The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
SPVLFDFIEDTEPFRKSADKALEVYKSESEAYASFRVDRVERVTRVKGGERTNYYVDFSVRNCSRSHFHRHPAFGFCRADLSFDVEASNLENPEDVIISCEVFNFEEHGNISGFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Histidine-Rich Glycoprotein N2 Domain Reveals Redox Activity at an Interdomain Disulfide Bridge: Implications for Angiogenic Regulation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Blood clotting
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| molecule keywords |
HISTIDINE-RICH GLYCOPROTEIN
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| total genus |
25
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GD3 A; 3PXM A; 5A0O B; 4N6T A; 5LC7 A; 4N6L A; 1CEW I; 1ROA A; 3SVA A; 3KSE D; 1N5P A; 3L0R A; 3NX0 A; 1CYV A; 2CH9 A; 1GD4 A; 2O9U X; 4ZM8 A; 1N5H A; 4N6N B; 4N6U A; 1LXE A; 3MWZ A; 1FA3 A; 4N6O B; 3LH4 A; 2KXG A; 1M9G A; 1N9J A; 1NB5 I; 1IV7 A; 1RN7 A; 3PS8 A; 3KFQ C; 1KWI A; 4IT7 A; 1NB3 I; 1R4C A; 3UL6 A; 2W9P A; 1DVD A; 4LZI A; 5EQL A; 4EYC A; 1YVB I; 1G96 A; 4N6M A; 1TIJ A; 1MNL A; 2OCT A; 1STF I; 1A67 A; 4N6V 0; 2W9Q A; 1PFP A; 1EQK A; 1CYU A; 5LC6 A; 2BO9 B; 3PYJ A; 3S67 A; 1A90 A; 5ELU A; 3IMA B; 4CCV A; 3GAX A; 1DVC A; 5ELJ A; 3QRD A; 3UL5 A; 1MOL A; 3Q2P A; 3K9M C; 1IV9 A; 1FUW A; 1WNH A; 4TX4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M1K 4; 3NBR A; 2CX0 A; 1DET A; 1Z1S A; 1I8V A; 2B24 B; 1T2H A; 1G02 A; 1JB5 A; 1ZO2 A; 3JUM A; 4QWT A; 4FMA A; 1SII A; 1RGE A; 1GY7 A; 4N6T A; 5BIR A; 3WR2 A; 3I55 3; 3NV0 B; 4WP5 A; 2UUG C; 4WWU C; 1OUN A; 1JKG B; 4JF8 A; 1VQ7 3; 3AHS A; 1RGG A; 5AIH A; 3CNX A; 3LT8 A; 4EBG A; 2CX1 A; 1BOX A; 1CYV A; 2C11 A; 2R4I A; 2CH9 A; 1FGO A; 1IDP A; 3HIG A; 1GD4 A; 2O9U X; 1W01 A; 2UX0 A; 2MF7 A; 3FCS B; 3NBJ A; 3OX9 A; 3CCL 3; 4KVH A; 3KCH A; 1SPU A; 4ZM8 A; 1RHL A; 1RGH A; 3FF2 A; 3EHC A; 3FG4 A; 3HOH A; 3PGB A; 1UI8 A; 1JBS A; 3QK9 A; 3D4A A; 3LTB A; 1NNV A; 3TDG A; 2K54 A; 2QIY A; 4IIA A; 4N6U A; 4O2H A; 1O7W B; 1BAN A; 3SYU A; 2P09 A; 2L4V A; 1K28 A; 4XBY A; 1RGC A; 3X3Z A; 1B2M A; 2CFG A; 8RNT A; 4O3V A; 3PZW A; 3A5E A; 3GZX B; 3V98 A; 1S72 3; 3MSO A; 1E3R A; 1FYS A; 1IVV A; 2E2T A; 4X2O A; 3FH1 A; 5I97 A; 1OAC A; 3I56 3; 1CH0 A; 1I3I A; 1MWR A; 1RN7 A; 3DMC A; 3F7S A; 3FG3 A; 1BRG A; 4K1U A; 1MWT A; 2KF5 A; 5IG0 A; 1KSI A; 3NM7 A; 4EV5 A; 2WOH A; 1LRA A; 1QVF 2; 1BNG A; 5HGR A; 3LT9 A; 7GSP A; 2YFL B; 1UDI I; 1MGR A; 3KZT A; 3GZB A; 4IT7 A; 4KT3 B; 3PCS A; 1OF5 A; 1QMA A; 2AAE A; 1Q81 4; 1GY6 A; 3D9R A; 4H61 A; 5HOH A; 3SLU A; 1DVD A; 3E99 A; 4HOH A; 5EQL A; 4J5K A; 5G1L A; 1Q40 A; 1C54 A; 4LEH A; 3B8L A; 1W6G A; 4LYL B; 3VGN A; 3EB8 A; 3CCS 3; 4HM2 B; 2CG0 A; 1STF I; 1MGW A; 2ZA4 A; 4HKV B; 1PYL A; 3EX9 A; 1T2I A; 2W9Q A; 3CU3 A; 4R4K A; 3LML A; 4FCJ A; 1CYU A; 1JZO A; 1BGS A; 1OHO A; 2O3O A; 5CK6 A; 2D42 A; 5LC6 A; 4EXR A; 5IF6 A; 2C4B A; 1B27 A; 1BSB A; 1GS3 A; 2BIR A; 2W04 A; 1BUQ A; 4CJN A; 1RDS A; 2H0I A; 3URP A; 5KP3 A; 1W6Y A; 2F5W A; 5JBS A; 1US1 A; 3S67 A; 4KFF A; 4RNY A; 1ISK A; 1FW7 A; 1RGA A; 2UGI A; 1DMN A; 1UUV B; 3FGY A; 1FGT A; 2IMJ A; 1V58 A; 3IMA B; 3H3H A; 4CPK A; 6RNT A; 3CC4 3; 6STD A; 3GAX A; 4G1M B; 5KP1 A; 4FMB A; 2F98 A; 2GBX B; 3UNL A; 3GZY B; 3OWU A; 4MEI A; 1LQG C; 4IPB A; 4GB5 A; 4OUQ A; 5AI1 A; 3UL5 A; 4AKY A; 1BSD A; 1JN5 A; 2XSH B; 1Q40 B; 3GRD A; 1OGZ A; 3CCM 3; 1VQ6 3; 1PY3 A; 1Q7H A; 3WA2 X; 3DGM A; 3UB1 A; 3DUK A; 3WOD G; 3CMA 3; 1BNS A; 1W6C A; 1B3S A; 2KAA A; 3T8N A; 3RGR A; 3BND A; 3X42 A; 2A15 A; 5GSP A; 3WMD A; 2IY2 A; 3ZG5 A; 2FNQ A; 3SOY A; 1FUW A; 1M1X B; 1LOY A; 3ECF A; 1YI2 3; 1RLS A; 2GBW B; 1NJI 4; 3GZR A; 5TGN A; 1B2Z A; 1I70 A; 1TP6 A; 1JZD A; 3AMO A; 1Q9E A; 1O7H B; 3KSP A; 2CFL A; 3F9S A; 1IVW A; 3BNC A; 2RGQ A; 4HM6 B; 1X1X A; 2IYJ A; 2ZL8 A; 1FGQ A; 4BTX A; 3S28 A; 5IG3 A; 3ALA A; 5M18 A; 3S27 A; 1RGL A; 1CEW I; 2XRX B; 3CNM A; 4BIR A; 1OH0 A; 1UUG B; 2KF4 A; 3HI7 A; 5KP4 A; 1LOW A; 3KSE D; 1N5P A; 4MMX B; 1YVS A; 2L1S A; 3NX0 A; 3DH2 A; 2GSP A; 1ULI B; 1AVK A; 2MC8 A; 3SOA A; 1O7P B; 5AIG A; 1I0X A; 4BTY A; 2ML5 A; 2XR8 B; 3J7Y d; 3SED A; 3LTD A; 2K0M A; 3G16 A; 3MG1 A; 3F40 A; 1DMM A; 2QGU A; 2YX9 A; 2XF3 A; 3ROB A; 1RGK A; 4NPB A; 1AQZ A; 4X2H A; 3S5C A; 3G0K A; 3EF8 A; 1JNQ A; 3JUN A; 4R80 A; 1O7M B; 4LSO A; 1CQS A; 2H0H A; 4L7K A; 1W5Z A; 3ZFZ A; 1PU4 A; 1NO3 A; 1N8Q A; 4R9K A; 1JV2 B; 4EW5 A; 2HML B; 2KF3 A; 9RNT A; 2P38 A; 3FSD A; 1VZZ A; 4N6O B; 2XFS A; 3PCR A; 4XDV A; 1TU5 A; 3AMO B; 5DRV A; 2WGQ A; 2CG1 A; 1YJW 3; 4GSP A; 1ROV A; 3Q1C A; 3N54 B; 1M9G A; 1DYU A; 4R9L A; 1D6Z A; 1NB5 I; 3F8X A; 3MPH A; 1L5G B; 1BIR A; 1FGM A; 2J8X B; 1HU9 A; 3WOF B; 4PEJ A; 1VQK 3; 1SJW A; 1B2U A; 1IQ8 A; 3ZG0 A; 2CW9 A; 1I0V A; 1LNI A; 1VQ8 3; 1AY7 A; 3DGO A; 1LQM B; 1R4C A; 3JVC A; 2BU4 A; 4KFE A; 3NXJ A; 3UL6 A; 3RGA A; 4FR9 A; 3CME 3; 7STD A; 1ZGX A; 4EYC A; 1YVB I; 1G96 A; 4LMI A; 1UGI A; 1TIJ A; 4HM8 B; 2V1L A; 5G1K A; 1WQL B; 1GYB A; 4XDW A; 3Q3F A; 2ZDJ A; 3RNT A; 4HZ9 B; 1QVG 2; 1FUT A; 2Z76 A; 4MMZ B; 2Y74 A; 1RNB A; 1A67 A; 3DXO A; 4J8T A; 1X1Y A; 2OWP A; 3FZW A; 1ZS7 A; 5M1A A; 4ILF A; 1RGF A; 1GMQ A; 1N8R 4; 4RBN A; 3NM2 A; 4HM0 B; 4WHA A; 3S29 A; 3WDG B; 5AII A; 2SBL A; 1I3F A; 2CIU A; 1O7N B; 3GSP A; 4KZ1 A; 5EVH A; 2P0M A; 2OOV A; 3KII A; 2M7O A; 5IW9 A; 1KD1 4; 2XGN A; 1VQQ A; 2HMO B; 5ELU A; 3U1W A; 1VQ9 3; 1DE3 A; 1RCL A; 2P0X A; 4HZB B; 1X1U A; 1HZ1 A; 2CWV A; 1DVC A; 4STD A; 3MKI A; 1Q42 A; 1EG9 B; 3MG3 A; 4U13 A; 5IEN A; 4GHO A; 3BIR A; 1YHQ 3; 1YNV X; 3D3L A; 4LGQ A; 1MOL A; 3ER7 A; 3MYT A; 2GEX A; 1IQX A; 4JRF A; 1FZU A; 2KF6 A; 4FCZ A; 2Z77 A; 4RNZ A; 3O8Y A; 4HM3 B; 3BB9 A; 2PZV A; 3CD6 3; 4K90 B; 1GMP A; 1WNH A; 1BSA A; 2CC3 A; 3IJE B; 2HMM B; 3A76 A; 3AHW A; 1YGW A; 1B21 A; 1B2S A; 2Y73 A; 3X41 A; 1GD3 A; 5IG4 A; 1A2V A; 1IVU A; 4XB5 A; 3WA3 A; 3LZA A; 1HYF A; 1W00 A; 3CCJ 3; 3MG2 A; 3X40 A; 2RBI A; 1EUI C; 5A0O B; 1UCL A; 4MMY B; 4L8P A; 4EC6 A; 5IEP A; 1OF5 B; 3T8U A; 2W56 A; 5JPU A; 2XEP A; 1ROA A; 3F8H A; 5FGO A; 3VSY A; 1MWU A; 2BMQ B; 3G6E 3; 1BVI A; 3L0R A; 3OWY A; 2PNC A; 3Q90 A; 1C7H A; 3SXX A; 2BNG A; 4WFO A; 4BL2 A; 1BRN L; 1BNR A; 3JUP A; 3LTA A; 5IEO A; 1W02 A; 1K41 A; 1N5H A; 2GXF A; 1B2X A; 4ORL A; 1BSC A; 2WOF A; 1A2P A; 4DKI A; 1T3B A; 1ULJ B; 2STD A; 3H51 A; 1VQP 3; 4EV2 A; 1UI7 A; 1BUJ A; 2HMJ B; 3MWZ A; 1JRQ A; 1U8C B; 4K61 A; 1GOU A; 1U5O A; 1NWW A; 5AEU B; 2F99 A; 2RSX A; 3LH4 A; 4J5G A; 1V57 A; 3BNB A; 3SX1 A; 3AGN A; 1N9E A; 1EEJ A; 1JB4 A; 3DY5 A; 2KXG A; 2Z7A A; 1W4N A; 4FCM A; 5FW5 A; 5AYR B; 3EN8 A; 1N9J A; 3LTC A; 4O8S A; 3UJM A; 1LOX A; 1UCK A; 2F5M A; 3HK4 A; 1I2G A; 3FLJ A; 3G71 3; 1RN1 A; 2W2C A; 4OVM A; 5D82 A; 2OOV C; 1UCJ A; 3PS8 A; 4RZM A; 5EEO A; 4FMD A; 3V92 A; 1RRL A; 3CCU 3; 7RNT A; 4L8O A; 3WHO A; 1JN5 B; 3JUQ A; 2HOH A; 4OK0 A; 1WTH A; 4N3V A; 1FUS A; 1OCV A; 1YIT 3; 3CCQ 3; 3FF0 A; 1IQY A; 4NHF A; 3DZL A; 2RFR A; 4GL6 A; 2BT3 A; 1VQM 3; 5JPP A; 4LZI A; 1RJO A; 2KCD A; 4HM4 B; 4N6M A; 2YFI B; 1EKM A; 4R1K A; 3RDE A; 3B7C A; 1GSP A; 5AIF A; 2OCT A; 1BNF A; 1LOV A; 1QAF A; 2JQ5 A; 2K3D A; 4O02 B; 1SIH A; 1ASK A; 1SQW A; 2XSO B; 3MHE A; 4N6V 0; 3OXA A; 3DGL A; 3CXC 2; 1YJ9 3; 1EQK A; 1IU7 A; 3N9H A; 1M90 4; 5G2G A; 3KE7 A; 1YGE A; 1IK3 A; 2BO9 B; 2CKF B; 5CF2 A; 1J2B A; 3PYJ A; 2INX A; 3DM8 A; 1HKX A; 1RNT A; 1JBT A; 5BVB A; 1VQ4 3; 3K0Z A; 2BMO B; 4XBX A; 3BU4 A; 3B4P A; 1TUH A; 4CCV A; 2B1X B; 1A2K A; 1TFO A; 5ELJ A; 1W2B 2; 3NQY A; 2W0Q A; 1YIJ 3; 5CF1 A; 2IUJ A; 3G8Z A; 3EJV A; 3HZP A; 4H3U A; 4WYK A; 2HMK B; 3F7X A; 3CC7 3; 1BRJ A; 3CCR 3; 1I2E A; 2YFJ B; 2W6J H; 1AV4 A; 2GU3 A; 3D5I A; 3K9M C; 3Q2P A; 4XM4 A; 2BHM A; 1TFK A; 2XH9 A; 1BAO A; 4K1V A; 5AYS C; 1LVN A; 1WMN A; 1BRI A; 2CFD A; 1BNE A; 2OQE A; 1SAR A; 1D6U A; 1O7G B; 4HYZ A; 1YJN 3; 3JUO A; 2F56 A; 2QA4 3; 2I9W A; 5STD A; 3U97 A; 1AVL A; 1NU3 A; 3F14 A; 2E2V A; 1RRH A; 1ZX2 A; 1Q86 4; 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