The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
111
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structure length |
111
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Chain Sequence |
AVSSATINRARGLYGDRIAALKDAVAAGDFKAIAEEKNAFILFNSGAYPTNKAKKNAAIAQTNEIFKAIRSGDKAAVKSAYDAYMAANEIRPLPEINSNVGQGYSSEFDFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Psb31, a Novel Extrinsic Protein of Photosystem II from a Marine Centric Diatom and Implications for Its Binding and Function
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
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| source organism |
Chaetoceros gracilis
|
| molecule keywords |
Extrinsic protein in photosystem II
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| total genus |
41
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| structure length |
111
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| sequence length |
111
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18240 | PSII_Pbs31 | Photosystem II Psb31 protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K7B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PD1 A; 1OCC C; 2KJG A; 1EI7 A; 1OW8 A; 1V4A A; 3LEO A; 1OKK A; 1L3P A; 2EPN A; 2HUJ A; 3OA1 A; 2BC5 A; 4I3M A; 3UMI A; 4M63 A; 1MQV A; 4Q7C A; 1VTM P; 2EPL X; 2J46 A; 3C7J A; 2WVQ A; 3DZA A; 3X1O A; 1XZQ A; 2CNW A; 3DE8 A; 3F46 A; 1Z63 A; 5TJ5 E; 3LLK A; 4E7S A; 3JRM O; 3M79 A; 4EIY A; 4IJJ A; 5EGY A; 4IB4 A; 1WAS A; 2ZPA A; 4PJN A; 1JPN A; 4NCQ A; 2EIM C; 4YN0 B; 2F22 A; 1APC A; 3IQ6 A; 4N06 A; 2X51 A; 2H8A A; 4P9T A; 4MQ9 F; 5AC5 A; 2RSE B; 3MYI A; 1CGN A; 3IEE A; 3Q6N A; 2KQ9 A; 3C8G A; 3ASN C; 3EH1 A; 3GAN A; 4W8P A; 1R4T A; 2O9X A; 2Q9C A; 3C18 A; 3N2Z B; 2XM0 A; 4JZA A; 2LQG A; 4JJG A; 5HV9 A; 4JCH A; 1OXK A; 2M64 A; 4LLC A; 3SP1 A; 1LS1 A; 2MHR A; 4E17 A; 4O6M A; 3HJC A; 4MVZ A; 2YLD A; 2JPU A; 3S84 A; 4YJW A; 1JRA A; 4DRI B; 2I15 A; 3I5P A; 2HSB A; 2VAS A; 2KNH A; 1NBB A; 2PX0 A; 3CSK A; 4H4K C; 4JTC B; 3ZTM A; 4JKV A; 3U3F A; 1QZX A; 4OIP F; 4AL1 A; 2IXM A; 1JPJ A; 4K0D A; 4C3B A; 4MVQ A; 1OR2 A; 3O39 A; 4KBL A; 3L34 A; 3LLI A; 1Z3I X; 3RKO F; 3DXJ F; 3QTH A; 3L8I A; 3AQC A; 4MVM A; 4BJ1 A; 4JTD B; 4D4N A; 5JLI A; 3GEE A; 2CGE A; 4PJM A; 4BJT A; 3NMI A; 1TFO B; 4LDR A; 3CEX A; 1CGM E; 3PMR A; 1SR2 A; 4CS7 A; 4PR9 A; 2XS8 A; 3K7D A; 4KNW A; 3U5S A; 1TWA A; 2QNL A; 2V26 A; 4XPX A; 3UR3 C; 1HE9 A; 4C3E A; 4FX5 A; 1Q0D A; 3MBG A; 3C8Z A; 1H7I A; 1YYX A; 1HW2 A; 4NC3 A; 3DE9 A; 3DMD A; 3POV A; 4BJ5 C; 1MND A; 3BRJ A; 3HLZ A; 3KH2 A; 1TWC A; 5KYW B; 2W9Y A; 4EBK A; 1YLM A; 2WZF A; 3G50 A; 3ZG1 A; 3S29 A; 4XPW A; 4Q5S F; 4WJ0 A; 2D4U A; 5B3I A; 1T6U A; 3B0P A; 4N6C A; 4O7G A; 1CPR A; 2J9B A; 2Q3T A; 2HMZ A; 2Q9B A; 2OG2 A; 4YWQ A; 2XLD A; 3SNH A; 3VAY A; 3BEH A; 5BQH A; 1B68 A; 4P6I C; 3US6 A; 2XRH A; 3ZIB A; 4CX9 A; 2EPM X; 2LFD A; 5B1B C; 3GM1 A; 1YA9 A; 2DI3 A; 1UG7 A; 3FDQ A; 1QSP A; 2ASR A; 1Z6A A; 3ECS A; 3H65 A; 4IWB A; 1QKR A; 4JEA A; 2BL2 A; 2FAP B; 1HE1 A; 5AC4 A; 4PJJ A; 2Z15 A; 2OEX A; 4I1O B; 3CZ6 A; 4JIO A; 2R7S A; 1D1C A; 1LS4 A; 2EIL C; 2TMV P; 3FOP A; 1MMN A; 4NQF A; 3HTK C; 2ZD9 A; 1T6Q A; 1ZYR F; 2HV6 A; 2XLM A; 3DWW A; 4MW8 A; 4EKW A; 4PK4 A; 3A9C A; 4YT4 A; 2NSF A; 4EBB A; 1ORJ A; 3U2L A; 1S05 A; 2A0U A; 4Z9J A; 3TJ6 A; 3W2W A; 4XLP F; 5HSW A; 1AVO B; 2IYL D; 2M4E A; 2R7W A; 2G3V A; 3SXY A; 3NG1 A; 2OU6 A; 3ZDL A; 3NDB B; 1XZP A; 3EHN A; 2RD9 A; 1ZZP A; 4C3D A; 4CBE A; 4YT2 A; 1S7Z A; 2KYH A; 3LES A; 1M2V A; 1NFO A; 2DB4 A; 3EG9 A; 3NRH A; 5B1A C; 3RFY A; 4BJ6 C; 2ZXO A; 5K0I A; 3TK0 A; 1A7E A; 4IAR A; 2J0X A; 1NSG B; 1NG1 A; 2JD3 A; 1VLS A; 1RJ9 B; 3AJM A; 4ULV A; 3N24 A; 5JP7 A; 5L3V A; 3EFO B; 4U5D E; 2W45 A; 2ZXP A; 3U0C A; 2QTV A; 4DOZ A; 1RXQ A; 4CDA A; 4C7O B; 2D5R B; 2LP4 A; 3MYF A; 3MX3 A; 2HMQ A; 4U5B E; 1QQ3 A; 4IAQ A; 4IAO A; 4J30 B; 4XEF A; 1M2V B; 2IM8 A; 2W4M A; 3EG9 B; 3ZVR A; 1A41 A; 4IRU A; 3TD7 A; 2WB7 A; 2OCC C; 5CIV A; 1JOG A; 2OJE D; 3NYL A; 5JUA A; 3IQT A; 3G4Z A; 4FWV A; 3ITF A; 4QI2 A; 2J8W A; 4RDA A; 4MVS A; 4HEA J; 5KYY A; 1WOL A; 4LDQ A; 3S27 A; 3ABM C; 5KYU A; 4A2N B; 4BJ6 A; 1V55 C; 2L6H A; 3QVY A; 1OQC A; 3AQB A; 5COF A; 2WVO A; 3NYM A; 3KPH A; 3SXZ A; 2YQY A; 4MND A; 2LIG A; 3U8V A; 2R03 A; 4E7Z A; 3TJ5 A; 1DOV A; 4HE8 D; 1Q0F A; 2R9R B; 4LER A; 4OD5 A; 3AG2 C; 3SZR A; 3MLG A; 1ZHZ A; 3E70 C; 5DQT A; 5F5F A; 3V5Y A; 1MNE A; 1SF8 A; 1NZE A; 2OJQ A; 1TWG A; 5F5H A; 1ZHW A; 1TR2 A; 4QI0 A; 1LKX A; 3EH2 A; 4MS2 A; 4D4X A; 3S28 A; 4JJF A; 1H9G A; 1M57 C; 1Q0G A; 1NU7 D; 1ZW3 A; 5KYU B; 1ZHX A; 3FXH A; 5T3T A; 4CIP A; 5A6B D; 2OEV A; 3GEH A; 3V5X A; 4XWJ A; 1VK5 A; 1WAT A; 3M4B A; 3SXM A; 1ZW2 A; 2J7P D; 4KNV A; 4U5F E; 3V7O A; 4AK9 A; 5CI8 A; 5BQI A; 1TWH A; 2VCA A; 5DVW A; 5JSL A; 2I8B A; 2Q00 A; 2P61 A; 4LAC B; 2G62 A; 4JW1 A; 3UMH A; 3E9V A; 3EQL F; 1I4Y A; 3ZQY A; 5T3W A; 5E33 A; 1ZU5 A; 2HSQ A; 5CI9 A; 1O5H A; 5BQG A; 3U3B A; 1DOW A; 4K1O A; 1OR3 A; 3ZTZ A; 2A0B A; 2PNO A; 4L6R A; 1BR4 A; 3HNJ A; 4GEH A; 1BZ4 A; 1NFN A; 5DQZ A; 2B0J A; 4EWC A; 3EHM A; 5E3A A; 1T9K A; 2DYS C; 4DVZ A; 2HZ8 A; 4BEJ A; 4N6H A; 1HMO A; 3T6G B; 1QVX A; 3UMK A; 1QPU A; 4DBR A; 2NUT A; 4PJL A; 1Q0K A; 2L6G A; 4MVO A; 4ANJ A; 3C8G B; 4YT5 A; 3ABK C; 2NSG A; 4U5E E; 4AE4 A; 4BPM A; 3ZQV A; 2EIK C; 4Z9I A; 5B3S C; 4JE9 A; 2ZXR A; 2PX3 A; 1JMW A; 4OD4 A; 3ZWI A; 1GS9 A; 4ZLD A; 1YDI A; 4YL3 A; 1IW7 F; 1VYK A; 1PD0 A; 3NMJ A; 1FAP B; 1M56 C; 4ZLC A; 2XM4 A; 3LNM B; 4YL1 A; 1E83 A; 3JT1 A; 2WZL A; 1H6G A; 4KI2 A; 1JAF A; 2NUT B; 3R2P A; 3WG7 C; 3KL4 A; 1YZA A; 3ZSU A; 3KMI A; 2NPU A; 3HNI A; 2XXA A; 4E18 A; 1D0Z A; 3NMK A; 2HKV A; 4O79 A; 3T6B A; 4PFO A; 1OKK D; 1LIH A; 2R7T A; 2YZS A; 2B0H A; 1E85 A; 1V74 B; 3LS0 A; 3OEO A; 4DXW A; 3IHU A; 5DS6 A; 5BUO A; 1LVK A; 2R7U A; 2HFI A; 2CNW D; 5COG A; 1EA8 A; 4MTG A; 4XQ1 A; 2L6F A; 5L0I A; 2QY9 A; 3X2Q C; 3GWN A; 3DJU B; 3UGO A; 1MMD A; 2L81 A; 2LCH A; 5A6K A; 1LI7 A; 1R5I D; 3Q6M A; 4G0H A; 3GWL A; 5DS4 A; 1KU2 A; 1VYI A; 2Q4F A; 3IQ5 A; 5KYX A; 2XL4 A; 3M4C A; 1D0Y A; 3W8H A; 2OKU A; 2XLO A; 1WN0 A; 2A6E F; 3QMK A; 1PV3 A; 2YRF A; 4JRZ A; 3QW1 A; 1FNT c; 1G8X A; 1YAR O; 2H7O A; 3L8J A; 4AL0 A; 2J0W A; 2VB6 A; 2Y39 A; 3ZC4 A; 2XLV A; 3IQC A; 2AWC A; 2E87 A; 3MFN A; 3RYL A; 3U9M A; 5A69 A; 5JRA A; 2W4B A; 3R7C A; 3AG4 C; 3LJB A; 1HY5 A; 3TQO A; 1TQG A; 2KW3 C; 1Z7Q c; 3LUT B; 4XLN F; 1I5N A; 1Y6D A; 4U5G A; 3B0V C; 2GWW A; 3UNG C; 2C04 A; 2KGO A; 2NG1 A; 3CAX A; 1G4U S; 1OW6 A; 3KYJ A; 2XLW A; 3S9O A; 3U8P A; 1O3U A; 4W8K A; 2VCB A; 3B29 A; 5T1D B; 2LK4 A; 2NUP A; 1FFH A; 1T6I A; 4JVS A; 3J06 A; 3B0U X; 4E0I A; 4MTO A; 3NKD A; 3UGP A; 2ETS A; 2VCC A; 1AEP A; 2LD6 A; 3TOM A; 2GA0 A; 2PFD A; 2CYD A; 1GQA A; 1OCO C; 3FAP B; 3Q7L A; 1L7C A; 4U5C E; 4OIO F; 2IOQ A; 2J9U A; 3DAG A; 1GGQ A; 3M15 A; 3L0I A; 1E84 A; 2L9J A; 2J45 A; 4U5H A; 4G7Z F; 2R7X A; 3O10 A; 3GM2 A; 3LEV A; 4CS9 C; 4BG0 A; 1T5O A; 3W2V A; 1JR8 A; 2IBF A; 2GFH A; 2AP3 A; 5AGF A; 3EGX A; 1ZVZ A; 2NUP B; 2AVK A; 3N0T A; 3O55 A; 4A4A A; 1U6H A; 1D0X A; 1A7D A; 4EUK B; 5L0H A; 2WZG A; 3ABL C; 4RD9 A; 2IXN A; 3H2U A; 1RKE A; 2FGY A; 3CQZ A; 4OIQ F; 2A6H F; 5EHH A; 5L0F A; 1VB5 A; 2J9W A; 1EQ1 A; 3K1I A; 2R7Q A; 3JYY A; 3JZ0 A; 4GQH A; 3T4R A; 3S0X A; 3L1M A; 2KSF A; 3NKE A; 3B71 A; 4CJO A; 4YT8 A; 3H2V A; 2VC9 A; 4J32 B; 2Q9A A; 3EGX B; 2MYS A; 2PF4 E; 1NLX A; 3AGT A; 1ZU4 A; 1OW7 A; 4CS9 A; 5KYY B; 1OXB A; 3LNR A; 1RKE B; 2PBE A; 3OWT A; 3WAQ A; 3WOD F; 5IY5 C; 5L0D A; 1SZI A; 5L0C A; 2AU5 A; 3HNK A; 4JEB A; 3Q7G A; 2HJ3 A; 2Y3D A; 4I1M A; 1VOM A; 2R25 A; 4NY3 A; 3V5Z A; 1YA7 O; 2VH3 A; 2YL1 A; 3VF0 A; 4CS8 C; 3WHN A; 2R7V A; 1TKN A; 1VLT A; 5L0J A; 2GDC A; 1IZM A; 1FTS A; 1BDJ B; 2EPK X; 1K04 A; 2XLH A; 3HNL A; 2P1A A; 4O6N A; 4RBN A; 4DJ9 A; 4CSA A; 4HFF B; 3JYH A; 3SEO A; 3JTL O; 1SMY F; 4DBQ A; 3PDM P; 3M1C B; 4LLE A; 2A68 F; 2UUI A; 1G5Z A; 1F1M A; 1FFT C; 1U89 A; 2C03 A; 3I4U A; 4WGZ A; 4YL0 A; 3EPV A; 3FHD A; 2JX0 A; 2P6V A; 3GOR A; 1ST6 A; 3JSE O; 2DYR C; 4WAB A; 1ZHT A; 3U9J A; 3I5Q A; 1LM3 B; 4OIN F; 4U9D A; 4B6I A; 1K05 A; 1O87 A; 5COM A; 4CJG A; 1GM5 A; 2KK1 A; 2Y3H A; 4Z9H A; 2YL7 A; 5JS5 A; 5EK0 A; 3RH3 A; 3B9Q A; 3VYW A; 2V3C C; 2P0N A; 5A6A A; 1M6T A; 3RVY A; 2HJM A; 3W8I A; 4XPY A; 2G3K A; 1WGW A; 1LE2 A; 4CS8 A; 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1RMV A; 1E2X A; 4ONS A; 2H7V C; 1TFK B; 2XS1 A; 3A11 A; 4MVU A; 3AGU A; 2OOC A; 2R05 A; 3VRC A; 3DM5 A; 4EHP A; 2XL6 A; 5KYX B; 1MMG A; 3HKK A; 4DVY P; 4MVR A; 3F47 A; 4JC7 A; 2R7O A; 2YEV A; 1Q0M A; 1ORS C; 2YWA A; 1YVI A; 4UDV A; 5DLJ A; 2YKZ A; 1HW1 A; 4BJ5 A; 2YLG A; 1A0B A; 3DAF A; 2Y69 C; 3RQF A; 5A6J A; 3TUL A; 3K1I C; 5A6B A; 2KC3 A; 4JCZ A; 3T9O A; 4OIR F; 1C17 M; 2J7P A; 3EGD A; 3JCU Q; 2CW0 F; 2QE9 A; 1RJ9 A; 3EZI A; 2L7A A; 5KYN A; 3KYI A; 2R02 A; 3EFO A; 3LS1 A; 1KTM A; 1AUE A; 3FAJ A; 1Y4C A; 4F4B A; 3RQE A; 1FMV A; 1WTY A; 3QZC A; 5D92 A; 4ULW A; 2X0C A; 1C02 A; 5L3Q A; 4O6Y A; 3DM9 B; 4DRH B; 4C7O A; 1G4W R; 1Z23 A; 4WGY A; 3T6J A; 4X0R A; 4XEK A; 1BBH A; 4GYT A; 4I44 A; 2FFH A; 1XWJ A; 1QLE C; 1CGO A; 1K40 A; 2ZXW C; 3EGD B; 3NYJ A; 3O6X A; 2QLA A; 2Q7R A; 3QVZ A; 3EJN A; 4G78 A; 4J7Y A; 1RCP A; 1RKC A; 2LSE A; 1BR2 A; 4K7B A; 4CSA C; 5JVE A; 4PFP A; 5JT4 A; 3G4X A; 3U2M A; 5L0G A; 3QW0 A; 4N4W A; 1ORY A; 5F28 E; 3SYN A; 3ATP A; 2XL8 A; 4MTF A; 3RF3 A; 3GM3 A; 4EBJ A; 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