The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
43
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sequence length |
193
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structure length |
179
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Chain Sequence |
SPTPLPQLPSNVRDGENNVASTFLQAFFQLWDHDRLTLIPQFYDSETTFSVVFAQDPASSSCSKFSRNLLQRLFVGSNLIADLWKVLPATRHPSLDQTSQWLIDCHTFPHLADPTGMAPYAMGLMINVNGQCEEADISQNLYGTRTFSRCFILGPSKPGAPHPYRVLSDQLTLHTWKPQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Characterization of the Chaetomium thermophilum TREX-2 Complex and its Interaction with the mRNA Nuclear Export Factor Mex67:Mtr2.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Chaetomium thermophilum
|
| molecule keywords |
Putative mRNA export protein
|
| total genus |
43
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| structure length |
179
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| sequence length |
193
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-11-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1A2K A; 5BVB A; 3JUM A; 3WMD A; 3GRD A; 3KE7 A; 5D82 A; 5AIH A; 2STD A; 3K7C A; 1ISK A; 4WYK B; 3JUQ A; 5IER A; 2F98 A; 3NV0 B; 4H3U A; 2BMO B; 3GZX B; 2B1X B; 1DMN A; 1HKX A; 1Q40 A; 4LMI A; 3F8X A; 2GBW B; 1NU3 A; 2XR8 B; 3K0Z A; 4MJD A; 3JUP A; 1OCV A; 5D83 A; 5CLK A; 4FCM A; 5TGN A; 3IPT A; 2QGU A; 3EC9 A; 3KSP A; 3MHE A; 1ULJ B; 1GY5 A; 3MYT A; 5CF1 A; 2OWP A; 4WYK A; 2HMO B; 5CK6 A; 4XBT A; 3EBY A; 1JB5 A; 1DMQ A; 1GS3 A; 3JUO A; 2RCD A; 2GEX A; 3NV0 A; 2A15 A; 4HM1 B; 1JKG B; 1EG9 B; 3OX9 A; 5G2G A; 2HMJ B; 2K54 A; 1OF5 A; 3Q90 A; 3F40 A; 4HM2 B; 2GBX B; 4L7K A; 5KP1 A; 1O7M B; 5FW5 A; 3VGN A; 3OXA A; 4WP5 A; 5IG4 A; 1OUN A; 3FLJ A; 4LGQ A; 2GEY A; 3ECF A; 3I0Y A; 4HM0 B; 2BMQ B; 1O7N B; 1OPY A; 2GXF A; 1JN5 B; 5AIF A; 5IG5 A; 2HMM B; 3OWS A; 1JKG A; 3HK4 A; 3MG3 A; 3RGR A; 4X2H A; 1OHP A; 1O7H B; 2YFI B; 3GWR A; 3F9S A; 3OWU A; 5AII A; 3G16 A; 3GZB A; 3KZT A; 4KVH A; 3B4P A; 3E99 A; 4HM3 B; 4OUQ A; 2RFR A; 1GYB A; 4XBY A; 5IEO A; 1AR0 A; 3LZA A; 1E97 A; 1W00 A; 1JN5 A; 1OF5 B; 3CU3 A; 3MKI A; 1OH0 A; 5BXQ A; 4HKV B; 1W01 A; 3B8L A; 1E3V A; 4XDW A; 2B24 B; 3H3H A; 5KP4 A; 4HM6 B; 5IEN A; 2HMN B; 3BLZ A; 2UX0 A; 3FF2 A; 4ORL A; 2F86 B; 3DMC A; 1UUW B; 4HM5 B; 5CXO A; 1O7G B; 4K1V A; 5DRV A; 1BUQ A; 2R4I A; 6STD A; 3FKA A; 4I4K A; 1GY7 A; 2F99 A; 5IG3 A; 4Q53 A; 3S5C A; 4XBX A; 1Q42 A; 4HZ9 B; 2I9W A; 1C7H A; 3EN1 B; 4HZB B; 2YFJ B; 2Z76 A; 3B4O A; 4WWU C; 1Z1S A; 3G0K A; 4K1U A; 4GB5 A; 3M8C A; 3EHC A; 3NXJ A; 1TUH A; 3T8N A; 3NBR A; 2CHC A; 4CDL A; 5AEW B; 4R9K A; 2PZV A; 1ZO2 A; 1TP6 A; 4L8P A; 3DXO A; 3CNM A; 3F7S A; 3A76 A; 3B7C A; 5IEP A; 3DZL A; 5IF6 A; 1OHS A; 1SJW A; 4XB5 A; 3F14 A; 3EBT A; 5IG0 A; 3HZP A; 3BB9 A; 1EA2 A; 5D81 A; 3DM8 A; 1STD A; 1WQL B; 2JQ5 A; 3NM2 A; 3JUN A; 4IIA A; 5STD A; 1U5O A; 3MSO A; 2HML B; 3EN8 A; 2IMJ A; 4X2O A; 3D9R A; 3EJV A; 1OGZ A; 1CQS A; 3FF0 A; 2QIY A; 3LYG A; 3SED A; 5DRE A; 3CNX A; 3VSY A; 4XM4 A; 4HJL B; 2XRX B; 1ZX2 A; 1ULI B; 1NWW A; 1JB4 A; 4R1K A; 3OWY A; 3STD A; 3FGY A; 1O7P B; 3GZY B; 3OV4 A; 2RGQ A; 3ER7 A; 2BMR B; 5AIG A; 3H51 A; 2Z77 A; 3DUK A; 2INX A; 1GY6 A; 5AEU B; 1O7W B; 4J9A A; 1OHO A; 1OGX A; 4R9L A; 4PEJ A; 3EX9 A; 1IDP A; 5CF2 A; 4STD A; 3EQQ B; 3ROB A; 1VZZ A; 3SOA A; 1DMM A; 3EF8 A; 3UNL A; 2HMK B; 4LEH A; 3HX8 A; 3KKG A; 1NDO B; 4OVM A; 3NUV A; 1JB2 A; 2CKF B; 1ASK A; 5KP3 A; 4HM4 B; 3RGA A; 4XDV A; 4L8O A; 1QJG A; 2YFL B; 2W2C A; 8CHO A; 3FZW A; 4U13 A; 3SOY A; 1E3R A; 1K41 A; 2XSH B; 3MG2 A; 3MG1 A; 3FH1 A; 3GZR A; 3FSD A; 1QMA A; 5JPP A; 7STD A; 1S5A A; 3F7X A; 3T8U A; 5JPU A; 1Q40 B; 4HM7 B; 3CPO A; 2BNG A; 4FCJ A; 5HGR A; 3UJM A; 2XSO B; 1W02 A; 1W6Y A; 4J8T A; 2Z7A A; 4HVN A; 4RZM A; 3F8H A; 1UUV B; 5AI1 A; 5EVH A; 3G8Z A; 3NHX A; 4HM8 B; 4N3V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1A2K A; 2IYJ A; 3JUM A; 5BVB A; 1VQ5 3; 1QAK A; 3WMD A; 3GRD A; 3KE7 A; 5D82 A; 4J5K A; 5AIH A; 2CFG A; 2STD A; 3K7C A; 1N5H A; 1B2M A; 1ISK A; 4WYK B; 1IVU A; 1RMS A; 3BIR A; 3N54 B; 2ZHX B; 4EW5 A; 3JUQ A; 3BNE A; 5IER A; 3D5G A; 2F98 A; 3WDG B; 3NV0 B; 4H3U A; 3LTC A; 2M7O A; 3MPH A; 2CH9 A; 4FMA A; 6GSP A; 1DYU A; 2KCD A; 1RHL A; 2BMO B; 1WMP A; 5EEO A; 1YJW 3; 3IJE B; 1VQM 3; 3BU4 A; 3CCV 3; 1S72 3; 3GZX B; 1DMN A; 2B1X B; 1HKX A; 2CG1 A; 1Q40 A; 2Z6B A; 1X1Y A; 4LMI A; 2C11 A; 1YJN 3; 1A67 A; 3F8X A; 1I0X A; 2GBW B; 4AKZ A; 2CX0 A; 1QAF A; 1NU3 A; 5M18 A; 4HOH A; 2SAR A; 2XF3 A; 1ZGX A; 2XR8 B; 4O2H A; 1BNI A; 1BSE A; 1AVL A; 2E2T A; 3PS8 A; 3QRD A; 1BU4 A; 4ILF A; 4JF8 A; 1K28 A; 3WA3 A; 1J2B A; 2IA7 A; 3K0Z A; 4RNY A; 4MJD A; 1B3S A; 1BRI A; 2F5M A; 3JUP A; 1GMR A; 1OCV A; 3NM7 A; 1BRG A; 4N6U A; 5D83 A; 3WA2 X; 3FCS B; 3KN4 A; 5CLK A; 1BNR A; 4FCM A; 3K63 A; 3X40 A; 2FGT A; 3LML A; 5TGN A; 1A2V A; 2GU3 A; 3D4A A; 2RSX A; 3IPT A; 2P05 A; 1EQK A; 3CCM 3; 2E2V A; 2QGU A; 3EC9 A; 1LOV A; 1L5G B; 1RGC A; 3KSP A; 3MHE A; 1RKY A; 3EE1 A; 1TTO A; 4IPB A; 1US1 A; 3PCS A; 1M90 4; 1ULJ B; 1BRJ A; 3CC4 3; 1W6C A; 2C10 A; 1GY5 A; 1RRH A; 3MYT A; 1GD3 A; 1EUI C; 1YI2 3; 1N5P A; 5CF1 A; 2OWP A; 4WYK A; 3N8B A; 2HMO B; 5CK6 A; 2W6J H; 4XBT A; 2E2U A; 3EBY A; 1IV9 A; 1JB5 A; 1DMQ A; 1GS3 A; 3JUO A; 2RCD A; 2GEX A; 3NV0 A; 2A15 A; 4HM1 B; 5I97 A; 1AVK A; 1M1X B; 3CC7 3; 1HU9 A; 3SYU A; 1JKG B; 2KAA A; 1EG9 B; 3OX9 A; 3WOE B; 1CYU A; 1MWT A; 2K0M A; 2F56 A; 2F5W A; 5G2G A; 2CFD A; 2HMJ B; 3D3L A; 4HYZ A; 2K54 A; 1EEJ A; 1RN1 A; 1OF5 A; 3CCR 3; 3LTA A; 1B2S A; 1PFP A; 3Q90 A; 2WO0 A; 3F40 A; 3G71 3; 4HM2 B; 1MWU A; 2GBX B; 4L7K A; 1RTU A; 5KP1 A; 3CCU 3; 1O7M B; 3ALA A; 5FW5 A; 3VGN A; 3OXA A; 1B27 A; 1RGH A; 3CPW 2; 1I2F A; 3G4S 3; 4WP5 A; 5IG4 A; 1VQP 3; 1UCJ A; 3DGM A; 1OUN A; 2KRT A; 3FLJ A; 1YJ9 3; 1BNG A; 4LGQ A; 2GEY A; 1FUT A; 1UW1 A; 2CK3 H; 3ECF A; 2OOV A; 1D6Y A; 3I0Y A; 4MEI A; 3SX1 A; 1I0V A; 1VQ6 3; 4HM0 B; 2BMQ B; 3L0R A; 1O7N B; 1C54 A; 1BUJ A; 2KF3 A; 4RBN A; 1LNH A; 3AHW A; 4H61 A; 1OPY A; 2BHM A; 1BAN A; 2GXF A; 1PU4 A; 3X3Y A; 1JN5 B; 5AIF A; 5IG5 A; 5M19 A; 1YNV X; 4RNZ A; 2HMM B; 4O8S A; 1ROV A; 1YIJ 3; 4KT3 B; 3OWS A; 3DGY A; 1RGF A; 1WMO A; 5EQL A; 1JKG A; 1YIT 3; 1N9E A; 3HK4 A; 3MG3 A; 3ZFZ A; 2ZL8 A; 1K8A 4; 3RGR A; 3BND A; 4X2H A; 5AYS C; 3FG4 A; 4N6M A; 2WGQ A; 1MNL A; 1A2P A; 1I70 A; 1OHP A; 1QAL A; 2K3D A; 4FMD A; 2Y74 A; 1O7H B; 2YFI B; 4G1M B; 1OAC A; 1LOX A; 2MF7 A; 1GD4 A; 3GWR A; 1W2B 2; 4RNT A; 1SPU A; 1W6G A; 3F9S A; 1FYS A; 3OWU A; 3G16 A; 5AII A; 3GZB A; 7GSP A; 2MC8 A; 3KZT A; 3DGO A; 4R4K A; 2RNT A; 2CWU A; 3ZG5 A; 4OK0 A; 1LRA A; 3AMO B; 4KVH A; 1YVB I; 3B4P A; 4DKI A; 1RRL A; 3E99 A; 1TFK A; 1B20 A; 4HM3 B; 4OUQ A; 5ELU A; 4K90 B; 4LSO A; 2RFR A; 1GYB A; 1MWS A; 4XBY A; 2YX9 A; 5IEO A; 2W56 B; 1DVC A; 1F8N A; 1I2G A; 1I3F A; 1SIH A; 1V74 A; 1RGL A; 1ZS7 A; 1AR0 A; 4HAA A; 4N6N B; 5ELJ A; 2O9U X; 3LZA A; 1E97 A; 1W00 A; 1JN5 A; 1OF5 B; 3CU3 A; 3AGN A; 3HI7 A; 3MKI A; 1X1W A; 5BU4 A; 3BNB A; 3CME 3; 1OH0 A; 5BXQ A; 4HKV B; 1W01 A; 5JBS A; 3B8L A; 1UGI A; 1E3V A; 1Q86 4; 2RBI A; 2CC3 A; 1UCL A; 4TX4 A; 1QVF 2; 4XDW A; 1DVD A; 1VQO 3; 2B24 B; 3OW2 2; 1BRK A; 2P38 A; 3H3H A; 3LH4 A; 4LYL B; 4HM6 B; 5KP4 A; 3TDG A; 5IEN A; 3I55 3; 2HMN B; 4CJN A; 1GSP A; 1NB3 I; 2Y73 A; 2GU1 A; 3BLZ A; 2UX0 A; 1FGR A; 1V58 A; 3FF2 A; 1BIR A; 4EBG A; 9RNT A; 4EC6 A; 3LTD A; 4ORL A; 1K9M 4; 1CH0 A; 1I8V A; 2F86 B; 1A90 A; 1LOY A; 3DMC A; 3DY5 A; 1UUW B; 2C4B A; 2BT3 A; 4HM5 B; 1TIJ A; 1VQ8 3; 1DE3 A; 5LC7 A; 5CXO A; 1MOL A; 1UCI A; 2W0Q A; 1O7G B; 1W7C A; 1MGR A; 4GSP A; 1Q7Y 4; 4K1V A; 1W5Z A; 5DRV A; 1BUQ A; 2R4I A; 2XH9 A; 3S28 A; 2P09 A; 1AV4 A; 2CWT A; 1BGS A; 6STD A; 1SQW A; 3LT8 A; 3AMO A; 2OTL 3; 3DGN A; 1BRH A; 3FKA A; 4I4K A; 1LVN A; 2LQV A; 1GY7 A; 4IT7 A; 4NPB A; 2H0H A; 2F99 A; 2UUG C; 4EV2 A; 5IG3 A; 1RDS A; 1I3I A; 2W56 A; 4Q53 A; 3SVA A; 3S5C A; 1TRP A; 4MMY B; 1V57 A; 1VQ9 3; 4XBX A; 1FA3 A; 1TJD A; 1Q42 A; 2XGN A; 2W9P A; 3X3X A; 4EV5 A; 2CFL A; 4HZ9 B; 1TRQ A; 2I9W A; 1C7H A; 4EXR A; 1HZ1 A; 1RSN A; 3CCL 3; 3V92 A; 1K73 4; 3A5E A; 3EN1 B; 4FMC A; 4HZB B; 2OOV C; 2YFJ B; 2Z76 A; 2H0I A; 1Q9E A; 3I56 3; 3B4O A; 4WWU C; 1B21 A; 1NNV A; 2P0X A; 4K61 A; 5G1L A; 1M1K 4; 2ZDJ A; 3CCS 3; 1Z1S A; 5BIR A; 3G0K A; 4K1U A; 3URP A; 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2CFK A; 1BSA A; 3EN8 A; 3S67 A; 5IW9 A; 1N9J A; 2IMJ A; 1ROA A; 1BVI A; 3JVC A; 4X2O A; 1JJ2 2; 3CCE 3; 2XGL A; 3UL6 A; 3SLU A; 3AHS A; 1RLS A; 3PZW A; 1JRQ A; 3GAX A; 2KF5 A; 3NQY A; 3ZG0 A; 4BTY A; 1G0T A; 2P0M A; 3D9R A; 1BNS A; 2ML6 A; 2HOH A; 1UDI I; 1MGW A; 3EJV A; 1OGZ A; 3O8Y A; 1CQS A; 1NO3 A; 1YGW A; 2OTJ 3; 3FF0 A; 4KFE A; 1FUW A; 1N8Q A; 3CD6 3; 3V98 A; 3HIG A; 2O3O A; 3WOF B; 2F4Y A; 1RGA A; 1IQY A; 2H0G A; 2QIY A; 1KD1 4; 3LYG A; 3SED A; 1PYL A; 5DRE A; 3KII A; 3CNX A; 1IT8 A; 3WHO A; 3VSY A; 3NX0 A; 4XM4 A; 4BIR A; 1LQG C; 5FGO A; 2SBL A; 1X1X A; 1RN4 A; 1JNQ A; 4CCV A; 2CIU A; 1B2U A; 4HJL B; 2XRX B; 1ZX2 A; 1MWR A; 2XFS A; 1RN7 A; 1ULI B; 4NHF A; 1NWW A; 1SAR A; 1JB4 A; 2FXT A; 2IY2 A; 1UCK A; 2WOF A; 2ML5 A; 3BNC A; 4FR9 A; 4R1K A; 3VF1 A; 4AEQ A; 3OWY A; 3STD A; 3UB1 A; 2Q07 A; 5A0O B; 2FNQ A; 1O7P B; 3FGY A; 1IQX A; 3GZY B; 3OV4 A; 2RGQ A; 3ER7 A; 1FUS A; 2WGO A; 3AGO A; 3X42 A; 2BMR B; 4BU4 A; 1SII A; 1LOW A; 2W9Q A; 3H51 A; 5AIG A; 4WFO A; 1UGH I; 1WTH A; 4FMB A; 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