The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
GDKPIWEQIGSSFIQHYYQLFANDRTQLGAIYIDASCLTWEGQQFQGKAAIVEKLSSLPFQKIQHSITAQDHQPTPDSCIISMVVGQLKADEDPIMGFHQMFLLKNINDAWVCTNDMFRLALHNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Rattus norvegicus
|
| publication title |
Computational and biochemical identification of a nuclear pore complex binding site on the nuclear transport carrier NTF2.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nuclear transport factor 2
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| total genus |
39
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02136 | NTF2 | Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GEY A; 2R4I A; 3F14 A; 2Z7A A; 3MKI A; 1GYB A; 1OUN A; 4PEJ A; 2GXF A; 4J8T A; 2B1X B; 3F40 A; 3VGN A; 1JB2 A; 1NWW A; 4K1U A; 1AR0 A; 4N3V A; 1UUV B; 3F8X A; 4LEH A; 1NDO B; 3NXJ A; 3MG2 A; 3NV0 A; 2HMK B; 2K54 A; 1HKX A; 5CLK A; 1OHP A; 3B8L A; 2GBW B; 2HMO B; 2CKF B; 1O7M B; 1DMQ A; 1ASK A; 5IEN A; 3GZB A; 2RCD A; 1W01 A; 2BNG A; 3JUN A; 3RGR A; 3EJV A; 1VZZ A; 3FLJ A; 3FSD A; 5FW5 A; 1OH0 A; 1WQL B; 2IMJ A; 4K1V A; 1JN5 B; 1S5A A; 3D9R A; 5IG5 A; 3NHX A; 1DMM A; 3F9S A; 1SJW A; 1UUW B; 2JQ5 A; 5CXO A; 2Z77 A; 3CPO A; 1OCV A; 4X2O A; 2BMO B; 3FH1 A; 1GS3 A; 3G8Z A; 2HMJ B; 1GY5 A; 3OWU A; 4GB5 A; 1QJG A; 5JPU A; 1DMN A; 2BMR B; 4I4K A; 1JB4 A; 2A15 A; 3EBY A; 3GRD A; 4R9K A; 3FKA A; 2GBX B; 3M8C A; 2BMQ B; 4J9A A; 2F98 A; 4HZ9 B; 5STD A; 5DRE A; 2F99 A; 2INX A; 3JUO A; 3G16 A; 3GZX B; 3ECF A; 1JB5 A; 3FZW A; 2PZV A; 3MHE A; 3B4P A; 3KE7 A; 5DRV A; 3KZT A; 2XR8 B; 3LYG A; 1OF5 B; 2STD A; 5TGN A; 3F8H A; 3HZP A; 3JUQ A; 1ISK A; 2W2C A; 4HZB B; 3MG1 A; 5IEO A; 2YFI B; 1Q40 A; 3UJM A; 3OX9 A; 1STD A; 1E97 A; 4XBT A; 4WYK B; 3T8U A; 1GY6 A; 2XSO B; 3G0K A; 1QMA A; 4LMI A; 3SOA A; 3GZY B; 3F7S A; 4HKV B; 3CNM A; 3IPT A; 5D81 A; 1OHS A; 3ER7 A; 3FF0 A; 4RZM A; 4XDV A; 3GWR A; 3EN1 B; 1O7W B; 1U5O A; 4KVH A; 1Q42 A; 3DMC A; 3SED A; 4MJD A; 3SOY A; 3F7X A; 3DZL A; 5KP4 A; 4HM8 B; 1JKG A; 3HK4 A; 3T8N A; 4HM3 B; 3B4O A; 3B7C A; 3UNL A; 3LZA A; 3NM2 A; 5IEP A; 1OGX A; 3NV0 B; 1OHO A; 5AIH A; 1Z1S A; 2CHC A; 3DUK A; 4CDL A; 4HM5 B; 4ORL A; 3OV4 A; 5CF2 A; 3EQQ B; 1IDP A; 4STD A; 5CF1 A; 3FF2 A; 4HM4 B; 4XDW A; 3VSY A; 3H51 A; 4XM4 A; 3RGA A; 3EHC A; 5AEU B; 2YFL B; 3EC9 A; 1E3V A; 5AIF A; 2QIY A; 4HJL B; 2RGQ A; 3MSO A; 5IER A; 4U13 A; 2XRX B; 3KSP A; 3CU3 A; 2F86 B; 2Z76 A; 5KP3 A; 1O7H B; 2I9W A; 4X2H A; 2B24 B; 4HM6 B; 4R1K A; 3DXO A; 5D82 A; 4FCM A; 1E3R A; 1A2K A; 5JPP A; 4HVN A; 1OGZ A; 1ULI B; 4HM7 B; 5HGR A; 1O7P B; 3Q90 A; 3ROB A; 4L8O A; 3OWY A; 2HML B; 1ZX2 A; 1NU3 A; 3FGY A; 1GY7 A; 1O7G B; 3NBR A; 3EBT A; 8CHO A; 1W02 A; 3CNX A; 3HX8 A; 1ZO2 A; 1Q40 B; 6STD A; 1EA2 A; 3H3H A; 4H3U A; 5AEW B; 2OWP A; 2UX0 A; 7STD A; 4XBX A; 5G2G A; 4L7K A; 3OWS A; 1TP6 A; 4L8P A; 2RFR A; 5IG4 A; 5BVB A; 3JUP A; 1BUQ A; 5IG0 A; 3A76 A; 5AII A; 1JN5 A; 2HMN B; 4OVM A; 1K41 A; 4WWU C; 3KKG A; 1JKG B; 1EG9 B; 3E99 A; 3STD A; 3GZR A; 5AI1 A; 3OXA A; 2QGU A; 1TUH A; 4FCJ A; 3NUV A; 4R9L A; 5AIG A; 4HM0 B; 1W6Y A; 4LGQ A; 3S5C A; 5KP1 A; 5EVH A; 4HM1 B; 4OUQ A; 2HMM B; 2YFJ B; 3EF8 A; 1O7N B; 3DM8 A; 2GEX A; 4IIA A; 1OF5 A; 1C7H A; 3K0Z A; 4Q53 A; 3BLZ A; 3JUM A; 3I0Y A; 4XBY A; 3EN8 A; 4HM2 B; 1CQS A; 4WYK A; 3K7C A; 4XB5 A; 1W00 A; 3MYT A; 2XSH B; 3EX9 A; 5D83 A; 4WP5 A; 3WMD A; 5BXQ A; 3MG3 A; 3BB9 A; 5CK6 A; 1OPY A; 1ULJ B; 5IG3 A; 5IF6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GEY A; 3I56 3; 3QK9 A; 2R4I A; 1AQZ A; 3F14 A; 4HOH A; 1WNH A; 2KF6 A; 5IW9 A; 1BU4 A; 3DGY A; 1YJ9 3; 1JBS A; 4KFF A; 2Z7A A; 3MKI A; 1GYB A; 1OUN A; 4PEJ A; 3AMO A; 4N6L A; 1BSA A; 2GXF A; 3CPW 2; 3ALA A; 4J8T A; 2F56 A; 2B1X B; 3F40 A; 4LSO A; 2L1S A; 3VGN A; 1SQW A; 1RGE A; 1RN7 A; 1JB2 A; 1ZS7 A; 2CW9 A; 1BSC A; 4N6N B; 6GSP A; 1T2I A; 1NWW A; 4HAA A; 1M1X B; 1LOY A; 1X1Y A; 1AVK A; 1R4C A; 1AR0 A; 4K1U A; 3SLU A; 3EE1 A; 1UUV B; 4MMZ B; 2XFS A; 4N3V A; 1CYV A; 3F8X A; 1MWS A; 1NDO B; 1FUT A; 4LEH A; 5BU4 A; 3NXJ A; 3AHS A; 1RKY A; 3MG2 A; 3NV0 A; 1YNV X; 1KQS 2; 2HMK B; 4O2H A; 1TTO A; 1KWI A; 2K54 A; 2KCD A; 5RNT A; 2UGI A; 4N6T A; 4AKY A; 1HKX A; 2W9P A; 4OK0 A; 5CLK A; 1OHP A; 3B8L A; 2GBW B; 3AMO B; 1I8V A; 2HMO B; 4CPK A; 2CKF B; 1O7M B; 4N6V 0; 4CCV A; 1RMS A; 1DMQ A; 1ASK A; 2HOH A; 5IEN A; 2C4B A; 3GZB A; 1D6Y A; 1B2S A; 2RCD A; 1W01 A; 3G71 3; 2BNG A; 1W7C A; 3S67 A; 3JUN A; 3ZG0 A; 3RGR A; 1FGT A; 5JBS A; 1WMO A; 3EJV A; 1I2G A; 1CH0 A; 2RNT A; 3DGM A; 3HOH A; 4HBR A; 3WHO A; 5ELJ A; 1VZZ A; 6RNT A; 3FLJ A; 3FSD A; 5FW5 A; 4EBG A; 1WTH A; 1OH0 A; 1R4Y A; 1UI8 A; 3LT8 A; 1PU4 A; 1WQL B; 2IMJ A; 4K1V A; 2O3O A; 1QAL A; 1GMR A; 1JN5 B; 1S5A A; 3D9R A; 5I97 A; 5IG5 A; 3NHX A; 1DMM A; 3F9S A; 1SJW A; 1UUW B; 1IVV A; 2JQ5 A; 2CFW A; 5CXO A; 3GSP A; 2Z77 A; 1RN1 A; 4H61 A; 1FGO A; 1FGR A; 1IVW A; 1OCV A; 2E2V A; 3CPO A; 3CCE 3; 4X2O A; 2W0Q A; 2BMO B; 1BSD A; 3FH1 A; 3KII A; 4J5K A; 4N6U A; 1K73 4; 1RTU A; 1GS3 A; 3G8Z A; 2Y73 A; 5G1L A; 2HMJ B; 1GY5 A; 3S28 A; 1SAR A; 1V74 A; 5EEO A; 1ROA A; 3OWU A; 4GB5 A; 1AVL A; 2O9U X; 3LT9 A; 1VQM 3; 1QJG A; 1LOW A; 1NNV A; 5JPU A; 3CCQ 3; 2ML5 A; 1A67 A; 1DMN A; 1RRL A; 2BMR B; 4I4K A; 5AYS C; 2BHM A; 1Q7H A; 3DH2 A; 4WFO A; 1JB4 A; 2A15 A; 2AAD A; 2W56 A; 3EBY A; 3GRD A; 4R9K A; 8RNT A; 1VQP 3; 2OCT A; 3FKA A; 4KT3 B; 2GBX B; 1MWU A; 1IT7 A; 1GOU A; 2C10 A; 1B27 A; 3X42 A; 3CCL 3; 3M8C A; 3BNE A; 1RCL A; 2ZDJ A; 4LZI A; 1N8Q A; 1GD3 A; 1RLS A; 2BMQ B; 4J9A A; 2F98 A; 3CCV 3; 4HZ9 B; 5STD A; 3PS8 A; 5DRE A; 3ZFZ A; 1JZD A; 2F99 A; 2INX A; 1GMP A; 3JUO A; 3I55 3; 3G16 A; 3GZX B; 4BIR A; 3ECF A; 2P38 A; 1JB5 A; 2P0X A; 1VQ8 3; 3FZW A; 2PZV A; 3MHE A; 3B4P A; 3KE7 A; 3Q3F A; 5DRV A; 2OTJ 3; 3KZT A; 2XR8 B; 2KAA A; 1MWT A; 1OF5 B; 3BND A; 1UCI A; 2XGN A; 2STD A; 3K9M C; 1JRQ A; 1D6U A; 3LYG A; 3QRD A; 3S27 A; 3S29 A; 7RNT A; 3G6E 3; 1HYF A; 2MC8 A; 3BNB A; 5TGN A; 4I5Q A; 1NB3 I; 3HI7 A; 3O8Y A; 3F8H A; 2CG0 A; 3HZP A; 3SVA A; 3JUQ A; 1ISK A; 1LXE A; 2F4Y A; 1JZO A; 1B3S A; 4RNY A; 2W2C A; 3JVC A; 4HZB B; 1QAF A; 3MG1 A; 3FG3 A; 5IEO A; 1FUW A; 3D3L A; 3K63 A; 4N6M A; 2YFI B; 3IMA B; 3N8B A; 1T5Y A; 3X3Y A; 4EV2 A; 1Q40 A; 3UJM A; 3CC4 3; 1W5Z A; 1OAC A; 3OX9 A; 1STD A; 2BU4 A; 3DGO A; 1A2V A; 2OOV A; 3D5I A; 1E97 A; 4XBT A; 3CC2 3; 3WA2 X; 3OW2 2; 4HYZ A; 1DYU A; 4K90 B; 4WYK B; 1BRK A; 1VQ7 3; 3T8U A; 3NBB A; 4KFD A; 1GY6 A; 2F5M A; 2XSO B; 1DE3 A; 3G0K A; 1QMA A; 2H0I A; 3LTA A; 3SXX A; 3BU4 A; 1D6Z A; 3LTD A; 3LTB A; 4LMI A; 3SOA A; 3X3X A; 4EXR A; 3GZY B; 3CCR 3; 1X1U A; 5M19 A; 2CFD A; 1SII A; 1YIT 3; 3F7S A; 5LC7 A; 4HKV B; 1BNJ A; 3CNM A; 2H0G A; 1RGC A; 1LQG C; 3URP A; 2IY2 A; 4GHO A; 3V98 A; 1YJN 3; 1W6C A; 1MGR A; 2K3D A; 1UW1 A; 3CC7 3; 2OQE C; 3KN4 A; 3IPT A; 5D81 A; 1OHS A; 4BTX A; 3ER7 A; 3FF0 A; 4RZM A; 2Q07 A; 4XDV A; 1RGH A; 2BIR A; 3GWR A; 3MWZ A; 4O02 B; 1N5P A; 3EN1 B; 4DKI A; 1O7W B; 1U5O A; 1K8A 4; 4KVH A; 1FZU A; 1Q42 A; 3X3Z A; 3DMC A; 3SED A; 1YVS A; 2WO0 A; 1I3F A; 1PYL A; 2KXG A; 1FGM A; 3DZL A; 3F7X A; 1AY7 A; 4MJD A; 5EQL A; 4HM8 B; 3SOY A; 5KP4 A; 1JKG A; 1UCJ A; 3HK4 A; 4JF8 A; 3T8N A; 2GSP A; 2QEX 3; 3CMA 3; 4HM3 B; 3LH4 A; 2JDI H; 3V92 A; 3B4O A; 3T0U A; 3B7C A; 3UNL A; 1C54 A; 1PFP A; 3L0R A; 3LZA A; 3IJE B; 1G02 A; 2RBI A; 1YI2 3; 1RGL A; 1IU7 A; 3NM2 A; 3ZG5 A; 2D1W A; 1CYU A; 3PGB A; 2E2U A; 5IEP A; 1RNB A; 1OGX A; 4EW5 A; 1TJD A; 1M90 4; 9RNT A; 3NV0 B; 1N8R 4; 1OHO A; 4MMX B; 1BRG A; 2CG1 A; 1IQY A; 2KF3 A; 4JRF A; 1B20 A; 2BO9 B; 1VQQ A; 1L5G B; 2IA7 A; 1RSN A; 3LTC A; 2SBL A; 5AIH A; 3KSE D; 4K61 A; 1Z1S A; 1B21 A; 1K9M 4; 4EC6 A; 2CHC A; 1G96 A; 4ILF A; 2C11 A; 3DUK A; 1UGH I; 2GU1 A; 2AAE A; 1IVU A; 4CDL A; 1YHQ 3; 1RGA A; 1UDI I; 1S72 3; 3HIG A; 4HM5 B; 3OV4 A; 4ORL A; 1GOV A; 1JJ2 2; 5CF2 A; 3DGN A; 3WA3 A; 4MMY B; 3EQQ B; 1IDP A; 4STD A; 5CF1 A; 3CXC 2; 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