The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
126
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structure length |
121
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Chain Sequence |
QSAKEAIEAALADFVKVYNSKDAAGVASKYMDDAAIFPLDMAPVDGRQNIQKLWQGLMDMGVSEPKFTTLNVQKSGDFAFESGSFSLKGPLVDIAGIYVEVWRKGQDGGWKLYRTIANLDP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of CDL2.3b, a computationally designed Vitamin-D3 binder
rcsb |
| source organism |
Synthetic construct
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| molecule tags |
De novo protein
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| molecule keywords |
CDL2.3b
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| total genus |
37
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| structure length |
121
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| sequence length |
126
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4I4K A; 3DZL A; 4HM1 B; 5STD A; 1WQL B; 1JB2 A; 1OCV A; 3F7S A; 3IPT A; 3B4O A; 1Q40 B; 3FKA A; 3RGR A; 1A2K A; 3NV0 A; 4ORL A; 1STD A; 4IIA A; 2F99 A; 3JUN A; 1OGX A; 3LZA A; 3G16 A; 4RZM A; 5IG0 A; 2PZV A; 1S5A A; 2HMJ B; 3E99 A; 1W00 A; 4LEH A; 4CDL A; 3NV0 B; 2GBX B; 1W01 A; 3KE7 A; 3BB9 A; 3OV4 A; 5IEO A; 3A76 A; 3SOA A; 3GZR A; 3NUV A; 5IEP A; 1ISK A; 1OPY A; 1TUH A; 3EHC A; 4WYK B; 1TP6 A; 1OHS A; 1E3V A; 4HJL B; 1JN5 B; 1JB5 A; 5CK6 A; 1Q42 A; 3LYG A; 2W2C A; 1C7H A; 1ULJ B; 4HM4 B; 4MJD A; 3EBY A; 2XSO B; 5BVB A; 1EG9 B; 4XB5 A; 2XR8 B; 3JUQ A; 3F14 A; 3UJM A; 1IDP A; 5IEN A; 3H3H A; 2JQ5 A; 4HM8 B; 2CHC A; 5KP3 A; 2Z77 A; 3ER7 A; 2Z7A A; 4J8T A; 1NU3 A; 2IMJ A; 1K41 A; 3RGA A; 5CF1 A; 5AIF A; 4HM7 B; 4HVN A; 5JPU A; 1QMA A; 1ULI B; 3JUM A; 5IF6 A; 3NBR A; 3MKI A; 4OUQ A; 5D83 A; 3FZW A; 1GYB A; 4L7K A; 2RCD A; 3EN1 B; 3OWU A; 1O7P B; 3K7C A; 3EQQ B; 4HM0 B; 1Q40 A; 1OHO A; 1OUN A; 2YFI B; 3GZY B; 4WWU C; 3FH1 A; 3FGY A; 3CPO A; 3EN8 A; 1NWW A; 4K1V A; 1GY7 A; 4XBT A; 5AI1 A; 4FCM A; 1AR0 A; 6STD A; 3S5C A; 7STD A; 5AEU B; 2RFR A; 5KP1 A; 4R9L A; 3MHE A; 3B8L A; 3SED A; 5BXQ A; 1Z1S A; 3BLZ A; 4HM6 B; 4LMI A; 3SOY A; 4HKV B; 1OF5 B; 3EBT A; 2STD A; 4FCJ A; 1UUV B; 3OXA A; 3OWS A; 4LGQ A; 1UUW B; 2HMK B; 3OX9 A; 1GY6 A; 2F86 B; 4GB5 A; 5CXO A; 5IER A; 5KP4 A; 3DXO A; 2GEX A; 1JKG A; 1CQS A; 3GRD A; 5IG4 A; 1VZZ A; 2A15 A; 2GBW B; 3JUP A; 4R9K A; 4XM4 A; 5G2G A; 5CLK A; 3ROB A; 4STD A; 2B1X B; 2HML B; 1DMM A; 5IG5 A; 4HM2 B; 2B24 B; 2QGU A; 2YFL B; 3DUK A; 3FF0 A; 3Q90 A; 3ECF A; 3F8X A; 2RGQ A; 1W6Y A; 4XDW A; 3VSY A; 3KZT A; 1JB4 A; 3T8N A; 1QJG A; 3GWR A; 2HMN B; 8CHO A; 3DM8 A; 1U5O A; 3HX8 A; 3JUO A; 2QIY A; 1O7W B; 3STD A; 5JPP A; 3FF2 A; 5AII A; 1GY5 A; 1HKX A; 2HMM B; 3F8H A; 2I9W A; 1O7M B; 4PEJ A; 5HGR A; 5IG3 A; 2CKF B; 1ZX2 A; 3EX9 A; 3I0Y A; 4Q53 A; 1JKG B; 3UNL A; 3FLJ A; 1NDO B; 3F9S A; 5AIH A; 1GS3 A; 3MG1 A; 3EF8 A; 2K54 A; 3F7X A; 1SJW A; 4R1K A; 2BNG A; 3K0Z A; 3NM2 A; 5AEW B; 2UX0 A; 1JN5 A; 4HZ9 B; 5D81 A; 5AIG A; 1DMQ A; 2F98 A; 2Z76 A; 3HZP A; 4J9A A; 3T8U A; 4X2H A; 3CU3 A; 2BMO B; 2OWP A; 3NXJ A; 4WP5 A; 4X2O A; 1O7H B; 3CNM A; 3FSD A; 3VGN A; 3HK4 A; 3WMD A; 4WYK A; 3OWY A; 4XDV A; 1W02 A; 4KVH A; 4L8O A; 1DMN A; 2INX A; 3DMC A; 2BMQ B; 2XSH B; 4HM5 B; 3F40 A; 4OVM A; 1ZO2 A; 2BMR B; 4N3V A; 4U13 A; 3EJV A; 2R4I A; 5DRE A; 1E3R A; 4HZB B; 3B4P A; 3G0K A; 5CF2 A; 2HMO B; 3MYT A; 3GZB A; 3KSP A; 3M8C A; 4XBY A; 1OF5 A; 5EVH A; 1O7G B; 4K1U A; 1OGZ A; 2XRX B; 3H51 A; 1E97 A; 2YFJ B; 3B7C A; 1O7N B; 1ASK A; 3KKG A; 4L8P A; 3MG3 A; 5TGN A; 4H3U A; 5FW5 A; 5D82 A; 2GEY A; 3CNX A; 1EA2 A; 3EC9 A; 3GZX B; 2GXF A; 3G8Z A; 3MG2 A; 3MSO A; 4XBX A; 1OHP A; 3D9R A; 4HM3 B; 5DRV A; 1BUQ A; 1OH0 A; 3NHX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HM1 B; 1WQL B; 2WO0 A; 3F7S A; 3CCL 3; 3B4O A; 1Q40 B; 3X3Z A; 1A2K A; 1BSC A; 1FA3 A; 4H61 A; 1STD A; 1QAK A; 1OGX A; 3L0R A; 4EW5 A; 2PZV A; 2R41 A; 2GBX B; 1PYL A; 2RNT A; 3SOA A; 1DVC A; 1Q9E A; 1F8N A; 1CEW I; 1RMS A; 1BNE A; 1DET A; 1OPY A; 1VQ4 3; 3CCM 3; 1EEJ A; 1TFK A; 3U1W A; 4HJL B; 3CD6 3; 1VQO 3; 1GOU A; 1KD1 4; 1Q42 A; 4CJN A; 1D6Y A; 1ULJ B; 2GU3 A; 4EC6 A; 3EBY A; 3VF1 A; 3GSP A; 2XR8 B; 3JUQ A; 3F14 A; 4GL6 A; 1WMP A; 3X40 A; 1J2B A; 4EV2 A; 1NB3 I; 3MPH A; 1RGL A; 4IT7 A; 4WFO A; 4J8T A; 3RGA A; 3WOD G; 4JF8 A; 5AIF A; 4HVN A; 1R4Y A; 3SVA A; 1QMA A; 5EQL A; 1I8V A; 2WOH A; 1W4N A; 3MKI A; 1RRH A; 2E2V A; 4L7K A; 3EN1 B; 1QVF 2; 1D6U A; 1OHO A; 1SAR A; 4WWU C; 3CPO A; 1HZ1 A; 4K1V A; 3AGN A; 3BNC A; 4EXR A; 2SAR A; 3DGM A; 6STD A; 7RNT A; 2CFL A; 4R9L A; 3MHE A; 3BLZ A; 4O3V A; 3N54 B; 4HKV B; 1RCK A; 2F56 A; 2BIR A; 2STD A; 6RNT A; 1B21 A; 1W7C A; 2CWV A; 1JBT A; 1CQS A; 3Q1C A; 5IG4 A; 1VZZ A; 2A15 A; 1LOX A; 2GBW B; 2ML5 A; 3JUP A; 3LT8 A; 1SII A; 3QRD A; 4G1M B; 2B1X B; 2O3O A; 1JBR A; 2QGU A; 1SPU A; 3F8X A; 4LSO A; 2RGQ A; 3VSY A; 1B3S A; 3HI7 A; 4KFE A; 4HBR A; 3AMO A; 3GWR A; 3I56 3; 2P09 A; 4JRF A; 6GSP A; 3LTC A; 1AVL A; 2IUK A; 5JPP A; 3FF2 A; 3HIG A; 4TX4 A; 2HMM B; 1B2U A; 1I70 A; 2I9W A; 1I2F A; 4PEJ A; 3DY5 A; 2FGT A; 1JRQ A; 1BRG A; 2CKF B; 4RNZ A; 4Q53 A; 1VQM 3; 3FLJ A; 1N9J A; 4OK0 A; 1GS3 A; 1IU7 A; 2K54 A; 4R1K A; 1M1X B; 1SJW A; 2MC8 A; 2AAE A; 3DGL A; 2XFT A; 4EV5 A; 5D81 A; 3KCH A; 1GD4 A; 1DMQ A; 2F98 A; 4J9A A; 5AIG A; 3RDE A; 2CX1 A; 3T8U A; 5JBS A; 1S72 3; 4LZI A; 1KWI A; 2OWP A; 2M7O A; 3NXJ A; 4X2O A; 1O7H B; 1A90 A; 1Q7Y 4; 4R4K A; 4WYK A; 3OWY A; 1TFO A; 4OVM A; 1BRH A; 1RLS A; 3EJV A; 3LXU X; 1BAN A; 2CFK A; 4BIR A; 4CCV A; 1GMR A; 1LVN A; 3M8C A; 5IG5 A; 3H51 A; 1E97 A; 1NO3 A; 1BGS A; 1GOY A; 5M18 A; 4H3U A; 2ZL8 A; 4AKY A; 1RN1 A; 5IW9 A; 1FW7 A; 2GEY A; 2W56 B; 3PCS A; 4EBG A; 5I97 A; 2W9Q A; 3EC9 A; 4NHF A; 1BUQ A; 1M90 4; 1IVW A; 2RBI A; 1B2M A; 1OH0 A; 2XGL A; 3EB8 A; 2OQE C; 3DZL A; 3QK9 A; 5M19 A; 8RNT A; 5HOH A; 1FUS A; 4KFD A; 3D4A A; 3FG1 A; 3RGR A; 2WGQ A; 4ORL A; 3NV0 A; 3Q2P A; 2F99 A; 3I55 3; 1S5A A; 2HMJ B; 4CDL A; 2OQE A; 1FUT A; 2AAD A; 1MWR A; 2P0M A; 3KE7 A; 1RN4 A; 4N6T A; 3CPW 2; 5LC7 A; 3GZR A; 3NUV A; 5IEP A; 2W6J H; 1TUH A; 1Q82 4; 1TP6 A; 1M1K 4; 1E3V A; 1JN5 B; 3CC2 3; 1RDS A; 1UGH I; 1JB5 A; 1YNV X; 1I2E A; 2CX0 A; 2C10 A; 3LYG A; 1YI2 3; 1BRN L; 1BU4 A; 2W2C A; 4K90 B; 1VQN 3; 3NBJ A; 3UB1 A; 2CFW A; 3FCS B; 3CCJ 3; 5BVB A; 1YJN 3; 2P05 A; 4N6M A; 5IEN A; 1I3I A; 1IDP A; 4J5G A; 4HM8 B; 5KP3 A; 2H0I A; 2Z7A A; 2IMJ A; 1VQK 3; 1IQY A; 1BNS A; 1W2B 2; 1FGO A; 1KC8 4; 1AY7 A; 1ULI B; 3JUM A; 1B2X A; 3NBR A; 3TDG A; 1EQK A; 1IVV A; 4OUQ A; 3NM7 A; 3FZW A; 1BNR A; 3K9M C; 1DVD A; 1O7P B; 1RJO A; 1TU5 A; 1CYV A; 3FG4 A; 3CCQ 3; 3GZY B; 1SQW A; 1BNI A; 2CFD A; 3SXX A; 3K5T A; 2OOV A; 1NWW A; 7GSP A; 1EUI C; 4XBT A; 1BIR A; 5ELJ A; 3S5C A; 5AEU B; 1T2H A; 2RFR A; 3KN4 A; 4CPK A; 1L5G B; 1K73 4; 3SED A; 3X3X A; 5FGO A; 1RNB A; 1BSE A; 1KSI A; 3K63 A; 4HM6 B; 3SOY A; 2KCD A; 3KFQ C; 3BU4 A; 1BSB A; 1OF5 B; 3CC4 3; 4KT3 B; 4GB5 A; 3OX9 A; 1LRA A; 5CXO A; 2OCT A; 3DXO A; 3GRD A; 1MWU A; 3X3Y A; 4R9K A; 1VQL 3; 3WA2 X; 1BVI A; 1WTH A; 5CLK A; 1FGR A; 4STD A; 1Q81 4; 4HAA A; 3WA3 A; 2RSX A; 1LQG C; 2B24 B; 3Q90 A; 4DKI A; 1YVS A; 2FXT A; 1JB4 A; 2CW9 A; 3T8N A; 1I0X A; 3Q3F A; 4MMX B; 2BT3 A; 1WMO A; 2QIY A; 1O7W B; 3STD A; 3KII A; 1AQZ A; 1G96 A; 1GOV A; 2W0Q A; 1HKX A; 1RKY A; 2CC3 A; 2D1W A; 1AVK A; 3I0Y A; 2P38 A; 2BU4 A; 2F4Y A; 3N9H A; 4MEI A; 3PS8 A; 2SBL A; 3F9S A; 3MG1 A; 1DE3 A; 4ILF A; 5G1K A; 2MF7 A; 2Q07 A; 4FMD A; 1NB5 I; 1VQ5 3; 3A5E A; 4HZ9 B; 3S27 A; 2Z76 A; 2J8X B; 3D5G A; 4X2H A; 3UL6 A; 2O9U X; 3CU3 A; 1BUJ A; 1T5Y A; 3FSD A; 3CNM A; 3GAX A; 1RSN A; 2C4B A; 2W03 A; 2XH9 A; 4KZ1 A; 1ROA A; 3DH2 A; 3NX0 A; 1W6G A; 4L8O A; 1DMN A; 9RNT A; 3MWZ A; 2Z6B A; 4R80 A; 1IV7 A; 1YJ9 3; 1ZO2 A; 2BMR B; 5DRE A; 1BRS A; 4O8S A; 1R4C A; 1YGW A; 4HZB B; 4BU4 A; 3G0K A; 3BND A; 3AGO A; 3NQY A; 5CF2 A; 3CCU 3; 5EVH A; 4K1U A; 1OGZ A; 2YFJ B; 1O7N B; 3S67 A; 3MG3 A; 5FW5 A; 4N6L A; 1MGW A; 5BU4 A; 1HU9 A; 1UCI A; 1HYF A; 1EA2 A; 3CNX A; 3D79 A; 3BNB A; 3GZX B; 4XBX A; 2YX9 A; 1MOL A; 3D9R A; 1RGA A; 1N5P A; 1IT7 A; 4I4K A; 1T3B A; 1TRQ A; 4ZM8 A; 2KRT A; 3IPT A; 1UCL A; 3FKA A; 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1PFP A; 4HM2 B; 3DUK A; 3D5I A; 1FGQ A; 1IK3 A; 3ECF A; 3IJE B; 3ZFZ A; 1W6Y A; 1TTO A; 2OTJ 3; 1RGC A; 1QJG A; 2GU1 A; 2K0M A; 2HMN B; 8CHO A; 5KP1 A; 1JNQ A; 3PZW A; 1X1W A; 3JUO A; 4HOH A; 1IVX A; 5AII A; 3G4S 3; 1AV4 A; 4IPB A; 5HGR A; 5IG3 A; 1MNL A; 1ZX2 A; 3EX9 A; 1GMQ A; 1JKG B; 3UNL A; 1MWT A; 3EF8 A; 1STF I; 3F7X A; 4BTY A; 5AEW B; 2BNG A; 2UX0 A; 2KF3 A; 3N8B A; 3SX1 A; 1W5Z A; 3HZP A; 3SYU A; 4K61 A; 4O2H A; 5M1A A; 3V92 A; 1LNI A; 3J7Y d; 1VQP 3; 1IQX A; 3VGN A; 1D6Z A; 4XDV A; 2CWT A; 1W02 A; 4KVH A; 1BRI A; 1V74 A; 2Y74 A; 3WDG B; 1UI7 A; 2BMQ B; 2KF4 A; 1RGF A; 2UGI A; 3V99 A; 4N3V A; 2R4I A; 1E3R A; 1RGE A; 3LH4 A; 3PCR A; 3MYT A; 1I0V A; 3GZB A; 3SLU A; 1OF5 A; 4GSP A; 1X1Y A; 2XRX B; 1RCL A; 1QAF A; 2XFS A; 4N6V 0; 3CCS 3; 1CYU A; 3WR2 A; 1DYU A; 1W2Z A; 1IVU A; 3MG2 A; 1BNG A; 2GXF A; 3G8Z A; 3MSO A; 5DRV A; 1JJ2 2; 4HM3 B; 1YIJ 3; 2W56 A; 4RNT A; 1ASK A; 1IT8 A; 2IYJ A; 2L4V A; 1RGH A; 2XF3 A; 4WP5 A; 3ZG0 A; 3BNE A; 3IMA B; 5STD A; 3X42 A; 1JB2 A; 1OCV A; 3G71 3; 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