The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
94
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sequence length |
317
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structure length |
317
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Chain Sequence |
RGSHMMFVHIADNHLGYRQYNLDDREKDIYDSFKLCIKKILEIKPDVVLHSGDLFNDLRPPVKALRIAMQAFKKLHENNIKVYIVAGNHEMPRRLGEESPLALLKDYVKILDGKDVINVNGEEIFICGTYYHKKSKREEMLDKLKNFESEAKNYKKKILMLHQGINPYIPLDYELEHFDLPKFSYYALGHIHKRILERFNDGILAYSGSTEIIYRNEYEDYKKEGKGFYLVDFSGNDLDISDIEKIDIECREFVEVNIKDKKSFNEAVNKIERCKNKPVVFGKIKREFKPWFDTLKDKILINKAIIVDDEFIDMPDN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
DNA end recognition by the Mre11 nuclease dimer: insights into resection and repair of damaged DNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein/dna
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| molecule keywords |
DNA double-strand break repair protein Mre11
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| total genus |
94
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| structure length |
317
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| sequence length |
317
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-06-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00149 | Metallophos | Calcineurin-like phosphoesterase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 | Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DSC A; 3THN A; 4KKZ A; 5INB A; 1S3M A; 3H62 B; 4H2I A; 3H69 A; 4O24 A; 5JPF A; 3RL5 A; 4ORC A; 4UT2 A; 4H2F A; 3DSD A; 3IVD A; 1IT6 A; 4V0V A; 3ZTV A; 2HYP A; 4TUI A; 2IE3 C; 2Z1A A; 3EGG A; 4IL1 A; 4H2G A; 4DSY A; 1S70 A; 4LAC C; 2DFJ A; 1S95 A; 4ZVZ A; 2JOG A; 1QFC A; 4MP0 A; 4V0W A; 5DNY A; 3PSN A; 1NNW A; 4TUG A; 3IB7 A; 1OIE A; 2GJU A; 2QFP A; 5IOH A; 3PSO A; 1W24 A; 2ZBM A; 3THO B; 1U32 A; 4O5G A; 4UWQ A; 4FBW A; 1HO5 A; 1T71 A; 3RQZ A; 5HPE A; 4NZV A; 1UF3 A; 2CV9 A; 4WWL A; 4LU9 A; 3HVQ A; 3H66 A; 4H2B A; 3CK2 A; 1T70 A; 3P71 C; 3K7V C; 1G5B A; 3QFN A; 3QFK A; 2BQ8 X; 3ZU0 A; 2NYL C; 5GTU A; 3GVE A; 1AUI A; 3FGA C; 1TCO A; 1WAO 1; 3IVE A; 3RL3 A; 4O43 A; 4J6O A; 4ZX2 A; 1WAR A; 5C1V A; 2WDD A; 4JA7 A; 2NXF A; 4M0V A; 5F3W A; 4FBK A; 1S8E A; 3T1I A; 3TGH A; 3DW8 C; 4YKE A; 4KBP A; 2XMO A; 1II7 A; 4H1Y P; 3LL8 A; 2QFR A; 4G9J A; 4MOY A; 4F0Z A; 3RL4 A; 3E7B A; 5J28 A; 3H61 A; 2O8G A; 4UT3 A; 3AUZ A; 2AHD A; 1HP1 A; 2BDX A; 3C5W C; 4XPN A; 4I5N C; 1QHW A; 3H68 A; 3N5U A; 3ICF A; 1UTE A; 4B2O A; 4Q7F A; 2KKN A; 2IAE C; 2QJC A; 4ORA A; 2Q8U A; 4V0X A; 1M63 A; 3K7W C; 2Z72 A; 4UT3 B; 4DT2 A; 2R17 A; 4ORB A; 3V4Y A; 4LTY A; 4JA9 A; 1OID A; 2USH A; 2BCD A; 3JYF A; 4FCX A; 2HY1 A; 1V73 A; 5B8I A; 4IYP C; 3AV0 A; 3KBP A; 2IE4 C; 1S3N A; 4OR9 A; 2Z06 A; 3C9F A; 1Z2W A; 2O8A A; 3H67 A; 2NPP C; 4O4K A; 4DHL A; 1Z2X A; 3H64 A; 3QFM A; 2P6B A; 1S3L A; 3H63 A; 3QFO A; 1USH A; 4HD0 A; 4I5L C; 4MOV A; 5JPE A; 1SU1 A; 2NYM C; 2WDF A; 1MF8 A; 1JK7 A; 3EGH A; 5EQV A; 3H60 A; 3E7A A; 1FJM A; 2A22 A; 2HYO A; 5JJT A; 4FBQ A; 1OI8 A; 1XZW A; 1XM7 A; 3IB8 A; 2YVT A; 1HPU A; 1KBP A; 4H1S A; 2WDC A; 2WDE A; 3QG5 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LLQ A; 1UBD C; 4OX9 E; 4KKZ A; 3DSC A; 4N4R B; 1JK2 A; 2LJH A; 4O24 A; 3FLO A; 2B7T A; 4YY3 E; 3BID A; 2LBS B; 4ORC A; 2DMI A; 1NCS A; 4KHP E; 2V86 A; 2JXP A; 5A6J A; 4DSY A; 2GPI A; 2N8X A; 2DSY A; 2RPC A; 1S95 A; 2EOI A; 2DIX A; 2PRT A; 2EZ6 A; 1NNW A; 4TUG A; 3EPJ A; 4LF9 E; 1A1G A; 1YYW A; 2EPR A; 4R2A A; 1MEY C; 1AH5 A; 1W24 A; 2A25 A; 3THO B; 1U32 A; 2ZBM A; 1ZBT A; 2ELY A; 2YTP A; 1DQ3 A; 2EN4 A; 4M2Z A; 2EOE A; 5CFF E; 4WWL A; 3HVQ A; 4R2C A; 5KL3 A; 2ELZ A; 1MGT A; 2R76 A; 1T70 A; 3VK6 A; 3J7Y p; 4F6M A; 1X6F A; 3EQ1 A; 4R03 A; 2BQ8 X; 2EPO A; 4X66 E; 1Z1B A; 5A69 A; 2E72 A; 3ZU0 A; 1TCO A; 2M4I A; 1RC7 A; 4I8O A; 3RL3 A; 4B3S E; 4GKK E; 5A6K A; 2LT7 A; 3HTX A; 2WDD A; 2EWL A; 3OML A; 3BBG A; 2FV4 B; 4DR6 E; 3C6M A; 3DW8 C; 4YKE A; 4RHB B; 2GHF A; 5IWA E; 2G7H A; 1EH8 A; 4X8W A; 1LLM C; 1IQO A; 3RL4 A; 1HR0 E; 2EL5 A; 5J28 A; 1T4O A; 2LVH A; 2EOO A; 4UT3 A; 2JYA A; 2LUQ A; 3KWR A; 2VQF E; 3AUZ A; 4DV5 E; 3KZZ A; 2AHD A; 2EM3 A; 2V8Q B; 5AC4 A; 1QHW A; 4I5N C; 4XPN A; 1A1F A; 1KJK A; 3N5U A; 1B69 A; 4B2O A; 4JI1 E; 2ZM6 E; 2LTS A; 2VF1 A; 2YTG A; 3LLH A; 2MC6 A; 5IV8 B; 4K0K E; 1M63 A; 1WJP A; 2L2N A; 2EN3 A; 2ZOA A; 4DV1 E; 5BR8 E; 1T39 A; 2EPL X; 2YT4 A; 1V73 A; 2EOZ A; 1X5W A; 2VE7 C; 2L6M A; 2L2K B; 3KBP A; 3HPS A; 3JAM C; 4JI8 E; 3F6H A; 2IE4 C; 4P7D A; 1GTK A; 5KL7 A; 3L00 A; 2Z06 A; 3DJW A; 2DXL A; 2EMH A; 1UHZ A; 3H67 A; 4BMJ A; 2NPP C; 2V88 A; 4DHL A; 3THN A; 3QFO A; 2P6B A; 1S3L A; 3H63 A; 4HD0 A; 2LRS A; 5JPE A; 2I13 A; 1MF8 A; 3EGH A; 2EOF A; 1YYO A; 3E7A A; 1GZ6 A; 2CPN A; 1T38 A; 4NXN E; 1OI8 A; 4FBQ A; 1WHN A; 2UXC E; 2YTQ A; 3HXL A; 2YVT A; 1HPU A; 5AC5 A; 2WDC A; 2HJJ A; 4IJD A; 2EOJ A; 2WBU A; 2YTI A; 5INB A; 2B3T B; 1S3M A; 4H2I A; 3JU0 A; 1FKA E; 3HQ1 A; 3RMP A; 4JI6 E; 3H69 A; 2EM4 A; 3RL5 A; 2M7Q A; 4H2F A; 3DSD A; 3IVD A; 2EMX A; 4TUI A; 2IE3 C; 2N3G A; 4DMI A; 4J8Z A; 3TQM A; 2YTD A; 4BBY A; 4ZVZ A; 4KWY A; 2B7V A; 2EN6 A; 1ZBQ A; 1OIE A; 2GJU A; 2YSO A; 4WX9 A; 2EM6 A; 5IOH A; 4B3R E; 2JP9 A; 2EOM A; 4FBW A; 1T71 A; 1A1K A; 5HPE A; 3ADG A; 1WXR A; 2YTN A; 4Q35 B; 5LMN E; 3H66 A; 1KYQ A; 1PJS A; 2DLQ A; 4BCA A; 2E5L E; 2BBG A; 3DF6 A; 3CK2 A; 4X9J A; 3K7V C; 4DV7 E; 4F54 A; 3P71 C; 3QFN A; 1X47 A; 2ODR C; 4DV2 E; 3ADL A; 4GZN C; 2EML A; 5FLX C; 2EPP A; 1WAO 1; 2LV2 A; 4O43 A; 4JI7 E; 2WBS A; 4ZX2 A; 1IQS A; 1WAR A; 2YRH A; 1HNZ E; 4JA7 A; 2KON A; 2EQ1 A; 1N32 E; 4JI2 E; 1S8E A; 1XNR E; 2ODR D; 2XMO A; 4X64 E; 1II7 A; 1RMD A; 4ZYH A; 1AAY A; 4G9J A; 4MOY A; 4F0Z A; 2YPN A; 2YRM A; 2FGG A; 1QU6 A; 2EMI A; 1EH6 A; 1J5E E; 3H61 A; 2O8G A; 4LFC E; 3J80 C; 1YSA C; 2BDX A; 3C5W C; 2EN2 A; 3KZY A; 1IBL E; 2NUE A; 2LTR A; 1WRJ A; 2HHH E; 1UTE A; 2JOB A; 4M9V C; 2EPX A; 1SFE A; 1XMQ E; 2RS6 A; 4ORA A; 4V0X A; 1YUJ A; 3VHT B; 1L4S A; 2Z72 A; 4UT3 B; 3C4T A; 3T1Y E; 4DT2 A; 2DMY A; 4DR5 E; 3IWD A; 2MKD A; 4JA9 A; 1SR9 A; 2USH A; 2L33 A; 2E1M A; 3OTO E; 1IBM E; 4IYP C; 2L92 A; 3AV0 A; 2V87 A; 2FTX B; 1T4L B; 4LF6 E; 3C9F A; 4DUZ E; 4DV4 E; 5A6A A; 2DGC A; 4O4K A; 2YEQ A; 2YU5 A; 1USH A; 1ZAA C; 2NYM C; 2LE2 A; 1J26 A; 2EPM X; 4NXM E; 3VYX A; 1GQE A; 3H60 A; 4R2Q A; 4DV6 E; 2A22 A; 2HYO A; 5JJT A; 2EOS A; 4F9B B; 4R2S A; 3HPZ A; 1YUI A; 3IB8 A; 4R2R A; 1RQ0 A; 2V85 A; 3E0J A; 4WXD A; 1EH7 A; 1WHQ A; 4JYA E; 2YWQ A; 2EOY A; 2EM7 A; 3IWB A; 3H62 B; 5JPF A; 2EMC A; 1NEI A; 4NHR A; 4DV3 E; 4V0V A; 3EPL A; 3ZTV A; 2HYP A; 5AE1 A; 4X62 E; 4R8O A; 2Z1A A; 1S70 A; 2DFJ A; 4MP0 A; 4YHH E; 1N36 E; 2YTE A; 3IB7 A; 1X48 A; 2D9H A; 4HTG A; 2QFP A; 4DR1 E; 1HNW E; 2L8T A; 2EMW A; 1HO5 A; 5ADZ A; 3RQZ A; 2EOQ A; 1A1J A; 2M9A A; 4NZV A; 4ZYD A; 3K6Q A; 2L3C A; 1EKZ A; 2K4V A; 1XMO E; 2UU9 E; 2EPU A; 4H2B A; 5AAS A; 1YZ9 A; 4JI5 E; 1G5B A; 3QFK A; 2I9I A; 2ENH A; 2EPA A; 4R2E A; 2NYL C; 5GTU A; 3GVE A; 1AUI A; 3FGA C; 2VRD A; 2JOX A; 4JI3 E; 2F8B A; 2KHX A; 4RH8 A; 4DUY E; 4LF5 E; 4F9A B; 2YTJ A; 5C1V A; 2EMG A; 4WPY A; 1ZR9 A; 2NXF A; 5F3W A; 2EL6 A; 2RSM A; 4FBK A; 3J7A G; 2EMB A; 3ZOQ B; 5KL5 A; 4X65 E; 3T1I A; 2V83 A; 1BBG A; 4H1Y P; 4OOG C; 4M30 A; 2QFR A; 2WZO A; 2EOX A; 4L8N A; 3C4B A; 1N34 E; 2EM8 A; 1FJG E; 4P78 A; 3E7B A; 1UIL A; 1ZU1 A; 4DKK A; 2EMY A; 2YTF A; 4R2D A; 1N3G A; 4AQY E; 3F6G A; 3JTZ A; 3J81 C; 2YSP A; 4Q28 A; 2EM5 A; 1STU A; 3H68 A; 4ZYG A; 4JI4 E; 2UXB E; 1PDA A; 2EMZ A; 4Q7F A; 2QJC A; 2J7J A; 2Q8U A; 1BB8 A; 3K7W C; 1IBK E; 2DXN A; 2HGH A; 4IS1 C; 1A1L A; 4HEI A; 4LTY A; 2KOU A; 1DGC A; 4DR3 E; 3JYF A; 4FCX A; 1X49 A; 2BB8 A; 5IT9 C; 5B8I A; 4DR2 E; 2CTD A; 2MDR A; 2WBT A; 4GKJ E; 1S3N A; 2YU8 A; 1P47 A; 2EOH A; 2YRK A; 1Z2W A; 2NUF A; 2V89 A; 2NAB A; 2EPC A; 1I94 E; 2DRP A; 2HC5 A; 1Z2X A; 4B3T E; 2NA2 A; 4WSG A; 4BHC A; 2EM2 A; 2JPA A; 4DR7 E; 3BGH A; 4JV5 E; 1JK7 A; 5EQV A; 1FJM A; 2H36 X; 4LF8 E; 4ZYE A; 3EPK A; 2EPN A; 2RTX A; 3C6K A; 2RQL A; 4LFB E; 2F4V E; 4FK5 C; 3ICF A; 4UT2 A; 4WXC A; 4MLQ A; 2DLK A; 2K7I A; 1G2D C; 5TSE A; 1QNT A; 2CT1 A; 1X3C A; 2EPZ A; 2NUG A; 2IHR 1; 5LL6 R; 2YTO A; 1F2I G; 3ADJ A; 3MSW A; 1IT6 A; 2L3J A; 2R1F A; 2JVA A; 2EJ4 A; 3EGG A; 4IL1 A; 4DV0 E; 4H2G A; 5AE3 A; 4LAC C; 2DB2 A; 3H09 A; 5T6J A; 2JOG A; 3LML A; 1QFC A; 4V0W A; 1PJT A; 5DNY A; 3PSN A; 2LUP B; 2EL4 A; 2VQE E; 4BC7 A; 2JWO A; 4KZS A; 2YZT A; 3PSO A; 5AE2 A; 5A2Q C; 4LF7 E; 4O5G A; 4UWQ A; 1IMU A; 4F2J C; 4LFA E; 4BC9 A; 2UUB E; 4R2P A; 1UF3 A; 2EMF A; 2MKN A; 2CV9 A; 4LU9 A; 3EPH A; 3BF2 A; 2LMZ A; 4WYQ B; 1A1I A; 4JI0 E; 2EN7 A; 2RS7 A; 2N3H A; 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3FLO A; 2B7T A; 4YY3 E; 2LBS B; 4ORC A; 4KHP E; 2V86 A; 4DSY A; 2DSY A; 1S95 A; 2DIX A; 2EZ6 A; 1NNW A; 4TUG A; 4LF9 E; 1YYW A; 1W24 A; 2ZBM A; 3THO B; 1U32 A; 1ZBT A; 1DQ3 A; 4M2Z A; 5CFF E; 4WWL A; 3HVQ A; 1T70 A; 3VK6 A; 3J7Y p; 2BQ8 X; 4R03 A; 4X66 E; 3ZU0 A; 1TCO A; 2M4I A; 1RC7 A; 4I8O A; 3RL3 A; 4B3S E; 4GKK E; 3HTX A; 2WDD A; 2EWL A; 3OML A; 2FV4 B; 4DR6 E; 3DW8 C; 4YKE A; 5IWA E; 2G7H A; 4X8W A; 3RL4 A; 1HR0 E; 5J28 A; 1T4O A; 4UT3 A; 2LUQ A; 3KWR A; 2VQF E; 3AUZ A; 4DV5 E; 2AHD A; 2V8Q B; 4I5N C; 1QHW A; 4XPN A; 3N5U A; 4B2O A; 4JI1 E; 2ZM6 E; 2LTS A; 2VF1 A; 3LLH A; 2MC6 A; 4K0K E; 1M63 A; 2L2N A; 2ZOA A; 4DV1 E; 5BR8 E; 2YT4 A; 1V73 A; 2VE7 C; 2L2K B; 2L6M A; 3KBP A; 3HPS A; 3JAM C; 4JI8 E; 3F6H A; 2IE4 C; 4P7D A; 2Z06 A; 3DJW A; 2DXL A; 1UHZ A; 3H67 A; 4BMJ A; 2NPP C; 2V88 A; 4DHL A; 3THN A; 3QFO A; 2P6B A; 1S3L A; 3H63 A; 4HD0 A; 2LRS A; 5JPE A; 1MF8 A; 3EGH A; 1YYO A; 3E7A A; 1GZ6 A; 2CPN A; 4NXN E; 4FBQ A; 1OI8 A; 1WHN A; 2UXC E; 3HXL A; 3QG5 C; 2YVT A; 1HPU A; 2WDC A; 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