The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
153
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sequence length |
563
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structure length |
483
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Chain Sequence |
WKWWEEERYPEGIKWKFLEHKGPVFAPPYEPLPENVKFYYDGKVMKLSPKAEEVATFFAKMLDHEYTTKEIFRKNFFKDWRKEMTNEEKNIITNLSKCDFTQMSQYFKAQTEARKQMSKEEKLKIKEENEKLLKEYGFCIMDNHKERIANFKIEPPGLFRGRGNHPKMGMLKRRIMPEDIIINCSKDAKVPSPPPGHKWKEVRHDNKVTWLVSWTENIQGSIKYIMLNPSSRIKGEKDWQKYETARRLKKCVDKIRNQYREDWKSKEMKVRQRAVALYFIDKLALRAGNEKEEGETADTVGCCSLRVEHINLHPELDGQEYVVEFDFLGKDSIRYYNKVPVEKRVFKNLQLFMENKQPEDDLFDRLNTGILNKHLQDLMEGLTAKVFRTYNASITLQQQLKELTAPDENIPAKILSYNRANRAVAILCNHQIALGTSKLNFLDPRITVAWCKKWGVPIEKIYNKTQREKFAWAIDMADEDYEF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase/dna
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| molecule keywords |
DNA (5'-D(*C*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP
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| publication title |
Novel insights into catalytic mechanism from a crystal structure of human topoisomerase I in complex with DNA.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
153
|
| structure length |
483
|
| sequence length |
563
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| ec nomenclature |
ec
5.99.1.2: Transferred entry: 5.6.2.2. |
| pdb deposition date | 2000-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01028 | Topoisom_I | Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core |
| A | PF02919 | Topoisom_I_N | Eukaryotic DNA topoisomerase I, DNA binding fragment |
| A | PF14370 | Topo_C_assoc | C-terminal topoisomerase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Yeast DNA topoisomerase - domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Topoisomerase I; Chain A, domain 4 | Topoisomerase I; Chain A, domain 4 | ||
| Mainly Beta | Beta Complex | DNA Topoisomerase I; domain 2 | DNA Topoisomerase I, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Topoisomerase I; Chain A, domain 3 | Topoisomerase I; Chain A, domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2B9S A; 1SC7 A; 1R49 A; 2H7G X; 1K4S A; 1A35 A; 1NH3 A; 1RR8 C; 1T8I A; 2F4Q A; 2B9S B; 1TL8 A; 1A41 A; 3M4A A; 1A31 A; 3IGC A; 1SEU A; 1K4T A; 1LPQ A; 1OIS A; 1A36 A; 1RRJ A; 1EJ9 A; 2H7F X; #chains in the Genus database with same CATH topology 5JI6 A; 1XDU A; 4XNF A; 1X3W B; 3M1E A; 3K1M A; 1EA3 A; 5CYV A; 2KIU A; 3GW2 A; 1FWZ A; 1W7P B; 1SAN A; 2VL8 A; 4G94 A; 1F5T A; 4NDL A; 2DA3 A; 3TW6 A; 4LOC A; 3VOE A; 1I50 J; 4PGG A; 2HKO A; 4A0X A; 3CCV I; 2JK3 A; 1IW7 F; 2E34 A; 2LKS A; 3RTR A; 2CJJ A; 2CO5 A; 2DT7 B; 4CH7 A; 3IRR A; 4BE1 A; 2R3S A; 1Q1V A; 1TQI A; 3ECO A; 4CSW A; 2QQ8 A; 1FZP B; 2LR8 A; 2KRF A; 1WJ5 A; 1SD7 A; 1HDD C; 3QU6 A; 4XKV A; 3RSN A; 1TWF A; 3F23 A; 2Y0S N; 5GTI C; 2DA4 A; 5GP9 A; 2L9N A; 4L9T A; 4KT6 A; 1XGM A; 4ZZD A; 1WQG A; 4LG0 B; 2CH0 A; 1FYM A; 3B02 A; 3CJQ B; 3LSJ A; 1E0E A; 1LVK A; 2Z5U A; 4FX4 A; 2W85 A; 1TL8 A; 1BR4 A; 1OCP A; 4ZTJ A; 1B9M A; 4A6D A; 4UUS A; 1FY7 A; 3OYD A; 5JLX A; 4YEL A; 2FOW A; 1XB4 A; 1MIU A; 1V54 H; 2AQE A; 3H5R A; 2DA1 A; 2QUF A; 3LMM A; 4IHT A; 1WCM J; 3G2B A; 3REO A; 1LVA A; 2P5V A; 1HA8 A; 3OYF A; 1T38 A; 3HSF A; 1Y1V A; 2HWV A; 3DV8 A; 1XS9 A; 2LC2 A; 2JA2 A; 2ISY A; 2KDO A; 3E6D A; 5E79 C; 5CJ9 A; 3ZPL A; 1FSE A; 4B48 A; 2Y9Z A; 1ETY A; 5GPA A; 2ECB A; 3LQQ A; 3NRV A; 3CC2 I; 3S1M J; 3JSP A; 2X1D A; 1G3Y A; 1SFO J; 4KN7 X; 3BG5 A; 2A68 D; 1H9G A; 2DDA A; 3CJR B; 1ZTR A; 4E7J A; 4BEH B; 1F36 A; 4C9Y A; 2CQQ A; 3CJT B; 4ESB A; 1N77 A; 1R71 A; 2Y0M A; 2VKV A; 2HVS A; 3GTP A; 3BPX A; 4ZJZ A; 2UZK A; 2XF5 A; 1ISE A; 4LMO A; 1ZYR D; 1B4A A; 1Y8Q B; 2GOM A; 2NOG A; 3GBG A; 3GVA A; 1XMA A; 2W4S A; 1IN5 A; 2KRC A; 4H0E A; 5D5V B; 3B6A A; 4C2M A; 2R5Z B; 3LF9 A; 2FEZ A; 4OWR B; 4EMS A; 1WQF A; 2EFW A; 2HPM A; 4ENJ A; 3CCL I; 2VKH A; 3E1S A; 3GYH X; 5L3B A; 2MA3 A; 1RNL A; 1BW6 A; 2XAH A; 2V1D A; 3T5X A; 1E3O C; 1VQL I; 1MGT A; 4ETS A; 5BPD A; 1QGP A; 4RBO A; 2QKL B; 2FBH A; 2LYC A; 1MJA A; 4Y13 A; 3DBL B; 1BR1 A; 1RR8 C; 1MNM C; 4B43 A; 5KAF C; 3N05 A; 3TDU C; 1HST A; 2M9H A; 2M34 A; 2OV7 A; 3TOA A; 3ABL H; 2LD5 A; 1K61 A; 4W97 A; 1LJ9 A; 3PQK A; 5GAE J; 1K4T A; 1HKQ A; 5F0F A; 2VOO A; 3LSR A; 4CYC A; 3D5R C; 4RB2 C; 3S1Q J; 2CFX A; 3FHN A; 1YOV B; 4I6Z A; 3Q9S A; 5IY5 H; 3LNQ A; 3TED A; 3VPR A; 3UR3 C; 1B1B A; 2KIF A; 4EJT A; 1YJ9 I; 4PUS A; 2M3A A; 3NAU A; 4PJ0 C; 5KVR A; 2M0C A; 2O5J D; 1BW5 A; 4IHV A; 1IF1 A; 3BJ6 A; 5KHD A; 1O3T A; 2J5O A; 1O4X A; 2CUJ A; 4EJV A; 3PO2 J; 1YIO A; 2DYS H; 4BQO A; 2DPU A; 1SMY F; 2NS7 A; 2VXD A; 3E5Q A; 3GTL J; 5IOY A; 2LSO A; 1XSD A; 3IP4 B; 5EDN A; 3W6K B; 3DQV C; 3E6C C; 2W25 A; 2HTS A; 2E1M B; 4KIB A; 4CDG A; 2XDV A; 3HPG A; 3A03 A; 1WJF A; 3LA3 A; 1PDN C; 2A3S A; 3BQZ A; 1GXP A; 3V7R A; 4E7I A; 1ZG5 A; 3K58 A; 2MD5 A; 4U7D A; 2DBB A; 3ZQC A; 1VTN C; 1GDT A; 2JUG A; 5IP9 J; 3CO6 C; 2VLA A; 2P4W A; 3K7A J; 2H6B A; 2QM3 A; 1W36 C; 4M9Z A; 2ZSI B; 4RDU A; 3Q0V A; 4EM2 A; 5IYC J; 2NXN B; 3MZ8 A; 4C3I J; 4Q4Z F; 3GTM A; 2L7M P; 4LFU A; 3RQ4 A; 2NRA C; 1A04 A; 2X6Y A; 1JTX A; 4ENM A; 1STZ A; 2QF7 A; 3OL3 A; 2D5V A; 2XSJ C; 1EJ9 A; 2QGU A; 2BVM A; 1X58 A; 1H88 C; 3A02 A; 2A5W A; 2OZ6 A; 2F5D A; 5JHF A; 3VYU B; 3JRD A; 4AM3 A; 1IXC A; 3B6C A; 5JVT A; 4KFC A; 2STT A; 4GFB A; 3GUD A; 1D1C A; 4P5O A; 1TNT A; 4D7N A; 5D5X B; 2VIX A; 5F27 A; 2XGE A; 5EG0 B; 1QPM A; 2LF8 A; 1OMI A; 2K5C A; 4OIQ F; 1G3W A; 3SDB A; 4BGD A; 1TWA A; 3FKI A; 3MAJ A; 3PSI A; 3WU1 B; 4ZDO A; 2CW8 A; 1OLT A; 3AG3 H; 3BTC A; 3VDX A; 1OIS A; 2CV0 A; 2BVL A; 3F6O A; 1P9Q C; 1WJC A; 4L9N A; 1CF7 B; 1XN7 A; 5EGO B; 2RKH A; 3DKW A; 1TNS A; 1U78 A; 1BL0 A; 3JTH A; 5K7F A; 2E36 A; 1Z9C A; 1YIT I; 1FP1 D; 3VYT B; 1VI0 A; 2WY8 Q; 4EQQ A; 3DEE A; 3I9V 2; 1KYW A; 1X4O A; 2OJE D; 2VQL A; 4KUM A; 3BC8 A; 1WI3 A; 4ITV A; 1FX7 A; 1VQO I; 1JKQ C; 4LLG F; 1BOA A; 1R4N B; 5FD5 A; 1LQ1 A; 2DXI A; 3MKL A; 5H6Q A; 3S14 J; 1QNT A; 2PFB A; 5IT9 K; 5B66 C; 3K57 A; 1VQ7 I; 2AXL A; 2BHY A; 2HVQ A; 2B63 J; 3CLQ A; 2B9S A; 2TRT A; 2XC7 A; 1X19 A; 1J09 A; 1YLF A; 3WTU C; 2O03 A; 5ERI A; 3TO6 A; 2BHZ A; 2XAU A; 2YX7 A; 2ZB9 A; 1S9H A; 3BJA A; 4HQM A; 4C30 A; 2W00 A; 1YS6 A; 3SEQ A; 2IT0 A; 5BPI A; 1OCT C; 1YTY A; 2IGK A; 2I8D A; 2VQG A; 1LE8 A; 3RZO J; 1OFC X; 4CZC A; 3CES A; 4WCG A; 3L00 A; 1R58 A; 1TGO A; 2LF7 A; 2TDX A; 2K27 A; 2COB A; 3QP5 A; 4YEJ A; 3LQR A; 2HXO A; 4IEJ A; 2Z9O A; 1VZ0 A; 3GTK J; 3H5N A; 4XBF A; 3G71 I; 3FK7 A; 1SC7 A; 2PQ8 A; 1U9O A; 5IPA A; 3OIQ A; 1EH8 A; 2IJL A; 1LDD A; 2FBK A; 2FSW A; 3N4M A; 4A3D J; 3A1Y A; 4GFQ A; 3CDI A; 2W1O A; 1I6X A; 5HLT A; 2K02 A; 3JRA A; 2P7C B; 1I6H J; 1TT5 B; 2KP6 A; 2CWE A; 3G6E I; 2EJR A; 3IKV A; 4E7H A; 4Y17 A; 3ZP5 A; 2JWT A; 4HRI A; 1BR2 A; 1YS7 A; 2WWY A; 4IOA F; 3L2Q A; 4ESJ A; 3AG1 H; 1V4R A; 4N9I A; 4BH9 A; 2NS0 A; 2QQB A; 2HR3 A; 3E97 A; 3K4C A; 5DM6 F; 4FHT A; 1G3S A; 4M3E A; 4BXX J; 1IN6 A; 1IG7 A; 5J3L A; 4HPQ A; 2XKO A; 4F3E A; 5FGM A; 2XHK A; 1FBS A; 1YRN A; 4R79 A; 5F1J A; 2HGC A; 1DQU A; 4Q48 A; 1JUM A; 2F5F A; 2HYJ A; 4F55 A; 3JTG A; 1GXQ A; 3FIS A; 2MD0 A; 1G8X A; 3C2H A; 3HRS A; 4LD5 A; 4MO7 A; 4A3M J; 1ETO A; 5IT9 Z; 3W2V A; 1YNJ D; 1HQC A; 3F8N A; 2OC6 A; 4P96 A; 4XRF A; 4HNV A; 3G73 A; 1R5H A; 1IW7 D; 5JSB B; 4HAM A; 2MBF A; 4HLX A; 1E2X A; 1OPC A; 4EM0 B; 2DCE A; 5C4J J; 3HSR A; 4XL9 A; 1IJW C; 2ID3 A; 3HKZ A; 5LFA A; 3K5L A; 2VJ5 A; 2F2E A; 1R9T J; 1MBH A; 3RDI A; 2I5U A; 1ZGA A; 1XGS A; 2V4J C; 1P92 A; 3D5S C; 2Q0O A; 2Y30 A; 1AU7 A; 2IP2 A; 1E3P A; 3M7G A; 2ZBK A; 4RMN A; 5JVG F; 2R4G A; 3E6B A; 3OYL A; 3HJE A; 4HF0 A; 4XN0 A; 4BBR J; 3SZP A; 1EH6 A; 1HW5 A; 3HYI A; 1ETX A; 3P7N A; 3DCF A; 3KZI C; 4U0Y A; 2A69 F; 2EZH A; 5DUI A; 3D1N I; 1T2K A; 1FYK A; 1YHQ I; 1XSX A; 2YS9 A; 2GWR A; 2XAJ A; 4ZDP A; 4QTR A; 1W4M A; 3VSK A; 4M3B A; 3GTG A; 1Z3Y A; 1SVL A; 3V7S A; 3EUH C; 1GVJ A; 4B4C A; 4CO8 A; 1R22 A; 3KZY A; 3CUQ A; 3ML6 A; 4FE7 A; 2A6T A; 4OAY A; 4UXN A; 3JAM K; 2HEO A; 2VE8 A; 1R5G A; 4KA4 A; 2ECC A; 4DW6 A; 2X6O A; 2E1C A; 1TP4 A; 2OCC H; 1LPQ A; 4A3E J; 3HKZ N; 1JUP A; 4BY7 J; 3WVO A; 1SVO A; 3I3L A; 1MIJ A; 2L2O A; 3CTA A; 4UB6 C; 2L02 A; 1BIA A; 3CC4 I; 4IHY A; 3K4K A; 3ZMS A; 5E1X A; 5J1Y A; 5KK1 A; 5E8I A; 1IV6 A; 2QZ8 A; 2EZI A; 3OY9 A; 4RGX A; 5IYD J; 3ZQF A; 2X0L A; 2ME6 A; 2JZY A; 3EDP A; 1XSV A; 1HKT A; 3KYC B; 2VPR A; 1VQ4 I; 4KYW A; 1RPW A; 2DN0 A; 3Q9V A; 3KX2 A; 2O5R A; 2X6W A; 2CQX A; 2EIJ H; 3QPL A; 2PX9 A; 1QQI A; 4IRI A; 3ISP A; 5CVR A; 2LVS A; 4ZH4 F; 4LK1 F; 2WC2 A; 3TOB A; 3P5J A; 1JHH A; 2R7X A; 4IRG A; 4A0Z A; 1N78 A; 1A35 A; 4I02 A; 4N4O B; 1EKE A; 1QO0 D; 4BXF A; 5C3E J; 2IS6 A; 2KT0 A; 2BW3 A; 4D3Y A; 1FIA A; 2L9R A; 5AON A; 5D8K B; 2WV1 A; 1IRZ A; 3DLA A; 1DUX C; 3W3C A; 2VAS A; 3CDH A; 3CUQ C; 4ZDL A; 4JQF A; 2E2I J; 3OYE A; 3X2Q H; 2R7O A; 4I99 C; 4AVP A; 4ANJ A; 5L3G A; 4D1Q A; 2RRE A; 1W5S A; 4Z2Y A; 3Q5F A; 2NS8 A; 3CMA I; 1FOX A; 2QVO A; 4HNT A; 2KKO A; 1Z05 A; 3ERE D; 2L9S A; 4AID A; 4CCO A; 3IL2 A; 3ZQI A; 3DEU A; 5B1B H; 2XF6 A; 4E70 A; 3WE2 A; 2HOS A; 2GBY A; 1X1A A; 3QOP A; 5K5Q A; 1T98 A; 1KQ0 A; 5H6R A; 2EIL H; 4A3K J; 4K2E A; 2OQG A; 3ULQ B; 2YU9 J; 5GAH J; 5K1Y A; 3UNG C; 3WG9 A; 1QHH D; 3JAM Z; 1ZRE A; 2Y48 A; 2XUB A; 2ZKZ A; 1FTZ A; 4ZYH A; 2WAE A; 2VUM A; 3BZ6 A; 3I4M J; 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5ICC A; 3HEF A; 3G4S I; 1JUS A; 4RAZ A; 3DKX A; 4LG3 A; 1R36 A; 1TZL A; 4I0B A; 4BS9 A; 3V4G A; 2VKD A; 3M1C A; 2BY2 A; 3ZCO A; 2GZW A; 3EUA A; 4KB4 A; 3MD2 A; 2DFF A; 1DDN A; 3LSK A; 3L2C A; 2HDW A; 3F72 A; 3QWL A; 1LNW A; 2K40 A; 3FZV A; 4FIS A; 2HQN A; 4XOT A; 2HOA A; 2FJ1 A; 3BTI A; 1O3Q A; 3DLL F; 3FMR A; 2R92 J; 4JYK A; 1I5Z A; 4M3D A; 3IRQ A; 5IP6 A; 1R1U A; 1LEA A; 3U9G A; 4L0Y B; 4LIU A; 3WTS C; 3CMY A; 4A3I J; 2DMP A; 5AIP A; 2Z1D A; 4QPO A; 2HOE A; 1K6O A; 4EVI A; 1W0U A; 1J0R A; 3Q0W A; 2HPI A; 2Z16 A; 4O6J A; 4RM3 A; 5IP7 J; 5M3M J; 4QPQ A; 1O3R A; 1KU2 A; 4BY1 J; 3ZN1 A; 3L2W A; 4CCK A; 3DTI A; 4KIT B; 1RKT A; 1SFO A; 4JLR C; 3LSG A; 2FU4 A; 3NEU A; 2LMD A; 2IVM A; 3K4J A; 1ORK A; 3K4N A; 1LDJ A; 2EIM H; 3O8H A; 3TBI A; 3OWT A; 1FIP A; 1D1A A; 4BJ6 C; 4XLP F; 2CG4 A; 4IVN A; 1Y1W J; 1VQK I; 4BL0 B; 2PLY A; 1NG6 A; 1D0X A; 2B0L A; 4HX8 A; 3TKY A; 4II3 A; 2O7O A; 5EEA A; 3KP3 A; 2XV4 S; 2FA5 A; 2A61 A; 1JE8 A; 1KU7 A; 3O3K A; 2E35 A; 3M07 A; 3SFI A; 1YFH A; 4LGW A; 4WXC A; 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