1TJD | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	216
structure length	216
Chain Sequence	DDAAIQQTLAKMGIKSSDIQPAPVAGMKTVLTNSGVLYITDDGKHIIQGPMYDVSGTAPVNVTNKMLLKQLNALEKEMIVYKAPQEKHVITVFTDITCGYCHKLHEQMADYNALGITVRYLAFPRQGLDSDAEKEMKAIWCAKDKNKAFDDVMAGKSVAPASCDVDIADHYALGVQLGVSGTPAVVLSNGTLVPGYQPPKEMKEFLDEHQKMTSGK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of the reduced disulfide-bond isomerase DsbC from Escherichia coli. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Thiol:disulfide interchange protein dsbC
molecule tags	Isomerase
source organism	Escherichia coli
total genus	70
structure length	216
sequence length	216
ec nomenclature	ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date	2004-06-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF10411	DsbC_N	Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A	PF13098	Thioredoxin_2	Thioredoxin-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.450.70	Alpha Beta	Roll	Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,	Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal	1tjdA01
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1tjdA02

3KD0A 3QOUA 1WPIA 4EXJA 3NOFA 3CSJA 4FH8A 5H5QA 1YEPA 2FWFA 3ZLPA 2IPAA 13GSA 5JWRB 2H71A 3G7JA 2LJAA 2H72A 2I4AA 2QKEA 2C0EA 4KAEA 1EWXA 1M2DA 2NVLA 3CRTA 2O8VB 3QAVA 2VCWA 5HFGA 4POLA 3KTLA 5HR1A 2X99A 5H5RA 4MABA 3Q74A 4WEYA 5CRHA 4YAPA 1XCCA 2G0FA 2CVBA 2CAIA 4XRAA 1U6TA 2XHFA 1MDIA 1FHEA 4F82A 1SL1B 3LJRA 5J41A 3IK9A 3GMFA 3EMPA 3ZYWA 3ZMKA 1USBA 2F3MA 4MF7A 1EOGA 1GSEA 4MP4A 3ZFLA 1KTEA 2DMLA 2VLVA 3TRPA 2HT9A 1MDJA 3CXGA 2ES7A 5D9TA 3GH6A 4WBRD 3H4KA 4K0NA 5G2ZA 1Z6MA 3KH7A 2RUEA 4DSQA 2CZ3A 1AC1A 4KB3A 3QCPA 3NZNA 3C1RA 4PUFC 5GZZB 4MF6A 4PQ1A 2HZFA 1Z9HA 5IO0A 3VWUA 1URMA 4OD7A 1O85A 3HVXA 2OADA 3KP9A 2FCHA 5KN1A 2G2QA 5DAKB 4JRRA 3ME8A 4RQRA 4GSTA 4MA9A 4TR0A 1K0DA 1GSQA 4Q5NA 2QC7A 4K7OA 4LL4B 1R5AA 1K0MA 4OO5A 5ECMB 5EL8A 3H8QA 3US3A 5D73A 4J2FA 2PMTA 4IHUA 2CT6A 1RW1A 1ZMAA 4KX4A 3F9UA 3IXRA 3ZIVA 3I6AA 3HYPA 4F0BA 5IMZA 4KNDA 3GTUA 2DJKA 3KZQA 2OBIA 1GNEA 3TJJA 3FHKA 5HFIA 1SD9A 2WGRA 4G9HA 3DD3A 3D6IA 4NWYA 1VF3A 2MBTA 1GSSA 5ECKB 2K9FA 1W89A 1TOFA 5JWOB 2F8FA 4J57E 3IAS2 4EO3A 2PWJA 2AV4A 2KHPA 3C71A 5KN3A 2XBIA 2A4VA 1OC9A 4K7NA 2LKUA 3V1WA 3RHCA 3S9FA 1SYXA 4AGSA 1XWBA 1T4ZA 3UOMA 3GN3A 1SK2A 1FVKA 2GDRA 2YWOA 3EWLA 3C73A 1NHYA 1X9SB 2IFQA 4K6XA 10GSA 1WWJA 3QFAC 1ERVA 1V98A 5CRGA 5ECHB 1OVNA 4EDZA 2GZZA 3F3QA 4TOPA 2IJYA 5B6NA 4I2UA 4O5RA 4Z7XA 1DE1A 3IA1A 3F6FA 1EZKA 1UVZA 1SKWB 3ZIJA 4PX1A 4F0CA 1NM3A 4XHMA 1VF1A 4ZB6A 1GH2A 3ED3A 4HQSA 1A8YA 11GSA 5IMDA 1GNWA 4TR3A 3W8JA 3I69A 1DBYA 1W4VA 5ECSA 3FR3A 2HRFA 1NSWA 2MMOA 3HJMA 3IC4A 3L4NA 1QFNA 1XIYA 1SD8A 1T1VA 2V41A 4CDOA 4TVEA 1LJRA 2BTOT 5IMCA 4ACSA 2PERA 3NIVA 1M2AA 1GUKA 3PH9A 1JLWA 4JU5A 3VFIA 1T3BA 3VK9A 2HZEA 3HZ4A 4KDYA 3A3TA 3F63A 5D96A 1PL1A 1GTUA 1ZYEA 4EE0A 1PKWA 1TU8A 4AF2A 1A0RP 4ZL7A 2C3QA 3GRXA 2O7KA 5IO2A 3BBYA 2AYTA 4ZBDA 5CRDA 3GKKA 3WT1A 4I97A 3VURA 1Q4JA 5LD0A 3PR8A 2TRCP 1Q98A 2WCIA 5ECLB 2I1UA 4JBBA 3FZ4A 4PURA 2X64A 2H0HA 2LRNA 1AQVA 2A2RA 3GUSA 4X43A 1YKCA 2P0GA 4IQAA 2AAWA 3MWHA 4EC0A 3KGKA 2IMEA 2C3TA 4IS0A 2RIIA 3P90A 6GSSA 1A0FA 1ML6A 6GSUA 3HCZA 4TXVA 1FB6A 4GRFA 4XS6A 2H30A 1QMVA 5CP1A 3VWVA 1V40A 1X9WB 2KUCA 3UAPA 1S3CA 2E0QA 4L8EA 5CYYA 1GUMA 2CAQA 4WR4A 1T8EB 2R37A 2IYJA 4YQUA 3R2QA 2FNOA 5DCHA 1HNCA 1UA5A 1GSYA 4XTSA 3FZAA 4OWYA 3H79A 2YV7A 2RLIA 3UIWA 3MSZA 4AJ6A 4NXIA 1ILOA 5GSSA 3CYNA 2IMIA 2EC4A 1Z6NA 2LJKA 2QSIA 3GX8A 5KEJA 4WF5A 3ME7A 3IDVA 4LL1B 4L0WA 5DVBA 1FOVA 2YN1A 2VCVA 2TRXA 2H0IA 5C04A 1ZYQB 3SWLA 5HQPA 2JU5A 3APQA 2LRTA 1Y6EA 6GSVA 5JCUA 2OJLA 5GAND 1DSBA 3EINA 3ERFA 1XVWA 3L9UA 2V1MA 2JL4A 4WF4A 2Z9SA 4MPFA 1WE0A 4E8HA 3EYTA 3WYWA 20GSA 4MJBA 3FEUA 2FA4A 2ON5A 1GSFA 2J9HA 1SK1A 2KP2A 4KW6A 1XW6A 4JE1A 2FY6A 1F37A 1V9WA 5E59A 1EGOA 5GAPD 4IKHA 2IMFA 2ZNMA 5A4WA 1GL8A 1WMJA 4POKA 3KEBA 17GSA 2WJUA 4WBJA 3GKXA 5B8BA 2OE0A 4CHSA 5IM9A 3F6DA 4MZCA 3IK7A 3A2XA 4GQCA 3QAGA 3WGEA 1A2LA 4POMA 1X5EA 2YCDA 3SBCA 2LS5A 3TKSC 2YWMA 4N0ZA 3C8EA 2MMAA 1HD2A 3EVIA 4ZL8A 1C72A 1BEDA 1A2MA 2H01A 4MLYA 2FUG2 4TKYA 3ZRDA 3E9JB 3FZ5A 3TKRA 1SENA 4ECBA 3M1GA 3KTBA 2B1LA 3GFKA 4HDEA 2B5EA 5IMAA 3RPNA 2OKAA 1TRSA 2LJRA 2REMA 1KEBA 3CBUA 3GA4A 3VLNA 5DQSA 2H1AA 4OCFA 2L5LA 2A2SA 5CO3A 4PGTA 4P3YB 2VOCA 5J9BA 4OMVA 3UBKA 3UMAA 4TXOA 7GSSA 3MAKA 4X1UA 2DBCA 1FB0A 5D9VA 2DJ2A 5KN2A 2WULA 3BOAA 1OC3A 5G30A 3BJ5A 4TR4A 1HYUA 2YNXA 5B6MA 3HDCA 3GTUB 1XWCA 5JCGA 1R7HA 4NV5A 4EKZA 1SJZA 4MF5A 3TDGA 2DJ3A 2JADA 2PUKC 2R4VA 4N11A 2AJQB 5HR0A 1BQ7A 5ECOB 5IOWA 3G7YA 3P2AA 1XVQA 2LQOA 4GSNA 4PQHA 1SL2B 1OC9B 3IBHA 3M9JA 3A2WA 1ZOFA 3D5JA 1O73A 3QFBC 5B8AA 3L0HA 3HKRA 3E3EA 5IMVA 5B7CA 3LXTA 4ZL9A 1HNBA 3N5OA 4QQ7A 1PMTA 1JHBA 3Q6OA 1T00A 2R5GA 5ENUA 5CNWA 3A2VA 2VL9A 4L5LA 4IGJA 3I9V2 3A5WA 2H0GA 1O6JA 3FZ9A 3DMLA 3F4TA 1ON4A 3LYKA 4ZBAA 4GCIA 3TJGA 2GS3A 3TKSA 2H1BA 1SJIA 3DWVA 2H6ZA 4OCEA 2GT6A 5A4UA 5DJLA 4N0VA 2JSYA 2AB6A 3HVSA 1Y25A 1H4OA 5DJMA 1AQWA 2YANA 3HVVA 4ZILA 1WP0A 4H86A 2VCXA 4JR6A 1FO5A 3IAM2 3CSHA 1JZDA 1M2BA 3EC3A 5F07A 2HZEB 1CQHA 4WXTA 1R26A 1ZZYA 4Q5QA 5FT3A 2ZUPA 3ISOA 3DIEA 2GSRA 4OO4A 4AJ7A 1X9MB 1Z7RA 2GZYA 4EF0A 4ZBBA 3ZZXA 4KA0A 3QAWA 2C80A 4XS4B 3KCMA 2HSYA 2CQ9A 1K3OA 2L57A 2TIRA 1OKTA 5FHIA 2VL2C 4ZIJA 1TI3A 2IIYA 2WB9A 4KGIA 5HFKA 3TJBA 2H6YA 2VUPA 2EIQA 3DGQA 4GQFA 4MH3A 4MZBA 1QXHA 4MMMA 3KXOA 2O85A 2F51A 4V2NA 4PUAA 2HLSA 4CW9A 3VPTA 2CVKA 1PL2A 5D9XA 2FLSA 4PNFA 1TTZA 2GQLA 2V6KA 2DJJA 4BWSA 3FW2A 3DXBA 4HQZA 3GYKA 3O6TA 3GIXA 4FYUA 3GL3A 4PXOA 3CSIA 3HJOA 3TUEA 1O8XA 4I2TA 3FYGA 4PNGA 4ILFA 3LXZA 2RUFA 3RAZA 4MZWA 1YKAA 5AN1A 2K18A 1O81A 1TI1A 2JZTA 4FYCA 2L5OA 3C7MA 1I5GA 3M9KA 4YH2A 1VGLA 4DSSA 2GSQA 4IP1A 2NTOA 1FG4A 3QPMA 2X8GA 2VCZA 2PN8A 5DAKA 4GF0A 4O92A 2YOIA 2PPTA 3RPPA 2YJ7A 2YZHA 4BVYA 8GSSA 4GXZA 3DVXA 1GWCA 3IE3A 3D4MA 1ERUA 3GSTA 1GTBA 1YDKA 2GTUA 3KM6A 2DJ0A 3RDWA 4AJ8A 4HJMA 2NPBA 2LNSA 2C3NA 2K6VA 3ZVJD 4V2MA 4JR4A 3KH9A 2VO4A 3HD5A 4EL1A 1U87A 4MJAA 1YY7A 2WRTA 3IR4A 1K0BA 2DC5A 6GSYA 5J3RA 1S3AA 2K8SA 5ECPB 2OE1A 5G31A 1TW9A 2B1KA 2DMMA 4V2LA 1G6YA 2VL2A 1EP8A 5GSTA 1X0RA 5HR2A 4BVXA 6GSTA 2D2ZA 1ERTA 1PKZA 2LNTA 4GTUA 3UEMA 3Q18A 3K8NA 3F4SA 4ML1A 4HZ4A 2HNLA 4XIHA 3ZTLA 2GQMA 3W6GA 2MBSA 3P8WA 9GSSA 2CVDA 2HFDA 1TK5B 5G1LA 5IPHA 5J4UA 1PSQA 3BCIA 3ERGA 1TK0B 4ZB9A 2YWNA 1AXDA 3U5RE 1EV4A 2N5FA 2BJXA 4OFTA 5A5KA 4I8BA 2GT5A 2YP6A 2VD1A 2KOKA 1MD4A 1R4WA 4MH2A 4BL7A 3EURA 5IMFA 4ML6A 3UVHA 4E8EA 3HHVA 4BA7A 1UC7A 1PGTA 3CTFA 5DCGA 3UBLA 4TXOB 1YF0A 3FR6A 3EU3A 4IELA 3TRQA 4YQVA 2B5XA 1EOHA 2VD0A 2F8AA 3PINA 5D8IA 3FR9A 3CTGA 4EVMA 1ZL9A 5LCZA 3GNJA 3HZ8A 4V1Ap 3F3RA 1R5PA 1SJ6A 2IL3A 3IHQA 3QDNA 1TXXA 1A8LA 2X8HA 2ZCTA 4ECJA 2JZSA 1B9XC 5G5FA 4G10A 2VL3A 1UN2A 3JCML 1NHOA 2YZUA 2H1GA 3ZMLA 4IQ1A 1YEXA 2PGTA 1F6MC 4N10A 1SYRA 2HE3A 2B3SA 1BAYA 1GUHA 5AIVA 4ECIA 5ECQB 1SKSB 1LU4A 3HJPA 2CV4A 1EP7A 1PN9A 4ZXGA 3LEFA 2LRCA 4RUVA 1M9BA 4MDCA 4DVCA 3O76A 1SU9A 5IOXA 4MJCA 2N5AA 3TOTA 5IQYA 4HU7A 1JFUA 2CA8A 5F06A 1FAAA 1MDKA 1MEKA 1K3YA 3IV4A 4K7IA 4WETA 5E4WA 4TR1A 3C1SA 3F0IA 4PQIA 2VAFA 4F03A 5ECRB 5COHA 5CAXA 4NPBA 5CRWA 4BWQA 3BCKA 2EIRA 3P7XA 1XOBA 2OA7A 3LORA 4KDUA 1T4YA 3VWXA 1NW2A 2VLUA 2GSSA 3GH9A 1XBSA 3KP8A 1DUGA 1XFLA 3G7IA 2LV3A 4I6XA 5D93A 3FK8A 2FA8A 1B4QA 1EGRA 2VCTA 1PD21 3LG6A 1TRUA 1Z5YE 3TKQA 2WS2A 1I9DA 1A24A 1ACVA 5DALA 2GZPA 1WOUA 4IJIA 4D73A 2C1YA 1K0CA 1GLPA 2AHEA 2JZRA 1M7TA 3VWWA 2OE3A 3DEXA 3N9JA 1N8JA 2LQQA 1VF2A 4NHWA 2VIMA 4WKWA 4MJEA 1YZXA 1Z7PA 2E2MA 3FRCA 2FWGA 2C0FA 2FHEA 3IOSA 4BPYA 1VF4A 1M99A 2IWTA 2F9SA 4OFMA 5ECIB 2B6MA 3LQ7A 4FYBA 1WRYA 1V2AA 2X8CA 4L0UA 5EVOA 3UVTA 1OYJA 1E2YA 1H75A 4G2EA 3VI5A 1G0TA 1ABAA 2CX4A 3FY7A 3LYPA 2EIOA 2C4JA 2DLXA 2IFQB 3M3MA 3UL3A 2R3XA 2KLXA 4TRXA 2IN3A 5CREA 5A4VA 4ID0A 1PX6A 4WR5A 3LFLA 4NMUA 4Q5FA 3TKSE 6GSXA 3WT2A 3O3TA 3ZREA 2H8LA 1JLVA 4ECCA 3F4RA 4QL7A 5DDLA 12GSA 2GGTA 2VCQA 4L5OA 2H70A 3LSZA 4F9ZA 1GLQA 4LMVA 4QL9A 1B4PA 1F9MA 2E2GA 2VM1A 3Q19A 2IY2A 1K3LA 2HSHA 4FO5A 4X0XA 2C0GA 1XWGA 2DIZA 1BJXA 2H75A 3HXSA 4KSOA 1G7OA 5H5SA 2LSTA 5ECNB 1YJ6A 4O7HA 1XW5A 2GSTA 4DSSB 1B9YC 2L4CA 3WGDA 3F8UA 2DIYA 3CMIA 5L71A 5INYA 1AQXA 5F8BA 1GTAA 5KN0A 4OFNA 2YJHA 4KUNA 2XPDA 3CRUA 4LLRA 4IP6A 4V1Ag 1M9AA 2O89A 2NDOA 1BX9A 1EEMA 2HI7A 2IMDA 5ID2A 2RM6A 2M80A 2QGVA 1V58A 2HYXA 5F0GA 4DSRA 1XWKA 3DYRA 1G7EA 1THOA 1GSDA 4RI7A 1JZRA 4NAXA 1QUWA 2B7JA 3J7Yk 1GRXA 1QGVA 2HXKA 2V2GA 4IN0A 1EV9A 4IW9A 4EUYA 4IBPA 1XPVA 2PBJA 3L78A 1RK4A 1GSUA 4ZB8A 3G9BA 1J9BA 3L9VA 2I3YA 2VM2A 4MPGA 4TN8A 2H66A 2OACA 1PX7A 1YF1A 2AUVA 2L4QA 1IYIA 3PGTA 1OC8A 2VLTA 1TKDB 1BG5A 1ERWA 1KBNA 1X5CA 5D9WA 1S3DA 2YWIA 3TOUA 5J5NA 3FKFA 1K0AA 5C00A 1J0FA 2XC2A 3KJYA 4K8MA 5IPGA 3UJ1A 1GTIA 4JZQA 3QMXA 3GSSA 3VPQA 2NBSA 4N30A 2L6DA 1HQOA 2OBKA 3J7Yb 1KNGA 3ZL5A 1FVJA 2WFCA 2GLRA 5J9CA 5AGYA 1G6WA 2GQKA 19GSA 16GSA 2RM5A 3GX0A 4KSMA 3DKSA 2FGXA 1F2EA 2P5RA 1J08A 2R2JA 4HOJA 3ZVJA 2DJ1A 2FWEA 4NHZA 4KE3A 1K0NA 1ST9A 1X5DA 1OAZA 4K1FA 2JACA 1F3BA 1AW9A 3BD2A 3TCOA 3TGZA 3U6VA 4K0GA 3D0ZA 4DEJA 4KH7A 4XS4A 2KP1A 1DE2A 1T7PB 2H73A 1V57A 3WD6A 5ELGA 4J56E 5ELAA 1XZOA 1XXUA 1O7UA 2V6OA 3AY8A 4HZ2A 5EY6A 1CQGA 2YV9A 2YPMA 3RHBA 1EEJA 3KMOA 1BYEA 4XRDA 1YQ1A 3EU4A 1PQNA 4FIWA 4HEA2 5FWGA 5HR3A 4RI6A 5IIZA 2B7KA 2V32A 3GL5A 4TW5A 22GSA 2O87A 1M0UA 1OKDA 5JWQB 1TRVA 1U3IA 2I9HA 4O32A 1XW9A 3H93A 2H74A 4K2DA 3E0UA 2P31A 2H76A 3GKMA 2L6CA 1WIKA 5JCWA 1TU7A 2LTKA 4F2IA 18GSA 1B48A 2PU9C 1TDIA 3UARA 1TK8B 3TRXA 3TJFA 2E7PA 2LEGA 3L9SA 4TR1B 6GSWA 2K8VA 4IVFA 2CX3A 4LA1A 3QR6A 1OE7A 3DVWA 5F05A 1F3AA 4Q5RA 2M72A 2IMKA 3DRNA 1Z3EA 3I43A 1K0OA 2C8UA 1GULA 4HS1A 2PVOC 2N5BA 2BMXA 3TB2A 2GVPA 4EDYA 5EPFA 4GSSA 1SKRB 5G1KA 14GSA 1E6BA 1VRSD 1QK8A 3GV1A 3H1NA 2I81A 5DALB 1PRXA 1ZCPA 1PA3A 2ALBA 4D73B 2R6KA 2C0DA 1SL0B 5AIXA 3W8SA 4KCAA 3M8NA 3VI7A 4JEDA 5DBQA 3HY2A 1SK0A 1TP9A 3D22A 1AIUA 2FWHA 3IPZA 4YQMA 1QQ2A 1A23A 1ZGNA 3EMXA 3WGXA 4MCUA 4YAVA 3M0FA 4LMWA 3APOA 4ISDA 5G5EA 2XPEA 1O8WA 1RQMA 3ERWA 2MMZA 4GWRA 2H19A 3TKPA 4KDXA 2DSAA 1B8XA 2J23A 3D4TA 2B5YA 1GP1A 1MD3A 3ZITA 1XOAA 2L59A 3KIJA 3MDKA 3HA9A 4XS1A 2FD3A 2H6XA 3RBTA 3GKNA 5DQYA 1TRWA 1U88A 2ON7A 4G19A 1HNAA 3TJKA 1U3AA 4KCEA 4HI7A 2LUSA 4GLTA 2M46A 1THXA 4POBA 2P5QA 4HU9A 4I5QA 4K9ZA 2CZ2A 2WDUA 3QD9A 4IJ3A 3GHAA 1TJDA 1MTCA 3D21A 3KMNA 3IRAA 2H1DA 4ULXA 4HJ2A 5AISA 3EE2A 3GURA 5ABRA 3APSA 4XCSA 3ZFBA 5LNKe 3MNGA 1JZOA 1XWAA 4NV2A 2MMNA 2WZ9A 3OR5A 1IYHA 2JSZA 2MYGA 1LBKA 1N2AA 1WJKA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TJDA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations