The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
|
sequence length |
146
|
structure length |
146
|
Chain Sequence |
VMSSPALPAFLLCSTLLVIKMYVVAIITGQVRLRKKAFANPEDALRHGGPQYCRSDPDVERCLRAHRNDMETIYPFLFLGFVYSFLGPNPFVAWMHFLVFLVGRVAHTVAYLGKLRAPIRSVTYTLAQLPCASMALQILWEAARHL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of mPGES-1 Inhibitor Complexes Form a Basis for the Rational Design of Potent Analgesic and Anti-Inflammatory Therapeutics.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase/isomerase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Prostaglandin E synthase
|
| total genus |
63
|
| structure length |
146
|
| sequence length |
146
|
| ec nomenclature |
ec
5.3.99.3: Prostaglandin-E synthase. |
| pdb deposition date | 2015-03-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01124 | MAPEG | MAPEG family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUH A; 5K0I A; 5HV9 A; 5BQH A; 2H8A A; 4YL1 A; 4JC7 A; 4AL1 A; 4BPM A; 5BQG A; 2PNO A; 3DWW A; 3B29 A; 3PCV A; 4YL0 A; 2Q7R A; 3HKK A; 3LEO A; 4NTF A; 5BQI A; 4JRZ A; 4AL0 A; 4NTB A; 4WAB A; 4YL3 A; 4NTA A; 4YK5 A; 4JCZ A; 4J7T A; 2UUI A; 4J7Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3B0V C; 2OJE D; 2Q4F A; 3ZTZ A; 5BQH A; 1LPE A; 3JTL O; 3EG9 A; 2R7O A; 2H8A A; 3LNR A; 4YL1 A; 1OCC C; 3GAN A; 3X2Q C; 5JSL A; 3KL4 A; 3CQZ A; 3TQO A; 3S9O A; 1VLT A; 1Y4C A; 2IYL D; 4I3M A; 4MS2 A; 2IXM A; 2EIJ C; 3PMR A; 3GEH A; 5DVW A; 4G7H F; 4HFF B; 3ZVR A; 3POV A; 3ZSU A; 3C8G A; 2BC5 A; 4EBB A; 1E84 A; 2YZS A; 3ZDL A; 2EIK C; 2EPM X; 2LFF A; 3DD7 A; 3LAY A; 4U9E A; 4CDV A; 2DYR C; 4EHP A; 4F4B A; 1Q0D A; 2CCY A; 3EJN A; 3FHD A; 4DVY P; 2PX3 A; 1XWJ A; 2IOQ A; 3MYI A; 3V7O A; 5D92 A; 3U3F A; 1M2V A; 3AG4 C; 3T4R A; 5DLJ A; 5A6B D; 1C03 A; 3UGP A; 2ZXP A; 3FOO A; 4JKV A; 3Q7G A; 1Z6A A; 1E83 A; 3AQC A; 4G0H A; 2PBE A; 1OW6 A; 1A7E A; 1H7I A; 3FAJ A; 3HNK A; 4JE9 A; 4E0I A; 4CDY A; 4IWB A; 5D91 A; 1MND A; 2VCB A; 2LK4 A; 4YJW A; 2NUT A; 2KNH A; 4CIP A; 2HMZ A; 3EFO A; 1OW7 A; 1CGN A; 3JT1 A; 3DXJ F; 3AG2 C; 3NYJ A; 3Q7L A; 4U9D A; 1YDI A; 2NG1 A; 5E2Q A; 4R32 A; 3TUL A; 2Y3G A; 3MYF A; 4O6M A; 3DAF A; 1LKX A; 3SZR A; 3ZTM A; 4LAC B; 5DS6 A; 3MX3 A; 4MVU A; 3DKA A; 4G7Z F; 1DOV A; 5JLI A; 1D0Y A; 3L1M A; 5CI8 A; 3IEE A; 1OCO C; 2A6E F; 4KC9 A; 4DRI B; 2KQ9 A; 1M57 C; 2IXN A; 4H54 A; 2G3V A; 3NYM A; 1TQG A; 2UUH A; 1KU2 A; 3V5X A; 3EGX A; 4CBE A; 3NG1 A; 2IXO A; 2JPU A; 3EGD B; 4ULW A; 2X51 A; 5JS5 A; 3GOR A; 2YQY A; 1VK5 A; 2KW3 C; 1JRA A; 1J8M F; 2ZXR A; 3DAG A; 4C3D A; 4G7O F; 2I8B A; 4CS9 A; 1ORY A; 2Q3T A; 4O7G A; 3DJN B; 3C7J A; 1V55 C; 2P6V A; 2RSE B; 2XLH A; 3O10 A; 4LER A; 3ZQV A; 2EPO A; 2F22 A; 3PCV A; 2LFD A; 4Z9J A; 2X0C A; 3TJ5 A; 4RDA A; 3UNG C; 3FDQ A; 2GAQ A; 3RVZ A; 3QW0 A; 4BEM J; 4MTF A; 4BJ5 A; 3DE9 A; 4AK9 A; 2I15 A; 4BJT A; 3Q6M A; 5KYN A; 4JRZ A; 1E85 A; 3WAQ A; 2ZD9 A; 2KK1 A; 3ZC4 A; 2Y69 C; 1QVX A; 4GEH A; 2HSB A; 2XLD A; 2YL1 A; 2OEX A; 3ABK C; 4J7Y A; 4PK4 A; 2Q9B A; 4XWJ A; 4PJJ A; 4PJN A; 3HNJ A; 3RIP A; 1ORS C; 3U0C A; 2WVN A; 3CZ6 A; 1GQA A; 2OU6 A; 3A11 A; 5E3A A; 3L0I A; 2GDC A; 4JC7 A; 4O79 A; 5B1A C; 4J30 B; 2D4U A; 2YLI A; 4FX5 A; 5GPG B; 2W4B A; 3S84 A; 1VB5 A; 4DVZ A; 3B0P A; 3C18 A; 5EGY A; 1LVK A; 2R7T A; 2M4E A; 2R7Q A; 4MQ9 F; 4QI2 A; 3HTK C; 1HW1 A; 3O6X A; 5BQI A; 4JW1 A; 3VF0 A; 4JTC B; 4AL0 A; 5A6K A; 3DM9 B; 3HLZ A; 3IHU A; 4J32 B; 4YL3 A; 1A7D A; 3OWT A; 4XQ1 A; 3DMD A; 2KGO A; 3KYI A; 2B0J A; 2YRF A; 2D5R B; 4XTK A; 1ZHX A; 5COF A; 4XLP F; 1O3U A; 2L7A A; 5F5F A; 2RD9 A; 4XLN F; 3AGU A; 3RH3 A; 4B6I A; 5K0I A; 5L0D A; 2Y3D A; 1MNE A; 3AJM A; 5T3T A; 4MVS A; 5JRA A; 2M64 A; 1Q0F A; 1MMG A; 3KMI A; 5DS4 A; 5A6J A; 4N6H A; 5JT4 A; 4UDV A; 3WHN A; 4XPX A; 4XEV A; 3WG7 C; 2Q9A A; 2Y3H A; 4LLC A; 3S27 A; 1G5Z A; 3QVZ A; 2YWA A; 5BQG A; 3EHM A; 4BPM A; 1RMV A; 4C7O A; 2YLD A; 3B29 A; 3RW0 A; 4PFO A; 2AU5 A; 1SYQ A; 4MW3 A; 4PR9 A; 3SXY A; 2R25 A; 4JJG A; 1FMW A; 1OW8 A; 4LDR A; 3R2P A; 2Y3B A; 2L81 A; 2LD6 A; 4WAB A; 1ZU4 A; 1BBH A; 2YVK A; 3IQT A; 1OR3 A; 1MQV A; 3S0X A; 2AWC A; 2DGJ A; 2FFH A; 3C8G D; 1TWH A; 2WVQ A; 3H2U A; 4JCZ A; 3TD7 A; 3LLK A; 4ZLC A; 2J7P A; 3N0T A; 2MWQ A; 2XL6 A; 2QE9 A; 2WZL A; 2YLG A; 1WAT A; 2XLW A; 1JAF A; 1YAR O; 3NKD A; 3X1O A; 3SXK A; 3RQE A; 4EKW A; 1GGQ A; 1L7C A; 1SR2 A; 1OXK A; 3C8Z A; 2YEV A; 5KYY B; 3MFN A; 2EIL C; 5B1B C; 4DRH B; 1BR1 A; 1XZP A; 3TOL A; 1E86 A; 2XLE A; 3DWW A; 3OEO A; 1K05 A; 2LIG A; 1T6Q A; 3SXZ A; 3TJ6 A; 1KNY A; 2NSF A; 3CEX A; 4A4A A; 2VC9 A; 3K1I C; 3U8P A; 4H4K C; 2NUP A; 1V4A A; 5EK0 A; 1I5N A; 3VM6 A; 1NSG B; 2V3C C; 2XXA B; 2XLO A; 1UFB A; 2R03 A; 3W2W A; 3QTH A; 2LCH A; 4FWV A; 3DI5 A; 3GEI A; 2R7R A; 1OCZ C; 2OQM A; 1K04 A; 1N1C A; 5T3W A; 2J0X A; 3H65 A; 1H6G A; 4MTO A; 2QTV A; 3IQC A; 3NYL A; 3SP1 A; 2YL7 A; 4AE4 A; 3DJU B; 4NCQ A; 4OIO F; 4I1O B; 2W45 A; 3GEE A; 1T6I A; 2CGE A; 1OXB A; 2VAS A; 1QLE C; 1VYK A; 1RKC A; 3O55 A; 2A69 F; 1OKK A; 1QSP A; 2QNL A; 4EWC A; 1TR2 A; 1WAS A; 4K1O A; 1HMO A; 5L0G A; 3A9C A; 1M6T A; 2Q9C A; 4MVQ A; 2NPU A; 5AC5 A; 2ETS A; 4P6I C; 1PCX A; 2XLM A; 4XPW A; 3W2V A; 2QUP A; 5IY5 C; 1D0Z A; 2OKU A; 2BE5 F; 1LE4 A; 1OCR C; 1T5O A; 2A0U A; 2L6F A; 3BEH A; 4BG0 A; 3QW1 A; 1Z63 A; 4X0R A; 4NTB A; 1NZE A; 2IBF A; 4W8P A; 1ORJ A; 3HNI A; 1NU7 D; 1RJ9 B; 4IAR A; 1CPR A; 4K0D A; 2Z15 A; 3GOD A; 4WGY A; 2UUI A; 5KYX B; 3KH2 A; 2ZPA A; 1RKE A; 4XEF A; 5JUA A; 2A6H F; 5HV9 A; 4L6R A; 2OG2 A; 3C62 A; 4OD4 A; 1ZHY A; 3KYJ A; 4PJM A; 4ULV A; 5DQT A; 5JVE A; 2XM4 A; 3ASO C; 2EPN A; 5CI9 A; 3ATP A; 1FTS A; 4AL1 A; 1Q0K A; 3V5Y A; 4ZLD A; 2PNO A; 1YA7 O; 1YZA A; 1QQ3 A; 2A0B A; 3QVY A; 1R4T A; 5FCL A; 2P7V A; 5F28 E; 2HV7 A; 4MVR A; 4DBR A; 4A2N B; 3U2L A; 1LIH A; 2H7O A; 1LS4 A; 3G50 A; 3K33 A; 2CNW A; 3I5Q A; 3QMK A; 4OD5 A; 2JD3 A; 1ZVZ A; 3NRH A; 4YT4 A; 4JVS A; 4DXW A; 3GM1 A; 4E7Z A; 2VCC A; 4FAP B; 1U0B B; 1SF8 A; 2P61 A; 4RD9 A; 2LP4 A; 3U8V A; 1WWP A; 5DQZ A; 4CIH A; 2EPK X; 1VOM A; 1MMN A; 4J7T A; 4P9T A; 2PFD A; 1NFN A; 4ONS A; 4CS8 C; 3JRM O; 2KJG A; 1ZYR F; 1D1B A; 4JIO A; 1QZX A; 4DOZ A; 1A7V A; 1E2X A; 1Q0G A; 1NBB A; 2WL8 A; 2FGY A; 1LI5 A; 1BR2 A; 5E33 A; 4BJ6 A; 4E18 A; 1SZI A; 1NG1 A; 1NFO A; 1H9T A; 2WVO A; 1TWG A; 4QDL A; 5AC4 A; 4I44 A; 4YL0 A; 3JSZ A; 1ZU5 A; 1YJG A; 2GFH A; 2VCA A; 3M1C B; 1B68 A; 3L8J A; 1PV3 A; 4RBN A; 4BJ1 A; 3UGO A; 3AG1 C; 1BDJ B; 3JYH A; 3KPH A; 2WZG A; 1CGM E; 4CX9 A; 5A6A A; 4JEB A; 2FAP B; 4OIR F; 2EPL X; 2PF4 E; 3T6J A; 3MBG A; 1T01 A; 3L34 A; 1HY5 A; 3EZH A; 2XRH A; 1RCP A; 2OOC A; 2GWW A; 1HMD A; 1TWA A; 1ZHW A; 1RJ9 A; 1JOG A; 1TFK B; 4I1M A; 1EKY A; 3SXM A; 2J8W A; 3GM2 A; 4OIP F; 3SYN A; 3K1I A; 3M4C A; 2DYS C; 4ER9 A; 4JCH A; 3UMI A; 2J7P D; 1VYI A; 3FOP A; 2YKZ A; 2A1D D; 4YWQ A; 4O6Y A; 5L0F A; 4U5E E; 3EGD A; 2LQG A; 3K66 A; 1LS1 A; 3GM3 A; 2CYD A; 1D0X A; 3N2Z B; 1M2V B; 5L3V A; 2YL3 A; 2WB7 A; 4WJ0 A; 1AVO B; 1V74 B; 3ASN C; 4BJ6 C; 1UG7 A; 2AVK A; 2HFI A; 2G3K A; 4ANJ A; 4IRU A; 4MVM A; 4OIN F; 4C3B A; 5L3Q A; 1ZW2 A; 2J9V A; 1Q0M A; 4IGG A; 5CIV A; 1VTM P; 3U2M A; 2NUT B; 2R7V A; 2JX0 A; 2XS8 A; 3J06 A; 1CPQ A; 3ZG1 A; 1PD0 A; 4JJF A; 2HMQ A; 3BRJ A; 3MLG A; 1RXQ A; 5L0H A; 3FAP B; 1O87 A; 3NMK A; 1GS9 A; 1EA8 A; 2OJQ A; 3VAY A; 4MW8 A; 2R02 A; 1C17 M; 3ABL C; 2G62 A; 2OEV A; 3W4Y A; 2R7W A; 4CSA C; 2L6G A; 3U9J A; 3TK0 A; 1OKK D; 2P0N A; 2QLA A; 3I4U A; 3SEO A; 4Q5S F; 4U5B E; 3FMS A; 1R5I D; 3Q6N A; 4Q7C A; 3US6 A; 5KYU B; 2W9Y A; 3DE8 A; 4HEA J; 4AX2 A; 2AWY A; 1T9K A; 1D1C A; 2J0W A; 3PHF 2; 3ZQY A; 2HSQ A; 1OQC A; 4NY3 A; 5JP7 A; 4HFK B; 4D4N A; 2CDQ A; 3T9O A; 4IJJ A; 4FES A; 4EBK A; 2R9R B; 1S7Z A; 4GYT A; 1ZHZ A; 2CW0 F; 1T6U A; 1Z23 A; 2A68 F; 2J45 A; 1DOW A; 2OCC C; 3LLI A; 1I4Z A; 3NKE A; 4XPY A; 3T6G B; 4DRJ B; 3G4Z A; 5F5H A; 3GWN A; 4W8K A; 1ZZP A; 4C3E A; 4YT8 A; 1Z7Q c; 1QKR A; 1W2W A; 3FVY A; 4JZA A; 4N4W A; 4CDA A; 3F47 A; 3FXH A; 1IZM A; 2YHS A; 4HE8 D; 3JZ0 A; 4K7B A; 4XEK A; 3S28 A; 4OIQ F; 2L9J A; 1YVI A; 3RF3 A; 2XM0 A; 1BZ4 A; 2J9U A; 1YYX A; 4CS8 A; 2KC3 A; 2KSF A; 1G8X A; 2ASR A; 4LLE A; 1EQ1 A; 1L3P A; 1F1M A; 4YK5 A; 3RQG A; 1ZHT A; 2R7X A; 5L0J A; 3HJC A; 1YA9 A; 4D4X A; 5L0I A; 2CNW D; 3LJB A; 2R05 A; 4JUR I; 4KNV A; 4MVZ A; 1FFH A; 2KYH A; 1FAP B; 4PJL A; 3S90 A; 2XSE A; 1TKN A; 2W4M A; 4MND A; 4E7S A; 3NDB B; 5TJ5 E; 3UR3 C; 1H9G A; 2VB6 A; 3HNL A; 4U5C E; 2H7B A; 1ZW3 A; 2AP3 A; 3O39 A; 4WGZ A; 1M2O A; 2BL2 A; 3KKB A; 1AEP A; 1A0B A; 1JPN A; 3K6B A; 1WGW A; 1XZQ A; 5KYY A; 2R7S A; 5COM A; 5A6B A; 4N6C A; 2HZ8 A; 1HE1 A; 1O5H A; 2DI3 A; 3NMI A; 1CGO A; 3SNH A; 3EZI A; 1OR2 A; 4G78 A; 2HS5 A; 2C04 A; 1MMA A; 3JYY A; 1FFT C; 1JMW A; 4Q4Z F; 3V5Z A; 1AUE A; 2XXA A; 1LI7 A; 1APC A; 2LSE A; 2IM8 A; 1D1A A; 5KYU A; 2B0H A; 2EIN C; 3NMJ A; 4DJ9 A; 5EHH A; 1Y6D A; 2ZXO A; 4LDQ A; 3T6B A; 1WN0 A; 1FNT c; 4C7O B; 1V54 C; 2J9B A; 4CJO A; 2XLV A; 2HV6 A; 3PDM P; 3EQL F; 3LS0 A; 2XS1 A; 3W8H A; 4E17 A; 3IPM O; 5B3I A; 5DS5 A; 4U5H A; 2EIM C; 5E3C A; 5KYW B; 1BR4 A; 3G4X A; 1VLS A; 3ITF A; 2HJM A; 3N24 A; 3CSK A; 4DBQ A; 2NSG A; 3RFY A; 2YL0 A; 3M79 A; 3LNM B; 3EHN A; 3B71 A; 2XL8 A; 3S29 A; 3AOU A; 4O6N A; 1YZC A; 3E70 C; 3LES A; 1YLM A; 5L0C A; 1SMY F; 5COG A; 4JTA B; 2J9W A; 3DZA A; 2E87 A; 4KNW A; 2MHR A; 3RVY A; 4LDK A; 3VYW A; 3ZWI A; 2XL4 A; 3EPV A; 3EG9 B; 1IW7 F; 3K1H A; 1TWC A; 3I5P A; 3DM5 A; 4Z9H A; 3UMH A; 1NU9 C; 1S05 A; 4EBJ A; 3L8I A; 1A41 A; 1WTY A; 2IXP A; 2PP4 A; 4Z9I A; 1FMV A; 4IB4 A; 3LS1 A; 1U89 A; 5A69 A; 2NUP B; 5KYX A; 4CSA A; 2QY9 A; 4PAC A; 2L6H A; 3C8G B; 1Z5Z A; 2V26 A; 4U5F E; 3B0U X; 3VRC A; 3F46 A; 5BUO A; 4P9F A; 3ZIB A; 1HE9 A; 1J8Y F; 5T1D B; 3WOD F; 3K7D A; 4NC3 A; 3IQ6 A; 3HKK A; 4GQH A; 3U5S A; 4NQF A; 3LEO A; 1TFO B; 4CS9 C; 1ST6 A; 3B9Q A; 4PFP A; 2MYS A; 3EH1 A; 3LEV A; 3E9V A; 1K40 A; 3M15 A; 3OA1 A; 4CJG A; 5B3S C; 2R7U A; 4EUK B; 3GWL A; 4U5G A; 3JCU Q; 2Q00 A; 3AG3 C; 2C03 A; 2P1A A; 4NTA A; 2HJ3 A; 4IAO A; 4AE4 B; 1JPJ A; 3CAX A; 4KI2 A; 5FZT A; 4E0H A; 3H2V A; 4MVO A; 1Z3I X; 4CS7 A; 4BJ5 C; 2VH3 A; 3JRT A; 1FR0 A; 4JEA A; 3U9M A; 1NLX A; 2Y39 A; 3ABM C; 3AGT A; 256B A; 3QZC A; 4EIY A; 2H7V C; 5HSW A; 3LUT B; 1PD1 A; 2ZXW C; 3EFO B; 3ECS A; 2J46 A; 4YT5 A; 4MTG A; 1EI7 A; 1JR8 A; 1LM3 B; 3IQ5 A; 3RQF A; 3UMK A; 2HUJ A; 2PX0 A; 1I4Y A; 3W8I A; 2HKV A; 3C63 A; 3JSE O; 2WZF A; 3AQB A; 4KBL A; 5AGF A; 4YT2 A; 2GA0 A; 1C02 A; 3M4B A; 1YAU O; 1VMA A; 2TMV P; 5KYW A; 1WOL A; 2Q7R A; 1QPU A; 1HW2 A; 4QI0 A; 1LE2 A; 3RKO F; 3U3B A; 4NTF A; 4M63 A; 1U6H A; 1KTM A; 1MMD A; 1YYJ A; 1GM5 A; 1G4U S; 1M56 C; 1RKE B; 4IAQ A; 3RYL A; 4JTD B; 3EGX B; 3EH2 A; 2O9X A; 4YN0 B; 2ICW G; 3R7C A; 2DB4 A; 4BEJ A; 1G4W R; 3TOM A; 4N06 A; 4U5D E; #chains in the Genus database with same CATH homology 2UUH A; 5K0I A; 5HV9 A; 5BQH A; 2H8A A; 4YL1 A; 4JC7 A; 4AL1 A; 4BPM A; 5BQG A; 2PNO A; 3DWW A; 3B29 A; 3PCV A; 4YL0 A; 2Q7R A; 3HKK A; 3LEO A; 4NTF A; 5BQI A; 4JRZ A; 4AL0 A; 4NTB A; 4WAB A; 4YL3 A; 4NTA A; 4YK5 A; 4JCZ A; 4J7T A; 2UUI A; 4J7Y A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
