The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
180
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structure length |
180
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Chain Sequence |
APAAAATTQVQKEAADVLQVAVQGANAMRDIQFARLALFHGQPDSAKKLTDDAAALLAADDASWAKFVKTDAKAKMIADRYVIINASIALSEDYVATPEKESAIQSANEKLAKGDQKGAIDTLRLAGIGVIENQYLMPLNQTRKAVAQSQELLKAGKYYEANLVLKGAEEGIVVDSEMLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of putative membrane protein of unknown function (YP_001337144.1) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 1.65 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
uncharacterized putative membrane protein
|
| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae mgh 78578
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| total genus |
66
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| structure length |
180
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| sequence length |
180
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-07-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF10938 | YfdX | YfdX protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DZA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JZA A; 2GDC A; 1Z6A A; 2Y3G A; 1WGW A; 4YT4 A; 5EK0 A; 4MTF A; 3RW0 A; 3KYI A; 3EG9 B; 1HW1 A; 2Y3B A; 3I5P A; 4MTG A; 3T9O A; 3CQZ A; 3LUT B; 5BUO A; 1GQA A; 2D4U A; 2MWQ A; 4YL0 A; 1NBB A; 3SNH A; 4ZLC A; 3FVY A; 2MHR A; 2XLO A; 3CEX A; 3M4C A; 2C03 A; 3OEO A; 3DWW A; 5GPG B; 5L0C A; 2R7Q A; 4CIP A; 1RCP A; 1TFK B; 2FGY A; 1SF8 A; 1ZHT A; 2PP4 A; 3K33 A; 5EHH A; 3DM5 A; 1ZYR F; 2XM0 A; 2PX0 A; 2CNW A; 2J7P A; 2J0W A; 2IXO A; 2WB7 A; 3ZWI A; 3NMJ A; 5L0H A; 1VOM A; 3H65 A; 2LD6 A; 4BJ5 A; 4EHP A; 5DLJ A; 1V4A A; 5E3A A; 3ABM C; 2XM4 A; 3VAY A; 1Q0M A; 1JRA A; 2BL2 A; 2ETS A; 2PNO A; 4NTA A; 5KYX B; 3KL4 A; 3SXZ A; 2IYL D; 4JVS A; 1LI7 A; 1ZHY A; 4RD9 A; 5BQH A; 3OWT A; 1ZU5 A; 3HNJ A; 3UGP A; 5L0J A; 1TQG A; 5KYY B; 5KYU A; 1MMN A; 4DVY P; 3EGD A; 5CIV A; 2ZD9 A; 1T6I A; 3DZA A; 2YLG A; 3U2L A; 2LP4 A; 1M2O A; 1LE4 A; 2ZXR A; 2H7V C; 2HV6 A; 3MYF A; 1U0B B; 2YL1 A; 3F47 A; 3ASN C; 1D1B A; 2W9Y A; 2HMQ A; 2GAQ A; 3X2Q C; 1OCR C; 2EIM C; 3JSZ A; 2WZF A; 3KPH A; 2JX0 A; 4ULV A; 1KU2 A; 1Z23 A; 3IPM O; 5DVW A; 3L34 A; 1O3U A; 3GM2 A; 3B29 A; 2PX3 A; 5AGF A; 1AVO B; 1HMO A; 4W8P A; 2XRH A; 3M79 A; 4IAO A; 5BQI A; 2R7V A; 4K7B A; 3LS0 A; 4PJL A; 5A6A A; 2F22 A; 1WN0 A; 1CPR A; 5CI8 A; 1VB5 A; 1MMD A; 2HSB A; 2H7O A; 2W4B A; 3A11 A; 4JTC B; 4G7H F; 3Q6M A; 1D1A A; 4PJJ A; 4BJ6 C; 2DGJ A; 5F5F A; 4H54 A; 2R02 A; 3C8G D; 4LDK A; 1ZHZ A; 4IJJ A; 1LIH A; 2YLI A; 2YZS A; 2NUP A; 2E87 A; 2V26 A; 3LAY A; 2J45 A; 2KW3 C; 4DRJ B; 5FZT A; 3IQ5 A; 4W8K A; 3UGO A; 3RVY A; 1G4W R; 3M4B A; 5L0D A; 2XXA A; 1U6H A; 1V55 C; 1NU9 C; 1LS4 A; 2HV7 A; 1K04 A; 4N6C A; 4NTF A; 5K0I A; 2CYD A; 3H2U A; 3QMK A; 1TWH A; 2OG2 A; 5COF A; 1TR2 A; 4XTK A; 4JUR I; 2OJE D; 4EBK A; 4XWJ A; 4NC3 A; 2XLE A; 1VYK A; 1RKE B; 4FAP B; 4NTB A; 3RH3 A; 3IQC A; 4U5H A; 3S9O A; 1HW2 A; 3EH1 A; 3NKD A; 3W2W A; 2EIN C; 1QKR A; 4E0I A; 3S0X A; 2XLV A; 1SMY F; 3N24 A; 4HFF B; 2Q7R A; 3EHM A; 1WAS A; 3HNL A; 5L3Q A; 4YT2 A; 3ATP A; 3LEO A; 4O6M A; 1CGN A; 3R2P A; 3CZ6 A; 1FAP B; 2YL3 A; 1BBH A; 5F5H A; 1AEP A; 1OCZ C; 1PD0 A; 2LFF A; 3RQF A; 2BE5 F; 4CIH A; 2YEV A; 1LI5 A; 1CPQ A; 2ICW G; 5B1A C; 2KK1 A; 4IAR A; 4MND A; 1NZE A; 1QZX A; 3HTK C; 3NYM A; 1ORS C; 2NUT A; 1T6Q A; 4QDL A; 1TWC A; 4EKW A; 1YAR O; 1FFT C; 2A1D D; 2QY9 A; 2WL8 A; 1OQC A; 3EZI A; 3L8I A; 2EPN A; 2PBE A; 4YWQ A; 2YLD A; 4O7G A; 3VF0 A; 3AGT A; 1L7C A; 4JE9 A; 3NMK A; 4G7O F; 4IWB A; 4BPM A; 3NMI A; 4R32 A; 4P6I C; 1HMD A; 1VLS A; 4H4K C; 3TK0 A; 2PFD A; 3UMH A; 2GA0 A; 5KYU B; 1Q0G A; 3FAJ A; 5KYW B; 5E3C A; 4DRI B; 2Q9B A; 2P0N A; 4O6N A; 1D0Z A; 1RKC A; 3DE8 A; 4LDR A; 3QTH A; 4C7O B; 4QI2 A; 3K66 A; 3POV A; 256B A; 3SXM A; 3KH2 A; 1IZM A; 4I1M A; 1BR1 A; 1FNT c; 1NG1 A; 1YA9 A; 1UFB A; 4N6H A; 4JRZ A; 3NKE A; 4Z9J A; 2EPM X; 4JKV A; 1JPN A; 1FMV A; 3B0U X; 1OXB A; 4I3M A; 5JP7 A; 3U9M A; 1ZU4 A; 1AUE A; 3B71 A; 3SZR A; 2HJM A; 4NQF A; 5DS5 A; 2R03 A; 4JCZ A; 1W2W A; 4Z9I A; 2G3K A; 1DOW A; 3GAN A; 4NY3 A; 2UUI A; 4MW3 A; 2HZ8 A; 3T6J A; 4E7Z A; 2JPU A; 5JT4 A; 2X51 A; 4PJM A; 1YLM A; 3NG1 A; 2OQM A; 1OKK A; 3EZH A; 4XQ1 A; 3W8I A; 3PCV A; 2R7W A; 3IHU A; 1A7E A; 2A69 F; 2OCC C; 2AU5 A; 2CCY A; 2IM8 A; 3JT1 A; 4XEF A; 3AG2 C; 5AC4 A; 4MW8 A; 2OEV A; 3ZSU A; 2XS8 A; 3NDB B; 4O6Y A; 2EPO A; 2NUP B; 4QI0 A; 5CI9 A; 3T6G B; 1G5Z A; 1OR3 A; 4MTO A; 2KC3 A; 2OOC A; 2L6F A; 3K1H A; 3ZC4 A; 3O55 A; 2Q4F A; 4U5E E; 2LSE A; 1WTY A; 3JRM O; 3DJU B; 3FOO A; 4OIR F; 4AE4 A; 3UMK A; 4JEA A; 4WAB A; 3FMS A; 3EFO A; 4JTA B; 3N0T A; 4NCQ A; 5B1B C; 4A4A A; 1B68 A; 4CDA A; 2IXP A; 2M64 A; 4BJ1 A; 4LDQ A; 3UR3 C; 4LLE A; 2LCH A; 5BQG A; 4E17 A; 3LLK A; 1D0Y A; 1JOG A; 1M2V A; 4JJF A; 3SYN A; 5EGY A; 1LE2 A; 3DAG A; 3RIP A; 3FXH A; 3V7O A; 2J0X A; 2NSF A; 2ASR A; 3FDQ A; 5B3I A; 4U5D E; 4PAC A; 3ECS A; 1PV3 A; 1M56 C; 2XL8 A; 3WG7 C; 5COM A; 3W2V A; 2CW0 F; 5AC5 A; 5JLI A; 4JEB A; 1O5H A; 1E2X A; 3E9V A; 3A9C A; 4K0D A; 4Z9H A; 5JS5 A; 2IBF A; 1GS9 A; 2QLA A; 4J7T A; 1YJG A; 4KNV A; 4CS9 C; 2R7O A; 1RXQ A; 1H9T A; 4XPX A; 3T6B A; 4I1O B; 1E84 A; 1JR8 A; 3JYY A; 4D4N A; 1YZA A; 1OW7 A; 3E70 C; 3GEE A; 4FWV A; 4JIO A; 1MQV A; 3FAP B; 4P9T A; 1A7D A; 2LQG A; 3DD7 A; 4LLC A; 3U5S A; 1PCX A; 4JJG A; 3DKA A; 1C03 A; 2Q3T A; 5A6J A; 4PFP A; 1BDJ B; 1ZVZ A; 2VCB A; 2YL7 A; 2YQY A; 3IQ6 A; 4XPY A; 1PD1 A; 4PJN A; 3EGX B; 4C3B A; 4JTD B; 4OIN F; 2HSQ A; 1MMA A; 3L1M A; 2XL4 A; 1FFH A; 4DBR A; 5DS4 A; 5FCL A; 1CGM E; 1LM3 B; 1NFN A; 3JRT A; 3C8G B; 1ORJ A; 2XSE A; 1WOL A; 1Y4C A; 2OJQ A; 3DMD A; 4U9D A; 3TD7 A; 3ZIB A; 4BJ6 A; 4Q4Z F; 5A6K A; 2JD3 A; 2R7U A; 2R7R A; 3U9J A; 1C17 M; 3UMI A; 1ZHX A; 3I4U A; 1D0X A; 4CDY A; 4DXW A; 3GM3 A; 3MYI A; 4FES A; 4DOZ A; 2W45 A; 2Y69 C; 3S27 A; 3K1I C; 2G62 A; 3U0C A; 2HKV A; 1LVK A; 2A68 F; 3AG4 C; 4LAC B; 3X1O A; 3K7D A; 3ZQY A; 3AQB A; 3N2Z B; 4CS8 C; 1RJ9 A; 2J9V A; 1N1C A; 3EG9 A; 3VRC A; 1OKK D; 3VYW A; 1EQ1 A; 2Y39 A; 5E2Q A; 1V74 B; 4XLN F; 3L0I A; 4RDA A; 5HV9 A; 5T3W A; 3TQO A; 3ZTM A; 3RVZ A; 4AL1 A; 4DJ9 A; 2DB4 A; 2YHS A; 1QLE C; 1Y6D A; 2DYS C; 3DE9 A; 2OU6 A; 3JTL O; 1TWG A; 3ZVR A; 3Q7G A; 1J8M F; 1SZI A; 3C7J A; 4AX2 A; 4N4W A; 3S28 A; 1J8Y F; 4D4X A; 4J32 B; 2J46 A; 2CNW D; 2J7P D; 3RYL A; 2QTV A; 3LNR A; 4G0H A; 4HE8 D; 4EWC A; 1Z63 A; 2NG1 A; 3O39 A; 2Y3H A; 4PFO A; 4MVU A; 4G7Z F; 1G8X A; 3KYJ A; 3RKO F; 4GQH A; 4AE4 B; 3JZ0 A; 3TJ6 A; 3OA1 A; 4MS2 A; 1A7V A; 1V54 C; 4J7Y A; 4GEH A; 2EPK X; 2J9U A; 4N06 A; 5D92 A; 4MQ9 F; 3ASO C; 1K05 A; 3ITF A; 2L6G A; 4RBN A; 1YAU O; 4CJG A; 1FR0 A; 1YZC A; 2IXM A; 1XZQ A; 2M4E A; 3LNM B; 3RQG A; 4E18 A; 1OCC C; 2WZG A; 4UDV A; 5KYY A; 4IRU A; 3GOR A; 1R4T A; 3EGD B; 1FMW A; 3HNK A; 1ORY A; 3GWN A; 2L81 A; 4GYT A; 4JCH A; 3V5X A; 3V5Y A; 2DYR C; 1EI7 A; 2EIL C; 1D1C A; 3O10 A; 3U8V A; 2KQ9 A; 1Q0K A; 4U5C E; 4YK5 A; 4CS7 A; 5B3S C; 3JCU Q; 3SXK A; 3L8J A; 4YL3 A; 1ZW3 A; 2VH3 A; 1Z7Q c; 3ZG1 A; 1T9K A; 3B0V C; 1ZZP A; 3TJ5 A; 2RD9 A; 4EIY A; 4ZLD A; 2YL0 A; 1OW6 A; 1HY5 A; 2NPU A; 3MX3 A; 1I4Y A; 4WGZ A; 1NU7 D; 2R9R B; 5A69 A; 5DS6 A; 4DVZ A; 4O79 A; 3QVY A; 4FX5 A; 2EPL X; 4U5G A; 3O6X A; 4CSA C; 1R5I D; 3AGU A; 1H9G A; 2TMV P; 3LES A; 4C3D A; 4Q5S F; 3MFN A; 1QSP A; 2CGE A; 2DI3 A; 4E0H A; 2G3V A; 2VCC A; 1E85 A; 3FOP A; 2Q00 A; 2XL6 A; 2J9W A; 2XLW A; 1LS1 A; 4HEA J; 3AG1 C; 1NFO A; 5JUA A; 5HSW A; 3EJN A; 3LJB A; 2L7A A; 3WOD F; 1VK5 A; 3RF3 A; 2AWY A; 4YJW A; 2XXA B; 3W4Y A; 4J30 B; 3B0P A; 3HLZ A; 5E33 A; 3VM6 A; 5DQZ A; 4CDV A; 1OR2 A; 5A6B A; 2AP3 A; 2Q9A A; 2LFD A; 2VC9 A; 1VYI A; 1YA7 O; 3PMR A; 2Q9C A; 3QW1 A; 4MVO A; 3BRJ A; 3T4R A; 3S90 A; 3S84 A; 3I5Q A; 4IAQ A; 4PK4 A; 3U3F A; 1S7Z A; 1RJ9 B; 1CGO A; 3H2V A; 4YT8 A; 1RKE A; 5JVE A; 3PDM P; 2IOQ A; 4WJ0 A; 2A0B A; 2HUJ A; 4JC7 A; 2WVN A; 1JPJ A; 4CBE A; 1E86 A; 2R7S A; 1SR2 A; 2XS1 A; 1NSG B; 3C62 A; 3U8P A; 3M15 A; 3DAF A; 1F1M A; 1O87 A; 1HE1 A; 2Y3D A; 5DQT A; 4MVS A; 1MMG A; 1JAF A; 2YVK A; 4KC9 A; 2OKU A; 3GWL A; 4KNW A; 2IXN A; 4U5F E; 4YN0 B; 1M6T A; 2XLM A; 4BJ5 C; 1KNY A; 1NLX A; 4L6R A; 3M1C B; 2KJG A; 2NUT B; 3US6 A; 2EIJ C; 2A6E F; 3W8H A; 2UUH A; 1C02 A; 4B6I A; 2B0J A; 1QVX A; 1TFO B; 2A0U A; 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1Q0D A; 3AJM A; 2KNH A; 1JMW A; 3B9Q A; 4XPW A; 3SXY A; 1QQ3 A; 5JRA A; 3CSK A; 5L3V A; 3NRH A; 2X0C A; 2GFH A; 3C18 A; 2H7B A; 3KMI A; 3LLI A; 3EFO B; 5COG A; 1LPE A; 2KSF A; 2XLH A; 5KYX A; 1VLT A; 3KKB A; 3NYJ A; 4OIO F; 1HE9 A; 2KGO A; 4C3E A; 3HJC A; 2P6V A; 1MND A; 2ZXP A; 3Q6N A; 4EBB A; 1K40 A; 1A41 A; 1M2V B; 3FHD A; 4M63 A; 4MVQ A; 4KI2 A; 5JSL A; 1YVI A; 2AVK A; 3K6B A; 4K1O A; 2WVQ A; 2LK4 A; 3C63 A; 2QUP A; 4OIQ F; 3TOL A; 4ULW A; 3JYH A; 4OIP F; 1L3P A; 3ZQV A; 4X0R A; 1OCO C; 4MVZ A; 2WZL A; 3QZC A; 5T1D B; 3RFY A; 3UNG C; 2J8W A; 1WWP A; 2P61 A; 4IB4 A; 4A2N B; 2HJ3 A; 3LS1 A; 4ER9 A; 3TOM A; 4I44 A; 2RSE B; 3DI5 A; 4JW1 A; 2L6H A; 1MNE A; 3J06 A; 3G4Z A; 1ZHW A; 1H6G A; 1I5N A; 2KYH A; 1XZP A; 3MLG A; 3V5Z A; 3ZDL A; 4BEM J; 1H7I A; 3HNI A; 1GGQ A; 1APC A; 3LEV A; 1OW8 A; 1WAT A; 1VTM P; 4CSA A; 4CX9 A; 2EIK C; 4DBQ A; 2QE9 A; 4MVM A; 3EGX A; 2AWC A; 4PR9 A; 5TJ5 E; 2YWA A; 3MBG A; 1BR2 A; 3C8Z A; 3WHN A; 4BEJ A; 4DRH B; 2R25 A; 3C8G A; 2YKZ A; 1FTS A; 4MVR A; 1KTM A; 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