The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
ADLEDNMDILNDNLKVVEKTDSAPELKAALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKAPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDGALKLANEGNVKEAKAAAEALKTTRNTYHKKY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of cytochrome b562 from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S
rcsb |
| molecule tags |
Electron transport
|
| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| molecule keywords |
Soluble cytochrome b562
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| total genus |
45
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07361 | Cytochrom_B562 | Cytochrome b562 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Cytochrome c/b562 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1E83 A; 1E84 A; 4IAQ A; 2XLH A; 1M6T A; 2YLD A; 3QW1 A; 2XLV A; 2YL3 A; 5JRA A; 1YYX A; 5AGF A; 2XL8 A; 3DE8 A; 4JE9 A; 4JEA A; 3HNK A; 3ZWI A; 2BC5 A; 4N4W A; 1CPR A; 2XL6 A; 3TOM A; 5B3I A; 3M79 A; 3C63 A; 3ZQV A; 1JAF A; 1QQ3 A; 2XLW A; 3M15 A; 1YYJ A; 3ZQY A; 3ZTZ A; 3M4C A; 5JT4 A; 4D4N A; 2XLO A; 4IAR A; 3IQ6 A; 4JEB A; 3IQ5 A; 5JP7 A; 2YLG A; 2YKZ A; 1E86 A; 4L6R A; 1S05 A; 3HNJ A; 256B A; 4CIP A; 4CDY A; 1YZC A; 3QW0 A; 4U9D A; 4CJO A; 4JKV A; 3HNL A; 1RCP A; 1LM3 B; 3NMI A; 5JLI A; 4ULV A; 4CDV A; 3M4B A; 4WGZ A; 3TOL A; 1EKY A; 4IB4 A; 3U8P A; 1CPQ A; 1E85 A; 3HNI A; 1CGO A; 1APC A; 2YL0 A; 4U9E A; 1A7V A; 1MQV A; 1CGN A; 4NC3 A; 1GQA A; 3VRC A; 1QPU A; 1YZA A; 2YLI A; 5JVE A; 3FOP A; 3FOO A; 2YL1 A; 3NMK A; 2J8W A; 2XLE A; 4WGY A; 3NMJ A; 2QLA A; 2CCY A; 2XM4 A; 4CX9 A; 1NBB A; 3DE9 A; 4CJG A; 5JUA A; 4ER9 A; 3QVZ A; 3QVY A; 2YL7 A; 4N6H A; 1BBH A; 2J9B A; 2XM0 A; 4CDA A; 4D4X A; 5JSL A; 5JS5 A; 2XLM A; 4EIY A; 3C62 A; 2XLD A; 3L1M A; 3ZTM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VLT A; 3GEI A; 1E83 A; 1E84 A; 4BJ1 A; 2EPK X; 3ZDL A; 4IAO A; 2D4U A; 2L7A A; 2MHR A; 3EFO B; 3KMI A; 4LLC A; 2LK4 A; 4N6C A; 2KK1 A; 5JRA A; 1D1B A; 4BJ5 C; 1A0B A; 1Z63 A; 3AGU A; 1FNT c; 4JE9 A; 2EIM C; 4C3E A; 2H8A A; 4Q4Z F; 4JJG A; 4MS2 A; 4NTB A; 3HNK A; 4YK5 A; 4C3B A; 3B0U X; 3HTK C; 5A6K A; 2XXA A; 2WL8 A; 4IJJ A; 2O9X A; 3GAN A; 4LDQ A; 3WOD F; 2BC5 A; 4ANJ A; 3EPV A; 4N4W A; 5BQH A; 5BUO A; 4C7O B; 3DAG A; 3Q6M A; 3NYM A; 4XWJ A; 3N0T A; 1FFH A; 4Z9I A; 5B3I A; 2KW3 C; 2KQ9 A; 1TWC A; 3MFN A; 1WAS A; 3C63 A; 4I1M A; 1BDJ B; 3ZQV A; 5KYU B; 4LDR A; 3W8I A; 4YN0 B; 3B29 A; 1K04 A; 1RJ9 B; 1TKN A; 1W2W A; 2QE9 A; 2Y3D A; 4QI0 A; 2R02 A; 3ZTZ A; 3TUL A; 3F46 A; 1ORY A; 4D4N A; 2EIJ C; 1OW6 A; 3IQ6 A; 3O6X A; 1AUE A; 2Y3G A; 3ECS A; 3K33 A; 3O10 A; 3MYI A; 4XEV A; 4YT8 A; 2BE5 F; 2ICW G; 1S05 A; 1LI5 A; 1QLE C; 1M2V A; 256B A; 2R9R B; 2A6E F; 2XS1 A; 3KH2 A; 4LER A; 4N06 A; 3U9M A; 3ZSU A; 2L6F A; 2NUP B; 2ZXR A; 1Q0F A; 4GQH A; 4CDY A; 2R7Q A; 4DRH B; 4XLN F; 1RKE B; 1NLX A; 2Q9B A; 1YZC A; 3LAY A; 4QDL A; 4XPX A; 3MBG A; 2IOQ A; 1M56 C; 2H7O A; 3HKK A; 3K1I A; 4U5D E; 4JKV A; 2J0X A; 1ZYR F; 3C8G D; 1RCP A; 1TWH A; 4LLE A; 4Q7C A; 3T6G B; 5JLI A; 3RIP A; 2R7V A; 4CDV A; 4HEA J; 1HE1 A; 3M4B A; 5KYX A; 3A11 A; 3TOL A; 4EBK A; 1EKY A; 4CS8 C; 3E70 C; 2DYS C; 4IB4 A; 1ZW3 A; 2HS5 A; 3UMK A; 1CPQ A; 3KKB A; 4I1O B; 2R7X A; 2LIG A; 1ZU5 A; 2LFF A; 2W4M A; 4CBE A; 4PK4 A; 2XXA B; 4LDK A; 2I8B A; 2A6H F; 2H7V C; 4EBB A; 4DXW A; 4MTG A; 1H9T A; 1A7V A; 4MVZ A; 3LJB A; 5GPG B; 2OJQ A; 1ZHT A; 2ZD9 A; 1YAR O; 5L0J A; 3HLZ A; 5CI9 A; 4NC3 A; 3VRC A; 3H65 A; 1ZHW A; 1SMY F; 1Y4C A; 1OKK D; 2HSB A; 4H4K C; 4E0I A; 4MVR A; 1BR2 A; 5A6J A; 2Q4F A; 4BJ5 A; 3SXY A; 4AE4 A; 1VYI A; 2AWY A; 2PBE A; 4MW3 A; 4RDA A; 4YT5 A; 3AQC A; 2EIK C; 1S7Z A; 2J9U A; 3VF0 A; 1HMO A; 1U0B B; 2HKV A; 4OD4 A; 2L6G A; 3AQB A; 4OIN F; 5CI8 A; 3B0V C; 1ORJ A; 3S27 A; 1M2V B; 2EPN A; 3WG7 C; 4B6I A; 2Q7R A; 5JUA A; 1MMG A; 3QVZ A; 4JW1 A; 2IXN A; 1C03 A; 4AK9 A; 3SZR A; 4MVS A; 1O5H A; 3K1H A; 4N6H A; 2YZS A; 4BG0 A; 4D4X A; 1FMV A; 1Z7Q c; 2ZXO A; 3C18 A; 2HZ8 A; 2P1A A; 1WOL A; 1VLS A; 3TQO A; 2WVO A; 3RVZ A; 1OW7 A; 4YL1 A; 3LS0 A; 1OCO C; 4G7H F; 2V26 A; 1J8M F; 2R7W A; 3FAP B; 5KYX B; 4IAQ A; 1NU7 D; 2XLH A; 3OA1 A; 1H7I A; 1LI7 A; 1A7D A; 3ZQY A; 2HMZ A; 1OQC A; 2WZG A; 1D1A A; 1ZHY A; 4JVS A; 3U0C A; 1JOG A; 2HUJ A; 1GGQ A; 1OCC C; 4CSA C; 1SZI A; 2XSE A; 1YA7 O; 1HY5 A; 3U2L A; 2NSG A; 1TFK B; 3ATP A; 3JCU Q; 1E2X A; 4U5H A; 4P9F A; 3UMI A; 3ZWI A; 2R7T A; 2NG1 A; 3DXJ F; 2TMV P; 2J45 A; 4E18 A; 2WZL A; 2XL6 A; 1T01 A; 5DQZ A; 2KJG A; 1SYQ A; 2YVK A; 3AG3 C; 1K05 A; 2UUI A; 2Z15 A; 1F1M A; 3NKE A; 5EHH A; 1Q0K A; 3ABK C; 3JTL O; 2L81 A; 5L0D A; 4DRJ B; 4MVQ A; 3DMD A; 4J7Y A; 4CS8 A; 4AE4 B; 3JT1 A; 1TWG A; 3S90 A; 2XLW A; 2LP4 A; 2EIN C; 3RFY A; 5DS4 A; 4CIH A; 1GS9 A; 4NTA A; 1NFN A; 2VAS A; 4XPW A; 4F4B A; 4U5E E; 1AVO B; 1T5O A; 1NFO A; 1YYJ A; 2I15 A; 1LE2 A; 1XZP A; 1JRA A; 2VCA A; 1ZHX A; 2ZXW C; 4PFO A; 5TJ5 E; 5JT4 A; 3CEX A; 4O6Y A; 2XLO A; 5JP7 A; 1D0Y A; 5KYW A; 2GA0 A; 5KYN A; 3ZIB A; 2VCB A; 1E86 A; 4XTK A; 3SNH A; 1IW7 F; 4OIR F; 3HNJ A; 3K66 A; 1FMW A; 3ZG1 A; 4UDV A; 4E0H A; 4CIP A; 4GEH A; 1G8X A; 2NPU A; 1CGM E; 1WN0 A; 3GEH A; 4XEK A; 2C03 A; 3GOR A; 3FDQ A; 1Z6A A; 1WWP A; 2ZXP A; 1YVI A; 4KI2 A; 1LS1 A; 4U9D A; 1NG1 A; 1HW1 A; 3MLG A; 4DVY P; 3JYH A; 3AG4 C; 3NMI A; 5T1D B; 3K7D A; 4ULV A; 3UR3 C; 3O39 A; 2PP4 A; 4PJM A; 1HMD A; 4JJF A; 2OU6 A; 3DAF A; 1EA8 A; 4KNW A; 2PX3 A; 4U5C E; 2J7P D; 3TJ5 A; 3US6 A; 4E7S A; 1QZX A; 1YLM A; 4O7G A; 2QNL A; 1OR3 A; 3NKD A; 1ZW2 A; 2X51 A; 3RW0 A; 3W8H A; 4IWB A; 4ULW A; 4Z9H A; 3U8P A; 2PX0 A; 3T6B A; 4BJT A; 1GM5 A; 1D0Z A; 1LS4 A; 1R5I D; 3L8J A; 4XLP F; 1BZ4 A; 2YL0 A; 4RD9 A; 1MMD A; 2W45 A; 3DKA A; 1YA9 A; 2M64 A; 2Y69 C; 4J30 B; 5AC4 A; 1C17 M; 5L0G A; 2FGY A; 4J7T A; 5T3T A; 2IXO A; 4M63 A; 1N1C A; 2G62 A; 2YLI A; 2LCH A; 3DJU B; 3Q7G A; 1C02 A; 4NCQ A; 4BEJ A; 5JVE A; 3FOP A; 5F5F A; 3IEE A; 3TJ6 A; 2EPO A; 2G3K A; 4BJ6 C; 1Z3I X; 1PCX A; 1VTM P; 2R7O A; 4WGY A; 1I4Z A; 2FAP B; 5E2Q A; 3VAY A; 2CCY A; 2XM4 A; 2AU5 A; 4EUK B; 5KYW B; 1VB5 A; 2YEV A; 1QKR A; 2L9J A; 1NBB A; 4ZLC A; 5A6B D; 3DE9 A; 5F28 E; 4HFK B; 1DOW A; 1NSG B; 2DB4 A; 2WVQ A; 5L3Q A; 3U5S A; 5B1B C; 2OCC C; 1G4U S; 1TFO B; 2KGO A; 2PNO A; 2XL4 A; 3H2V A; 2A1D D; 1ST6 A; 3K6B A; 3LES A; 4JCZ A; 3O55 A; 3WAQ A; 2E87 A; 2FFH A; 4U5G A; 5F5H A; 4DVZ A; 3U8V A; 3RQG A; 4EIY A; 3GEE A; 2NSF A; 3C62 A; 2XLD A; 4J32 B; 1I4Y A; 3L1M A; 5FZT A; 3V5Y A; 3NYL A; 1T6I A; 3OWT A; 3QMK A; 5B1A C; 4FX5 A; 4KNV A; 3S0X A; 2QY9 A; 4MVU A; 2XLV A; 3T4R A; 3JSE O; 1EI7 A; 1HE9 A; 2KC3 A; 5E3A A; 3U3F A; 1OCR C; 1LKX A; 2XL8 A; 3DE8 A; 3RH3 A; 1G5Z A; 3GM3 A; 2OOC A; 1R4T A; 2RSE B; 1JMW A; 3IPM O; 2EPL X; 4MW8 A; 2AWC A; 2HSQ A; 5IY5 C; 1J8Y F; 4NQF A; 3TD7 A; 4E7Z A; 1JR8 A; 3CZ6 A; 2VH3 A; 1RMV A; 1O87 A; 1CPR A; 1Q0G A; 2A0B A; 1XWJ A; 5COM A; 3M1C B; 3TOM A; 2HJM A; 4QI2 A; 2OQM A; 3I5Q A; 2KSF A; 4DBQ A; 3S84 A; 1HW2 A; 3LLI A; 3RQE A; 2BL2 A; 1UG7 A; 3SXM A; 1JAF A; 4H54 A; 1QQ3 A; 1WGW A; 4U5B E; 3U9J A; 2EPM X; 3VM6 A; 1YAU O; 5DLJ A; 4BEM J; 4BPM A; 1G4W R; 4YT2 A; 2D5R B; 4P9T A; 4AL1 A; 3EH2 A; 2HJ3 A; 3JRT A; 2QTV A; 3Q7L A; 1I5N A; 4O6M A; 4YL3 A; 4AX2 A; 1KTM A; 4I3M A; 2Y39 A; 1ORS C; 1YJG A; 3C8G A; 5FCL A; 1A41 A; 4IAR A; 3POV A; 2LD6 A; 3IQ5 A; 4JEB A; 2F22 A; 2HFI A; 2EIL C; 1RXQ A; 3DZA A; 4K1O A; 2YKZ A; 1LE4 A; 4A4A A; 4R32 A; 2W4B A; 1LVK A; 1VMA A; 4HFF B; 2OJE D; 2DYR C; 1MMA A; 2GWW A; 4AL0 A; 4JC7 A; 4DOZ A; 5L0I A; 4G7Z F; 2WZF A; 3ABM C; 3S9O A; 5KYY A; 1A7E A; 3RVY A; 3L0I A; 2GFH A; 3EZI A; 1QVX A; 4YJW A; 4G7O F; 4Q5S F; 2LSE A; 5DQT A; 3FVY A; 4XPY A; 3QW0 A; 4BJ6 A; 3SYN A; 4CJO A; 1D0X A; 1V55 C; 3EZH A; 3HNL A; 3L34 A; 5DS5 A; 1T9K A; 1EQ1 A; 3B9Q A; 3CQZ A; 1OCZ C; 2YWA A; 4Z9J A; 3SEO A; 5A6A A; 2W9Y A; 3ITF A; 5A69 A; 4OIP F; 1OXB A; 1H9G A; 1ZVZ A; 2MYS A; 3G50 A; 3PMR A; 2IBF A; 4EBJ A; 4G0H A; 3OEO A; 2X0C A; 1E85 A; 2Q3T A; 2YHS A; 1JPJ A; 3EJN A; 3FAJ A; 3KL4 A; 4JIO A; 4JRZ A; 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