The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
133
|
structure length |
133
|
Chain Sequence |
DVLVKWSEDLANLPSIDTQHKRLVDYINDLYRAARRRDMDKAREVFDALKNYAVEHFGYEERLFADYAYPEATRHKEIHRRFVETVLKWEKQLAAGDPEVVMTTLRGLVDWLVNHIMKEDKKYEAYLRERGVS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Characteristics of Diiron Site with Large Cavity in Hemerythrin-like Domain of DcrH
rcsb |
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Desulfovibrio vulgaris
|
| molecule keywords |
Hemerythrin-like domain protein DcrH
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| total genus |
60
|
| structure length |
133
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| sequence length |
133
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01814 | Hemerythrin | Hemerythrin HHE cation binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Hemerythrin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MHR A; 1I4Y A; 1A7D A; 3AGT A; 3WAQ A; 4XPY A; 2HMZ A; 1I4Z A; 4XQ1 A; 1HMO A; 1A7E A; 4XPW A; 2AWY A; 1HMD A; 2HMQ A; 2AWC A; 2AVK A; 3AGU A; 3WHN A; 4XPX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OG2 A; 1RKE B; 4RBN A; 1QZX A; 1S7Z A; 2XLV A; 3JYH A; 3LEV A; 3U9J A; 3JSE O; 5AGF A; 3X1O A; 2DI3 A; 3EGX A; 3KPH A; 2NSF A; 3RVZ A; 2XL4 A; 5BQH A; 1A7D A; 1EI7 A; 3C8G B; 4N6H A; 1J8Y F; 1HY5 A; 3EZI A; 1ZYR F; 2CW0 F; 2W4B A; 3UR3 C; 4UDV A; 4PR9 A; 2ZPA A; 4YL3 A; 4E0I A; 3NDB B; 1Q0D A; 1ZW2 A; 2LSE A; 1U0B B; 1MND A; 2EPK X; 2I15 A; 1YAR O; 3TUL A; 5JT4 A; 1A7E A; 1XWJ A; 5L0J A; 4J32 B; 4CIP A; 4JJF A; 5JVE A; 1CPQ A; 2FFH A; 4OIN F; 1S05 A; 2OJE D; 1CGM E; 1RMV A; 2HKV A; 1NSG B; 2WB7 A; 4I44 A; 3TOM A; 2IBF A; 3T4R A; 2UUH A; 4MVM A; 2UUI A; 4IRU A; 1NZE A; 1TWC A; 5A69 A; 1G5Z A; 3QTH A; 3RYL A; 2YL3 A; 1B68 A; 3GOD A; 1QVX A; 3KYJ A; 3M1C B; 4EBK A; 1OKK A; 2M4E A; 3AQB A; 3DAF A; 3HNI A; 1NLX A; 2A0B A; 2RSE B; 3LJB A; 4U5D E; 3ASN C; 3TD7 A; 5EK0 A; 5JS5 A; 1RJ9 A; 3ECS A; 2V3C C; 3GEI A; 4CIH A; 4LDQ A; 4YT8 A; 1WOL A; 3ASO C; 3B0P A; 4IB4 A; 1DOW A; 2GDC A; 3EG9 B; 3FOP A; 2ASR A; 1ST6 A; 2QY9 A; 2YL7 A; 4AL0 A; 1HMO A; 2XM4 A; 2PFD A; 3TQO A; 3G4X A; 4CJO A; 2KC3 A; 3GM1 A; 4DRI B; 3GWN A; 3DI5 A; 3E70 C; 2KGO A; 2OEV A; 1M2O A; 3ATP A; 1HE9 A; 1R4T A; 1PD1 A; 2EIL C; 3GWL A; 4LER A; 4F4B A; 2GFH A; 2PX3 A; 2EIJ C; 4PFP A; 2DYS C; 2HV6 A; 3C63 A; 5COM A; 3ZG1 A; 4BJ6 C; 1OR3 A; 1WTY A; 1Q0M A; 5DQZ A; 4I3M A; 1C03 A; 2YLD A; 1D0X A; 1V4A A; 4A2N B; 3OA1 A; 2PF4 E; 5EGY A; 5JRA A; 1F1M A; 2XLO A; 4BPM A; 1YVI A; 1LI5 A; 4YT2 A; 4P9F A; 2LCH A; 3N24 A; 2Y3B A; 1JPN A; 3CZ6 A; 3R2P A; 4BJT A; 3UGO A; 3EH2 A; 1FR0 A; 3ABL C; 3M4C A; 3C8G D; 4LDK A; 1PV3 A; 2FAP B; 4NY3 A; 1J8M F; 1ZHX A; 3U5S A; 3W2W A; 4O6M A; 2P61 A; 3DKA A; 4LDR A; 3U9M A; 1ORY A; 5KYW A; 4G7O F; 2WZG A; 3VRC A; 1UG7 A; 5HSW A; 3TOL A; 2JX0 A; 2AWY A; 5D92 A; 3DE8 A; 1NFO A; 1T6Q A; 2A6H F; 3W4Y A; 2IXM A; 4YT4 A; 2XXA A; 1VB5 A; 1SZI A; 2KQ9 A; 3SXM A; 3HTK C; 4IAO A; 2JD3 A; 2XLM A; 2HJM A; 4YWQ A; 1Z5Z A; 3U8P A; 3W8I A; 1FTS A; 4G7Z F; 3LLI A; 5B3I A; 5BQG A; 1VLS A; 1YLM A; 1H9T A; 4IAR A; 4DOZ A; 2A69 F; 3RQE A; 2Y39 A; 2A0U A; 2HMZ A; 4L6R A; 3EZH A; 2XM0 A; 1I4Z A; 1O3U A; 1RCP A; 3NMK A; 2M64 A; 2XRH A; 3LNR A; 4FX5 A; 4RDA A; 1ZU4 A; 1OQC A; 3JZ0 A; 2B0J A; 2R03 A; 4BEM J; 4XQ1 A; 1LKX A; 5GPG B; 2ZXO A; 5KYN A; 4G0H A; 4MQ9 F; 3WOD F; 1LVK A; 4JKV A; 4DVY P; 5L0G A; 4DBR A; 4IGG A; 3HKK A; 4U5B E; 1FAP B; 2GAQ A; 4JE9 A; 3O6X A; 1G8X A; 3GM2 A; 1YZC A; 2OJQ A; 3T6J A; 5BQI A; 1Z23 A; 4PJM A; 3ZQV A; 5A6B D; 3KMI A; 4U9D A; 4CJG A; 3PMR A; 2CNW A; 1FFH A; 4YL0 A; 3ZIB A; 2Y3G A; 1ZW3 A; 3AGT A; 3LAY A; 5B1A C; 3V5X A; 1K04 A; 3M15 A; 3E9V A; 3TJ5 A; 3RKO F; 5T1D B; 5L0I A; 5B1B C; 3T6G B; 2XLH A; 3NYL A; 2HJ3 A; 1H6G A; 3NKD A; 3G50 A; 4HFF B; 2XXA B; 2L6H A; 5COF A; 3Q7L A; 2YQY A; 3NYM A; 2R7T A; 2Y3H A; 4PAC A; 1VLT A; 3J06 A; 1QSP A; 1T9K A; 1LI7 A; 1TFK B; 1YYJ A; 1IZM A; 2AWC A; 2WVO A; 1KNY A; 2AVK A; 3HLZ A; 1A41 A; 3O39 A; 3RQG A; 5E3A A; 4NTB A; 1FFT C; 5L3V A; 1OCC C; 3NYJ A; 3IHU A; 4MS2 A; 4MVS A; 3B71 A; 2XL8 A; 1NU9 C; 2YWA A; 3DJU B; 1M2V A; 2NUP B; 1LPE A; 3DZA A; 2A6E F; 1ZHT A; 4XPY A; 3S27 A; 2MYS A; 3K1I A; 2QLA A; 3I5P A; 4AX2 A; 2CDQ A; 2D4U A; 2KSF A; 3B9Q A; 2HFI A; 1WWP A; 3HNJ A; 3O55 A; 4LAC B; 1JMW A; 5KYX A; 2LIG A; 3QW0 A; 3M4B A; 3KYI A; 2J0X A; 1O5H A; 3SNH A; 2YVK A; 4E7S A; 4Q5S F; 3ZWI A; 2NPU A; 3B29 A; 5DLJ A; 5CI9 A; 1C02 A; 1R5I D; 2VCB A; 1WGW A; 1SYQ A; 3FVY A; 3S9O A; 4AE4 A; 4ANJ A; 2H7B A; 3ZQY A; 2XS8 A; 2EPN A; 3FOO A; 4JJG A; 1W2W A; 3TK0 A; 5A6J A; 2VAS A; 3FAP B; 5KYU A; 3LS0 A; 1ZHZ A; 5JUA A; 1V55 C; 3EHN A; 4JCZ A; 3C18 A; 4J30 B; 4KNV A; 5FZT A; 1SF8 A; 1Z6A A; 5JLI A; 3SXZ A; 2YLI A; 3U3F A; 4ZLC A; 1OXK A; 5CI8 A; 2YHS A; 4EUK B; 3QZC A; 4JEA A; 2R7Q A; 3JSZ A; 3TJ6 A; 4CS8 C; 1QLE C; 3K6B A; 4CBE A; 2OQM A; 3HJC A; 4DBQ A; 1K40 A; 1A7V A; 3SZR A; 4CS8 A; 4U5G A; 3PHF 2; 1ORS C; 2OKU A; 5D91 A; 2YZS A; 3OWT A; 1VOM A; 3S29 A; 1Q0G A; 1JRA A; 1OXB A; 4O6N A; 4JTA B; 5JP7 A; 4N06 A; 2YEV A; 3V5Y A; 1UFB A; 4HFK B; 3CQZ A; 3H2U A; 4E17 A; 2R7R A; 4MW3 A; 3RVY A; 1M2V B; 5HV9 A; 3FMS A; 4X0R A; 4C3D A; 2KYH A; 4NC3 A; 2Q00 A; 4ULW A; 3ZDL A; 3EGX B; 1K05 A; 2KNH A; 5L0H A; 1M56 C; 3SEO A; 2J0W A; 2Q9A A; 2BE5 F; 2C04 A; 2Q7R A; 4CDY A; 4Q7C A; 1CGN A; 1ZZP A; 4OD5 A; 1HW2 A; 1HW1 A; 4I1O B; 2GWW A; 2XLE A; 4YT5 A; 5KYX B; 3S0X A; 5DS4 A; 4MW8 A; 2Q3T A; 3BRJ A; 3L0I A; 4CS9 A; 4DJ9 A; 5KYY A; 1GS9 A; 4OIQ F; 2ZD9 A; 1JAF A; 5DS6 A; 2XLW A; 1PD0 A; 1YDI A; 1BR4 A; 4ONS A; 4AE4 B; 4BJ5 A; 1OW6 A; 2G3V A; 2KW3 C; 3JYY A; 3LLK A; 4NTF A; 1YA9 A; 4U5E E; 2R7O A; 3FAJ A; 2QNL A; 4MTF A; 4XWJ A; 1Z63 A; 4QDL A; 4FAP B; 3MLG A; 4JRZ A; 2KK1 A; 2R02 A; 2XS1 A; 3UMK A; 3Q6M A; 3NKE A; 1APC A; 3UGP A; 1BR1 A; 1YYX A; 3BEH A; 3C7J A; 2PX0 A; 3OEO A; 1RJ9 B; 5TJ5 E; 4GYT A; 2Q9B A; 1AUE A; 2IOQ A; 4XEK A; 3GOR A; 5T3T A; 2YKZ A; 4YK5 A; 3PDM P; 3POV A; 1AVO B; 1Y4C A; 1FNT c; 2QTV A; 2E87 A; 1TQG A; 4CSA A; 1D1A A; 4GEH A; 3AG4 C; 3KKB A; 3X2Q C; 1E83 A; 2XSE A; 3VYW A; 5CIV A; 2NSG A; 1L7C A; 1T01 A; 4PJJ A; 4AK9 A; 1MMA A; 4DXW A; 2VB6 A; 1QPU A; 2G3K A; 3AG3 C; 3NMJ A; 3O10 A; 4O6Y A; 2EPL X; 2H7V C; 5A6K A; 3W2V A; 3N2Z B; 5JSL A; 3EGD A; 1SR2 A; 4Z9J A; 2FGY A; 4NTA A; 3U8V A; 2J46 A; 2LD6 A; 3H65 A; 2DB4 A; 1YZA A; 1QKR A; 3I4U A; 5KYY B; 4MND A; 1JPJ A; 5K0I A; 3K1H A; 4KC9 A; 5E33 A; 3U3B A; 3VM6 A; 4DRH B; 1OCR C; 1RKE A; 5E2Q A; 4OIR F; 1M57 C; 2D5R B; 3Q7G A; 3QW1 A; 4G78 A; 3US6 A; 3WAQ A; 3IPM O; 4U5H A; 1E86 A; 2ZXP A; 1OCO C; 5KYW B; 4G7H F; 1CPR A; 3DM9 B; 4OIP F; 1SMY F; 3ABM C; 4U5C E; 3LEO A; 3DM5 A; 3UMH A; 3DXJ F; 4WAB A; 3W8H A; 4C3B A; 3IEE A; 2VCC A; 4JIO A; 1H7I A; 1E84 A; 2EIM C; 1V74 B; 1G4W R; 3JRM O; 4JVS A; 4E0H A; 2CGE A; 2P6V A; 3L8J A; 4JEB A; 1MQV A; 1ZHY A; 1BZ4 A; 2W45 A; 4EWC A; 3S90 A; 2HSB A; 2VCA A; 2LQG A; 1WAT A; 3DWW A; 3SXY A; 4ER9 A; 1WAS A; 1FMW A; 1AEP A; 4KBL A; 1OKK D; 4HEA J; 5F5F A; 1LS4 A; 2J7P A; 4CX9 A; 3T6B A; 1Y6D A; 4JUR I; 3K1I C; 1VYI A; 3ABK C; 4MVZ A; 2NUT A; 3B0V C; 3ZSU A; 3K7D A; 4K0D A; 4ULV A; 2JPU A; 4O7G A; 3CAX A; 4B6I A; 1D0Y A; 3SYN A; 3T9O A; 2R7U A; 1ZVZ A; 4EKW A; 4JCH A; 2J9U A; 2P7V A; 3RF3 A; 3Q6N A; 4IWB A; 1EKY A; 1RKC A; 3EHM A; 3H2V A; 3QVY A; 3CSK A; 3EG9 A; 3MBG A; 2ICW G; 4I1M A; 2B0H A; 4XEF A; 2W9Y A; 2R9R B; 4JW1 A; 1T5O A; 3JRT A; 2I8B A; 4CDV A; 1TWH A; 1OW8 A; 2DGJ A; 2WVQ A; 4PJN A; 3R7C A; 4YL1 A; 1Z3I X; 2IYL D; 2L7A A; 3ZTM A; 2AU5 A; 5BUO A; 2H8A A; 1MMG A; 2A68 F; 2YLG A; 1OCZ C; 1LE2 A; 4PJL A; 3AG2 C; 5A6B A; 1YJG A; 2L81 A; 4IAQ A; 3G4Z A; 5L0F A; 3UNG C; 3NG1 A; 4C7O A; 3LES A; 2J9W A; 3DMD A; 1U6H A; 2IXP A; 2XL6 A; 3A9C A; 4M63 A; 2X51 A; 4CDA A; 3RIP A; 1L3P A; 2IM8 A; 2F22 A; 4EHP A; 3U2L A; 4FES A; 2CCY A; 3MFN A; 3PCV A; 4LLE A; 2Y3D A; 1DOV A; 3IQ5 A; 4MVU A; 4NQF A; 5F28 E; 4WGY A; 3ZVR A; 4Z9I A; 4MVR A; 2WZL A; 3S84 A; 5A6A A; 4N6C A; 5FCL A; 3M79 A; 2IXN A; 2J8W A; 3IQC A; 4C3E A; 3GM3 A; 3I5Q A; 2J9B A; 4ZLD A; 3K33 A; 3L34 A; 2QE9 A; 3GEE A; 3KL4 A; 4WJ0 A; 3RFY A; 4D4N A; 3HNL A; 3L8I A; 4N4W A; 2NUT B; 3DD7 A; 3EFO A; 2ZXR A; 4BJ1 A; 4PK4 A; 4PFO A; 2DYR C; 1TFO B; 3RW0 A; 2ETS A; 4U9E A; 2OOC A; 3B0U X; 4CS9 C; 3UMI A; 3FDQ A; 1MNE A; 4XTK A; 2BC5 A; 1BR2 A; 1EQ1 A; 2O9X A; 1Z7Q c; 4BJ5 C; 1LE4 A; 1CGO A; 1TWA A; 4P6I C; 3C62 A; 2EIN C; 1ZHW A; 1IW7 F; 2ZXW C; 3DAG A; 1D1C A; 1A0B A; 3A11 A; 3MYF A; 5L0D A; 4HE8 D; 2TMV P; 3LUT B; 1I5N A; 3SP1 A; 1VTM P; 4K1O A; 2HUJ A; 4BEJ A; 2WL8 A; 1OR2 A; 2HSQ A; 3KH2 A; 1MMD A; 2HMQ A; 4W8P A; 256B A; 4KI2 A; 5KYU B; 4IJJ A; 3NMI A; 3ITF A; 5COG A; 4YN0 B; 2KJG A; 4H54 A; 1EA8 A; 4EIY A; 1BDJ B; 2J9V A; 3MYI A; 2IXO A; 3EJN A; 1FMV A; 2HV7 A; 2MHR A; 4BJ6 A; 3EQL F; 4C7O B; 1YAU O; 2EIK C; 2PP4 A; 2VH3 A; 3MX3 A; 2CNW D; 4QI2 A; 2L9J A; 1I4Y A; 4JZA A; 1M6T A; 1NFN A; 4J7Y A; 3AOU A; 4RD9 A; 2WVN A; 3EH1 A; 4WGZ A; 4YJW A; 4GQH A; 2RD9 A; 2QUP A; 4K7B A; 3U2M A; 4CS7 A; 4CSA C; 2EPM X; 3U0C A; 1H9G A; 1ZU5 A; 2P1A A; 4OD4 A; 3QVZ A; 4DRJ B; 2R7S A; 1T6I A; 1LIH A; 1RXQ A; 2G62 A; 2LK4 A; 2PBE A; 3K66 A; 4JTC B; 2CYD A; 4LLC A; 1MMN A; 4J7T A; 4QI0 A; 3IQ6 A; 4R32 A; 2L6G A; 2VC9 A; 2AP3 A; 2HZ8 A; 2YL1 A; 2LP4 A; 4KNW A; 4MTO A; 2Q4F A; 2XLD A; 1HMD A; 2V26 A; 1JOG A; 1TKN A; 3EFO B; 3JTL O; 4JC7 A; 3JT1 A; 4XEV A; 5E3C A; 4D4X A; 1KTM A; 2Q9C A; 2YRF A; 3AQC A; 3FHD A; 2YL0 A; 4E7Z A; 3IQT A; 3F47 A; 3AGU A; 4E18 A; 2R7W A; 1C17 M; 3V7O A; 3LNM B; 3SXK A; 5DS5 A; 3GEH A; 2C03 A; 1N1C A; 3AJM A; 3F46 A; 2J7P D; 4NCQ A; 1XZQ A; 2BL2 A; 4O79 A; 2HS5 A; 3QMK A; 2P0N A; 1BBH A; 1LM3 B; 2R7X A; 2X0C A; 2LFF A; 1NG1 A; 3GAN A; 1NBB A; 1Q0F A; 2WZF A; 2R05 A; 3DJN B; 5DQT A; 4EBJ A; 4JTD B; 5EHH A; 2NUP A; 2H7O A; 1GQA A; 3WG7 C; 1VMA A; 1VYK A; 2LFD A; 2W4M A; 4XLN F; 2GA0 A; 2Y69 C; 1GGQ A; 4W8K A; 1G4U S; 5IY5 C; 5AC5 A; 1QQ3 A; 2Z15 A; 1O87 A; 1TWG A; 3C8G A; 4MTG A; 3S28 A; 3RQF A; 3V5Z A; 4EBB A; 5AC4 A; 1GM5 A; 2OCC C; 5T3W A; 5B3S C; 1XZP A; 5L3Q A; 1VK5 A; 1PCX A; 1V54 C; 3ZTZ A; 3L1M A; 4A4A A; 4DVZ A; 3C8Z A; 3VF0 A; 1D1B A; 1T6U A; 3ZC4 A; 2NG1 A; 1LS1 A; 1TR2 A; 5DVW A; 3HNK A; 4AL1 A; 1YA7 O; 4U5F E; 1NU7 D; 2PNO A; 3VAY A; 4H4K C; 3CEX A; 2R7V A; 2R25 A; 2J45 A; 4P9T A; 4Q4Z F; 1OW7 A; 1HE1 A; 2L6F A; 1ORJ A; 3EPV A; 1E85 A; 3RH3 A; 2OEX A; 4FWV A; 5F5H A; 2MWQ A; 4XPW A; 1E2X A; 3DE9 A; 2OU6 A; 4MVO A; 1U89 A; 3EGD B; 1WN0 A; 4XLP F; 4MVQ A; 2A1D D; 1KU2 A; 1D0Z A; 3JCU Q; 1Q0K A; 3AG1 C; 4BG0 A; 3NRH A; 4OIO F; 3FXH A; 3N0T A; 3WHN A; 2EPO A; 1JR8 A; 4Z9H A; 5L0C A; 3LS1 A; 4XPX A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2MHR A; 1I4Y A; 1A7D A; 3AGT A; 3WAQ A; 4XPY A; 2HMZ A; 1I4Z A; 4XQ1 A; 1HMO A; 1A7E A; 4XPW A; 2AWY A; 1HMD A; 2HMQ A; 2AWC A; 2AVK A; 3AGU A; 3WHN A; 4XPX A;
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