The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
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sequence length |
261
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structure length |
253
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Chain Sequence |
HNGLITKIWGTAGWTFNHAVTFGYPLNPTSDDKRRYKNYFISLGDVLPCRLCRESYKKFITTGKTALTNEVLRNRHTLTKWFYDVHNAVNNKLEVDYGLSYEDVVNKYESFRAKCGKVTPLDHKAFSFKKLYYMDAPIVSLDKVENFVRIARMRGISDKYFAFLELATVLNGDFNELKKQSSWEYRNKYAQKKIRHMRENAIPSIEEQGYWKGTPTIDELKLLLFLASNLNRTEVNDAINNVERLESTHYIEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Exploring ORFan domains in giant viruses: structure of mimivirus sulfhydryl oxidase R596.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Acanthamoeba polyphaga mimivirus
|
| molecule keywords |
FAD-linked sulfhydryl oxidase R596
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| total genus |
97
|
| structure length |
253
|
| sequence length |
261
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| ec nomenclature |
ec
1.8.3.2: Thiol oxidase. |
| pdb deposition date | 2011-08-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04777 | Evr1_Alr | Erv1 / Alr family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OQC A; 3U2M A; 4LDK A; 3TD7 A; 2HJ3 A; 3U5S A; 3GWN A; 4E0I A; 3GWL A; 3TK0 A; 3O55 A; 3MBG A; 3U2L A; 3W4Y A; 1JR8 A; 4E0H A; 3LLK A; 3LLI A; 1JRA A; 3R7C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OEX A; 1VLS A; 2A68 F; 1AEP A; 3EGX B; 3LJB A; 4OIR F; 3S0X A; 3NMI A; 3K33 A; 2IXN A; 2PFD A; 3NMK A; 3AOU A; 1VMA A; 2MWQ A; 3L34 A; 2XLV A; 3O6X A; 1ZHW A; 2D5R B; 4CJO A; 4DRI B; 4NTF A; 5AC4 A; 1M2O A; 2DB4 A; 2MYS A; 3F47 A; 1OCR C; 3POV A; 2HFI A; 1HW2 A; 4IGG A; 2ASR A; 1SYQ A; 3U8P A; 4BPM A; 3O55 A; 1JAF A; 4CX9 A; 2LSE A; 1D0Y A; 2XXA B; 2GFH A; 3BEH A; 1C02 A; 3ZVR A; 2DYS C; 1K05 A; 4I1M A; 3C18 A; 2LP4 A; 2FAP B; 4CDV A; 4Q5S F; 1FMV A; 3ZIB A; 3IQC A; 2X51 A; 2VAS A; 4D4N A; 2G62 A; 4X0R A; 4MTO A; 5A6B D; 2C03 A; 4OD4 A; 3JTL O; 1RJ9 A; 4KI2 A; 3V7O A; 3M4C A; 4C3B A; 4ANJ A; 5AGF A; 1HW1 A; 2WVO A; 1NBB A; 1T01 A; 4O79 A; 3NYL A; 4AE4 A; 2LFF A; 4JIO A; 5JS5 A; 5CI9 A; 4JZA A; 2F22 A; 3MYI A; 4MVS A; 4CIP A; 3T4R A; 2J7P D; 3FVY A; 3KL4 A; 5KYN A; 4LDR A; 1M2V A; 3X1O A; 4BJ5 C; 1E86 A; 4N06 A; 3EG9 B; 2R7W A; 1IW7 F; 3HNK A; 3V5Z A; 2XS8 A; 3ZDL A; 3HNI A; 1A7D A; 2JPU A; 3LNR A; 2CW0 F; 2YLI A; 3GEH A; 1YYX A; 4J7Y A; 4NY3 A; 1ST6 A; 1ZZP A; 3M1C B; 4I1O B; 3HLZ A; 1EQ1 A; 4BJ6 C; 3RF3 A; 1OCZ C; 3AG4 C; 4PAC A; 1JR8 A; 4EWC A; 4PFO A; 5A6A A; 4GQH A; 2GDC A; 4IWB A; 1T6I A; 2IYL D; 4MVZ A; 5A6B A; 2I15 A; 4LAC B; 4W8K A; 4FES A; 1PV3 A; 3IQ6 A; 2Q7R A; 1LI7 A; 2X0C A; 5KYW B; 4JTA B; 4G7O F; 4U5F E; 2J8W A; 5E3C A; 4JCH A; 1FR0 A; 2EPK X; 1T6U A; 5B3S C; 5DLJ A; 3V5Y A; 3FHD A; 4MTG A; 3U3B A; 4Z9I A; 4AL0 A; 1Z3I X; 2VC9 A; 1LKX A; 2XLW A; 4PFP A; 3L0I A; 2ZXO A; 3RQF A; 3I4U A; 3WG7 C; 5BUO A; 1Q0G A; 4IAO A; 3ABL C; 3VM6 A; 1Q0M A; 3U0C A; 1VB5 A; 3SXM A; 2KNH A; 4W8P A; 1ZW3 A; 1LVK A; 2HMZ A; 3K7D A; 3MBG A; 4JW1 A; 1TR2 A; 2G3K A; 4MS2 A; 1RCP A; 4O6N A; 1L7C A; 4NCQ A; 1L3P A; 5DS4 A; 4PK4 A; 3LS0 A; 2DYR C; 4DJ9 A; 4EBK A; 1YJG A; 1OXK A; 4MVO A; 3T6G B; 5L0G A; 1VTM P; 5KYU A; 3UGP A; 4XWJ A; 2EIM C; 3EHM A; 2AP3 A; 2R05 A; 3GEI A; 4WGZ A; 3FMS A; 2Y3B A; 4P6I C; 3EPV A; 4QI0 A; 3C8G A; 3U9J A; 3NKD A; 1TWC A; 3KH2 A; 3KKB A; 4HEA J; 4CSA A; 3AQC A; 4MW3 A; 4CJG A; 4XLP F; 3EQL F; 3W2W A; 5E33 A; 2NUT B; 2Q00 A; 4AX2 A; 2ICW G; 2XM0 A; 3EFO A; 3I5Q A; 5L0I A; 3S84 A; 1IZM A; 2RD9 A; 3B29 A; 3DJN B; 2IBF A; 3DMD A; 1OKK D; 3IPM O; 1YZA A; 1J8M F; 4IRU A; 5FCL A; 2IM8 A; 2WVN A; 3SNH A; 5L0D A; 4KC9 A; 1ZVZ A; 2CYD A; 3ASN C; 3C63 A; 4ULW A; 2A0U A; 1LI5 A; 2P1A A; 1ZU5 A; 4AL1 A; 1FTS A; 1G5Z A; 3PCV A; 4FX5 A; 5D91 A; 5CIV A; 3LUT B; 1M6T A; 5B1A C; 2ZD9 A; 1M2V B; 4J7T A; 3A9C A; 1QPU A; 2UUH A; 2H8A A; 5TJ5 E; 3TOM A; 1OW8 A; 2W4B A; 2J9B A; 1JRA A; 2ZXR A; 4P9T A; 4U5E E; 3TQO A; 3U3F A; 3CQZ A; 2IXO A; 2IXP A; 3TUL A; 5L0J A; 2R25 A; 2LK4 A; 3I5P A; 1GGQ A; 1Q0K A; 3OWT A; 1G8X A; 1SMY F; 4CDY A; 1QZX A; 1MMA A; 4JTD B; 2LCH A; 4PR9 A; 4ER9 A; 5EGY A; 1U89 A; 256B A; 2MHR A; 1FFT C; 2TMV P; 4MVQ A; 4G78 A; 3IQ5 A; 1HY5 A; 4B6I A; 1K40 A; 2HSB A; 2H7V C; 5FZT A; 3ZG1 A; 5BQG A; 1OXB A; 3G4Z A; 3N2Z B; 3ASO C; 4CS7 A; 4G7H F; 2EIN C; 2YL0 A; 3LEO A; 1RKE A; 1RMV A; 3LAY A; 2KQ9 A; 4QDL A; 5IY5 C; 3US6 A; 2EPO A; 3ZTM A; 3NYJ A; 5JSL A; 1O87 A; 3SYN A; 2A1D D; 2XLO A; 1LS1 A; 1ZYR F; 2KC3 A; 3C62 A; 2CCY A; 3HNJ A; 1H6G A; 1VK5 A; 3QW0 A; 1PCX A; 2XL6 A; 4D4X A; 1EKY A; 1D1B A; 2HZ8 A; 5JLI A; 3AQB A; 2XLM A; 3GAN A; 3VF0 A; 2OOC A; 5DQT A; 4CS8 C; 1NLX A; 1HMD A; 3DJU B; 1MMN A; 3QTH A; 4OIN F; 5L0H A; 1D0Z A; 2B0J A; 3FOP A; 3C8G B; 1CGO A; 2XRH A; 4PJL A; 1SR2 A; 3HTK C; 1BDJ B; 5DS5 A; 3L8J A; 2Q9A A; 2YQY A; 2R7X A; 4KNW A; 4A4A A; 1V4A A; 2LD6 A; 2QUP A; 1ZHZ A; 2ZXW C; 1LS4 A; 2J46 A; 2KYH A; 1V54 C; 3VRC A; 3LLK A; 4C3D A; 3HKK A; 2YL1 A; 3IHU A; 3JRM O; 2XSE A; 4U5G A; 3RVZ A; 1OW7 A; 1A7E A; 3TJ5 A; 1VOM A; 3ZQY A; 3B0U X; 3AG1 C; 1NFO A; 3EZI A; 3GOR A; 2HV6 A; 2HJ3 A; 2KK1 A; 1OR2 A; 3EGD A; 4C3E A; 2J9U A; 4JC7 A; 5DS6 A; 1T9K A; 2VCA A; 1MND A; 3ITF A; 1Q0F A; 3JYH A; 1BBH A; 1D1A A; 1T6Q A; 2KGO A; 4IAR A; 4N4W A; 5DVW A; 2WZF A; 3RH3 A; 4O6M A; 1NZE A; 3UR3 C; 2FGY A; 3C8Z A; 3DE9 A; 4XQ1 A; 4DVZ A; 1TWA A; 5KYX B; 1CGM E; 4MTF A; 3ABK C; 1DOW A; 4RDA A; 3DM9 B; 4GYT A; 4BJ5 A; 2PX3 A; 1NSG B; 4YWQ A; 4HE8 D; 1ZHX A; 1I4Y A; 1YAU O; 1ZU4 A; 2NG1 A; 4E0H A; 3T9O A; 4CIH A; 4YT8 A; 1QVX A; 2L6H A; 2L9J A; 2P0N A; 2VCB A; 1S7Z A; 1I5N A; 1RKE B; 2ZPA A; 3HNL A; 3M79 A; 2GA0 A; 2GAQ A; 2OKU A; 3K1I C; 3UNG C; 4AK9 A; 4C7O B; 4U5B E; 2OU6 A; 1B68 A; 3F46 A; 4K1O A; 1A0B A; 1KNY A; 2JX0 A; 3T6B A; 1ORJ A; 2M64 A; 1KU2 A; 4BJ1 A; 5KYY B; 1QQ3 A; 3H2V A; 5COG A; 3MX3 A; 4A2N B; 4MVM A; 4MQ9 F; 1W2W A; 1WAT A; 2J7P A; 2WB7 A; 1MMG A; 3QMK A; 2HJM A; 4J32 B; 1XWJ A; 1TFO B; 3DAG A; 3AGT A; 3DE8 A; 4PJM A; 2XM4 A; 3W2V A; 3B0P A; 3ZSU A; 2HMQ A; 4JJF A; 3DWW A; 4JTC B; 4XTK A; 1S05 A; 4XPX A; 1OW6 A; 4RBN A; 1TFK B; 4Q7C A; 3CZ6 A; 2Y3H A; 5JRA A; 3UMI A; 5A6K A; 2A6H F; 2E87 A; 2P6V A; 1QSP A; 3FOO A; 3C8G D; 5L0C A; 2YZS A; 3SP1 A; 1R5I D; 1PD0 A; 2CDQ A; 2V26 A; 3CAX A; 4YN0 B; 1TWH A; 2J45 A; 2UUI A; 2VCC A; 4YT2 A; 3U2M A; 1QKR A; 3DI5 A; 3EH2 A; 4F4B A; 5F5H A; 4DRH B; 5T3W A; 3ATP A; 4R32 A; 1V74 B; 1Z7Q c; 2M4E A; 4OD5 A; 3L1M A; 2YKZ A; 3SZR A; 4JEB A; 1TWG A; 1RJ9 B; 2HKV A; 1H7I A; 4I44 A; 2R7V A; 1EA8 A; 2EIL C; 4JE9 A; 4OIP F; 4DBQ A; 3EGX A; 4YL0 A; 5F28 E; 3GOD A; 2NPU A; 4IJJ A; 1YLM A; 3NMJ A; 4AE4 B; 3GM3 A; 4EBJ A; 2WVQ A; 4G7Z F; 4LER A; 4HFF B; 2RSE B; 2H7B A; 4YL1 A; 4YT4 A; 2NSG A; 3BRJ A; 5CI8 A; 2OG2 A; 2I8B A; 1A7V A; 3W4Y A; 3FXH A; 4XLN F; 3DKA A; 4H54 A; 3RKO F; 4DVY P; 4EIY A; 1E85 A; 2Q9B A; 2OQM A; 3L8I A; 3TOL A; 2YEV A; 2LQG A; 4XEF A; 1NU7 D; 1J8Y F; 1OQC A; 2G3V A; 3U9M A; 5A6J A; 3KMI A; 1NG1 A; 5HV9 A; 3KYJ A; 4E7Z A; 3JCU Q; 2VB6 A; 3GM2 A; 3JYY A; 1WGW A; 2CGE A; 1WAS A; 3HJC A; 1SF8 A; 3DD7 A; 2YLG A; 3MYF A; 3GWN A; 3U5S A; 2A6E F; 4E7S A; 3S90 A; 1XZP A; 2W45 A; 4CS9 C; 1H9G A; 3PDM P; 2CNW A; 4MND A; 3PMR A; 3FAP B; 3M15 A; 3ZC4 A; 3PHF 2; 4DRJ B; 2BE5 F; 4NQF A; 2Y3D A; 1FFH A; 3S9O A; 3SXY A; 4MW8 A; 4IAQ A; 1Z6A A; 1LIH A; 2YL3 A; 4EHP A; 2V3C C; 4PJN A; 2D4U A; 2NUP A; 1OCO C; 2EIK C; 3G4X A; 1CPR A; 2J0X A; 1ORS C; 3NG1 A; 3OEO A; 1FNT c; 3MFN A; 3QZC A; 2A69 F; 1E2X A; 3W8I A; 4CDA A; 5E2Q A; 4PJJ A; 1A41 A; 1Z5Z A; 4QI2 A; 2YWA A; 3EG9 A; 1MMD A; 3ZTZ A; 2Y3G A; 4E17 A; 1JOG A; 3GEE A; 5F5F A; 2PNO A; 5B3I A; 3QVY A; 2LIG A; 4EKW A; 2L81 A; 1G4W R; 3M4B A; 5KYU B; 5K0I A; 4EBB A; 4N6C A; 2R9R B; 3LEV A; 1T5O A; 1ZW2 A; 2ETS A; 3WAQ A; 4CS8 A; 4JVS A; 4WJ0 A; 1Q0D A; 4E18 A; 1FAP B; 4BG0 A; 2OEV A; 1VLT A; 2XS1 A; 1NFN A; 1YZC A; 1YVI A; 2EPM X; 4U9D A; 5T1D B; 5L3Q A; 4O7G A; 1ORY A; 4O6Y A; 2JD3 A; 3JT1 A; 5COF A; 3FDQ A; 2R7R A; 3EFO B; 2YLD A; 2IXM A; 2YHS A; 5BQH A; 3AGU A; 1GS9 A; 3DXJ F; 1LE2 A; 3A11 A; 4CBE A; 1SZI A; 5AC5 A; 2QE9 A; 4NC3 A; 1BR2 A; 1K04 A; 3RQG A; 4FAP B; 4YJW A; 5D92 A; 3ZWI A; 2J9V A; 2L6F A; 3EHN A; 4LLE A; 4YL3 A; 3C7J A; 5COM A; 4Z9H A; 1PD1 A; 5JUA A; 4IB4 A; 4NTA A; 3B71 A; 4ZLD A; 3ZQV A; 4OIQ F; 1RXQ A; 2XL8 A; 2P61 A; 5DQZ A; 2BL2 A; 3LES A; 3UGO A; 2PF4 E; 4YK5 A; 3N0T A; 4WGY A; 1NU9 C; 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