4I5Q | Genus

Total Genus 65

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	AMDPEFMDAAIRQSLAKLGVQSTEIQASPVAGMKTVLTHSGVLYVTDDGKHIIQGPMYDVSGAHPVNVTNKLLMSQLNALEKEMIVYKAPDEKHVITVFTDITCGYCHKLHEEMKDYNALGITVRYLAFPRQGLESQAEQDMKSIWCAKDKNKAFDDAMAGKGVKPASCDVNIADHYALGVQLGVSGTPAIVLSNGYVVPGYQGPKEMKAFLDEHQKQTS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of the periplasmic disulfide-bond isomerase DsbC from Salmonella enterica serovar Typhimurium and the mechanistic implications. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Thiol:disulfide interchange protein DsbC
molecule tags	Isomerase
source organism	Salmonella typhimurium
total genus	65
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-11-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF10411	DsbC_N	Disulfide bond isomerase protein N-terminus
A	PF13098	Thioredoxin_2	Thioredoxin-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.450.70	Alpha Beta	Roll	Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,	Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal	4i5qA01
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4i5qA02

4OFTA 4NMUA 1Z3EA 4ML6A 1Z7PA 1PL2A 4TVEA 1PKWA 2VCWA 1NHYA 4GRFA 3VI5A 3F4TA 1ERTA 1U3IA 4Q5NA 3ZFBA 1ZYEA 3LEFA 4ZB9A 3G7IA 2AB6A 1SKRB 1TDIA 4MP4A 5H5QA 1N8JA 3DEXA 4MH3A 3DVWA 1XW9A 1A23A 2H0IA 4RQXA 2C0DA 3FZ5A 3WYWA 2G2QA 3US3A 5A4UA 1YDKA 3VWWA 2OBKA 5G1LA 3TB2A 1SYXA 5H5SA 3G7JA 5B8AA 3HKRA 2P31A 4MJBA 4ZBDA 1K3YA 1PGTA 14GSA 3UIWA 4KGIA 5D9XA 5IMVA 1IYHA 3CSIA 1B9YC 1JFUA 2IN3A 2X8GA 1OKTA 4AF2A 3TKPA 2ON5A 2VL9A 3UMAA 1EP8A 2ON7A 2QGVA 1GL8A 5D8IA 1JZRA 1X5EA 2V1MA 1S3DA 1SKSB 1ZCPA 4MZCA 3HXSA 2KUCA 4BVYA 2F51A 4TR3A 3DGQA 3K8NA 10GSA 1EGOA 1K0OA 3D21A 2LTKA 1YQ1A 3BD2A 3QAVA 11GSA 1DSBA 1URMA 5G2ZA 1AIUA 3KJYA 1G6YA 2C1YA 2VCQA 1GSQA 4WKWA 4Q5RA 3ZZXA 4D73A 2O85A 2LJAA 17GSA 2K8SA 1V2AA 2X8HA 1ILOA 4HZ4A 1TOFA 1NW2A 1X5CA 4EKZA 4JEDA 1GLQA 1R26A 4MF6A 1GWCA 2C0GA 4JR4A 5C00A 4MJCA 1RQMA 2GT5A 3WT1A 3E0UA 2PWJA 3A2VA 4PQ1A 2IPAA 1UN2A 5ELAA 3CTGA 3WD6A 3NZNA 5GAND 2FWHA 4FO5A 3FHKA 3P7XA 1ZGNA 3ERFA 3V1WA 4JR6A 1EV9A 2B5YA 3C1SA 2RIIA 1WOUA 1DBYA 3ZYWA 2HNLA 1ZL9A 5D9WA 4F0BA 5CRGA 1UC7A 4TR1A 4V1Ag 4J56E 3A5WA 4P3YB 1AXDA 5HQPA 1TU7A 2JZTA 4V2MA 1M2BA 3FZ9A 4L0UA 3FYGA 3GSSA 5IO2A 1TRSA 1BQ7A 4LMVA 4V1Ap 2CQ9A 3SBCA 2O8VB 1O73A 3KMNA 3TOUA 1M0UA 1TU8A 1GTBA 2GTUA 4DVCA 3E3EA 4ML1A 4POBA 3LJRA 3EYTA 3OR5A 3UEMA 3FW2A 3EU4A 3F63A 2DJ0A 3APQA 1V98A 2N5FA 4PQHA 3DXBA 4O7HA 2ZNMA 3HZ8A 4F03A 5CO3A 4WR4A 1K0MA 2A4VA 3VWUA 1XOAA 3KEBA 2H0HA 1OC9A 1OAZA 2FWEA 2I9HA 3HHVA 2CVBA 1GTAA 2I3YA 5EY6A 2C3QA 4EO3A 1GH2A 4NAXA 1EZKA 1KBNA 1WJKA 5E4WA 2XPDA 2YWNA 3G9BA 4ECJA 4KUNA 1T1VA 2PU9C 2JZRA 3GYKA 5DALA 3RBTA 4EL1A 4F82A 5HR0A 4NV5A 1OC8A 1KNGA 2OACA 2P5RA 2HFDA 4WXTA 2RUEA 1KTEA 2E0QA 2H6YA 13GSA 4MPFA 2XBIA 2YNXA 2IY2A 5GSSA 3IDVA 3H79A 3Q74A 2L4CA 4Z7XA 2CX3A 4KDYA 5GAPD 2PGTA 4YQMA 2IFQB 3TRXA 1SJIA 4RQRA 2GDRA 5B6MA 3HJMA 2MMZA 4N11A 2LNTA 3HCZA 3IHQA 4BL7A 1E6BA 2A2SA 1B4QA 1N2AA 2HYXA 4HQZA 4K6XA 2HXKA 2MBSA 2VIMA 4EUYA 2JADA 4TR1B 2BJXA 5HFKA 2MZCA 2YZHA 1QK8A 5A5KA 1TXXA 5B8BA 1T7PB 1WWJA 3KXOA 5JWRB 3N5OA 2B6MA 3UBLA 5ABRA 1XW5A 4Q5FA 1MTCA 4PNFA 22GSA 3WGDA 4MPGA 4ZBAA 3DMLA 2F9SA 2H70A 1M99A 2WDUA 4GXZA 4NWYA 3ISOA 2NVLA 1VRSD 3F6DA 3GX8A 2H66A 2IMIA 4MMMA 5IOXA 3ERGA 3FZAA 3Q19A 1K0BA 5J41A 1GSYA 2FHEA 3LSZA 3Q6OA 2J23A 4ZILA 3IXRA 2PVQA 3O76A 4DSSB 1G6WA 3I43A 1XWKA 2G0FA 5C04A 1OC9B 2IMDA 3GH6A 1F3AA 4YQVA 4MJAA 4WF4A 3GTUB 1B4PA 3WGXA 2L6DA 1F3BA 1B8XA 2NBSA 1UA5A 3GSTA 4IHUA 4OWYA 4PX1A 2O87A 5DALB 2PPTA 3SWLA 5ECNB 1JHBA 1VF2A 1QFNA 4ZBBA 1FVKA 4KH7A 2NPBA 3KP9A 1QMVA 3TKSC 3R2QA 3GKMA 2L59A 3GA4A 1F9MA 4BA7A 2HE3A 3EURA 2VL2C 2FA4A 3EWLA 1YF1A 3P90A 2GQKA 3VLNA 3M8NA 3TGZA 2HZEB 4NHZA 5ECPB 4GLTA 4YH2A 1XXUA 4MZBA 3VURA 2R5GA 2X64A 4WETA 3QDNA 4AJ6A 1XIYA 1ML6A 5CRWA 1AQXA 6GSVA 3CSHA 2WB9A 1U6TA 2H8LA 4XRAA 1K0NA 1MEKA 3RPNA 2VD1A 1THXA 2MYGA 2VCTA 2L5OA 4TKYA 4PUFC 2H1GA 4MCUA 3GV1A 1K3LA 2ALBA 2QC7A 3APOA 2NDOA 3EE2A 3NOFA 4KNDA 1A8YA 3LG6A 1R4WA 4POMA 5CYYA 1X0RA 3TJFA 4XS4A 2GS3A 4QL9A 6GSXA 1A2LA 2YCDA 3I9V2 3GH9A 4QL7A 5ECRB 4CDOA 2DIYA 2I1UA 1TK0B 1GSSA 4XIHA 2GLRA 2F3MA 1FB6A 4FYUA 4ID0A 4XS1A 2R4VA 1JZDA 18GSA 1YY7A 5FHIA 1TRWA 5DDLA 4I2UA 3DD3A 5DBQA 2PN8A 4WEYA 2C3TA 5KN0A 3CYNA 3GKKA 2E2MA 4IBPA 1YKCA 5JWQB 1YJ6A 5J3RA 4NXIA 1GNWA 3FZ4A 3M0FA 2Z9SA 2GT6A 4L8EA 4NHWA 2AUVA 4KW6A 1SK2A 1SD8A 1SD9A 4J2FA 4BWSA 2YWIA 3UVHA 5G5FA 1W4VA 1O7UA 3KIJA 1GRXA 3KMOA 1PD21 2HZFA 5F06A 3WGEA 2DJ2A 3TJBA 5CNWA 1PL1A 2DJ1A 1FOVA 4L0WA 3ZMKA 2VL2A 4TW5A 2JSZA 2WRTA 3ZLPA 3ZVJA 1RW1A 1YZXA 2VL3A 4IP6A 1BG5A 1AC1A 2VCXA 4LMWA 2CT6A 1X9WB 3RAZA 2C0EA 4LL1B 4HEA2 4HJ2A 5DVBA 1ZMAA 1HD2A 3KH7A 16GSA 4HUAA 4PQIA 2O89A 2VO4A 1QQ2A 3IE3A 5DAKA 1OKDA 2HSYA 1NHOA 2PMTA 6GSWA 3U6VA 4ULXA 5D9TA 3CBUA 1X9SB 4K7NA 3AY8A 2D2ZA 3O3TA 1VF1A 5D93A 3TRQA 2ES7A 4XS4B 2REMA 4OO5A 4IELA 3QAWA 3HYPA 2OADA 2B3SA 3U5RE 3PH9A 4IVFA 4MZWA 3Q18A 5IOWA 2P0GA 4ACSA 4N0ZA 1TRVA 2O7KA 1TI1A 2F8FA 1ZYQB 2GZZA 4FH8A 1DE1A 4PNGA 4HDEA 1G0TA 1J08A 3A3TA 4GWRA 1TP9A 5H5RA 2JU5A 4EDYA 1HYUA 3C8EA 1EV4A 1MD4A 2AV4A 1WRYA 3ZRDA 4HU7A 1EEJA 4F9ZA 2FA8A 3IRAA 1YEPA 4IJIA 1GLPA 4WBJA 1G7EA 3L9VA 1T3BA 5G1KA 3TKRA 1PSQA 2L6CA 2RUFA 3PINA 2YV7A 3DRNA 3FR3A 1A2JA 3LYKA 3KP8A 5J4UA 1AQWA 1MDIA 3I69A 2X99A 3VWXA 3TJKA 3BCKA 1XPVA 3TKQA 4POKA 3ZFLA 5KEJA 4KSOA 1AUCA 2H30A 4F2IA 3TRPA 1SJZA 6GSTA 3F3QA 4WBRD 2PUKC 2L5LA 2LNSA 2DBCA 5FWGA 4HU9A 2VAFA 1TW9A 2FLSA 3A2WA 3PGTA 2H75A 4N10A 1TK5B 2H1BA 4OD7A 5IMFA 3FY7A 1FG4A 5DAKB 5DJLA 3LXTA 3F0IA 2CAQA 5IPHA 4ECBA 2QKEA 3N9JA 1FB0A 1WIKA 2VLTA 4MK3A 1I9DA 3M9KA 2IMEA 1GUKA 2GZPA 2LQOA 1XVWA 4TRXA 4D73B 3DYRA 3F6FA 4I8BA 4OFNA 3HY2A 2BMXA 3E9JB 3LQ7A 2E7PA 2GSTA 4HZ2A 5ECSA 4PGTA 1DUGA 2C0FA 4IS0A 5B7CA 3D4MA 3EVIA 3GL3A 5IIZA 2R6KA 4I2TA 1ON4A 1VGLA 4JZQA 1K0CA 1FVJA 4ECIA 1F37A 4POLA 2MMAA 3IC4A 1TRUA 1GSDA 3WT2A 4JE1A 3ZL5A 5KN3A 4ILFA 1XBSA 4IW9A 1NM3A 2C80A 5IMDA 1M2DA 1USBA 1TK8B 4EVMA 3IAM2 1B9XC 5ID2A 1FAAA 1PN9A 1ZOFA 1A24A 2R37A 2FUG2 3GX0A 4O5RA 1GNEA 4TOPA 2B1LA 3W8SA 4GSNA 4X1UA 1EP7A 4H86A 1UVZA 3S9FA 2GQLA 4IQ1A 3ZREA 4AGSA 4CW9A 2H6XA 3BOAA 5CAXA 2IWTA 3H1NA 4EC0A 4HOJA 5JWOB 5CREA 4TXOA 4HQSA 4IN0A 4JRRA 2VM2A 2DC5A 2GSSA 1LJRA 3ERWA 2WGRA 1BX9A 3RPPA 4GSSA 2R3XA 2OE3A 2P5QA 1R5AA 4TR4A 2VLVA 3DIEA 2N5BA 2VLUA 1M9BA 3HJPA 4KSMA 1JZOA 5IQYA 5D96A 4NPBA 2CVDA 5ENUA 1SKWB 1VF3A 4PUAA 2KHPA 2H71A 2OBIA 5ECOB 2VM1A 3IBHA 3QPMA 4MF7A 4PURA 1M2AA 3DWVA 8GSSA 1K0AA 4KE3A 4E8EA 2DMLA 1EGRA 2ZUPA 2X8CA 5HFGA 2XBQA 3QD9A 3UOMA 1BAYA 1CQGA 2DLXA 3HVXA 2H1AA 3GURA 5FT3A 5B6NA 4KCEA 1CQHA 3M3MA 3DKSA 4EXJA 4GQFA 2B5EA 4LL4B 2NTOA 1R5PA 2OE0A 3FKFA 2AHEA 5IPGA 4O92A 1WPIA 5HR3A 1SL2B 2LRCA 2PERA 3TUEA 5J5NA 2YP6A 3BCIA 3EMPA 2MBTA 3QMXA 3L0HA 4K0GA 2H0GA 2GSRA 1Z6MA 3FR9A 3L78A 3UARA 2K18A 4ZIJA 1V58A 3IK7A 3CMIA 3VK9A 5LNKe 4F0CA 5DCGA 3VWVA 1GSUA 3GRXA 2HRFA 2HSHA 5ID2B 5KN1A 1SU9A 2JZSA 1T00A 4X0XA 2H01A 3QOUA 3F8UA 2CZ2A 3VPQA 2E2GA 1WP0A 2LKUA 5A4VA 1JLWA 5LCZA 3QR6A 1I5GA 4G2EA 2CV4A 3GN3A 3BBYA 4I97A 3MNGA 1OVNA 4EE0A 5INYA 1X5DA 2CX4A 1ERVA 3HZ4A 3FRCA 3C7MA 2HT9A 5F0GA 3M1GA 2YANA 2WZ9A 1B48A 2VUPA 5G31A 3F3RA 1O8XA 2FCHA 3H4KA 5CRDA 3P8WA 2TRXA 1E2YA 4XTSA 2YPMA 2TIRA 3HA9A 3F9UA 1JLVA 1V40A 3VPTA 5JCUA 4OO4A 1GTIA 2LV3A 3KZQA 2LRTA 4DSQA 4ZB8A 3ZMLA 4KDUA 3LXZA 2DJ3A 3LYPA 1ACVA 2B1KA 3MWHA 2YN1A 1SJ6A 1TI3A 3O6TA 3HD5A 2XC2A 2V6OA 1A0RP 1QGVA 5HR1A 2H1DA 1GUMA 1U87A 2WS2A 2WULA 2RLIA 1MDJA 2B5XA 3KGKA 1FO5A 5AN1A 3TKSA 3ZIVA 5E59A 4HJMA 1GTUA 3MDKA 4FYBA 1Z9HA 4KA0A 2KP2A 2RM5A 3KM6A 2YJHA 5F05A 3D0ZA 5HFIA 1RK4A 1Q98A 1SK1A 3IPZA 2M80A 4KX4A 3TOTA 1U88A 2XHFA 1DE2A 2LEGA 1XVQA 2M46A 1HNAA 1F2EA 4L5LA 2LUSA 1GSFA 4KDXA 5IMCA 2DIZA 3IOSA 3HVVA 3F4SA 2OA7A 2VOCA 1XFLA 5D9VA 5IMAA 2K6VA 4IQAA 4YAPA 3NIVA 1J0FA 2J9HA 3EU3A 2YOIA 4TR0A 2K9FA 2MMNA 5G5EA 1EEMA 2GSQA 4MABA 2H6ZA 4BWQA 4N0VA 2FY6A 1SL0B 3FR6A 4RI6A 1MD3A 3ME7A 3KCMA 1GUHA 4IKHA 4OCEA 2FGXA 4ZL7A 2YV9A 1A8LA 1TJDA 5AGYA 3QCPA 1BEDA 2EIOA 1WMJA 3TKSE 5A4WA 3L9UA 4V2NA 3IK9A 5IO0A 4EF0A 3C73A 3UVTA 1TTZA 2MMOA 1SK0A 2OE1A 3LWAA 1F6MC 1PA3A 4XHMA 2TRCP 1H75A 3H8QA 4OCFA 1YKAA 4G10A 1THOA 1LU4A 5DQSA 1SYRA 4K1FA 2LSTA 5ECMB 2LJRA 3UJ1A 2LRNA 1XCCA 2HRNA 1OE8A 3P2AA 3G7YA 1XWGA 2V2GA 4KAEA 2F8AA 1S3CA 2YWMA 3CSJA 1O6JA 5JCWA 5GSTA 2WJUA 1SL1B 4ZB6A 3ZVJD 4K2DA 2HI7A 2IFQA 2IL3A 1H4OA 2H73A 4G9HA 1QUWA 2XPEA 2RM6A 4K7IA 3GKNA 6GSUA 3IAS2 3D22A 2KLXA 4K0NA 2IMKA 2JSYA 4Q5QA 3D5JA 2YZUA 4MJEA 1ABAA 5IMZA 1W89A 3ZIJA 4V2LA 3CXGA 1BJXA 2GZYA 3IV4A 4MLYA 4E8HA 1AAZA 5J9CA 4IGJA 1Z5YE 1EOGA 1T4YA 5CP1A 1T8EB 2LJKA 2YJ7A 3IA1A 2IYJA 3EC3A 1Y6EA 4RUVA 4RI7A 4CHSA 5D73A 2CAIA 1AW9A 2L4QA 2PBJA 1OYJA 4YQUA 4AJ7A 1ERUA 3EINA 4XRDA 3ZITA 4J57E 3LORA 4IJ3A 9GSSA 1HQOA 3L9SA 2DJKA 6GSSA 4DSSA 5F07A 2H19A 4GF0A 1M9AA 2I81A 4K8MA 2V41A 2C3NA 3M9JA 2YWOA 3ED3A 3LFLA 4FYCA 5IM9A 3BJ5A 3UAPA 3GTUA 1Z6NA 5AISA 5JCGA 3LGCA 4YAVA 4MDCA 4ECCA 1FHEA 4EDZA 3DVXA 3UL3A 2LQQA 3TCOA 2V32A 3UBKA 2FNOA 5GZZB 1YF0A 4ZL8A 2AYTA 3HJOA 5F8BA 1AQVA 1K3OA 3TJJA 1XW6A 1K0DA 4FIWA 4GTUA 1XWBA 2BTOT 2IJYA 1G7OA 1EOHA 1A0FA 1XZOA 3GKXA 1IYIA 2HLSA 1O81A 4PXOA 1EWXA 5ECQB 1XOBA 1V57A 1YEXA 4L5OA 12GSA 5EL8A 2QSIA 2HZEA 4ISDA 1ERWA 3FK8A 3VFIA 1O8WA 1KEBA 1OE7A 5AIVA 4MH2A 1LBKA 4LLRA 3KTBA 3RHCA 4HS1A 2JL4A 3QAGA 5AIXA 1XWAA 3APSA 4ZXGA 4GSTA 3VI7A 1OC3A 2DSAA 3QFAC 1Q4JA 2WCIA 2KP1A 2B7JA 3A2XA 3KTLA 4HI7A 1QXHA 1O85A 3PR8A 4K7OA 3RHBA 3D6IA 20GSA 4XS6A 3MAKA 2DJJA 2N5AA 7GSSA 1C72A 1PX6A 2L57A 3I6AA 2VD0A 3HVSA 3J7Yk 19GSA 2M72A 4XCSA 4TN8A 3ME8A 3CTFA 1NSWA 2GVPA 4OFMA 4I5QA 5COHA 1HNBA 1XWCA 4ZL9A 2GGTA 4AJ8A 1V9WA 5ECIB 3GHAA 4G19A 2JACA 5DQYA 3IR4A 4OMVA 3QFBC 2R2JA 2CZ3A 1VF4A 4MA9A 3HDCA 1X9MB 4GQCA 1MDKA 1WE0A 1GULA 1GSEA 2PVOC 2I4AA 3C71A 3GNJA 2IIYA 1HNCA 4BPYA 5DJMA 3C1RA 1M7TA 2FD3A 1PX7A 5ECLB 3W8JA 3H93A 1TKDB 4DEJA 2AAWA 2WFCA 1GP1A 2EC4A 2EIRA 2IMFA 2VCVA 4O32A 2EIQA 2B7KA 1ST9A 4MF5A 1PRXA 3D4TA 4WR5A 5CRHA 2GQMA 5EPFA 4JBBA 3W6GA 2CA8A 5EVOA 5ECHB 4DSRA 2LS5A 2OKAA 1J9BA 5DCHA 5ECKB 5G30A 3GUSA 1SENA 1R7HA 4K9ZA 3F4RA 3GFKA 6GSYA 3GIXA 3RDWA 2A2RA 2H72A 3JCML 4NV2A 1Z7RA 1FW1A 3J7Yb 4KCAA 2C4JA 2FWGA 4TXOB 1PQNA 3L4NA 2C8UA 3CRUA 4TXVA 3EMXA 1Y25A 1A2MA 4X43A 5HR2A 4IP1A 3ZTLA 2DMMA 3TJGA 3CRTA 5ELGA 3TDGA 1S3AA 4WF5A 5J9BA 1PKZA 3GMFA 4JU5A 4N30A 2H74A 4BVXA 2ZCTA 4GCIA 3KH9A 5KN2A 2KOKA 2FWFA 3GL5A 1U3AA 2AJQB 1T4ZA 2OJLA 5LD0A 3MSZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4I5QA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations