The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
100
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sequence length |
369
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structure length |
359
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Chain Sequence |
MERLVWDKLTLLGFLEKNHIPQKLYYNLSSQDKELSAEIQSNVTYYTLRDANNTLIQALIPISQDLQIHIYKKGEDYFLDFIPIIFTRKEKTLLLSLQTSPYQDIIKATNDPLLANQLMNAYKKSVPFKRLVKNDKIAIVYTRDYRVGQAFGQPTIKMAMVSSRSNQYYLFSHSNGHYYDSKAQEVAGFLLETPVKYTRISSPFSYGRFHRPHYGVDYAAKHGSLIHSASDGRVGFMGVKAGYGKVVEIHLNELRLVYAHMSAFANGLKKGSFVKKGQIIGRVGSTGPHLHFGVYKNSRPINPLGYIRTAKSKLHGKQREVFLEKAQRSKQKLEELLKTHSFEKNSFYLLEGFLEHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Csd3 from Helicobacter pylori, a cell shape-determining metallopeptidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| molecule keywords |
Conserved hypothetical secreted protein
|
| total genus |
100
|
| structure length |
359
|
| sequence length |
369
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-10-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01551 | Peptidase_M23 | Peptidase family M23 |
| A | PF18059 | Csd3_N | Csd3 N-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Glucose Permease (Domain IIA) | Glucose Permease (Domain IIA) | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4QP5 A; 1GLC F; 2MP0 B; 4LXC A; 3OUR B; 3TUF B; 2GU1 A; 2B44 A; 2HSI A; 1GLA F; 2F3G A; 4ZYB A; 2B13 A; 3NYY A; 4RNZ A; 3IT7 A; 1GLB F; 3UZ0 B; 4QPB A; 1GGR A; 2GPR A; 1F3G A; 1F3Z A; 1O2F A; 1QWY A; 3IT5 A; 4JBW M; 1GLE F; 4RNY A; 3SLU A; 1AX3 A; 5KVP A; 2B0P A; 3CSQ A; 5B0H A; 4BH5 A; 1GPR A; 1GLD F; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TFK A; 1RGH A; 3BU4 A; 3EHC A; 3EN8 A; 3DUK A; 3F14 A; 3K63 A; 4FR9 A; 1OF5 A; 1OPY A; 1IVW A; 3LYG A; 1RGC A; 1QAK A; 3Q1C A; 3RGR A; 4XBY A; 2HMN B; 1RLS A; 3JUP A; 5IEO A; 1N8Q A; 2F3G A; 2P05 A; 3DZL A; 4I4K A; 1YGE A; 1T2I A; 3ER7 A; 1Z1S A; 3UZ0 B; 3AGN A; 1RGA A; 3GAX A; 4BTY A; 1EG9 B; 2OWP A; 2YFJ B; 3K7C A; 4L8O A; 4RNT A; 1JN5 A; 3G0K A; 3MG3 A; 5BXQ A; 3CPO A; 4BL3 A; 1BIR A; 3O8Y A; 4U13 A; 1GPR A; 3G6E 3; 1IYY A; 4K61 A; 4FMB A; 4HM6 B; 2RBI A; 3T8N A; 1NO3 A; 3DGY A; 4MMY B; 4GL6 A; 3FG4 A; 1Q40 B; 2Z77 A; 2OOV C; 2HMO B; 2XEP A; 2Z6B A; 3D3L A; 3AHW A; 3DGL A; 1FUS A; 3DMC A; 3SVA A; 3KII A; 1KQS 2; 1SII A; 1AVK A; 1GSP A; 1T5Y A; 3NXJ A; 5HGR A; 4N6O B; 1IDP A; 1RRH A; 1GLB F; 1AQZ A; 1ULI B; 3JUO A; 5KP1 A; 3V98 A; 3OX9 A; 2KF6 A; 3CCJ 3; 1BRH A; 1K41 A; 5D81 A; 3KZT A; 1GYB A; 1SQW A; 4K1V A; 2F86 B; 1HZ1 A; 5EVH A; 2WGQ A; 1GLE F; 3NX0 A; 1V58 A; 1W01 A; 1W02 A; 3D5I A; 1BUJ A; 1BGS A; 3B4P A; 1IQ8 A; 3KFQ C; 3QRD A; 4BH5 A; 1UW1 A; 3GZB A; 4HAA A; 2XSH B; 5CF1 A; 3WOF B; 1T2H A; 3NHX A; 3D9R A; 1E3R A; 5CXO A; 4QP5 A; 1FGR A; 1W5Z A; 3EC9 A; 2J8X B; 4KZ1 A; 3FGY A; 1GY5 A; 3NBR A; 5AIH A; 2QEX 3; 4OK0 A; 1BRI A; 2RFR A; 3CNX A; 3F9S A; 1BNE A; 4R4K A; 1UUW B; 3AHS A; 3KSE D; 3X42 A; 1I8V A; 1W2B 2; 1I2F A; 1S5A A; 3NYY A; 3NQZ A; 1GOU A; 3LZA A; 1OHP A; 4BIR A; 1K9M 4; 4XB5 A; 1A2P A; 1UCJ A; 3MWZ A; 3BND A; 2W03 A; 3ECF A; 3J7Y d; 5AYR B; 1DMQ A; 4AEQ A; 1MWR A; 3X41 A; 1W6C A; 4AKY A; 2W9P A; 4J5K A; 1YI2 3; 2F56 A; 1O7W B; 2GSP A; 1BSC A; 3STD A; 2P38 A; 3DGN A; 2I9W A; 1LQG C; 2AAE A; 3K0Z A; 3LT9 A; 2C11 A; 4K1U A; 1YJN 3; 1AR0 A; 1BSA A; 1GD3 A; 1TFO A; 2CHC A; 6RNT A; 1JZD A; 1E97 A; 1MWT A; 1X1X A; 2WOH A; 5AIF A; 2INX A; 3CD6 3; 2F5W A; 3CC2 3; 1T3B A; 4KT3 B; 3BNC A; 3DH2 A; 3NBJ A; 4KFF A; 1NWW A; 1Q40 A; 3A76 A; 3OWS A; 1RGE A; 1NU3 A; 3EF8 A; 8CHO A; 3MYT A; 1JB2 A; 4N6N B; 1VQN 3; 5G2G A; 3OWY A; 3BNE A; 4HM1 B; 1FZU A; 1PY3 A; 1IT7 A; 1EEJ A; 1UUV B; 1LQM B; 3IT5 A; 3NQY A; 3NV0 A; 3OWU A; 4XM4 A; 1F8N A; 3EB8 A; 3U97 A; 2UX0 A; 1Q82 4; 2RGQ A; 3F7X A; 4EC6 A; 1K8A 4; 1I3F A; 1I70 A; 2CWT A; 2K3D A; 3IPT A; 1B2S A; 1FA3 A; 3EE1 A; 1D6U A; 1UGH I; 2HOH A; 3D4A A; 5IF6 A; 5KP4 A; 2HMK B; 4WP5 A; 1IVX A; 3B8L A; 1C7H A; 1N9J A; 1CH0 A; 3CU3 A; 3HIG A; 3CCM 3; 1RJO A; 2H0H A; 1C54 A; 4PEJ A; 1LNH A; 1FUT A; 3RNT A; 5LC6 A; 2K0M A; 1RKY A; 1OGZ A; 2Z76 A; 3FKA A; 1V57 A; 4RNZ A; 1TRQ A; 1US1 A; 2PNC A; 5JPU A; 1UI8 A; 1ZS7 A; 1TRP A; 3MHE A; 5CLK A; 1DVC A; 2FNQ A; 3JVC A; 2A15 A; 4EV2 A; 1B21 A; 2XFT A; 2FGT A; 6STD A; 4N6V 0; 2D1W A; 2KXG A; 1QVF 2; 2ZHX B; 1QWY A; 4J5G A; 5G1K A; 2CG1 A; 3ROB A; 4AKZ A; 1N5H A; 2Y74 A; 3K5T A; 4N6T A; 2GXF A; 3CSQ A; 3ZG5 A; 2P0X A; 5B0H A; 2CWV A; 3EN1 B; 2XFS A; 3CCL 3; 4NRE A; 3CXC 2; 1VZZ A; 3S27 A; 1G96 A; 1GY6 A; 1Y4K A; 1B2U A; 1RMS A; 3DGO A; 3KCH A; 5AYS C; 3DGM A; 2KF4 A; 1BNS A; 2V1L A; 3CCU 3; 1A2V A; 3S29 A; 5IG0 A; 3HK4 A; 2BNG A; 5BU4 A; 2CG0 A; 3QK9 A; 1CQS A; 1B2X A; 1CYU A; 1A2K A; 2C4B A; 1TTO A; 4RZM A; 5A0O B; 2CFK A; 1MWS A; 1ROA A; 3GZX B; 1BNJ A; 1RGF A; 4HVN A; 1NDO B; 1JBS A; 4MMX B; 4JRF A; 1Q86 4; 1S72 3; 1NB5 I; 2BMR B; 1GOV A; 2B24 B; 3JUQ A; 2WO0 A; 1JJ2 2; 1DE3 A; 1SPU A; 1FW7 A; 1O7G B; 4N6U A; 4BU4 A; 1ROV A; 3Q2P A; 1W2Z A; 4TX4 A; 2JDI H; 3V92 A; 3MG1 A; 1GOY A; 2M7O A; 3DXO A; 3N9H A; 3URP A; 1VQQ A; 4HZ9 B; 4CJN A; 2LYX A; 2HML B; 1BAO A; 2E2T A; 2H0I A; 3OUR B; 1O7N B; 3LTB A; 3UJM A; 1U5O A; 2GBX B; 1VQ7 3; 1EQK A; 1VQO 3; 2QIY A; 1BNF A; 1QMA A; 5EQL A; 1HU9 A; 2OQE A; 1DVD A; 1N8R 4; 1RHL A; 3X3Z A; 1QAF A; 1BRG A; 1AVL A; 3WA2 X; 1LOV A; 2W56 B; 1G0T A; 5DRE A; 4FMD A; 2F98 A; 3SYU A; 1WNH A; 2OQE C; 4R80 A; 1IT8 A; 1QJG A; 5IER A; 3LT8 A; 3FZW A; 5KVP A; 1TUH A; 4HZB B; 2KRT A; 3NM2 A; 3SXX A; 4MEI A; 3CME 3; 1RN4 A; 4EBG A; 5D83 A; 2IMJ A; 1IQX A; 2YFI B; 3B7C A; 1D6Z A; 2F5M A; 1O7M B; 1B3S A; 1RDS A; 1BNG A; 3HX8 A; 4CDL A; 1FGO A; 1STD A; 3E99 A; 4MJD A; 4ZM8 A; 5CF2 A; 2B1X B; 3KN4 A; 2CW9 A; 1JV2 B; 1BRN L; 4KVH A; 2B44 A; 1IQY A; 2CFL A; 1OAC A; 1OH0 A; 1PU4 A; 1BSE A; 3NBB A; 3WDG B; 2QA4 3; 4R1K A; 1RNT A; 2XGL A; 4QWT A; 3PZW A; 1I2E A; 3KKG A; 2XRX B; 1KD1 4; 2OTL 3; 2BU4 A; 4LEH A; 2GEY A; 2BMO B; 4FMA A; 2XGN A; 3S28 A; 3S5C A; 3AMO B; 1AX3 A; 5I97 A; 2CKF B; 2B0P A; 2CC3 A; 3LTA A; 5FW5 A; 1OHS A; 1JRQ A; 4ILF A; 1VQ8 3; 1Q7H A; 1ZX2 A; 1W7C A; 2F99 A; 2YX9 A; 4HKV B; 5RNT A; 4EW5 A; 3KSP A; 3CCV 3; 5IW9 A; 1RGL A; 2CX0 A; 3D79 A; 3WR2 A; 1PFP A; 1UCK A; 1JNQ A; 1K73 4; 1YIJ 3; 2E2V A; 2YFL B; 3GRD A; 4HM5 B; 3CC7 3; 1JB4 A; 2BIR A; 1R4C A; 4CCV A; 3LTD A; 4L8P A; 3JUN A; 3HI7 A; 3DY5 A; 1YIT 3; 4O02 B; 3RGA A; 1WMP A; 1GD4 A; 1KSI A; 3HII A; 5EEO A; 3HOH A; 2W2C A; 1M1K 4; 4JBW M; 3SED A; 1X1W A; 2W56 A; 5AI1 A; 3CCE 3; 4ORL A; 1OF5 B; 3V99 A; 1QVG 2; 1RNB A; 4EXR A; 2ZL8 A; 1SJW A; 4LMI A; 1O7H B; 1RTU A; 4NPB A; 5AII A; 3CCR 3; 1KC8 4; 4MMZ B; 1VQ6 3; 2CWU A; 3A5E A; 2WOF A; 2JQ5 A; 3Q90 A; 4KFE A; 3CC4 3; 3BIR A; 3EX9 A; 4LSO A; 5DRV A; 4BTW A; 1YJW 3; 5IG3 A; 1MGR A; 2RNT A; 3CCQ 3; 2CFD A; 1L5G B; 3SOA A; 3FG3 A; 1RCK A; 1BRS A; 1I0X A; 3IT7 A; 1U8C B; 1RCL A; 4WHA A; 3U1W A; 4OVM A; 2GPR A; 1DET A; 3FLJ A; 1W00 A; 4IPB A; 4KFD A; 2BHM A; 4G1M B; 2ZDJ A; 3H3H A; 3SOY A; 1SAR A; 4RNY A; 1IK3 A; 3OXA A; 3SX1 A; 3GZY B; 1W6G A; 1W4N A; 1BU4 A; 2RCD A; 4XDV A; 5M18 A; 3EJV A; 3AMO A; 5JPP A; 1UCI A; 5IG4 A; 1VQL 3; 1G02 A; 1TIJ A; 2IYJ A; 2W6J H; 4HM0 B; 5HOH A; 3CCS 3; 1BRJ A; 3F40 A; 3VGN A; 1OUN A; 1FUW A; 5ELU A; 3CPW 2; 4L7K A; 1EUI C; 1FGT A; 1LOX A; 1RGK A; 4HM7 B; 2GU1 A; 3K9M C; 2HSI A; 1EA2 A; 1QAL A; 4I5Q A; 3LXU X; 1IU7 A; 2CH9 A; 1B20 A; 1E3V A; 1M1X B; 2XF3 A; 1IV9 A; 1JB5 A; 1LRA A; 4HOH A; 5KP3 A; 5STD A; 5AEW B; 2BO9 B; 1WMN A; 4R9L A; 3BNB A; 4GHO A; 3EBY A; 3PCR A; 2CK3 H; 2W9Q A; 4X2O A; 4J9A A; 3ZG0 A; 1DYU A; 5LC7 A; 1M90 4; 2UUG C; 1UCL A; 1YVB I; 2ZA4 A; 3H51 A; 4K90 B; 5D82 A; 3WOE B; 1HYF A; 3G16 A; 4OUQ A; 1TP6 A; 3FSD A; 2HMJ B; 4N6M A; 1JBT A; 1Q42 A; 5IEN A; 2MF7 A; 1J2B A; 4WYK B; 4O2H A; 5ELJ A; 1GLC F; 1VQK 3; 3S67 A; 1CYV A; 1NNV A; 1STF I; 4O8S A; 1WQL B; 3WOD G; 1YHQ 3; 3L0R A; 4FCM A; 2RSX A; 4EV5 A; 1B2M A; 2Y73 A; 3VF1 A; 1B27 A; 1D6Y A; 1I2G A; 3PXM A; 3X3Y A; 4QPB A; 1GGR A; 3WA3 A; 3F8H A; 3WMD A; 2W04 A; 1FGQ A; 5FGO A; 1ISK A; 3FF0 A; 2KAA A; 4LGQ A; 2QGU A; 1RN7 A; 2K54 A; 5IEP A; 1ASK A; 1GMP A; 4HBR A; 2OOV A; 4EYC A; 2GEX A; 3N54 B; 1X1Y A; 4BTX A; 1MOL A; 2KF5 A; 1GS3 A; 3I55 3; 1VQ9 3; 2IA7 A; 2KCD A; 1JKG B; 3MSO A; 5BVB A; 3OW2 2; 1KWI A; 3PYJ A; 3PGB A; 2MP0 B; 4LXC A; 1FGM A; 2SBL A; 1N9E A; 1YNV X; 3KE7 A; 5BIR A; 1BNI A; 3F7S A; 5GSP A; 2MC8 A; 3IJE B; 3UL6 A; 3G8Z A; 2XR8 B; 4H61 A; 1YJ9 3; 3Q3F A; 3NV0 B; 1B2Z A; 1LOW A; 2BMQ B; 1MWU A; 2KF3 A; 1TU5 A; 1OHO A; 1A67 A; 2L4V A; 1MGW A; 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