The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
143
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structure length |
143
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Chain Sequence |
IAASADAQLELIGPRAAAAASLESAVLHVSLTARAYALTPEPARMDALQAALRRLEGAAARFAALPKSPEGAALSGRILAAVPPFEKAAVALGTAVATGGDDSAIRAREATLPPMREELLSLLRTFGALQQAHDAGASHTILA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Analysis of periplasmic sensor domains from Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C: structure of one sensor domain from a histidine kinase and another from a chemotaxis protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Periplasmic sensor hybrid histidine kinase
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Anaeromyxobacter dehalogenans
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| total genus |
60
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| structure length |
143
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| sequence length |
143
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K0D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MMD A; 5BQG A; 3DAF A; 1Z3I X; 1LE2 A; 1LI5 A; 2H7O A; 1FNT c; 4UDV A; 3KMI A; 3U2L A; 4G7H F; 3B0P A; 3RVZ A; 4W8K A; 1YYX A; 1Q0D A; 4EBJ A; 3H65 A; 3NKE A; 4WGZ A; 2YL1 A; 1HW1 A; 3Q7L A; 2LCH A; 4I1M A; 3UR3 C; 3EGD B; 3M4C A; 3KPH A; 3C8G D; 4YL3 A; 3EJN A; 2HFI A; 2IXO A; 1U6H A; 1T6I A; 1MMG A; 1SF8 A; 3E70 C; 4A4A A; 3B29 A; 4M63 A; 2HMZ A; 2R7R A; 2OKU A; 1MNE A; 2YL0 A; 4XWJ A; 1CGM E; 1A0B A; 5KYU B; 3B0U X; 4J30 B; 1NU9 C; 3ZWI A; 3ZC4 A; 4N6C A; 2HSQ A; 4MVZ A; 4EBB A; 3RW0 A; 3SP1 A; 3A9C A; 5JSL A; 2HV6 A; 2ZXO A; 3NMJ A; 3T4R A; 3ZDL A; 4BJ6 C; 1UFB A; 1RXQ A; 2D4U A; 1J8Y F; 1O3U A; 2ZD9 A; 1A41 A; 4CJG A; 3ABM C; 3S90 A; 3DMD A; 3E9V A; 2A0U A; 2WZL A; 1Y6D A; 2UUI A; 4BJ6 A; 2YVK A; 4WAB A; 2V3C C; 1HY5 A; 2EPN A; 2P0N A; 3T6J A; 3U2M A; 1NG1 A; 3DI5 A; 4DBQ A; 2ICW G; 2XL8 A; 1DOW A; 4OD4 A; 1AVO B; 5BUO A; 2XS8 A; 4QDL A; 4A2N B; 5T3W A; 3US6 A; 1TWG A; 4JCZ A; 3DD7 A; 1QKR A; 1T6U A; 5KYY A; 2KQ9 A; 2YL7 A; 1FTS A; 2R02 A; 4IB4 A; 4EHP A; 2XL4 A; 3WOD F; 4AK9 A; 2DGJ A; 2GFH A; 1IZM A; 5A6K A; 2MHR A; 4J7T A; 4ANJ A; 1V54 C; 3FOP A; 3X1O A; 5FCL A; 3EHM A; 3ZG1 A; 2QLA A; 3MYI A; 4PJN A; 3S0X A; 4WJ0 A; 4JUR I; 4ZLD A; 2XLE A; 4GEH A; 4CSA A; 3AJM A; 1ORS C; 4J32 B; 4BEJ A; 3AOU A; 2IM8 A; 4LDQ A; 4KNV A; 4DVZ A; 1NZE A; 2AU5 A; 1FAP B; 3LNR A; 1S7Z A; 2IOQ A; 4HEA J; 4JVS A; 3JRM O; 2YEV A; 3KYI A; 2VAS A; 3S29 A; 5JS5 A; 3F46 A; 4I3M A; 1AUE A; 4XQ1 A; 4D4X A; 1NU7 D; 2LSE A; 1H7I A; 1V4A A; 2XM0 A; 3H2U A; 1FMV A; 1OKK D; 2Q00 A; 3DE9 A; 3FAP B; 1PCX A; 1VB5 A; 3GEE A; 3N0T A; 4FWV A; 4H4K C; 5F5H A; 3V7O A; 2LD6 A; 1G4U S; 3RQG A; 1TWH A; 4C3B A; 4LER A; 2HKV A; 3GOD A; 1JAF A; 3BRJ A; 1R5I D; 1LKX A; 2MWQ A; 4U9D A; 4X0R A; 2LP4 A; 2VCB A; 4U5F E; 1CPQ A; 3EG9 A; 3TOM A; 3S9O A; 4JTC B; 3RFY A; 3W4Y A; 1H9T A; 4NTF A; 4EKW A; 5KYX A; 1M56 C; 3W2V A; 2X51 A; 1D1A A; 2YLG A; 3G4Z A; 4MVM A; 1O87 A; 1LVK A; 1BBH A; 3LEO A; 3U8V A; 4CS8 C; 4QI2 A; 4IAQ A; 3N24 A; 3SXY A; 1J8M F; 2JX0 A; 3DAG A; 4CDA A; 1Y4C A; 4CS8 A; 3DJN B; 1ZYR F; 2L9J A; 4IAO A; 4YT5 A; 5DQT A; 2PP4 A; 1B68 A; 5CI8 A; 4G7Z F; 3JYH A; 3C62 A; 2A6E F; 3RH3 A; 3CEX A; 3SNH A; 2HJM A; 3TQO A; 1WN0 A; 5T3T A; 3VAY A; 4OIP F; 1H9G A; 3DKA A; 3CAX A; 5JLI A; 4P6I C; 5KYX B; 3QVY A; 1C03 A; 2WVO A; 1CGN A; 4LLE A; 2WVQ A; 1YA7 O; 4U5D E; 4YT4 A; 2WVN A; 2ETS A; 1W2W A; 3FXH A; 3K66 A; 2KYH A; 2O9X A; 2XLV A; 1MMA A; 3O6X A; 3AG4 C; 4Z9J A; 1WAT A; 2XXA B; 2ZXP A; 2GDC A; 1OCZ C; 1U89 A; 4CBE A; 2H8A A; 1M2V A; 2XSE A; 4MVQ A; 5JP7 A; 4C3E A; 4C3D A; 3QTH A; 1ZZP A; 3EGX A; 3L34 A; 4F4B A; 3DZA A; 4JW1 A; 4XEK A; 2OOC A; 5A6A A; 5IY5 C; 3QMK A; 1GS9 A; 1ZU5 A; 2J0W A; 2XLH A; 3JZ0 A; 4Z9I A; 5COM A; 5JUA A; 4I1O B; 3DXJ F; 4W8P A; 4EIY A; 2G3V A; 2C04 A; 3K33 A; 2QUP A; 1OW6 A; 2EPO A; 2HSB A; 2NUP A; 3RYL A; 1M2V B; 2CNW D; 2EIM C; 2Q9C A; 1DOV A; 2UUH A; 3EGX B; 5GPG B; 1U0B B; 1GQA A; 1Z23 A; 1Q0K A; 2GWW A; 4ULV A; 3ZVR A; 3VF0 A; 3POV A; 3ASO C; 5EGY A; 5DVW A; 4PJM A; 1PD1 A; 5AC5 A; 2A0B A; 3T6B A; 2HMQ A; 2AWY A; 3DM9 B; 4FX5 A; 4CDY A; 4ZLC A; 4MVR A; 4OIN F; 2L6G A; 3V5Z A; 1SZI A; 1RCP A; 2VCA A; 2R7U A; 2EPM X; 1MQV A; 1E85 A; 2J7P D; 3RKO F; 2H7V C; 5B3S C; 3EH1 A; 4PAC A; 4PJL A; 2R9R B; 4XPW A; 4BEM J; 5DS5 A; 5E33 A; 3GM3 A; 1VOM A; 3B9Q A; 1I5N A; 2A68 F; 5EK0 A; 1YVI A; 4O6M A; 1BZ4 A; 2P6V A; 2PBE A; 2YWA A; 3HJC A; 3L0I A; 3NRH A; 3O10 A; 1D0Z A; 2MYS A; 2RD9 A; 1RKE A; 1CGO A; 5AGF A; 3V5Y A; 2L7A A; 4LDK A; 3FVY A; 3I4U A; 3EQL F; 3ZQV A; 1YYJ A; 2PX0 A; 1ORY A; 3GM1 A; 1D0X A; 3IQT A; 3LEV A; 3G4X A; 1C17 M; 5JT4 A; 1WTY A; 2QY9 A; 4JJF A; 4RD9 A; 1I4Y A; 3AGU A; 5D92 A; 1JPJ A; 5JVE A; 3DE8 A; 3UGP A; 1RKE B; 2LFD A; 2DYS C; 2YLI A; 3PCV A; 4NY3 A; 4MTG A; 3HNI A; 4XPX A; 4WGY A; 4U5B E; 5HV9 A; 3IQC A; 3M15 A; 1T01 A; 3DJU B; 1KTM A; 1HE9 A; 3FMS A; 3MX3 A; 1FMW A; 1KNY A; 1M2O A; 3JYY A; 4N6H A; 4XLP F; 5F5F A; 1K04 A; 4HFF B; 4JCH A; 4U5C E; 4BJ5 C; 2AVK A; 3LES A; 4E17 A; 3U5S A; 4AL0 A; 4DBR A; 1GGQ A; 2W4B A; 3UMI A; 4ULW A; 4BJ5 A; 3QW1 A; 4JTD B; 4AE4 A; 3ITF A; 5L0J A; 2EPL X; 1HMO A; 5KYW A; 4JRZ A; 1E84 A; 3PMR A; 3HKK A; 4CSA C; 1I4Z A; 1YA9 A; 3PDM P; 2E87 A; 2L81 A; 4NTA A; 2IYL D; 3NMK A; 3C8G A; 1Q0G A; 3UGO A; 2HS5 A; 5KYY B; 2IXM A; 2LQG A; 2XL6 A; 3T6G B; 2EPK X; 2WB7 A; 4XPY A; 3FDQ A; 2OU6 A; 1LI7 A; 2OG2 A; 2QE9 A; 3Q6M A; 3M79 A; 2OJQ A; 3KYJ A; 4FES A; 3U9J A; 5BQI A; 1YAU O; 1QZX A; 2XS1 A; 4AE4 B; 5DQZ A; 5KYW B; 1XZP A; 3IEE A; 3BEH A; 1HE1 A; 2HJ3 A; 3EH2 A; 2HV7 A; 4EBK A; 4BJ1 A; 2IBF A; 3LJB A; 3B0V C; 2YRF A; 2OQM A; 4YJW A; 3C8G B; 3RQE A; 2XLO A; 1MND A; 1A7E A; 2IXP A; 2ASR A; 2PX3 A; 1ZVZ A; 2KK1 A; 4E18 A; 3MFN A; 3NG1 A; 4IAR A; 2F22 A; 1YZA A; 2VB6 A; 1JPN A; 1PV3 A; 3RVY A; 1HW2 A; 3M4B A; 2J9U A; 2V26 A; 2Q3T A; 3SXZ A; 3AG3 C; 2C03 A; 4KNW A; 4D4N A; 1YDI A; 2J9V A; 3U3F A; 3U3B A; 2KW3 C; 3FOO A; 1RMV A; 2I8B A; 1VLT A; 1QQ3 A; 2W4M A; 5E3C A; 4JTA B; 4IGG A; 1ZU4 A; 4MND A; 2WZG A; 2XM4 A; 2YZS A; 3JSE O; 4DXW A; 4MVO A; 2LIG A; 3GEH A; 1R4T A; 5HSW A; 4O79 A; 3SZR A; 5DS6 A; 2EIN C; 3X2Q C; 2J45 A; 4EWC A; 4XEF A; 4OIR F; 4PR9 A; 3RIP A; 4YN0 B; 3IQ6 A; 4N4W A; 3MYF A; 2Y3D A; 2PF4 E; 4MW3 A; 1VLS A; 2HUJ A; 3EG9 B; 3HNK A; 3AG1 C; 1LS1 A; 4MS2 A; 2RSE B; 1BR2 A; 2YKZ A; 5CI9 A; 4LAC B; 3S84 A; 1H6G A; 2KNH A; 3VM6 A; 2J9B A; 3NYJ A; 4K0D A; 4JJG A; 4MTO A; 1APC A; 2NG1 A; 3EPV A; 4CS9 C; 4EUK B; 5B3I A; 2R25 A; 3FHD A; 4MQ9 F; 1E2X A; 2Q9B A; 1G8X A; 3K7D A; 1TWC A; 4AX2 A; 1UG7 A; 2XLM A; 3C7J A; 4CS9 A; 4DRJ B; 2ZPA A; 2L6H A; 3T9O A; 1RKC A; 3A11 A; 3SYN A; 2DYR C; 3LS1 A; 1A7D A; 1OKK A; 2H7B A; 3W2W A; 1RJ9 A; 2BE5 F; 2KC3 A; 1SYQ A; 1ZHW A; 1L7C A; 4GQH A; 2WZF A; 4N06 A; 1Q0M A; 2XRH A; 4JEA A; 3CQZ A; 4PJJ A; 3TOL A; 5L0C A; 2R7S A; 1WGW A; 3CSK A; 2M64 A; 2BL2 A; 2FGY A; 3DM5 A; 3NDB B; 3ZTZ A; 4CIH A; 1WOL A; 1OQC A; 1WWP A; 3TD7 A; 1ST6 A; 2Y3B A; 4CS7 A; 3EZH A; 3ASN C; 3HNL A; 3JTL O; 2L6F A; 1QSP A; 4GYT A; 4BG0 A; 4MW8 A; 4ER9 A; 2J0X A; 1IW7 F; 1VTM P; 1EQ1 A; 5A6J A; 3TUL A; 2Y39 A; 3QZC A; 3NKD A; 2R05 A; 1YAR O; 4YWQ A; 3C63 A; 3CZ6 A; 1LIH A; 1WAS A; 2NUP B; 2WL8 A; 2R7X A; 4NCQ A; 4P9F A; 1Z5Z A; 1FFH A; 1MMN A; 2QTV A; 4O7G A; 4P9T A; 4OIQ F; 1T5O A; 3GM2 A; 4NTB A; 3U8P A; 2EIL C; 1BDJ B; 2DB4 A; 4G0H A; 4DJ9 A; 2NPU A; 2Y69 C; 2W45 A; 4JZA A; 1D0Y A; 1JOG A; 1CPR A; 2CCY A; 4JEB A; 5B1B C; 4BPM A; 5L0I A; 2TMV P; 4KC9 A; 5E3A A; 3AG2 C; 3LNM B; 1FFT C; 3W8I A; 3G50 A; 2XLD A; 2J46 A; 1V55 C; 1T6Q A; 2OCC C; 1LPE A; 5L0H A; 2B0J A; 3GAN A; 4XTK A; 2A6H F; 4MTF A; 4L6R A; 1QPU A; 1M6T A; 3EFO A; 4Q5S F; 1L3P A; 256B A; 5DS4 A; 3TJ5 A; 3HTK C; 1GM5 A; 3U0C A; 1NLX A; 4JE9 A; 3IPM O; 1O5H A; 2KJG A; 4FAP B; 1NSG B; 2CDQ A; 2EIK C; 2KSF A; 1Z7Q c; 2R7O A; 1D1B A; 2R7T A; 2CYD A; 3EHN A; 2CNW A; 3S27 A; 3N2Z B; 1VYK A; 3M1C B; 4IJJ A; 1OW7 A; 3JCU Q; 3EFO B; 3LUT B; 3O55 A; 2FFH A; 1OCO C; 2P61 A; 5T1D B; 5CIV A; 1N1C A; 2A1D D; 4K1O A; 1OR3 A; 4G78 A; 2I15 A; 3OWT A; 3I5Q A; 3EZI A; 5E2Q A; 5AC4 A; 1EI7 A; 4JIO A; 3MBG A; 1OW8 A; 1VYI A; 1JRA A; 4BJT A; 3O39 A; 2GAQ A; 1YLM A; 2KGO A; 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4O6N A; 4RBN A; 1AEP A; 1BR4 A; 1SMY F; 5COG A; 2IXN A; 2HZ8 A; 3VRC A; 4U5G A; 1HMD A; 1OXK A; 4JC7 A; 3TJ6 A; 1F1M A; 3LLK A; 5F28 E; 1ZHX A; 3JRT A; 1QVX A; 2YHS A; 1NFO A; 2R7Q A; 3K1I C; 2Q9A A; 3ZSU A; 1FR0 A; 5A69 A; 1A7V A; 2Z15 A; 5A6B A; 4Q4Z F; 1ORJ A; 2NSF A; 2Y3H A; 2Q7R A; 3KL4 A; 3K1I A; 1K05 A; 1D1C A; 2D5R B; 3AGT A; 4ONS A; 4YL1 A; 4MVU A; 4CJO A; 2VC9 A; 2R7W A; 3J06 A; 2XXA A; 2B0H A; 2LK4 A; 2M4E A; 1PD0 A; 4CIP A; 5L3V A; 4DRH B; 1VMA A; 4C7O A; 1YJG A; 3JSZ A; 2FAP B; 3KH2 A; 4OD5 A; 4AL1 A; 3PHF 2; 1M57 C; 3U9M A; 2J9W A; 3AQB A; 4LLC A; 3S28 A; 5DLJ A; 2Q4F A; 2YLD A; 1NFN A; 2G62 A; 3F47 A; 3NYM A; 4YT2 A; 3B71 A; 1TWA A; 4U5E E; 4KI2 A; 3OEO A; 4E0I A; 3UMK A; 3FAJ A; 2CGE A; 3K1H A; 1TFK B; 3OA1 A; 3MLG A; 4DVY P; 2W9Y A; 2OJE D; 1TQG A; 4E7Z A; 5L3Q A; 1OXB A; 1RJ9 B; 2OEX A; 4C7O B; 1OCR C; 3WG7 C; 2NUT A; 1JR8 A; 1YZC A; 3NMI A; 4B6I A; 4PFP A; 1LM3 B; 4PFO A; 3ECS A; 4DRI B; 5JRA A; 2AWC A; 2CW0 F; 4XLN F; 3V5X A; 2JD3 A; 5KYU A; 2DI3 A; 4G7O F; 2BC5 A; 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