The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VMSSPALPAFLLCSTLLVIKMYVVAIITGQVRLRKKAFANPEDALRHGGPQYCRSDPDVERCLRAHRNDMETIYPFLFLGFVYSFLGPNPFVAWMHFLVFLVGRVAHTVAYLGKLRAPIRSVTYTLAQLPCASMALQILWEAARHL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase Provides Insight Into Diversity in the Mapeg Superfamily.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
PROSTAGLANDIN E SYNTHASE
|
| total genus |
65
|
| structure length |
146
|
| sequence length |
146
|
| ec nomenclature |
ec
5.3.99.3: Prostaglandin-E synthase. |
| pdb deposition date | 2012-02-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01124 | MAPEG | MAPEG family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WAB A; 4AL0 A; 2UUI A; 4JRZ A; 3LEO A; 4J7Y A; 4BPM A; 4JC7 A; 4J7T A; 2PNO A; 4NTB A; 2H8A A; 5BQH A; 5K0I A; 3B29 A; 5BQG A; 5HV9 A; 4AL1 A; 2UUH A; 4YL1 A; 4YL3 A; 4YK5 A; 2Q7R A; 4NTA A; 3HKK A; 3DWW A; 4JCZ A; 4NTF A; 3PCV A; 5BQI A; 4YL0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K7D A; 3EHN A; 1ZHX A; 4ULW A; 3QW0 A; 4CS9 C; 3GOD A; 2KJG A; 1VLS A; 2HSQ A; 2X51 A; 4JRZ A; 3LS0 A; 2NPU A; 3GOR A; 2W4B A; 3W4Y A; 3CZ6 A; 2ZXW C; 5B1B C; 2IXO A; 2A68 F; 2WVN A; 3U8P A; 1FR0 A; 2Q3T A; 4GYT A; 4PK4 A; 2W4M A; 2QUP A; 1C17 M; 2IBF A; 4YWQ A; 2R7X A; 4P9F A; 2O9X A; 2P61 A; 1Y6D A; 4MTO A; 3KL4 A; 4G7Z F; 1NLX A; 4BJ1 A; 1ZU5 A; 2J7P D; 3HTK C; 1QVX A; 1LVK A; 3TUL A; 1ORS C; 2CGE A; 5T3W A; 4YL1 A; 3TD7 A; 1TWC A; 2J45 A; 1UFB A; 2HUJ A; 1GS9 A; 3MYI A; 3KKB A; 1OW6 A; 2KYH A; 5KYW B; 4NTA A; 1D0X A; 1GM5 A; 1F1M A; 3HKK A; 3RIP A; 1E2X A; 3PCV A; 4WGY A; 5BQI A; 1NU9 C; 2VCB A; 4I44 A; 4ULV A; 4EWC A; 2P6V A; 3LJB A; 2R7U A; 2V26 A; 2Q9C A; 3K33 A; 2A0U A; 3MLG A; 3NYL A; 4XPX A; 1T6Q A; 3ZTZ A; 2JX0 A; 1LE2 A; 4HE8 D; 2NUT A; 5L0J A; 1B68 A; 1M6T A; 2WVQ A; 3A9C A; 2HKV A; 1HE1 A; 3ATP A; 1C03 A; 3WG7 C; 4CIH A; 1Z7Q c; 4W8K A; 3C8G D; 1SF8 A; 3S84 A; 3VM6 A; 1WWP A; 1NG1 A; 1WOL A; 3C62 A; 2I15 A; 2CCY A; 3AG1 C; 3PHF 2; 4BJ5 A; 4YJW A; 4U5B E; 4D4N A; 3DJU B; 2XS8 A; 1OR2 A; 1VYK A; 3SXY A; 1JPJ A; 3EG9 B; 3MYF A; 4K7B A; 3S0X A; 3RKO F; 3ZVR A; 4DOZ A; 3CEX A; 3DM5 A; 1N1C A; 2OEV A; 2Y3G A; 4NC3 A; 4U5E E; 4KNW A; 2DB4 A; 2EIL C; 2A0B A; 3ABL C; 4XQ1 A; 4ANJ A; 1BR4 A; 4LAC B; 4IAO A; 4EUK B; 2XXA A; 1FAP B; 4KC9 A; 3TOM A; 3AJM A; 2KC3 A; 1L7C A; 1M57 C; 1E85 A; 1NBB A; 1VYI A; 4CDV A; 1PV3 A; 4E7Z A; 2XLW A; 2Q9A A; 1GQA A; 2R7V A; 5DS4 A; 4ZLC A; 3AQB A; 3F46 A; 2AP3 A; 1MMG A; 5E33 A; 5T3T A; 2BE5 F; 3F47 A; 5TJ5 E; 3V7O A; 3I4U A; 3VF0 A; 2YVK A; 4PFO A; 4YT4 A; 3ZG1 A; 5JS5 A; 1O5H A; 1XZP A; 3QTH A; 4ER9 A; 1V4A A; 4CS8 C; 2HJM A; 2J8W A; 2WZG A; 3NYJ A; 4L6R A; 2BL2 A; 1HMO A; 4MVO A; 4QI0 A; 1TFO B; 3JYH A; 1ZU4 A; 2QE9 A; 1LE4 A; 3EH1 A; 3ECS A; 3Q7L A; 2Y3B A; 3LEO A; 1OCR C; 2NUT B; 3QMK A; 3VAY A; 4BPM A; 2ZXP A; 4JCH A; 4DRH B; 3H2U A; 2J0W A; 4KNV A; 4NTB A; 3U5S A; 3U9J A; 3EJN A; 4QI2 A; 2TMV P; 5IY5 C; 1JOG A; 3OWT A; 1WGW A; 1BDJ B; 3CAX A; 2R03 A; 2FFH A; 3FMS A; 2R02 A; 1TWG A; 3EFO B; 1H9T A; 3EQL F; 5CI8 A; 3NDB B; 2C03 A; 1HW1 A; 4CS9 A; 2J9B A; 3L34 A; 3RQF A; 4O6M A; 2KQ9 A; 2XLH A; 3SEO A; 3ZSU A; 4A4A A; 4CDA A; 1K40 A; 4G78 A; 5T1D B; 3SNH A; 1RJ9 A; 1W2W A; 4CSA C; 2EPN A; 2LSE A; 4DXW A; 3T6G B; 1T9K A; 3HNJ A; 4IAQ A; 1D0Z A; 1H7I A; 2EPO A; 1EA8 A; 1VLT A; 5JP7 A; 2XLM A; 1YA9 A; 1E84 A; 3DXJ F; 1DOV A; 5B3S C; 4DJ9 A; 1SMY F; 5EHH A; 2AVK A; 3N2Z B; 1I4Y A; 1FMV A; 2EIN C; 4I3M A; 3W8H A; 3IQC A; 1Z3I X; 1VK5 A; 2PNO A; 1GGQ A; 2R9R B; 4J7T A; 4JTC B; 4ONS A; 2J7P A; 3IHU A; 5COM A; 1QSP A; 1WTY A; 2R05 A; 1SZI A; 1O3U A; 4JE9 A; 3W8I A; 4BJ6 A; 3R2P A; 3B29 A; 2NG1 A; 4U9D A; 3UMH A; 4MTF A; 1RKC A; 1A0B A; 4CIP A; 5A69 A; 2IYL D; 4NQF A; 3SYN A; 1JPN A; 5DS6 A; 2ZD9 A; 1IZM A; 3I5Q A; 3NG1 A; 5CI9 A; 1H9G A; 3C63 A; 3GEH A; 2XM4 A; 1MMN A; 3M1C B; 4MVR A; 3RFY A; 4WGZ A; 2B0H A; 2JPU A; 4G7O F; 3GM3 A; 5L0C A; 1LI5 A; 3EGX A; 3UNG C; 2M64 A; 3W2V A; 2VB6 A; 5A6J A; 1O87 A; 1BBH A; 3O39 A; 4O79 A; 1G4W R; 3C8G A; 3N24 A; 3GEI A; 3M15 A; 1HE9 A; 3LAY A; 3RVY A; 4E0H A; 4DVZ A; 2KGO A; 2YLI A; 4PJM A; 2YLD A; 1RXQ A; 3C18 A; 4OIO F; 4NCQ A; 4MVM A; 3J06 A; 4Z9J A; 1JRA A; 5KYU A; 1I4Z A; 2HMZ A; 2QTV A; 2EIM C; 3G4Z A; 4KBL A; 3ASO C; 1J8M F; 1JAF A; 3HNK A; 2FGY A; 3LUT B; 1YAU O; 5KYY A; 3UMI A; 1OQC A; 1OR3 A; 4E7S A; 256B A; 2QY9 A; 4EIY A; 3RYL A; 4CBE A; 3EHM A; 1Q0G A; 2Y3D A; 4I1M A; 2XLD A; 1J8Y F; 1MQV A; 2HS5 A; 3K1I A; 1JMW A; 3X2Q C; 3MFN A; 4IRU A; 2PX3 A; 2WL8 A; 3VYW A; 4CX9 A; 5A6B D; 1LI7 A; 3AG3 C; 4XEF A; 2XM0 A; 3FDQ A; 1VB5 A; 4E18 A; 2OKU A; 3GAN A; 2VC9 A; 5AC5 A; 1ZHZ A; 4JUR I; 4W8P A; 2ZXO A; 2OJE D; 1FFT C; 1T5O A; 5L0F A; 4OD5 A; 3FAJ A; 3KPH A; 3W2W A; 3U0C A; 3AGU A; 3LLK A; 2Y3H A; 4MVU A; 4AK9 A; 2E87 A; 2HV7 A; 2R7S A; 1PD0 A; 1A7E A; 3KMI A; 2FAP B; 4JTD B; 4G0H A; 5BQG A; 5DLJ A; 4CS8 A; 5JT4 A; 1E83 A; 1K05 A; 1PCX A; 3NYM A; 4OIP F; 1NU7 D; 1SR2 A; 2WB7 A; 4O6Y A; 3U2L A; 2A6H F; 2NUP A; 1EKY A; 4KI2 A; 4YT8 A; 1ORJ A; 4AX2 A; 4XTK A; 2Q7R A; 1QZX A; 4JJF A; 3RQE A; 4N06 A; 3M4B A; 1Q0D A; 4K0D A; 2XL6 A; 2PFD A; 3EGX B; 4LDQ A; 3V5Y A; 2PX0 A; 4I1O B; 4CJO A; 1HMD A; 4UDV A; 3TJ5 A; 2UUI A; 2ZXR A; 3B71 A; 3GWL A; 2XL4 A; 1KU2 A; 4XPY A; 3JZ0 A; 3DM9 B; 2EIJ C; 4E17 A; 1RMV A; 2XRH A; 1ZZP A; 2KW3 C; 2OEX A; 5KYX A; 2YEV A; 3QW1 A; 1WAS A; 4XLN F; 2YL7 A; 3T9O A; 1ZW2 A; 3WAQ A; 2YL1 A; 3AQC A; 3ABK C; 4JJG A; 3GM1 A; 3CSK A; 3MX3 A; 5KYY B; 4OIQ F; 4PJL A; 5COF A; 4BEM J; 2X0C A; 1MMA A; 1YZC A; 2OJQ A; 3HJC A; 4XWJ A; 4CSA A; 4ZLD A; 1EQ1 A; 3E9V A; 4U5G A; 1V54 C; 4LLE A; 3AGT A; 4YT5 A; 2XS1 A; 3SXK A; 2HJ3 A; 2P1A A; 1QPU A; 3SXM A; 2G3V A; 1MNE A; 4J32 B; 2YLG A; 3DWW A; 2DI3 A; 2RSE B; 3RH3 A; 1QLE C; 2YZS A; 1YYX A; 3Q7G A; 3U3F A; 4PAC A; 1TKN A; 1NFN A; 3FAP B; 3B0V C; 2CNW D; 1U0B B; 4JW1 A; 1VTM P; 4DBR A; 1NZE A; 1TR2 A; 4FWV A; 3S9O A; 3DMD A; 1Z23 A; 1KTM A; 5F5H A; 1HY5 A; 2GAQ A; 1Z5Z A; 3TK0 A; 2HFI A; 4N6C A; 1YYJ A; 2BC5 A; 3A11 A; 4HFF B; 2EPL X; 1PD1 A; 3KYI A; 2L6F A; 1NFO A; 1MMD A; 4H54 A; 1L3P A; 1FFH A; 3ITF A; 2ASR A; 4RD9 A; 1YJG A; 2GWW A; 4JEB A; 5E2Q A; 4C3E A; 1CGM E; 2YRF A; 4OIN F; 1FMW A; 5JVE A; 5DS5 A; 2L9J A; 3DJN B; 5COG A; 4LLC A; 2NUP B; 2Y69 C; 4MW3 A; 2RD9 A; 3LNR A; 3HNL A; 3T6B A; 4BJT A; 4YT2 A; 3ABM C; 3IQT A; 2IXM A; 3S27 A; 1LPE A; 1WAT A; 1T6U A; 3WOD F; 4U5D E; 5BUO A; 2NSF A; 3AG4 C; 4BEJ A; 2KK1 A; 3FHD A; 1OKK D; 2WZL A; 3IPM O; 4YL0 A; 4RBN A; 2IXP A; 4U5H A; 3QVY A; 2LP4 A; 3JSZ A; 2EPK X; 3EZH A; 3K6B A; 1JR8 A; 5E3C A; 4XEV A; 3JCU Q; 2OU6 A; 3M4C A; 4J7Y A; 2PF4 E; 2LCH A; 2G62 A; 2R7W A; 2VH3 A; 1Q0M A; 3LS1 A; 5KYX B; 2H8A A; 1ZVZ A; 4IJJ A; 4MQ9 F; 4EBB A; 3DI5 A; 3L8I A; 3ZQV A; 2OQM A; 1YA7 O; 3NRH A; 4EKW A; 5JLI A; 3U2M A; 1D0Y A; 2GFH A; 2LD6 A; 3K66 A; 3LLI A; 2HMQ A; 1APC A; 4N6H A; 4OD4 A; 4WJ0 A; 5A6B A; 1HW2 A; 2OOC A; 4MVS A; 2QLA A; 4C7O A; 1OCZ C; 5KYW A; 2KNH A; 2R7T A; 3UGO A; 1ST6 A; 1Z63 A; 2MHR A; 1Y4C A; 2B0J A; 2EIK C; 3FVY A; 3MBG A; 3Q6M A; 4MND A; 4P9T A; 2R7O A; 3LES A; 1TFK B; 2YHS A; 1VMA A; 3JRT A; 2J9U A; 2GDC A; 5JSL A; 2KSF A; 2YKZ A; 4B6I A; 2ETS A; 1BR2 A; 1ORY A; 5L0G A; 4IWB A; 3ZDL A; 3LNM B; 3QVZ A; 3O55 A; 2XSE A; 1R5I D; 1A7D A; 1Z6A A; 4Z9H A; 4CS7 A; 4EBK A; 4HEA J; 5JRA A; 1QQ3 A; 5FZT A; 4C3D A; 1SYQ A; 2ICW G; 1NSG B; 3NMK A; 3K1H A; 1M56 C; 4MVZ A; 5AC4 A; 5BQH A; 5L0I A; 3LEV A; 2L7A A; 3UGP A; 2W9Y A; 4DRI B; 3QZC A; 3EGD A; 2YQY A; 3U8V A; 3I5P A; 1D1A A; 3DAG A; 2J9V A; 3T6J A; 1H6G A; 2MYS A; 3S90 A; 1XZQ A; 5KYN A; 4O6N A; 3EZI A; 1RKE A; 5EGY A; 2CYD A; 2YWA A; 2DYR C; 3B0U X; 1RJ9 B; 2AWY A; 1LM3 B; 3KYJ A; 2ZPA A; 3B0P A; 3DE9 A; 4NY3 A; 4PFP A; 2P7V A; 4C3B A; 1M2V A; 1G4U S; 1YDI A; 4H4K C; 1Q0K A; 2PBE A; 2I8B A; 3M79 A; 5E3A A; 2D4U A; 1E86 A; 4G7H F; 2VCC A; 3EPV A; 5JUA A; 4GEH A; 2YL3 A; 1G8X A; 3BEH A; 3RVZ A; 3GWN A; 2LQG A; 3U3B A; 4Q7C A; 5L0D A; 4PJJ A; 3L0I A; 2P0N A; 3H65 A; 5EK0 A; 2F22 A; 2XXA B; 1LS4 A; 4OIR F; 4X0R A; 4C7O B; 2MWQ A; 5F5F A; 1U6H A; 4BJ6 C; 3JRM O; 2J9W A; 2H7V C; 2R25 A; 2R7Q A; 3GM2 A; 2WVO A; 3TQO A; 3ZIB A; 3AOU A; 4F4B A; 4FAP B; 4IAR A; 2CNW A; 5L3Q A; 3OA1 A; 3DKA A; 2A69 F; 3FXH A; 3JSE O; 2IM8 A; 3OEO A; 3PDM P; 1YVI A; 3O6X A; 1ZHY A; 1Q0F A; 2LFF A; 3NMI A; 3PMR A; 1TWH A; 4WAB A; 2DYS C; 4AE4 A; 2J46 A; 2OCC C; 5B3I A; 3SZR A; 2CW0 F; 3C8G B; 1M2O A; 1A41 A; 3DD7 A; 3B9Q A; 1D1C A; 1ZHW A; 2W45 A; 4LDK A; 2L6G A; 4YN0 B; 1YZA A; 4J30 B; 4LER A; 3TOL A; 5KYU B; 4FES A; 1T6I A; 4DRJ B; 4D4X A; 3N0T A; 4IB4 A; 4QDL A; 4U9E A; 2HV6 A; 1VOM A; 4MVQ A; 3EFO A; 3EGD B; 1YAR O; 3RW0 A; 3G50 A; 4AL1 A; 2EPM X; 3E70 C; 1OKK A; 2Y39 A; 4FX5 A; 4YL3 A; 1ZW3 A; 4Q4Z F; 2M4E A; 3JTL O; 4JIO A; 2Q4F A; 4CDY A; 4NTF A; 1AVO B; 1CGN A; 1RKE B; 4GQH A; 4N4W A; 2IOQ A; 2VAS A; 3C7J A; 2JD3 A; 4P6I C; 3K1I C; 3POV A; 1R4T A; 1CPR A; 4MW8 A; 2XLE A; 3DZA A; 3IQ6 A; 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