The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
104
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sequence length |
352
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structure length |
340
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Chain Sequence |
AREALELAIRGGFHAYLVGPPSLGKHEALLAYLSTQSVETPPDLLYVPLSERKVAVMTLPSGQEIHLAEAVEGLLLEVNRLDELFRQGSFLREKTQLEARFKEAREQQLEALRREAQEAGFALGPVPAELSARLEEVTLGSMAASAELEVALRRLRRDWALHYLNNRFEPLFQRFPQARAYLEALRARLARYAETGEPLDPAQWRPNLLTSSSSGTPPPIVYEPYATAPRLFGRLDYLVDRGVWSTNVSLIRPGAVHRAQGGYLILDALSLKREGTWEAFKRALRNGQVEPVTEPQAPAGLEVEPFPIQMQVMLVGTPEAFEGLEEDPAFSELFRIRAEF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The N-terminal substrate-recognition domain of a LonC protease exhibits structural and functional similarity to cytosolic chaperones
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TTC1975 peptidase
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Meiothermus taiwanensis
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| total genus |
104
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| structure length |
340
|
| sequence length |
352
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.53: Endopeptidase La. |
| pdb deposition date | 2012-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FWV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3IPM O; 2W45 A; 2A68 F; 1G8X A; 1U6H A; 4PFO A; 4EHP A; 4JJF A; 4J7Y A; 3ZC4 A; 2KSF A; 2XM4 A; 3GM2 A; 1CGO A; 2XXA A; 3LES A; 3K1I C; 3EFO B; 4CS8 A; 4P9F A; 3RIP A; 2P1A A; 2LK4 A; 4U5C E; 5KYX A; 5BUO A; 5FCL A; 2EPN A; 1H9G A; 3JRT A; 2DB4 A; 3DI5 A; 5JT4 A; 1ZHW A; 2NG1 A; 1RKE A; 2YKZ A; 3M79 A; 4O6N A; 3UNG C; 5DQZ A; 4E17 A; 3EJN A; 3IQ6 A; 3ABL C; 2HJ3 A; 4CDY A; 1ORJ A; 1W2W A; 3JYH A; 2R7R A; 4FAP B; 4JZA A; 1APC A; 4U5G A; 1ZHZ A; 1T6U A; 4L6R A; 2FGY A; 1C02 A; 1PD1 A; 2HUJ A; 3S84 A; 2YEV A; 5B1B C; 5CI9 A; 3ZWI A; 3ZVR A; 1OKK D; 1RJ9 A; 2XXA B; 4U9E A; 4OD4 A; 1VOM A; 1TR2 A; 1FTS A; 1I5N A; 3FAP B; 3FAJ A; 4NQF A; 1GS9 A; 2PX0 A; 1RMV A; 1GQA A; 2A69 F; 5K0I A; 1NFN A; 2YZS A; 256B A; 3UR3 C; 1SMY F; 1G4U S; 1JRA A; 4CIH A; 2OQM A; 1U89 A; 1RKE B; 1QKR A; 2YL0 A; 3NKD A; 3NMJ A; 1K05 A; 2NUP A; 4Z9J A; 1QLE C; 2VH3 A; 2YQY A; 2YL3 A; 4K7B A; 2HV7 A; 3GOD A; 5FZT A; 4WGY A; 4B6I A; 3HNI A; 4JC7 A; 5DS6 A; 5B3S C; 1NU7 D; 1OXB A; 2XRH A; 3N24 A; 3H65 A; 3ZTZ A; 4EWC A; 3T6B A; 2EPL X; 2PNO A; 3MBG A; 1RJ9 B; 1CGN A; 3S28 A; 1NSG B; 3U2M A; 1YVI A; 4PJM A; 4JJG A; 4MTG A; 4O6M A; 2KJG A; 5GPG B; 4CX9 A; 4PK4 A; 1XZP A; 3JZ0 A; 5L3Q A; 3B0P A; 1SF8 A; 4LDR A; 4MTF A; 3UMH A; 4Q4Z F; 3DXJ F; 1HW2 A; 2NUP B; 2XS1 A; 2YWA A; 4YWQ A; 3C18 A; 5CIV A; 2CCY A; 1PCX A; 1Z3I X; 2CNW A; 1OKK A; 4KC9 A; 2OEX A; 5B1A C; 3SEO A; 1Z6A A; 2WZF A; 4JEA A; 3R2P A; 5D91 A; 1YDI A; 1YLM A; 1UFB A; 2YLD A; 2I8B A; 4E0H A; 4DBR A; 3NDB B; 1KTM A; 2F22 A; 1FR0 A; 1WN0 A; 4YT8 A; 2AP3 A; 1M57 C; 4AE4 A; 4LDQ A; 2CDQ A; 2H8A A; 4DRI B; 3U3B A; 1DOW A; 3QZC A; 4FX5 A; 2OJE D; 3NG1 A; 4CBE A; 5KYN A; 1GGQ A; 2XL6 A; 2NSG A; 3KH2 A; 4JTC B; 4E0I A; 2ZXW C; 2KC3 A; 1TQG A; 2IOQ A; 1IW7 F; 1Q0M A; 2ETS A; 4RD9 A; 2OOC A; 2P61 A; 4ZLC A; 2GFH A; 2RSE B; 2WVO A; 4I1O B; 1ZU4 A; 2LFF A; 2CW0 F; 2PX3 A; 3MYF A; 2X0C A; 3U2L A; 3H2U A; 3RQE A; 1LI7 A; 2A6E F; 3N2Z B; 4AE4 B; 3SXM A; 4G7Z F; 5KYU A; 1N1C A; 5L0I A; 1H7I A; 2XLW A; 4Q5S F; 1YZA A; 3FVY A; 3DWW A; 3AJM A; 2NUT B; 3HNJ A; 3S27 A; 3NRH A; 3M4C A; 3K1I A; 4E18 A; 3QVZ A; 2XLH A; 4R32 A; 4JCZ A; 3EGX A; 1V74 B; 2Z15 A; 5AC5 A; 4AL0 A; 1CPR A; 3GM1 A; 4DVZ A; 1NFO A; 1K04 A; 4OIQ F; 1YJG A; 2IBF A; 5E2Q A; 2Y3G A; 3TK0 A; 1NG1 A; 3RVZ A; 3VRC A; 2R25 A; 1D1A A; 4FWV A; 3DM5 A; 3MYI A; 1OW8 A; 2J0X A; 1WTY A; 3AG2 C; 4U9D A; 5F28 E; 3SP1 A; 4BG0 A; 2KNH A; 5KYU B; 1IZM A; 1YA7 O; 1VTM P; 4XLN F; 1VYI A; 1FMV A; 4IGG A; 3NMK A; 3FDQ A; 3TQO A; 4ZLD A; 3DJU B; 1NLX A; 1L3P A; 4JKV A; 5COF A; 3VYW A; 2WL8 A; 4QI2 A; 4LDK A; 2R7X A; 3US6 A; 2AVK A; 2MHR A; 1ZYR F; 3LUT B; 4J32 B; 4BEJ A; 1TFO B; 3EZH A; 1TWA A; 1AVO B; 1OW7 A; 1Y4C A; 2AU5 A; 1NU9 C; 2XLE A; 2JPU A; 3HKK A; 4ER9 A; 1MND A; 1YYX A; 5CI8 A; 3B0U X; 1ST6 A; 2GA0 A; 3GEH A; 4PJN A; 1MMA A; 3LNM B; 4G0H A; 4IAQ A; 1OR2 A; 3LEV A; 4JTD B; 4MVQ A; 5JP7 A; 1BR2 A; 2X51 A; 3KL4 A; 3OEO A; 3EHN A; 3TJ5 A; 3RH3 A; 4HEA J; 2DI3 A; 1VYK A; 3HLZ A; 4KNV A; 3Q7L A; 3FMS A; 5F5H A; 1EA8 A; 1Z23 A; 2MYS A; 5JVE A; 3OA1 A; 1ZHT A; 1KNY A; 2LCH A; 3DAF A; 1V55 C; 2L6F A; 2H7O A; 3KPH A; 3POV A; 4YL3 A; 4U5F E; 4EIY A; 4XWJ A; 2BL2 A; 2EIL C; 3H2V A; 1JOG A; 2YLI A; 4E7Z A; 3U8P A; 4C3E A; 1O5H A; 1WOL A; 1HE1 A; 2LIG A; 1OW6 A; 2J7P D; 3SZR A; 3PCV A; 4FES A; 1M2O A; 1SYQ A; 3SXY A; 3VF0 A; 4LAC B; 2OU6 A; 4BJ1 A; 1MQV A; 3EPV A; 2FAP B; 1GM5 A; 2QUP A; 3DMD A; 1ZHX A; 3GWL A; 1AEP A; 1QVX A; 2YHS A; 4AX2 A; 4OIN F; 2VCB A; 1A0B A; 5T3T A; 4DRH B; 1HY5 A; 2EPK X; 1J8Y F; 2KQ9 A; 1WAS A; 1YAR O; 2CNW D; 3TJ6 A; 5KYX B; 2NPU A; 1I4Z A; 1WWP A; 4H54 A; 3ATP A; 2V26 A; 4O7G A; 1LM3 B; 2G3K A; 2YL7 A; 1Z7Q c; 3BEH A; 3A11 A; 4YT4 A; 3AG3 C; 4RBN A; 3TOL A; 2EPM X; 2JX0 A; 2W9Y A; 3KYI A; 4H4K C; 5D92 A; 3SXZ A; 4EBK A; 5L3V A; 5F5F A; 4MW3 A; 4BJ6 C; 1V54 C; 1UG7 A; 2IXN A; 1A7V A; 1MNE A; 5HSW A; 2J8W A; 4WAB A; 1F1M A; 1M6T A; 3ITF A; 4N06 A; 2WZG A; 3ZQY A; 3NMI A; 2J45 A; 2BE5 F; 3EQL F; 2PP4 A; 3L8J A; 4N6H A; 4DJ9 A; 3QTH A; 4C7O A; 2J7P A; 4NTA A; 1TWH A; 2A0U A; 2R05 A; 4CSA C; 2XL4 A; 3LEO A; 1LS1 A; 1D0Y A; 5T1D B; 2KGO A; 3UMI A; 5BQH A; 5A6B D; 2J9U A; 2R7O A; 4O6Y A; 4BEM J; 1T6I A; 4EBJ A; 1Z5Z A; 1B68 A; 5JLI A; 4D4X A; 2ZXO A; 5JRA A; 2D5R B; 2LSE A; 4CJG A; 4CJO A; 4K1O A; 3IHU A; 4A2N B; 3O39 A; 4AL1 A; 2VC9 A; 2WVQ A; 3Q6M A; 3B29 A; 1EI7 A; 1ZZP A; 1QPU A; 4JVS A; 2XL8 A; 4M63 A; 2G3V A; 1EQ1 A; 2LQG A; 2YL1 A; 4U5H A; 1E86 A; 2P6V A; 3RQF A; 4CDA A; 2HS5 A; 4W8K A; 3U5S A; 2EPO A; 2VB6 A; 2E87 A; 3UMK A; 3ZTM A; 1TKN A; 1H6G A; 3T9O A; 1ORY A; 1YA9 A; 1JPJ A; 1OQC A; 1QSP A; 3U9M A; 1LIH A; 5COM A; 3ZG1 A; 4CIP A; 1H9T A; 1YAU O; 3CAX A; 1HW1 A; 2GDC A; 4IAO A; 4DRJ B; 1KU2 A; 1CPQ A; 1YZC A; 4NTB A; 5TJ5 E; 3SXK A; 2FFH A; 3T4R A; 2UUH A; 3FHD A; 4LER A; 3C8Z A; 3V5X A; 4OIO F; 4NCQ A; 4EUK B; 5A6B A; 3L0I A; 3RYL A; 5L0F A; 3B71 A; 1OCO C; 1C03 A; 1LE4 A; 5AGF A; 4AK9 A; 3F47 A; 4G7O F; 2J46 A; 2M64 A; 3G4X A; 4JIO A; 3A9C A; 2C04 A; 5BQG A; 3KKB A; 3V5Z A; 1BBH A; 2J0W A; 3EHM A; 4DBQ A; 5A6K A; 4MND A; 5A6J A; 2YVK A; 1Q0K A; 1YYJ A; 3CSK A; 1JMW A; 2ASR A; 3TD7 A; 2KW3 C; 4EBB A; 3DE9 A; 1LS4 A; 1O87 A; 3DJN B; 4JCH A; 1JPN A; 4JEB A; 4Z9H A; 4KI2 A; 3RFY A; 2TMV P; 4OIP F; 1DOV A; 2HMZ A; 2CGE A; 2QNL A; 4G78 A; 4WJ0 A; 3T6J A; 2CYD A; 2HZ8 A; 1MMN A; 3JRM O; 3MFN A; 4MQ9 F; 2HFI A; 3T6G B; 4XEK A; 3K1H A; 2XLV A; 4YN0 B; 1K40 A; 1LVK A; 3M15 A; 4OIR F; 3LS0 A; 3V5Y A; 3AQC A; 2P7V A; 2PFD A; 3VM6 A; 1OCR C; 1R4T A; 5T3W A; 1RCP A; 1VLT A; 3AG4 C; 3EGX B; 4PJL A; 1ZU5 A; 3EH2 A; 1JR8 A; 3RQG A; 3TOM A; 4MVM A; 3V7O A; 2A6H F; 1WAT A; 1T5O A; 1XZQ A; 1TWC A; 3E70 C; 3J06 A; 4DOZ A; 2R7W A; 5KYW A; 4IJJ A; 4U5E E; 3QVY A; 5E3C A; 2L81 A; 4XQ1 A; 2Q4F A; 4ULW A; 3Q6N A; 4BJ6 A; 2IXO A; 3HNK A; 1G4W R; 2PF4 E; 3W8H A; 3X2Q C; 4QDL A; 3CZ6 A; 4BJ5 A; 2Q9A A; 2OCC C; 3K66 A; 4CS9 A; 3GWN A; 4GYT A; 1Q0G A; 3C8G D; 2UUI A; 3NYJ A; 2IM8 A; 3DKA A; 4F4B A; 4I3M A; 1NBB A; 2PBE A; 4WGZ A; 3RVY A; 4CSA A; 3GOR A; 4Q7C A; 2IYL D; 2ZXP A; 1MMG A; 3SNH A; 3K7D A; 5KYW B; 3WG7 C; 1O3U A; 4XLP F; 3UGO A; 2IXP A; 4MVU A; 2A0B A; 2V3C C; 4RDA A; 4PJJ A; 1L7C A; 2Q7R A; 1JAF A; 2Y39 A; 3JCU Q; 3NYL A; 4DXW A; 5IY5 C; 3C7J A; 3DE8 A; 5DVW A; 1S7Z A; 2Q9C A; 1D1C A; 2B0J A; 2J9W A; 2L6H A; 4NC3 A; 3O55 A; 2QY9 A; 1PD0 A; 3ABK C; 4XPW A; 5JSL A; 1RXQ A; 1VK5 A; 5DQT A; 1G5Z A; 2Y3D A; 1OR3 A; 5AC4 A; 1ORS C; 3EH1 A; 2NSF A; 1BR4 A; 2LD6 A; 2Q3T A; 2XS8 A; 3GM3 A; 3JYY A; 1LPE A; 1BR1 A; 1AUE A; 3M1C B; 1CGM E; 3WHN A; 3WOD F; 3PDM P; 2VCA A; 4IRU A; 4NY3 A; 1M2V A; 1OXK A; 3JT1 A; 3L8I A; 4BJT A; 4YT2 A; 3C8G A; 3U0C A; 3IEE A; 2OEV A; 4ANJ A; 3NYM A; 4A4A A; 4XEF A; 3O6X A; 1MMD A; 1HE9 A; 1RKC A; 3RF3 A; 2QLA A; 2DYS C; 1BZ4 A; 2DYR C; 2R7Q A; 3GEE A; 2OG2 A; 3IQC A; 3AQB A; 2G62 A; 3RW0 A; 5DS5 A; 2R7T A; 4HFF B; 4YJW A; 4CDV A; 4CS9 C; 1V4A A; 3ZSU A; 3NKE A; 1E2X A; 2HSQ A; 3W2V A; 2ZD9 A; 1D0X A; 1WGW A; 2WZL A; 4XEV A; 4JRZ A; 4XPX A; 4GEH A; 4PFP A; 4G7H F; 5A69 A; 3B9Q A; 4HFK B; 2I15 A; 2VAS A; 3FOO A; 5E33 A; 1M2V B; 3S0X A; 3ASN C; 3AGT A; 3C8G B; 4NTF A; 4I44 A; 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3JTL O; 1OCC C; 1QZX A; 3DM9 B; 1QQ3 A; 2R9R B; 1VLS A; 2Y3H A; 3U9J A; 4W8P A; 4XPY A; 3W4Y A; 5JUA A; 4PR9 A; 2NUT A; 4MTO A; 4QI0 A; 1EKY A; 3G4Z A; 1A7E A; 1FFT C; 3F46 A; 1J8M F; 1E85 A; 1T01 A; 2B0H A; 2Y3B A; 5EGY A; 2QE9 A; 2WVN A; 3JSZ A; 3CQZ A; 2XLD A; 2R03 A; 2XLM A; 3E9V A; 4ONS A; 1XWJ A; 4LLE A; 3S9O A; 3I4U A; 5B3I A; 3TUL A; 1U0B B; 4UDV A; 4JUR I; 3HNL A; 3I5Q A; 3MLG A; 4YL1 A; 4MW8 A; 3PHF 2; 1SZI A; 2RD9 A; 2XLO A; 1Q0F A; 2XM0 A; 3ABM C; 1TFK B; 1R5I D; 1D1B A; 1E84 A; 3PMR A; 4MVO A; 1T9K A; 2Y69 C; 4N6C A; 1LKX A; 1VB5 A; 2JD3 A; 4O79 A; 5HV9 A; 4JE9 A; 2J9B A; 5EK0 A; 3RKO F; 2R7V A; 5KYY A; 2W4B A; 1M56 C; 2HMQ A; 1A41 A; 1SR2 A; 2O9X A; 2Q9B A; 1OCZ C; 1FMW A; 3ZQV A; 1C17 M; 3VAY A; 2KYH A; 3G50 A; 5A6A A; 4BJ5 C; 2LP4 A; 2M4E A; 1D0Z A; 1VMA A; 3DD7 A; 2EIM C; 2IXM A; 2XSE A; 3IQ5 A; 2YRF A; 2ICW G; 1BDJ B; 4DVY P; 4I1M A; 5L0C A; 4X0R A; 3LAY A; 4IWB A; 3AGU A; 3GEI A; 1E83 A; 3S90 A; 3BRJ A; 3AOU A; 3FXH A; 3HTK C; 4K0D A; 2BC5 A; 3K6B A; 4YK5 A; 3ZDL A; 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