The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
94
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sequence length |
379
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structure length |
362
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Chain Sequence |
MKILHTSDWHLGVTSWTSSRPVDRREELKKALDKVVEEAEKREVDLILLTGDLLHSRNNPSVVALHDLLDYLKRMMRTAPVVVLPGNHDWKGLKLFGNFVTSISSDITFVMSFEPVDVEAKRGQKVRILPFPYPDENEGDFRFFLESRLNKLYEEALKKEDFAIFMGHFTVEREIIINRALIPSVVDYAALGHIHSFREIQKQPLTIYPGSLIRIDFGEEADEKGAVFVELKRGEPPRYERIDASPLPLKTLYYKKIDTSALKSIRDFCRNFPGYVRVVYEEDSGILPDLMGEIDNLVKIERKSRREIEEVLRESPEEFKEELDKLDYFELFKEYLKKREENHEKLLKILDELLDEVKKSEA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermotoga maritima
|
| publication title |
The Mre11:Rad50 Structure Shows an ATP-Dependent Molecular Clamp in DNA Double-Strand Break Repair.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
rad50
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| total genus |
94
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| structure length |
362
|
| sequence length |
379
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00149 | Metallophos | Calcineurin-like phosphoesterase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | DNA double-strand break repair nuclease | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UT3 B; 1HO5 A; 4LTY A; 1MF8 A; 5JPE A; 2BQ8 X; 2HYP A; 1IT6 A; 2WDD A; 2GJU A; 5EQV A; 3EGG A; 2AHD A; 4JA7 A; 3QFN A; 4H1Y P; 3DSC A; 1JK7 A; 2NPP C; 3H62 B; 3ICF A; 3V4Y A; 5HPE A; 2O8G A; 3H67 A; 4UT2 A; 4H1S A; 2O8A A; 1T71 A; 4O24 A; 3QFM A; 3QG5 C; 4G9J A; 1OI8 A; 2JOG A; 3GVE A; 4LAC C; 4DSY A; 2DFJ A; 5JJT A; 2QFP A; 3H66 A; 2QJC A; 1OID A; 3IVD A; 1AUI A; 1WAR A; 3QFK A; 2IE4 C; 4ORB A; 1XZW A; 1S3L A; 3CK2 A; 3P71 C; 5J28 A; 4I5N C; 3IVE A; 3TGH A; 3JYF A; 1SU1 A; 3ZU0 A; 2QFR A; 2HYO A; 3RQZ A; 2NYL C; 5B8I A; 3PSN A; 4MOV A; 1S3M A; 3PSO A; 1Z2W A; 3FGA C; 4I5L C; 3H63 A; 4FBK A; 4FBW A; 4O43 A; 4YKE A; 5DNY A; 2KKN A; 4H2I A; 1USH A; 3E7B A; 2Z06 A; 1NNW A; 3C5W C; 2WDE A; 2Z72 A; 4O5G A; 2A22 A; 3HVQ A; 3THO B; 3AV0 A; 4ORC A; 3DW8 C; 1UTE A; 5INB A; 4HD0 A; 3H68 A; 3H69 A; 1S70 A; 1W24 A; 4MP0 A; 4Q7F A; 3T1I A; 1S8E A; 1U32 A; 4ZX2 A; 4FBQ A; 1S3N A; 5JPF A; 1WAO 1; 3H64 A; 1XM7 A; 4JA9 A; 4B2O A; 3AUZ A; 1G5B A; 2NXF A; 3K7W C; 3QFO A; 4DT2 A; 2WDF A; 4V0W A; 1T70 A; 4KKZ A; 1HP1 A; 1S95 A; 2IAE C; 1TCO A; 4TUG A; 2R17 A; 4ZVZ A; 4IL1 A; 3KBP A; 3K7V C; 4OR9 A; 3RL4 A; 4V0X A; 2CV9 A; 4H2G A; 4IYP C; 4V0V A; 3LL8 A; 3THN A; 4XPN A; 4O4K A; 2BCD A; 2Z1A A; 4TUI A; 4UT3 A; 2IE3 C; 3IB7 A; 4ORA A; 5F3W A; 1KBP A; 1FJM A; 1UF3 A; 4J6O A; 2NYM C; 4H2B A; 4MOY A; 4UWQ A; 5GTU A; 3DSD A; 1V73 A; 1M63 A; 4NZV A; 3E7A A; 4F0Z A; 2USH A; 1QFC A; 2HY1 A; 4KBP A; 3H60 A; 3RL5 A; 3IB8 A; 3ZTV A; 1Z2X A; 1OIE A; 1II7 A; 3EGH A; 2XMO A; 4FCX A; 2WDC A; 3H61 A; 2YVT A; 1QHW A; 2P6B A; 3RL3 A; 5IOH A; 3N5U A; 2Q8U A; 4WWL A; 2ZBM A; 4M0V A; 4DHL A; 1HPU A; 2BDX A; 3C9F A; 4LU9 A; 4H2F A; 5C1V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LTY A; 2UUC E; 5JPE A; 2BQ8 X; 1IT6 A; 3OML A; 4B3T E; 2WDD A; 2GJU A; 2K7I A; 3BF2 A; 1DQ3 A; 5EQV A; 5ADZ A; 3H62 B; 2YRM A; 1SR9 A; 5LMU E; 3ADG A; 4DR1 E; 1YPN A; 1T71 A; 1TF6 A; 4G9J A; 4DKK A; 4DV2 E; 1QNT A; 1X6F A; 2LE2 A; 2EQ3 A; 2DSY A; 4LAC C; 2DFJ A; 4DSY A; 2QFP A; 5JJT A; 3KWR A; 2BB8 A; 4DV4 E; 1OID A; 2LUQ A; 2EPN A; 1XZW A; 2EPO A; 1YZ9 A; 2K4V A; 3P71 C; 2MDG A; 5J28 A; 4F2J C; 4I5N C; 1I94 E; 2I13 A; 5TSE A; 2M1S A; 3E0J A; 5B8I A; 4YY3 E; 2EPC A; 1S3M A; 2ADR A; 4P78 A; 4AQY E; 2JR1 A; 4DR7 E; 1X47 A; 1GTK A; 2LCE A; 2GLI A; 3HTX A; 2MDR A; 1A1L A; 2LUP B; 4O43 A; 2V8Q B; 2EM0 A; 1KJK A; 5DNY A; 4H2I A; 3E7B A; 4BHB A; 4JI4 E; 4DV7 E; 1UN6 B; 3C5W C; 2DLQ A; 5LL6 R; 2EMC A; 2B3T B; 2EOX A; 4O5G A; 3HVQ A; 4HEI A; 3EPJ A; 1WRJ A; 5INB A; 2ELY A; 2L3J A; 3H68 A; 2NUE A; 2H36 X; 1WHQ A; 3HQ1 A; 3VYX A; 2LRS A; 2VRD A; 1WAO 1; 2ENH A; 4JA9 A; 2EOR A; 2L92 A; 4DR5 E; 1Z1B A; 1B69 A; 2KOU A; 2RS6 A; 5LMN E; 1IBL E; 4DR4 E; 4WSP A; 3K7W C; 4R2E A; 4MLV A; 1S95 A; 2DMI A; 5A6J A; 4WPY A; 1YSA C; 4M2Z A; 4IL1 A; 4KZS A; 3K7V C; 3KBP A; 3RL4 A; 4WFT A; 2EMH A; 2EPR A; 2R76 A; 2YTQ A; 2CV9 A; 4V0V A; 3LL8 A; 3EPK A; 2YTO A; 1NEI A; 3F6H A; 3C4T A; 2DMY A; 4BC9 A; 3C6K A; 1A1F A; 3IB7 A; 1G2D C; 1HR0 E; 4JI0 E; 4ORA A; 2EM8 A; 2ODR D; 3LLH A; 1FJM A; 1UF3 A; 4MOY A; 2NYM C; 4H2B A; 4LF4 E; 4UWQ A; 1T4N A; 4DV1 E; 2B7T A; 1V73 A; 1N34 E; 2DIX A; 4F0Z A; 2EOO A; 1XMO E; 2ENC A; 3K6Q A; 1QFC A; 2HY1 A; 2FGG A; 2EM6 A; 5KL5 A; 2JXP A; 3ECR A; 4GKJ E; 3DJW A; 1II7 A; 3EGH A; 2EPP A; 4FCX A; 4F6N A; 2EOH A; 2WDC A; 3BBG A; 2YVT A; 2L6M A; 2LTR A; 2M7Q A; 5IOH A; 2EQ0 A; 3N5U A; 4WWL A; 2ZBM A; 4NXM E; 1XMQ E; 4DV6 E; 1T4L B; 3ADL A; 1HPU A; 2BDX A; 2EPM X; 3C9F A; 4H2F A; 1WHN A; 2EPL X; 1MF8 A; 3IWC A; 2HYP A; 4DUZ E; 4F9B B; 2AHD A; 2V88 A; 2CSH A; 5IT9 C; 3QFN A; 2LO3 A; 4JA7 A; 4RHB B; 2E72 A; 3DSC A; 2JY9 A; 2NPP C; 3V4Y A; 3ICF A; 2CPN A; 2L2M A; 4DV0 E; 1XNR E; 3H67 A; 2ELZ A; 2WBT A; 4UT2 A; 5AC5 A; 4H1S A; 3QFM A; 2YTJ A; 1OI8 A; 2ZM6 E; 3GVE A; 2DGC A; 4DV5 E; 2EOZ A; 1AAY A; 1GQE A; 2QJC A; 4GKK E; 2LT7 A; 3J7A G; 4R2D A; 2YU8 A; 2NAB A; 2EWL A; 3UK3 C; 2WBS A; 3EPL A; 4GZN C; 1EH7 A; 3C4B A; 4LFB E; 1X48 A; 4F54 A; 1T39 A; 1F2I G; 2EZ6 A; 3IVE A; 1SU1 A; 1WXR A; 5A6B D; 4ZYG A; 2QFR A; 2L2K B; 5A6A A; 4DUY E; 3F6G A; 3HXL A; 3PSN A; 1DI2 A; 4WSG A; 2EOY A; 2UXD E; 5AE1 A; 1Z2W A; 2LTS A; 3ADI A; 2PRT A; 4LF6 E; 1HNZ E; 2EM3 A; 1EH6 A; 2EN2 A; 4BCA A; 4FBW A; 2B7V A; 2MKN A; 3HPZ A; 2EM2 A; 1DGC A; 2EN6 A; 2JOX A; 2RTX A; 2Z72 A; 2EN8 A; 2EMF A; 2EMG A; 3THO B; 2RSM A; 2YTN A; 4DR6 E; 1IMU A; 5CFF E; 3H69 A; 1W24 A; 2YTE A; 5A6B A; 3T1I A; 4BMJ A; 4F9A B; 5IXM B; 4FBQ A; 3VHT B; 1S3N A; 2L33 A; 4IS1 C; 2M4I A; 3MSW A; 4B2O A; 2NXF A; 2JWO A; 3MHS C; 5AAS A; 2HHH E; 3QFO A; 1T70 A; 2EPZ A; 4Q35 B; 4KKZ A; 4FK5 C; 1TCO A; 2YTF A; 2EML A; 3EPH A; 4JV5 E; 4L8N A; 4BC7 A; 4OR9 A; 1PDA A; 4DV3 E; 4V0X A; 4H2G A; 1UBD C; 3THN A; 4XPN A; 4O4K A; 4TUI A; 1IBM E; 1L4S A; 5KL3 A; 2Z1A A; 2YPN A; 2GHF A; 2J7J A; 4JI1 E; 1N33 E; 5F3W A; 2JPA A; 4J6O A; 1A1K A; 1M63 A; 4NZV A; 2VQE E; 2USH A; 3J81 C; 4KBP A; 3H60 A; 2EL5 A; 3ZTV A; 1LLM C; 5A6K A; 1BBO A; 1OIE A; 4F9C B; 2EPA A; 3FIG A; 1IQS A; 4WYQ B; 3H61 A; 1X49 A; 2UUA E; 4LF9 E; 4X65 E; 3KZY A; 4P7D A; 2V85 A; 4HTG A; 2GPI A; 1YYK A; 1IQO A; 2F4V E; 4DR2 E; 4JI2 E; 2F8B A; 4LU9 A; 4R2Q A; 4BBY A; 1UIL A; 5C1V A; 1T38 A; 1ZR9 A; 3JTZ A; 1HO5 A; 1YUI A; 1PKP A; 2HC5 A; 2A25 A; 5A69 A; 4JI7 E; 3J80 C; 4B3R E; 3EGG A; 1X5W A; 4NXN E; 1JK7 A; 2O8G A; 4JYA E; 4WXC A; 1JK2 A; 2O8A A; 2WZO A; 4O24 A; 2EPX A; 5AE2 A; 2EMK A; 2EP3 A; 2L8T A; 3H66 A; 1X6E A; 1J26 A; 3BID A; 2YEQ A; 3IVD A; 1AUI A; 2V86 A; 4LFA E; 3QFK A; 2UU9 E; 4ORB A; 1S3L A; 2MKD A; 2LVH A; 4NHR A; 2LJU A; 4B3S E; 1SFE A; 4WX9 A; 3JYF A; 3TGH A; 2G7H A; 3BGH A; 3ZOQ B; 2HYO A; 4DR3 E; 2NYL C; 2ZOA A; 2NA2 A; 3RQZ A; 2EMI A; 2VF1 A; 4MOV A; 2E1M A; 3PSO A; 1A1G A; 3H63 A; 2YT4 A; 2FTX B; 1X3C A; 2RSI A; 1A1H A; 4ZYD A; 4ZYE A; 4X66 E; 2EMX A; 2KKN A; 2EE8 A; 5BR8 E; 3JAM C; 4ZYH A; 2Z06 A; 5KL2 A; 1NNW A; 1N36 E; 3FLO A; 2UXC E; 2EMW A; 2D9H A; 3IWB A; 2BBG A; 1UTE A; 2EPK X; 4RH8 A; 2YTD A; 1A1J A; 1YYW A; 4HD0 A; 1MGT A; 3D03 A; 2EQ1 A; 4B3M E; 2L3C A; 2LMZ A; 4L5N C; 5T6J A; 4KHP E; 2EPU A; 4DMI A; 1S8E A; 2MC6 A; 1U32 A; 4ZX2 A; 1P47 A; 3H64 A; 3AUZ A; 1G5B A; 2YSO A; 1BB8 A; 3J7Y p; 5KL6 A; 4LF7 E; 2WDF A; 4V0W A; 1J5E E; 2EMY A; 2I9I A; 3TQM A; 2R17 A; 2YTG A; 4BHC A; 4ZVZ A; 2DLK A; 3T1Y E; 2R1F A; 5KL7 A; 5AE3 A; 4IYP C; 4R2A A; 2ENA A; 2YRH A; 2UXB E; 2BCD A; 2DXN A; 2ODR C; 4JI3 E; 2IE3 C; 2EN7 A; 2KON A; 1KBP A; 2EJ4 A; 2JYA A; 3DSD A; 2HGH A; 3E7A A; 5FLX C; 4WXD A; 1YYO A; 2CT1 A; 2JOB A; 2EL4 A; 3IB8 A; 2ZO9 B; 1PJQ A; 4J8Z A; 2EMB A; 1QU6 A; 3DF6 A; 1ZBQ A; 1A1I A; 2EOM A; 2EOQ A; 2DXL A; 2Q8U A; 2L2N A; 3C6M A; 4R2R A; 4MLQ A; 1GZ6 A; 4R03 A; 4DHL A; 1IBK E; 2EM9 A; 4OOG C; 2KHX A; 3RMP A; 2YU5 A; 2HJJ A; 2CTD A; 1ZBT A; 4UT3 B; 2MC5 A; 1O0W A; 2DB2 A; 2UUB E; 2EOS A; 1G2F C; 5AC4 A; 4H1Y P; 3EQ1 A; 1KYQ A; 1NCS A; 5HPE A; 2V87 A; 2EOI A; 2LBS B; 2YWQ A; 4IJD A; 4R2C A; 1PJS A; 3QG5 C; 2EN3 A; 2JOG A; 4JI6 E; 3P1X A; 1ZU1 A; 3IWD A; 2WCC 3; 4R8O A; 1WAR A; 2IE4 C; 3CK2 A; 4LF8 E; 4M30 A; 2EMZ A; 4BS9 A; 4X8W A; 5A2Q C; 2LV2 A; 1ZAA C; 3ZU0 A; 2V83 A; 3M99 B; 1AH5 A; 5KL4 A; 2FV4 B; 2DRP A; 5LLQ A; 2EN4 A; 3FGA C; 3JU0 A; 4I5L C; 1EKZ A; 4I8O A; 2JVA A; 4LFC E; 2IHR 1; 4N4R B; 4FBK A; 1EH8 A; 2NUF A; 2N8X A; 2EN1 A; 2LJH A; 2YTI A; 4YKE A; 3ADJ A; 1FKA E; 1MEY C; 2M9A A; 4X9J A; 1USH A; 2RPC A; 2EL6 A; 1TF3 A; 1HNX E; 2WDE A; 1XNQ E; 2EMA A; 2A22 A; 2JP9 A; 2EOJ A; 3AV0 A; 3DW8 C; 4ORC A; 4JI5 E; 2YRK A; 4Q7F A; 1S70 A; 4OX9 E; 4MP0 A; 1RMD A; 4R2S A; 1YFH A; 1N32 E; 2EOF A; 5JPF A; 1XM7 A; 3H09 A; 3VYY A; 5IV8 B; 2N3H A; 4LF5 E; 2EM5 A; 4DT2 A; 1RC7 A; 4Q28 A; 1HP1 A; 2IAE C; 4TUG A; 3LML A; 4M9V C; 1UHZ A; 4F6M A; 1RQ0 A; 4JI8 E; 2NUG A; 1PJT A; 1T4O A; 4UT3 A; 5IWA E; 3VK6 A; 1WJP A; 1N3G A; 1STU A; 3MHH C; 5GTU A; 2V89 A; 2N3G A; 2EM4 A; 3HPS A; 4X64 E; 2VQF E; 1X6H A; 2B9D A; 2E5L E; 3RL5 A; 2EM7 A; 3KZZ A; 1Z2X A; 2VE7 C; 1JK1 A; 2XMO A; 1HNW E; 2EOE A; 2RQL A; 2RS7 A; 2YZT A; 2WBU A; 3T1H E; 4KWY A; 4X62 E; 4YHH E; 1QHW A; 2P6B A; 3RL3 A; 1YUJ A; 2YTP A; 3L00 A; 2YSP A; 4R2P A; 1FJG E; 4M0V A; 1TN9 A; 4K0K E; 1BBG A; 4GEQ B; 3OTO E; #chains in the Genus database with same CATH homology 4UT3 B; 1HO5 A; 4LTY A; 1MF8 A; 5JPE A; 2BQ8 X; 2HYP A; 1IT6 A; 2WDD A; 2GJU A; 5EQV A; 3EGG A; 2AHD A; 4JA7 A; 3QFN A; 4H1Y P; 3DSC A; 1JK7 A; 2NPP C; 3H62 B; 3ICF A; 3V4Y A; 5HPE A; 2O8G A; 3H67 A; 4UT2 A; 4H1S A; 2O8A A; 1T71 A; 4O24 A; 3QFM A; 3QG5 C; 4G9J A; 1OI8 A; 2JOG A; 3GVE A; 4LAC C; 4DSY A; 2DFJ A; 5JJT A; 2QFP A; 3H66 A; 2QJC A; 2YEQ A; 1OID A; 3IVD A; 1AUI A; 1WAR A; 3QFK A; 2IE4 C; 4ORB A; 1XZW A; 1S3L A; 3CK2 A; 3P71 C; 5J28 A; 4I5N C; 3IVE A; 3TGH A; 3JYF A; 1SU1 A; 3ZU0 A; 2QFR A; 2HYO A; 3E0J A; 2NYL C; 2ZOA A; 3RQZ A; 5B8I A; 3PSN A; 4MOV A; 1S3M A; 3PSO A; 1Z2W A; 3FGA C; 4I5L C; 3H63 A; 4FBK A; 4FBW A; 4O43 A; 4YKE A; 5DNY A; 2KKN A; 4H2I A; 1USH A; 3E7B A; 2Z06 A; 1NNW A; 3C5W C; 3FLO A; 2WDE A; 2Z72 A; 4O5G A; 2A22 A; 3HVQ A; 3THO B; 3AV0 A; 4ORC A; 3DW8 C; 1UTE A; 5INB A; 4HD0 A; 3D03 A; 3H68 A; 3H69 A; 1S70 A; 1W24 A; 4MP0 A; 4Q7F A; 3T1I A; 1S8E A; 1U32 A; 4ZX2 A; 4FBQ A; 1S3N A; 5JPF A; 1WAO 1; 3H64 A; 1XM7 A; 4JA9 A; 4B2O A; 3AUZ A; 1G5B A; 2NXF A; 3K7W C; 3QFO A; 4DT2 A; 2WDF A; 4V0W A; 1T70 A; 4KKZ A; 1HP1 A; 1S95 A; 2IAE C; 1TCO A; 4TUG A; 2R17 A; 4ZVZ A; 4IL1 A; 3KBP A; 3K7V C; 4OR9 A; 3RL4 A; 4V0X A; 2CV9 A; 4H2G A; 4IYP C; 4V0V A; 3LL8 A; 3THN A; 4XPN A; 4O4K A; 2DXN A; 2BCD A; 2Z1A A; 4TUI A; 4UT3 A; 2IE3 C; 3IB7 A; 4ORA A; 5F3W A; 1KBP A; 1FJM A; 1UF3 A; 3DSD A; 2NYM C; 4H2B A; 4J6O A; 4MOY A; 4UWQ A; 5GTU A; 1V73 A; 1M63 A; 4NZV A; 3E7A A; 4F0Z A; 2USH A; 1QFC A; 2HY1 A; 4KBP A; 3H60 A; 3RL5 A; 3IB8 A; 3ZTV A; 2ZO9 B; 1Z2X A; 1OIE A; 1II7 A; 3EGH A; 2XMO A; 4FCX A; 2WDC A; 3H61 A; 2YVT A; 1QHW A; 2P6B A; 3RL3 A; 5IOH A; 2DXL A; 3N5U A; 2Q8U A; 4WWL A; 2ZBM A; 4M0V A; 4DHL A; 1HPU A; 2BDX A; 3C9F A; 4LU9 A; 4H2F A; 5C1V A;
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