The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
LNDPLDSGRFSRKQLDKKYKHAGDFGISDTKKNRETLTKFRDAIEEHLSDKDTVEKGTYRREKGSKVYFNPNTMNVVIIKSNGEFLSGWKINPDADNGRIYLETGEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural inhibition of the colicin D tRNase by the tRNA-mimicking immunity protein
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Antibiotic/immune system
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Colicin D
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| total genus |
33
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-12-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11429 | Colicin_D | Colicin D |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TFO A; 1V74 A; 1TFK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A5E A; 1M1X B; 2F5M A; 4FMB A; 3X3Y A; 2KF6 A; 2R41 A; 3CCM 3; 3EN1 B; 1MWR A; 1VQ4 3; 3LH4 A; 5M1A A; 8CHO A; 5M18 A; 2F99 A; 1O7H B; 1FA3 A; 1D6Z A; 4J5K A; 4LGQ A; 4LZI A; 5KP3 A; 2W2C A; 3Q90 A; 5JPU A; 3MPH A; 1OAC A; 2GBW B; 3GZX B; 5IEO A; 3WR2 A; 1DVC A; 1FYS A; 2HOH A; 2BU4 A; 3AHW A; 4K1U A; 2HMM B; 2F98 A; 8RNT A; 5CK6 A; 1W6Y A; 1VQL 3; 1AY7 A; 3CNX A; 1V58 A; 5AYS C; 1BNI A; 1W7C A; 1I3I A; 1ASK A; 1D6U A; 3S27 A; 3X42 A; 1MWT A; 2ZA4 A; 2C10 A; 5KP4 A; 2CX1 A; 2CX0 A; 2YFI B; 1BRK A; 4IIA A; 2W0Q A; 4BTW A; 3CCU 3; 1UUG B; 3VF1 A; 5LC7 A; 4L7K A; 3URP A; 2B1X B; 4AEQ A; 3CCE 3; 2H0I A; 3CCJ 3; 1BRI A; 3RDE A; 3GZY B; 3STD A; 4BTY A; 1LQM B; 2KF3 A; 1R4Y A; 1TFO A; 1E3R A; 3M8C A; 3CCR 3; 1SPU A; 1GMP A; 1GMQ A; 2QIY A; 1B2Z A; 2L1S A; 3FZW A; 1YVB I; 3D3L A; 4LEH A; 5JPP A; 4HZ9 B; 3FLJ A; 5IER A; 2LQV A; 5G1K A; 2CFW A; 2W6J H; 3DGM A; 4N6L A; 4ORL A; 3UL5 A; 1RRH A; 1WMN A; 3WDG B; 3RNT A; 4CCV A; 5IW9 A; 4O3V A; 1FUT A; 4AKY A; 1BNS A; 1RGH A; 4HM4 B; 1IV9 A; 1HYF A; 3MKI A; 1B20 A; 3NBJ A; 3PCS A; 1LVN A; 3MWZ A; 1UGH I; 5AIG A; 3JUQ A; 3H51 A; 2LYX A; 3D79 A; 4K90 B; 6RNT A; 1O7P B; 1RJO A; 3GRD A; 3SOA A; 1EUI C; 2D1W A; 3DGL A; 3G4S 3; 4XM4 A; 4LSO A; 3I0Y A; 1I70 A; 3JVC A; 1Z1S A; 1HU9 A; 3DM8 A; 3SOY A; 1UCJ A; 1BGS A; 1WTH A; 4I5Q A; 5AEW B; 3SX1 A; 1IU7 A; 1BUQ A; 3PZW A; 5DRE A; 1YJW 3; 2GU1 A; 5G1L A; 1UDI I; 3LZA A; 4HAA A; 4KVH A; 1BSC A; 2R4I A; 3FG4 A; 2HML B; 1BSB A; 1JN5 B; 3UL6 A; 3X41 A; 3DXO A; 2E2U A; 2XR8 B; 1N5H A; 3KSE D; 2CWT A; 1W4N A; 3O8Y A; 4KFD A; 1BNF A; 2P38 A; 1RRL A; 4HM3 B; 2ML6 A; 3FCS B; 2BMO B; 3I55 3; 1VQ9 3; 1Q81 4; 1I8V A; 3HIG A; 1WMO A; 2KF4 A; 1TRQ A; 1W6C A; 3DMC A; 3V98 A; 1ZX2 A; 3LXU X; 3CCV 3; 2MF7 A; 2W56 B; 3D9R A; 2UUG C; 1RGG A; 2RCD A; 1A90 A; 3EX9 A; 3K7C A; 3MYT A; 2STD A; 3CCS 3; 1M9G A; 4NRE A; 3HX8 A; 3GSP A; 4X2H A; 2IUJ A; 2HMN B; 4O2H A; 3CNM A; 1K9M 4; 1CYU A; 1W00 A; 4FR9 A; 2A15 A; 5BIR A; 1JZO A; 3GAX A; 1AR0 A; 1YGE A; 1IVX A; 2BNG A; 4X2O A; 1GOV A; 2WGQ A; 1NWW A; 3KN4 A; 4EV2 A; 4KT3 B; 2UX0 A; 1LOV A; 1FGO A; 1U8C B; 5STD A; 1YI2 3; 2B24 B; 4EC6 A; 4EW5 A; 2WO0 A; 3FG3 A; 2W9Q A; 2GEY A; 2ZL8 A; 4LMI A; 4ZM8 A; 1ZS7 A; 5M19 A; 1CEW I; 3J7Y d; 3S67 A; 4J9A A; 1U5O A; 2GBX B; 3OXA A; 1A2P A; 4JF8 A; 4PEJ A; 3WA3 A; 1IVU A; 3CU3 A; 2CIU A; 7RNT A; 1YGW A; 4HM2 B; 4N6T A; 1HKX A; 3TDG A; 2BO9 B; 1FGQ A; 1B21 A; 3FKA A; 1RCK A; 4ILF A; 1AV4 A; 1BNR A; 2AAE A; 1B2S A; 3MG3 A; 1QAL A; 1NB5 I; 2IMJ A; 3D5G A; 1C54 A; 5GSP A; 1GYB A; 5DRV A; 1Q86 4; 4STD A; 1YIJ 3; 3NXJ A; 3N9H A; 1DMN A; 3VGN A; 1DET A; 1Y4K A; 3NX0 A; 1TU5 A; 3HI7 A; 4H61 A; 3Q1C A; 1BOX A; 1FGT A; 1LNI A; 3F40 A; 3HOH A; 2OQE C; 4G1M B; 4HVN A; 3KE7 A; 1FGM A; 3F8H A; 5EQL A; 2OQE A; 3F14 A; 1RHL A; 3T8U A; 1HZ1 A; 2RFR A; 1AVK A; 3PYJ A; 1YNV X; 2O3O A; 3F9S A; 4K61 A; 3DY5 A; 1ISK A; 1FUW A; 1V74 A; 3BU4 A; 1UW1 A; 3G6E 3; 4BU4 A; 1PYL A; 4HJL B; 2KAA A; 1S72 3; 2XGN A; 3BIR A; 3T8N A; 2Z7A A; 1NU3 A; 3JUP A; 4N6M A; 2Y73 A; 2P09 A; 1BU4 A; 3EE1 A; 5AIF A; 4WYK A; 3MHE A; 3WOF B; 2H0G A; 1GS3 A; 2H0H A; 3EQQ B; 3V99 A; 3EC9 A; 3NQY A; 1JZD A; 7GSP A; 1NB3 I; 1JKG B; 4GHO A; 1Q7H A; 3BB9 A; 1RDS A; 1GMR A; 1ULI B; 3FF0 A; 4J8T A; 1LOX A; 2FGT A; 1PFP A; 2HMO B; 3FSD A; 5CLK A; 4EYC A; 6STD A; 1OF5 B; 2CFK A; 1QAF A; 3S29 A; 1JNQ A; 1US1 A; 2XFT A; 3CPO A; 5CF1 A; 5AYR B; 3S5C A; 1MGR A; 2OCT A; 4EV5 A; 1JB5 A; 1G0T A; 4XB5 A; 5HGR A; 1MGW A; 4HM6 B; 1O7G B; 2K54 A; 2V1L A; 4WWU C; 3WOE B; 3CMA 3; 3B7C A; 3DGN A; 4IPB A; 1Q40 B; 1T2I A; 3H3H A; 4R1K A; 1D6Y A; 1OHS A; 2XGL A; 3D5I A; 1FGR A; 3ECF A; 4MMX B; 5IEN A; 1QMA A; 3HZP A; 5EVH A; 1OPY A; 2J8X B; 1I2E A; 1YVS A; 1SJW A; 5BVB A; 4RBN A; 3SYU A; 1M1K 4; 1E3V A; 4U13 A; 1VQM 3; 3EBT A; 3X3Z A; 3CME 3; 3CCQ 3; 3JUN A; 1TP6 A; 1CQS A; 2CG0 A; 3HK4 A; 3JUO A; 3B8L A; 4KZ1 A; 3SXX A; 1Q82 4; 3EB8 A; 1LXE A; 3NM7 A; 3AMO A; 1EQK A; 3NV0 B; 3LYG A; 3MG1 A; 1X1X A; 2M7O A; 1RTU A; 2SBL A; 4GL6 A; 4HM1 B; 1YJ9 3; 3CC2 3; 2MC8 A; 1BRS A; 2CHC A; 3KSP A; 3NBB A; 1TRP A; 1CH0 A; 3OW2 2; 4BIR A; 3EHC A; 1J2B A; 1DMQ A; 2FXT A; 3ZFZ A; 1EKM A; 1QVF 2; 1ZO2 A; 1GOY A; 2BMQ B; 1GD4 A; 4MMY B; 2OTJ 3; 3KFQ C; 2Z76 A; 2KCD A; 2CWU A; 1SIH A; 1JBT A; 1B2U A; 2L4V A; 3WMD A; 2K0M A; 2I9W A; 4HBR A; 1W01 A; 1ZGX A; 5ELU A; 5BXQ A; 1Q42 A; 1O7M B; 2FNQ A; 3LTD A; 3QRD A; 1RN1 A; 1OGX A; 1RGK A; 1N5P A; 1RLS A; 2XF3 A; 2W9P A; 3LTC A; 1R4C A; 2ML5 A; 3FH1 A; 5IG4 A; 3LML A; 3A76 A; 4IT7 A; 1YHQ 3; 4NHF A; 3EF8 A; 2XEP A; 1GY6 A; 1PU4 A; 2W03 A; 1MOL A; 4N3V A; 2E2T A; 5IG5 A; 1I0X A; 4AKZ A; 2HMJ B; 1A67 A; 1BRH A; 1TTO A; 1GOU A; 5D81 A; 4MMZ B; 3UNL A; 1BVI A; 1K28 A; 3B4P A; 4R80 A; 1VQ8 3; 1X1W A; 4L8P A; 1N8R 4; 5I97 A; 1IYY A; 1F8N A; 2QA4 3; 1B2X A; 1MNL A; 2F4Y A; 3FG1 A; 4O02 B; 2GEX A; 1FW7 A; 1GY5 A; 1QVG 2; 4EBG A; 2SAR A; 1MWU A; 2P0M A; 4BTX A; 1N8Q A; 3AHS A; 1TUH A; 4O8S A; 2CKF B; 3DUK A; 1BSE A; 4RNY A; 3EJV A; 1VQN 3; 1BNE A; 1I2F A; 5AEU B; 1IT7 A; 1IV7 A; 4OUQ A; 2PZV A; 1N9E A; 4MEI A; 1BIR A; 3PXM A; 1JBS A; 2JQ5 A; 3G8Z A; 3NM2 A; 1UCK A; 1VQ7 3; 4NPB A; 3BNB A; 2F56 A; 3IJE B; 3QK9 A; 1DE3 A; 5ELJ A; 1CYV A; 1Q7Y 4; 3GZR A; 2GXF A; 1UUV B; 2YX9 A; 3N54 B; 2YFJ B; 1W02 A; 3LTA A; 1GD3 A; 3EBY A; 2KXG A; 2IA7 A; 5FW5 A; 1LOW A; 4LYL B; 1I0V A; 3RGR A; 1RKY A; 3K0Z A; 1BSA A; 1IQY A; 2BHM A; 1JJ2 2; 2Q07 A; 2Z6B A; 4RNT A; 1NJI 4; 1K41 A; 1LRA A; 2RNT A; 5EEO A; 1LNH A; 1MWS A; 2ZDJ A; 1BRJ A; 1WMP A; 4HZB B; 2IUK A; 3DGY A; 3X3X A; 1JN5 A; 1KQS 2; 2QGU A; 3GWR A; 4KFF A; 4XBY A; 3GZB A; 1IK3 A; 3KZT A; 5G2G A; 2XFS A; 2BMR B; 3PS8 A; 3U97 A; 3N8B A; 1RN4 A; 2OWP A; 2PNC A; 3OWU A; 4FCZ A; 3KKG A; 3Q3F A; 1B27 A; 4XDW A; 4HYZ A; 3K63 A; 1RSN A; 2CK3 H; 1ULJ B; 2CFG A; 1YJN 3; 1IVW A; 1L5G B; 9RNT A; 3KII A; 3E99 A; 4DKI A; 1STD A; 2W56 A; 1X1Y A; 1QAK A; 4N6N B; 1RGE A; 4I4K A; 4R4K A; 3G16 A; 2KF5 A; 5TGN A; 5RNT A; 2K3D A; 4HM8 B; 2OTL 3; 1VQ6 3; 2XSO B; 1EA2 A; 3F8X A; 4OVM A; 5IG3 A; 3ROB A; 1I2G A; 2WGO A; 3SED A; 4CPK A; 1OH0 A; 1RGL A; 1BAN A; 3LT8 A; 1UCL A; 2GSP A; 3D4A A; 5FGO A; 3OWY A; 2KRT A; 3F7S A; 2P0X A; 1GY7 A; 3T0U A; 3K5T A; 1A2K A; 3ER7 A; 1A2V A; 4HM0 B; 1BUJ A; 1IQX A; 2BIR A; 1DMM A; 1UGI A; 3Q2P A; 1O7N B; 5AI1 A; 1QJG A; 1TFK A; 3ZG0 A; 4WP5 A; 5D83 A; 3IPT A; 3OV4 A; 1G02 A; 1RNB A; 3KCH A; 1KD1 4; 1VQO 3; 4HKV B; 2RSX A; 4KFE A; 4RZM A; 3SVA A; 3WA2 X; 5JBS A; 2AAD A; 4XDV A; 3ZG5 A; 4RNZ A; 4GSP A; 4WFO A; 2O9U X; 3WOD G; 2UGI A; 5IEP A; 1LQG C; 5KP1 A; 3CC4 3; 3BNC A; 4FMA A; 1KWI A; 4XBT A; 2INX A; 1IDP A; 1TJD A; 2CW9 A; 4OK0 A; 3BNE A; 2F86 B; 3L0R A; 1NO3 A; 1V57 A; 4L8O A; 1RMS A; 3NQZ A; 1OCV A; 4H3U A; 3CCL 3; 2CWV A; 1JB4 A; 1WQL B; 1W6G A; 1WNH A; 4N6U A; 1ROA A; 3PGB A; 5BU4 A; 1M90 4; 3CD6 3; 3G0K A; 7STD A; 2GU3 A; 1BAO A; 4MJD A; 1T5Y A; 1K8A 4; 3DH2 A; 1W2Z A; 2D42 A; 1W5Z A; 4FCJ A; 4EXR A; 1SAR A; 3NHX A; 1X1U A; 4BL3 A; 1JV2 B; 3S28 A; 4BL2 A; 3G71 3; 2YFL B; 3LOY A; 1GSP A; 1UI7 A; 2OOV C; 4J5G A; 3UJM A; 1TIJ A; 2OOV A; 3V92 A; 2IYJ A; 1RNT A; 1N9J A; 3U1W A; 3CPW 2; 1OUN A; 3UB1 A; 1VQ5 3; 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3PCR A; 1BRG A; 3AMO B; 1LOY A; 3BND A; 1OGZ A; 6GSP A; 1AQZ A; 1RCL A; 2WOH A; 5A0O B; 4FMD A; 1EEJ A; 2P05 A; 3JUM A; 3LTB A; 1JBR A; 1C7H A; 3B4O A; 3NBR A; 4QWT A; 3NUV A; 3SLU A; 1KC8 4; 1T3B A; 2XRX B; 4TX4 A; 2RGQ A; 1STF I; #chains in the Genus database with same CATH homology 4FMB A; 1M1X B; 3X3Y A; 3CCM 3; 3EN1 B; 1VQ4 3; 3LH4 A; 8CHO A; 2F99 A; 1O7H B; 1FA3 A; 1D6Z A; 4LGQ A; 4LZI A; 5KP3 A; 2W2C A; 3Q90 A; 5JPU A; 3MPH A; 1OAC A; 2GBW B; 3GZX B; 5IEO A; 1DVC A; 4K1U A; 2HMM B; 2F98 A; 5CK6 A; 1W6Y A; 1VQL 3; 3CNX A; 5AYS C; 1W7C A; 3S27 A; 1ASK A; 1D6U A; 3X42 A; 5KP4 A; 2C10 A; 2YFI B; 4IIA A; 4BTW A; 2W0Q A; 3CCU 3; 3VF1 A; 5LC7 A; 4L7K A; 2B1X B; 4AEQ A; 3CCE 3; 3CCJ 3; 3RDE A; 3GZY B; 3STD A; 4BTY A; 1TFO A; 3M8C A; 1E3R A; 3CCR 3; 1SPU A; 2QIY A; 3FZW A; 1YVB I; 3D3L A; 4LEH A; 5JPP A; 4HZ9 B; 3FLJ A; 5IER A; 2LQV A; 2CFW A; 2W6J H; 3DGM A; 4N6L A; 4ORL A; 3UL5 A; 1RRH A; 1WMN A; 3WDG B; 4CCV A; 5IW9 A; 4O3V A; 4AKY A; 4HM4 B; 1IV9 A; 3MKI A; 3NBJ A; 3PCS A; 1LVN A; 3MWZ A; 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