The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
454
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structure length |
395
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Chain Sequence |
YRYEVLTAEQILQHMVECIREVNEVIQNPATITRILLSHFNWDKEKLMERYFDGNMPCQICYLNYPNSYFTGLECGHKFCMQCWSEYLTTKIMEEGMGQTISCPAHGCDILVDDNTVMRLITDSKVKLKYQHLITNSFVECNRLLKWCPAPDCHHVVKVQYPDAKPVRCKCGRQFCFNCGENWHDPVKCKWLKKWIKKCIAANTKECPKCHVTIEKDGGCNHMVCRNQNCKAEFCWVCLGPWEPHGSAWYNCNRYNRSRAALQRYLFYCNRYMNHMQSLRFEHKLYAQVKQKMEWIEVQFLKKAVDVLCQCRATLMYTYVFAFYLKKNNQSIIFENNQADLENATEVLSGYLERDISQDSLQDIKQKVQDKYRYCESRRRVLLQHVHEGYEKDLW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Structure of HHARI, a RING-IBR-RING Ubiquitin Ligase: Autoinhibition of an Ariadne-Family E3 and Insights into Ligation Mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
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| total genus |
113
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| structure length |
395
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| sequence length |
454
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.31: RBR-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2013-04-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01485 | IBR | IBR domain, a half RING-finger domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KBL A; 4KC9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EPN A; 3RKO F; 3SNH A; 4U5E E; 4E7S A; 3O6X A; 3JCU Q; 1J8Y F; 2C04 A; 1SR2 A; 3LUT B; 2L6G A; 4JTC B; 4PK4 A; 4MVR A; 3TJ5 A; 3TK0 A; 4LLC A; 2R25 A; 1M57 C; 1QKR A; 3HTK C; 4G78 A; 4AX2 A; 1ZHW A; 3WHN A; 3KYI A; 4PFO A; 2XLW A; 2VH3 A; 3AG2 C; 3DAF A; 3ASO C; 1WN0 A; 4J32 B; 2XM0 A; 3TOM A; 4N6H A; 1BDJ B; 1PD1 A; 2LK4 A; 3O10 A; 1GS9 A; 3IQT A; 3UGO A; 2NUP B; 3S90 A; 1FAP B; 1O3U A; 3MX3 A; 3C63 A; 1V4A A; 4JUR I; 2Q7R A; 3CSK A; 4RDA A; 3U8P A; 4QI0 A; 3KH2 A; 2R7Q A; 4XEF A; 4HFF B; 2PFD A; 3PMR A; 3T6G B; 4D4X A; 3Q7G A; 5AC5 A; 3G4X A; 5COG A; 4M63 A; 1I4Z A; 1WAT A; 4CS9 A; 5DQT A; 5F5H A; 5T3W A; 3AG4 C; 3ZVR A; 4EBB A; 3AG1 C; 4LAC B; 2HKV A; 3B29 A; 4KNV A; 4ZLD A; 1EQ1 A; 1QPU A; 3K66 A; 3MFN A; 1FMW A; 2FGY A; 4CX9 A; 1ZVZ A; 2YL1 A; 2J9W A; 1CPR A; 4MW8 A; 2HSQ A; 1SZI A; 4YN0 B; 4F4B A; 2J9B A; 1ZU4 A; 1MQV A; 4A2N B; 4YT5 A; 4D4N A; 4ONS A; 3UMI A; 2Q3T A; 4N06 A; 3ECS A; 2CYD A; 4BJ5 C; 4ZLC A; 5A6A A; 2J7P D; 1R5I D; 4GEH A; 4JEB A; 2W4B A; 3VAY A; 1D0X A; 4CBE A; 2LQG A; 3I5Q A; 3SXY A; 3NRH A; 1MMA A; 1GM5 A; 1A0B A; 1LS4 A; 1KU2 A; 1B68 A; 5GPG B; 3WG7 C; 5A6K A; 5EHH A; 3LEV A; 5EK0 A; 1E84 A; 4Q5S F; 3B9Q A; 1RJ9 B; 4U9D A; 4AE4 A; 3E9V A; 5CI9 A; 2WZF A; 4QDL A; 2PX3 A; 4PJN A; 5DS5 A; 1SF8 A; 1EA8 A; 2KSF A; 2Y39 A; 3G50 A; 4U5C E; 1VLS A; 1A7D A; 4IGG A; 1FFH A; 1VYI A; 2A1D D; 4EIY A; 3M4B A; 3OWT A; 2AWC A; 1O5H A; 4GYT A; 2OKU A; 4ANJ A; 1K40 A; 2R7S A; 2WVN A; 2A0U A; 2R03 A; 4LDK A; 3TD7 A; 3FOO A; 3W2W A; 5JS5 A; 5A6B A; 1YZC A; 2OG2 A; 1APC A; 4AL1 A; 3SXZ A; 4CJO A; 2EIM C; 2OEV A; 1K05 A; 3I5P A; 2DB4 A; 4IAO A; 1DOW A; 1RKC A; 3ZIB A; 5A6B D; 5TJ5 E; 1NZE A; 2A6E F; 1ZYR F; 5A6J A; 4Z9J A; 2YKZ A; 2NG1 A; 2QNL A; 2Y3G A; 3LS0 A; 3DXJ F; 5B3I A; 3DMD A; 5KYU A; 2M4E A; 3GOR A; 4MTO A; 4U5H A; 1CGO A; 2AVK A; 4IB4 A; 2J45 A; 2W9Y A; 2HJM A; 5L3V A; 1HE1 A; 1HMD A; 3F46 A; 3PHF 2; 3EFO A; 2PX0 A; 3QVZ A; 1VYK A; 4IAQ A; 2ZD9 A; 4ER9 A; 4DVY P; 3GM2 A; 1U6H A; 3RQF A; 1Z5Z A; 1ORY A; 2KNH A; 1AEP A; 2KW3 C; 2H8A A; 1OCO C; 2J0W A; 2WL8 A; 3EPV A; 3EQL F; 1JR8 A; 1HY5 A; 3A9C A; 1LE2 A; 1Y6D A; 3GM1 A; 4CSA C; 2MHR A; 4CS7 A; 3MBG A; 3JZ0 A; 3HNI A; 2KGO A; 3RIP A; 1XZP A; 2YL7 A; 5L0I A; 3KPH A; 1JOG A; 1V55 C; 4PJL A; 3TJ6 A; 4MTF A; 3LES A; 2XL6 A; 1VK5 A; 3EJN A; 3B71 A; 3GM3 A; 3VM6 A; 3C7J A; 3VYW A; 3M79 A; 4XQ1 A; 1I5N A; 5D91 A; 4EBK A; 3SXM A; 1AVO B; 3UNG C; 5DS4 A; 5E3A A; 3HNK A; 1JMW A; 3U2M A; 3W8I A; 4BJ6 C; 2ZXP A; 3LEO A; 3NMI A; 5L0F A; 3US6 A; 1YYX A; 3K1H A; 3U2L A; 1ZZP A; 2I8B A; 3ITF A; 5KYW A; 2IXP A; 2XXA B; 1V54 C; 3C8G A; 2H7O A; 2HZ8 A; 1WWP A; 1MMN A; 1YA7 O; 2Z15 A; 1NSG B; 1DOV A; 3GWN A; 2P1A A; 3K1I C; 3C18 A; 3RF3 A; 2J9U A; 2ETS A; 3VRC A; 3S28 A; 4QI2 A; 4UDV A; 2IOQ A; 3L1M A; 2YLD A; 1CGN A; 1NLX A; 1ORS C; 3L0I A; 3DAG A; 3DM5 A; 3EG9 A; 256B A; 2JX0 A; 2O9X A; 3V5X A; 3ABL C; 3W2V A; 3AOU A; 4YL3 A; 2YL0 A; 3TUL A; 4O6Y A; 3RH3 A; 3X1O A; 3EHN A; 1OKK D; 4C7O A; 1WOL A; 3IQ6 A; 2NUT A; 2YQY A; 4KC9 A; 1NFN A; 3UGP A; 2HMQ A; 1O87 A; 4P9T A; 5DQZ A; 4E0I A; 4JKV A; 5KYX B; 2A69 F; 3NMK A; 4PJM A; 3JRT A; 3ZWI A; 4CDY A; 2TMV P; 3WOD F; 4WGZ A; 4G0H A; 3FDQ A; 1Z63 A; 4XPW A; 5EGY A; 4G7H F; 1T6I A; 2EIL C; 3HJC A; 1YAR O; 2YLG A; 2Q00 A; 4LLE A; 4ULV A; 4JVS A; 2KC3 A; 4OIO F; 1FNT c; 2XRH A; 2BC5 A; 3S0X A; 3C8Z A; 1PCX A; 2J46 A; 1G4W R; 4MND A; 2C03 A; 3GEE A; 4JTD B; 1H6G A; 4MS2 A; 4XLN F; 2YL3 A; 3DKA A; 3NYJ A; 1LVK A; 4NTA A; 4C3E A; 2GFH A; 4U5F E; 3LNM B; 5IY5 C; 3V5Z A; 4A4A A; 5F5F A; 1OW8 A; 1WGW A; 3ABM C; 4XEV A; 4WJ0 A; 2QY9 A; 2FFH A; 1QVX A; 4CJG A; 3MLG A; 2PP4 A; 3U8V A; 4WAB A; 5FCL A; 2R05 A; 1RMV A; 2LFF A; 4U5D E; 4OIR F; 5JUA A; 2XLH A; 1U89 A; 1YA9 A; 3S84 A; 2XLD A; 2Q9B A; 1TFO B; 2HV7 A; 4JJG A; 3U5S A; 2IBF A; 4BJT A; 3C62 A; 4H54 A; 5HSW A; 2M64 A; 2V3C C; 4MVM A; 1FTS A; 2UUH A; 4DRI B; 2HSB A; 2CCY A; 2E87 A; 3H2U A; 3WAQ A; 3NYM A; 2XL4 A; 3H2V A; 1PV3 A; 2DI3 A; 1MNE A; 3K1I A; 4ULW A; 4NQF A; 1G5Z A; 3IPM O; 1OXB A; 3UR3 C; 2J9V A; 3PCV A; 4YL1 A; 2QLA A; 4MW3 A; 2CNW A; 4KBL A; 4YL0 A; 4AK9 A; 3AJM A; 3NG1 A; 2DYR C; 1U0B B; 2L9J A; 1A7V A; 3Q6N A; 5KYY A; 1H7I A; 2OOC A; 4JZA A; 3NKE A; 2A0B A; 2PF4 E; 1YVI A; 3JYH A; 1M2O A; 4PAC A; 4E18 A; 2R7V A; 2RSE B; 3RW0 A; 2NSF A; 2P7V A; 1ZHT A; 1LE4 A; 2OQM A; 1QZX A; 3AGT A; 3L8I A; 4MTG A; 4DRH B; 1QLE C; 3IHU A; 3ZQY A; 4B6I A; 1TQG A; 4P6I C; 1MMG A; 2XS1 A; 5JRA A; 1Y4C A; 3CAX A; 1JPN A; 3R2P A; 3DJU B; 1BR1 A; 2KK1 A; 4E7Z A; 4XLP F; 1Q0K A; 1D0Z A; 2JPU A; 2X51 A; 5DVW A; 3ZG1 A; 2YVK A; 1RKE A; 2EIN C; 3PDM P; 1R4T A; 2VB6 A; 4NTB A; 1M56 C; 5L0C A; 2LSE A; 4U5B E; 3TOL A; 2IXN A; 3L34 A; 2IYL D; 1Z3I X; 4I1O B; 5E3C A; 4AL0 A; 1ZHX A; 1ORJ A; 2XS8 A; 1TFK B; 5FZT A; 4E0H A; 2LP4 A; 3ZTM A; 2XLO A; 2VCC A; 2MWQ A; 1OXK A; 2Y69 C; 3NMJ A; 2D4U A; 2D5R B; 2Q4F A; 4W8P A; 3IEE A; 3POV A; 5A69 A; 2HUJ A; 2R9R B; 2L81 A; 1E86 A; 5JSL A; 5JP7 A; 2W45 A; 5AC4 A; 4KNW A; 4AE4 B; 3U3B A; 2GDC A; 2YRF A; 4K1O A; 4OD5 A; 4J7T A; 2LIG A; 4YT2 A; 3FVY A; 3M15 A; 1C03 A; 4XEK A; 3JSE O; 3K6B A; 5E33 A; 5JVE A; 2VCB A; 4JCH A; 5CIV A; 3EGD A; 3O39 A; 1MND A; 1ZHY A; 3U0C A; 2ZXO A; 4NCQ A; 4NTF A; 4O79 A; 5L0J A; 4WGY A; 4JRZ A; 5E2Q A; 3ZQV A; 1MMD A; 1IZM A; 2EPK X; 2WZL A; 2FAP B; 5F28 E; 4BJ5 A; 3QW0 A; 4G7O F; 2OEX A; 1M2V A; 3FAJ A; 1ST6 A; 4K0D A; 5CI8 A; 4DVZ A; 1RXQ A; 1PD0 A; 3B0P A; 2AWY A; 3HKK A; 5D92 A; 1ZHZ A; 2YWA A; 3SXK A; 3VF0 A; 5KYU B; 1Q0D A; 1HMO A; 3BRJ A; 3LS1 A; 3B0U X; 1WTY A; 3CEX A; 2AU5 A; 4FES A; 3RQE A; 1E85 A; 1WAS A; 3EH1 A; 3CZ6 A; 1J8M F; 3EFO B; 3JYY A; 3Q7L A; 4JE9 A; 3T4R A; 2R7T A; 2WZG A; 1NBB A; 4XPY A; 2NSG A; 1KTM A; 3M4C A; 2DYS C; 1D1B A; 1RCP A; 2J8W A; 3I4U A; 3ZSU A; 3C8G D; 4MVZ A; 4MVO A; 3EGX A; 3L8J A; 1UG7 A; 4PR9 A; 1QQ3 A; 3F47 A; 4PJJ A; 4OIN F; 5JLI A; 3FXH A; 1C02 A; 4LDR A; 3CQZ A; 4CS9 C; 4H4K C; 3OA1 A; 2P61 A; 3O55 A; 3LAY A; 1LM3 B; 2B0H A; 1GQA A; 1M2V B; 1T6Q A; 3JSZ A; 4DOZ A; 2XLE A; 4JEA A; 4O6N A; 4Q4Z F; 3J06 A; 4JJF A; 3JTL O; 2Q9C A; 3HNL A; 1LI5 A; 3DJN B; 4JC7 A; 2WVQ A; 4C3B A; 4CDA A; 1Q0F A; 1VOM A; 3B0V C; 5COM A; 5B1A C; 4O7G A; 4MVQ A; 3SZR A; 3N24 A; 1F1M A; 2ZPA A; 3LNR A; 1K04 A; 1TWG A; 4X0R A; 5KYW B; 4OIQ F; 1QSP A; 1L3P A; 2EPO A; 3ABK C; 3C8G B; 4Z9I A; 1YDI A; 3AQC A; 2L6F A; 3MYF A; 2KQ9 A; 4HEA J; 2NUP A; 4YK5 A; 1OR2 A; 3K33 A; 3H65 A; 5COF A; 2KYH A; 2V26 A; 4EHP A; 3QVY A; 4NC3 A; 2NPU A; 1G4U S; 2DGJ A; 2KJG A; 1A41 A; 2AP3 A; 3DZA A; 3DM9 B; 2ICW G; 3EG9 B; 3G4Z A; 4I1M A; 4CSA A; 3NYL A; 3S9O A; 1TWH A; 1Z23 A; 2PNO A; 2ZXR A; 3FOP A; 2HS5 A; 2W4M A; 2Y3B A; 4XPX A; 3M1C B; 2XLM A; 3Q6M A; 2WVO A; 2WB7 A; 3LLI A; 4C7O B; 4BEJ A; 2NUT B; 3FMS A; 2OJQ A; 2ZXW C; 1EI7 A; 3ZDL A; 2IM8 A; 4EUK B; 1YJG A; 3MYI A; 3X2Q C; 5JT4 A; 2CDQ A; 4YJW A; 4BJ6 A; 1OQC A; 2B0J A; 4MVS A; 4IAR A; 3DI5 A; 2X0C A; 2XLV A; 4MQ9 F; 1TKN A; 2EPL X; 4U5G A; 2EIK C; 5BQI A; 3OEO A; 3FHD A; 3KKB A; 3GWL A; 4KI2 A; 4N6C A; 1D1C A; 4C3D A; 1H9T A; 1FR0 A; 2VCA A; 2R7O A; 4CDV A; 1W2W A; 2Y3D A; 5T3T A; 2MYS A; 4R32 A; 2CNW D; 2OU6 A; 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2HJ3 A; 3QZC A; 1ZU5 A; 2GWW A; 2HV6 A; 1E83 A; 2QE9 A; 3U3F A; 4FWV A; 4FAP B; 1TWC A; 3UMK A; 1HW2 A; 4N4W A; 3LJB A; 1LS1 A; 3S27 A; 5BUO A; 5L3Q A; 2CGE A; 2VAS A; 1OCZ C; 5T1D B; 3SP1 A; 1T9K A; 1OR3 A; 3GEH A; 3RFY A; 3ZC4 A; 3T6B A; 1YAU O; 2R02 A; 4CS8 A; 1EKY A; 5L0G A; 1JPJ A; 2XXA A; 1YZA A; 1AUE A; 4DRJ B; 3GOD A; 1T01 A; 3ASN C; 4MVU A; 3IQ5 A; 2LFD A; 4E17 A; 1HE9 A; 4Q7C A; 3AQB A; 4JTA B; 4L6R A; 5BQH A; 4DBR A; 3LLK A; 2JD3 A; 1L7C A; 3SYN A; 3HNJ A; 3EGD B; 1LI7 A; 2CW0 F; 2G3V A; 3IQC A; 4EKW A; 1SYQ A; 4DBQ A; 5KYN A; 1NU7 D; 1TR2 A; 4W8K A; 5L0H A; 3KMI A; 2YLI A; 1OCR C; 2L6H A; 3HLZ A; 2GAQ A; 2LCH A; 3QW1 A; 2EPM X; 4RD9 A; 2OCC C; 5KYX A; 4P9F A; 5DS6 A; 2G3K A; 1UFB A; 1LIH A; 2P0N A; 1M6T A; 2Q9A A; 2I15 A; 1OW7 A; 3FAP B; 4JIO A; 5BQG A; 3SEO A; 1G8X A; 1SMY F; 4BEM J; 1T5O A; 4LER A; 1JRA A; 2EIJ C; 1BR4 A; 1YLM A; 1N1C A; 1XZQ A; 3JRM O; 3T6J A; 4CIP A; 3R7C A; 2A68 F; 1D0Y A; 1A7E A; 4XWJ A; 2UUI A; 3V5Y A; 3W8H A; 2Y3H A; 2A6H F; 1VLT A; 2IXO A; 2R7W A; 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