The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
167
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structure length |
167
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Chain Sequence |
IKHPLSKKDVKEIIAQLSQMFGEEIARKMLNKKDEVKVAEFDKTTEIILVNDKPMFIRRKDLIFPLVIALYNLSDEEDLRKWPRRVVVDEGAVPHILNGADVMAPGIVDADEGIKEGDFVFVVEEKYGRPLAIGIALMSGKVMKEKNRGKAVKVIHHARDKIWEVTA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of hypothetical protein PH0734.1 from hyperthermophilic archaea Pyrococcus horikoshii OT3.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein PH0734
|
| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Pyrococcus horikoshii
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| total genus |
45
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| structure length |
167
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| sequence length |
167
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-05-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01472 | PUA | PUA domain |
| A | PF17832 | Pre-PUA | Pre-PUA-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 | PUA domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Pre-PUA domain; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1T5Y A; 1ZE1 A; 1IT7 A; 4Q1T A; 1R3E A; 1SGV A; 3C0K A; 2CWW A; 2P38 A; 1ZL3 A; 2AS0 A; 3LDF A; 1ZE2 A; 3D79 A; 2CX1 A; 3VSE A; 2B78 A; 1IQ8 A; 3UAI A; 1Q7H A; 2CX0 A; 2Q07 A; 4DMG A; 2J5T A; 1WXW A; 1R3F A; 1K8W A; 1J2B A; 1ZS7 A; 1SQW A; 2AB4 A; 1IT8 A; 1WXX A; 2J5V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EN8 A; 3URP A; 1SGV A; 3WA2 X; 4NHF A; 1UCK A; 1L5G B; 2STD A; 1W7C A; 3MKI A; 4XDV A; 1QJG A; 1RGC A; 1W01 A; 3RDE A; 1D6Y A; 2Y74 A; 1C7H A; 3BNE A; 4R80 A; 1A90 A; 1WK2 A; 4CI3 B; 1IV7 A; 1GY7 A; 2W03 A; 3LTA A; 5BXQ A; 1GD4 A; 2CFL A; 2GU3 A; 2IA7 A; 1RMS A; 1EEJ A; 1W02 A; 1FYS A; 4L8O A; 4BTX A; 2CG0 A; 1V58 A; 2XRX B; 4KT3 B; 1RGA A; 1T2I A; 2I9W A; 1VQN 3; 2K3D A; 4I5Q A; 1O7W B; 1BRH A; 5M1A A; 1WNH A; 4X2H A; 1DVC A; 5AYS C; 4RNZ A; 4KFF A; 3CCL 3; 2GBW B; 7RNT A; 5LC6 A; 2APO A; 2J8X B; 2J5V A; 1A2V A; 1N9E A; 2OOV A; 1UW1 A; 3UL5 A; 3NBR A; 3V98 A; 1TJD A; 2CFW A; 3NBJ A; 1STF I; 1IDP A; 1Q42 A; 4U13 A; 1OUN A; 3GWR A; 4RNT A; 1IV9 A; 2JQ5 A; 4OVM A; 2XFS A; 4TX4 A; 1I3F A; 5FW5 A; 3HAX A; 3CMA 3; 1I70 A; 5IF6 A; 2IYJ A; 2WO0 A; 1CH0 A; 1CEW I; 2YFL B; 4K90 B; 3M65 A; 5M18 A; 2CX0 A; 4AEQ A; 1JBT A; 3H3H A; 3WOF B; 3G8Z A; 1VQP 3; 1K41 A; 1OF5 A; 3KZT A; 3OXA A; 2HMN B; 3SXX A; 3HIG A; 2CFG A; 1US1 A; 3SED A; 2FGT A; 8RNT A; 1R4Y A; 1BNR A; 2LQV A; 1ISK A; 3I0Y A; 1I3I A; 3FG1 A; 4BL2 A; 2XEP A; 1IT8 A; 1JB2 A; 1GY6 A; 2BMO B; 1KC8 4; 1GYB A; 4HM5 B; 5JBS A; 2MF7 A; 2BNG A; 1S72 3; 1G02 A; 3UL6 A; 3CCS 3; 3BB9 A; 4CPK A; 4CDL A; 3DH2 A; 1EA2 A; 3SOY A; 3AHS A; 1AY7 A; 1EKM A; 3TDG A; 4EV2 A; 1N5P A; 3X41 A; 6STD A; 1RLS A; 1FUS A; 3NM7 A; 1FGM A; 1BAO A; 1BUQ A; 2RCD A; 4DMG A; 5HOH A; 1LXE A; 2FNQ A; 1M9G A; 1RDS A; 4BU4 A; 1GS3 A; 3NQZ A; 1NO3 A; 1ZX2 A; 1R4C A; 1BRJ A; 1RCL A; 1X1W A; 3LTB A; 4CI1 B; 3KSE D; 2D42 A; 3T8N A; 1BOX A; 4HYZ A; 1E3R A; 5G2G A; 3SYU A; 2CWU A; 3LYG A; 3K5T A; 2EY4 A; 3EB8 A; 3MYT A; 3X42 A; 1BSD A; 3ROB A; 1AR0 A; 3FF0 A; 2OCT A; 2P38 A; 3CC4 3; 1HZ1 A; 2OQE C; 1S04 A; 1HKX A; 3HOH A; 5TGN A; 4N6U A; 3J7Y d; 3U97 A; 1V57 A; 3F8X A; 5IW9 A; 5IER A; 3JUP A; 1ZE2 A; 2XR8 B; 3RNT A; 5AIF A; 1LNI A; 4HM2 B; 2R4I A; 3DM8 A; 1JN5 B; 4LMI A; 1JN5 A; 4FCJ A; 4LYL B; 3VSE A; 3CXC 2; 2B78 A; 1JNQ A; 3D9R A; 3PYJ A; 3X3Y A; 2KKU A; 1WXW A; 5AIG A; 1NWW A; 1YHQ 3; 1R3F A; 4LEH A; 2INX A; 1W6G A; 3AMO B; 4N6V 0; 2ANE A; 1BSA A; 3AMO A; 4XDW A; 1UI7 A; 2CFD A; 1ASK A; 2HMO B; 4J9A A; 3CPO A; 4IPB A; 1I2G A; 2XGL A; 1RTU A; 2H0G A; 4WWU C; 1KD1 4; 3OW2 2; 1HU9 A; 1MOL A; 1IK3 A; 3G6E 3; 3FKA A; 1ZE1 A; 5AII A; 1YI2 3; 1CYU A; 3HX8 A; 2KF6 A; 1BSE A; 3IJE B; 3MG3 A; 3U1W A; 4IIA A; 3KCH A; 3MG1 A; 1WMP A; 3O8Y A; 4GSP A; 3CME 3; 1TE7 A; 3PXM A; 4PEJ A; 4LGQ A; 3WOD G; 1ULI B; 1XNE A; 1LOV A; 1X1Y A; 2B1X B; 2K54 A; 3KE7 A; 2O9U X; 4EW5 A; 4EV5 A; 1B20 A; 3D3L A; 3F40 A; 1IQ8 A; 3BNC A; 2KAA A; 4RZM A; 4STD A; 1RN4 A; 3GAX A; 1IVX A; 1VQL 3; 2D1W A; 3WA3 A; 1LOW A; 2KF4 A; 1GY5 A; 1Y4K A; 2E2T A; 2M7O A; 2WOH A; 1GOY A; 3ZG5 A; 5A0O B; 3FLJ A; 1SQW A; 1U8C B; 3I55 3; 1RGK A; 3DXO A; 3LWP A; 4NRE A; 1RNB A; 3HII A; 1IQX A; 1N5H A; 1HYF A; 1RRL A; 2BT3 A; 3D5I A; 2HOH A; 4NPB A; 6RNT A; 2W0Q A; 3G4S 3; 1NB3 I; 4MJD A; 1B2U A; 4LSO A; 4WP5 A; 2CWW A; 1VQM 3; 1UDI I; 2C11 A; 1E97 A; 3S5C A; 1V74 A; 1AV4 A; 2UX0 A; 4HM4 B; 3SX1 A; 4TZ4 C; 1RKY A; 3DGY A; 4O2H A; 3KII A; 3SVA A; 3PZW A; 1N8R 4; 4AKY A; 3NXJ A; 2FRX A; 1A2P A; 3GZY B; 1G96 A; 3HJW A; 3JVC A; 3MWZ A; 4HM7 B; 4N6M A; 1MGW A; 2E2U A; 5KP4 A; 3X3Z A; 4KFE A; 3HI7 A; 2CHC A; 4JRF A; 1JB5 A; 1OHO A; 2F56 A; 1YNV X; 1PY3 A; 1YVB I; 1MWR A; 2B24 B; 1D6Z A; 4FMD A; 1YGW A; 1K73 4; 3FSD A; 3LWV A; 5IEP A; 2BHM A; 1RGL A; 5JPP A; 1K8A 4; 2XSH B; 5KP1 A; 3QRD A; 1NB5 I; 1ZO2 A; 4FR9 A; 3MQK A; 3M6U A; 1B27 A; 1BNE A; 2V1L A; 3JUN A; 1S5A A; 4BIR A; 2ZHX B; 1FUW A; 3U28 A; 1Q82 4; 2AS0 A; 2CFK A; 2HMM B; 1UUW B; 5KP3 A; 3EBT A; 3OX9 A; 4N6O B; 1UGH I; 3F14 A; 3WHO A; 5AEU B; 3JUO A; 4XBY A; 1VQQ A; 5EQL A; 4CJN A; 1LVN A; 3KSP A; 4HZ9 B; 1LOX A; 4KZ1 A; 1TIJ A; 3G16 A; 3NM2 A; 4RNY A; 9RNT A; 2HVY A; 5I97 A; 4O02 B; 1VQ8 3; 1A2K A; 2Z0T A; 5AI1 A; 4BTW A; 4HM8 B; 4R4K A; 2H0I A; 2YX9 A; 4ORL A; 3S67 A; 1ROV A; 2CIU A; 3B4P A; 1IVW A; 2OTL 3; 1BNI A; 4HM1 B; 1IVU A; 5EVH A; 1BRG A; 1WMO A; 2UUG C; 1EUI C; 1FGR A; 1B2S A; 2QGU A; 3E99 A; 3OWS A; 4HOH A; 3LTD A; 3A76 A; 1TU5 A; 2XSO B; 8CHO A; 4BTY A; 3DGO A; 1UCL A; 2OWP A; 1Q9E A; 3PS8 A; 3BNB A; 1W2B 2; 1W6Y A; 3S27 A; 1DE3 A; 1Q7H A; 1O7N B; 4X2O A; 1FW7 A; 2KF3 A; 1I2E A; 1QAK A; 2BMQ B; 1N8Q A; 1JB4 A; 1K8W A; 2AUS A; 4HKV B; 2WOF A; 3N9H A; 2ZDJ A; 1ZBO A; 2XGN A; 3FGY A; 1NU3 A; 4G1M B; 4R9K A; 1LQM B; 1RN1 A; 5D82 A; 1M1X B; 1SAR A; 3VSY A; 1NDO B; 2XF3 A; 3LML A; 3OV4 A; 1Q86 4; 3ZV0 C; 1CQS A; 3VGN A; 5IEN A; 1BRS A; 1KSI A; 1R3E A; 5GSP A; 3SOA A; 1CYV A; 2QIY A; 2KXG A; 2KRT A; 3M6V A; 1BNS A; 1DET A; 3LOY A; 2SAR A; 3LJC A; 3LT8 A; 2W9Q A; 3OWU A; 3GRD A; 3B8L A; 3HZP A; 1QMA A; 1SJW A; 3N54 B; 5DRV A; 3WDG B; 1QAL A; 3DY5 A; 4N6T A; 5BU4 A; 3UAI A; 1B2Z A; 1PFP A; 1N9J A; 2F99 A; 3MG2 A; 4WFO A; 3G71 3; 2OTJ 3; 1JRQ A; 1K9M 4; 1KQS 2; 2P0M A; 1ROA A; 5EEO A; 2CK3 H; 1WQL B; 3DMC A; 2LYX A; 2C4B A; 2CG1 A; 1SIH A; 5D81 A; 2IMJ A; 2W6J H; 3WMD A; 3LZA A; 5LC7 A; 1VQ6 3; 1T3B A; 4J5K A; 3GSP A; 3EN1 B; 1YJN 3; 3FG3 A; 5AYR B; 2O3O A; 5AEW B; 1JBS A; 1BU4 A; 1VQ9 3; 3S29 A; 1TUH A; 1MWU A; 5JPU A; 3D4A A; 3QK9 A; 3NQY A; 3NHX A; 1X1U A; 3F9S A; 3BLZ A; 2GXF A; 1UCJ A; 2OQE A; 5DRE A; 3CD6 3; 3D5G A; 2W2C A; 3GZB A; 3A5E A; 3FH1 A; 3V99 A; 2CH9 A; 2E5O A; 2QA4 3; 1O7H B; 2RNT A; 1PYL A; 1TTO A; 3DZL A; 3IUW A; 1YVS A; 2WGQ A; 1RSN A; 1PU4 A; 5CK6 A; 1IVV A; 1VQ7 3; 2AB4 A; 1GOV A; 3F7X A; 1YJ9 3; 4MMX B; 3B4O A; 1RJO A; 1F8N A; 5CF1 A; 5CLK A; 1W2Z A; 3OWY A; 2BMR B; 4J8T A; 4EYC A; 3CCR 3; 4K61 A; 1BSC A; 1GOU A; 4H3U A; 2Z76 A; 1Q40 B; 3T0U A; 1Q40 A; 3M4X A; 4HM0 B; 4J5G A; 4OK0 A; 1B2X A; 3F8H A; 3DUK A; 4FMA A; 1DVD A; 5IG5 A; 4HAA A; 3NUV A; 2GEX A; 3ALA A; 2Z6B A; 1OAC A; 1RGG A; 3EHC A; 3LDF A; 1VQ4 3; 1Z1S A; 2YFJ B; 3K0Z A; 2P0X A; 4L8P A; 4MMZ B; 3LTC A; 1DMQ A; 4XBX A; 3UJM A; 5CF2 A; 3AHW A; 7GSP A; 1ZGX A; 1YJW 3; 2J5T A; 3JUM A; 3K9M C; 2OOV C; 4HM6 B; 4JF8 A; 3EQQ B; 3Q3F A; 4XBT A; 3RGR A; 1RRH A; 3CCM 3; 4CI2 B; 1LOY A; 2IUJ A; 1VQO 3; 1RNT A; 4Q53 A; 3CCQ 3; 1B3S A; 1UUG B; 4OUQ A; 4N3V A; 1DYU A; 3AGN A; 3CC2 3; 3NBB A; 1W4N A; 1WTH A; 2RGQ A; 5STD A; 3CNX A; 4K1U A; 5IEO A; 4HJL B; 1KWI A; 1WMN A; 2W56 B; 2W56 A; 2RBI A; 3EF8 A; 1BRN L; 1BAN A; 2UGI A; 3BND A; 5IG0 A; 1BUJ A; 4L7K A; 1LRA A; 1Q7Y 4; 2E2V A; 1TP6 A; 2P05 A; 3AGO A; 1GSP A; 2HMJ B; 4O8S A; 3UB1 A; 1OCV A; 5D83 A; 2Y73 A; 3BIR A; 1B2M A; 2Q07 A; 3M6W A; 2YFI B; 3LH4 A; 4H61 A; 4R9L A; 4XM4 A; 1AQZ A; 5FGO A; 4O3V A; 2F5M A; 1O7P B; 2WGO A; 3CNM A; 1RHL A; 2PNC A; 3G0K A; 1OHS A; 3JUQ A; 2Z7A A; 7STD A; 2CW9 A; 1OH0 A; 2CWT A; 1GD3 A; 2F86 B; 1C54 A; 3FG4 A; 1TFK A; 2BIR A; 3KKG A; 3ZFZ A; 1SPU A; 3CCU 3; 1I0X A; 1GMQ A; 1RGE A; 3MSO A; 3CPW 2; 4Q1T A; 1YGE A; 1GMR A; 2W04 A; 1FGT A; 1MWS A; 3HK4 A; 3DGN A; 1MWT A; 1W00 A; 2GBX B; 5HGR A; 4K1V A; 3CU3 A; 3DGM A; 2QEX 3; 1UOY A; 2ZL8 A; 5RNT A; 2RFR A; 2CKF B; 1IYY A; 4AKZ A; 3CCE 3; 1O7G B; 1YIJ 3; 1TRP A; 4HVN A; 2PZV A; 2R41 A; 4HZB B; 4MEI A; 3GZR A; 4WHA A; 1BVI A; 2ML5 A; 3EJV A; 4LZI A; 4HBR A; 1M1K 4; 3IMA B; 1OF5 B; 3B7C A; 1BIR A; 2RSX A; 1G0T A; 4FMB A; 3MHE A; 3EX9 A; 2HMK B; 3MPH A; 3STD A; 1UI8 A; 3UNL A; 1J2B A; 6GSP A; 3CCJ 3; 1EQK A; 4IT7 A; 2MC8 A; 1SII A; 1STD A; 1FUT A; 2GEY A; 3KN4 A; 1RCK A; 2SBL A; 1B21 A; 2GU1 A; 3LXU X; 3NX0 A; 2CWV A; 1JJ2 2; 3LWQ A; 1NJI 4; 3Q2P A; 4I4K A; 3C0K A; 2K0M A; 2W9P A; 1JZD A; 1BSB A; 1E3V A; 4N6N B; 1BGS A; 2F4Y A; 3M8C A; 1ZL3 A; 1QVG 2; 4QWT A; 1OHP A; 3K7C A; 3LWR A; 1BRK A; 4DKI A; 1W5Z A; 3I56 3; 2C10 A; 1MNL A; 4KVH A; 3ER7 A; 2ML6 A; 2BU4 A; 1OPY A; 2H0H A; 4EC6 A; 1I2F A; 1AVK A; 4MMY B; 2HML B; 3F7S A; 3VF1 A; 4XB5 A; 1IQY A; 1OGZ A; 1NNV A; 2L1S A; 1VQ5 3; 3PCS A; 3Q90 A; 3CC7 3; 3X3X A; 2GSP A; 2P09 A; 3L0R A; 3FF2 A; 3GZX B; 3T8U A; 1RN7 A; 1DMN A; 1Q81 4; 4EXR A; 2F5W A; 1VZZ A; 1GMP A; 5CXO A; 2CC3 A; 3EBY A; 3LWO A; 1FGO A; 1YIT 3; 1FA3 A; 3CCV 3; 2KCD A; 1JBR A; 1TRQ A; 4FMC A; 3WR2 A; 4CCV A; 1UCI A; 5M19 A; 3FCS B; 1W6C A; 1BRI A; 1BNF A; 1BNG A; 3PGB A; 3N8B A; 3D79 A; 1D6U A; 4FCM A; 4ZM8 A; 2CX1 A; 5G1K A; 3H51 A; 1UUV B; 5ELJ A; 3KFQ C; 1U5O A; 2KF5 A; 1MGR A; 2IUK A; 1VQK 3; 1QAF A; 1M90 4; 1JZO A; 3Q1C A; 2BO9 B; 2IY2 A; 3RGA A; 2Z77 A; 3WOE B; 2A15 A; 1AVL A; 2XH9 A; 5IG3 A; 5BIR A; 5BVB A; 1BNJ A; 3EC9 A; 3IPT A; 4HM3 B; 4ILF A; 3SLU A; 3ZG0 A; 1WXX A; 3EE1 A; 4GHO A; 4WYK B; 4WYK A; 1T5Y A; 4KFD A; 5G1L A; 5IG4 A; 1IT7 A; 1IU7 A; 1K28 A; 5AIH A; 1A67 A; 2ZA4 A; 3DGL A; 4R1K A; 1UGI A; 4N6L A; 2XFT A; 1I0V A; 4GB5 A; 3HJY A; 1JV2 B; 1JKG B; 3V92 A; 1JKG A; 2F98 A; 4RBN A; 1I8V A; 5ELU A; 2L4V A; 3BU4 A; 3X40 A; 4FCZ A; 1ULJ B; 1O7M B; 3NV0 B; 3NV0 A; 3M6X A; 2DP9 A; 3ECF A; 3S28 A; 1RGF A; 1RGH A; 3LT9 A; 3FZW A; 1LQG C; 1LNH A; 3K63 A; 2FXT A; 4GL6 A; 2AAD A; 1DMM A; 1FGQ A; 1ZS7 A; 3PCR A; 4BL3 A; 1TFO A; 1T2H A; 2RFK A; 2AAE A; 1QVF 2; 1FZU A; 4EBG A; 1EG9 B; 1X1X A; 2JDI H; 1OGX A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1T5Y A; 1ZE1 A; 1IT7 A; 4Q1T A; 1R3E A; 1SGV A; 3C0K A; 2CWW A; 2P38 A; 1ZL3 A; 2AS0 A; 3LDF A; 1ZE2 A; 3D79 A; 2CX1 A; 3VSE A; 2B78 A; 1IQ8 A; 3UAI A; 1Q7H A; 2CX0 A; 2Q07 A; 4DMG A; 2J5T A; 1WXW A; 1R3F A; 1K8W A; 1J2B A; 1ZS7 A; 1SQW A; 2AB4 A; 1IT8 A; 1WXX A; 2J5V A;
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