The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
ACDYTCGSNCYSSSDVSTAQAAGYKLHEDGETVGSNSYPHKYNNYEGFDFSVSSPYYAWPILSSGDVYSGGSPGADRVVFNENNQLAGVITHTGASGNNFVECT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A nucleophile activation dyad in ribonucleases. A combined X-ray crystallographic/ab initio quantum chemical study
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Guanyl-specific ribonuclease T1
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Aspergillus oryzae
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| total genus |
25
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature |
ec
3.1.27.3: Ribonuclease T(1). |
| pdb deposition date | 2002-05-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00545 | Ribonuclease | ribonuclease |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Microbial ribonucleases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BUJ A; 3WR2 A; 1BRH A; 1R4Y A; 1FW7 A; 1LOV A; 1AY7 A; 1LRA A; 1GOU A; 4GHO A; 1GOY A; 1BSB A; 1MGR A; 4RNT A; 1UCK A; 1PY3 A; 1BIR A; 5RNT A; 3URP A; 1I2F A; 1BNJ A; 1BNI A; 8RNT A; 3A5E A; 1UCI A; 5BIR A; 1UCL A; 3D4A A; 1B27 A; 1CH0 A; 1BSC A; 2BIR A; 1BNF A; 3SYU A; 3AGN A; 6GSP A; 1JBR A; 1GMR A; 1I0X A; 1ZGX A; 1BRN L; 5BU4 A; 2F5M A; 1BNS A; 1BU4 A; 1A2P A; 1GSP A; 4GSP A; 5GSP A; 3KCH A; 1AQZ A; 2KF5 A; 1SAR A; 1X1X A; 4BU4 A; 1C54 A; 2AAE A; 1JBS A; 1RMS A; 4BIR A; 1FUS A; 1RCK A; 1YVS A; 1BSA A; 1LOW A; 1RNT A; 2KF6 A; 1B21 A; 1B3S A; 1T2I A; 1RGE A; 2ZA4 A; 1I0V A; 1Q9E A; 1RCL A; 1BNE A; 1DET A; 3D5G A; 1RGH A; 1JBT A; 1RGC A; 2KAA A; 1TRP A; 1BNR A; 1X1Y A; 2AAD A; 1PYL A; 1GOV A; 1T2H A; 3DGY A; 1BRI A; 4J5K A; 2C4B A; 3RNT A; 2SAR A; 3D5I A; 4HOH A; 1YGW A; 1I3F A; 1BAN A; 4HAA A; 1RSN A; 3DH2 A; 1RGK A; 1G02 A; 1BAO A; 1RGF A; 2RNT A; 1BGS A; 1I3I A; 1B2S A; 3AHW A; 1BNG A; 1RTU A; 1BRG A; 1RGA A; 2RBI A; 1B2M A; 1TRQ A; 3AHS A; 1BVI A; 1BOX A; 7RNT A; 1HYF A; 1LNI A; 2KF3 A; 2F56 A; 1YNV X; 1X1W A; 3Q3F A; 4J5G A; 1DE3 A; 3WHO A; 1RN1 A; 1TTO A; 3BIR A; 1FZU A; 1BRS A; 1BRK A; 1FYS A; 1I70 A; 9RNT A; 1BRJ A; 1MGW A; 1RGG A; 1B2X A; 1X1U A; 2GSP A; 1UCJ A; 6RNT A; 1FUT A; 1GMP A; 1I2G A; 1RDS A; 2F4Y A; 3BU4 A; 1RNB A; 1B2Z A; 1GMQ A; 1B2U A; 1RGL A; 1BSD A; 5HOH A; 1I8V A; 1BSE A; 3HOH A; 2HOH A; 1LOY A; 1RLS A; 1RHL A; 1HZ1 A; 2KF4 A; 1B20 A; 1RN4 A; 3AGO A; 2BU4 A; 3GSP A; 7GSP A; 1I2E A; 1IYY A; 2F5W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Z6B A; 4KFF A; 1BRH A; 3WR2 A; 1KSI A; 3SXX A; 1GY6 A; 3PXM A; 4HZ9 B; 3UB1 A; 3NQZ A; 3CCR 3; 2IUJ A; 3NX0 A; 3OX9 A; 5G2G A; 1A2V A; 3EE1 A; 5IW9 A; 3GZB A; 1QMA A; 5CLK A; 4H3U A; 4R80 A; 3EN1 B; 1UCK A; 2CH9 A; 2L1S A; 2ZDJ A; 3KFQ C; 4RNT A; 3URP A; 1I2F A; 4CPK A; 4HM3 B; 5RNT A; 1M1K 4; 1BNI A; 2CWV A; 3A5E A; 3CNX A; 3DGM A; 5KP3 A; 3VF1 A; 3BND A; 3DUK A; 3T8N A; 2OWP A; 1CYU A; 4XBX A; 3WOE B; 1O7P B; 1BNF A; 4HJL B; 2B24 B; 3EF8 A; 3K7C A; 1K73 4; 1I0X A; 3GAX A; 3JUO A; 4O8S A; 1YIT 3; 1ZGX A; 4O3V A; 1ISK A; 3LT9 A; 2W56 A; 3SLU A; 3MG3 A; 1WMO A; 1BRN L; 2HMK B; 1RRL A; 3UNL A; 5GSP A; 1GSP A; 4R1K A; 3LT8 A; 3KCH A; 2HMN B; 3MYT A; 1Q7Y 4; 4KFE A; 1NJI 4; 2CK3 H; 2D42 A; 3CCU 3; 2ML6 A; 3CCM 3; 1VQM 3; 1FGT A; 1JBS A; 1TUH A; 2O3O A; 3I55 3; 4BL3 A; 1OPY A; 2PZV A; 3RGA A; 1OUN A; 3DGN A; 1LOW A; 2GU3 A; 4N6T A; 1N5H A; 3GWR A; 3FSD A; 3SED A; 2CWU A; 1VQK 3; 3O8Y A; 1B3S A; 1JN5 A; 2BT3 A; 2RSX A; 3S27 A; 2H0G A; 5IF6 A; 3NHX A; 3WOF B; 3FGY A; 3DM8 A; 1NU3 A; 3PYJ A; 1F8N A; 1I0V A; 1W6G A; 3E99 A; 4PEJ A; 4QWT A; 3D5G A; 2CFG A; 2QA4 3; 1Q81 4; 4FMB A; 1FGQ A; 1RRH A; 2BO9 B; 2WOH A; 4NRE A; 3PGB A; 3CC7 3; 1GOV A; 3F7S A; 1IVX A; 5M18 A; 1EUI C; 2UGI A; 2SAR A; 2MC8 A; 3WDG B; 3OWU A; 4LZI A; 3F40 A; 1STD A; 1O7W B; 1SPU A; 4HAA A; 2CHC A; 2OQE A; 2CFL A; 1TU5 A; 2P0M A; 2OTL 3; 3Q1C A; 3VGN A; 1BAO A; 2RNT A; 4BL2 A; 1KD1 4; 1BNG A; 4BTY A; 3F9S A; 2RBI A; 4N6M A; 3BNE A; 1B2M A; 3RDE A; 3CD6 3; 4ORL A; 3SX1 A; 3OV4 A; 4XBT A; 1OHP A; 3GZY B; 1YNV X; 3K9M C; 1DE3 A; 1M1X B; 1VQ6 3; 4KZ1 A; 4EV2 A; 1LVN A; 1TTO A; 1W6C A; 4K1V A; 1BRS A; 3WOD G; 1R4C A; 2QIY A; 2CKF B; 1BRJ A; 4N3V A; 3CCJ 3; 1B2X A; 1X1U A; 2B1X B; 2W6J H; 4XBY A; 2I9W A; 2ZHX B; 3X3Y A; 1GMP A; 4BTX A; 3QK9 A; 3BU4 A; 1EA2 A; 1GMQ A; 1B2U A; 1BSD A; 1OF5 A; 1WMN A; 1I8V A; 4HBR A; 3UL5 A; 3EBT A; 1JB5 A; 4O02 B; 3WMD A; 1V58 A; 1GY5 A; 1STF I; 1DYU A; 5AEU B; 3I56 3; 2ZL8 A; 5IEN A; 3J7Y d; 2P05 A; 1MOL A; 3ECF A; 1I2E A; 3EN8 A; 4MJD A; 3B4O A; 1A67 A; 2R4I A; 3VSY A; 3ALA A; 4I4K A; 4MEI A; 4Q53 A; 1AY7 A; 3PS8 A; 2CG1 A; 2GBX B; 1LQG C; 1IK3 A; 2O9U X; 1GOY A; 2E2U A; 3H51 A; 1JN5 B; 4FCZ A; 3OXA A; 4R9K A; 1PY3 A; 3STD A; 3SVA A; 1YGE A; 1NDO B; 1DMQ A; 1BNJ A; 3N8B A; 2IMJ A; 5CF1 A; 1VQ9 3; 2Z7A A; 2M7O A; 5BIR A; 1JJ2 2; 4OK0 A; 1IQ8 A; 4LYL B; 1VQ4 3; 5G1L A; 1G96 A; 1CH0 A; 1O7M B; 3WA3 A; 1ZO2 A; 3CC4 3; 2XGL A; 3AGN A; 6GSP A; 5D82 A; 1VQ8 3; 1AV4 A; 2W2C A; 4KFD A; 4FMA A; 4O2H A; 1OHS A; 3K5T A; 2R41 A; 2CX0 A; 5STD A; 2OTJ 3; 4J8T A; 1BU4 A; 4EYC A; 3FCS B; 1AQZ A; 3DGL A; 4BU4 A; 3IMA B; 1UUV B; 1VQO 3; 1WNH A; 2AAE A; 2YFI B; 5JBS A; 1VQP 3; 1QVG 2; 1K8A 4; 1C54 A; 4K90 B; 1RMS A; 1CYV A; 1QJG A; 3B8L A; 4XDV A; 4ILF A; 2BMR B; 3WA2 X; 2K3D A; 5AEW B; 1S72 3; 3EQQ B; 2XF3 A; 2Y73 A; 5EVH A; 6STD A; 1QAK A; 3JUQ A; 2JQ5 A; 2KF6 A; 4MMY B; 3F14 A; 1GD4 A; 1SQW A; 4NPB A; 1TFK A; 1KC8 4; 1U5O A; 2P38 A; 5IER A; 3NV0 A; 4CDL A; 2E2T A; 5BVB A; 1QVF 2; 1IQY A; 2HMM B; 1DET A; 1FGM A; 1W6Y A; 2FNQ A; 1KWI A; 4KVH A; 1E3R A; 4U13 A; 2C11 A; 2GU1 A; 3Q2P A; 3LML A; 5IG0 A; 2KAA A; 1JBT A; 1BNR A; 1X1Y A; 3MHE A; 3G71 3; 1T2H A; 3KE7 A; 4J5K A; 3CCE 3; 5D83 A; 2UUG C; 3MKI A; 2CFK A; 5DRV A; 2C10 A; 2LQV A; 1MWT A; 4HOH A; 1YGW A; 1D6Y A; 3JVC A; 3TDG A; 3B4P A; 3JUM A; 1IV7 A; 1DVC A; 3JUP A; 1RGK A; 2CW9 A; 1YHQ 3; 4CCV A; 1RGF A; 1BGS A; 1I3I A; 4HM7 B; 4N6O B; 2WGQ A; 1RTU A; 2Z77 A; 1BRG A; 4IIA A; 3S29 A; 5ELJ A; 1FGR A; 3MG2 A; 4HYZ A; 1BVI A; 4WFO A; 3D79 A; 3AMO B; 1LNI A; 3CC2 3; 1VQL 3; 4DKI A; 3U1W A; 5FW5 A; 2WO0 A; 1X1W A; 3WHO A; 2QGU A; 1FZU A; 3DMC A; 1N8Q A; 1BRK A; 1FYS A; 1GYB A; 3BLZ A; 2W9Q A; 5LC7 A; 4H61 A; 1Q40 A; 1PFP A; 1RGG A; 3JUN A; 4WP5 A; 1W7C A; 2IY2 A; 1DMM A; 1FUT A; 1I2G A; 1RDS A; 2F4Y A; 3FZW A; 2OCT A; 2BHM A; 3FF2 A; 2YFJ B; 4K61 A; 1RNB A; 3N9H A; 1JKG A; 3UL6 A; 4MMZ B; 3FF0 A; 4HZB B; 1RKY A; 1EEJ A; 2XFT A; 1IVW A; 1BSE A; 3HOH A; 2HOH A; 5CXO A; 1LOY A; 1OGZ A; 3KII A; 1RLS A; 1PU4 A; 3AGO A; 3LTC A; 1FGO A; 1ROA A; 2D1W A; 1K41 A; 5EEO A; 5LC6 A; 1DVD A; 3CMA 3; 1JZO A; 1TP6 A; 2H0I A; 3CU3 A; 3A76 A; 1W2Z A; 1WTH A; 3GSP A; 3CCS 3; 1M90 4; 3LOY A; 4HM6 B; 3S5C A; 2F5W A; 3MSO A; 1BUJ A; 4R9L A; 1D6Z A; 5KP1 A; 3Q90 A; 1FW7 A; 5AIG A; 1LOV A; 1LRA A; 1ZX2 A; 3HI7 A; 4HM1 B; 3V98 A; 1AVK A; 1EKM A; 2P0X A; 1L5G B; 1GOU A; 4IPB A; 3BNB A; 1UW1 A; 1BSB A; 1QAF A; 3NUV A; 4N6U A; 4JF8 A; 4RNZ A; 3NV0 B; 2GBW B; 1GS3 A; 3D3L A; 3LTD A; 3EC9 A; 2GXF A; 4XM4 A; 8RNT A; 3CPW 2; 3V92 A; 1ASK A; 1FA3 A; 1UCL A; 3GZR A; 3D4A A; 5DRE A; 3CNM A; 1B27 A; 2W56 B; 2Q07 A; 2BIR A; 1IVU A; 2IA7 A; 3G8Z A; 3T0U A; 1GMR A; 3ZG5 A; 1JBR A; 1V57 A; 1W2B 2; 3EB8 A; 1O7G B; 3ER7 A; 1W00 A; 1DMN A; 1JB4 A; 2MF7 A; 4GB5 A; 3X41 A; 4K1U A; 4N6N B; 1CEW I; 4TX4 A; 3SOA A; 1OGX A; 5BU4 A; 3G4S 3; 4G1M B; 1NB3 I; 3LTA A; 1MNL A; 1A2P A; 4GSP A; 3LYG A; 2L4V A; 2KF5 A; 4EV5 A; 3CXC 2; 1SAR A; 2PNC A; 4STD A; 1X1X A; 1YJ9 3; 1ROV A; 4WYK A; 1ULJ B; 2H0H A; 1Y4K A; 2BNG A; 4HM8 B; 2V1L A; 1FUS A; 4FCJ A; 3RGR A; 3EX9 A; 1RCK A; 1VZZ A; 1YVS A; 2FGT A; 1Q82 4; 1RNT A; 1W5Z A; 4HM5 B; 2CFW A; 3OW2 2; 1VQQ A; 4ZM8 A; 1B21 A; 2CX1 A; 2IUK A; 3LXU X; 2XR8 B; 5ELU A; 4CJN A; 1T2I A; 4LSO A; 1WMP A; 1E97 A; 1RGE A; 2ML5 A; 1SIH A; 2HMO B; 2ZA4 A; 4RNY A; 1M9G A; 1Q40 B; 4L8O A; 7STD A; 2KXG A; 4X2H A; 1RGH A; 1EG9 B; 1RGC A; 2E2V A; 1TRP A; 4EC6 A; 2AAD A; 3LH4 A; 4N6L A; 5M19 A; 4HM0 B; 1PYL A; 3DGY A; 2C4B A; 3RNT A; 3G6E 3; 3D5I A; 2YFL B; 2XEP A; 2A15 A; 1Q7H A; 2XSO B; 3HK4 A; 4L8P A; 5G1K A; 3UJM A; 1YJW 3; 4EXR A; 2W04 A; 1UGH I; 1BAN A; 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