1IT7A

Crystal structure of archaeosine trna-guanine transglycosylase complexed with guanine
Total Genus 207
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
207
sequence length
577
structure length
577
Chain Sequence
KMLKFEIKARDGAGRIGKLEVNGKKIETPAIMPVVNPKQMVVEPKELEKMGFEIIITNSYIIYKDEELRRKALELGIHRMLDYNGIIEVDSGSFQLMKYGSIEVSNREIIEFQHRIGVDIGTFLDIPTPPDAPREQAVKELEITLSRAREAEEIKEIPMNATIQGSTYTDLRRYAARRLSSMNFEIHPIGGVVPLLESYRFRDVVDIVISSKMALRPDRPVHLFGAGHPIVFALAVAMGVDLFDSASYALYAKDDRYMTPEGTKRLDELDYFPCSCPVCSKYTPQELREMPKEERTRLLALHNLWVIKEEIKRVKQAIKEGELWRLVDERARSHPKLYSAYKRLLEHYTFLEEFEPITKKSALFKISNESLRWPVVRRAKERAKSINERFGELVEHPIFGRVSRYLSLTYPFAQSEAEDDFKIEKPTKEDAIKYVMAIAEYQFGEGASRAFDDAKVELSKTGMPRQVKVNGKRLATVRADDGLLTLGIEGAKRLHRVLPYPRMRVVVNKEAEPFARKGKDVFAKFVIFADPGIRPYDEVLVVNENDELLATGQALLSGREMIVFQYGRAVKVRKGVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of archaeosine tRNA-guanine transglycosylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Archaeosine tRNA-guanine transglycosylase
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 207
structure length 577
sequence length 577
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.48: tRNA-guanine(15) transglycosylase.
pdb deposition date 2002-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01472 PUA PUA domain
A PF01702 TGT Queuine tRNA-ribosyltransferase
A PF14809 TGT_C1 C1 domain of tRNA-guanine transglycosylase dimerisation
A PF14810 TGT_C2 Patch-forming domain C2 of tRNA-guanine transglycosylase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.130.10 Mainly Beta Roll Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 PUA domain 1it7A04
3.10.450.90 Alpha Beta Roll Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, 1it7A03
3.20.20.105 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Queuine tRNA-ribosyltransferase-like 1it7A01
3.90.1020.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 2 Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 2 1it7A02
1J2BA 3GC5A 5I07A 1EFZA 4HSHA 4FSAA 3C0KA 2PWVA 1WXWA 4Q4RA 1P0EA 2J5VA 1PXGA 4Q4MA 1OZQA 2POTA 2Z1VA 4KWOA 3EOUA 1K4HA 4H7ZA 2Z1WA 4Q1TA 2J5TA 1T5YA 3UNTA 4GH1A 1S38A 4HVXA 1Q4WA 4HQVA 1P0DA 4PUKA 3BLLA 4Q8WA 3GE7A 5I03A 2NSOA 1Y5VA 4Q8MA 3D79A 4GH3A 4IPPA 4JBRA 3HFYA 4Q8NA 4GKTA 2OKOA 4PUNA 2Q07A 4LEQA 1F3EA 4GIYA 1OZMA 4FR6A 2Z1XA 1ZE2A 4Q4SA 5I06A 3BLOA 1Q2SA 1SQWA 4GG9A 1PUDA 2CWWA 1S39A 5I09A 2CX0A 1ENUA 1R5YA 4GCXA 4E2VA 1Q7HA 5I02A 4Q4PA 4H6EA 4GD0A 1Q65A 2CX1A 3EOSA 4DY1A 1SGVA 4FPSA 4Q4OA 2B78A 1ZL3A 1Q66A 3BL3A 1IT7A 1R3FA 4GI4A 4DMGA 4PUJA 2BBFA 1WKFA 3BLDA 4GHRA 3GC4A 1ZE1A 1R3EA 3S1GA 4Q8VA 2Z7KA 4L56A 2AB4A 1Q2RA 4Q8OA 4PULA 1WXXA 2ASHA 3UVIA 2PWUA 1Y5XA 3RR4A 4DXXA 3LDFA 1IT8A 3SM0A 3VSEA 1IQ8A 3UAIA 1Q63A 4Q8TA 1K4GA 4Q8QA 5I00A 2NQZA 4Q8UA 1WKEA 3TLLA 4PUMA 1Y5WA 1P0BA 2QZRA 5EGRA 3C2YA 1WKDA 5JXQA 2AS0A 1ZS7A 1N2VA 2QIIA 4Q8PA 2P38A 4HTBA 4LBUA 4Q4QA 1K8WA 4FR1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UG5A 4NNBA 3BO9A 1KXVA 1JG9A 4O0KA 4O16A 4HBRA 4B9YA 3I4EA 2J5VA 5EL1A 3PZIA 1NWWA 1R2TA 3BVJA 3A5EA 1MW1A 1O1ZA 4BI7A 2F56A 5AYYA 1BWLA 5B7ZA 1AJ2A 3CH9A 1FUYA 3LHVA 2NXHA 2OEMA 2RHGA 1KM3A 4RLIA 3KDNA 3TTOA 5D02A 3DGNA 4N9BA 4S3JA 3PANA 2J7BA 3WOFB 1U2YA 1E6SM 3DCPA 1CYUA 4LAKA 3CQKA 2CFKA 2YB4A 4GY0A 3GWQA 4LZIA 5LIYX 4LTSA 4AD3A 4LT9A 1B3VA 3CAWA 4MY1A 4KFFA 3H70A 4NZ4A 3HB9A 1JCLA 3LTBA 2QS8A 1U8CB 2BXYA 5BU4A 3DG6A 1OK6A 4HZ6A 5IEPA 3MHFA 1GK8A 2JF6A 1NDYA 1CLVA 1M7PA 3A4XA 1OIFA 2OLAA 2A85A 5EU9A 1RQEA 3W1PA 3AS0A 4O1AA 1XG4A 2X41A 1OHPA 3N2XA 5K7JA 1W5OA 3CV7A 4MADA 1YDOA 1CB7B 4NZ3A 3B8IA 3PULA 2W92A 4FXJA 1HIZA 3N2BA 5CZSA 1TPWA 4L9YA 2YDRA 2F5MA 4F9DA 1XJBA 3LWQA 4BWLA 3KW3A 2V69A 2QDDA 5D82A 2ZC8A 3NEVA 3PUOA 3TSDA 4YHEA 2QNEA 2NVDA 1PY3A 1DWIM 4PSPA 4LRTA 1R3SA 4J40A 1ZFJA 2CXGA 4Y6GA 1UOKA 3IRDA 3NQ8A 3CNMA 2GJNA 4NG3A 1IWAA 3USBA 3WQWA 2QAPA 2ZWYA 3HPXA 4HNLA 3EMCA 2OTDA 5BMWA 8XIAA 2DEPA 2ZXAA 4GXWA 2QT3A 4ZFCA 5ECVA 2QMJA 1K7FA 4PMNA 4CGTA 4NJJA 3UY7A 4A2RA 2H8ZA 3EX4A 4IP5A 4GUJA 2PP1A 3I3DA 3OVGA 3DH2A 1TRPA 1PU4A 2NVCA 3UD6A 4XSLA 1FA3A 3CAQA 3V0TA 1QNPA 4WDTA 5IFTA 2XVPA 1UBSA 2QJJA 2GZXA 3GFYA 3EYPA 4QS6A 4QDPA 4K36A 4MB1A 1FH8A 3UG3A 1JN5B 2EGZA 3NM3A 3DM8A 4LWWA 4XZMX 3URPA 3L2IA 2WHJA 1VP5A 1W9PA 2CETA 2Z77A 4XSMA 1S2CA 5JIPA 2DT1A 2UX0A 4UQDA 3OZOA 4RZ5A 4JIEA 1KWIA 5D8WA 4C6IA 2EAWA 4ACZB 3QK9A 1CGXA 3GFXA 1NJJA 4DXXA 3VSEA 3EBYA 2FZBA 3JZEA 4Q53A 2HK0A 1QATA 1LQAA 5AC4A 5C2GA 1TV7A 5C9WA 2BO9B 3ARQA 3GH7A 3HMCA 3VX0A 2ZFAA 1UZDA 4R27A 1US1A 5A6SA 3BU4A 2QEX3 4GNJA 3E2RA 3GC5A 3KE7A 2QDHA 4IUOA 2DW6A 2V0TA 4UZSA 3C0KA 3TCEA 3EWWA 1B3WA 3FA3A 1FFRA 1NELA 4XAGA 4S3KA 2CG1A 1CBGA 1JYWA 1MFVA 3NYDA 3VNDA 5K3VA 5HDRA 1B2YA 1XPYA 1K03A 4HVXA 3I7SA 4IIAA 3BLLA 1W9VA 3WEOA 3UF9A 4HU4A 3ITOA 5H6HA 6REQB 4V33A 4QJ4B 3MG3A 4ZFMA 3G18A 4N9DA 4QRNA 4Z2GA 2YFOA 3W70A 1TPC1 3RLHA 4CD4A 4PTXA 3NHXA 1BAOA 1KWKA 2E9BA 3TJ4A 3FYPA 4DUVA 4FZIA 3WD0A 1ICPA 3FHQA 1S2WA 2GQ3A 4DIAA 2J27A 2WJZA 3TONA 3W2UA 1IDPA 5F4WA 3EWBX 2VC6A 3ES8A 1GOMA 1B9ZA 3STPA 3NL3A 1HN1A 1YHQ3 2O9OA 2DSVA 4JTEA 2G5WA 2UY3A 4O02B 8CHOA 3PK7A 5KZDA 1B2SA 2DUAA 2VEFA 3N54B 2WMIB 5D37A 1W3HA 2X1IA 1MNZA 2PDIA 1K9M4 4TTUA 4AB4A 2ZUNA 4G7FA 5DN1A 1HJVA 2GYIA 2VR4A 2CLEA 3NZ1A 5BOOA 2STDA 2XZ7A 1GOXA 4AU0A 1V79A 2ZX8A 1H62A 3VCRA 3N9KA 2YYUA 2GVLA 2OZ8A 1LOLA 3DENA 3DY5A 1VCGA 3M9YA 2WZEA 3O16A 4FLRA 2HVMA 4RL3A 4LAUA 4Q4KA 3NO1A 2E3ZA 3IIZA 3ITGA 1JFHA 4U10A 3S0CA 3QMTA 2B7QA 1TUFA 1Q6GA 2O4QA 1X1OA 3EA2A 3ARPA 3DOPA 2BZNA 4AAJA 1QK0A 3P62A 2V2HA 4WXZA 4FMVA 3RU8X 1VEOA 3FOKA 1EQPA 1ADOA 1ZBVA 2HV5A 3OVRA 3P60A 3LQGA 4LRSA 3BDKA 3PZUA 4H8HA 4MDPA 1H5YA 1PZ2A 4NRSA 2GVEA 4GYKA 3OA5A 3L65A 5I3GA 4RJEA 4QE1A 1IVXA 1SFTA 4LFYA 4HPHA 4FP1A 1FH7A 2VC5A 3AWOA 1V77A 3N2TA 4Q4OA 3U9IA 2DH2A 5D30A 2E4TA 4YS1A 3OIXA 4DI8A 1RP9A 1K8A4 3WBAA 1RD5A 1ZZMA 1WNOA 4WFOA 4A3UA 3QMSA 4AD1A 4BJHA 2JE8A 3GR4A 3MUAA 3KVKA 3ZLGA 3PCSA 2Y8KA 4C91A 4XD3A 4IL0A 4JQ1A 4Z42C 4U4MA 3P8JA 4XM4A 1XGDA 3PHAA 2EHHA 5XIMA 3H4XA 3ANVA 1QFEA 1K3UA 2VEKA 2YLLA 1P0BA 3AC0A 2PDBA 3E2VA 3GHUA 2NSXA 4JHZA 4CJNA 4ENLA 4JL2A 4PODA 1IHIA 1WE5A 3CPOA 2VP8A 1TZZA 4B16A 1JBRA 3RPDA 4AY8A 3EC9A 2FZMA 4GYJA 3B9NA 3UR8A 2W61A 2DZAA 3M6YA 3KCHA 4RXFA 3OVQA 2XR8B 3E96A 1T8QA 5C0QA 2F2HA 3PB2A 4QE5A 3S5OA 1V51A 2W63A 4EANA 4IP7A 5KITA 5FD0A 4D6IA 3PPHA 3WLTA 4WY0A 3FSDA 2BASA 4J35A 3K8KA 4Q8NA 1LZOA 1VCFA 1SZEA 1WXZA 3D6NA 4PUNA 1I75A 1I2GA 3QR1A 1W2PA 1FY6A 1JYVA 3THUA 1WDRA 2A7NA 2VX5A 1YNVX 1VQ53 4IOTA 4Z2KA 2BMOB 4KEMA 3GYCA 1KRCC 3ZYZA 3RO8A 3UPMA 3FF2A 2DZWA 1KCZA 1E6ZA 3LV6A 4HHLA 4PTDA 2PCQA 3URAA 3TYUA 3QV8A 1ZRQA 5ABTA 2W0UA 4Z2JA 5A1AA 1D3GA 2J47A 3B9OA 3WBYA 5BOFA 5DBUA 2OQEC 3NQBA 5LA2A 1S3TC 4EVZA 4I7WA 3AYVA 4DF2A 4ZOEA 5LHFA 1KCLA 5AOUA 1ZCOA 1OWQA 3NZQA 3KRUA 4KFOA 3W00A 1K02A 2IPGA 3NQFA 1W0MA 5EGRA 2PCEA 5A8NA 3NQ2A 1VPXA 1W8GA 5D04C 1XDJA 3DAQA 4XAYA 3FY1A 4QAWA 1VYPX 5IEOA 3CUHA 5CZTA 2KRTA 4CQBA 3OQEA 3B9AA 3O05A 1Z6KA 3CL8A 5SWUA 2KF3A 3EQQB 4LUTB 3CQJA 2WHLA 3B0XA 4LF2A 3EKLA 3EOUA 2W0QA 1KR0A 1PKNA 4K8EA 2DP3A 5BYWA 1RLSA 3QLLA 3T44A 2CBJA 1AUSL 4AEFA 1BRLA 4XAZA 3D4AA 5EY5A 3EBTA 4PCTA 1CYGA 2YCIX 3MUIA 3UCCA 1XIJA 4UC5A 1H7OA 1P6CA 4K1VA 1EJWC 3KSPA 2WC7A 3MY9A 5FI8A 2ISFA 1PX4A 4C1KA 3KOWA 3MUZ1 2PE4A 3WLOA 4F0MA 1WO2A 3LERA 4IICA 3CZEA 1FGOA 2OX1A 3UU0A 2IPJA 3HG5A 1CGTA 3QGKC 3NQZA 4EKJA 1TCMA 4O8SA 3CWOX 1E72M 3GW3A 1QW8A 1QJGA 1KFCA 4HJWA 2TMDA 4AMAA 1KXTA 3SCTA 4MJZA 5M03A 3QY7A 3CCJ3 1V58A 2KF5A 1S5NA 1MI3A 5G1LA 2VGBA 4CDLA 1EX5A 3KFQC 4DJFC 4RX0A 1BEUA 4B91A 3DYPA 4H7CA 4G7EA 2XF3A 1H50A 1YPXA 4K2SA 1UZHA 1TPH1 1GY6A 3W73A 1RY0A 1Q864 3SW6A 3O63A 1IV8A 4G5DA 3LTAA 3SI9A 1W5QA 4Z1DA 3GXFA 1W6CA 2W03A 3N19B 1VBRA 4KVHA 4AEQA 3VTRA 3TW7A 4JTIA 3IUWA 2C10A 3H55A 3UWQA 4KWOA 2C7FA 2Y89A 1WPCA 4LYKA 3UFYA 3VOJA 2WO5A 2DGAA 4A3QA 3O1NA 3KVJA 1H51A 3MI2A 3RGAA 3AHZA 4YYFA 4X22A 1UR9A 4XB3A 2KZHA 4US6A 3KBMA 4HN4A 2DJLA 3L4YA 3WDRA 5A6BA 3UXAA 1ZY9A 1VGAA 1NQ6A 3AMGA 2G3FA 3AHYA 3ARTA 2UY5A 3O3RA 4GOAA 3IS4A 4ORMA 3WMBA 3GDLA 3H24A 2L5HA 1T99A 2C3ZA 4X2OA 1QALA 4LUSB 2NQ5A 3FFSA 1YPFA 3VNLA 1EB3A 4UNLA 5E0KA 4YWSA 2GJLA 1S2VA 4HHMA 2YL6A 3LGDA 4LEFA 2CK3H 3BAKA 5E93A 4V1XA 1JZ8A 1C9WA 2DIJA 2YZRA 2MC8A 1UWTA 4X2HA 4JDBA 3SY5A 4GL6A 1KKOA 2HMLB 3NV0A 5CEWA 3CEUA 3GIQA 4JN8A 4ILFA 2ZX9A 3RPMA 2QDGA 1JKGA 3S6TA 4R7OA 5CSYA 1KSIA 3RJXA 1I6NA 3TOYA 1XCWA 2V3GA 1E4IA 5KTLA 3AYSA 1RK6A 3QKZA 5CJ5A 3GG7A 1LWIA 1MXGA 1RY8A 1TX0A 4C7GA 5FAGA 3WQOA 3RX3A 5A6KA 1J0HA 3VM7A 1BF6A 3HU7A 1RV8A 3FS2A 2QJHA 2Q09A 2DORA 3W87A 1I4NA 3ZLFA 3IV8A 1H2JA 1LOWA 5D2XA 2VHLA 4BR1A 5I3FA 3W7KA 1OADA 3BJSA 3OXAA 3VMOA 3KBVA 3GY1A 3PWGA 4XVDA 4Q8MA 1CGVA 4JNMA 2YFIB 2I9WA 4Q3MA 1XFBA 3BCDA 1XBYA 2NWSA 1XLGA 1XYZA 1UUQA 5FACA 3GTIA 5EPDA 1OD8A 3D9RA 1KM4A 3EMQA 4WRHA 1GJUA 2VVNA 1FA2A 3BZJA 4U3AA 3AS2A 3WLIA 5TF0A 6GSPA 5CGTA 4LC8A 4XBSA 2YSWA 1R5YA 1YQ2A 3WLPA 3REQA 4XAPA 4XWUA 3MO4A 1LOXA 3KAOA 4J5GA 5HUPA 1WUEA 4HT3A 4FLSA 1JGIA 1OFRA 3GH5A 5DANA 1ITUA 3NG3A 5FW5A 3POCA 2Z7KA 4HMNA 5DMLA 3AHSA 1BKHA 1S04A 5MKGB 3HQOA 3V4BA 3RR4A 3RM8A 2WAGA 3W24A 4NXSA 4GB5A 4M8UA 1EXBA 2GSJA 2XISA 4GO9A 1I45A 3TMLA 2WLYA 5C8BB 3EHCA 3R11A 3VIFA 4LALA 4DZHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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