The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
165
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structure length |
128
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Chain Sequence |
NQAQITATFTKKILAHLDDPDSNLAQFVQLFNPNCRIIFNATPFAQATVFLQMWQNQVVQTQHALTGVDYHAIPGSGTLICNVNCKVRFDWGPYFGISLQLIIDDRIFRNDFNGVISGFNYNMVYKPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural similarity in the absence of sequence homology of the messenger RNA export factors Mtr2 and p15.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
MRNA EXPORT FACTOR MEX67
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| molecule tags |
Nuclear transport
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
35
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| structure length |
128
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| sequence length |
165
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF10429 | Mtr2 | Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HMM B; 3K0Z A; 3HX8 A; 1Q40 A; 1O7H B; 2HMN B; 3T8N A; 1UUV B; 5STD A; 2R4I A; 1W01 A; 3FZW A; 4LEH A; 1NDO B; 2YFI B; 3NHX A; 2F98 A; 2YFJ B; 3D9R A; 1ZO2 A; 5AEU B; 1TP6 A; 4XBX A; 1HKX A; 3NV0 A; 3OWU A; 3UNL A; 2XSO B; 1JB5 A; 4L8P A; 1DMQ A; 2UX0 A; 3S5C A; 4XDV A; 1NU3 A; 5EVH A; 1K41 A; 2B1X B; 3CU3 A; 4L8O A; 1OHO A; 4N3V A; 4HM7 B; 1OUN A; 4MJD A; 3MYT A; 3H3H A; 5TGN A; 5IF6 A; 3F40 A; 2HMJ B; 2CKF B; 1O7W B; 2K54 A; 8CHO A; 3EJV A; 4XDW A; 5IG5 A; 4LGQ A; 3ER7 A; 2QGU A; 4IIA A; 4CDL A; 2BMO B; 1SJW A; 3RGA A; 4PEJ A; 3VSY A; 4I4K A; 2XSH B; 3DXO A; 4X2O A; 5JPP A; 1Q40 B; 4WYK A; 3STD A; 1GY7 A; 3NUV A; 4OVM A; 5IG4 A; 3A76 A; 5CLK A; 5KP3 A; 1ULI B; 4H3U A; 2F86 B; 3F7S A; 3MG1 A; 3EN8 A; 3F9S A; 1ISK A; 3MKI A; 5D83 A; 4HM3 B; 2XRX B; 1E97 A; 3EBY A; 2F99 A; 1TUH A; 1JB4 A; 1A2K A; 3LZA A; 4HZB B; 3FGY A; 1U5O A; 1QMA A; 1O7M B; 4L7K A; 3JUM A; 2IMJ A; 2W2C A; 4U13 A; 3NM2 A; 4X2H A; 5AII A; 3GZY B; 1O7P B; 3MHE A; 1CQS A; 2HML B; 1Z1S A; 5CXO A; 3F14 A; 3UJM A; 4WWU C; 1NWW A; 1O7N B; 2A15 A; 3EX9 A; 4WYK B; 1OGZ A; 4OUQ A; 1EA2 A; 2YFL B; 3EBT A; 1OPY A; 3DMC A; 2BMQ B; 2OWP A; 5IG3 A; 3FF0 A; 4WP5 A; 3EF8 A; 3WMD A; 3F8H A; 3GWR A; 3KZT A; 4KVH A; 5IEO A; 1JN5 A; 3F7X A; 1JKG A; 1WQL B; 3MG2 A; 3DM8 A; 1GY6 A; 3SOY A; 5G2G A; 4ORL A; 3GZR A; 1GY5 A; 5D82 A; 3OWY A; 1ASK A; 3EQQ B; 1OCV A; 3EHC A; 3K7C A; 3GZX B; 3SOA A; 4HM4 B; 2INX A; 4J8T A; 3I0Y A; 5AIH A; 3BB9 A; 1O7G B; 3EN1 B; 2RCD A; 4R9K A; 3KKG A; 4R9L A; 1OF5 B; 2RGQ A; 2Z76 A; 5BVB A; 4XB5 A; 5AEW B; 1W6Y A; 3Q90 A; 3JUN A; 3B7C A; 4HZ9 B; 4XBY A; 6STD A; 1W00 A; 1EG9 B; 2QIY A; 4Q53 A; 7STD A; 1S5A A; 3CNX A; 2Z7A A; 1BUQ A; 5D81 A; 3JUQ A; 2GBX B; 3GRD A; 1JN5 B; 1JKG B; 1W02 A; 3IPT A; 1C7H A; 3B4P A; 1JB2 A; 2XR8 B; 3OXA A; 5JPU A; 3KE7 A; 3DUK A; 5DRE A; 1E3V A; 1OHP A; 3H51 A; 2GXF A; 3G16 A; 3ROB A; 3OX9 A; 3SED A; 3FSD A; 5KP1 A; 1GS3 A; 4HVN A; 1QJG A; 2Z77 A; 5AIF A; 3G8Z A; 1OGX A; 3BLZ A; 1OHS A; 5AI1 A; 1OF5 A; 5DRV A; 3T8U A; 4GB5 A; 4FCJ A; 3NXJ A; 5IEN A; 1IDP A; 3GZB A; 4FCM A; 3CNM A; 3FH1 A; 3EC9 A; 3F8X A; 4K1V A; 3VGN A; 4HM0 B; 1STD A; 4HKV B; 1Q42 A; 2I9W A; 4LMI A; 3B8L A; 2B24 B; 5BXQ A; 5FW5 A; 2GEX A; 3JUO A; 3DZL A; 1UUW B; 1DMM A; 4HM8 B; 3CPO A; 3LYG A; 2JQ5 A; 4HJL B; 2STD A; 3OWS A; 5HGR A; 5IER A; 1ZX2 A; 3NBR A; 5CF1 A; 3E99 A; 4HM6 B; 5CK6 A; 3FF2 A; 3HZP A; 4K1U A; 3MSO A; 4STD A; 2HMO B; 1GYB A; 3JUP A; 3M8C A; 2GBW B; 4XBT A; 5IEP A; 2GEY A; 4HM1 B; 3RGR A; 2BNG A; 1ULJ B; 2CHC A; 5IG0 A; 1OH0 A; 3B4O A; 2HMK B; 4HM2 B; 3G0K A; 3KSP A; 1AR0 A; 2RFR A; 5CF2 A; 3NV0 B; 3HK4 A; 3ECF A; 2BMR B; 3MG3 A; 5AIG A; 3FKA A; 4J9A A; 3FLJ A; 3OV4 A; 2PZV A; 1DMN A; 4XM4 A; 1E3R A; 5KP4 A; 1VZZ A; 4HM5 B; 4R1K A; 4RZM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K63 A; 2HMM B; 7GSP A; 2WGO A; 1RN4 A; 2WOH A; 1RGG A; 3K0Z A; 3HX8 A; 1ROA A; 3LXU X; 1Q40 A; 1O7H B; 2CIU A; 1RHL A; 3BND A; 2HMN B; 1W4N A; 4O02 B; 2D1W A; 3U1W A; 1JZO A; 1U8C B; 3PCR A; 1BAN A; 3LTA A; 1D6U A; 2KAA A; 1IQ8 A; 2E2T A; 4N6V 0; 3T8N A; 8RNT A; 1UUV B; 5STD A; 2R4I A; 2H0H A; 1W01 A; 3FZW A; 1GOY A; 2GSP A; 3UB1 A; 1CYV A; 3WOF B; 5AYS C; 4ZM8 A; 4LEH A; 1NDO B; 1VQO 3; 3N9H A; 2YFI B; 1RLS A; 1HU9 A; 2OTL 3; 2CWU A; 3NHX A; 2K3D A; 1JRQ A; 2F98 A; 2YFJ B; 4LZI A; 3D9R A; 1FGM A; 5FGO A; 1MGW A; 4N6M A; 1ZO2 A; 2CX0 A; 3IMA B; 1TP6 A; 4XBX A; 5AEU B; 1HKX A; 2BHM A; 3NV0 A; 3OWU A; 3UNL A; 2XSO B; 3X42 A; 1BAO A; 1JB5 A; 4IPB A; 1CEW I; 4L8P A; 1IT7 A; 1DMQ A; 2WGQ A; 5LC7 A; 4CPK A; 1LNI A; 2UX0 A; 3S5C A; 4XDV A; 1VQ9 3; 4HOH A; 1NU3 A; 1YNV X; 1LQG C; 3NX0 A; 5EVH A; 1K41 A; 2B1X B; 3CU3 A; 4L8O A; 1GD4 A; 4MEI A; 1LOX A; 1MWR A; 1QAK A; 1OHO A; 4N3V A; 4HM7 B; 1YVB I; 3DGN A; 1OUN A; 1JV2 B; 4MJD A; 4KFD A; 3MYT A; 3J7Y d; 2ML5 A; 3H3H A; 5TGN A; 1X1U A; 3KII A; 4O3V A; 4BU4 A; 5IF6 A; 1IQX A; 3F40 A; 3GAX A; 2HMJ B; 3X3X A; 2CKF B; 1O7W B; 1M1X B; 3CCR 3; 2K54 A; 3NBJ A; 3EJV A; 1ROV A; 2CX1 A; 1BU4 A; 4RNY A; 4XDW A; 8CHO A; 3PS8 A; 2IUJ A; 5IG5 A; 3ZG0 A; 3CCL 3; 2P0X A; 3HOH A; 3HIG A; 4LGQ A; 3ER7 A; 2QGU A; 5LC6 A; 4IIA A; 5G1L A; 1VQM 3; 4CDL A; 2BMO B; 1B27 A; 1SJW A; 3CC7 3; 3NQY A; 3RGA A; 3JVC A; 1N5H A; 1MWU A; 4PEJ A; 1W2B 2; 1TRP A; 1Q9E A; 3BNE A; 3A5E A; 4JRF A; 3VSY A; 4O8S A; 3X40 A; 1A67 A; 1KSI A; 4I4K A; 2IY2 A; 1RMS A; 2XSH B; 3DXO A; 1K73 4; 4X2O A; 5JPP A; 1UCJ A; 2C11 A; 2O3O A; 2SAR A; 2CFL A; 1Q40 B; 4WYK A; 3WDG B; 2YX9 A; 4CCV A; 1EKM A; 3STD A; 1N8R 4; 1GY7 A; 2Q07 A; 3L0R A; 2CK3 H; 3NUV A; 3CCS 3; 1GMR A; 2KF5 A; 1YIT 3; 2UGI A; 3MPH A; 1K9M 4; 4BTY A; 1R4Y A; 1IVV A; 4N6L A; 4OVM A; 5IG4 A; 1RNB A; 1BRI A; 3CC4 3; 3A76 A; 1PU4 A; 1B3S A; 1BSD A; 5CLK A; 5KP3 A; 1ULI B; 3X3Z A; 2XGL A; 1T3B A; 2V1L A; 4H3U A; 2F86 B; 3F7S A; 5A0O B; 3MG1 A; 3NBB A; 3VF1 A; 3EN8 A; 3S27 A; 1B2U A; 3F9S A; 1ISK A; 3CMA 3; 3MKI A; 4RNZ A; 5EEO A; 1YVS A; 1FGQ A; 5D83 A; 2O9U X; 5AYR B; 4HM3 B; 2L1S A; 2XRX B; 1E97 A; 3K9M C; 3CCQ 3; 3EBY A; 1VQ7 3; 2F99 A; 2ZL8 A; 1BNE A; 4EC6 A; 3I56 3; 1TUH A; 1TTO A; 1JB4 A; 1A2K A; 1VQ8 3; 1US1 A; 1BNF A; 1BSE A; 2OTJ 3; 3X41 A; 3LZA A; 1I0X A; 4HZB B; 1AQZ A; 3FGY A; 7STD A; 3WA2 X; 1IVX A; 3NM7 A; 3RNT A; 1U5O A; 3Q1C A; 1RN1 A; 1QMA A; 3SLU A; 1V74 A; 1O7M B; 1L5G B; 3CME 3; 1QAF A; 1IVU A; 3DGM A; 4L7K A; 3JUM A; 1AVL A; 2IMJ A; 1RGK A; 2W2C A; 4U13 A; 3NM2 A; 1VQN 3; 2W03 A; 3SYU A; 1FUS A; 1NO3 A; 4MMY B; 3CD6 3; 4X2H A; 1T2I A; 2Y74 A; 3KCH A; 1VQL 3; 2CFD A; 4BL3 A; 5AII A; 3Q2P A; 3CCV 3; 1IV9 A; 1W5Z A; 1EEJ A; 3GZY B; 1O7P B; 2P38 A; 4BL2 A; 1GOV A; 1I2F A; 1TFO A; 3MHE A; 2D42 A; 1Q7Y 4; 2E2U A; 1VQP 3; 3KSE D; 1CQS A; 2HML B; 1BRJ A; 1Z1S A; 3DGL A; 5CXO A; 1IK3 A; 1CYU A; 3F14 A; 1SIH A; 4MMX B; 1PFP A; 2Z6B A; 3Q3F A; 1RGC A; 1BNJ A; 3UJM A; 2ZHX B; 1RKY A; 1UCL A; 4WWU C; 1NWW A; 1O7N B; 2A15 A; 3EX9 A; 5BIR A; 4EW5 A; 3OW2 2; 2W9Q A; 3LTC A; 1N9J A; 2L4V A; 3QK9 A; 4WYK B; 3X3Y A; 1OGZ A; 4OUQ A; 2CW9 A; 1SQW A; 4OK0 A; 3TDG A; 1GOU A; 3CC2 3; 3CCE 3; 1C54 A; 1EA2 A; 2LYX A; 5IW9 A; 2YFL B; 3G71 3; 3EBT A; 1MGR A; 2BU4 A; 1M1K 4; 1OPY A; 2CG1 A; 5ELJ A; 2AAD A; 3DMC A; 4N6N B; 1BNR A; 2BMQ B; 3RDE A; 2OWP A; 5IG3 A; 1MWS A; 2K0M A; 2C4B A; 3FF0 A; 1M9G A; 1RDS A; 1DVD A; 2UUG C; 1HZ1 A; 2MC8 A; 2JDI H; 4WP5 A; 3EF8 A; 2XFT A; 3F8H A; 4J5K A; 3EB8 A; 3WMD A; 4WHA A; 4KZ1 A; 3GWR A; 1BRK A; 3KZT A; 1VQ6 3; 4RNT A; 1N9E A; 1TFK A; 4KVH A; 2IYJ A; 3N8B A; 2GU3 A; 5IEO A; 1QVF 2; 3CCJ 3; 1Q82 4; 5M1A A; 1JN5 A; 3F7X A; 3AMO A; 1JKG A; 2CFK A; 3HI7 A; 1WQL B; 3MG2 A; 3DM8 A; 1YJ9 3; 1GY6 A; 3AGN A; 3SOY A; 2KRT A; 1JJ2 2; 3PCS A; 2WOF A; 1N8Q A; 4AKY A; 5G2G A; 4ORL A; 3GZR A; 3ZFZ A; 2J8X B; 4K90 B; 3SXX A; 3BIR A; 3IJE B; 1GY5 A; 3S28 A; 1D6Z A; 1TJD A; 2XFS A; 1DVC A; 3FG1 A; 1W2Z A; 3LH4 A; 1FW7 A; 1RCK A; 5D82 A; 3SX1 A; 1SPU A; 1BNS A; 1IU7 A; 4I5Q A; 3D5I A; 3OWY A; 1UW1 A; 1A2V A; 1A2P A; 4GL6 A; 1ASK A; 1RGE A; 3WOE B; 3G6E 3; 1RCL A; 3EQQ B; 4JF8 A; 4LSO A; 3BNB A; 1B2M A; 2CFW A; 3UL6 A; 1V58 A; 1OCV A; 3EHC A; 3K7C A; 3PYJ A; 2W0Q A; 1FGO A; 3GZX B; 4O2H A; 3SOA A; 1KQS 2; 4HM4 B; 2INX A; 4J8T A; 1MOL A; 1B2X A; 1QAL A; 3I0Y A; 5AIH A; 1FGR A; 1UGH I; 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