The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
106
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sequence length |
345
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structure length |
345
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Chain Sequence |
MDIEFMRILHTSDWHLGQNFYSKSREAEHQAFLDWLLETAQTHQVDAIIVAGDVFDTGSPPSYARTLYNRFVVNLQQTGCHLVVLAGNHDSVATLNESRDIMAFLNTTVVASAGHAPQILPRRDGTPGAVLCPIPFLRPRDIITSQAGLNGIEKQQHLLAAITDYYQQHYADACKLRGDQPLPIIATGHLTTVGASKSDAVRDIYIGTLDAFPAQNFPPADYIALGHIHRAQIIGGMEHVRYCGSPIPLSFDECGKSKYVHLVTFSNGKLESVENLNVPVTQPMAVLKGDLASITAQLEQWRDVSQEPPVWLDIEITTDEYLHDIQRKIQALTESLPVEVLLVRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for DNA recognition and nuclease processing by the Mre11 homologue SbcD in double-strand breaks repair.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Exonuclease subunit SbcD
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| total genus |
106
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| structure length |
345
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| sequence length |
345
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SU1 A; 3C5W C; 5JJT A; 2NXF A; 3RQZ A; 2XMO A; 4ORC A; 2NYM C; 3JYF A; 1OI8 A; 1Z2W A; 4IYP C; 1USH A; 1KBP A; 4LU9 A; 2Z06 A; 1U32 A; 4H1Y P; 4XPN A; 3QFO A; 4V0V A; 3DSD A; 5C1V A; 3FGA C; 4DSY A; 3H64 A; 1M63 A; 4H2G A; 3AV0 A; 3H68 A; 4M0V A; 2GJU A; 4UT3 B; 3AUZ A; 3V4Y A; 2R17 A; 3H66 A; 3KBP A; 4NZV A; 1NNW A; 1XM7 A; 4O5G A; 2KKN A; 5IOH A; 3E7A A; 5HPE A; 1JK7 A; 2WDC A; 2Q8U A; 2NYL C; 2O8A A; 5J28 A; 1HP1 A; 1HO5 A; 3QG5 C; 3TGH A; 3HVQ A; 1HPU A; 2QJC A; 4O4K A; 4ZVZ A; 3P71 C; 2Z72 A; 3H61 A; 4ORA A; 4KBP A; 4V0W A; 2USH A; 4H2F A; 4TUG A; 4V0X A; 1QFC A; 1OID A; 5B8I A; 5DNY A; 2HYO A; 3RL5 A; 4UWQ A; 3IVD A; 5GTU A; 1IT6 A; 2QFP A; 3QFN A; 3IVE A; 4MOV A; 1V73 A; 1W24 A; 2WDF A; 1Z2X A; 4I5N C; 4DT2 A; 3EGG A; 3IB8 A; 4UT2 A; 3ZU0 A; 4TUI A; 4H2I A; 2BCD A; 2IE3 C; 1TCO A; 4ZX2 A; 1II7 A; 2AHD A; 5JPE A; 3GVE A; 1OIE A; 2HY1 A; 4J6O A; 1S3M A; 3THN A; 4JA7 A; 3RL3 A; 1WAO 1; 2IE4 C; 4YKE A; 1WAR A; 3T1I A; 1G5B A; 5JPF A; 3C9F A; 1S3N A; 2NPP C; 2YVT A; 4JA9 A; 1S95 A; 2ZBM A; 4FBK A; 4O43 A; 4H2B A; 4OR9 A; 3DW8 C; 1QHW A; 3H63 A; 4Q7F A; 1AUI A; 2A22 A; 4FBQ A; 4WWL A; 1FJM A; 3QFM A; 4I5L C; 1T71 A; 2BQ8 X; 3ICF A; 1S8E A; 4H1S A; 3DSC A; 2DFJ A; 4F0Z A; 3H62 B; 4LTY A; 3H69 A; 2CV9 A; 3K7W C; 3EGH A; 4FCX A; 2HYP A; 3PSN A; 2WDE A; 3H67 A; 3K7V C; 3N5U A; 4KKZ A; 1T70 A; 3THO B; 4G9J A; 3ZTV A; 4O24 A; 1MF8 A; 3E7B A; 4UT3 A; 2JOG A; 4IL1 A; 4MOY A; 5F3W A; 1S70 A; 2IAE C; 4B2O A; 5INB A; 4LAC C; 3LL8 A; 3H60 A; 2O8G A; 2BDX A; 3IB7 A; 1XZW A; 2P6B A; 3PSO A; 2QFR A; 3QFK A; 4FBW A; 5EQV A; 4MP0 A; 1UF3 A; 3RL4 A; 4ORB A; 4DHL A; 1UTE A; 2WDD A; 3CK2 A; 1S3L A; 4HD0 A; 2Z1A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4P78 A; 4F6M A; 2LBS B; 4ORC A; 3ADI A; 2NYM C; 1FKA E; 2YTQ A; 1QU6 A; 2YT4 A; 3BID A; 3OTO E; 1ZAA C; 3VYX A; 1KBP A; 1MEY C; 1U32 A; 2EPU A; 1WHQ A; 2WBU A; 5A6J A; 2EMZ A; 2DIX A; 4X62 E; 1M63 A; 3AV0 A; 5LL6 R; 2DXL A; 1NCS A; 4M0V A; 1DQ3 A; 2N8X A; 4OX9 E; 2HJJ A; 5AAS A; 2L3J A; 2J7J A; 2GJU A; 1PJS A; 3BGH A; 2R17 A; 4MLQ A; 5KL4 A; 3KBP A; 1T4N A; 3C6K A; 1GZ6 A; 4DV1 E; 1N33 E; 2RSI A; 2EOQ A; 2WDC A; 3TQM A; 2LJH A; 2O8A A; 2EM9 A; 4GKJ E; 3TGH A; 4ZYG A; 2JWO A; 3P71 C; 2EPN A; 5KL5 A; 3H61 A; 1N34 E; 2ELZ A; 5LMU E; 1UHZ A; 4V0X A; 2ODR C; 1QFC A; 1OID A; 2V87 A; 1YYK A; 5B8I A; 2B9D A; 1G2F C; 1N36 E; 2KHX A; 2ELY A; 5GTU A; 1IT6 A; 3ZOQ B; 3QFN A; 2RS6 A; 1SR9 A; 3C4B A; 1HNZ E; 1W24 A; 3D03 A; 2EN4 A; 3BBG A; 2WDF A; 4I5N C; 2FTX B; 4DT2 A; 4H2I A; 2LE2 A; 4DR7 E; 2ZM6 E; 4ZX2 A; 4BHC A; 1L4S A; 1OIE A; 2EMH A; 2HY1 A; 3OML A; 2YPN A; 5KL6 A; 3F6G A; 1GTK A; 2JXP A; 4B3S E; 4JA7 A; 3RL3 A; 1HNX E; 5LMN E; 2EWL A; 4DV6 E; 5JPF A; 2YVT A; 4NXM E; 1S95 A; 2ZBM A; 4FBK A; 1WRJ A; 5KL7 A; 2EN3 A; 1AUI A; 4FBQ A; 1KYQ A; 1BB8 A; 2E72 A; 2NA2 A; 2F8B A; 2LMZ A; 2VQF E; 2BQ8 X; 2ODR D; 2DFJ A; 2EP3 A; 2K4V A; 2MC5 A; 3DJW A; 4F6N A; 2CT1 A; 5AE1 A; 2UXD E; 2UXB E; 2WDE A; 3H67 A; 3PSN A; 2KON A; 4X64 E; 1TN9 A; 4KKZ A; 4YY3 E; 3THO B; 2JOB A; 1N32 E; 2A25 A; 3E7B A; 2B7V A; 4DR3 E; 5INB A; 3IWD A; 5AC5 A; 2EOY A; 4LAC C; 2N3G A; 4Q35 B; 4DR1 E; 2YTI A; 1T4L B; 2EOO A; 1G2D C; 1O0W A; 1FJG E; 1XZW A; 2EPZ A; 4ZYD A; 4RH8 A; 2EM6 A; 2WZO A; 1X6H A; 2G7H A; 1UF3 A; 1X49 A; 1IBK E; 2EM2 A; 4F9A B; 2EM4 A; 2EMK A; 1PDA A; 2M9A A; 2DMI A; 4JI5 E; 4LF9 E; 2V89 A; 5JJT A; 2EPK X; 2EMA A; 2XMO A; 2RQL A; 2B3T B; 4R03 A; 1T38 A; 2BBG A; 4IYP C; 1X47 A; 2EOE A; 1ZR9 A; 4BBY A; 4DV4 E; 1P47 A; 2EOM A; 2EQ1 A; 4V0V A; 3FGA C; 4NHR A; 2UUC E; 3H64 A; 1J5E E; 4DMI A; 4LFB E; 4B3T E; 1X3C A; 2EMG A; 4BHB A; 1XNR E; 1RMD A; 3AUZ A; 2M1S A; 3H66 A; 2EE8 A; 4R2R A; 3E0J A; 4R2E A; 3HTX A; 4KZS A; 3HPZ A; 3MHH C; 2V88 A; 1HP1 A; 2E1M A; 1N3G A; 4M30 A; 1AAY A; 2EM5 A; 1A1H A; 4DV0 E; 1WHN A; 4V0W A; 1XMQ E; 3LLH A; 2HYO A; 5A6A A; 4JI6 E; 3C4T A; 2EMB A; 2L6M A; 3IVE A; 2V8Q B; 2DRP A; 1V73 A; 4BC9 A; 4LF6 E; 4GKK E; 3ZU0 A; 4LF5 E; 2EOH A; 2L8T A; 3C6M A; 2BCD A; 4WXD A; 2LRS A; 2IE3 C; 2EML A; 2EN8 A; 2EOR A; 2GPI A; 1UIL A; 2K7I A; 4KWY A; 1II7 A; 3GVE A; 2LVH A; 4B3M E; 1J26 A; 2B7T A; 4BMJ A; 4J6O A; 1S3M A; 5IXM B; 2JY9 A; 2LTR A; 2WBS A; 2VRD A; 2EM3 A; 4YKE A; 3T1I A; 2YTF A; 1G5B A; 4JV5 E; 3LML A; 4M2Z A; 2NPP C; 4JI2 E; 4DV7 E; 4LF4 E; 4JA9 A; 2NUE A; 3M99 B; 2CSH A; 1TF6 A; 1DI2 A; 3DW8 C; 1QHW A; 1X6E A; 4IS1 C; 1ZBQ A; 5AE3 A; 2HGH A; 4Q7F A; 4X9J A; 4WWL A; 2EOS A; 1FJM A; 2EPC A; 1WJP A; 2CTD A; 1EKZ A; 1YUI A; 1S8E A; 2D9H A; 4LTY A; 4BC7 A; 1SFE A; 2EQ3 A; 1KJK A; 4X65 E; 2EM8 A; 3ECR A; 1IBL E; 2UUA E; 2RSM A; 3ZTV A; 2MKN A; 2R76 A; 2V83 A; 2E5L E; 2JOG A; 4IL1 A; 4MOY A; 5F3W A; 2IAE C; 3J7Y p; 2EL4 A; 3LL8 A; 1I94 E; 4WXC A; 2M4I A; 2UU9 E; 1YYW A; 3IB7 A; 2P6B A; 2ADR A; 3PSO A; 4YHH E; 3J80 C; 4R2A A; 4FBW A; 4MP0 A; 4ORB A; 2DSY A; 1UTE A; 1A1J A; 2CPN A; 2YTG A; 4JI8 E; 4BS9 A; 2Z1A A; 1T39 A; 1SU1 A; 2YTO A; 1AH5 A; 2BB8 A; 1XNQ E; 2LT7 A; 2DGC A; 1OI8 A; 2EPL X; 4J8Z A; 5ADZ A; 1USH A; 2L92 A; 5CFF E; 2GHF A; 2L2N A; 3FLO A; 3QFO A; 4H1Y P; 3DSD A; 2M7Q A; 1EH7 A; 1A1I A; 4DSY A; 4Q28 A; 4RHB B; 3EPK A; 1A1K A; 3H68 A; 5IT9 C; 5IWA E; 4WSP A; 3V4Y A; 4O5G A; 1NNW A; 2MKD A; 3P1X A; 2KKN A; 5IV8 B; 5HPE A; 2DB2 A; 1JK7 A; 2RPC A; 1ZBT A; 2YRK A; 3KWR A; 2YTE A; 2EM7 A; 4DUY E; 4JI4 E; 2EL6 A; 2YRM A; 1HO5 A; 3QG5 C; 1LLM C; 1YYO A; 1A1G A; 3L00 A; 4O4K A; 2Z72 A; 4ORA A; 1PJQ A; 4KBP A; 1WXR A; 2USH A; 4H2F A; 4TUG A; 3H09 A; 2YTJ A; 1B69 A; 2L2K B; 2EL5 A; 2L33 A; 3JTZ A; 4DR5 E; 3RL5 A; 2JPA A; 1T4O A; 3VHT B; 4UWQ A; 3IVD A; 2LO3 A; 2JOX A; 2I13 A; 4JI0 E; 3KZZ A; 1Z2X A; 4GEQ B; 3EGG A; 3IB8 A; 4UT2 A; 2YTN A; 4TUI A; 2JYA A; 1TCO A; 1QNT A; 1F2I G; 4F9B B; 1UN6 B; 2AHD A; 5AC4 A; 5JPE A; 1RC7 A; 2EMW A; 2H36 X; 2EZ6 A; 1UBD C; 4P7D A; 1GQE A; 2EN7 A; 4OOG C; 5T6J A; 2ENH A; 1WAO 1; 2MDR A; 2LCE A; 4LF8 E; 3C9F A; 2YSO A; 3J7A G; 2EMX A; 4OR9 A; 3RMP A; 1JK1 A; 1IBM E; 4K0K E; 4NXN E; 4HEI A; 2ENC A; 5A6B A; 2YEQ A; 4DV3 E; 1T71 A; 5A6K A; 3ADL A; 4F2J C; 3ICF A; 4F0Z A; 2IHR 1; 2EMY A; 1DGC A; 4WYQ B; 3JU0 A; 1IQS A; 3EGH A; 2EPX A; 2HYP A; 2R1F A; 5A6B D; 4B3R E; 1T70 A; 2FGG A; 5KL2 A; 4G9J A; 1PKP A; 1BBO A; 1Z1B A; 1MGT A; 2F4V E; 4R8O A; 4UT3 A; 1NEI A; 1S70 A; 4B2O A; 4R2P A; 4DUZ E; 4JI7 E; 3H60 A; 2O8G A; 4L8N A; 3IWC A; 4HTG A; 3EPH A; 3K6Q A; 3J81 C; 3EPL A; 3QFK A; 1A1L A; 5EQV A; 3RL4 A; 2NAB A; 3VK6 A; 4JI3 E; 4DR6 E; 4F9C B; 1JK2 A; 2WDD A; 3CK2 A; 4ZYH A; 4HD0 A; 1X48 A; 2DXN A; 2YU5 A; 2YZT A; 3KZY A; 3C5W C; 4N4R B; 2EOX A; 2DLQ A; 2NXF A; 3RQZ A; 3UK3 C; 4JI1 E; 2DMY A; 1YFH A; 3JYF A; 1Z2W A; 4DV2 E; 5BR8 E; 4LU9 A; 2Z06 A; 2EPP A; 4LFC E; 2EJ4 A; 3MSW A; 1TF3 A; 1YUJ A; 2VF1 A; 4XPN A; 2ZO9 B; 5C1V A; 2YSP A; 3JAM C; 4DR4 E; 5A2Q C; 4H2G A; 2EN2 A; 4R2S A; 2EPR A; 4UT3 B; 4NZV A; 1XM7 A; 2YWQ A; 3EQ1 A; 5IOH A; 2MC6 A; 4WSG A; 2WCC 3; 3E7A A; 2Q8U A; 2JVA A; 2EPM X; 4BCA A; 2NYL C; 5TSE A; 2HHH E; 2EPO A; 4FK5 C; 5J28 A; 3HVQ A; 1HPU A; 2YTD A; 3ADJ A; 2QJC A; 4ZVZ A; 2YU8 A; 1YPN A; 2L3C A; 4R2C A; 1EH8 A; 3T1Y E; 3FIG A; 2UXC E; 5DNY A; 4JYA E; 4KHP E; 1EH6 A; 3EPJ A; 1STU A; 2EOZ A; 2EOJ A; 2QFP A; 5FLX C; 4WX9 A; 2YTP A; 4MOV A; 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1FKA E; 1KBP A; 1QU6 A; 2YT4 A; 3OTO E; 3VYX A; 1U32 A; 1WHQ A; 2DIX A; 4X62 E; 1M63 A; 3AV0 A; 5LL6 R; 2DXL A; 4M0V A; 1DQ3 A; 4OX9 E; 5AAS A; 2L3J A; 2GJU A; 2R17 A; 3KBP A; 1T4N A; 1GZ6 A; 4DV1 E; 1N33 E; 2WDC A; 2LJH A; 2O8A A; 4GKJ E; 3TGH A; 2JWO A; 3P71 C; 3H61 A; 1N34 E; 5LMU E; 1UHZ A; 4V0X A; 2ODR C; 1QFC A; 1OID A; 2V87 A; 1YYK A; 5B8I A; 2B9D A; 1N36 E; 2KHX A; 5GTU A; 1IT6 A; 3ZOQ B; 3QFN A; 2RS6 A; 1SR9 A; 3C4B A; 1HNZ E; 1W24 A; 3D03 A; 2WDF A; 4I5N C; 2FTX B; 4DT2 A; 4H2I A; 2LE2 A; 4DR7 E; 2ZM6 E; 4ZX2 A; 1OIE A; 2HY1 A; 3OML A; 3F6G A; 4B3S E; 4JA7 A; 3RL3 A; 1HNX E; 5LMN E; 2EWL A; 4DV6 E; 5JPF A; 2YVT A; 4NXM E; 1S95 A; 2ZBM A; 4FBK A; 1AUI A; 4FBQ A; 2NA2 A; 2F8B A; 2LMZ A; 2VQF E; 2BQ8 X; 2ODR D; 2DFJ A; 2K4V A; 2MC5 A; 3DJW A; 5AE1 A; 2UXD E; 2UXB E; 2WDE A; 3H67 A; 3PSN A; 2KON A; 4X64 E; 4KKZ A; 4YY3 E; 3THO B; 2JOB A; 1N32 E; 3E7B A; 2B7V A; 4DR3 E; 5INB A; 3IWD A; 4LAC C; 2N3G A; 4DR1 E; 1T4L B; 1O0W A; 1FJG E; 1XZW A; 2WZO A; 2G7H A; 1UF3 A; 1X49 A; 1IBK E; 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