The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
47
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
AQEAVIEAKRYLNNAKDILRDKGGKEDGFYQDSKYVKMAGHTAYSGVLFALDHYFGKKTKGRKDVDWYKSNLAQQDKKILNTFVSVYEQLHLVMAYDGVGDAEVVKLGFQRAEIIIDWVERRLAA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structure of Dfer_2879 protein of unknown function from Dyadobacter fermentans.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Dyadobacter fermentans
|
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
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| total genus |
47
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18498 | DUF5618 | Domain of unknown function (DUF5618) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PV3 A; 1K05 A; 3B71 A; 1JOG A; 3U0C A; 3L8J A; 2JX0 A; 3JZ0 A; 1OW7 A; 2L6H A; 1UFB A; 4XEK A; 3U3F A; 3MFN A; 1WTY A; 1V4A A; 2PBE A; 2HSB A; 3C8G B; 4XEF A; 3RQF A; 4EBK A; 1OW6 A; 2JPU A; 1K04 A; 2Q00 A; 2LK4 A; 3C8G A; 1OW8 A; 3C8G D; 3GM3 A; 3O10 A; 1O3U A; 3TUL A; 3C18 A; 4XEV A; 5F28 E; 1KTM A; 1ZZP A; 1WOL A; 3RQG A; 3L8I A; 3BRJ A; 3RQE A; 3GM1 A; 1KNY A; 1WWP A; 3JYY A; 3GM2 A; 4NQF A; 2KK1 A; 3AJM A; 2YWA A; 3K7D A; 1QVX A; 4R32 A; 1K40 A; 4EBJ A; 2L6G A; 2L6F A; 3S9O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V54 C; 1LE4 A; 2YRF A; 3B71 A; 2Y3G A; 2Q4F A; 2NUP B; 3JZ0 A; 2P1A A; 3TOM A; 1XZQ A; 4CS9 A; 4JJG A; 3H2V A; 1RKE B; 4JCZ A; 4DOZ A; 3AG3 C; 4FWV A; 4JIO A; 4RD9 A; 4G7Z F; 1D1A A; 5KYY A; 1Z6A A; 4O79 A; 4JTC B; 3IQC A; 3NYM A; 4KNW A; 5EGY A; 4I3M A; 2Y69 C; 2YHS A; 3CAX A; 2R7W A; 3FHD A; 3RH3 A; 1YVI A; 3SXK A; 3VRC A; 1JAF A; 3FOO A; 3CSK A; 2OU6 A; 2VC9 A; 3N24 A; 4XTK A; 5AC4 A; 1VLS A; 4PJM A; 2NUT A; 4MVQ A; 2CNW D; 1YA9 A; 5BQH A; 2FGY A; 5T3T A; 3LS0 A; 4ZLC A; 3W2V A; 1RJ9 B; 3HNI A; 5JSL A; 5KYW A; 4NQF A; 2BC5 A; 1TR2 A; 2J8W A; 2YQY A; 3QTH A; 2PFD A; 3K33 A; 4LDQ A; 1YAR O; 2Q9C A; 2HSQ A; 4XQ1 A; 3B9Q A; 1LKX A; 2EPL X; 2ZXO A; 3LEO A; 4PK4 A; 2J9V A; 4MVS A; 4PJL A; 4PFO A; 3U3F A; 1QZX A; 2GFH A; 2EPN A; 4C3B A; 1RXQ A; 1L7C A; 1V4A A; 2WB7 A; 1BR2 A; 3AG1 C; 1HE1 A; 2WZL A; 3O55 A; 2GAQ A; 4ONS A; 4A2N B; 2YKZ A; 1RKE A; 1FNT c; 3S0X A; 1XWJ A; 1VYK A; 1RMV A; 1OW6 A; 2FAP B; 4MVM A; 2LK4 A; 5E3C A; 4E0I A; 2W9Y A; 5FZT A; 2YL3 A; 2XSE A; 1RCP A; 4Q7C A; 1VYI A; 4YT5 A; 1KTM A; 4LER A; 2WZG A; 1WN0 A; 2XLH A; 2A1D D; 3BEH A; 3S28 A; 3SP1 A; 4JJF A; 4O6N A; 3MLG A; 4IJJ A; 5FCL A; 1G4U S; 5L0C A; 2R7X A; 1PCX A; 5JUA A; 1CGN A; 4NCQ A; 4U9D A; 5K0I A; 1RJ9 A; 3QMK A; 3UGP A; 1U89 A; 2JX0 A; 5HV9 A; 2DB4 A; 3H2U A; 4X0R A; 2XLO A; 2I15 A; 2LQG A; 3QZC A; 3SNH A; 1Z63 A; 1NBB A; 2PBE A; 4F4B A; 3JTL O; 1JPN A; 2H7V C; 3JSZ A; 1TWA A; 4J30 B; 4XPY A; 3PMR A; 1IZM A; 1Z7Q c; 4E7Z A; 1WAS A; 5CIV A; 4J7Y A; 1SR2 A; 4P6I C; 3ZIB A; 4OD5 A; 4BJ5 C; 3LNM B; 3CEX A; 4CS8 A; 1I5N A; 1TWH A; 3L34 A; 3E70 C; 3FOP A; 4JC7 A; 4RBN A; 2LSE A; 3EZH A; 3G4X A; 1DOV A; 3AQB A; 3GM1 A; 4P9T A; 3KYJ A; 2L9J A; 3RVY A; 3TJ6 A; 5A6B A; 1M6T A; 4JEA A; 3NMK A; 2XXA B; 2HV6 A; 2WL8 A; 3IQT A; 3NYL A; 1NU7 D; 4CDA A; 1R5I D; 1OR3 A; 2XM0 A; 4MS2 A; 3WHN A; 3S29 A; 5E33 A; 4BEJ A; 4ULV A; 2CGE A; 3L8J A; 5L0J A; 1GS9 A; 2XL4 A; 1G8X A; 3AQC A; 4L6R A; 3CQZ A; 4XEK A; 4D4X A; 1SYQ A; 1GM5 A; 2KQ9 A; 2OJE D; 3IHU A; 3B0V C; 2HSB A; 1T9K A; 3HNJ A; 3EJN A; 2H7B A; 4HFK B; 2HS5 A; 3U9M A; 2A6E F; 2PX3 A; 2IBF A; 3L1M A; 2J7P D; 3A9C A; 2IM8 A; 3CZ6 A; 4QDL A; 3AG2 C; 5JP7 A; 1YDI A; 1A7E A; 4BJ1 A; 3O10 A; 2TMV P; 4WAB A; 4JW1 A; 2P6V A; 2RD9 A; 3LES A; 4BJ5 A; 1G4W R; 3EFO B; 1NU9 C; 2HZ8 A; 2Y3D A; 2XS1 A; 3TD7 A; 3DM9 B; 1JRA A; 4BJ6 C; 1ZHZ A; 1CPQ A; 1DOW A; 2VH3 A; 4DBQ A; 1LM3 B; 1PD1 A; 1ZHT A; 3POV A; 2EPM X; 3R2P A; 1S7Z A; 5B1B C; 3RVZ A; 1EI7 A; 1E83 A; 2KK1 A; 1UG7 A; 3OEO A; 2R05 A; 2GA0 A; 1HMO A; 4MTO A; 2XXA A; 5T1D B; 3TUL A; 2HV7 A; 2J9B A; 2X0C A; 1ZHY A; 2AVK A; 3Q7G A; 2WVO A; 2ZXW C; 1BBH A; 5TJ5 E; 3RQF A; 3J06 A; 3U5S A; 4I1M A; 4D4N A; 3TQO A; 4G7H F; 4EUK B; 3EGD B; 1M2O A; 3ZG1 A; 2L7A A; 5KYX B; 3RF3 A; 3LNR A; 3RFY A; 1JMW A; 4FX5 A; 3DAG A; 1Q0F A; 2C04 A; 3DJU B; 3QW1 A; 1SZI A; 4CIP A; 3RQG A; 3Q6M A; 1TFK B; 3JT1 A; 1PD0 A; 2M4E A; 2W45 A; 1O5H A; 4PAC A; 3X1O A; 3TJ5 A; 1KNY A; 1ST6 A; 3EFO A; 3W8H A; 4BJ6 A; 2A6H F; 4EBB A; 2H8A A; 1JPJ A; 2R02 A; 5AC5 A; 3QW0 A; 4JCH A; 3WOD F; 2WZF A; 3EHN A; 4Q4Z F; 3MYI A; 2KJG A; 3LUT B; 4E7S A; 1A7D A; 2OJQ A; 1D0Y A; 3ASO C; 3PCV A; 2XL8 A; 3B29 A; 3DAF A; 1SMY F; 2G3V A; 4YT4 A; 5EK0 A; 1D0X A; 4QI0 A; 1YZA A; 1U0B B; 4CDY A; 2OOC A; 2KYH A; 4JTD B; 2R7U A; 4EHP A; 3JYH A; 4YJW A; 2I8B A; 4GQH A; 3ZTM A; 2XLE A; 2QLA A; 3KH2 A; 1I4Z A; 1VLT A; 3LEV A; 4W8P A; 3GEI A; 5GPG B; 3ZSU A; 2GDC A; 1OKK A; 3EGD A; 3LAY A; 5KYX A; 3C7J A; 1T6U A; 4LLC A; 1I4Y A; 5DLJ A; 1VOM A; 4XLN F; 1C02 A; 1EKY A; 2NSF A; 3DD7 A; 3G4Z A; 3LS1 A; 3NKE A; 1TKN A; 1B68 A; 4MND A; 3ASN C; 4N06 A; 4U5G A; 3E9V A; 2OKU A; 4EWC A; 4XPX A; 1TFO B; 4K7B A; 4YK5 A; 3HKK A; 4NTB A; 1V74 B; 3UNG C; 3B0U X; 2C03 A; 2LFF A; 4I44 A; 1FTS A; 3GWN A; 4NC3 A; 4HEA J; 5COM A; 2QY9 A; 3A11 A; 3TK0 A; 5KYN A; 1D1C A; 3EH1 A; 3ZTZ A; 2NUP A; 2R25 A; 1CGM E; 4JE9 A; 5KYU B; 2Q00 A; 1XZP A; 4JUR I; 1MMA A; 2CYD A; 3FAP B; 1QKR A; 3VM6 A; 1O3U A; 1OCO C; 3JCU Q; 3NRH A; 3UMH A; 2Q9B A; 3C18 A; 3KPH A; 4CJO A; 5L0G A; 2VCC A; 1BDJ B; 4I1O B; 2MHR A; 3WAQ A; 2YEV A; 2A0B A; 3QVY A; 3DE8 A; 2A69 F; 2DI3 A; 5DS6 A; 4U5E E; 2J9U A; 1NG1 A; 4YWQ A; 3QVZ A; 1YLM A; 3JRM O; 4YN0 B; 4DRJ B; 5JLI A; 1NFO A; 1Y4C A; 2HKV A; 3AGU A; 3KL4 A; 1G5Z A; 5BQG A; 5F5H A; 1T6Q A; 5D91 A; 3S9O A; 1FFH A; 1JOG A; 3FMS A; 1W2W A; 2MWQ A; 4XPW A; 2R7R A; 1M57 C; 4IAQ A; 2Y39 A; 2ZD9 A; 5EHH A; 1LI7 A; 2OG2 A; 3N0T A; 3C8G B; 4K0D A; 4MQ9 F; 2Y3B A; 4MVU A; 4MTF A; 1H9T A; 3W4Y A; 3Q6N A; 2ETS A; 1QQ3 A; 4YT8 A; 2XM4 A; 1T01 A; 3ABM C; 1LS1 A; 3S27 A; 3DZA A; 2QE9 A; 3SXM A; 3DM5 A; 4P9F A; 3UMK A; 4EIY A; 1ORS C; 2P0N A; 3C8Z A; 5DS4 A; 2B0J A; 1H7I A; 1OXK A; 4AE4 B; 3N2Z B; 4IAO A; 1VMA A; 4J32 B; 1WGW A; 2QNL A; 1ZVZ A; 5DS5 A; 4K1O A; 5F5F A; 4N4W A; 1E84 A; 1BR1 A; 2AP3 A; 2L6G A; 2P61 A; 1E85 A; 1ZW2 A; 1CGO A; 3DE9 A; 3EQL F; 4E17 A; 4U5H A; 1LI5 A; 2R7V A; 3EG9 B; 2XLM A; 3U2L A; 5BUO A; 3DXJ F; 3R7C A; 2YLI A; 3U3B A; 4QI2 A; 4Z9I A; 2XLW A; 1VB5 A; 4WGZ A; 4OIN F; 1TWG A; 4EKW A; 4ER9 A; 1EQ1 A; 2LP4 A; 1K04 A; 3C8G A; 3UGO A; 4E0H A; 2J0X A; 3T6B A; 1LE2 A; 3M4C A; 4IWB A; 2LCH A; 4MVR A; 2G3K A; 2NG1 A; 2XS8 A; 4KC9 A; 4WGY A; 2HFI A; 4NTA A; 2IXO A; 4YL1 A; 1FMV A; 4DBR A; 2HMQ A; 3MX3 A; 1U6H A; 2J0W A; 1AEP A; 4C3D A; 4DRI B; 4OIO F; 2ZXR A; 1CPR A; 4FAP B; 1D0Z A; 2DYS C; 2EIK C; 2YL7 A; 3GM2 A; 4BEM J; 3IEE A; 3T9O A; 2BE5 F; 3NG1 A; 4AE4 A; 4OIQ F; 1K40 A; 1HE9 A; 3DKA A; 2R7Q A; 4YT2 A; 4U5D E; 2RSE B; 5A69 A; 4GEH A; 5JT4 A; 2CW0 F; 4CSA C; 1UFB A; 4A4A A; 2J45 A; 3MFN A; 1E86 A; 4M63 A; 3EG9 A; 4XEF A; 5DQZ A; 1HW1 A; 2AWC A; 5DVW A; 3T6G B; 5L3V A; 2QUP A; 2GWW A; 4CX9 A; 3FDQ A; 1QSP A; 4CBE A; 2OCC C; 3DWW A; 4H4K C; 2ZPA A; 2HUJ A; 3LJB A; 3RW0 A; 4NTF A; 1YA7 O; 4KBL A; 3DI5 A; 1HY5 A; 1QLE C; 3M15 A; 4IB4 A; 4WJ0 A; 4XEV A; 4AL1 A; 5COG A; 1ZU4 A; 4CDV A; 4N6C A; 5L0D A; 3NDB B; 1HMD A; 1AVO B; 2MYS A; 1GQA A; 5A6B D; 2NSG A; 2L81 A; 1S05 A; 4PJJ A; 3AJM A; 4LAC B; 3KMI A; 3K1I C; 2QTV A; 2OEV A; 2ASR A; 2CCY A; 3K6B A; 3O39 A; 4U5B E; 5CI9 A; 1MMN A; 1C03 A; 4U5F E; 3EZI A; 4E18 A; 3KKB A; 4O7G A; 3RKO F; 2YZS A; 4Z9J A; 3FVY A; 3WG7 C; 4JEB A; 4CSA A; 2KNH A; 4MVO A; 3GOD A; 1D1B A; 1LIH A; 1OXB A; 4MW8 A; 1A0B A; 4OD4 A; 3M1C B; 1T5O A; 4C3E A; 1MNE A; 1NZE A; 2E87 A; 3O6X A; 3US6 A; 1NFN A; 3X2Q C; 5L0F A; 2AU5 A; 2D4U A; 3K1H A; 2Q3T A; 2DGJ A; 4HE8 D; 3ZC4 A; 1ZHX A; 2UUI A; 2ZXP A; 1YYX A; 2IYL D; 2Y3H A; 3DMD A; 5KYW B; 3ECS A; 3I4U A; 1WOL A; 1OQC A; 5JS5 A; 2EIM C; 1YAU O; 4XLP F; 3C62 A; 4DXW A; 3VYW A; 2ICW G; 4LDK A; 3JSE O; 3JYY A; 4OIR F; 2YLG A; 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4CIH A; 2V3C C; 3SZR A; 3AG4 C; 3ATP A; 2OEX A; 3K7D A; 1M2V B; 1QVX A; 1IW7 F; 1SF8 A; 4R32 A; 2A0U A; 1OCZ C; 3U9J A; 3V5X A; 3RIP A; 1ZHW A; 2Q7R A; 1ORJ A; 1K05 A; 2IXP A; 3GAN A; 4HFF B; 3GOR A; 4ANJ A; 3H65 A; 3MYF A; 1WTY A; 4GYT A; 2W4B A; 4IAR A; 2EPO A; 2V26 A; 1L3P A; 2EIL C; 5AGF A; 1LPE A; 2DYR C; 3EGX B; 2HJ3 A; 1C17 M; 4DRH B; 3LLI A; 3SEO A; 3LLK A; 2KGO A; 2IXM A; 4MW3 A; 5B1A C; 3V7O A; 1OR2 A; 3K66 A; 2VAS A; 1A7V A; 1H6G A; 3DJN B; 3GWL A; 3HJC A; 3NMI A; 3V5Z A; 1VTM P; 4PJN A; 4C7O A; 4AX2 A; 1ZW3 A; 4KNV A; 2Z15 A; 5HSW A; 2F22 A; 3NYJ A; 1AUE A; 2YL0 A; 5E2Q A; 4PFP A; 4MVZ A; 2J9W A; 4YL0 A; 4Q5S F; 3U2M A; 2KSF A; 5T3W A; 3HNK A; 3VAY A; 4U9E A; 3KYI A; 1M2V A; 3FAJ A; 256B A; 1M56 C; 4IRU A; 1LS4 A; 2WVN A; 4DVY P; 2KW3 C; 3S90 A; 1ZYR F; 2EPK X; 1JR8 A; 1QPU A; 4RDA A; 5L3Q A; 3M4B A; 5B3I A; 4EBK A; 2JPU A; 5JRA A; 2M64 A; 1APC A; 2EIN C; 3FXH A; 3MBG A; 2P7V A; 2R7O A; 3EGX A; 4IGG A; 4H54 A; 3I5P A; 3SXZ A; 4CJG A; 4JTA B; 3OA1 A; 3RQE A; 1J8M F; 2VCB A; 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