The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
128
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structure length |
128
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Chain Sequence |
KEEGHEAAAAEAKKETDLAHVDQVETFVGKEKYYVVKGTDKKGTALYVWVPADKKAKILSKEAKEGISEDKAAKIIKDEGLVSKQKEVHLAREGNVLLWEVTYLDKEGQYSLSYVDFTTGKILKNITP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structure of YpmB protein from Bacillus subtilis.
rcsb |
| molecule keywords |
YpmB protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
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| total genus |
28
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| structure length |
128
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| sequence length |
128
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03413 | PepSY | Peptidase propeptide and YPEB domain |
| A | PF17881 | DUF5590 | Domain of unknown function (DUF5590) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AV4 A; 2WGQ A; 2YX9 A; 1IQX A; 3NQY A; 3NQZ A; 1W5Z A; 2IA7 A; 2D1W A; 1TU5 A; 3X40 A; 4KFE A; 3NBJ A; 1IVU A; 2OQE A; 3KII A; 2CFW A; 1EKM A; 3HI7 A; 2E2U A; 1IVW A; 2CG1 A; 3X3Y A; 3X41 A; 1OAC A; 1PU4 A; 2OOV A; 2GU3 A; 1DYU A; 2CWU A; 2WOH A; 2WOF A; 1SPU A; 4KFF A; 1KSI A; 2BT3 A; 2CFK A; 4BTX A; 1QAL A; 1JRQ A; 1LVN A; 1D6Z A; 2PNC A; 1W7C A; 4BTW A; 2C11 A; 4EV2 A; 1IVX A; 2C10 A; 1W6C A; 4BTY A; 3N9H A; 3AMO A; 1US1 A; 3NBB A; 1W4N A; 1SIH A; 1IVV A; 3K5T A; 3X42 A; 2K0M A; 1SII A; 2W0Q A; 5IW9 A; 1W2Z A; 1D6Y A; 1UI7 A; 3WA3 A; 1N9E A; 2OQE C; 3PGB A; 3SX1 A; 3X3X A; 2E2V A; 3ALA A; 1D6U A; 2ZL8 A; 3MPH A; 4KFD A; 3SXX A; 2CFG A; 2WO0 A; 1RJO A; 2OOV C; 1AVK A; 3HII A; 1IQY A; 2CWV A; 3X3Z A; 1RKY A; 1WMP A; 1QAF A; 3LOY A; 1A2V A; 2Y73 A; 1W6G A; 1IU7 A; 2E2T A; 1AVL A; 2Y74 A; 3AMO B; 4EXR A; 2CWT A; 1QAK A; 2CG0 A; 4EV5 A; 1WMN A; 3WA2 X; 1WMO A; 3HIG A; 3T0U A; 2CFL A; 3KN4 A; 1UI8 A; 2CFD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NO3 A; 3ECF A; 3KSE D; 2HML B; 3PYJ A; 2R41 A; 2UGI A; 3KSP A; 2LQV A; 2A15 A; 2WGQ A; 5G2G A; 5IEP A; 4HM1 B; 1T2H A; 3DGO A; 2QGU A; 2D42 A; 3JVC A; 2IUJ A; 1JKG A; 3NQZ A; 1E3R A; 3CCR 3; 1JBT A; 3NV0 B; 1JBR A; 1DMM A; 1JNQ A; 2W04 A; 2GEX A; 3FG4 A; 5AYR B; 2L4V A; 2B24 B; 4RNZ A; 1DE3 A; 1JN5 A; 1KWI A; 1BVI A; 1GD3 A; 1N8Q A; 1C54 A; 1I2F A; 1WNH A; 2F5W A; 4HM6 B; 1KC8 4; 3HI7 A; 1VZZ A; 3UL6 A; 2QA4 3; 5AII A; 3LTC A; 1W02 A; 2CG1 A; 3MWZ A; 3X3Y A; 5IG4 A; 1TJD A; 1Q9E A; 1Q81 4; 1Q86 4; 2F86 B; 1EQK A; 3CCU 3; 3EX9 A; 5D83 A; 1O7N B; 1RCK A; 1FUW A; 4NRE A; 3MYT A; 2CWU A; 3UB1 A; 1G0T A; 2WOH A; 1PY3 A; 1LRA A; 1Q40 B; 5GSP A; 4HM4 B; 1YIT 3; 4RBN A; 1RLS A; 5JBS A; 3DMC A; 3LXU X; 3N8B A; 2CX0 A; 2YFL B; 4KFF A; 4AKY A; 3FF2 A; 9RNT A; 2BT3 A; 1S5A A; 1BSD A; 1Q42 A; 1QAL A; 4O3V A; 3EF8 A; 1EEJ A; 4X2O A; 3PXM A; 5IER A; 4HZ9 B; 2W56 B; 3D4A A; 4HM0 B; 1LOX A; 2C11 A; 1PYL A; 3G8Z A; 1NU3 A; 4EV2 A; 2C10 A; 1W6C A; 2GSP A; 1OPY A; 1US1 A; 3NBB A; 1C7H A; 1W4N A; 2ML5 A; 1IVV A; 1IQ8 A; 3K0Z A; 2K0M A; 4L8P A; 1WQL B; 1GYB A; 2BHM A; 2HMN B; 3FF0 A; 4DKI A; 5IW9 A; 2KF3 A; 3GRD A; 3F40 A; 3AHS A; 4IT7 A; 3MKI A; 2PZV A; 4MMY B; 1GS3 A; 3CXC 2; 1D6Y A; 1UI7 A; 1BRK A; 1BNJ A; 1M1X B; 2HMO B; 1N9E A; 1ROV A; 4H3U A; 1CYV A; 1UCI A; 1O7G B; 4OUQ A; 2AAE A; 4XB5 A; 2E2V A; 1BAN A; 2XRX B; 4STD A; 3BLZ A; 3PCS A; 1VQ4 3; 1D6U A; 1JB5 A; 2BMR B; 1SJW A; 2XFT A; 3GAX A; 1E3V A; 3N54 B; 3HZP A; 2J8X B; 1X1Y A; 3I55 3; 5D82 A; 5AEW B; 1OHO A; 1YVS A; 3I56 3; 3FKA A; 5G1L A; 1BAO A; 3K63 A; 4N6L A; 3MG2 A; 2QEX 3; 2XGN A; 3EHC A; 5G1K A; 3GZY B; 4IPB A; 3CCS 3; 1BRJ A; 3B4P A; 1BNS A; 3RDE A; 3BB9 A; 3OWU A; 1HZ1 A; 3ZG0 A; 5BXQ A; 8RNT A; 4K1V A; 5M1A A; 1EG9 B; 5AYS C; 3H3H A; 4XBY A; 5LC7 A; 2XSH B; 4HYZ A; 2KF5 A; 1BSA A; 1HKX A; 2Y73 A; 1I70 A; 6GSP A; 1IU7 A; 5IG0 A; 2Z76 A; 4FMA A; 5M19 A; 2E2T A; 1X1W A; 1M1K 4; 1ZGX A; 1AVL A; 1BNF A; 2Y74 A; 3AMO B; 4R9L A; 4EXR A; 3FG3 A; 3V98 A; 4HKV B; 1WMO A; 3AGO A; 1YGW A; 1JBS A; 1QJG A; 1R4Y A; 1RGG A; 5CF1 A; 1MWR A; 1HYF A; 2UUG C; 3T0U A; 3ER7 A; 3RNT A; 4HM3 B; 3CCQ 3; 3KN4 A; 1UI8 A; 1BGS A; 3VF1 A; 4BL3 A; 1RHL A; 4Q53 A; 1ZS7 A; 3AGN A; 3F9S A; 1MNL A; 1O7P B; 1STD A; 5EQL A; 1GMQ A; 1W2B 2; 4BL2 A; 1NB5 I; 2C4B A; 3D79 A; 4WYK B; 3JUP A; 2CHC A; 1UUV B; 3DXO A; 2YX9 A; 2JQ5 A; 3HK4 A; 1IQX A; 1MWS A; 2P0M A; 4EYC A; 2UX0 A; 4N3V A; 5LC6 A; 2B1X B; 3G71 3; 2RFR A; 3X40 A; 1FGQ A; 1RN1 A; 1UUW B; 4G1M B; 3OW2 2; 4J5K A; 3D5G A; 2OQE A; 4EC6 A; 1VQ9 3; 2FXT A; 3U97 A; 1UDI I; 4BIR A; 2E2U A; 2W03 A; 1GMR A; 4WP5 A; 2I9W A; 4XM4 A; 2RNT A; 4R4K A; 1M9G A; 3ZG5 A; 3CC7 3; 1G02 A; 4JF8 A; 5I97 A; 4RZM A; 4OK0 A; 3T8N A; 1RMS A; 1BNG A; 4XDV A; 1B2M A; 4NPB A; 1I8V A; 3JUM A; 1RGC A; 1UUG B; 3LZA A; 2CIU A; 3OWY A; 4MMZ B; 2QIY A; 3EBY A; 1UCL A; 1SPU A; 2KF6 A; 2RBI A; 3KKG A; 1IYY A; 1KSI A; 4ZM8 A; 1BNE A; 1LNI A; 3H51 A; 5A0O B; 1D6Z A; 3DY5 A; 1W7C A; 3DGN A; 1F8N A; 1CEW I; 2ML6 A; 2V1L A; 4CCV A; 1VQP 3; 2GXF A; 5JPP A; 4BTY A; 3LTA A; 3CCJ 3; 4AKZ A; 1SAR A; 2KF4 A; 3GZB A; 4GSP A; 1SIH A; 1VQ6 3; 4N6O B; 4GB5 A; 5KP4 A; 1A90 A; 1Q7H A; 4TX4 A; 3CCE 3; 3PCR A; 3F8H A; 3EQQ B; 2IUK A; 2IMJ A; 2JDI H; 2O3O A; 1TFO A; 2CW9 A; 4N6V 0; 1FYS A; 1AY7 A; 3DH2 A; 4LMI A; 1JKG B; 1BRS A; 2K3D A; 2GBX B; 3UL5 A; 5BIR A; 1JJ2 2; 5IF6 A; 1GD4 A; 3SLU A; 1W6Y A; 4O02 B; 4FCM A; 3CU3 A; 4HOH A; 2Z6B A; 1JN5 B; 3GZR A; 4FCJ A; 1OH0 A; 3EC9 A; 4MJD A; 3WMD A; 1FA3 A; 2OQE C; 3JUQ A; 3SX1 A; 2IY2 A; 1MWU A; 2CK3 H; 2P0X A; 1TP6 A; 3M8C A; 4LYL B; 3X3X A; 5HOH A; 3K7C A; 4H61 A; 1VQ7 3; 1S72 3; 2BMQ B; 4KFD A; 1RGF A; 1A2K A; 5STD A; 4J9A A; 3NHX A; 1Q7Y 4; 3MG3 A; 3URP A; 3JUN A; 3CME 3; 5IEN A; 2SBL A; 5IEO A; 3LML A; 3HII A; 3Q2P A; 3CCV 3; 3LT8 A; 1IV7 A; 3SVA A; 2ZA4 A; 1BRI A; 1K8A 4; 3STD A; 5EEO A; 3NUV A; 4XBT A; 2CH9 A; 4HJL B; 1T5Y A; 2OWP A; 4I5Q A; 3IMA B; 4KVH A; 2K54 A; 3LOY A; 2KAA A; 3PS8 A; 5DRV A; 1W6G A; 2BMO B; 3A76 A; 4N6U A; 1RNB A; 1IDP A; 1EA2 A; 1FGR A; 4NHF A; 1MGW A; 4O8S A; 1QVG 2; 1TFK A; 4U13 A; 4LEH A; 2XEP A; 2CWT A; 3BIR A; 1QAK A; 1ISK A; 3SYU A; 1GOY A; 2HMJ B; 3D3L A; 1LNH A; 1O7H B; 4CPK A; 1BRH A; 1NNV A; 1X1U A; 3HIG A; 4J5G A; 2HOH A; 3B8L A; 4HM7 B; 3LTD A; 1NWW A; 1U5O A; 2CFL A; 1TUH A; 1OHS A; 1VQ8 3; 4K1U A; 1CH0 A; 1UW1 A; 4FMB A; 3FCS B; 4O2H A; 8CHO A; 2H0H A; 2YFI B; 1B2X A; 4HAA A; 1AV4 A; 2O9U X; 4XBX A; 3CD6 3; 3D5I A; 1FUT A; 1RNT A; 3DGM A; 4CJN A; 1KD1 4; 1LXE A; 1VQN 3; 3LH4 A; 4HM8 B; 1MGR A; 1FZU A; 1W5Z A; 1IV9 A; 1BU4 A; 3A5E A; 4N6N B; 3WOD G; 3CPW 2; 2LYX A; 1R4C A; 3NBR A; 4IIA A; 4GHO A; 4I4K A; 2IA7 A; 5CK6 A; 5TGN A; 1JB4 A; 2CX1 A; 1RGA A; 3NBJ A; 3E99 A; 1YHQ 3; 4L8O A; 3GSP A; 1EUI C; 3KII A; 2CFW A; 3D9R A; 3CCM 3; 1KQS 2; 1TIJ A; 1ULJ B; 3FLJ A; 3I0Y A; 3U1W A; 5RNT A; 1BSB A; 1YVB I; 1VQM 3; 1OAC A; 1Y4K A; 2BNG A; 1PU4 A; 1V58 A; 3DGL A; 5AEU B; 3B7C A; 3DZL A; 4R9K A; 1I2E A; 1GSP A; 3CC4 3; 2BO9 B; 1OF5 A; 1FUS A; 4HVN A; 1YJ9 3; 1V74 A; 2CFK A; 4BTX A; 1JRQ A; 3T8U A; 1LVN A; 5KP1 A; 3TDG A; 3B4O A; 1BSC A; 2W2C A; 2P09 A; 1W01 A; 3FGY A; 1GY7 A; 2SAR A; 3G4S 3; 3OV4 A; 3QK9 A; 3WOE B; 3N9H A; 3IJE B; 2W6J H; 3OX9 A; 1AR0 A; 4QWT A; 2P38 A; 2H0G A; 3K5T A; 5M18 A; 1LOY A; 3HX8 A; 3V92 A; 3X42 A; 1I3F A; 1SII A; 3FH1 A; 1JZO A; 1UCJ A; 2W0Q A; 3NX0 A; 3PZW A; 1L5G B; 1LOW A; 1QVF 2; 3F7X A; 1OCV A; 1J2B A; 1B2Z A; 1IK3 A; 3WHO A; 2FGT A; 5CLK A; 1N5P A; 5HGR A; 3WA3 A; 3MSO A; 3LYG A; 3EE1 A; 1Z1S A; 1GY5 A; 1BIR A; 1RGH A; 6RNT A; 1T3B A; 1OUN A; 1STF I; 3NV0 A; 3KE7 A; 1RSN A; 3ALA A; 2WGO A; 1X1X A; 3K9M C; 3MPH A; 4GL6 A; 4WWU C; 3SXX A; 4ORL A; 5AIH A; 3CNX A; 2CFG A; 2WO0 A; 1YI2 3; 3J7Y d; 1YJN 3; 1RJO A; 1YIJ 3; 1JB2 A; 4OVM A; 1AVK A; 4FMC A; 1BUQ A; 1GY6 A; 1ASK A; 1M90 4; 2L1S A; 5IG5 A; 4N6T A; 1ZX2 A; 2CWV A; 3CPO A; 3KFQ C; 1LQM B; 1T2I A; 3BNC A; 1GMP A; 3X3Z A; 4MMX B; 1JV2 B; 1RKY A; 4K90 B; 2XGL A; 4FCZ A; 4WHA A; 1CYU A; 3SOY A; 1WMP A; 1QAF A; 1TTO A; 2W9Q A; 1N8R 4; 1A2V A; 3MG1 A; 1Q40 A; 3GWR A; 5BVB A; 1TRQ A; 2Z77 A; 5DRE A; 3CMA 3; 1RCL A; 3KZT A; 1FGM A; 3BND A; 3S67 A; 1DMQ A; 1ROA A; 1FGO A; 3WOF B; 4WFO A; 2BIR A; 3NM2 A; 2M7O A; 4BU4 A; 1RTU A; 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