The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
GAMGSGDTQLFNRAVSMVEKNKDIRSLLQCDDGITGKERLKAYGELITNDKWTRNRPIVSTKKLDKEGRTHHYMRFHVESKKKIALVHLEAKESKQNYQPDFINMYVDVPGEKRYYLIKPKLHPVSN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular Basis of the Dynamic Structure of the TIM23 Complex in the Mitochondrial Intermembrane Space.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM2
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| total genus |
26
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-10-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CIU A; 2MF7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N9J A; 3LML A; 1Q82 4; 1LXE A; 3CPO A; 1ZS7 A; 3N54 B; 4FCM A; 2GU3 A; 4PEJ A; 4RNY A; 3D5I A; 5TGN A; 2BT3 A; 4U13 A; 5M1A A; 3OV4 A; 4QWT A; 5G1K A; 4I5Q A; 3T8N A; 5CK6 A; 1RGF A; 2A15 A; 1VQQ A; 2HMK B; 4K90 B; 1ZO2 A; 1OHP A; 2Z6B A; 3UNL A; 1BNS A; 1LRA A; 4HZ9 B; 1JZD A; 1RGC A; 1SPU A; 2O9U X; 3CNX A; 4HM4 B; 2WGQ A; 5CLK A; 2H0G A; 1Y4K A; 1U8C B; 3LT9 A; 2OTJ 3; 1BSA A; 1RGH A; 3WR2 A; 3LXU X; 2P05 A; 1D6Z A; 1VQP 3; 3PYJ A; 1ROA A; 3UB1 A; 1VQL 3; 1TUH A; 2CFW A; 2UX0 A; 1BRI A; 3K7C A; 3SXX A; 3X40 A; 1MWR A; 3CXC 2; 2KF5 A; 4FMB A; 4R1K A; 4LMI A; 1X1X A; 4BL3 A; 3KII A; 3AGO A; 3LH4 A; 3KKG A; 2W56 B; 3DMC A; 3GRD A; 5AYR B; 3AHW A; 1QVF 2; 5D82 A; 5IER A; 1G0T A; 5RNT A; 2F5M A; 3LTC A; 3S29 A; 2XFS A; 4RNT A; 1N8Q A; 5CF2 A; 3S28 A; 4K1U A; 5HGR A; 5BVB A; 1VQK 3; 2RGQ A; 3G16 A; 2RCD A; 2CKF B; 1SAR A; 5KP1 A; 2CWT A; 1RMS A; 1FZU A; 1JKG A; 1AR0 A; 2KAA A; 3NBJ A; 3EX9 A; 1KC8 4; 5STD A; 2SBL A; 1N8R 4; 9RNT A; 2WOF A; 4MJD A; 1YGE A; 1RN1 A; 3MG3 A; 4XBY A; 5CF1 A; 4J5G A; 1C7H A; 4WHA A; 3EN1 B; 1TRQ A; 1BNG A; 3FKA A; 5EEO A; 1UGH I; 2F98 A; 4HM8 B; 1RRL A; 5BXQ A; 1RCL A; 1UUV B; 1O7P B; 1AQZ A; 1RRH A; 4BTW A; 1UUW B; 2CHC A; 2XFT A; 1UDI I; 3B4P A; 3JUN A; 2CH9 A; 2KF4 A; 3BNB A; 3KSE D; 3M8C A; 3MKI A; 1LNI A; 1K9M 4; 2GEX A; 2WOH A; 1LQM B; 3WA2 X; 1RGE A; 4LSO A; 4EC6 A; 1LOY A; 4WP5 A; 4EYC A; 3DGO A; 2W03 A; 1W00 A; 2W6J H; 3K63 A; 2XGL A; 2K0M A; 4BU4 A; 4EXR A; 1IVX A; 1UW1 A; 3ZG0 A; 4DKI A; 1Q40 A; 2L1S A; 1KD1 4; 2IA7 A; 1VQO 3; 2E2U A; 3X3Y A; 4WWU C; 1RGL A; 1VQN 3; 3KN4 A; 3FF2 A; 7RNT A; 1JNQ A; 4N6L A; 4GHO A; 4LEH A; 5I97 A; 1K28 A; 1JBR A; 1TFK A; 1DET A; 2XEP A; 3GZB A; 5IW9 A; 3J7Y d; 2IUJ A; 1IT8 A; 4ORL A; 6RNT A; 1UUG B; 3KSP A; 2QA4 3; 1OF5 B; 3NM2 A; 1B2X A; 1QAK A; 4JRF A; 3WMD A; 2H0I A; 1UCJ A; 3D5G A; 4HAA A; 3CCJ 3; 1FGO A; 1OAC A; 1GMR A; 2KRT A; 4IT7 A; 3DXO A; 2C10 A; 3JUO A; 1YJN 3; 1K8A 4; 5IF6 A; 3CCV 3; 3ROB A; 1A67 A; 1ZX2 A; 4XBX A; 2HMM B; 1HKX A; 2CG0 A; 1IYY A; 5HOH A; 2SAR A; 3EE1 A; 2INX A; 4NPB A; 5AIG A; 3F40 A; 2BMR B; 1MWU A; 1TJD A; 4R80 A; 2E2V A; 4O8S A; 5AII A; 1RTU A; 1RN4 A; 3D79 A; 1JZO A; 3EQQ B; 1JV2 B; 1QJG A; 1BOX A; 2F4Y A; 2YFJ B; 2MC8 A; 4HM2 B; 4O2H A; 1JB4 A; 1JN5 A; 3JVC A; 4HM0 B; 3QRD A; 2QIY A; 5G1L A; 3EC9 A; 1YGW A; 1ULI B; 3EBT A; 3PGB A; 1O7G B; 1VQ8 3; 3OXA A; 1OPY A; 2IMJ A; 5IG0 A; 1MNL A; 4HM7 B; 1FUT A; 1X1U A; 2BHM A; 1O7M B; 1CEW I; 2FNQ A; 3BLZ A; 1RGG A; 1M9G A; 2QGU A; 3HI7 A; 2OWP A; 4KFD A; 1DMN A; 1W6Y A; 4IIA A; 2HMN B; 1UI7 A; 5FGO A; 1CQS A; 1FW7 A; 1OHS A; 7STD A; 5JPU A; 3MPH A; 1T2I A; 2HML B; 3HOH A; 1BRG A; 1EUI C; 2ZA4 A; 3IPT A; 3HIG A; 3JUP A; 3K9M C; 3EJV A; 3LTB A; 3NV0 B; 2W9Q A; 2P09 A; 3CCR 3; 4BTX A; 1ROV A; 4HZB B; 4FCZ A; 5AIF A; 1X1Y A; 1IQY A; 1DE3 A; 4MMX B; 2D42 A; 1BNR A; 4O3V A; 3PCR A; 4KVH A; 4J5K A; 3SOY A; 1BAN A; 1JJ2 2; 5DRE A; 2Y74 A; 5IG5 A; 1TRP A; 2RBI A; 2CW9 A; 5BU4 A; 5JPP A; 2GU1 A; 4GSP A; 4HYZ A; 1CYV A; 1YVB I; 2KF3 A; 2ML6 A; 1YI2 3; 1DVD A; 1W6G A; 4OUQ A; 3NX0 A; 2HMJ B; 2GXF A; 3G8Z A; 1W7C A; 3RNT A; 2Z7A A; 4HM6 B; 3GSP A; 1VQ6 3; 1E3R A; 3SOA A; 1FUS A; 1I70 A; 2RSX A; 2CFL A; 1O7H B; 2GBW B; 2P0M A; 4MEI A; 1AV4 A; 4N6T A; 1IK3 A; 1BUQ A; 1EKM A; 3DUK A; 1SII A; 3UJM A; 3DH2 A; 4CDL A; 1RCK A; 2OOV C; 1Q42 A; 3JUM A; 4RNZ A; 3RDE A; 1BNF A; 1RDS A; 4MMZ B; 5KP3 A; 1M1X B; 1IVU A; 3G4S 3; 3DGL A; 3GZY B; 3FG4 A; 1FGQ A; 1BRJ A; 3D4A A; 3MG1 A; 3WOE B; 3ER7 A; 1QAL A; 1WMO A; 4FMD A; 4N6V 0; 4X2H A; 3OWS A; 2J8X B; 3A5E A; 3NBR A; 2UUG C; 1EEJ A; 1K41 A; 3LTD A; 1BNI A; 4LGQ A; 4N6O B; 1MGR A; 3SVA A; 1BSE A; 4EV2 A; 1IQ8 A; 1SIH A; 3X3X A; 2RNT A; 4R9L A; 3NQZ A; 4HJL B; 4STD A; 5IEO A; 5JBS A; 3K0Z A; 2CWV A; 1BNE A; 2W2C A; 5AEW B; 1IV7 A; 4OVM A; 1YJW 3; 4ILF A; 2XSO B; 2I9W A; 3NM7 A; 1EA2 A; 1LOV A; 5G2G A; 3Q90 A; 1NWW A; 3ZFZ A; 4GB5 A; 4AKZ A; 1W02 A; 1ZGX A; 2M7O A; 3TDG A; 3CC4 3; 1JBS A; 1PY3 A; 1DVC A; 1V74 A; 4JF8 A; 2GBX B; 5EQL A; 5AEU B; 1S72 3; 1NJI 4; 5AI1 A; 1BSD A; 2OOV A; 3DGY A; 5KP4 A; 2W56 A; 5LC6 A; 1O7W B; 1FUW A; 4J8T A; 1T3B A; 1GD3 A; 2C11 A; 4FR9 A; 1B2S A; 1IQX A; 1QAF A; 1BRS A; 1LOX A; 3FG3 A; 4NRE A; 4L8O A; 4XDV A; 6STD A; 1O7N B; 1S5A A; 4XB5 A; 4LZI A; 2AAE A; 3H51 A; 1RSN A; 3CCE 3; 3K5T A; 5GSP A; 1BSB A; 4RZM A; 1B27 A; 2CK3 H; 1OH0 A; 2CFD A; 5IG3 A; 1GY5 A; 3FF0 A; 3F7S A; 1RNB A; 1A90 A; 8CHO A; 5IEN A; 3CCQ 3; 1BSC A; 1BU4 A; 1GOY A; 2P0X A; 2YX9 A; 3OWY A; 2IUK A; 3EHC A; 3G71 3; 1BRH A; 1CH0 A; 4XDW A; 3CCU 3; 1US1 A; 3FZW A; 1HYF A; 3D3L A; 5AIH A; 1MGW A; 1RJO A; 2XRX B; 3N8B A; 1LNH A; 4KFE A; 4KZ1 A; 8RNT A; 4KFF A; 2GEY A; 1E3V A; 1EG9 B; 1YNV X; 4N6N B; 3PCS A; 1M90 4; 1E97 A; 1W2B 2; 1JB5 A; 2UGI A; 4N6U A; 5CXO A; 5IG4 A; 1RGA A; 1MWS A; 1RLS A; 1WTH A; 3LT8 A; 1B2M A; 1I3I A; 1GS3 A; 3EF8 A; 3FCS B; 4I4K A; 3CU3 A; 1A2P A; 1NO3 A; 3MYT A; 1N5H A; 3CCL 3; 1KWI A; 4NHF A; 4Q53 A; 1YHQ 3; 4O02 B; 2FXT A; 1SJW A; 1I2F A; 4AKY A; 3FGY A; 3OX9 A; 2HOH A; 2Q07 A; 3BNE A; 3S27 A; 4L8P A; 3MG2 A; 1PU4 A; 3KZT A; 2CIU A; 2HMO B; 1VQM 3; 2LQV A; 2Z76 A; 3NQY A; 5IEP A; 4CPK A; 1QMA A; 2XF3 A; 3LZA A; 3Q2P A; 4LYL B; 1WMP A; 4HM1 B; 1DYU A; 4HM5 B; 2L4V A; 2QEX 3; 4BL2 A; 3NBB A; 1OF5 A; 1UI8 A; 3V92 A; 4FMA A; 1IVW A; 1BGS A; 2PNC A; 3URP A; 4HKV B; 2F99 A; 2ML5 A; 3N9H A; 4H61 A; 5D81 A; 3GWR A; 2ZDJ A; 1GOV A; 1BRN L; 4R4K A; 3WA3 A; 3BB9 A; 1PYL A; 1RHL A; 1A2V A; 3RGR A; 3KE7 A; 3FLJ A; 4K1V A; 3CC7 3; 2KF6 A; 3L0R A; 2KXG A; 3DY5 A; 3S5C A; 1DMQ A; 2D1W A; 4WYK B; 3T8U A; 4KT3 B; 4IPB A; 3GAX A; 2F86 B; 2P38 A; 2YFI B; 3NHX A; 5AYS C; 1Q9E A; 3BIR A; 2CX1 A; 2E2T A; 2W04 A; 2ZHX B; 2RFR A; 2F5W A; 1VQ7 3; 3V98 A; 1IU7 A; 1UCL A; 1R4Y A; 3UL6 A; 2CFK A; 3WHO A; 1A2K A; 2JDI H; 3FSD A; 2B1X B; 3VSY A; 3ZG5 A; 3T0U A; 1X1W A; 1BVI A; 5M18 A; 3ECF A; 1GY7 A; 1QVG 2; 1R4C A; 3I0Y A; 3CPW 2; 1GSP A; 2OQE C; 1RGK A; 1BIR A; 1D6Y A; 3GZX B; 7GSP A; 3BNC A; 3EB8 A; 3B8L A; 1F8N A; 3I55 3; 2OTL 3; 1JKG B; 2BO9 B; 3NV0 A; 1B2Z A; 1FYS A; 3BND A; 3IJE B; 2IYJ A; 3V99 A; 3KFQ C; 3PXM A; 4OK0 A; 2WGO A; 4XM4 A; 1GMQ A; 3AMO B; 4WYK A; 1BAO A; 1W01 A; 3CME 3; 1ULJ B; 3AGN A; 4EV5 A; 1W2Z A; 3CD6 3; 1YIJ 3; 3X41 A; 5ELJ A; 1RNT A; 1HU9 A; 1NNV A; 1N5P A; 4FMC A; 1C54 A; 2Y73 A; 1Q7Y 4; 1KQS 2; 3QK9 A; 3NUV A; 3SLU A; 2B24 B; 3Q3F A; 3CCS 3; 2BU4 A; 3CC2 3; 1WMN A; 1PFP A; 3DGN A; 3F14 A; 4L7K A; 3BU4 A; 4WFO A; 2OQE A; 2XSH B; 1Q81 4; 1OGZ A; 3D9R A; 1Q86 4; 1Z1S A; 1TU5 A; 1B3S A; 3ALA A; 2CX0 A; 1UCK A; 2KCD A; 1I0X A; 1FGT A; 3STD A; 3F8X A; 1AY7 A; 1JBT A; 3EN8 A; 1B20 A; 6GSP A; 4R9K A; 3UL5 A; 1Q40 B; 3RGA A; 1YIT 3; 3NXJ A; 1M1K 4; 1I2G A; 1OGX A; 3FG1 A; 4FCJ A; 1T5Y A; 2BIR A; 2R4I A; 3A76 A; 3DZL A; 3GZR A; 2CG1 A; 3VF1 A; 3U97 A; 3AMO A; 1NB3 I; 3B4O A; 3PS8 A; 2XH9 A; 5M19 A; 1GYB A; 1Q7H A; 3MWZ A; 3I56 3; 1STF I; 3LOY A; 1L5G B; 5DRV A; 1AVK A; 4J9A A; 1U5O A; 3OW2 2; 1I0V A; 1B2U A; 1MWT A; 5ELU A; 1I8V A; 4BIR A; 1OHO A; 1W5Z A; 1V58 A; 4BTY A; 5EVH A; 3KCH A; 2K54 A; 5D83 A; 3S67 A; 1BNJ A; 1TP6 A; 2F56 A; 3WOF B; 1IDP A; 2IY2 A; 3G0K A; 1AVL A; 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3CCM 3; 4X2O A; 3LYG A; 2W0Q A; 1WQL B; 2OCT A; 1ASK A; 3F8H A; 4EW5 A; 3G6E 3; 1EQK A; 1T2H A; 3U1W A; 1GD4 A; 1DMM A; 2WO0 A; 5BIR A; 2PZV A; 1UCI A; 2XGN A; 2CWU A; 2FGT A; 3DGM A; 3LTA A; 1VQ5 3; 1VQ9 3; 3DM8 A; 2BNG A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1N9J A; 3LML A; 1Q82 4; 1LXE A; 3CPO A; 4FCM A; 3N54 B; 4PEJ A; 2GU3 A; 4RNY A; 5TGN A; 2BT3 A; 4U13 A; 3OV4 A; 4QWT A; 3T8N A; 5CK6 A; 2A15 A; 2HMK B; 4K90 B; 1ZO2 A; 1OHP A; 2Z6B A; 3UNL A; 4HZ9 B; 2O9U X; 3CNX A; 1SPU A; 4HM4 B; 2WGQ A; 5CLK A; 1Y4K A; 1U8C B; 3LT9 A; 2OTJ 3; 3LXU X; 2P05 A; 1D6Z A; 1VQP 3; 3PYJ A; 1ROA A; 3UB1 A; 1VQL 3; 1TUH A; 2CFW A; 2UX0 A; 3K7C A; 3SXX A; 3X40 A; 3CXC 2; 4FMB A; 4R1K A; 4LMI A; 3KII A; 3LH4 A; 3KKG A; 2W56 B; 3DMC A; 3GRD A; 5AYR B; 1QVF 2; 5D82 A; 5IER A; 3LTC A; 3S29 A; 2XFS A; 1N8Q A; 5CF2 A; 3S28 A; 4K1U A; 5HGR A; 5BVB A; 1VQK 3; 2RGQ A; 3G16 A; 2RCD A; 2CKF B; 5KP1 A; 2CWT A; 3NBJ A; 1JKG A; 1AR0 A; 3EX9 A; 1KC8 4; 5STD A; 2SBL A; 1N8R 4; 2WOF A; 4MJD A; 1YGE A; 3MG3 A; 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