The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
230
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structure length |
221
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Chain Sequence |
NAKRDRIFVRVYNVMKRINCFINKNIKKSSTDSNYQLAVFMLMETMFFKENETVGLLTLKNKHIEISPDEIVIKFVGKDKVSHEFVVHKSNRLYKPLLKLTDDSSPEEFLFNKLSERKVYECIKQFGIRIKDLRTYGVNYTFLYNFWTNVKSISPLPSPKKLIALTIKQTAEVVGHTPSISKRAYMATTILEMVKDKNFLDVVSKTTFDEFLSIVVDHVKS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conservation of structure and mechanism between eukaryotic topoisomerase I and site-specific recombinases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Vaccinia virus
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| molecule keywords |
TOPOISOMERASE I
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| total genus |
72
|
| structure length |
221
|
| sequence length |
230
|
| ec nomenclature |
ec
5.99.1.2: Transferred entry: 5.6.2.2. |
| pdb deposition date | 1998-02-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Type 1-topoisomerase catalytic fragment, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Topoisomerase I; Chain A, domain 3 | Topoisomerase I; Chain A, domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K4S A; 1A35 A; 1TL8 A; 1EJ9 A; 2H7F X; 2F4Q A; 1A41 A; 2B9S A; 1A36 A; 1NH3 A; 3IGC A; 3M4A A; 1K4T A; 2H7G X; 1SEU A; 1RR8 C; 1R49 A; 1LPQ A; 1RRJ A; 1SC7 A; 1T8I A; 1A31 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QW0 A; 3QTH A; 3SXZ A; 3HNJ A; 3EQL F; 5T1D B; 4P9T A; 2AWC A; 3U5S A; 1QKR A; 1U6H A; 2HS5 A; 5D92 A; 2Q9A A; 4CS9 A; 1WAT A; 2X51 A; 4XLP F; 4AL1 A; 1SZI A; 4BEM J; 2BC5 A; 4PR9 A; 2NG1 A; 4I44 A; 1J8M F; 1A41 A; 3M4C A; 5TJ5 E; 3NYJ A; 2M4E A; 4E7S A; 3EGD A; 4ULV A; 4CSA A; 4RBN A; 1KNY A; 2PF4 E; 2ICW G; 2DYR C; 2XLM A; 2Z15 A; 3UMH A; 1Z63 A; 5BQI A; 2BL2 A; 2NSF A; 1LPE A; 2R9R B; 4IAQ A; 1MQV A; 1GS9 A; 4P9F A; 1OCZ C; 4OIR F; 2FFH A; 4RDA A; 5CI8 A; 3S27 A; 1JPN A; 1OCC C; 1TWG A; 3MYI A; 4I3M A; 1DOV A; 5COF A; 1V74 B; 4JCH A; 3Q7G A; 4EUK B; 2A69 F; 4XTK A; 3W8I A; 3B9Q A; 2JD3 A; 2HSB A; 2J9W A; 1ZHW A; 1LI7 A; 1R5I D; 3BEH A; 4L6R A; 5DS4 A; 5JRA A; 2W4M A; 4HEA J; 2XLO A; 4EWC A; 4LDR A; 2WB7 A; 3H65 A; 1G8X A; 1ZU4 A; 2LP4 A; 2QY9 A; 3MBG A; 2HJ3 A; 5KYU A; 1FMV A; 4AX2 A; 5JT4 A; 5K0I A; 1Y4C A; 5L0D A; 1M57 C; 3IGC A; 3RW0 A; 4XPW A; 5EK0 A; 3AG3 C; 3ZSU A; 1K05 A; 2XS8 A; 1TWC A; 2ASR A; 1TFO B; 1Z6A A; 1Z3I X; 1JRA A; 3EFO A; 4JTC B; 4NY3 A; 3RVZ A; 3VM6 A; 4A4A A; 2KK1 A; 2WVN A; 1WN0 A; 3FDQ A; 3DM5 A; 4K0D A; 1NU9 C; 4JJF A; 1VTM P; 2GWW A; 3WG7 C; 1MNE A; 2RD9 A; 3ZIB A; 3UR3 C; 4P6I C; 5KYY A; 3U2M A; 5T3T A; 4O7G A; 3ASN C; 1TWA A; 4GYT A; 4EHP A; 1QLE C; 2PNO A; 1E83 A; 1YYJ A; 1EA8 A; 2G62 A; 3G50 A; 3DKA A; 2ZXP A; 4CS9 C; 4YT8 A; 2LK4 A; 2D4U A; 4EIY A; 2IXN A; 1TFK B; 1RKE B; 3EH1 A; 4OIO F; 2J9U A; 4ONS A; 1TR2 A; 2IYL D; 1UFB A; 5FCL A; 1ZW2 A; 1HE1 A; 3KL4 A; 5BQG A; 5L0C A; 4G7Z F; 1V54 C; 1M56 C; 2Y3G A; 1TQG A; 3NYM A; 3C8Z A; 2DB4 A; 4YL3 A; 1TKN A; 2WZG A; 4JTA B; 1MND A; 1PD0 A; 1BZ4 A; 3WAQ A; 2HMQ A; 1QZX A; 3EHM A; 1LI5 A; 4IGG A; 4DRH B; 1OXB A; 4YWQ A; 5DLJ A; 4QDL A; 1VLS A; 2A6H F; 1E84 A; 3EGX A; 2HUJ A; 2ETS A; 1ZW3 A; 1ZHT A; 1KU2 A; 2J7P D; 2EPL X; 1I4Y A; 1OCR C; 4JW1 A; 3CQZ A; 5EGY A; 2OJE D; 3V5Y A; 1K40 A; 3K1I A; 3EZH A; 3ABL C; 2HV6 A; 3GOR A; 3HTK C; 2H7F X; 2EPO A; 4MS2 A; 4XEF A; 2YZS A; 4MVO A; 2F4Q A; 3GM1 A; 1EKY A; 2R7V A; 3SEO A; 4PJJ A; 2Y3D A; 3RQE A; 4JVS A; 2HKV A; 2LFF A; 3DD7 A; 5AGF A; 5F28 E; 1C02 A; 4U5B E; 3I4U A; 2J9V A; 2M64 A; 3AQC A; 4JIO A; 4E17 A; 1RR8 C; 1ORY A; 1GM5 A; 4NTF A; 4PJN A; 3B0P A; 1MMA A; 5B3S C; 3FMS A; 3FAJ A; 3DJN B; 3T6J A; 2HMZ A; 3AGT A; 4AL0 A; 4BJ6 A; 3QZC A; 3HNK A; 1YAR O; 3DAG A; 2XLE A; 4OIP F; 1T9K A; 4DOZ A; 4X0R A; 2YQY A; 1T6Q A; 3X1O A; 1UG7 A; 4Q5S F; 2XM0 A; 3QVY A; 1CPR A; 1Z23 A; 4MVR A; 3W8H A; 3ZTM A; 1BR2 A; 1K04 A; 1OR3 A; 2HV7 A; 1M6T A; 2BE5 F; 1LIH A; 2Q7R A; 4BG0 A; 4CX9 A; 1H7I A; 3PDM P; 1A35 A; 2KW3 C; 2B0J A; 3Q7L A; 1TL8 A; 1EJ9 A; 1OKK A; 2QUP A; 3PMR A; 5A6K A; 3IQ6 A; 2IBF A; 2R7U A; 2LSE A; 4NTA A; 3EHN A; 5A6B A; 1LS1 A; 2PP4 A; 4ANJ A; 4G7O F; 3PHF 2; 3RYL A; 4K7B A; 4PFO A; 3LLK A; 3NDB B; 1SR2 A; 2KSF A; 1D0Z A; 2KJG A; 2L6G A; 4FWV A; 3H2U A; 2P1A A; 4M63 A; 4ULW A; 4C3B A; 1LKX A; 2IOQ A; 2HSQ A; 3OA1 A; 5E3C A; 2CGE A; 4BJ5 C; 2XL4 A; 3EGD B; 3OEO A; 4EBJ A; 1RCP A; 3V5X A; 1I4Z A; 2R05 A; 1V55 C; 1U89 A; 5JUA A; 2KNH A; 4ZLC A; 3L8J A; 2CNW A; 3IPM O; 2TMV P; 2L81 A; 3DAF A; 4WGZ A; 3LUT B; 3DZA A; 3T4R A; 3T6B A; 4CDY A; 2R7T A; 3AJM A; 4XWJ A; 4CIH A; 4U5G A; 2MHR A; 3K1I C; 3TUL A; 3MFN A; 5L3Q A; 2KC3 A; 2OQM A; 4EKW A; 1D0X A; 1RKC A; 1W2W A; 3C63 A; 3OWT A; 4Q7C A; 2J0W A; 3JTL O; 4YK5 A; 2R7Q A; 1EQ1 A; 5A6B D; 4YT5 A; 2EPN A; 1OXK A; 2R7X A; 3IHU A; 3DXJ F; 3Q6N A; 5KYU B; 1Y6D A; 2A0B A; 3FAP B; 4JRZ A; 3CEX A; 3G4X A; 4MVS A; 2P6V A; 3FHD A; 3DI5 A; 3V5Z A; 1VOM A; 3PCV A; 1LS4 A; 3NG1 A; 4CJG A; 5HV9 A; 1WWP A; 2YL1 A; 1YZC A; 4JEA A; 4LAC B; 2QE9 A; 1NG1 A; 3EFO B; 4PAC A; 5D91 A; 1D1B A; 1ZHX A; 2OEV A; 2W9Y A; 2H7B A; 3DM9 B; 4LLC A; 4N4W A; 4D4X A; 2YVK A; 5JVE A; 2L9J A; 2IXO A; 3R2P A; 2A68 F; 3LLI A; 3RQF A; 2JPU A; 4W8K A; 5DS6 A; 1PCX A; 2CNW D; 3GWN A; 3LEV A; 3VYW A; 1KTM A; 1FAP B; 3UMK A; 2EIN C; 1AVO B; 4CS7 A; 5KYY B; 1NZE A; 1QVX A; 2VB6 A; 4PJL A; 4AE4 A; 3HKK A; 2MWQ A; 2NSG A; 2OOC A; 4CIP A; 3SXM A; 1LM3 B; 3NRH A; 3ZDL A; 1L7C A; 1T5O A; 3JYY A; 5B1A C; 1YA9 A; 2KGO A; 2WZF A; 3EZI A; 2XS1 A; 2VCC A; 4MTO A; 2GA0 A; 4OD5 A; 1BR4 A; 2I15 A; 4PK4 A; 2H7O A; 3AG2 C; 2YL0 A; 3SYN A; 3ZWI A; 1NBB A; 4W8P A; 5CI9 A; 1JPJ A; 1ZYR F; 2YL3 A; 3M1C B; 1F1M A; 1NLX A; 1XZQ A; 3LAY A; 2OU6 A; 4MVU A; 3W2V A; 5L0G A; 1T8I A; 3N24 A; 1DOW A; 3EG9 B; 4ER9 A; 3WHN A; 4HE8 D; 2XSE A; 5B3I A; 4C3E A; 3EGX B; 3EPV A; 3O39 A; 1NFN A; 2CDQ A; 4RD9 A; 3UNG C; 3ZTZ A; 1ORJ A; 2VC9 A; 2J9B A; 3R7C A; 2HZ8 A; 2R03 A; 4I1O B; 3JSZ A; 1H9T A; 4H54 A; 2Y3H A; 3RIP A; 4F4B A; 1LPQ A; 3LNR A; 3VAY A; 3MX3 A; 2IXM A; 3SXY A; 2B0H A; 1D1C A; 3SNH A; 4ZLD A; 2YWA A; 2Y3B A; 1YYX A; 2GFH A; 3IQC A; 3TD7 A; 1R4T A; 2LD6 A; 3I5Q A; 4CSA C; 3EG9 A; 4KNW A; 2PFD A; 5E33 A; 2Y69 C; 3RVY A; 3TJ6 A; 1FNT c; 1OR2 A; 3UGO A; 3WOD F; 2EIK C; 3GAN A; 2R02 A; 1A7D A; 3JRT A; 3M79 A; 4BJ1 A; 1K4S A; 1HE9 A; 3EH2 A; 3JYH A; 1YJG A; 2OJQ A; 2XLD A; 3U9J A; 2OEX A; 4E0H A; 5L0J A; 1RJ9 B; 4XPY A; 3U3B A; 2AVK A; 1A7V A; 4NCQ A; 4EBK A; 1LE2 A; 1ZHZ A; 1YVI A; 4DVY P; 4R32 A; 3U9M A; 3TJ5 A; 3HJC A; 2EIL C; 2VCB A; 4JTD B; 4QI0 A; 3M4A A; 2ZXO A; 2A6E F; 2WVO A; 1G4U S; 2VCA A; 3DJU B; 4JUR I; 5L0F A; 5F5H A; 3ZQY A; 3F46 A; 3K6B A; 4WAB A; 4BJT A; 1CGM E; 3LEO A; 3O10 A; 4PJM A; 2AP3 A; 1YA7 O; 5COM A; 1HW1 A; 2J45 A; 2YRF A; 3F47 A; 2PBE A; 2KQ9 A; 4U9E A; 1H6G A; 2JX0 A; 4OD4 A; 1E86 A; 2YLI A; 4H4K C; 3LS1 A; 2X0C A; 2YHS A; 1SC7 A; 1RJ9 A; 3ABM C; 3GM3 A; 5DQZ A; 2EPK X; 5DVW A; 5KYN A; 1FTS A; 1Q0M A; 4NTB A; 4JKV A; 1MMN A; 1OQC A; 2G3K A; 3K7D A; 4WGY A; 5AC4 A; 2EPM X; 2CYD A; 3K33 A; 4DBQ A; 5A69 A; 1HW2 A; 2V3C C; 1Q0G A; 3ASO C; 4MVM A; 3GEH A; 1RMV A; 1A36 A; 4JE9 A; 1LVK A; 3FXH A; 3MLG A; 2ZXW C; 2ZPA A; 4OIN F; 5BQH A; 2LCH A; 3I5P A; 2XL8 A; 4J32 B; 2GAQ A; 1LE4 A; 2V26 A; 3RF3 A; 1Q0D A; 2F22 A; 1R49 A; 3E9V A; 2LQG A; 1Z5Z A; 2YKZ A; 1VYI A; 3TQO A; 1RXQ A; 3NYL A; 5DS5 A; 4E0I A; 3H2V A; 4MTF A; 3TOL A; 1EI7 A; 5JP7 A; 2VH3 A; 3AOU A; 2NUP A; 4YL1 A; 4E7Z A; 2XLH A; 5L0H A; 2GDC A; 4DRI B; 3O55 A; 2Q4F A; 3HNL A; 3L1M A; 1YAU O; 4HFF B; 4XPX A; 2D5R B; 2C04 A; 3FOP A; 4NC3 A; 1ZU5 A; 2C03 A; 1C17 M; 3US6 A; 3JZ0 A; 3QMK A; 3ABK C; 5B1B C; 1M2V B; 2G3V A; 3IEE A; 3GEI A; 3GOD A; 4XQ1 A; 4CBE A; 4KI2 A; 3L34 A; 1OKK D; 3KMI A; 3LES A; 3MYF A; 2H7G X; 2OCC C; 3NMK A; 4JJG A; 1V4A A; 4N6C A; 3JRM O; 3JCU Q; 4LER A; 4IJJ A; 3RQG A; 3GEE A; 3W2W A; 4I1M A; 1QPU A; 2QLA A; 1ZHY A; 4AE4 B; 4D4N A; 2VAS A; 1WOL A; 1FR0 A; 2NUT A; 5A6A A; 1O3U A; 4O79 A; 3POV A; 2WL8 A; 3S90 A; 2Q00 A; 4B6I A; 2PX0 A; 2UUH A; 3VRC A; 4BJ6 C; 2O9X A; 3Q6M A; 5KYX A; 1Q0K A; 2Y39 A; 5HSW A; 2MYS A; 1VMA A; 4J7Y A; 1M2V A; 3C8G B; 3LJB A; 2R7W A; 2J8W A; 2EIM C; 1APC A; 1XZP A; 3LNM B; 1BDJ B; 4CDA A; 4Z9I A; 1S05 A; 4KNV A; 1Z7Q c; 2B9S A; 1FFT C; 4FES A; 2EIJ C; 3GWL A; 3U3F A; 1JAF A; 1L3P A; 3ECS A; 4AK9 A; 1NSG B; 4GEH A; 3ZC4 A; 1OW7 A; 1T01 A; 4KC9 A; 4MVZ A; 2W45 A; 2IXP A; 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4IRU A; 5BUO A; 1SMY F; 4U5E E; 3RH3 A; 4MQ9 F; 4FX5 A; 2FAP B; 5EHH A; 1B68 A; 4E18 A; 2J0X A; 1T6I A; 4OIQ F; 3RFY A; 4MW8 A; 1TWH A; 2L6H A; 4DXW A; 3AG1 C; 2XXA A; 1O5H A; 4NQF A; 1K4T A; 5JSL A; 2HJM A; 2A0U A; 3TK0 A; 4BJ5 A; 3CAX A; 3U0C A; 4LDK A; 1O87 A; 3VF0 A; 5COG A; 3NKD A; 3JSE O; 4MVQ A; 4IAO A; 4LLE A; 3EJN A; 3JT1 A; 1A7E A; 1GQA A; 4J7T A; 4XEV A; 1SF8 A; 1G4W R; 3ITF A; 2R7R A; 3AGU A; 4Z9J A; 4N06 A; 2QNL A; 4G7H F; 1YZA A; 2W4B A; 3G4Z A; 4GQH A; 1PD1 A; 3KH2 A; 3U8V A; 3ZQV A; 4C3D A; 3KPH A; 4O6N A; 5IY5 C; 1FMW A; 5L3V A; 4G0H A; 5KYW B; 1BBH A; 2XL6 A; 3L8I A; 1RKE A; 2NUP B; 3C62 A; 3ZG1 A; 3T9O A; 4LDQ A; 2AU5 A; 3V7O A; 3E70 C; 1CPQ A; 1YDI A; 4BEJ A; 2QTV A; 4MND A; 3QW1 A; 3SXK A; 4DJ9 A; 2XRH A; 3X2Q C; 3GM2 A; 2KYH A; 4IAR A; 2XLW A; 4CJO A; 1GGQ A; 1JOG A; 1ZVZ A; 4Q4Z F; 3CSK A; 4KBL A; 3U8P A; 1T6U A; 1VB5 A; 3A9C A; 3S29 A; 3TOM A; 4CS8 C; 3C7J A; 3M15 A; 2FGY A; 2H7V C; 3HLZ A; 3C18 A; 2A1D D; 3T6G B; 2LIG A; 2XLV A; 4J30 B; 3NMJ A; 3SZR A; 3CZ6 A; 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