The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
145
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structure length |
136
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Chain Sequence |
EGQLTLLLGKLMTLLGDVSLSQLESRLAVWQAMIESQKEMGISKEFQTALGEAQEATDLYEASIKKTDTAKSVYDAATKKLTQAQNKLQSLAQAEAAVEQAGKEATEAKEALDKATDATVKAGTDAKAKAEKADNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structures of Coiled-Coil Domains from Type III Secretion System Translocators Reveal Homology to Pore-Forming Toxins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cell invasion
|
| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| molecule keywords |
Cell invasion protein sipB
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| total genus |
52
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| structure length |
136
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| sequence length |
145
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-09-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16535 | T3SSipB | Type III cell invasion protein SipB |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GM1 A; 3K7D A; 3JYY A; 4XEF A; 3AJM A; 1K05 A; 3L8I A; 2LK4 A; 1JOG A; 3BRJ A; 2L6G A; 1V4A A; 3GM3 A; 5F28 E; 1K40 A; 1OW8 A; 2PBE A; 3B71 A; 4XEK A; 4NQF A; 4EBK A; 3U0C A; 2Q00 A; 1OW7 A; 2YWA A; 1UFB A; 2HSB A; 2KK1 A; 3MFN A; 3C8G A; 4XEV A; 1OW6 A; 3U3F A; 3C8G B; 1PV3 A; 1K04 A; 3RQE A; 4EBJ A; 1KNY A; 1QVX A; 3RQG A; 3S9O A; 3C18 A; 3O10 A; 4R32 A; 2JX0 A; 2L6H A; 1ZZP A; 1WOL A; 3JZ0 A; 1O3U A; 1WWP A; 2JPU A; 3L8J A; 3C8G D; 3TUL A; 3RQF A; 1KTM A; 2L6F A; 3GM2 A; 1WTY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z9H A; 3UMH A; 2KC3 A; 3AGT A; 3LLK A; 2XXA B; 3KMI A; 3QW1 A; 2I8B A; 3RF3 A; 4FX5 A; 1PCX A; 1J8M F; 4K1O A; 1W2W A; 5BQG A; 2M4E A; 3FAP B; 4BEM J; 3T6B A; 4DBQ A; 1QKR A; 2DI3 A; 1LPE A; 3C63 A; 1HY5 A; 1OW7 A; 3C7J A; 2KK1 A; 3W8I A; 4U9E A; 2ZD9 A; 4Z9I A; 4AE4 B; 1T01 A; 2YL7 A; 3ITF A; 3Q7L A; 1D1B A; 1ZU5 A; 1PV3 A; 4JC7 A; 2EPL X; 2HS5 A; 5KYU A; 3T6G B; 4EBJ A; 4MTF A; 5AC5 A; 4Z9J A; 2XL6 A; 2XLW A; 4O6Y A; 5A6K A; 1ORJ A; 3AQC A; 2CNW D; 3NG1 A; 3FMS A; 4I44 A; 2YL0 A; 4W8P A; 4E7Z A; 3LS1 A; 3QVY A; 3ATP A; 4OIR F; 2IXP A; 3CQZ A; 3IQ5 A; 1H9T A; 1Q0G A; 1M2V A; 1MNE A; 1Y4C A; 1T6U A; 1ZU4 A; 2A6E F; 4I3M A; 2HV6 A; 4NTA A; 4O79 A; 3TJ5 A; 5BQI A; 3JYY A; 2QUP A; 2IYL D; 4C7O A; 3GWL A; 2L7A A; 3HTK C; 3L0I A; 1V4A A; 2CYD A; 2XS1 A; 2MYS A; 4MVM A; 3AG2 C; 4U5H A; 3UMI A; 3X1O A; 1EA8 A; 2DYS C; 2Y3H A; 2EIM C; 4HFF B; 4WJ0 A; 2WB7 A; 1LIH A; 2GFH A; 1D0X A; 2Q00 A; 3ZWI A; 3RFY A; 5L3V A; 1UG7 A; 1L3P A; 3LNR A; 3ZTM A; 4JEA A; 2BL2 A; 2J9B A; 5B1B C; 5DVW A; 2OEV A; 1BR2 A; 2R7O A; 2ZXR A; 4PR9 A; 3ZQY A; 3ASN C; 2YVK A; 3S27 A; 3VRC A; 1V74 B; 2LQG A; 3DMD A; 4E18 A; 2DB4 A; 2G3K A; 4DBR A; 2VC9 A; 3S9O A; 3T4R A; 2AWY A; 2QTV A; 3TD7 A; 3N2Z B; 3AG3 C; 4JCZ A; 2CW0 F; 3HNK A; 1A0B A; 2XLH A; 1RMV A; 3DM5 A; 2AWC A; 2J8W A; 1VMA A; 2L6F A; 4MVU A; 3EFO A; 3UMK A; 1M2O A; 4EBB A; 1FMV A; 5FCL A; 2Q4F A; 1M57 C; 1RKE A; 3FAJ A; 1EI7 A; 3DKA A; 1MMN A; 1QQ3 A; 4IAR A; 3ZTZ A; 3Q6M A; 1WGW A; 1Y6D A; 3POV A; 3TOL A; 3JSZ A; 3UGP A; 4P9T A; 4NY3 A; 5JT4 A; 2CNW A; 3MLG A; 2OQM A; 5E33 A; 1TWG A; 4CSA A; 1ZHW A; 1HMD A; 1EQ1 A; 3LS0 A; 5IY5 C; 4YL3 A; 4ULW A; 3CSK A; 2CDQ A; 2W4M A; 4MS2 A; 1KNY A; 1NU9 C; 2EPN A; 2KW3 C; 3LNM B; 4IGG A; 4E0H A; 2A0U A; 3N24 A; 5KYU B; 3O10 A; 3EHN A; 1JAF A; 2B0J A; 4AK9 A; 2V3C C; 2IBF A; 1FTS A; 1ZVZ A; 4EIY A; 1EKY A; 4IJJ A; 1H9G A; 4AL1 A; 3NYM A; 4E0I A; 1NSG B; 1M2V B; 4G7O F; 4MQ9 F; 4WGY A; 3OEO A; 3FOO A; 1C02 A; 2V26 A; 2YZS A; 5DQT A; 4DXW A; 4E17 A; 5KYN A; 4C7O B; 4K7B A; 2NUP A; 5COF A; 3EPV A; 4BJ5 A; 1JMW A; 3B71 A; 1TR2 A; 2A6H F; 4NTB A; 4EBK A; 5DS6 A; 3MYI A; 3U0C A; 2MWQ A; 1NLX A; 2Q7R A; 2YRF A; 4NCQ A; 1HE1 A; 4JW1 A; 4XLN F; 4AE4 A; 2UUI A; 3I5Q A; 3RH3 A; 1AUE A; 2FGY A; 4BG0 A; 5JVE A; 5JUA A; 2XM0 A; 3GAN A; 1A7V A; 4PJM A; 4A2N B; 1TQG A; 3RQG A; 4Q4Z F; 4WGZ A; 1LVK A; 2Z15 A; 3NDB B; 1H7I A; 1OKK D; 2EIN C; 1I4Y A; 3Q7G A; 3JYH A; 4R32 A; 1Z63 A; 4O7G A; 2HFI A; 1WWP A; 4YN0 B; 2HJ3 A; 3S0X A; 1U6H A; 2P1A A; 4DRI B; 1TKN A; 2X51 A; 3ECS A; 3GEH A; 3J06 A; 3EZH A; 4YT8 A; 1XZP A; 3EFO B; 1LS1 A; 2C04 A; 1G4U S; 1VYK A; 3M15 A; 3KYI A; 5FZT A; 1K05 A; 2EIK C; 2VH3 A; 3S28 A; 1RKE B; 1S7Z A; 1VLS A; 2NSG A; 4KC9 A; 4P6I C; 3JRT A; 2PBE A; 3QZC A; 4B6I A; 4BJ6 C; 4NTF A; 3S90 A; 5B3I A; 4CX9 A; 2R7W A; 3M4B A; 2C03 A; 2J46 A; 3ZDL A; 2XL8 A; 4HFK B; 2H7V C; 3EH1 A; 1LI5 A; 2KJG A; 2OJE D; 3I4U A; 3U8P A; 3DAF A; 2I15 A; 3ABK C; 3DM9 B; 2LSE A; 2ZXW C; 3B9Q A; 2UUH A; 2H7O A; 4QI0 A; 3NMI A; 3TOM A; 3GOD A; 4DVZ A; 1ZZP A; 1I4Z A; 1O3U A; 4ZLD A; 4KNV A; 1FFH A; 4U5C E; 2R7Q A; 2LFF A; 2WVO A; 3U2M A; 5L0H A; 4DRJ B; 2J9W A; 2NUT B; 3M79 A; 3QTH A; 1A7E A; 3G4X A; 3K7D A; 2NPU A; 3V5Y A; 5E3A A; 1YZA A; 3W8H A; 2HMQ A; 3ZVR A; 2HSQ A; 4CIP A; 4HE8 D; 2OG2 A; 3VYW A; 3JCU Q; 2XLM A; 1VK5 A; 2P61 A; 4JJF A; 1DOW A; 5JSL A; 2L81 A; 2NUP B; 1NG1 A; 4XWJ A; 4MVO A; 2WZL A; 3C8Z A; 1ZW3 A; 1U0B B; 1NFN A; 1OKK A; 5T3W A; 3F46 A; 2XRH A; 1ZHZ A; 4JEB A; 4XTK A; 5EK0 A; 5KYX A; 5K0I A; 1Q0D A; 3QVZ A; 3U3F A; 2R7U A; 3S84 A; 2TMV P; 1VLT A; 2CGE A; 3C18 A; 2OJQ A; 3TK0 A; 4CS8 C; 2PX3 A; 4AX2 A; 5CI8 A; 1B68 A; 2XLV A; 3DE9 A; 4CS8 A; 1F1M A; 4CIH A; 3B29 A; 1HE9 A; 4RBN A; 4KNW A; 3IEE A; 3AJM A; 2Q9B A; 1QLE C; 1ZHY A; 3EQL F; 3G4Z A; 4RD9 A; 3UR3 C; 4MVS A; 4D4X A; 1YAU O; 2L6G A; 2KQ9 A; 4JCH A; 4I1M A; 2G3V A; 3ZC4 A; 1NFO A; 1E85 A; 1MMA A; 1QSP A; 2XS8 A; 1E84 A; 3V5X A; 1LE2 A; 4N06 A; 1SF8 A; 4U9D A; 4X0R A; 1D1A A; 5T1D B; 4FAP B; 2FAP B; 2PP4 A; 3DJN B; 4YT4 A; 1K04 A; 1SR2 A; 4G7Z F; 2WZF A; 1OXB A; 2KNH A; 4LLE A; 4ZLC A; 1ZHX A; 5DQZ A; 3RYL A; 2P6V A; 3LEV A; 5GPG B; 1GGQ A; 1WOL A; 1CPQ A; 2RSE B; 1HW1 A; 3DZA A; 4H54 A; 3JTL O; 1APC A; 5CIV A; 4PFP A; 2Q9A A; 2R7V A; 1FAP B; 2ASR A; 2W9Y A; 3K1I C; 1H6G A; 3OA1 A; 1LE4 A; 3IHU A; 1U89 A; 2ICW G; 2AU5 A; 2DYR C; 3LEO A; 3ASO C; 1OCC C; 3EGX A; 4PAC A; 5A6B A; 1TFO B; 1RJ9 A; 3L8I A; 5L0J A; 5E3C A; 4XQ1 A; 3HNI A; 4GYT A; 4LDR A; 3LJB A; 1LM3 B; 3PDM P; 4DJ9 A; 2OOC A; 2Q9C A; 1VTM P; 4CDV A; 2GWW A; 3HKK A; 2PFD A; 3WHN A; 2YWA A; 4J32 B; 2IXM A; 1SMY F; 2H7B A; 3DWW A; 5L0C A; 2XLE A; 5KYY A; 2R7S A; 2YHS A; 3U9M A; 5KYX B; 2A69 F; 1C17 M; 1M6T A; 4OD4 A; 2GAQ A; 2VCA A; 2YLD A; 3DI5 A; 3SZR A; 5EHH A; 1TWH A; 2H8A A; 3AG1 C; 4J7Y A; 3IPM O; 2AP3 A; 2NG1 A; 1OCR C; 3JT1 A; 1CGN A; 4G7H F; 2NUT A; 3AQB A; 3KYJ A; 3FDQ A; 1G8X A; 4ER9 A; 2LK4 A; 2WVN A; 5DS4 A; 2WVQ A; 4XEK A; 2YLG A; 3NMK A; 4BJT A; 4MND A; 3MBG A; 1QPU A; 4IAO A; 5AGF A; 5BUO A; 1BBH A; 2HJM A; 5JS5 A; 1ZYR F; 4JTC B; 1YYX A; 5AC4 A; 1T6Q A; 1NBB A; 3KH2 A; 1ORS C; 3A9C A; 3LES A; 5KYW A; 3T9O A; 2XLO A; 2BC5 A; 2ZXP A; 4OIQ F; 3PMR A; 4MVZ A; 4MW3 A; 2HKV A; 4MTO A; 1Z5Z A; 4WAB A; 2G62 A; 4XLP F; 5F5F A; 2VCC A; 3K6B A; 4XPX A; 4N6H A; 5L0I A; 3EG9 A; 3U9J A; 2YL3 A; 3QW0 A; 1YAR O; 1ZHT A; 4O6M A; 2GDC A; 3EGX B; 3FHD A; 1LI7 A; 4JTD B; 1RJ9 B; 3L1M A; 5F28 E; 5L0G A; 2M64 A; 4CJO A; 1XWJ A; 2QNL A; 4QI2 A; 4ANJ A; 4YT2 A; 4LDK A; 4PJN A; 1D0Z A; 1QZX A; 4U5F E; 3ZIB A; 5A6J A; 4ULV A; 1PD0 A; 3BEH A; 2QLA A; 5KYY B; 4U5B E; 3SXK A; 1IZM A; 5HV9 A; 1CPR A; 4GQH A; 1PD1 A; 1OCO C; 1ZW2 A; 2EIJ C; 1VYI A; 1A41 A; 3G50 A; 4JE9 A; 2XSE A; 1BR1 A; 1MND A; 2JPU A; 4IB4 A; 4OIP F; 1YVI A; 3U2L A; 3W2W A; 1E83 A; 4EHP A; 3ABL C; 3IQT A; 1S05 A; 3RQE A; 3RIP A; 3B0P A; 4YK5 A; 3EZI A; 2EPO A; 3E70 C; 2X0C A; 3UNG C; 4JTA B; 3SXM A; 4LAC B; 2J45 A; 1L7C A; 4OIN F; 5A6B D; 2EIL C; 3BRJ A; 4CDY A; 3LLI A; 3T6J A; 1IW7 F; 1OW8 A; 3FVY A; 4JKV A; 5L0D A; 1RCP A; 3KPH A; 1R5I D; 2LCH A; 2ZPA A; 4A4A A; 1Q0K A; 3DE8 A; 1GQA A; 4BJ1 A; 3EHM A; 1KU2 A; 4BJ5 C; 1BZ4 A; 4W8K A; 1Z23 A; 4YWQ A; 2J7P D; 1TFK B; 1SYQ A; 4G0H A; 4XPY A; 2KSF A; 4LLC A; 4EUK B; 1C03 A; 1OR3 A; 2LFD A; 3CEX A; 1VB5 A; 4KI2 A; 1AEP A; 3M4C A; 4JIO A; 1O5H A; 3K1I A; 1JPJ A; 2KGO A; 5KYW B; 2MHR A; 5T3T A; 3EJN A; 1FNT c; 2CCY A; 1YLM A; 1Z6A A; 3AG4 C; 3LUT B; 3X2Q C; 3L34 A; 1Q0M A; 2A1D D; 1OXK A; 2OU6 A; 4FES A; 2F22 A; 2J9V A; 3SNH A; 4OD5 A; 4Q5S F; 2R9R B; 4EKW A; 3EG9 B; 5D91 A; 4DRH B; 4U5G A; 2O9X A; 3HJC A; 3Q6N A; 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