; 3IQT A; 1TQG A; 1YVI A; 3KYI A; 3MYF A; 1I5N A; 1OXK A; 1BDJ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JD3 A; 1V4A A; 1EA8 A; 2XS8 A; 1KNY A; 3NMJ A; 4I1O B; 4CS8 C; 1V54 C; 1OR3 A; 2CCY A; 4CX9 A; 2Q4F A; 2QTV A; 1M2V B; 2YL7 A; 5E3A A; 1VTM P; 3CZ6 A; 1SMY F; 3SZR A; 3WHN A; 1GS9 A; 1W2W A; 1ZHY A; 3DE9 A; 2QLA A; 3DD7 A; 2L81 A; 2CNW A; 2QUP A; 4LDQ A; 1J8M F; 1WAS A; 1A7D A; 3UMH A; 3S84 A; 1J8Y F; 5JSL A; 5AC5 A; 4GYT A; 4AL0 A; 4J7T A; 3LJB A; 3G50 A; 3GAN A; 2HS5 A; 3C63 A; 4MTF A; 1C17 M; 4Z9J A; 2NUP A; 4C3E A; 1Z23 A; 1HMD A; 1LVK A; 2P6V A; 3GM3 A; 3H65 A; 4HFF B; 2X51 A; 5COF A; 2XL8 A; 4U5G A; 1LKX A; 3K1H A; 4CSA C; 1DOW A; 3FOO A; 1WTY A; 3B0V C; 4CSA A; 1L3P A; 1EKY A; 3ECS A; 4BJ5 C; 2XLE A; 5FCL A; 1YA7 O; 4BJ5 A; 5B3S C; 3U3B A; 1NG1 A; 1Z5Z A; 2Q7R A; 3U9M A; 5KYW B; 4U5D E; 4XPX A; 3H2U A; 3WAQ A; 5L0F A; 1VMA A; 3JT1 A; 5AC4 A; 3ASO C; 3C18 A; 2EPN A; 1RKE B; 3W2W A; 2BC5 A; 5JP7 A; 2YL0 A; 2A68 F; 2EIL C; 3NYJ A; 4O6Y A; 4XWJ A; 4EUK B; 1ST6 A; 2YL3 A; 3US6 A; 4KI2 A; 1OKK A; 4IB4 A; 2D5R B; 2B0J A; 2LSE A; 3B71 A; 2J8W A; 1T6U A; 5KYY B; 1T6Q A; 1OCC C; 3KKB A; 3IQT A; 4J30 B; 4BG0 A; 3ZIB A; 4EWC A; 1ORY A; 3ASN C; 3C62 A; 4PFO A; 3WG7 C; 5JVE A; 4G0H A; 2R7O A; 2QY9 A; 3QTH A; 1LE2 A; 1BDJ B; 4DVZ A; 1MND A; 3IEE A; 1T6I A; 4JJG A; 3ZQV A; 2LFD A; 3RQF A; 1QPU A; 2E87 A; 2G62 A; 1Y4C A; 2UUI A; 2GA0 A; 2XSE A; 2ZPA A; 4D4N A; 2ZXW C; 3LNR A; 4XQ1 A; 4CJG A; 1RJ9 A; 4CS9 A; 2QE9 A; 2P7V A; 1MMA A; 1VOM A; 4OIR F; 4GQH A; 5BQH A; 2KYH A; 2J45 A; 2Y3H A; 1Q0M A; 3ABK C; 5JRA A; 2EPL X; 2LIG A; 4WGY A; 2EPK X; 1Y6D A; 1XWJ A; 4N4W A; 4AK9 A; 5A6A A; 2Q9B A; 2J9V A; 2W45 A; 2A6E F; 4MVZ A; 4Z9H A; 1FMW A; 3CQZ A; 3UNG C; 5HV9 A; 2FGY A; 1AUE A; 4UDV A; 1LI7 A; 2CYD A; 3UMK A; 3V7O A; 3FOP A; 3JYH A; 3IQ6 A; 3T4R A; 2YQY A; 3C8G A; 4XLN F; 3DJN B; 4ZLD A; 4DRJ B; 2VAS A; 3ZVR A; 1YYX A; 1FMV A; 3E70 C; 4E17 A; 3EG9 B; 4A2N B; 3TOM A; 1HW1 A; 2WZL A; 2WL8 A; 1N1C A; 1OXK A; 1OW6 A; 3S28 A; 3Q7G A; 3QMK A; 3EFO B; 2GWW A; 2NSG A; 4U5E E; 3TUL A; 1ZU5 A; 2O9X A; 1YLM A; 2OJE D; 3IHU A; 3Q6M A; 3Q7L A; 4U9D A; 3NMI A; 2L6F A; 1JPJ A; 3UGO A; 1QVX A; 1V55 C; 2VC9 A; 3ABL C; 3LUT B; 2XLH A; 4LAC B; 2MHR A; 4H54 A; 1E86 A; 2R7Q A; 4H4K C; 4YT8 A; 3F47 A; 2NSF A; 3W8H A; 2JPU A; 2XM0 A; 3AG2 C; 4E7S A; 1T01 A; 3NG1 A; 1A41 A; 1TWC A; 3SEO A; 3I4U A; 3S0X A; 1MQV A; 2L7A A; 1C02 A; 3MBG A; 1WOL A; 1SF8 A; 2DYS C; 1VLT A; 3QVZ A; 3WOD F; 3ZSU A; 3A11 A; 1ORJ A; 1TWG A; 3MLG A; 3Q6N A; 2YKZ A; 5IY5 C; 3H2V A; 1A7V A; 2KSF A; 3HKK A; 2C04 A; 4BJ6 C; 2P1A A; 5JLI A; 1OCO C; 4BJ6 A; 4CDY A; 3KL4 A; 3AQB A; 2HZ8 A; 3GM2 A; 4IAR A; 4YL1 A; 4YN0 B; 4EBK A; 3DAF A; 2Z15 A; 4G7Z F; 3HNL A; 4NC3 A; 4BJT A; 1D1A A; 1H9T A; 4EIY A; 1LM3 B; 1BBH A; 3LEO A; 4U9E A; 2IYL D; 2OQM A; 1ORS C; 1Z6A A; 2PP4 A; 3FXH A; 3LLI A; 2MWQ A; 4QI2 A; 3V5Y A; 2IXN A; 2Y3B A; 3DXJ F; 1Z63 A; 4JW1 A; 2CNW D; 1VYI A; 1YZC A; 3DM5 A; 2LP4 A; 4MVO A; 1FFT C; 2Q9C A; 4FX5 A; 4JTD B; 4PJN A; 4NY3 A; 2VCC A; 3C8Z A; 2A69 F; 2J9W A; 4BEJ A; 2IXO A; 5HSW A; 4Q4Z F; 2LD6 A; 1LS1 A; 1APC A; 3SYN A; 2XRH A; 4C3B A; 5BUO A; 3EHN A; 2BE5 F; 2KC3 A; 2PX3 A; 1TQG A; 5EK0 A; 3EQL F; 5F5F A; 4NTF A; 4JTA B; 5KYX B; 2ASR A; 1FFH A; 3L8J A; 3MYF A; 2A0U A; 4YK5 A; 5GPG B; 4YT2 A; 2DB4 A; 4RDA A; 1E85 A; 1S05 A; 4G7H F; 1K04 A; 1HE1 A; 2FAP B; 5D91 A; 5B3I A; 3JRT A; 2F22 A; 1PV3 A; 5A69 A; 5L0D A; 1E84 A; 1Z3I X; 2J46 A; 1LIH A; 4JE9 A; 1NSG B; 2XLD A; 2HFI A; 4P9T A; 1QQ3 A; 4O7G A; 4CS8 A; 4CIH A; 1ZVZ A; 2XLM A; 3RVZ A; 3EPV A; 3EH1 A; 5DVW A; 5CI8 A; 4EHP A; 1CPQ A; 1HW2 A; 4C7O B; 4XTK A; 5T3T A; 2HSB A; 2PFD A; 3BRJ A; 3C7J A; 5B1A C; 2HMZ A; 3TOL A; 4HFK B; 4U5C E; 3U8P A; 3N0T A; 1A7E A; 5KYU A; 3ZWI A; 1NFN A; 4CS7 A; 2L6H A; 1Q0G A; 3CSK A; 5L3V A; 1SZI A; 3EH2 A; 4JVS A; 4IAQ A; 3QW1 A; 1QSP A; 4AE4 B; 5DS5 A; 2NPU A; 4HEA J; 1OCZ C; 3PCV A; 5E3C A; 1O3U A; 4CIP A; 1TKN A; 1RMV A; 1MMG A; 1RXQ A; 1M2O A; 1VK5 A; 2HUJ A; 2OEX A; 4YWQ A; 2PNO A; 4JCZ A; 4AX2 A; 1R5I D; 2HV7 A; 1D1C A; 2A1D D; 4K7B A; 2R7X A; 4RD9 A; 2WVQ A; 4PR9 A; 4IWB A; 3W8I A; 3PHF 2; 1PCX A; 1JRA A; 1EQ1 A; 1WAT A; 1E83 A; 1CPR A; 3NYL A; 3MYI A; 3U5S A; 1ZW3 A; 1H6G A; 4WAB A; 1CGO A; 3JSZ A; 3KH2 A; 2Q9A A; 4I3M A; 4O79 A; 3U2L A; 4EBB A; 2YLD A; 2I8B A; 1B68 A; 4ULV A; 4W8P A; 3T6B A; 4A4A A; 3FDQ A; 4DBQ A; 3U8V A; 2J9U A; 3DM9 B; 1O87 A; 4I44 A; 3OWT A; 1VYK A; 2YHS A; 2WVO A; 1G4U S; 4JEB A; 4MVM A; 1Q0K A; 3OEO A; 3G4Z A; 2G3V A; 2J7P A; 2V3C C; 1ZU4 A; 3K66 A; 4U5B E; 2R7R A; 1QZX A; 3LES A; 5L0H A; 2A0B A; 5JT4 A; 3B29 A; 3QVY A; 2YLG A; 1DOV A; 4KC9 A; 3ZC4 A; 5T1D B; 2XLV A; 4YJW A; 3E9V A; 2J9B A; 3ZG1 A; 3R7C A; 4Z9I A; 5L0J A; 2LCH A; 4L6R A; 4MW3 A; 3FHD A; 1FAP B; 4ULW A; 1UFB A; 2NUT B; 1LS4 A; 2AVK A; 3JSE O; 4NQF A; 1XZP A; 2VCA A; 4JC7 A; 5D92 A; 5BQG A; 5T3W A; 4EKW A; 2CW0 F; 1MNE A; 2UUH A; 4MW8 A; 3AG3 C; 2C03 A; 3IQC A; 4WGZ A; 3GEH A; 5EHH A; 1R4T A; 2YL1 A; 3QZC A; 2ZXO A; 3U2M A; 2R7U A; 3B0P A; 2Y39 A; 5KYY A; 2LQG A; 3GOD A; 4JEA A; 3RIP A; 3LS1 A; 3RFY A; 4P6I C; 3M15 A; 5L0C A; 1SYQ A; 3RVY A; 3VM6 A; 1V74 B; 3L34 A; 1SR2 A; 4IJJ A; 1M6T A; 3FAJ A; 1JMW A; 1I4Z A; 2DYR C; 1WWP A; 2R03 A; 3A9C A; 3POV A; 4MVQ A; 1S7Z A; 5DQT A; 3M1C B; 1RKC A; 3AGU A; 3NYM A; 3IPM O; 1HE9 A; 1ZW2 A; 2JX0 A; 3L1M A; 3LS0 A; 5CI9 A; 1LI5 A; 3T6G B; 5L3Q A; 2M64 A; 4JJF A; 3HTK C; 3W4Y A; 2Q00 A; 1LPE A; 1M56 C; 4G7O F; 1KU2 A; 1AVO B; 3B0U X; 5K0I A; 2ETS A; 5TJ5 E; 3EZH A; 3RF3 A; 3U3F A; 4ZLC A; 2L6G A; 1BZ4 A; 2W4B A; 3SXM A; 4CJO A; 1YJG A; 2ZXR A; 3EG9 A; 1GQA A; 2KK1 A; 3EGD B; 3ABM C; 4CDV A; 2EPM X; 3MX3 A; 4DXW A; 4OIO F; 2PF4 E; 5F5H A; 3ATP A; 5CIV A; 4LER A; 1NBB A; 2KGO A; 2WZF A; 3EFO A; 5DLJ A; 1TFO B; 3TQO A; 4CDA A; 1YAR O; 2EIK C; 5EGY A; 2HKV A; 4PJL A; 3V5Z A; 2W4M A; 4PFP A; 4BPM A; 4FAP B; 1A0B A; 1G4W R; 4U5F E; 1Q0D A; 3SXK A; 4K0D A; 3DAG A; 3JZ0 A; 4PJM A; 1NU9 C; 3S29 A; 3EGX A; 3B9Q A; 1Q0F A; 3HJC A; 4YL0 A; 4Q5S F; 3M79 A; 1YZA A; 5L0I A; 2AWY A; 4D4X A; 1D1B A; 3U0C A; 1BR4 A; 4J7Y A; 4XPY A; 4N6H A; 1TWA A; 2J0W A; 4KNV A; 2HSQ A; 1PD1 A; 1IW7 F; 2R9R B; 5A6K A; 4O6N A; 5A6B A; 1OR2 A; 2LFF A; 3DKA A; 3S9O A; 5A6J A; 4LLE A; 1HMO A; 4Q7C A; 3ZTM A; 2RSE B; 3GOR A; 3JYY A; 3HNI A; 4NTB A; 4OIN F; 5KYN A; 2P0N A; 1VLS A; 3DWW A; 2I15 A; 2YRF A; 3MFN A; 3I5P A; 3L0I A; 1YA9 A; 3DE8 A; 3NMK A; 4MND A; 3NRH A; 4PJJ A; 4O6M A; 4DRI B; 2R25 A; 2NUP B; 1ZHZ A; 4F4B A; 4MS2 A; 4KBL A; 3W2V A; 2KQ9 A; 4LDR A; 1OKK D; 2EPO A; 1EI7 A; 4YT4 A; 4KNW A; 5COM A; 4YT5 A; 2Y69 C; 4JRZ A; 3K1I C; 2ZXP A; 4P9F A; 3UGP A; 3KYI A; 5E2Q A; 4DRH B; 5JS5 A; 1WGW A; 3FVY A; 3JCU Q; 4K1O A; 2AP3 A; 4U5H A; 3FMS A; 4XEF A; 2VB6 A; 4AL1 A; 1D0Y A; 2FFH A; 3O10 A; 4MTO A; 1LE4 A; 3N2Z B; 3TK0 A; 4MVS A; 3O39 A; 4W8K A; 3CEX A; 2XS1 A; 3KMI A; 3ZTZ A; 5DS4 A; 5KYX A; 4ER9 A; 3TJ5 A; 4PK4 A; 3SNH A; 1IZM A; 5DQZ A; 2IM8 A; 3M4B A; 2TMV P; 1M57 C; 4M63 A; 1TWH A; 2OOC A; 1E2X A; 3LAY A; 3BEH A; 2ZD9 A; 1FR0 A; 2DGJ A; 1QKR A; 3VAY A; 3EZI A; 4E18 A; 2RD9 A; 2OJQ A; 3AG1 C; 3PMR A; 1ZYR F; 4MVR A; 3RQE A; 4DVY P; 1M2V A; 3DMD A; 3RQG A; 2XXA B; 1NLX A; 4C7O A; 2V26 A; 2HJ3 A; 3C8G D; 2XL6 A; 4XLP F; 3PDM P; 4XEV A; 2XXA A; 1JAF A; 3TJ6 A; 3LNM B; 3X2Q C; 4GEH A; 1PD0 A; 1OCR C; 1RJ9 B; 2R7S A; 1K05 A; 1G5Z A; 2AWC A; 2ICW G; 3DJU B; 3GEI A; 3SXZ A; 3U9J A; 2HJM A; 3ZDL A; 3X1O A; 2P61 A; 3HNK A; 4AE4 A; 2OG2 A; 1O5H A; 3AG4 C; 3RYL A; 3M4C A; 1OW8 A; 1YAU O; 3RKO F; 3NKD A; 3OA1 A; 3UMI A; 4QI0 A; 4ONS A; 4XEK A; 3S90 A; 2CGE A; 4BEM J; 2EIN C; 1F1M A; 2H7V C; 4OD5 A; 4QDL A; 3AQC A; 5L0G A; 4DJ9 A; 1OXB A; 1C03 A; 2GAQ A; 2GDC A; 3C8G B; 4FES A; 4CBE A; 4JCH A; 1NFO A; 1TR2 A; 5KYW A; 1ZHT A; 2XLO A; 3AOU A; 3CAX A; 2XM4 A; 3HLZ A; 2R7W A; 4J32 B; 1MMD A; 4BJ1 A; 4E0I A; 3O55 A; 4N06 A; 3SXY A; 1RKE A; 5DS6 A; 3JTL O; 2IOQ A; 2QNL A; 2R02 A; 4JUR I; 3AGT A; 1ZZP A; 1ZHW A; 2EIM C; 3JRM O; 1GGQ A; 1JPN A; 4E0H A; 1CGM E; 3G4X A; 3R2P A; 3EHM A; 4B6I A; 3V5X A; 3IQ5 A; 1FNT c; 2KW3 C; 4N6C A; 3AJM A; 3DZA A; 4CS9 C; 5BQI A; 5F28 E; 1OW7 A; 4E7Z A; 1T5O A; 3GWN A; 4WJ0 A; 2R7T A; 256B A; 3KPH A; 4MTG A; 5FZT A; 2D4U A; 1H7I A; 2CDQ A; 2YVK A; 2AU5 A; 3HNJ A; 3J06 A; 1AEP A; 4NCQ A; 2GFH A; 2IXP A; 2WZG A; 3RW0 A; 1JOG A; 1U6H A; 1BR1 A; 1NU7 D; 2YEV A; 2X0C A; 2W9Y A; 5B1B C; 4PAC A; 1CGN A; 4I1M A; 2MYS A; 2KNH A; 3TD7 A; 4C3D A; 4EBJ A; 1HY5 A; 4OIQ F; 2WVN A; 3RH3 A; 2YLI A; 2NG1 A; 2VH3 A; 4IAO A; 1YYJ A; 3GM1 A; 1XZQ A; 1QLE C; 1I4Y A; 2HMQ A; 2NUT A; 3NDB B; 3VF0 A; 2PX0 A; 4XPW A; 1L7C A; 4JTC B; 2DI3 A; 2H7O A; 2YZS A; 2VCB A; 5A6B D; 2H7B A; 2L9J A; 2IBF A; 3F46 A; 3O6X A; 1BR2 A; 4OD4 A; 1D0Z A; 4RBN A; 3S27 A; 2B0H A; 1MMN A; 3GEE A; 3K33 A; 3VRC A; 2Y3G A; 3KYJ A; 2WB7 A; 3EGX B; 4LLC A; 1GM5 A; 4MVU A; 4HE8 D; 3VYW A; 2OCC C; 1U0B B; 1NZE A; 3L8I A; 1G8X A; 3ITF A; 1UG7 A; 3K7D A; 4G78 A; 5E33 A; 4FWV A; 2XL4 A; 1D0X A; 1U89 A; 3DI5 A; 5JUA A; 1ZHX A; 2OEV A; 1K40 A; 2Y3D A; 1JR8 A; 1RCP A; 1FTS A; 2M4E A; 4ANJ A; 4NTA A; 2A6H F; 1I5N A; 3T9O A; 4JKV A; 5AGF A; 3LEV A; 3LLK A; 3N24 A; 1WN0 A; 4JIO A; 2IXM A; 3GWL A; 4DBR A; 3SP1 A; 3ZQY A; 3T6J A; 2HV6 A; 4OIP F; 1TFK B; 2OKU A; 2BL2 A; 5KYU B; 4JZA A; 1OQC A; 2Q3T A; 2XLW A; 2YWA A; 4DOZ A; 3NKE A; 4R32 A; 1Z7Q c; 2R7V A; 2KJG A; 3EGD A; 2EIJ C; 1T9K A; 1KTM A; 3UR3 C; 2PBE A; 2LK4 A; 1H9G A; 2J0X A; 4IRU A; 4MQ9 F; 2OU6 A; 2G3K A; 3FAP B; 2R05 A; 3EJN A; 1YVI A; 1VB5 A; 2H8A A; 3QW0 A; 4LDK A; 3K1I A; 4YL3 A; 1YDI A; 2J7P D; 4IGG A; 3K6B A; 4X0R A; 5COG A; 3I5Q A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1WN0 A; 2A0B A; 3U3B A; 2Q4F A; 1SR2 A; 3KYJ A; 2OOC A; 2LCH A; 1Y6D A; 1OXB A; 1FR0 A; 1C03 A; 2LP4 A; 2R25 A; 4PAC A; 4EUK B; 4G78 A; 3US6 A; 1A0B A; 2LD6 A; 1C02 A; 1QSP A; 3IQT A; 1TQG A; 1YVI A; 3KYI A; 3MYF A; 1I5N A; 1OXK A; 1BDJ B;
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