4ILFA

Crystal structure of dsbc r125a from salmonella enterica serovar typhimurium
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
AMDPEFMDAAIRQSLAKLGVQSTEIQASPVAGMKTVLTHSGVLYVTDDGKHIIQGPMYDVSGAHPVNVTNKLLMSQLNALEKEMIVYKAPDEKHVITVFTDITCGYCHKLHEEMKDYNALGITVRYLAFPAQGLESQAEQDMKSIWCAKDKNKAFDDAMAGKGVKPASCDVNIADHYALGVQLGVSGTPAIVLSNGYVVPGYQGPKEMKAFLDEHQKQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the periplasmic disulfide-bond isomerase DsbC from Salmonella enterica serovar Typhimurium and the mechanistic implications.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Isomerase
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein DsbC
total genus 69
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10411 DsbC_N Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A PF13098 Thioredoxin_2 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.450.70 Alpha Beta Roll Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal 4ilfA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ilfA02
2OKAA 3RPPA 2P0GA 1FVKA 3GIXA 1M9BA 1YY7A 5IMVA 1EP8A 5B8AA 1IYHA 2B5YA 1AQWA 4GSTA 3TRPA 3ZRDA 4J2FA 5F05A 4MZBA 3IAS2 1V98A 4EDZA 1YF0A 5ENUA 3H1NA 5DQSA 3TJBA 3RBTA 3IOSA 4F0BA 1K3YA 1XFLA 1Z9HA 3GL5A 2MMOA 2D2ZA 3EWLA 1GUKA 3F8UA 3HJMA 3I43A 4TN8A 3E0UA 2V1MA 2I9HA 4FYCA 4MZWA 1QMVA 3ERFA 1K0NA 1F2EA 3KTBA 1SK2A 1F37A 2JL4A 2HLSA 4P3YB 3W8SA 1G6YA 4ML6A 4JBBA 2YOIA 3GKNA 4ZXGA 1GL8A 2VUPA 4K0NA 1U6TA 3DVXA 3NOFA 6GSXA 2HFDA 3IXRA 1H75A 3M0FA 3US3A 5LD0A 3VPTA 4IHUA 5HQPA 1ST9A 4N11A 2PPTA 4Q5QA 3UIWA 2OBIA 4IJIA 4IJ3A 2VL9A 3RAZA 3D6IA 4WBRD 4MF7A 3F63A 1PSQA 3I69A 3M3MA 4BWSA 2O87A 5ELGA 1AW9A 2CAQA 1M2DA 2LRTA 1WRYA 4V2LA 4LA1A 2L4QA 6GSYA 3L78A 3PH9A 4E8HA 2KUCA 1XWAA 5JWRB 3O6TA 3WT2A 2RUEA 11GSA 2CVBA 4BL7A 1PX7A 1U88A 1J08A 2XBIA 5IO2A 2I4AA 1PKWA 2H72A 2V41A 3GN3A 1ZCPA 2JZSA 1GSDA 1EGOA 1YDKA 1QGVA 2IJYA 2X8GA 2VM1A 2H8LA 1V2AA 2HZEA 4IQ1A 3IK7A 2IFQA 1O8WA 2I81A 4DEJA 3V1WA 4GXZA 2VCZA 3IDVA 22GSA 1K0BA 1MTCA 3HVSA 1HNBA 4H86A 2LEGA 5E59A 3TRXA 3H93A 2YNXA 3HKRA 4MH3A 3MSZA 3TJKA 2YV9A 4PNGA 4O5RA 5DCHA 4AJ6A 2HI7A 3K8NA 4IW9A 1PA3A 5J9BA 2LJRA 1TK8B 4JZQA 2ZNMA 1SKRB 2JZTA 3HXSA 1ZYEA 2VCWA 3QMXA 1FG4A 5DAKB 3ZZXA 3J7Yk 5IIZA 4RQRA 2DMLA 3DD3A 5G31A 3L9UA 1GTUA 5C00A 4XS4A 1GSEA 5CREA 1U3AA 2YCDA 2B5XA 4MDCA 1OKTA 3FZ5A 3Q6OA 1G6WA 5A5KA 3QD9A 4MH2A 3CTGA 3FZ9A 1MDIA 1TOFA 1TKDB 1PMTA 3Q74A 3GH9A 1M9AA 5G2ZA 1M99A 5G5FA 4I5QA 5HR3A 1BX9A 2L5LA 3OR5A 3EINA 1XZOA 2E2MA 2RM5A 2YANA 3M1GA 3M8NA 1LBKA 5AIXA 1X5EA 2B1KA 2DJ3A 4QL7A 4N10A 3H4KA 2K18A 1RK4A 2HRFA 4ZBDA 5DDLA 1E2YA 4V2NA 4FO5A 3GA4A 4GWRA 5ELAA 2IMDA 2P5RA 4Q5RA 3ZMKA 4ZBBA 4DSSA 4ZL8A 1QQ2A 4PQHA 4HQSA 1V9WA 2C3QA 5JCGA 3QAGA 2WGRA 1XWGA 4IS0A 1TJDA 2AHEA 1AQVA 3FR3A 5D9TA 6GSWA 4D73B 2VD0A 2H19A 5B6MA 3TRQA 4ZB8A 2VIMA 3GTUB 4L0UA 4HS1A 2DBCA 5G30A 4F0CA 5DALB 10GSA 4KGIA 4MABA 1OC9A 4N0ZA 1RW1A 3TKSE 3U5RE 3EE2A 4ZL9A 3VWVA 1A8YA 3TJJA 1ZOFA 4AF2A 4V1Ap 8GSSA 2IMEA 2JADA 5J9CA 4RI7A 3F6FA 3FZAA 1GSYA 2E7PA 3VFIA 4OFTA 1K0OA 4YAVA 1Z3EA 3BOAA 1MD4A 3F9UA 1O73A 4HOJA 3M9KA 1SU9A 1AQXA 4MCUA 4NHZA 4TOPA 5EVOA 4KW6A 5CRDA 2H76A 2L59A 4HEA2 6GSVA 1SYXA 2OE3A 4KCEA 3UBKA 3LG6A 3WGXA 2FGXA 5B8BA 2QC7A 1SD8A 3WGEA 4KB3A 3TKSA 5D9VA 4CW9A 3QAWA 1AXDA 1VF4A 2X99A 1A23A 3EMPA 3M9JA 3IC4A 3C1RA 2H66A 2PBJA 3GRXA 1M0UA 1GSSA 1MEKA 2B7JA 2H0HA 2OE0A 3ZFLA 4XS4B 2OA7A 1GTAA 2F9SA 1G7OA 3LQ7A 2C0EA 4L0WA 3I9V2 1GH2A 4GSSA 1G0TA 4RQXA 4KDXA 2O7KA 4ECBA 2L57A 2R4VA 3BJ5A 2K9FA 3KJYA 2CT6A 2XPDA 2GZZA 4WF5A 1XOAA 5CRGA 1GRXA 1YQ1A 2RUFA 1JLWA 1I5GA 2N5BA 3ZTLA 3ME8A 4PUFC 3TKSC 3KP9A 3UARA 4X1UA 3C7MA 2GSTA 3CXGA 2ON5A 2IY2A 2GDRA 5GSSA 4HZ2A 2NTOA 3DRNA 3A3TA 1PD21 1W89A 1K0CA 2ON7A 2FWHA 3APQA 3D4TA 2KOKA 4WKWA 2C8UA 3APOA 2YWMA 2LQOA 3HZ4A 1JZRA 3ZITA 3HHVA 2M80A 2WULA 2DLXA 4L5OA 4EL1A 3GKKA 2M72A 2DJ1A 2H1AA 3ZLPA 3VWUA 2EIOA 3FHKA 1TTZA 3LXTA 2AJQB 2VM2A 1X9SB 1GLPA 5IO0A 1XPVA 2PVQA 3QCPA 1OC8A 1Z7PA 2IMKA 2L6CA 3F6DA 3IK9A 4I2TA 1TXXA 2H01A 3A2VA 1XWBA 4IP1A 1GUMA 2PERA 1X9MB 2HSYA 4EO3A 4F82A 2WS2A 4NWYA 4HU7A 1N2AA 2YZUA 20GSA 1V58A 2VO4A 3GTUA 1W4VA 5ECOB 3VI7A 5G5EA 3BCIA 4NMUA 4LMWA 3R2QA 4ZBAA 5FHIA 2O85A 4JR4A 1VRSD 2DJKA 2VCXA 4N0VA 4BVXA 2PN8A 2GZYA 5D9WA 2FA8A 3WT1A 1M7TA 3NZNA 1B48A 2AB6A 3ZMLA 4AJ8A 4OD7A 2LUSA 5HFKA 2VCTA 4NV5A 5D73A 2ES7A 4O32A 1T1VA 5KN1A 3O3TA 4MJAA 1FHEA 4KH7A 3KGKA 1GNEA 1WIKA 1JFUA 1WE0A 4IELA 4NXIA 5EPFA 4X0XA 1UC7A 3CSIA 1XW5A 2OADA 5D9XA 2R6KA 4F03A 5J41A 3TUEA 1G7EA 3VPQA 3FZ4A 1SJIA 5HFIA 2A2RA 4YH2A 2CVDA 3LSZA 2XPEA 4MF6A 2VL2A 3QAVA 1PL1A 2C0GA 2CQ9A 2EIQA 2VL2C 1YZXA 2WCIA 2L6DA 4TXOA 3IPZA 1GNWA 2GT6A 1GUHA 2KP1A 4IBPA 4K9ZA 2FWFA 4WEYA 4XIHA 4TR1B 2GZPA 3GYKA 3CRUA 2MMNA 3HVVA 2XC2A 5C04A 1X9WB 2H6ZA 1E6BA 2GSSA 3LORA 2DSAA 2HZFA 2NBSA 1XW6A 3KEBA 1F9MA 3KM6A 2N5AA 1Y6EA 1PKZA 2P31A 4I97A 5ECLB 3IR4A 4JU5A 2VCQA 1GTIA 1TRWA 1Z6NA 2G0FA 1VGLA 2H75A 3Q19A 5H5RA 3TB2A 5H5SA 1GSUA 4MK3A 2VLUA 3DYRA 1XVWA 2HSHA 4TR0A 2I3YA 2H74A 1QFNA 2GT5A 2IN3A 1OC9B 2LS5A 1ZYQB 4WBJA 2DC5A 1DBYA 4EC0A 2NDOA 1YF1A 3ZIJA 1DE2A 3P8WA 2IPAA 4KCAA 1V40A 1ERVA 2IMIA 1EOHA 4FYBA 4E8EA 3KIJA 1HNAA 5CRHA 1CQGA 1KNGA 1AUCA 5F0GA 3IBHA 3UEMA 1U87A 2J23A 1XW9A 1B4PA 5KN3A 1GULA 3VURA 2O8VB 3DIEA 3C71A 1THOA 4L5LA 4MP4A 2LNTA 3GV1A 3HJOA 3LYKA 1R4WA 4KAEA 5IOWA 4FYUA 5FT3A 1UA5A 3DWVA 3G7IA 5HR0A 4YQVA 5D93A 4EVMA 1A2MA 4ECIA 2H71A 1EV9A 3LEFA 3AY8A 3FK8A 5KN2A 1MDKA 3ED3A 3TDGA 3JCML 4I6XA 1A2JA 5L71A 2TIRA 3QOUA 3N5OA 2OJLA 1FOVA 5ECSA 1S3AA 5DVBA 5LNKe 3SWLA 2KP2A 2AYTA 1OKDA 2BMXA 4BA7A 4TXOB 5F07A 1EOGA 2WFCA 3HY2A 1GTBA 3TKPA 3L9VA 4POBA 2F3MA 2HXKA 1KBNA 2EC4A 4Z7XA 1F3BA 3DGQA 12GSA 3F3QA 1NHYA 1ZGNA 1F6MC 2MBSA 1SD9A 5DQYA 2X8CA 4JRRA 4FH8A 1OE7A 1FB0A 1I9DA 2C4JA 4MPFA 4EXJA 2YJ7A 1SJZA 1PGTA 4F2IA 5D96A 4BPYA 1JZWA 2LJAA 1JLVA 3ERWA 4K7NA 3TOUA 1TK0B 4G9HA 2R2JA 4HQZA 4DSSB 3DVWA 5J5NA 3MNGA 4ISDA 5HFGA 1T7PB 3HYPA 4BWQA 5ECPB 3HVXA 4PXOA 3TOTA 2ZUPA 3CRTA 3ZVJD 2FD3A 3W8JA 3WYWA 2FY6A 1Q4JA 2B3SA 1FB6A 2CAIA 2Z9SA 3GNJA 3FR9A 2A4VA 5JCWA 4AJ7A 4KX4A 4XS6A 1AIUA 4PQ1A 3D4MA 3KZQA 3E9JB 2J9HA 4Q5NA 5CNWA 2H6YA 1PQNA 2V6KA 4OO5A 1EGRA 2IL3A 2VCVA 2VLVA 1K3LA 2IWTA 2F51A 2H1GA 1WOUA 4HZ4A 1K0DA 5ECKB 3EVIA 5DJLA 3A2WA 3KH7A 4GTUA 5E4WA 1ERUA 2LRCA 2CX3A 3KXOA 3ZFBA 4LLRA 2OACA 3D22A 1XBSA 1KEBA 1VF3A 2GGTA 5D8IA 4X43A 1PX6A 3DMLA 3GX8A 2LRNA 3UL3A 1N8JA 2IYJA 3BD2A 5INYA 3W6GA 3HA9A 2YZHA 2H30A 2RM6A 3GKXA 5DCGA 4HJMA 4TR3A 3FRCA 5JWOB 3UJ1A 3SBCA 3APSA 1S3DA 2YWOA 2GTUA 1VF1A 2V6OA 2HNLA 5GAND 1MDJA 3MAKA 4POMA 4ZB9A 5KEJA 2H0IA 1ON4A 1BG5A 3F3RA 2VOCA 1V57A 1U3IA 1XVQA 1FVJA 4IVFA 4NPBA 4V1Ag 3HJPA 3F4SA 1SK1A 5IM9A 2AV4A 2I1UA 2E2GA 2B5EA 2R3XA 1XOBA 5DALA 2EIRA 2H70A 4WR5A 3DXBA 5J4UA 1BYEA 4PURA 3C73A 5EY6A 2WB9A 2NPBA 4L8EA 4EUYA 2VLTA 1SYRA 1YEPA 1EZKA 3D21A 3G7YA 1XWCA 2G2QA 2QGVA 3VWXA 3HZ8A 4OMVA 4TR1A 4POKA 4GQFA 2AAWA 3IV4A 3LYPA 3UMAA 5G1LA 3UOMA 2B6MA 4TRXA 3RHCA 4CHSA 3QDNA 3PR8A 1SJ6A 5ECIB 2HE3A 4GRFA 1A24A 2YWIA 5B6NA 4HUAA 4J57E 4MJCA 3FW2A 1SL1B 4JE1A 2V2GA 2H0GA 4J56E 3E3EA 3LXZA 3IHQA 2DIZA 2LTKA 3A5WA 2YWNA 4HJ2A 1X5CA 5ECMB 2GLRA 4KNDA 1R26A 5CRWA 3U6VA 5IQYA 4IKHA 5J3RA 1ZZYA 2C80A 1XCCA 3VLNA 4BVYA 3BBYA 1GP1A 1TI1A 4XRAA 2XBQA 1HD2A 2JU5A 4TVEA 4DSQA 1VF2A 3BCKA 4ZIJA 4QQ7A 2DMMA 3CSJA 3GKMA 2K6VA 2GQLA 2PMTA 1O81A 4WETA 4HU9A 4YAPA 4GQCA 1NHOA 2TRXA 2C3NA 2M46A 2MZCA 4LL1B 1IYIA 5HR1A 4NV2A 1O85A 1H4OA 5ECRB 4F9ZA 1X0RA 4ZILA 4GLTA 3D5JA 1A8LA 4EDYA 5IMFA 2KHPA 2LQQA 4KUNA 4ILFA 1NM3A 1GLQA 3G7JA 1BQ7A 4LMVA 4PX1A 4NHWA 3WD6A 3IE3A 1EEJA 3L4NA 2R37A 3RPNA 2H6XA 1JZOA 1O6JA 2F8FA 4XCSA 1TRVA 3FR6A 1KTEA 4XTSA 2MBTA 1UN2A 5CAXA 3H79A 4ID0A 4KSMA 2LSTA 2WRTA 2L4CA 2E0QA 2GSRA 4GCIA 4EF0A 1S3CA 4V2MA 1FW1A 2IFQB 3P7XA 1T00A 1YJ6A 4RI6A 2GSQA 2QKEA 1R7HA 4PUAA 4ECCA 4IP6A 4KSOA 1DUGA 3GL3A 3J7Yb 1TI3A 2OBKA 1AAZA 2GS3A 2B1LA 3O76A 1A0RP 4YQMA 1JZDA 2GQKA 1T8EB 3HDCA 3FEUA 5COHA 1HQOA 3EMXA 4PGTA 3IRAA 2FA4A 1MD3A 3TKRA 5IPGA 1CQHA 6GSSA 1Z7RA 1OAZA 1Q98A 3IA1A 1BJXA 3KMNA 1SK0A 4MZCA 4KA0A 3C1SA 4YQUA 1TRUA 4MJBA 3UVHA 1SL2B 2FLSA 1K0AA 2FCHA 1URMA 1GSFA 1WMJA 1O8XA 5F06A 4MPGA 2CZ3A 1T4ZA 1NSWA 5G1KA 3CYNA 4EE0A 4N30A 2LKUA 4TW5A 1OE8A 3EC3A 4AGSA 1USBA 4WXTA 5KN0A 4GSNA 3EU4A 2R5GA 5ABRA 2YV7A 3RHBA 1PL2A 1TU7A 5ID2B 1TK5B 16GSA 2CA8A 18GSA 4OO4A 1OC3A 2YP6A 1WPIA 1J9BA 4FIWA 1LJRA 2L5OA 1B9XC 2F8AA 4MMMA 1SKSB 4IN0A 4HDEA 4XRDA 1ACVA 3ZIVA 4ECJA 3L9SA 5GSTA 14GSA 2YN1A 2NVLA 1EEMA 2K8VA 4KDUA 3ZREA 2MMAA 2C3TA 3P90A 4TR4A 2JSZA 5DAKA 4OWYA 5AIVA 4EKZA 5ID2A 3FYGA 1BEDA 3LWAA 1EV4A 2X8HA 2VD1A 5JWQB 3KP8A 4ZL7A 2BJXA 1M2AA 1LU4A 3GUSA 2C0FA 4ACSA 1ILOA 4LL4B 2LJKA 4POLA 3TGZA 4TKYA 5A4WA 1T4YA 5A4VA 2O89A 1ERTA 2H1BA 1Y25A 5FWGA 3MWHA 3EU3A 3QPMA 5ECHB 19GSA 1OYJA 3ZL5A 2CV4A 1THXA 2CX4A 5CO3A 1PRXA 2H1DA 5IPHA 1Z5YE 1B9YC 6GSUA 5AN1A 1DSBA 1A2LA 3GSTA 3QFBC 3P2AA 3L0HA 1F3AA 1XIYA 2HZEB 4OFNA 1TRSA 2YPMA 5B7CA 1SKWB 17GSA 3UVTA 5AGYA 2RIIA 2HYXA 3H8QA 3DKSA 4IGJA 3DEXA 2PU9C 4K2DA 4K8MA 2FWEA 4JEDA 1BAYA 2FUG2 4CDOA 1HNCA 1UVZA 1J0FA 2WDUA 2JACA 4G10A 2ALBA 4I2UA 1EWXA 3ZVJA 1K0MA 1DE1A 2IMFA 4O7HA 2RLIA 2VAFA 4OFMA 2C1YA 2CZ2A 3QR6A 2ZCTA 2PGTA 4XS1A 2A2SA 3VK9A 3TJGA 5DBQA 4NAXA 4TXVA 3GX0A 3ZYWA 3CBUA 4RUVA 3KD0A 4MJEA 1R5AA 3UBLA 3D0ZA 3QFAC 2QSIA 3G9BA 1A0FA 1M2BA 1QK8A 3NIVA 1QXHA 2DIYA 5AISA 5IMDA 3GURA 2K8SA 2AUVA 2DJ2A 1XWKA 2V32A 5IMZA 1PN9A 1ABAA 3N9JA 2N5FA 4Q5FA 3VWWA 2OE1A 3HD5A 5DJMA 3KH9A 3Q18A 3WGDA 2FWGA 1TW9A 1WJKA 3LFLA 1QUWA 2B7KA 2BTOT 1SENA 4MLYA 3VI5A 4WR4A 3FY7A 3EURA 5IMAA 1ZL9A 1NW2A 2JZRA 1YKAA 2X64A 4D73A 6GSTA 2GVPA 5F8BA 3TCOA 2REMA 1WP0A 3S9FA 3CTFA 2TRCP 3F0IA 1R5PA 1HYUA 5CYYA 5IMCA 3F4TA 1TDIA 4ZB6A 3TJFA 2VL3A 3ERGA 2DJ0A 3PGTA 3TKQA 1YEXA 2XHFA 3ISOA 3FKFA 2CVKA 3EYTA 3KTLA 5JCUA 4WF4A 3GSSA 1OVNA 2LV3A 1ML6A 1GSQA 3HCZA 1ZMAA 4PQIA 3UAPA 2KLXA 2LNSA 4KE3A 4G19A 2DJJA 1TU8A 4IQAA 4K1FA 2H73A 13GSA 1RQMA 1FAAA 3CSHA 1AC1A 4JR6A 1C72A 3LGCA 3KCMA 4HI7A 1Z6MA 1WWJA 2MMZA 2WJUA 3F4RA 4DVCA 1O7UA 5HR2A 5LCZA 3LJRA 3CMIA 9GSSA 5IOXA 3I6AA 4QL9A 5GZZB 1GWCA 3GHAA 3A2XA 5A4UA 4ULXA 5GAPD 2FHEA 3IAM2 2C0DA 1XXUA 4K6XA 4MA9A 4GF0A 3GH6A 3GFKA 1B4QA 2HT9A 4OCFA 3RDWA 1B8XA 5CP1A 2YJHA 1YKCA 4K7OA 5ECQB 1ERWA 4O92A 7GSSA 1SL0B 2PWJA 1T3BA 2IIYA 3PINA 2PUKC 2MYGA 4XHMA 2JSYA 4OCEA 2GQMA 1X5DA 3MDKA 1TP9A 4I8BA 4K0GA 3ME7A 2WZ9A 2P5QA 4PNFA 4KDYA 2HRNA 2PVOC 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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