The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
117
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Knots found |
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sequence length |
340
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structure length |
317
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Chain Sequence |
KKIEFEGKTYDYVFDVDIEDGKPPLKLPINVSDNPYTAADNFLARYELPMSYRDQVVQFILKNTVMKVLPVKQYLIMENYNPDTIFNGIVKINSNEKTFDDEILAQIGGALHDIDESWELLLSFANTIRSNWEIKTPAYDIVRLIVKKLPYSSDIKDYIEEGLGNKNITLTMLTVRILVNCFNNENWGVKLLESNQVYKSIFETIDTEFSQASAKQSQNLAIAVSTLIFNYSALVTKGNSDLELLPIVADAINTKYGPLEEYQECEEAAYRLTVAYGNLATVEPTLRQFANSVTWLANIKRSYGNVPRFKDIFDDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of PUL and PFU domain
rcsb |
| molecule keywords |
Protein DOA1
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| molecule tags |
Nuclear protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
117
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| structure length |
317
|
| sequence length |
340
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| other databases |
 KnotProt 2.0: Artifct K +31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-12-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08324 | PUL | PUL domain |
| A | PF09070 | PFU | PFU (PLAA family ubiquitin binding) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DB6 A; 4DB9 A; 2IX3 A; 1M8Z A; 4ADY A; 1B3U A; 4WV6 A; 2BNX A; 3RZX A; 3UL1 B; 4GMN A; 3EG5 B; 3NMX A; 1QBK B; 3VE6 A; 1M8W A; 5HUY C; 4JW2 B; 2BAP A; 3K61 A; 5EKF A; 4RV1 A; 4PVZ A; 3BSX A; 3V6Y A; 1BK6 A; 4K92 A; 4I5N A; 2RU4 A; 3K7V A; 4CB9 A; 1M8Y A; 2QK1 A; 1W9C A; 3ZIQ A; 2K8A A; 2OF3 A; 1PJM B; 3TJZ B; 3DW8 A; 4D4E A; 5D5K C; 1GCJ A; 2H4M A; 3BCT A; 2WTK A; 2NYL A; 1XM9 A; 2Z5N A; 4B18 A; 3C2G A; 1Y2A C; 2W3C A; 3Q0O A; 1W63 A; 4R0Z A; 4QMI A; 3GNI A; 5E6Q B; 1M1E A; 4BA3 A; 2VGL B; 4U58 A; 3KND A; 3WOY A; 4V3R A; 5SVZ A; 4U5N A; 4NZW A; 1M8X A; 4DVG B; 4U5U A; 4EVT A; 1LRV A; 3K62 A; 3EA5 B; 4NEE A; 5B56 A; 4RXH B; 4U5V A; 5SW9 A; 4I2W A; 3QML C; 4FQ3 A; 2F31 A; 2NPP B; 2Z6H A; 5KL8 A; 5BZ5 A; 4H3H A; 5DN7 A; 2OT8 A; 4A0C A; 4QMH A; 4DB8 A; 3NMW A; 4MFV A; 4CBA A; 4IMJ A; 1PJN B; 2YNR A; 3K49 A; 4K6J A; 4GMO A; 4I2Z A; 3VWA A; 1F59 A; 3UKW B; 4HM9 A; 4MFU A; 4DJS A; 4D49 A; 5HUW C; 4U5S A; 1T08 A; 3TPM A; 4CT6 B; 5KLT B; 2Z6G A; 1BK5 A; 3UKZ B; 4UAE A; 2FV2 A; 4PLS A; 3L6Y A; 3BSB A; 3OBV A; 2DB0 A; 2GL7 A; 2C1T A; 4V3O A; 4XZR B; 3OUX A; 5BZV A; 2K8C B; 3Q0N A; 5EKG A; 4CV5 B; 1O6P A; 1QGK A; 3FGA B; 1UPL A; 3OQS A; 2JKR A; 1OYZ A; 3V71 A; 2YJY A; 3IBV A; 3LTJ A; 3WYF C; 5SWF A; 4UWX A; 2IE4 A; 4BPL A; 3K5Q A; 3PSP A; 3K4E A; 3NOW A; 4MZ5 E; 3T7U A; 4U5L A; 4YGX A; 3Q0M A; 3TPO A; 4YK6 A; 4HTV A; 3TT9 A; 3QHE A; 3NMZ A; 3AU3 A; 1UKL A; 4YJL A; 3QGB A; 3C2H A; 4UQI B; 4U54 A; 2IW3 A; 4R11 A; 4B8P A; 4B8O A; 4FZA A; 2JKT B; 4FFB C; 3Q0R A; 4V3Q A; 2NYM B; 1I7X A; 2K89 A; 2Z5M A; 4UAD A; 4O27 A; 4YI0 C; 3GS3 A; 2P8Q A; 2YNS A; 3O2S A; 5CTT A; 3V74 A; 5BZ1 A; 1UPK A; 5EWP A; 5K9S A; 4FZF A; 1QGR A; 3A6P A; 1G3J A; 4QMJ A; 3IFQ A; 3O4X A; 1JPW A; 2VGL A; 4HXT A; 3FEX C; 4L7M A; 4UQI A; 5FC8 E; 1IBR B; 1Z2C B; 5J3V A; 3W3U A; 3EBB A; 2RU4 B; 4BQK A; 4EVA A; 3BX3 A; 1WA5 B; 3PST A; 3GRL A; 1LUJ A; 2Z5O A; 3LTM A; 3Q5U A; 5KL1 A; 2QK2 A; 4E4V A; 3ND2 A; 2Z5J A; 3GVO A; 1Q1S C; 3L3Q A; 5H2X A; 5LSW A; 2NYL B; 3ZIR A; 3UKY B; 3LWW A; 1W63 B; 2NPP A; 4R10 A; 1Q1T C; 4JLQ A; 1HO8 A; 5BZU A; 2C1M A; 2XA7 B; 4H3K A; 4KZG A; 4MZ6 E; 3GVT A; 5AEI A; 4EV9 A; 4HNM A; 3Q0Q A; 2Q5D A; 2IAE B; 4PLQ A; 4OIH A; 3GQ2 A; 3WPT A; 3BX2 A; 4CRV B; 3ZKV A; 3ZIN A; 4G3A A; 1V18 A; 4CB8 A; 1M5N S; 1EE4 A; 3TX7 A; 3QG9 A; 1TH1 A; 3UL0 B; 2K8B B; 3UVU A; 3FEY C; 3ZIO A; 1IB2 A; 1QZ7 A; 4YJE A; 4FZD A; 3RZ9 A; 4TNM A; 2X19 B; 1JPP A; 3ZIP A; 1XQS A; 3TJ3 A; 4P6Z B; 1EJL I; 4IMI A; 3Q0S A; 3K7W A; 4CT7 B; 3FGA A; 3L3F X; 5H2W A; 5BYM A; 5JJA A; 4U3J C; 2PF4 A; 2PKG A; 3WOZ A; 2XA7 A; 5K6S A; 3UKX B; 4P6Z G; 3H3D X; 3ODS A; 3ZHP A; 1XQR A; 5KLR B; 3GAE A; 4EVP A; 1O6O A; 1EE5 A; 5HHG E; 2IAE A; 3C5W A; 2BKU B; 3DAD A; 1WA5 C; 3Q0P A; 4OO6 A; 4FDD A; 2Z5K A; 4PLR A; 1EJY I; 3GB8 A; 3BWT A; 4Y5J A; 4ZDU A; 3QGC A; 3Q0L A; 3O2T A; 3K5Z A; 2JKR B; 2IE3 A; 1I7W A; 4U5O A; 4DZS A; 2JAK A; 3OPB A; 2IWH A; 3OUW A; 2JKT A; 4LAC A; 4EV8 A; 2NYM A; 5KLA A; 4DBA A; 2BCT A; 1UN0 A; 2QMR A; 1IAL A; 2X1G F; 1U6G C; 4RZP A; 2JDQ A; 3K64 A; 4I5L A; 3O2Q A; 4UAF B; 3BTR C; 4CRU B; 1JDH A; 3K5Y A; 3L6X A; 2QNA A; 4B8J A; 3ODR A; 1IQ1 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GO3 F; 4DB9 A; 3KZI U; 4ADY A; 1B3U A; 7ICR A; 5KFE A; 1Z00 A; 2E8M A; 2W9A A; 4K4H A; 2BNX A; 7ICJ A; 2ASD A; 5DKW A; 3EG5 B; 1U47 A; 4I3N A; 2HHW A; 2RRD A; 1A0P A; 2HHT A; 2GH1 A; 5IIK A; 2ZXH A; 4IS7 A; 2KTQ A; 4Q43 A; 3PNC A; 2Y1J A; 4HAI A; 4OD0 A; 4DQR A; 1S10 A; 3ZDB A; 4AYB F; 4LVS A; 3MR6 A; 4CB9 A; 5J2G A; 2FPK A; 1RYR A; 2QK1 A; 5AKL A; 4KLG A; 4RQ3 A; 3G6Y A; 3CNH A; 4I2J A; 5IIN A; 4D4E A; 5AM5 A; 4K4I A; 3BCT A; 2WTK A; 4DL7 A; 2W43 A; 2WB1 C; 4KX3 A; 5KFT A; 1L7P A; 4MF2 A; 4QWD A; 1BPE A; 1T7P A; 1W63 A; 2F3N A; 4BA3 A; 2VGL B; 4U58 A; 3WOY A; 2P35 A; 3NVV A; 1NK5 A; 4NLN A; 4PHA A; 3SEI A; 5G5G A; 3RJF A; 4J9O A; 1D9D A; 3QU5 A; 2PFO A; 2PFN A; 4ECR A; 4QWC A; 3WKD A; 4FZM A; 4MFF A; 2D8C A; 4EVT A; 3K62 A; 4JW3 C; 4I2H A; 3EA5 B; 5BOM A; 3SV4 A; 5KFG A; 4UB5 A; 5CWR A; 1ZQD A; 2FJ6 A; 3MGV A; 4GXI A; 2A1A A; 2AQ4 A; 2H3Z A; 1BPX A; 4EEN A; 2F31 A; 4AYB C; 3UXO A; 3KHL A; 3VLD A; 4L4H A; 2H3V A; 4PL2 A; 2EAM A; 1ZQQ A; 4B9N A; 2BPF A; 4O0I A; 3TAD A; 3QUT A; 2ZIV A; 4F5P A; 4C8O A; 1JAL A; 4QMH A; 4JV0 A; 5DGB A; 2RDJ A; 2G08 A; 4UAS A; 1ZQA A; 4NJ8 A; 1MC8 A; 4GC7 A; 1PJN B; 5AM1 A; 4GMO A; 4I2Z A; 3UMB A; 1X9S A; 3VWA A; 1UT5 A; 2EAO A; 4DFK A; 4MFU A; 2QAR B; 4GLX A; 4ELU A; 4D49 A; 5HUW C; 4ED2 A; 4J9Q A; 5AKK A; 4U7C A; 1TK5 A; 4U5S A; 2O6K A; 3GII A; 4CT6 B; 2Z6G A; 2DBY A; 3HWT A; 4UB3 A; 2C2D A; 4UAE A; 3EW9 A; 5KUB A; 5CHG A; 1Z1B A; 3ALR A; 5AK4 A; 2FV2 A; 2KP7 A; 1LKY B; 2F2A B; 4PLS A; 3K4G A; 3L6Y A; 2PKE A; 1XO1 A; 2W9B B; 2NV3 A; 5JU5 A; 1ZD3 A; 1L3U A; 4I28 A; 3IRU A; 1NZP A; 1RQL A; 5AHX A; 3JXZ A; 5BPC A; 5KFX A; 4EZ6 A; 3MR2 A; 3FYH A; 4YR0 A; 3MC1 A; 3NGD A; 4F2R A; 4I1E A; 2JKR A; 2JMG A; 4DSJ A; 1XC9 A; 4YD2 A; 2MAX A; 4RNO A; 3IBV A; 5L9X A; 4QZE A; 5HHI A; 2W9C A; 3K75 D; 5DQI A; 3WYF C; 2ZIU B; 2ZIW B; 3NVZ A; 2IE4 A; 2FI1 A; 2KIV A; 3ETR A; 3JXY A; 2N1R A; 8ICB A; 8ICF A; 1N56 A; 2HHQ A; 5J2F A; 2P66 A; 8ICP A; 2HOQ A; 2R8J A; 4F91 B; 4YGX A; 1ZRM A; 9ICQ A; 3C5G A; 3TPO A; 2JV3 A; 3H8W A; 4F5N A; 4Q44 A; 3TT9 A; 2LHT A; 5J0P A; 4I96 A; 2HHS A; 4O5C A; 2XO7 A; 3C2H A; 2V4Q A; 3RB4 A; 1NK4 A; 5KG3 A; 1ZD5 A; 4R11 A; 5J2H A; 1DK3 A; 2VKQ A; 1BPD A; 4FFB C; 3Q0R A; 2QKQ A; 1LVH A; 4F93 B; 5KG7 A; 4V3Q A; 4XQ8 A; 2KSO A; 3C1Y A; 2IOF K; 2JZB B; 2K89 A; 3N28 A; 3GS3 A; 4F50 A; 4C8L A; 2ZIU A; 2ZIW A; 3LVW A; 5J0Q A; 5AM2 A; 1ZD2 P; 2GWS A; 2G09 A; 5CTT A; 3PX4 A; 5J2E A; 2VJ5 A; 2DWQ A; 4JB3 A; 4KLM A; 2HI0 A; 1UPK A; 4BUG A; 3JPP A; 5EWP A; 3T5L A; 2Y9U A; 5K9S A; 2AGO A; 1SL2 A; 1KLN A; 2HCF A; 2VAN A; 2AU0 A; 4CF4 A; 2YB4 A; 5EWF A; 3NAS A; 2M9N A; 5DB9 A; 1L8L A; 3IFQ A; 1KW4 A; 1T4G A; 2K4P A; 1SIJ A; 4YR2 A; 3WKC A; 3LWM A; 4GC6 A; 2BQ3 A; 2F8K A; 5KT5 A; 3U26 A; 5AK6 A; 5CL4 A; 2W11 A; 5ALT A; 2DFL A; 5CL8 A; 2LM1 A; 1MQ3 A; 2KHV A; 4DOC A; 2BCS A; 4JWM A; 4M9J A; 3RR8 A; 1ZQU A; 4KLE A; 1PZN A; 1SZP A; 4EVA A; 3N7R C; 2AJQ A; 1X42 A; 2DL0 A; 3LTM A; 3PZP A; 2HMX A; 4KLF A; 2ZUB A; 2NRZ A; 3ND2 A; 2EDU A; 2W7P A; 3UJ0 A; 5CA7 A; 3GVO A; 2KNJ A; 5TIS U; 2BDP A; 2FLN A; 5H2X A; 4PZO A; 1N60 A; 4GFJ A; 2FPL A; 4IRC A; 3BQT A; 1QSY A; 3J81 j; 3LWW A; 4RT2 A; 4DL6 A; 4EX6 A; 2NPP A; 1OXJ A; 3PO4 A; 5DBA A; 4RT3 A; 3QEB Z; 5KG1 A; 4JLQ A; 7ICG A; 3ORY A; 1FO4 A; 4H3K A; 1SWW A; 4ZH4 A; 5ALR A; 5F9N A; 2EZZ A; 2KKV A; 4B9S A; 1SV0 C; 4KZG A; 3OTQ A; 1NI3 A; 4HNM A; 3Q0Q A; 5K4L A; 2HBK A; 4F8R A; 4Q8F A; 4TUS A; 3Q8S B; 3WPT A; 4YN4 A; 2YTU A; 4CRV B; 3ZIN A; 5EWG A; 8ICO A; 5KG0 A; 2YML A; 4EEK A; 2OEH A; 4I0Y A; 1RDF A; 3PR5 B; 2KD1 A; 5J0T A; 3TX7 A; 1DGJ A; 4EX7 A; 3G6X A; 2BHN A; 1SL1 A; 1IIP A; 2K8B B; 3ZIO A; 8ICM A; 3JPN A; 1QZ7 A; 5CJ7 A; 5AKY A; 3QUB A; 3TJ3 A; 1BNP A; 2KFN A; 1MA7 A; 1EJL I; 4EBE A; 4FP7 A; 5AI9 A; 3TFS A; 4IMI A; 4WJ3 B; 3Q0S A; 3K7W A; 1TAQ A; 3EWA A; 2HBJ A; 4CT7 B; 1D8L A; 3L3F X; 2IHN A; 1ZJN A; 5DB8 A; 1ZQL A; 4NY8 A; 3M9M B; 4I7I A; 3WOZ A; 3JPS A; 3SAH A; 1XS9 D; 3VC8 A; 3QZ8 A; 4P6Z G; 3IV6 A; 2JEG A; 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4B9T A; 9ICT A; 4XUS A; 1UA1 A; 2BAP A; 4RV1 A; 4PVZ A; 8ICK A; 2PI4 A; 4K92 A; 4I5N A; 2RU4 A; 4MEX A; 1CRX A; 2H3F A; 2E3T A; 4QZB A; 1ZQJ A; 4O3S A; 3OHB A; 2ZUD A; 5J0S A; 3VLF A; 4C0Z A; 2PFP A; 3DW8 A; 1HIW A; 4C7Z A; 5KL8 B; 1NKE A; 3OHA A; 4DFP A; 4QWA A; 4O3N A; 5KFM A; 1XM9 A; 3HKZ F; 2Z5N A; 1FIQ A; 2OM6 A; 4DOA A; 5ALQ A; 3Q0O A; 5J0U A; 4FZN A; 3Q8L A; 5E6Q B; 4UAU A; 5HP4 A; 5SVZ A; 2OHF A; 3TAR A; 4Y2U A; 2BR0 A; 4ED0 A; 1ZQS A; 5IIL A; 3T8S A; 1L7N A; 4UBB A; 1TAU A; 2K4H A; 4DVG B; 3N97 B; 3QU7 A; 5ALY A; 3BJY A; 1BPB A; 4IR9 A; 4P0Q B; 2AQ0 A; 3GQC A; 3Q8Q B; 4DFM A; 1ZQF A; 4O3Q A; 4NEE A; 2R8K A; 2W03 A; 3QE9 Y; 1KL9 A; 5EE1 A; 4U5V A; 4TQR A; 1NJZ A; 2NRW A; 3NUQ A; 4FQ3 A; 3MFI A; 1QQ6 A; 4CCH A; 5ALH A; 5H2F U; 2Z6H A; 1PK1 B; 1Z4O A; 3RAX A; 2XY7 A; 2E8P A; 3D2Q A; 5KL8 A; 4MF8 A; 3C21 A; 2HOF A; 4H3H A; 3PO5 A; 3RH5 A; 3AM9 A; 5ALS A; 4A0C A; 4EZ9 A; 4JV1 A; 2L5Y A; 4ELV A; 3NMW A; 1PUZ A; 4CBA A; 1RYU A; 2NO4 A; 3D2N A; 2YNR A; 4B9L A; 9ICI A; 1T8E A; 4NWI A; 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