The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
111
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sequence length |
377
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structure length |
366
|
Chain Sequence |
MKILHTSDWHLGVTSWTSSRPVDRREELKKALDKVVEEAEKREVDLILLTGDLLHSRNNPSVVALHDLLDYLKRMMRTAPVVVLPGNQDWKGLKLFGNFVTSISSDITFVMSFEPVDVEAKRGQKVRILPFPYPDESKNEGDFRFFLESRLNKLYEEALKKEDFAIFMGHFTVEGLAGREIIINRALIPSVVDYAALGHIHSFREIQKQPLTIYPGSLIRIDFGEEADEKGAVFVELKRGEPPRYERIDASPLPLKTLYYKKIDTSALKSIRDSCRNFPGYVRVVYEEDSGILPDLMGEIDNLVKIERKSRREIEEVLRESPEEFKEELDKLDYFELFKEYLKKREENHEKLLKILDELLDEVKKS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
ATP driven structural changes of the bacterial Mre11:Rad50 catalytic head complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/dna binding protein
|
| source organism |
Thermotoga maritima
|
| molecule keywords |
Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
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| total genus |
111
|
| structure length |
366
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| sequence length |
377
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-08-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00149 | Metallophos | Calcineurin-like phosphoesterase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | DNA double-strand break repair nuclease | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2A22 A; 4MOV A; 1W24 A; 2NXF A; 3FGA C; 3LL8 A; 3AUZ A; 1HO5 A; 3K7W C; 5HPE A; 3DW8 C; 2HYO A; 4WWL A; 5EQV A; 4H2B A; 4V0W A; 3C9F A; 3QFO A; 2CV9 A; 2IE3 C; 3E7B A; 1S70 A; 3HVQ A; 4I5N C; 4H1Y P; 2KKN A; 2WDE A; 3IB7 A; 4UT3 B; 1WAO 1; 1OID A; 1S3N A; 1QHW A; 4JA7 A; 1HP1 A; 4MOY A; 4O43 A; 4O5G A; 2DFJ A; 2HYP A; 3ICF A; 2WDC A; 2ZBM A; 4FBK A; 4UT2 A; 4KKZ A; 2QFP A; 4MP0 A; 3H69 A; 3K7V C; 1M63 A; 2XMO A; 3CK2 A; 2P6B A; 4LTY A; 4ZX2 A; 4IL1 A; 3V4Y A; 1TCO A; 4ORC A; 3H62 B; 1SU1 A; 3H60 A; 4UT3 A; 1OIE A; 2AHD A; 3H61 A; 3PSN A; 2QJC A; 1S3L A; 4LAC C; 3H64 A; 3RL3 A; 4NZV A; 2WDF A; 4Q7F A; 4DHL A; 4V0X A; 4IYP C; 5JPE A; 2WDD A; 2BQ8 X; 3THO B; 3DSC A; 4FCX A; 4OR9 A; 3C5W C; 2O8G A; 4JA9 A; 3THN A; 3ZTV A; 4FBW A; 3N5U A; 4H2G A; 3RL4 A; 2IAE C; 4TUI A; 2JOG A; 4H2F A; 3GVE A; 1XZW A; 5J28 A; 1V73 A; 2QFR A; 2YVT A; 4ORA A; 3ZU0 A; 3E7A A; 4ORB A; 4XPN A; 1UTE A; 2NPP C; 2Q8U A; 1WAR A; 5F3W A; 1NNW A; 2GJU A; 4YKE A; 5JPF A; 3QFM A; 4B2O A; 2USH A; 1S95 A; 3RQZ A; 4V0V A; 4DT2 A; 1XM7 A; 1USH A; 1Z2W A; 4J6O A; 4O4K A; 4UWQ A; 1JK7 A; 3H66 A; 3IVE A; 4KBP A; 3TGH A; 1T70 A; 1II7 A; 3DSD A; 4H2I A; 4I5L C; 5C1V A; 3JYF A; 2Z06 A; 4O24 A; 3IVD A; 3H68 A; 3H67 A; 4M0V A; 3P71 C; 1QFC A; 1IT6 A; 4DSY A; 5JJT A; 3H63 A; 3KBP A; 2IE4 C; 2BCD A; 3AV0 A; 4FBQ A; 1T71 A; 3EGH A; 3QG5 C; 5IOH A; 3RL5 A; 3EGG A; 3PSO A; 2NYL C; 5GTU A; 1FJM A; 1UF3 A; 2Z72 A; 5INB A; 3IB8 A; 5B8I A; 1S8E A; 2NYM C; 2Z1A A; 4H1S A; 1KBP A; 2HY1 A; 4ZVZ A; 3QFK A; 2R17 A; 4F0Z A; 3T1I A; 4HD0 A; 1HPU A; 1AUI A; 1U32 A; 1G5B A; 2BDX A; 2O8A A; 4G9J A; 1S3M A; 3QFN A; 5DNY A; 1Z2X A; 1MF8 A; 4TUG A; 4LU9 A; 1OI8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1J26 A; 4R2A A; 4NXM E; 4MOV A; 3FGA C; 4X65 E; 3E0J A; 2EJ4 A; 4J8Z A; 4R2Q A; 2V89 A; 3JU0 A; 2YTN A; 2YTD A; 4L8N A; 4WYQ B; 3C9F A; 2V86 A; 4LFC E; 2IE3 C; 4H2B A; 4V0W A; 3HVQ A; 2DRP A; 2KKN A; 2WDE A; 3MHH C; 3IB7 A; 1X47 A; 4KWY A; 1WAO 1; 2EM9 A; 2EQ3 A; 4JA7 A; 2EN3 A; 2EML A; 1HP1 A; 2KHX A; 1HNX E; 1J5E E; 2EPL X; 1I94 E; 2DXL A; 2ZBM A; 4UT2 A; 3H69 A; 4DV4 E; 5IXM B; 2XMO A; 2P6B A; 1YUJ A; 3V4Y A; 1TCO A; 4WPY A; 3VK6 A; 4ORC A; 3H60 A; 5A2Q C; 2EQ1 A; 3PSN A; 2BBG A; 4LAC C; 3EPJ A; 2EOF A; 1BBO A; 2EMI A; 2KON A; 2WDF A; 4DHL A; 4BC7 A; 2DMI A; 1IBK E; 2WDD A; 3FLO A; 3DSC A; 4FCX A; 2EPO A; 4Q35 B; 1KYQ A; 5AC5 A; 2EOM A; 2I13 A; 4H2F A; 2YU8 A; 4M30 A; 2MC5 A; 4R8O A; 2EPM X; 2LJU A; 4ORA A; 4B3R E; 3KZZ A; 2ENA A; 4F54 A; 3C4T A; 2CSH A; 4ORB A; 2EM2 A; 2DIX A; 5FLX C; 2JOB A; 1WXR A; 5F3W A; 2YSO A; 2F4V E; 1WAR A; 3BGH A; 2YRH A; 1NNW A; 5LL6 R; 2VQE E; 4DR2 E; 1UBD C; 4JYA E; 2EM3 A; 2USH A; 1S95 A; 2MDR A; 4V0V A; 4IS1 C; 2VF1 A; 1USH A; 2EMZ A; 4P78 A; 1X3C A; 1JK7 A; 2EPN A; 1MEY C; 3IVE A; 2VQF E; 5LMU E; 2LE2 A; 5KL3 A; 2V87 A; 4DV5 E; 4LFA E; 1A1I A; 4B3S E; 3IWD A; 5C1V A; 4I8O A; 2ENC A; 3IVD A; 4M0V A; 3H67 A; 4JI0 E; 1YSA C; 1PJS A; 4JI7 E; 4WFT A; 3ECR A; 2EM4 A; 5KL4 A; 4DR1 E; 3HQ1 A; 1T71 A; 1L4S A; 1IQS A; 1ZBT A; 2VRD A; 3RMP A; 2NYL C; 3ADL A; 4TUG A; 1UF3 A; 5INB A; 5ADZ A; 1X6F A; 3IB8 A; 5B8I A; 2IHR 1; 1XMO E; 1T38 A; 2NYM C; 2EPU A; 4BBY A; 2YTQ A; 2UUC E; 2HY1 A; 1NEI A; 5AAS A; 1FJG E; 1UIL A; 2R17 A; 4X62 E; 3F6G A; 4B3T E; 1HPU A; 2DSY A; 2O8A A; 2EMW A; 1PKP A; 4LU9 A; 2JWO A; 2ELY A; 2A22 A; 1XNR E; 2RTX A; 2EN6 A; 3AUZ A; 4F6N A; 5HPE A; 1EH8 A; 3TQM A; 5TSE A; 2HYO A; 2DLQ A; 4WWL A; 2WBT A; 2V88 A; 2B3T B; 5T6J A; 4JI6 E; 1S70 A; 1WHN A; 3VHT B; 2EPX A; 2L2M A; 1MGT A; 2YTO A; 1PJQ A; 1YPN A; 5AC4 A; 1YYO A; 4LF7 E; 3LML A; 2EMB A; 4RH8 A; 4JI2 E; 1IMU A; 1AH5 A; 4LF6 E; 2RS6 A; 2VE7 C; 4O43 A; 2L3J A; 4O5G A; 2HYP A; 3ICF A; 1STU A; 2L3C A; 1WJP A; 1X6H A; 1EKZ A; 4MP0 A; 1XMQ E; 2YPN A; 2RS7 A; 1A1G A; 5BR8 E; 3VYY A; 4R2P A; 2RPC A; 5A6A A; 4IL1 A; 1P47 A; 4UT3 A; 1DQ3 A; 3J7A G; 1OIE A; 1UN6 B; 3BID A; 4AQY E; 4DV3 E; 1QNT A; 4N4R B; 4DMI A; 4GKJ E; 4YY3 E; 2E72 A; 1ZAA C; 3C5W C; 3THN A; 4DKK A; 4F6M A; 4FBW A; 2JXP A; 2L2K B; 5A6B D; 3RL4 A; 2JY9 A; 4TUI A; 5LMN E; 2EL5 A; 2YTP A; 5J28 A; 2YVT A; 1N33 E; 3ZU0 A; 4WXC A; 4LF4 E; 1GZ6 A; 3E7A A; 5IV8 B; 4XPN A; 2K4V A; 4YKE A; 2DXN A; 4B2O A; 2ZOA A; 2L92 A; 1AAY A; 4DT2 A; 2HHH E; 4WSP A; 3IWC A; 2DGC A; 1YYW A; 1Z2W A; 3F6H A; 4UWQ A; 3D03 A; 1KJK A; 3H66 A; 2N8X A; 2YTE A; 2EE8 A; 2ELZ A; 2KOU A; 2M1S A; 2YU5 A; 4Q28 A; 3J80 C; 1O0W A; 2EPZ A; 2L6M A; 4YHH E; 2DMY A; 2EMF A; 1HNW E; 3P71 C; 4R2R A; 1IT6 A; 4DSY A; 5JJT A; 2YTF A; 1X6E A; 3UK3 C; 1SFE A; 4M9V C; 2IE4 C; 2BCD A; 2EL4 A; 3AV0 A; 2FTX B; 4DR3 E; 2EPR A; 2EPA A; 2EPK X; 5IOH A; 2EMC A; 2YRK A; 2YRM A; 3PSO A; 2EM6 A; 2LCE A; 1WHQ A; 4R2S A; 1FJM A; 2EOJ A; 4MLV A; 1T4L B; 4HEI A; 4BHC A; 4MLQ A; 2EM5 A; 4ZVZ A; 1KBP A; 3QFK A; 1IBM E; 3T1I A; 4DV7 E; 2EMX A; 2EMY A; 5KL7 A; 2UUA E; 3EQ1 A; 1AUI A; 2EN2 A; 5KL6 A; 2E5L E; 1G5B A; 1N36 E; 1IQO A; 4G9J A; 2LT7 A; 1S3M A; 1TN9 A; 2YTI A; 1OI8 A; 1TF6 A; 1DI2 A; 2I9I A; 2EMA A; 4DV1 E; 2JP9 A; 1EH7 A; 3EPL A; 4B3M E; 2EOY A; 2UXB E; 3DW8 C; 4NHR A; 5A6J A; 2ZM6 E; 3C4B A; 4LF5 E; 4WSG A; 1G2F C; 3DF6 A; 4DUY E; 1ZU1 A; 3P1X A; 1S3N A; 1QHW A; 4MOY A; 2EOQ A; 2B7V A; 1A1H A; 2DFJ A; 4FBK A; 5CFF E; 2NAB A; 3JTZ A; 2QFP A; 2LMZ A; 3K7V C; 2J7J A; 4KZS A; 2YEQ A; 3CK2 A; 4LTY A; 4JI5 E; 5AE1 A; 1SU1 A; 4BC9 A; 2WBS A; 3K6Q A; 3H61 A; 2QJC A; 4WXD A; 3H64 A; 3RL3 A; 4F9A B; 2YZT A; 2CTD A; 2B7T A; 4NXN E; 4IYP C; 4V0X A; 5JPE A; 2EOH A; 2BQ8 X; 3THO B; 4JA9 A; 1HNZ E; 1DGC A; 3KWR A; 3N5U A; 2IAE C; 1QU6 A; 2EZ6 A; 2WBU A; 2JOG A; 2NUG A; 2QFR A; 3ADG A; 2E1M A; 3HPZ A; 2HGH A; 2UXD E; 4R03 A; 2CPN A; 2DLK A; 2NPP C; 2LRS A; 2GJU A; 2D9H A; 4BHB A; 4GEQ B; 4DV6 E; 1JK2 A; 5JPF A; 2LJH A; 3RQZ A; 2M9A A; 4OOG C; 4GKK E; 4LFB E; 4J6O A; 1A1F A; 2YWQ A; 4O4K A; 4R2C A; 1N34 E; 1T39 A; 4KBP A; 2LUP B; 2EWL A; 1II7 A; 2L33 A; 3DSD A; 4I5L C; 1RC7 A; 4F2J C; 3VYX A; 3JYF A; 4O24 A; 3IWB A; 2EQ0 A; 2ENH A; 2GPI A; 2EMG A; 4DUZ E; 4X8W A; 1QFC A; 2EP3 A; 1X49 A; 3H63 A; 2YTG A; 4ZYH A; 3KZY A; 2EMH A; 4KHP E; 3M99 B; 1PDA A; 2K7I A; 3QG5 C; 4BS9 A; 1NCS A; 1UHZ A; 1ZBQ A; 1F2I G; 5IT9 C; 3RL5 A; 4RHB B; 2JVA A; 3ADJ A; 2JOX A; 4BMJ A; 2MC6 A; 4IJD A; 2EL6 A; 1G2D C; 3T1H E; 3ADI A; 3LLH A; 1BB8 A; 3FIG A; 2RSM A; 1X5W A; 1X48 A; 2LV2 A; 3BF2 A; 2EOR A; 3H09 A; 2EMK A; 1IBL E; 4K0K E; 4HD0 A; 2LTR A; 2JYA A; 4GZN C; 2EOO A; 2V8Q B; 2UUB E; 4R2D A; 2BDX A; 2EPC A; 3C6M A; 3J81 C; 5DNY A; 2WCC 3; 3QFN A; 4ZYD A; 4OX9 E; 1Z2X A; 4X64 E; 1MF8 A; 2ODR D; 4BCA A; 1Z1B A; 2NUF A; 1FKA E; 1W24 A; 2NXF A; 3LL8 A; 4M2Z A; 4DR7 E; 1HO5 A; 3K7W C; 1GQE A; 1SR9 A; 4HTG A; 3OML A; 2JPA A; 5EQV A; 1A1J A; 3QFO A; 2CV9 A; 1YZ9 A; 3E7B A; 4I5N C; 4R2E A; 1B69 A; 4H1Y P; 4JI4 E; 4UT3 B; 2MKD A; 2JR1 A; 1BBG A; 4DR5 E; 3JAM C; 1OID A; 2EM0 A; 3ZOQ B; 4JI1 E; 2EOZ A; 2EN8 A; 2F8B A; 5KL5 A; 2WDC A; 2LBS B; 4KKZ A; 2GLI A; 1M63 A; 1A1K A; 2L2N A; 2L8T A; 2CT1 A; 1YUI A; 3C6K A; 4ZX2 A; 2EN1 A; 2HJJ A; 2EOS A; 2LTS A; 4DV0 E; 3H62 B; 1A1L A; 2AHD A; 1S3L A; 4F9B B; 4NZV A; 4P7D A; 4Q7F A; 5KL2 A; 2YT4 A; 2ADR A; 4OR9 A; 5IWA E; 2O8G A; 3L00 A; 1GTK A; 3ZTV A; 2EOI A; 2WZO A; 4H2G A; 5A6K A; 1ZR9 A; 3GVE A; 1XZW A; 1TF3 A; 2NUE A; 2PRT A; 1V73 A; 2EM7 A; 2LO3 A; 2H36 X; 3EPK A; 3HPS A; 2N3G A; 1UTE A; 2Q8U A; 2MDG A; 1N3G A; 5AE3 A; 5AE2 A; 2ZO9 B; 3QFM A; 2R1F A; 2ODR C; 2LUQ A; 1WRJ A; 3T1Y E; 1YFH A; 1XM7 A; 1T4N A; 1RMD A; 2EN7 A; 1RQ0 A; 4DR4 E; 2EOE A; 2HC5 A; 3TGH A; 1T70 A; 4DV2 E; 4H2I A; 2EPP A; 3MSW A; 2Z06 A; 3HXL A; 3HTX A; 4DR6 E; 2FGG A; 2MKN A; 1PJT A; 2B9D A; 2EM8 A; 2NA2 A; 2RQL A; 3J7Y p; 4JI3 E; 2YSP A; 4LF8 E; 3H68 A; 2A25 A; 2R76 A; 2V85 A; 2M7Q A; 3DJW A; 3KBP A; 2G7H A; 5A6B A; 1LLM C; 4FBQ A; 2FV4 B; 2GHF A; 3OTO E; 3EGH A; 3BBG A; 1T4O A; 5A69 A; 3EGG A; 4WX9 A; 3EPH A; 4ZYG A; 5GTU A; 1YYK A; 2UXC E; 4JV5 E; 2RSI A; 2Z72 A; 1EH6 A; 3MHS C; 2YTJ A; 4LF9 E; 2BB8 A; 1S8E A; 2EN4 A; 2LVH A; 4L5N C; 2Z1A A; 4H1S A; 2EOX A; 1HR0 E; 1N32 E; 2M4I A; 4X9J A; 2UU9 E; 1JK1 A; 4F0Z A; 4JI8 E; 1XNQ E; 4X66 E; 1U32 A; 4ZYE A; 2V83 A; 5LLQ A; 2N3H A; 4FK5 C; 2DB2 A; 4F9C B; #chains in the Genus database with same CATH homology 2A22 A; 4MOV A; 1W24 A; 2NXF A; 3FGA C; 3LL8 A; 3E0J A; 3AUZ A; 1HO5 A; 3K7W C; 5HPE A; 3DW8 C; 2HYO A; 4WWL A; 5EQV A; 4H2B A; 4V0W A; 3C9F A; 3QFO A; 2CV9 A; 2IE3 C; 3E7B A; 1S70 A; 3HVQ A; 4I5N C; 4H1Y P; 2KKN A; 2WDE A; 3IB7 A; 4UT3 B; 1WAO 1; 1OID A; 1S3N A; 1QHW A; 4JA7 A; 1HP1 A; 4MOY A; 4O43 A; 4O5G A; 2DFJ A; 2HYP A; 3ICF A; 2WDC A; 2DXL A; 2ZBM A; 4FBK A; 4UT2 A; 4KKZ A; 2QFP A; 4MP0 A; 3H69 A; 3K7V C; 1M63 A; 2XMO A; 2YEQ A; 3CK2 A; 2P6B A; 4LTY A; 4ZX2 A; 4IL1 A; 3V4Y A; 1TCO A; 4ORC A; 3H62 B; 1SU1 A; 3H60 A; 4UT3 A; 1OIE A; 2AHD A; 3H61 A; 3PSN A; 2QJC A; 1S3L A; 4LAC C; 3H64 A; 3RL3 A; 4NZV A; 2WDF A; 4Q7F A; 4DHL A; 4V0X A; 4IYP C; 5JPE A; 2WDD A; 2BQ8 X; 3THO B; 3DSC A; 3FLO A; 4FCX A; 4OR9 A; 3C5W C; 2O8G A; 4JA9 A; 3THN A; 3ZTV A; 4FBW A; 3N5U A; 4H2G A; 3RL4 A; 2IAE C; 4TUI A; 2JOG A; 4H2F A; 3GVE A; 1XZW A; 5J28 A; 1V73 A; 2QFR A; 2YVT A; 4ORA A; 3ZU0 A; 3E7A A; 4ORB A; 4XPN A; 1UTE A; 2NPP C; 2Q8U A; 1WAR A; 5F3W A; 1NNW A; 2GJU A; 4YKE A; 2DXN A; 2ZO9 B; 3QFM A; 5JPF A; 4B2O A; 2USH A; 2ZOA A; 1S95 A; 3RQZ A; 4V0V A; 4DT2 A; 1XM7 A; 1USH A; 1Z2W A; 4J6O A; 4O4K A; 4UWQ A; 1JK7 A; 3D03 A; 3H66 A; 3IVE A; 4KBP A; 3TGH A; 1T70 A; 1II7 A; 3DSD A; 4H2I A; 4I5L C; 5C1V A; 3JYF A; 2Z06 A; 4O24 A; 3IVD A; 3H68 A; 3H67 A; 4M0V A; 3P71 C; 1QFC A; 1IT6 A; 4DSY A; 5JJT A; 3H63 A; 3KBP A; 2IE4 C; 2BCD A; 3AV0 A; 4FBQ A; 1T71 A; 3EGH A; 3QG5 C; 5IOH A; 3RL5 A; 3EGG A; 3PSO A; 2NYL C; 5GTU A; 1FJM A; 1UF3 A; 2Z72 A; 5INB A; 3IB8 A; 5B8I A; 1S8E A; 2NYM C; 2Z1A A; 4H1S A; 1KBP A; 2HY1 A; 4ZVZ A; 3QFK A; 2R17 A; 4F0Z A; 3T1I A; 4HD0 A; 1HPU A; 1AUI A; 1U32 A; 1G5B A; 2BDX A; 2O8A A; 4G9J A; 1S3M A; 3QFN A; 5DNY A; 1Z2X A; 1MF8 A; 4TUG A; 4LU9 A; 1OI8 A;
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