The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
44
|
sequence length |
113
|
structure length |
113
|
Chain Sequence |
QGMNNKHATSAVHEIIREICRLVDSGHSMTRDQFHELSEQERFIAFLAEKYSSTIKLYYLADSSPLFEKDTSSFIENAFGRHANTVVMEDFGLKSNALLLAINICLAILREIN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Integron gene cassettes: a repository of novel protein folds with distinct interaction sites.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Uncultured bacterium
|
| molecule keywords |
Integron gene cassette protein HFX_CASS2
|
| total genus |
44
|
| structure length |
113
|
| sequence length |
113
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-01-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Crystal structure from the mobile metagenome of halifax harbour sewage outfall |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FXH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JX0 A; 1NG1 A; 1O87 A; 2WVQ A; 4HFK B; 4E7Z A; 5L0H A; 4EBK A; 1JMW A; 2XLO A; 3V5Z A; 3UGP A; 5TJ5 E; 4AE4 B; 4YL0 A; 3A11 A; 1FNT c; 2CW0 F; 4CDY A; 1OR2 A; 2LSE A; 1D0X A; 2A0U A; 2W9Y A; 3DKA A; 4JW1 A; 5DLJ A; 4WJ0 A; 3SNH A; 1OCO C; 4OIO F; 3LNR A; 2IXO A; 1UFB A; 2KYH A; 1HW1 A; 1ZHT A; 2A68 F; 3FAP B; 4MTF A; 3RQG A; 4BEM J; 5EK0 A; 2EIJ C; 2YLI A; 3ECS A; 4G0H A; 1TFK B; 3C63 A; 4I3M A; 5E3A A; 5KYX B; 3POV A; 3IHU A; 3RQE A; 2R7U A; 2IOQ A; 2R7O A; 2KSF A; 5CIV A; 3B0U X; 3DE9 A; 5EGY A; 4AE4 A; 3SXZ A; 1Q0G A; 2PBE A; 2MYS A; 2ASR A; 4G78 A; 4IAQ A; 4MVR A; 3T9O A; 5DQZ A; 4K7B A; 2R7Q A; 1R5I D; 1K05 A; 1MND A; 4H54 A; 1BR2 A; 3WG7 C; 1R4T A; 1Q0D A; 2ZXR A; 3DAF A; 4EUK B; 3DM5 A; 3GM1 A; 3LS0 A; 1I4Z A; 5KYX A; 1H7I A; 5DVW A; 4PJJ A; 4KI2 A; 2LCH A; 5COM A; 5F28 E; 1EA8 A; 5GPG B; 3F46 A; 4XPW A; 1SR2 A; 2LIG A; 3Q6N A; 1VMA A; 3H2V A; 2JPU A; 1V4A A; 1YYJ A; 4RDA A; 4C3D A; 3UR3 C; 1S7Z A; 3US6 A; 4AX2 A; 2NSG A; 4NTB A; 1O5H A; 1APC A; 2J7P D; 3HNK A; 3T6J A; 4E18 A; 3ZG1 A; 1ZHX A; 2R05 A; 1V74 B; 3AQC A; 3ASN C; 3G4Z A; 3C8Z A; 3WAQ A; 4MVO A; 1E83 A; 3DM9 B; 2J46 A; 3WOD F; 2OJQ A; 1WN0 A; 1ZYR F; 4F4B A; 3Q7L A; 4BEJ A; 4FES A; 1RKE A; 2Q9B A; 4HE8 D; 3TUL A; 3CQZ A; 4U5D E; 1L7C A; 1PD1 A; 1VYK A; 1YJG A; 3U3F A; 3W8I A; 3S84 A; 2R25 A; 5COG A; 3GM3 A; 3MYI A; 4JE9 A; 1GS9 A; 2QLA A; 3G50 A; 3RKO F; 3S90 A; 1OCZ C; 2H7V C; 1CGO A; 4A2N B; 3KL4 A; 2UUH A; 2O9X A; 2VC9 A; 3QW1 A; 4I1O B; 2B0H A; 2DI3 A; 3JZ0 A; 5HSW A; 1A0B A; 3ABM C; 1YA7 O; 2HKV A; 2RD9 A; 2J8W A; 3EGD B; 4WGY A; 2D4U A; 4GEH A; 3ZTZ A; 4OIP F; 5L0J A; 2D5R B; 2LP4 A; 2AWC A; 1A41 A; 4P9T A; 1KTM A; 2R7R A; 1RMV A; 2FAP B; 2ZPA A; 4BPM A; 1ZU4 A; 3KYJ A; 4Z9H A; 4IAO A; 1RJ9 B; 3EJN A; 2VH3 A; 1QVX A; 1JR8 A; 2XL4 A; 3NMK A; 4YT5 A; 4DJ9 A; 5L0F A; 2EIL C; 1ORS C; 2MHR A; 2WZF A; 1LI7 A; 1QSP A; 3ITF A; 1I4Y A; 1TWH A; 2L7A A; 3QTH A; 2J9B A; 4U5G A; 5CI9 A; 3SP1 A; 4CS8 C; 3JRT A; 4CX9 A; 1CPQ A; 3K33 A; 1V55 C; 5A6B A; 5D91 A; 4LDK A; 1G4W R; 4MVQ A; 1FMW A; 2CGE A; 3LNM B; 3M1C B; 1OCR C; 2P1A A; 4D4X A; 3E70 C; 1EI7 A; 3AGT A; 3I5P A; 5DS6 A; 1JPN A; 4NTA A; 5JRA A; 1JRA A; 3NYJ A; 2ZXP A; 3LES A; 4Q7C A; 3J06 A; 1WWP A; 1M2V B; 3JRM O; 3LS1 A; 2XRH A; 3S9O A; 2B0J A; 1TFO B; 3X1O A; 3S0X A; 4KBL A; 4BJ5 C; 3KKB A; 1LS4 A; 3KH2 A; 2KW3 C; 3EGX B; 2CCY A; 1D1B A; 4ONS A; 3RVY A; 3SXK A; 2EPK X; 2KJG A; 2W4M A; 3T6B A; 1LIH A; 3ASO C; 1T01 A; 3AGU A; 3HTK C; 2EPO A; 1Z7Q c; 2PP4 A; 4JUR I; 1Z5Z A; 3PHF 2; 3MYF A; 4BJ6 A; 4E17 A; 1LM3 B; 1TQG A; 3EG9 B; 1RXQ A; 4JTD B; 4YT2 A; 2HZ8 A; 4NTF A; 1YAR O; 3AG4 C; 4YN0 B; 1TKN A; 4E0H A; 1JPJ A; 2YEV A; 2GFH A; 3FOO A; 2G3V A; 3C18 A; 3LLI A; 4JEB A; 1YYX A; 3A9C A; 2XLM A; 4JVS A; 4YL1 A; 2P6V A; 2OJE D; 3NMI A; 4CBE A; 3O10 A; 3RIP A; 2DYS C; 3EGX A; 4CSA C; 2C03 A; 3ZTM A; 2GWW A; 3M4C A; 3TOL A; 1OQC A; 3TJ5 A; 3LUT B; 2J0X A; 1OXK A; 3K66 A; 2BC5 A; 4CS8 A; 1DOW A; 3BEH A; 5BUO A; 1OR3 A; 1FAP B; 4U5H A; 3L1M A; 1OW6 A; 3AG2 C; 3EG9 A; 3EFO B; 1NLX A; 4MND A; 2L6F A; 1VYI A; 1PV3 A; 2ZXW C; 3EH1 A; 4IWB A; 4QDL A; 2EIN C; 2L6H A; 1VLS A; 2PX3 A; 1TWG A; 2R03 A; 3K1H A; 3NG1 A; 1OCC C; 4GYT A; 3X2Q C; 2EPL X; 2R7V A; 2Q3T A; 4XEF A; 3NYL A; 4IRU A; 4EHP A; 1CGM E; 4CJO A; 5DS5 A; 3U8P A; 5K0I A; 3ZSU A; 1HY5 A; 3W2V A; 1MMN A; 2A0B A; 2DYR C; 4JKV A; 5BQG A; 5T3T A; 3UMK A; 2Q00 A; 4BJ5 A; 4ZLC A; 5JLI A; 5KYY B; 4EBB A; 2YL7 A; 1Q0F A; 3NYM A; 4RBN A; 4YL3 A; 1NU7 D; 4CS7 A; 3EFO A; 2KNH A; 4FX5 A; 4O79 A; 4CIP A; 3TJ6 A; 3QW0 A; 5HV9 A; 1XZQ A; 2L9J A; 3LEV A; 4K0D A; 4MVM A; 3HKK A; 3UNG C; 3EQL F; 4DRJ B; 3HNI A; 4IAR A; 4DOZ A; 1OXB A; 1XZP A; 2KQ9 A; 2V26 A; 4ULW A; 3ZC4 A; 4AL0 A; 3DWW A; 3KMI A; 4RD9 A; 1LE2 A; 3WHN A; 1SMY F; 1L3P A; 3F47 A; 3HNL A; 3GEE A; 3IQ5 A; 2G3K A; 4L6R A; 4IGG A; 4U5C E; 3O39 A; 1V54 C; 4Q5S F; 2BE5 F; 2IBF A; 3L8J A; 3VRC A; 2LD6 A; 2FFH A; 5KYY A; 2QY9 A; 3C8G B; 3CZ6 A; 2I8B A; 2XXA A; 1XWJ A; 2WL8 A; 4M63 A; 4XEV A; 1MNE A; 1RKE B; 1Y6D A; 3NRH A; 3EH2 A; 4YJW A; 5E3C A; 3C7J A; 3GAN A; 4JCZ A; 4XLN F; 1FTS A; 2YLG A; 4FAP B; 1UG7 A; 2BL2 A; 2XS8 A; 2PF4 E; 1GQA A; 1I5N A; 5KYU A; 4J32 B; 4MS2 A; 3JCU Q; 3V5Y A; 3K7D A; 1TWC A; 2CNW D; 2R7X A; 3U2M A; 1ST6 A; 5KYN A; 1C17 M; 1ZHW A; 3N0T A; 3B0P A; 3HNJ A; 3SXY A; 4AK9 A; 1FMV A; 2XLD A; 3JYY A; 2IXN A; 2Y3H A; 2AVK A; 5E33 A; 1QQ3 A; 2E87 A; 2WZG A; 2XM0 A; 3C8G A; 2YWA A; 3ZWI A; 4D4N A; 1Q0M A; 3DXJ F; 1A7V A; 3ATP A; 3LEO A; 1M56 C; 1ORY A; 2H8A A; 4J30 B; 4BG0 A; 3GEI A; 3U0C A; 4LLC A; 1NSG B; 4XWJ A; 5JSL A; 2J9V A; 3RFY A; 3UMI A; 3AQB A; 4YT8 A; 4EBJ A; 4I44 A; 2J9U A; 4PFP A; 2LFF A; 4Q4Z F; 2EPN A; 1CGN A; 1MMD A; 1M2O A; 4UDV A; 1WTY A; 3U9J A; 3R2P A; 1H9G A; 2LFD A; 2EPM X; 5B3S C; 1BBH A; 4G7O F; 3IPM O; 4U9E A; 1OKK A; 4ULV A; 4C7O B; 4E0I A; 2QTV A; 1D1C A; 3C62 A; 4XLP F; 1NFO A; 1YZC A; 3NMJ A; 3FXH A; 3CAX A; 1E86 A; 1KU2 A; 4XQ1 A; 1YAU O; 2LK4 A; 3PMR A; 1YVI A; 4DRH B; 3Q6M A; 4FWV A; 3U2L A; 3DZA A; 3LLK A; 1Q0K A; 3JTL O; 3AG1 C; 1G4U S; 2W4B A; 2Y3G A; 3M15 A; 3OA1 A; 1D0Z A; 1BDJ B; 3CEX A; 1FR0 A; 3ABL C; 4W8P A; 1BZ4 A; 4XEK A; 2YL3 A; 1Z23 A; 2Q9A A; 4C7O A; 1HMO A; 4NY3 A; 1U6H A; 2OG2 A; 1KNY A; 3IQ6 A; 1BR1 A; 3O6X A; 3GM2 A; 2YL0 A; 3RW0 A; 1T6U A; 1ZVZ A; 4AL1 A; 5EHH A; 3M79 A; 2YZS A; 5E2Q A; 3FAJ A; 5KYW A; 4I1M A; 1K40 A; 2AU5 A; 5B3I A; 1H6G A; 2HMQ A; 4PFO A; 1E84 A; 3W8H A; 1ZW3 A; 4LAC B; 2KK1 A; 3RYL A; 3VF0 A; 3ZDL A; 4ANJ A; 4JZA A; 2R7S A; 2Z15 A; 3N2Z B; 4CS9 C; 5AC4 A; 4JC7 A; 5DQT A; 1JAF A; 4H4K C; 4LLE A; 2XM4 A; 4JTA B; 3R7C A; 4XPX A; 1TWA A; 4DRI B; 3PCV A; 4O6N A; 2NG1 A; 3FHD A; 3TK0 A; 4XPY A; 4N06 A; 1FFT C; 5A6A A; 1BR4 A; 3MFN A; 2PNO A; 4ER9 A; 1G8X A; 2Y3D A; 1E85 A; 1T5O A; 1VB5 A; 1YZA A; 3AG3 C; 3AOU A; 2W45 A; 1G5Z A; 2CYD A; 2IM8 A; 1A7E A; 5F5H A; 3SZR A; 4J7T A; 5B1A C; 4OIQ F; 4U5E E; 2ZD9 A; 5JUA A; 3RQF A; 2HFI A; 3FMS A; 3QVZ A; 3NKE A; 4G7H F; 3S29 A; 2HMZ A; 2LQG A; 3T4R A; 4E7S A; 3ZQY A; 3KPH A; 4O6Y A; 5FZT A; 1EQ1 A; 1HW2 A; 1RKC A; 2HUJ A; 2C04 A; 2XL8 A; 3SYN A; 2TMV P; 5A6B D; 2XLW A; 3EHN A; 1E2X A; 1WOL A; 2KC3 A; 2R7T A; 3B0V C; 3LJB A; 1FFH A; 1LVK A; 2IXP A; 2HV7 A; 3EZI A; 2Q7R A; 2DB4 A; 3ABK C; 3OEO A; 5B1B C; 4G7Z F; 2VCB A; 4KNV A; 3SEO A; 2J45 A; 1U89 A; 2AWY A; 1B68 A; 2FGY A; 2XL6 A; 4U9D A; 4JTC B; 3DE8 A; 4MVZ A; 3SXM A; 4ZLD A; 3ZIB A; 1Z63 A; 1Z3I X; 4CS9 A; 4J7Y A; 4BJ1 A; 1Y4C A; 1O3U A; 2NSF A; 4JIO A; 2MWQ A; 4EKW A; 3K1I C; 5AC5 A; 1T6Q A; 2X51 A; 4PR9 A; 2XXA B; 1AVO B; 2J7P A; 1MMG A; 4R32 A; 3L34 A; 4WGZ A; 5BQH A; 4K1O A; 1YLM A; 1J8M F; 1T6I A; 2L81 A; 5BQI A; 1LKX A; 3JSZ A; 2YL1 A; 2J9W A; 2Y3B A; 3OWT A; 4NQF A; 4DBR A; 2DGJ A; 5KYU B; 2NUT B; 3PDM P; 3MBG A; 2IXM A; 1MQV A; 2QNL A; 3DAG A; 1IW7 F; 1ORJ A; 1QLE C; 2HS5 A; 2YKZ A; 1OW8 A; 3EPV A; 4MW3 A; 3V5X A; 4QI0 A; 2HV6 A; 2VCC A; 4NCQ A; 4JJF A; 4PJL A; 4CJG A; 3FDQ A; 2V3C C; 4CSA A; 2CDQ A; 3G4X A; 4Z9J A; 3O55 A; 1PD0 A; 5COF A; 3UMH A; 3GWN A; 4DBQ A; 2YLD A; 4EWC A; 4OIR F; 4JEA A; 3N24 A; 3GOR A; 2GDC A; 3H65 A; 5L0C A; 4PAC A; 3DMD A; 1LPE A; 2NUT A; 4P6I C; 4MW8 A; 4N6H A; 2HSQ A; 3GWL A; 3IEE A; 4DVZ A; 4QI2 A; 4EIY A; 4HEA J; 4BJT A; 3E9V A; 3EZH A; 3DJN B; 3B9Q A; 4NC3 A; 2EIK C; 1NZE A; 2IYL D; 3NDB B; 1NFN A; 1IZM A; 4MVS A; 1J8Y F; 3DI5 A; 5F5F A; 2YVK A; 1LS1 A; 1LE4 A; 4XTK A; 1NU9 C; 5L0I A; 2R7W A; 4GQH A; 2GA0 A; 4IB4 A; 2UUI A; 4LDQ A; 3K6B A; 3QMK A; 4LDR A; 2YHS A; 4KNW A; 3U3B A; 3S28 A; 2M64 A; 1VLT A; 4OD5 A; 2NUP B; 4N6C A; 2Y69 C; 1C03 A; 1GGQ A; 5CI8 A; 3K1I A; 2HJ3 A; 2A6H F; 2Q4F A; 4YK5 A; 1RCP A; 1T9K A; 1ZU5 A; 5A69 A; 1H9T A; 4PJN A; 4N4W A; 2WZL A; 2YQY A; 1HE1 A; 2KGO A; 3B29 A; 3IQT A; 3H2U A; 2XS1 A; 3JSE O; 3QZC A; 4LER A; 3T6G B; 1QKR A; 2P0N A; 3DD7 A; 1MMA A; 3M4B A; 3JYH A; 5IY5 C; 4PK4 A; 3GEH A; 1WAT A; 2OEV A; 3RVZ A; 4Z9I A; 3W2W A; 3DJU B; 2NUP A; 3KYI A; 3NKD A; 2QE9 A; 3AJM A; 4MTO A; 3B71 A; 4CDV A; 4O7G A; 1ZHY A; 3Q7G A; 5KYW B; 3RF3 A; 2YRF A; 1HE9 A; 1ZW2 A; 2I15 A; 2OQM A; 1PCX A; 2H7O A; 4PJM A; 3GOD A; 2OKU A; 3V7O A; 1YDI A; 4KC9 A; 4BJ6 C; 1DOV A; 2AP3 A; 4P9F A; 2A1D D; 3RH3 A; 4CDA A; 4YT4 A; 2QUP A; 3I4U A; 1VK5 A; 1WAS A; 1A7D A; 1ZHZ A; 4C3B A; 2EIM C; 2GAQ A; 2R02 A; 2WVN A; 4HFF B; 3C8G D; 1LI5 A; 2Q9C A; 5AGF A; 3HJC A; 4OIN F; 2ICW G; 2OU6 A; 2OCC C; 3LAY A; 2H7B A; 1M57 C; 1SF8 A; 3JT1 A; 4JRZ A; 5T1D B; 1W2W A; 1QPU A; 4C3E A; 3U5S A; 2P61 A; 4X0R A; 5D92 A; 1M6T A; 2WVO A; 3FVY A; 3L8I A; 1SYQ A; 3U8V A; 2P7V A; 2A6E F; 2VCA A; 5JT4 A; 3VAY A; 3EGD A; 5JVE A; 2XLH A; 1D1A A; 5JS5 A; 2F22 A; 1HMD A; 4MQ9 F; 1GM5 A; 4WAB A; 2NPU A; 1VTM P; 1U0B B; 1K04 A; 1OW7 A; 1AEP A; 1QZX A; 1WGW A; 1EKY A; 3TD7 A; 3S27 A; 1S05 A; 2Y39 A; 1OKK D; 1ZZP A; 3MX3 A; 5L0D A; 5A6J A; 2HSB A; 2XLV A; 1RJ9 A; 2VAS A; 5A6K A; 4JJG A; 4JCH A; 5L3V A; 5JP7 A; 1AUE A; 2VB6 A; 2OOC A; 1Z6A A; 2R9R B; 3VYW A; 4B6I A; 1D0Y A; 1YA9 A; 4U5F E; 3IQC A; 3W4Y A; 2PX0 A; 3BRJ A; 3U9M A; 1VOM A; 3L0I A; 5T3W A; 3QVY A; 4MTG A; 2XSE A; 4A4A A; 3FOP A; 5L0G A; 2ETS A; 1NBB A; 4OD4 A; 3HLZ A; 1CPR A; 2JD3 A; 2WB7 A; 4YWQ A; 2ZXO A; 1JOG A; 2L6G A; 4MVU A; 4W8K A; 4DVY P; 3MLG A; 1SZI A; 2XLE A; 5L3Q A; 1C02 A; 4IJJ A; 4DXW A; 1M2V A; 3VM6 A; 1N1C A; 5DS4 A; 4O6M A; 3TQO A; 2RSE B; 2A69 F; 2PFD A; 3I5Q A; 4CIH A; 3UGO A; 3EHM A; 1TR2 A; 2G62 A; 3ZQV A; 2M4E A; 3CSK A; 2X0C A; 4U5B E; 256B A; 2OEX A; 5FCL A; 1F1M A; 3ZVR A; 3TOM A; 2J0W A; 2CNW A; 2HJM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3FXH A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
