The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
44
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sequence length |
166
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structure length |
160
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Chain Sequence |
TLTEDDVLEQLDAQDNLFSFMTAHSILLQGIRQFLPSLFVDNDEEIVEYAVPLLAQSGPLDDIDVALRLIYALGKMDKWLYADITHFSQYWHYLNEQDETPGFADDITWDFISNVNSITRNATLYDALAMFADFAVWSEARFSGMVTALTLAVTTTLELT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The mannitol operon repressor MtlR belongs to a new class of transcription regulators in bacteria.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative transcriptional regulator
|
| molecule tags |
Transcription regulator
|
| source organism |
Shigella flexneri 2a str. 2457t
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| total genus |
44
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| structure length |
160
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| sequence length |
166
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.2: Fumarate hydratase. |
| pdb deposition date | 2008-02-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF05068 | MtlR | Mannitol repressor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PBE A; 2Q00 A; 3AJM A; 1WTY A; 3U3F A; 1UFB A; 3GM2 A; 3L8J A; 1OW6 A; 3JZ0 A; 3RQG A; 3C8G D; 1KTM A; 1OW7 A; 4NQF A; 3JYY A; 3RQF A; 2L6H A; 2JX0 A; 3S9O A; 1K40 A; 3RQE A; 3K7D A; 1WOL A; 1K04 A; 2KK1 A; 2YWA A; 3BRJ A; 2HSB A; 3L8I A; 1OW8 A; 3O10 A; 3MFN A; 2JPU A; 1K05 A; 3C8G A; 4XEK A; 1V4A A; 4R32 A; 1QVX A; 2L6G A; 4XEV A; 1ZZP A; 2L6F A; 3C18 A; 3B71 A; 1KNY A; 1WWP A; 5F28 E; 1PV3 A; 3TUL A; 3GM1 A; 3GM3 A; 3U0C A; 4EBK A; 2LK4 A; 1JOG A; 1O3U A; 4EBJ A; 4XEF A; 3C8G B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5AGF A; 2R02 A; 2GFH A; 1Y4C A; 4CDA A; 5BQG A; 1U0B B; 4CJG A; 3S28 A; 2L81 A; 1WN0 A; 3QZC A; 3KH2 A; 5CI9 A; 1CGM E; 2W9Y A; 2R7W A; 3AG4 C; 3UR3 C; 1D0Z A; 2YLI A; 3RKO F; 1CPR A; 4GEH A; 2LCH A; 4YL0 A; 3ZWI A; 2Q9B A; 3QTH A; 1ORJ A; 2D5R B; 3JSE O; 3G4X A; 1YVI A; 2ASR A; 4MTF A; 3CQZ A; 1FFT C; 1K05 A; 3HNJ A; 1GGQ A; 1NG1 A; 1OKK D; 2YQY A; 3FAP B; 2FAP B; 2O9X A; 3N0T A; 2I15 A; 3NMJ A; 3U8V A; 1LPE A; 2P6V A; 4A4A A; 1L3P A; 1R5I D; 1NFO A; 3M15 A; 5B1B C; 2R7Q A; 4EBK A; 4PJL A; 1QPU A; 2W45 A; 3WOD F; 3L34 A; 2Q9A A; 2XLE A; 2NSG A; 3LJB A; 1T6I A; 4HE8 D; 3UGO A; 2EIJ C; 5DLJ A; 1UFB A; 1HMO A; 4E0I A; 3L8J A; 5A6B A; 4CS8 C; 1T01 A; 1TKN A; 2H7V C; 4QI0 A; 1G8X A; 2Y3D A; 3RW0 A; 3EGX B; 1ZW3 A; 1FMW A; 3OEO A; 5B3S C; 2OJQ A; 3M4C A; 3EG9 A; 3IQ6 A; 3FHD A; 2R7S A; 3B0P A; 3S9O A; 3JTL O; 4KBL A; 4MVZ A; 2OQM A; 4ONS A; 4DBR A; 4N6C A; 3NMK A; 3OA1 A; 3QW0 A; 3SXM A; 4W8K A; 3U2L A; 4I44 A; 3U8P A; 3AOU A; 3O10 A; 1BR2 A; 2JPU A; 2LD6 A; 4U5F E; 5AC5 A; 4MS2 A; 1YAU O; 2J8W A; 1MMA A; 4MVO A; 2NPU A; 2VCC A; 2R7O A; 1M2V A; 3AG2 C; 2QTV A; 4OD5 A; 4Q7C A; 1BZ4 A; 1JOG A; 2QY9 A; 4AL1 A; 4G78 A; 2Q9C A; 2YLG A; 5JSL A; 2EIN C; 4BJ6 C; 4Z9I A; 2A6E F; 5D91 A; 4LER A; 4IAO A; 1A41 A; 2PX0 A; 4AK9 A; 1PD0 A; 4Z9J A; 3VRC A; 5A6K A; 3TD7 A; 4J7Y A; 4QDL A; 2HSQ A; 1T6U A; 2A69 F; 1FR0 A; 2RD9 A; 1RKC A; 1Z5Z A; 3O6X A; 1TWG A; 1RCP A; 3MYF A; 3RVZ A; 4YT8 A; 5JS5 A; 3K7D A; 4Q4Z F; 1K04 A; 1E86 A; 3NYM A; 1GM5 A; 1SZI A; 5FZT A; 4QI2 A; 2XLV A; 3DE8 A; 2HMZ A; 2OKU A; 2W4M A; 1VYI A; 3HLZ A; 4JZA A; 1JPJ A; 2GA0 A; 5E3C A; 2HJ3 A; 1ZHX A; 3S27 A; 1SR2 A; 3SXZ A; 2G62 A; 3TOL A; 1QVX A; 1M6T A; 3SYN A; 4EBB A; 2IYL D; 4J32 B; 1JPN A; 2YVK A; 1ORY A; 3DI5 A; 3GM1 A; 3U0C A; 1C03 A; 1O3U A; 2JD3 A; 3WHN A; 1FMV A; 3H2U A; 5L0D A; 3JT1 A; 3KMI A; 4I1M A; 3U5S A; 2PFD A; 3N2Z B; 4U5D E; 4I1O B; 1WGW A; 4KNW A; 4DVZ A; 2YRF A; 1MMG A; 3C8G D; 2OCC C; 4M63 A; 3C62 A; 3DMD A; 3JYY A; 4PR9 A; 3T6G B; 3DWW A; 1JRA A; 3W8H A; 5KYY B; 1MND A; 5B3I A; 3ATP A; 3FOO A; 4H4K C; 1LE2 A; 1YA7 O; 2EPO A; 3NYL A; 2EPL X; 2V26 A; 4GQH A; 3F47 A; 3O55 A; 2Q7R A; 1RMV A; 2NUP B; 1NU9 C; 3U2M A; 4DXW A; 1EKY A; 4XEK A; 3V5Z A; 1BR4 A; 1E83 A; 5DQT A; 2L6G A; 2L7A A; 1O87 A; 2YEV A; 3EJN A; 1QSP A; 3W2W A; 1OQC A; 2J0W A; 3RF3 A; 4OIP F; 2H7B A; 4P9F A; 4IGG A; 3EGX A; 3EHM A; 3VM6 A; 2J7P A; 3C8G B; 2R7V A; 3K1I A; 3S90 A; 1SMY F; 4JEB A; 1LIH A; 2WVN A; 2WVQ A; 5A6A A; 2BC5 A; 1OKK A; 4G7Z F; 3POV A; 2V3C C; 1A7D A; 256B A; 2YKZ A; 3CEX A; 3SXY A; 5EHH A; 3TQO A; 3NRH A; 1T9K A; 3LEO A; 1M2O A; 2IBF A; 1NLX A; 4KNV A; 1MNE A; 2RSE B; 3LS1 A; 2QNL A; 1XZQ A; 4IB4 A; 1PD1 A; 4JTD B; 2R7R A; 2VH3 A; 4WGY A; 1QQ3 A; 3KKB A; 4AX2 A; 4YWQ A; 1E2X A; 4WGZ A; 3GWN A; 2HMQ A; 4HFF B; 2OEV A; 2UUH A; 1R4T A; 1FNT c; 3E9V A; 4U5H A; 5COF A; 4OIO F; 1V4A A; 3V7O A; 3Q7G A; 4XEV A; 3ABK C; 4JVS A; 3C18 A; 3HNL A; 4K7B A; 1HW2 A; 2XLM A; 2LQG A; 3JRM O; 2MHR A; 2YHS A; 4MVS A; 5E3A A; 2XRH A; 3K66 A; 2PBE A; 1BR1 A; 3K33 A; 2LIG A; 3FMS A; 3AG3 C; 1G5Z A; 2CW0 F; 5DVW A; 3V5X A; 2D4U A; 4DOZ A; 3EQL F; 2M64 A; 3JZ0 A; 3RQG A; 3M1C B; 4EHP A; 1WAS A; 4L6R A; 1U6H A; 1OXK A; 1Q0F A; 1N1C A; 3DXJ F; 1HMD A; 5IY5 C; 2F22 A; 2XXA B; 5L0F A; 1LI5 A; 1M57 C; 4YL1 A; 3TK0 A; 2FGY A; 1WOL A; 3U9J A; 1VB5 A; 2VAS A; 4IAQ A; 4J30 B; 3T9O A; 3E70 C; 1D1B A; 1YDI A; 4ULW A; 5KYX B; 2R7X A; 4D4X A; 4C7O B; 2EIM C; 2LFD A; 5E2Q A; 3US6 A; 4R32 A; 2IM8 A; 2J46 A; 2HUJ A; 4XPX A; 2X0C A; 2YL1 A; 3GEE A; 3LLI A; 2CNW D; 2VCA A; 1Q0D A; 4KC9 A; 2CYD A; 4EBJ A; 1Z6A A; 2KNH A; 4YL3 A; 5DS5 A; 2HS5 A; 2IXP A; 4O7G A; 4U5G A; 4DRI B; 5KYY A; 4O6Y A; 3PDM P; 1JR8 A; 3T6J A; 1HW1 A; 3U3B A; 2LFF A; 4BPM A; 2XLD A; 2XS1 A; 3NG1 A; 3ZSU A; 2H8A A; 1KTM A; 2AWC A; 2QLA A; 2NUP A; 3CAX A; 1WAT A; 2OJE D; 3PMR A; 5HV9 A; 1EQ1 A; 2YZS A; 3GOD A; 3MBG A; 4KI2 A; 3AQB A; 1ZU4 A; 4OD4 A; 4MVU A; 1H9T A; 1H6G A; 1ZHT A; 4XLP F; 3BRJ A; 3QVY A; 3X1O A; 2XM0 A; 1VOM A; 3EH2 A; 2WZL A; 4JUR I; 5A6J A; 1BDJ B; 3EPV A; 4BJ5 A; 3C8G A; 1A7V A; 1RJ9 B; 3ASO C; 5KYN A; 1EI7 A; 2WZG A; 4U9D A; 2Y39 A; 3EGD B; 1OCZ C; 2Y3B A; 5L0G A; 5L0J A; 4JC7 A; 2XSE A; 4DJ9 A; 1ZW2 A; 4PJM A; 5F5H A; 1S7Z A; 2XLH A; 5F5F A; 3Q6N A; 3ITF A; 3S0X A; 2I8B A; 4IRU A; 2NUT A; 4CDY A; 4NTA A; 3SNH A; 4CDV A; 4LLE A; 1U89 A; 3SZR A; 1YLM A; 4AL0 A; 1OW6 A; 5JVE A; 1I4Z A; 2LP4 A; 2KJG A; 3N24 A; 5B1A C; 2VCB A; 1OW7 A; 3S29 A; 3VYW A; 1LE4 A; 2DYS C; 2B0J A; 4J7T A; 2JX0 A; 3BEH A; 1D0Y A; 2J9B A; 3DZA A; 2HKV A; 4C3E A; 1E85 A; 5COM A; 1Z63 A; 1JAF A; 3IQT A; 2AU5 A; 4IAR A; 5T3T A; 4BG0 A; 1AVO B; 1OCC C; 4O6M A; 3LAY A; 4XLN F; 4CX9 A; 2PP4 A; 4U5E E; 1OCO C; 2Z15 A; 3JYH A; 1ZZP A; 1AUE A; 1GQA A; 1RXQ A; 1XZP A; 4IJJ A; 1PV3 A; 3T6B A; 4G7O F; 1ZHY A; 1HE1 A; 1FAP B; 3IPM O; 4CSA A; 4K1O A; 4D4N A; 4ANJ A; 3MLG A; 3X2Q C; 2OOC A; 3AGT A; 4MND A; 1C02 A; 1CPQ A; 2G3V A; 2OU6 A; 4XPY A; 1D1C A; 1ZU5 A; 5JRA A; 5L3V A; 3L0I A; 1QZX A; 4JTC B; 2P61 A; 3K1I C; 5TJ5 E; 1YYJ A; 3W8I A; 2A0B A; 2YLD A; 4K0D A; 4WAB A; 4EKW A; 4OIQ F; 3DM5 A; 2ZPA A; 4YT4 A; 4C7O A; 4XTK A; 4O6N A; 4LDK A; 4MVQ A; 2YWA A; 3Q6M A; 2HV7 A; 3G4Z A; 5DQZ A; 5COG A; 3GEH A; 2HFI A; 1RKE B; 4AE4 B; 4RD9 A; 1KU2 A; 2Q3T A; 1NU7 D; 1V54 C; 2UUI A; 4FX5 A; 1W2W A; 4PFO A; 1OR2 A; 2BL2 A; 3HJC A; 1MMN A; 3OWT A; 3K1H A; 4I3M A; 2EIL C; 3R7C A; 3DJU B; 3SXK A; 1OXB A; 2MYS A; 3UGP A; 1Q0K A; 4U5B E; 4DVY P; 3JCU Q; 4JRZ A; 2Q00 A; 2KYH A; 4N4W A; 4E7Z A; 5AC4 A; 4CS9 A; 2IXO A; 1S05 A; 3B9Q A; 1IW7 F; 1ST6 A; 2E87 A; 2CNW A; 3I4U A; 3LEV A; 1YA9 A; 2BE5 F; 3SP1 A; 1C17 M; 2FFH A; 1RJ9 A; 2EPK X; 3H2V A; 3MYI A; 4YN0 B; 1Z7Q c; 5E33 A; 3C8Z A; 2IOQ A; 3EFO B; 3EGD A; 1DOV A; 3R2P A; 3DJN B; 5BQI A; 1M56 C; 4WJ0 A; 4RDA A; 3RFY A; 3JRT A; 3ZVR A; 4EUK B; 3J06 A; 3M79 A; 4P9T A; 5T1D B; 3LLK A; 4ER9 A; 2LSE A; 3KYI A; 2EIK C; 4CBE A; 4JIO A; 2KGO A; 4JJG A; 4E17 A; 2Y3G A; 4MVR A; 2WZF A; 3TJ6 A; 2R7T A; 3LUT B; 1DOW A; 4BJT A; 3AJM A; 1VMA A; 2R7U A; 3JSZ A; 5HSW A; 3ZG1 A; 1LS1 A; 4YT2 A; 4G7H F; 1LI7 A; 4PK4 A; 2XL6 A; 1BBH A; 1FFH A; 2L6H A; 3TOM A; 4U9E A; 3LNR A; 3CSK A; 3GWL A; 4X0R A; 4HFK B; 2AVK A; 2W4B A; 2ZXO A; 3IQ5 A; 2HSB A; 4JTA B; 3CZ6 A; 2J9V A; 2ICW G; 3MFN A; 3GAN A; 2XLO A; 1I5N A; 4C3B A; 4YK5 A; 1I4Y A; 4YJW A; 4F4B A; 3ECS A; 2VC9 A; 3H65 A; 3FDQ A; 1E84 A; 4BJ5 C; 1EA8 A; 4CIH A; 2HZ8 A; 2P0N A; 4ZLC A; 4XWJ A; 3LS0 A; 3NKE A; 3EZH A; 3ZQY A; 3RYL A; 1Z23 A; 3QVZ A; 3UMK A; 1T6Q A; 3A11 A; 4JKV A; 1GS9 A; 3U3F A; 3V5Y A; 4G0H A; 4CJO A; 4CS7 A; 1RKE A; 1V55 C; 4JCH A; 2DB4 A; 3VF0 A; 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